Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 V -2 -4 -4 -4 -2 -4 -4 -5 -5 5 0 -4 0 -2 -4 -3 -1 -4 -2 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 37 0 0 0 0 0 0 0 0 0 63 0.85 0.41 2 R -3 6 -2 0 -5 2 -1 -4 -2 -5 -4 3 -3 -5 0 -2 -3 -5 -4 -4 0 64 0 6 0 8 0 0 0 0 0 18 0 0 5 0 0 0 0 0 1.13 0.69 3 K -3 0 -2 -3 -5 1 -1 -4 0 -4 -4 7 -3 -5 -3 -2 0 -5 -4 -2 0 0 0 0 0 5 0 0 2 0 0 87 0 0 0 0 4 0 0 2 1.36 0.87 4 S -2 -2 1 -2 -4 5 -1 -3 3 -5 -5 -2 -3 -5 0 5 -2 -5 -3 -4 0 0 5 0 0 34 0 0 8 0 0 0 0 0 4 50 0 0 0 0 1.02 1.00 5 I -4 -2 -5 -5 -4 -3 -5 -6 2 6 0 -3 1 2 -5 -4 -3 -3 3 2 0 3 0 0 0 1 0 0 6 52 7 2 3 8 0 0 0 0 10 9 0.86 1.00 6 G -2 -4 -2 -3 -4 -3 -3 6 -4 -5 -5 -3 0 -5 -4 4 -2 -5 -5 -5 0 0 0 0 0 0 0 60 0 0 0 0 3 0 0 37 0 0 0 0 1.29 1.00 7 R 0 6 0 -3 -5 -1 -2 -4 -3 -5 -5 4 -4 -5 -4 -1 -3 -5 -4 -4 9 54 5 0 0 0 0 0 0 0 0 28 0 0 0 5 0 0 0 0 1.16 1.00 8 I -2 -3 -4 -3 -5 -2 5 -5 1 4 -2 -3 3 -2 -4 -3 -1 -3 4 -2 3 0 0 0 0 0 40 0 3 29 0 0 8 0 0 0 3 0 15 0 0.80 1.00 9 V 2 0 -3 -1 -4 -1 -1 -2 0 2 0 -3 -2 -1 -4 0 2 -5 -3 2 16 6 0 3 0 2 5 3 3 14 8 0 0 2 0 7 16 0 0 15 0.24 1.00 10 T -2 -3 -2 -3 -3 -3 -3 -4 -4 -3 -4 -3 -3 -5 -3 1 7 -5 -4 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 94 0 0 0 1.65 1.03 11 M -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 -1 5 -5 1 5 -6 -5 -4 -3 -1 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 67 0 3 30 0 0 0 0 0 0 1.29 1.03 12 K -1 1 -1 1 -5 -2 2 -3 -3 -4 -3 4 -4 -5 4 -1 -1 -5 -1 -2 5 6 2 9 0 0 11 2 0 0 2 30 0 0 20 4 3 0 2 2 0.57 1.01 13 R -2 3 1 -2 -5 1 4 -4 2 -5 -5 2 -4 -4 -4 1 0 -5 1 -5 2 16 7 0 0 4 36 0 6 0 0 12 0 0 0 9 4 0 4 0 0.67 1.03 14 N -4 -3 5 7 -6 -2 -1 -3 -3 -6 -6 -3 -5 -2 -1 -1 -3 -6 -5 -5 0 0 34 60 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 2 0 0 0 0 1.50 1.03 15 S -1 -3 -2 -3 -3 -1 -3 -4 -4 -1 -3 -3 -3 -4 -3 3 6 -4 1 -1 3 0 0 0 0 2 0 0 0 4 0 0 0 0 0 21 61 0 5 4 1.00 1.03 16 R -2 5 2 0 -5 -2 -1 -4 -3 -1 -1 1 -3 -5 -4 0 2 -5 -4 -2 2 41 8 5 0 0 2 0 0 3 5 8 0 0 0 8 14 0 0 3 0.65 1.03 17 N -4 -3 3 7 -6 -1 2 -4 -3 -5 -6 0 -5 -6 -4 0 -1 -6 -5 -5 0 0 15 63 0 1 9 0 0 0 0 5 0 0 0 5 2 0 0 0 1.32 1.03 18 L -3 -1 -2 -2 -4 0 0 -5 -4 1 2 1 0 -1 2 -1 1 -4 2 1 0 2 2 2 0 3 5 0 0 9 22 9 2 2 12 4 8 0 7 11 0.25 1.01 19 E -1 -1 3 2 -5 2 4 -1 0 -2 -5 2 -4 -2 -4 0 -2 -5 -4 -2 4 2 12 9 0 9 30 6 2 2 0 13 0 2 0 5 2 0 0 3 0.49 1.01 20 E 0 -1 -4 -1 -4 -2 4 -5 -3 1 1 0 0 3 -4 -3 -3 1 0 1 7 3 0 2 0 0 30 0 0 8 11 7 3 14 0 0 0 2 3 9 0.40 1.01 21 I -3 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -6 -5 6 3 -2 1 -2 -5 -4 -2 -5 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 53 28 2 3 0 0 0 2 0 0 11 1.03 1.01 22 K -2 0 -4 -4 0 -3 0 -5 1 -1 4 0 4 1 -5 -1 -1 -4 1 -1 1 5 0 0 2 0 6 0 4 2 39 7 11 4 0 5 3 0 6 4 0.43 1.03 23 P 1 1 0 -1 -4 -2 0 2 0 -4 0 -2 -3 -5 4 2 -3 -5 -4 -2 11 7 4 2 0 1 7 14 2 0 9 1 0 0 22 16 0 0 0 2 0.42 1.03 24 Y -3 -4 0 -1 -4 0 1 -2 2 0 1 -2 -2 2 -5 -1 -1 -2 5 0 0 0 5 3 0 3 12 2 5 4 15 2 0 10 0 5 4 0 24 6 0.41 1.03 25 L -2 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -5 2 6 -5 2 0 -5 -4 -3 -4 -3 -1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 8 80 0 4 2 0 0 0 0 0 2 1.19 1.01 26 F -1 2 -1 3 0 -2 3 -4 -1 -4 0 2 -3 -2 -4 0 -3 -5 -1 -2 5 10 2 20 2 0 18 0 1 0 12 15 0 2 0 6 0 0 3 4 0.37 1.01 27 R -2 5 0 -1 -5 0 4 -4 -2 -5 -3 3 -4 -5 -4 -1 -2 -5 -2 -4 2 29 4 2 0 2 29 0 0 0 3 22 0 0 0 3 2 0 2 0 0.77 1.01 28 A 2 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -4 -4 1 4 -2 3 -1 -4 1 -3 -4 -3 -2 17 0 0 2 0 0 0 0 0 6 51 2 8 2 0 10 0 0 0 0 0.64 1.01 29 I 3 -4 -2 -5 5 -4 -4 -4 -4 3 0 -4 -1 -1 -4 1 1 -5 -1 2 23 0 2 0 13 0 0 0 0 18 9 0 1 2 0 9 8 0 2 12 0.49 1.03 30 E -1 0 0 5 -5 1 4 -1 0 -2 -2 0 -4 -5 -4 -1 -1 -6 -4 -3 4 5 3 34 0 4 25 3 2 2 4 5 0 0 0 2 4 0 0 2 0.62 1.03 31 E -1 1 0 3 -5 1 5 -4 -3 -5 -5 2 0 -5 -4 1 -3 -5 -4 -5 5 7 3 17 0 6 35 0 0 0 0 11 2 0 0 12 0 0 0 0 0.71 1.03 32 S 3 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -2 -5 2 0 -2 -2 -3 -4 -1 0 -5 -4 4 32 0 0 0 0 0 0 2 0 9 8 2 0 0 0 3 5 0 0 39 0.66 1.03 33 Y -1 -4 -1 -4 0 0 -2 -2 5 1 -2 -3 1 3 -4 0 -1 -2 5 -2 6 0 2 0 2 4 2 3 14 10 2 0 4 14 0 9 4 0 22 2 0.52 1.02 34 Y 0 0 3 1 -4 2 1 0 -3 -4 -2 1 -3 -2 -4 2 0 -4 0 -2 9 4 15 6 0 9 10 6 0 0 5 7 0 2 0 16 4 0 4 2 0.26 1.02 35 K -3 5 -1 -1 -5 0 -1 -4 -3 -2 -3 5 -3 -5 -4 -1 0 -5 -4 -3 0 28 2 2 0 3 2 0 0 2 3 47 0 0 0 4 5 0 0 1 0.91 1.03 36 L 2 1 -4 -5 -3 -2 -4 -4 -4 2 3 -2 2 -3 -4 -2 -2 -4 -1 2 22 8 0 0 0 2 0 0 0 13 30 2 5 0 0 1 2 0 2 14 0.48 1.03 37 D 0 2 3 3 -4 2 2 -3 0 -1 -4 -1 -1 -4 -3 -2 0 -5 -4 -2 8 11 17 15 0 10 16 0 2 4 1 2 1 0 0 0 7 0 0 2 0.43 0.96 38 K -1 0 2 -1 -5 -1 1 4 -1 -5 -5 4 -4 -5 0 0 -3 -5 -5 -5 4 4 9 3 0 2 9 31 2 0 0 26 0 0 4 7 0 0 0 0 0.62 1.03 39 R -2 4 -1 -1 -4 0 -2 0 1 0 0 2 -2 3 -4 -3 -3 -3 1 0 3 22 3 3 0 3 1 8 4 5 8 16 0 13 1 1 1 0 4 6 0.32 0.93 40 I -1 0 -1 -4 -4 0 -1 -3 -4 3 2 1 3 1 -4 -1 -1 -4 -1 -1 5 4 4 0 0 5 4 2 0 18 22 9 9 6 0 4 2 0 2 3 0.27 1.01 41 P 2 -4 -4 -4 5 -4 -4 2 -4 -2 -1 -4 -3 3 4 -2 -3 -4 1 1 19 0 0 0 11 0 0 14 0 2 6 0 0 15 18 2 0 0 4 9 0.54 1.01 42 K -3 5 -3 -3 -5 1 -2 0 -3 -5 -4 5 1 -5 -4 -2 -1 -5 -4 -4 0 37 0 0 0 5 0 6 0 0 0 42 5 0 0 2 3 0 0 0 1.06 1.03 43 A -2 -1 -2 -1 2 0 1 0 -4 -3 -4 -1 -3 -5 -4 3 5 -5 -4 -1 1 3 0 2 5 4 8 8 0 1 0 3 0 0 0 20 41 0 0 3 0.62 1.03 44 I -3 -5 -5 -6 1 -5 -5 -6 -6 5 -1 -3 0 -3 -5 -4 -3 -5 -4 5 0 0 0 0 3 0 0 0 0 40 1 2 1 0 0 0 0 0 0 52 1.19 1.03 45 H -1 -3 -2 -3 -4 -1 -3 3 -1 -3 -4 -1 -3 -4 -4 2 5 -4 1 0 4 0 0 0 0 2 0 20 1 0 0 2 0 0 0 13 47 0 5 6 0.75 1.03 46 V -1 -5 -5 -6 -3 -5 -5 -6 -5 5 2 -5 -1 -1 -5 -4 -1 -5 -3 4 5 0 0 0 0 0 0 0 0 32 22 0 0 2 0 0 3 0 0 36 0.90 1.03 47 V -3 -2 -3 -4 -4 1 -3 -5 2 3 -1 4 -2 -4 -4 -3 2 -5 -1 2 0 0 0 0 0 6 0 0 5 18 4 34 0 0 0 0 14 0 2 16 0.58 1.03 48 A 2 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -1 -5 2 2 -2 1 1 -4 -3 -1 -4 -1 3 20 0 0 0 0 0 0 6 0 13 23 3 2 5 0 0 4 0 2 23 0.45 1.03 49 V -3 4 -4 -4 -4 -3 -3 -5 -4 5 -2 3 -2 -4 -5 -4 -1 -5 -4 2 0 25 0 0 0 0 0 0 0 42 0 17 0 0 0 0 3 0 0 13 0.85 1.03 50 T -2 0 0 -2 -4 1 -3 -5 -3 -3 0 -3 5 4 -5 -3 3 -3 4 -3 2 4 5 2 0 8 0 0 0 0 9 0 17 16 0 0 21 0 15 0 0.59 1.03 51 E 1 -3 0 2 -4 -1 4 -3 2 -5 -5 -2 -4 -5 -3 4 0 -5 -4 -4 13 0 2 10 0 1 34 0 4 0 0 0 0 0 0 32 4 0 0 0 0.76 1.03 52 D -4 -2 5 7 -6 -2 -1 -2 -3 -6 -6 -2 -5 -5 -4 -2 -3 -6 -1 -5 0 2 26 66 0 0 0 2 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 2 0 1.51 1.03 53 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -4 -2 4 -5 -1 7 -6 -5 -4 -2 0 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 38 0 0 62 0 0 0 0 0 0 1.54 1.03 54 D -3 1 0 4 -5 1 1 -4 -3 -2 -5 3 -4 -5 -4 2 1 -6 -4 -2 0 7 3 26 0 7 8 0 0 2 0 19 0 0 0 16 11 0 0 2 0.58 1.03 55 I -3 -1 0 -3 -4 0 -2 -4 -4 3 -2 -3 2 -4 -4 1 5 -5 -4 -1 0 2 4 0 0 4 2 0 0 22 0 0 6 0 0 8 49 0 0 2 0.79 1.03 56 V -2 -2 -4 -5 -4 -1 -2 -5 5 3 0 1 0 0 -5 -2 -3 -4 3 3 2 2 0 0 0 2 2 0 15 19 9 8 2 2 0 3 0 0 12 22 0.52 1.03 57 S -2 -3 -2 -3 -3 -3 -3 -3 -4 -3 -4 -3 -3 -5 -3 4 6 -5 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 32 68 0 0 0 1.33 1.03 58 R -4 7 -3 -4 -6 -1 -2 -4 -3 -5 -5 4 -4 -5 -4 -3 -3 -5 -4 -5 0 69 0 0 0 0 0 0 0 0 0 31 0 0 0 0 0 0 0 0 1.62 1.03 59 G -1 -3 -1 -2 -4 3 0 1 -3 -5 -5 -2 -4 -5 -3 6 -1 -5 -4 -4 2 0 2 0 0 12 6 8 0 0 0 0 0 0 0 69 0 0 0 0 1.03 1.03 60 R 0 5 -3 -4 -5 -2 -2 -4 1 -3 -3 5 0 -1 -4 -1 -1 -4 2 -4 8 32 0 0 0 0 0 0 4 2 2 35 2 3 0 2 4 0 7 0 0.77 1.03 61 T -2 -3 -1 -2 -3 -3 -3 -4 0 -1 -3 -1 3 -4 -4 3 6 -5 -4 -2 0 0 3 2 0 0 0 0 2 3 0 4 10 0 0 24 50 0 0 2 0.86 1.03 62 F -3 -5 -5 -5 -4 -5 -5 -2 -5 3 4 -5 -1 4 -5 -1 -2 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 20 46 0 0 16 0 5 2 0 3 5 0.75 1.03 63 P -2 1 4 -1 -5 -1 0 -1 0 -5 -3 2 -4 -5 3 1 2 -5 -4 -4 2 9 19 2 0 2 6 5 2 0 2 14 0 0 15 9 12 0 0 0 0.47 1.03 64 H -2 1 1 1 -5 -2 -3 -4 7 -2 -2 -3 -3 2 -4 0 -1 -3 3 -2 2 7 7 8 0 0 0 0 33 3 4 0 0 8 0 8 4 0 11 3 0.72 1.02 65 G 2 -4 -3 -4 -4 -1 -3 2 1 -4 -4 -3 -4 -1 6 -1 1 2 1 -4 17 0 0 0 0 2 0 16 4 0 0 0 0 2 36 3 8 3 6 0 0.83 1.00 66 I 1 -4 -4 -5 0 -4 -4 -3 -5 4 0 -4 1 -3 -4 -3 3 -5 -4 3 10 0 0 0 2 0 0 2 0 28 7 0 4 0 0 0 23 0 0 24 0.67 1.03 67 S -1 -1 3 2 0 -2 -2 -2 -3 -4 -3 0 -4 -4 -4 5 0 -5 0 -3 4 2 15 10 2 0 0 2 0 0 2 5 0 0 0 48 4 0 4 2 0.67 1.03 68 K -2 3 0 3 -5 -1 0 -4 -3 -1 -1 3 -3 -1 -4 1 0 -5 -1 -4 2 19 4 18 0 1 5 0 0 3 8 21 0 3 0 9 4 0 2 0 0.43 1.03 69 E -3 -2 0 3 -5 2 5 -2 2 -3 -2 -1 -3 -4 -3 -2 -1 -5 -4 -1 0 0 4 16 0 9 47 2 4 2 4 2 0 0 0 0 3 0 0 5 0.76 0.97 70 T -2 0 -1 1 -4 0 4 -4 0 2 -3 0 -3 -1 -3 1 1 -4 -2 0 2 4 1 9 0 2 29 0 3 14 1 4 0 3 0 10 9 0 2 6 0.36 0.97 71 A 2 -4 -4 -2 -3 -3 -1 -4 -4 4 3 -3 -1 -1 -4 -2 -1 -4 -3 2 19 0 0 3 0 0 5 1 0 24 29 0 0 2 0 2 2 0 0 11 0.47 0.95 72 Y -2 0 -2 -5 -4 -2 -4 -5 2 1 2 2 -2 2 -5 -2 -3 -2 6 -1 4 4 1 0 0 2 0 0 6 8 20 13 0 9 0 2 0 0 29 2 0.61 1.03 73 S -1 3 1 1 -5 1 3 -3 0 -5 -4 2 -1 -2 -4 1 -2 -5 -4 -3 3 17 7 9 0 5 23 1 2 0 1 15 2 2 0 9 1 0 0 1 0.48 1.03 74 E 0 -2 0 -2 -4 -3 1 -4 -4 3 -2 1 -2 -4 -4 -2 3 -5 -4 3 7 2 5 2 0 0 12 0 0 17 2 8 0 0 0 0 24 0 0 21 0.45 1.03 75 S 4 -4 -1 -4 -3 -3 -3 -2 -4 0 -1 -3 0 -4 -4 3 0 -5 -4 1 46 0 2 0 0 0 0 2 0 6 6 0 2 0 0 20 4 0 0 12 0.61 1.03 76 V -3 4 -3 -1 -5 -1 1 -2 -3 1 -1 2 3 -2 -4 -2 0 -4 1 1 0 24 0 4 0 1 10 3 0 7 5 11 8 1 0 2 6 0 6 12 0.35 1.03 77 K -3 -1 0 2 -5 4 4 -1 -3 -2 -5 3 -4 -5 -4 1 -1 -5 -1 -4 0 2 3 11 0 17 27 4 0 4 0 18 0 0 0 9 2 0 2 0 0.61 1.03 78 L -2 -4 -2 -6 -4 -4 -5 -6 -5 1 6 -5 2 -2 -5 -4 -2 -4 -3 1 3 0 2 0 0 0 0 0 0 7 76 0 3 0 0 0 2 0 0 6 1.09 1.03 79 L -3 -4 -5 -6 -4 -4 -5 -6 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