Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 R -5 8 -4 -5 -7 -2 -3 -6 -4 -6 -6 2 -5 -6 -5 -4 -4 -6 -5 -6 0 89 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0 2.24 1.72 2 S 2 -2 1 -3 -3 5 -3 -3 -1 1 0 0 1 -5 -2 0 1 -6 -4 1 14 2 6 1 0 24 0 2 1 7 8 4 3 0 2 7 10 0 0 8 0.37 1.77 3 D -1 3 1 1 -6 3 2 -2 -2 -3 1 2 -3 -3 -4 -1 -2 -6 -4 -3 6 14 5 9 0 13 14 4 1 1 13 10 0 1 0 3 3 0 0 2 0.35 1.77 4 R -3 7 -4 -5 -7 0 -3 -4 -4 -6 -5 4 0 -6 -5 -3 -4 -6 -5 -4 2 65 0 0 0 4 0 1 0 0 0 23 2 0 0 1 0 0 0 1 1.64 1.77 5 V -3 -4 -5 -7 -5 -4 -6 -6 -3 5 2 -3 1 -1 -6 -5 -2 -6 -2 5 2 1 0 0 0 1 0 0 1 26 20 2 3 2 0 0 2 0 1 39 0.99 1.80 6 A 4 -3 3 -2 -2 0 1 3 -4 -6 -5 -3 -5 -6 -4 1 -3 -6 -6 -4 34 1 14 1 1 4 10 21 0 0 0 1 0 0 0 11 1 0 0 0 0.74 1.81 7 Q -1 1 0 2 -6 1 4 0 0 -5 -5 2 -3 -6 -4 2 -3 -6 -5 -4 6 7 3 9 0 7 30 7 2 0 1 10 1 0 0 15 1 0 0 1 0.58 1.82 8 E -2 1 -2 -1 -4 4 3 -6 -2 0 3 -3 0 -3 -5 -3 -1 -6 -3 -1 4 8 1 3 0 19 17 0 1 4 28 1 2 1 0 1 3 0 1 5 0.52 1.83 9 I -3 -6 -7 -7 -5 -6 -7 -7 -6 6 3 -6 2 0 -6 -6 -3 -6 -3 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 49 27 0 5 4 0 0 1 0 1 12 1.27 1.83 10 Q -3 4 -2 -4 -5 6 -2 -5 2 -4 -1 3 1 -2 -4 -2 -3 -6 -1 -4 2 21 1 0 0 31 1 1 4 1 6 20 4 2 0 3 1 0 2 1 0.86 1.87 11 K -3 5 -2 -3 -4 2 2 -4 3 -5 -5 4 -3 -5 -4 -3 -1 -6 -3 -3 2 32 2 1 0 7 12 1 6 1 0 27 0 0 0 1 3 0 1 2 0.92 1.87 12 E 1 -3 -2 2 -3 -1 5 -5 -2 1 -1 -2 -3 -4 -5 -3 -1 -6 -3 0 11 1 2 10 1 1 43 1 1 10 5 1 0 1 0 1 3 0 1 7 0.70 1.87 13 I -4 -6 -7 -7 -5 -6 -6 -7 -7 5 5 -6 1 -2 -6 -5 -3 -6 -5 3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 26 51 0 3 1 0 1 1 0 0 16 1.22 1.86 14 A 4 -4 0 -4 -2 -3 -3 1 -5 -3 -4 -4 -2 -5 -3 4 0 -6 -4 -2 35 0 4 0 1 1 1 9 0 1 1 0 1 0 1 35 5 0 0 3 0.82 1.90 15 V -1 -1 0 4 -4 2 4 -3 -1 -2 -2 -1 -1 -4 -4 0 0 -1 -3 -2 4 4 5 19 0 7 26 2 1 2 5 3 2 1 1 8 6 1 1 2 0.45 1.90 16 I 0 -5 -4 -5 -3 -4 -5 -5 -6 6 2 -4 3 -2 -6 -4 -2 -3 -3 2 10 1 1 0 0 0 1 1 0 42 21 1 7 1 0 1 2 0 1 10 0.90 1.88 17 L -4 -6 -7 -7 -3 -6 -6 -7 -6 5 5 -6 1 4 -6 -5 -4 -5 -3 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 28 45 0 2 17 0 1 1 0 0 5 1.20 1.88 18 Q -1 3 0 -2 -3 5 1 -3 1 -1 0 -2 1 -3 -3 1 -1 -5 -2 -2 5 15 4 2 1 24 7 2 3 3 11 1 4 1 1 9 4 0 1 2 0.42 1.85 19 R -3 5 1 -2 -6 2 -1 0 2 -3 -3 2 -3 -1 -4 0 0 -6 0 -4 2 30 8 2 0 8 4 7 4 1 2 11 1 3 0 6 6 0 3 1 0.52 1.91 20 E -2 0 -1 2 -6 2 6 0 1 -4 -5 1 -3 -5 -5 -1 -3 -3 -4 -4 4 4 2 11 0 7 46 7 3 1 1 6 1 1 0 4 1 0 1 1 0.82 1.87 21 V -1 -5 -4 -5 -2 -4 -5 -3 -6 4 3 -5 2 0 -3 -3 0 -3 -2 4 5 1 1 0 1 0 1 2 0 22 23 1 4 4 1 1 7 0 1 25 0.65 1.90 22 K -2 3 0 0 -1 0 -1 -3 3 -4 -4 5 -2 -2 -2 0 -2 -3 1 -4 3 16 4 5 1 4 3 2 6 1 2 32 1 2 2 8 2 0 5 1 0.55 1.87 23 D -3 -3 2 7 -3 -2 0 -3 1 -3 -3 -2 -2 -4 -3 -1 -3 -7 -4 -4 3 1 8 62 1 2 5 1 3 1 3 2 1 1 1 3 1 0 1 1 1.27 1.84 24 P -2 -2 -2 0 -2 -2 0 -3 -1 -3 0 -2 1 -2 7 -1 -2 -1 -3 -3 3 2 2 5 1 2 6 2 1 2 8 2 3 2 48 4 3 1 1 2 0.96 1.86 25 R -2 6 1 0 -3 -1 -1 -2 0 -1 -2 1 -2 -2 -3 -3 -2 -6 -3 -2 4 46 7 5 1 2 4 4 2 4 4 5 1 2 1 2 2 0 1 4 0.73 1.82 26 I -2 -4 -3 -4 -2 -2 -4 0 -3 4 3 -4 -1 -2 -4 -3 -3 -5 -2 3 2 1 1 1 1 2 1 8 1 21 32 1 1 1 1 1 1 0 1 22 0.64 1.78 27 G 0 0 1 -2 -3 0 2 3 1 -2 -4 1 -2 -2 -1 1 0 -6 -3 -2 8 4 7 1 1 4 11 22 4 2 1 9 1 2 3 10 6 0 1 3 0.28 1.75 28 M -3 -2 -1 -1 -3 -1 -1 0 -2 -1 2 -3 6 3 -2 -1 -1 0 -1 -2 1 3 3 3 1 3 4 8 1 4 22 2 17 13 2 5 3 1 2 2 0.38 1.72 29 V 0 -5 -5 -6 1 -5 -5 -3 -5 4 1 -5 3 -2 -2 -1 0 -5 -2 5 6 0 0 0 3 0 0 2 0 19 10 0 7 1 3 4 6 0 1 37 0.69 1.61 30 T -1 -2 -1 -2 -1 -2 -2 -3 -1 -2 -3 -3 -2 -3 -3 4 6 -1 -2 0 3 2 2 2 1 1 2 2 1 2 2 0 1 1 1 26 42 1 1 7 0.77 1.64 31 V -2 -5 -5 -5 0 -5 -5 -5 -5 5 0 -5 0 -1 -2 -1 -2 -5 -4 5 2 0 0 0 2 0 0 0 0 32 8 0 2 3 2 4 2 0 0 40 0.94 1.56 32 S -2 -2 1 -2 -1 -1 -2 -3 1 -2 -3 -2 0 -2 -2 2 5 0 -4 1 3 2 5 2 1 2 2 2 3 2 2 2 2 1 2 16 39 1 0 10 0.59 1.72 33 D -1 2 -1 4 -5 -1 2 0 1 -3 -4 2 -1 -2 -5 1 -2 0 -1 -1 5 12 2 19 0 2 13 7 3 2 2 11 1 2 0 9 3 1 2 4 0.33 1.73 34 V 0 -4 -5 -5 3 -4 -5 -5 -5 1 0 -1 2 0 -5 -1 0 -5 -4 6 6 0 0 0 6 0 0 0 0 6 5 5 5 5 0 5 6 0 0 49 0.76 1.48 35 E -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -6 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 0.14 2.00 36 V -1 -1 -4 -5 3 1 -1 -5 -4 1 1 -4 5 0 0 -1 0 -4 1 3 5 4 0 0 6 7 4 0 0 8 10 0 14 4 5 4 5 0 4 18 0.36 1.51 37 S 0 1 1 1 3 1 0 0 -4 0 -1 0 -3 -5 1 0 0 -5 -5 0 7 7 7 7 6 7 7 7 0 7 7 7 0 0 7 7 7 0 0 7 0.13 1.56 38 S -1 0 1 0 -5 1 0 -1 3 0 -1 0 -4 1 1 0 0 -5 2 0 6 6 6 6 0 6 6 6 6 6 6 6 0 6 6 6 6 0 6 6 0.08 1.78 39 D -2 -4 0 8 -2 -3 -1 -1 -2 -6 -6 -2 -3 -6 -5 -2 -3 -7 -6 -6 3 0 3 79 1 0 2 4 1 0 0 3 1 0 0 1 1 0 0 0 1.77 1.62 40 L -2 -2 -2 -6 0 -3 -5 -1 -2 -1 5 0 3 1 -6 -3 -3 -5 0 -2 3 2 2 0 2 1 0 5 1 1 60 6 6 5 0 2 1 0 3 2 0.83 1.72 41 S -1 4 -2 -2 -2 3 -2 0 1 -4 -4 3 -2 -4 -5 3 -1 -6 -1 -4 4 19 2 1 1 11 1 7 3 1 2 16 1 1 0 26 2 0 2 1 0.55 1.72 42 Y -2 -2 1 -1 -2 0 0 -4 6 2 -1 -2 -1 1 -5 -1 -1 0 4 1 2 2 7 4 1 4 5 1 16 13 6 2 1 5 0 4 4 1 13 9 0.40 1.69 43 A 6 -5 -5 -5 4 -4 -4 -2 -5 -1 -1 -4 0 -5 -4 -1 -2 -6 -5 -1 71 0 0 0 9 0 0 2 0 4 5 0 2 0 0 2 2 0 0 3 1.22 1.69 44 K -3 3 0 0 -1 0 -1 -5 0 -2 -1 4 -1 -2 -5 -2 3 0 0 -3 1 15 4 5 1 3 4 0 2 2 6 27 1 1 0 2 18 1 4 2 0.49 1.72 45 I 0 -5 -5 -6 2 -5 -5 -3 -1 4 -1 -2 0 -2 -5 -3 -2 -5 -4 6 7 0 0 0 4 0 0 2 2 20 4 3 2 2 0 2 2 0 0 49 0.92 1.69 46 F -4 -2 -3 -4 1 -3 -4 -4 0 -2 -2 -3 2 5 -6 -3 -2 2 8 -4 1 2 1 1 3 1 1 1 2 1 2 1 5 25 0 2 2 3 44 0 1.31 1.73 47 V -1 -5 -5 -5 2 -5 -5 -5 -5 2 1 -5 2 2 -5 -1 -1 5 2 4 4 0 0 0 4 0 0 0 0 10 10 0 4 8 0 4 4 8 7 27 0.53 1.64 48 T -1 -1 -1 -1 1 -1 -1 -2 0 -1 -2 -1 2 -1 -4 3 3 -5 0 -1 4 3 3 4 3 3 3 3 3 3 4 4 5 3 0 24 16 0 3 3 0.21 1.62 49 F 0 0 -2 -3 1 -1 -3 -3 1 1 -1 -2 0 2 3 -1 0 -5 -1 2 6 6 2 2 2 2 2 2 3 7 4 2 2 8 14 4 6 0 2 17 0.17 1.82 50 L -3 -3 -2 -3 -1 -3 -3 -2 0 0 4 -3 3 2 -2 -1 -2 0 0 -1 2 2 2 2 1 1 2 3 2 4 36 2 8 9 2 6 3 1 4 3 0.36 1.91 51 F -2 -3 0 -1 -1 -2 -1 5 -2 -1 -1 -2 -1 -1 1 -1 -2 2 -2 -2 3 2 4 3 1 2 3 35 1 4 7 2 2 3 7 5 3 3 2 3 0.34 1.90 52 D -1 -1 0 3 -2 -1 0 2 -1 -3 -3 -1 -2 0 -1 1 0 -5 -2 -2 5 3 4 17 1 2 5 16 1 2 3 4 1 4 4 12 6 0 1 3 0.19 1.93 53 H -1 0 0 0 3 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.02 2.12 54 D -1 -1 1 4 0 -1 2 -1 1 -2 -2 1 -1 -2 -1 -1 -1 1 -1 -2 5 3 7 21 2 3 13 4 3 2 3 7 2 2 3 4 3 2 2 3 0.22 2.09 55 E -1 0 0 0 3 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.02 2.12 56 M 0 0 0 0 1 1 1 -1 1 -1 -2 1 0 -1 0 0 0 -5 0 -1 9 5 5 5 3 6 10 4 3 3 4 10 3 3 5 6 5 0 3 4 0.03 2.09 57 A 2 0 0 2 1 0 0 -1 1 -1 -2 0 0 -1 -1 0 0 -5 0 -1 14 4 5 11 3 4 6 5 3 3 4 6 3 3 3 7 5 0 3 5 0.04 2.02 58 I 0 1 -1 -2 0 1 -1 -2 2 2 0 1 0 -1 0 -2 -1 1 0 1 7 7 3 3 2 5 3 3 4 10 8 7 2 3 4 3 4 2 4 11 0.03 2.01 59 E -1 0 0 0 3 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.02 2.12 60 Q 1 0 1 1 -2 2 4 -2 -1 -2 -2 1 -2 -3 -2 -1 -1 -5 -2 -3 10 4 6 8 1 7 24 3 1 2 4 10 1 1 2 5 3 0 1 2 0.25 1.88 61 G 2 -3 -1 -3 0 -3 -3 -2 -2 1 -1 -2 0 -2 -3 0 3 -5 -3 2 17 1 3 1 2 1 1 4 1 9 6 3 2 1 1 7 20 0 1 14 0.26 1.93 62 M 0 -2 -3 -3 -2 0 -2 -4 -2 2 3 -2 3 0 -4 -3 -1 1 -1 1 9 2 1 1 1 4 3 2 1 13 28 2 7 3 1 1 4 2 2 8 0.28 1.95 63 K 1 0 -1 0 -2 2 3 -3 -1 -3 -2 3 -2 -3 -3 -1 -1 -5 -1 -3 13 5 3 5 1 7 18 2 2 2 4 19 1 1 1 4 4 0 2 2 0.27 1.93 64 G 4 -2 -1 -2 -5 0 0 3 -2 0 -1 -2 -2 -2 -5 -2 -2 1 -2 -1 29 2 3 2 0 4 5 20 1 4 6 2 1 2 0 2 2 2 1 5 0.31 1.95 65 L -4 -5 -2 -6 -1 -5 -5 -4 -1 2 6 -5 1 0 -6 -5 -3 -5 -2 0 0 0 2 0 1 0 0 2 2 10 63 0 2 3 0 0 2 0 1 4 0.99 1.92 66 E -1 1 4 0 -2 2 2 -1 0 -3 -4 3 -1 -5 -5 -2 -1 -6 -2 -3 4 6 19 5 1 8 14 4 2 1 2 17 1 0 0 2 4 0 1 2 0.40 1.94 67 K 0 3 0 1 -2 0 1 -3 1 -4 -4 3 -2 -3 -5 2 -2 -6 -3 -3 7 14 4 6 1 4 7 2 3 1 2 20 1 1 0 16 2 0 1 1 0.35 1.96 68 A 5 -2 3 -3 -1 -2 -2 -3 2 -2 -2 -1 -1 -2 -5 1 -2 -1 -2 -2 41 2 12 1 1 2 2 1 5 2 3 3 2 2 0 9 2 1 1 3 0.50 1.96 69 S 3 1 -1 -3 -1 -1 -1 -2 -1 -3 -3 3 -1 -5 -4 2 2 -5 -5 -2 20 7 3 1 1 3 3 2 2 2 3 19 1 0 0 14 11 0 0 2 0.35 1.91 70 P -1 -1 -2 -3 -3 -2 -3 5 -1 -4 -5 2 -5 -3 1 -1 -3 0 -2 -4 4 4 2 1 1 1 1 47 1 1 1 12 0 1 7 5 1 2 2 1 0.75 1.93 71 Y -2 0 -3 -3 -5 0 1 -4 1 -2 -1 -2 1 5 -3 -2 -1 2 4 -1 3 5 1 1 0 4 8 1 3 2 6 3 3 26 1 3 4 2 13 4 0.47 1.90 72 I -4 -6 -6 -6 -2 -6 -6 -7 -6 6 3 -6 1 2 -6 -5 -3 0 -1 1 1 0 0 0 1 0 0 0 0 44 28 0 3 7 0 0 1 1 2 8 1.09 1.95 73 R -3 8 -3 -5 -6 2 -3 -4 -1 -5 -5 1 -3 -3 -5 -3 -4 -6 -3 -5 2 70 1 0 0 8 1 1 2 1 1 7 1 1 0 1 0 0 1 1 1.57 1.94 74 S -2 2 0 -3 -3 -1 -3 0 4 -4 -4 2 1 -1 -5 3 1 -2 2 -4 3 12 4 1 1 3 1 7 11 1 1 12 3 3 0 19 7 0 7 1 0.40 1.94 75 L -1 0 -1 -1 -2 1 4 -4 2 -1 1 0 -1 -2 -4 -2 -2 -2 -1 -2 6 5 3 3 1 7 26 1 5 4 13 5 2 2 0 2 2 1 3 3 0.25 1.94 76 L -3 -6 -6 -6 -1 -5 -6 -6 -6 3 5 -6 1 -2 -6 -4 -3 -5 -2 3 2 0 0 0 1 0 0 0 0 14 57 0 2 1 0 1 1 0 1 16 1.07 1.91 77 G 3 -1 -1 -5 -2 -3 -4 5 -3 -4 -3 -2 -2 -1 -5 2 -2 -5 -3 -3 27 3 2 0 1 1 0 37 1 1 2 2 1 3 0 12 2 0 1 2 0.73 1.90 78 K -1 3 -1 -1 -3 3 -1 -3 2 -5 -4 5 -3 -5 -3 0 -2 -6 -4 -4 5 16 3 3 1 11 3 2 5 0 1 34 0 0 1 7 2 0 1 1 0.64 1.95 79 A 1 5 0 -3 -4 1 -1 -2 1 -4 -3 3 -2 -4 -4 -1 -1 -6 -2 -2 10 34 4 1 0 6 4 3 3 1 2 17 1 1 0 5 4 0 1 2 0.63 1.94 80 M -3 -5 -5 -6 -5 -2 -4 -5 -3 4 4 -5 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