Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -2 -3 -3 -4 -3 -1 -3 -4 -3 0 1 -3 9 -1 -4 -3 -2 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 1.17 0.35 2 V -1 -1 -4 -4 -3 -3 -3 -4 -4 0 -1 -3 -1 -1 -4 -2 1 10 0 4 3 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 38 0 41 1.01 0.35 3 D -2 -2 0 6 -5 0 4 -3 -2 -3 -3 -1 3 -4 -3 -1 -2 -5 -4 -3 0 0 0 47 0 0 40 0 0 0 0 0 13 0 0 0 0 0 0 0 0.86 0.35 4 P -2 -2 -2 -2 -4 2 -1 -3 -3 -4 -4 1 -3 -5 8 0 -2 -5 -4 -4 0 0 0 0 0 11 0 0 0 0 0 13 0 0 69 8 0 0 0 0 1.50 0.35 5 V 0 -2 -2 -2 -3 3 3 -3 -2 0 0 -1 -1 -3 -3 -2 -1 -4 -3 4 10 0 0 0 0 21 24 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 39 0.39 0.36 6 G -1 -3 -1 3 -4 -1 4 5 -2 -5 -5 -2 -4 -5 -3 -1 -2 -4 -4 -4 0 0 0 18 0 0 32 50 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.84 0.36 7 F -3 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -4 -2 -1 -1 -4 -1 8 -5 -3 -1 0 2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 95 0 0 5 0 0 0 1.35 0.36 8 A 2 -2 -3 -2 -3 -1 4 -1 -3 0 1 -2 0 -3 -3 -1 -2 -4 -3 2 18 0 0 0 0 0 35 5 0 3 12 0 3 0 0 0 0 0 0 24 0.31 0.36 9 E 1 4 -2 -1 -4 0 5 -3 -1 -4 -4 2 -3 -4 -3 -1 -2 -4 -3 -3 14 30 0 0 0 0 48 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0.69 0.36 10 A 4 -2 -1 -2 -3 -1 1 -2 7 -4 -3 -2 -2 -3 -2 0 -2 -4 -1 -3 45 0 0 0 0 0 12 0 38 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0.70 0.36 11 W -2 -4 -5 -6 -4 -3 -4 -4 -4 -4 -3 -4 -3 0 -5 -4 -4 13 1 -4 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 95 0 0 2.91 0.36 12 K 1 5 -1 -2 -4 4 0 -3 -1 -4 -3 4 -2 -4 -3 -1 -2 -4 -3 -3 12 44 0 0 0 21 0 0 0 0 0 24 0 0 0 0 0 0 0 0 0.73 0.36 13 A 5 -2 1 -2 -2 -1 -2 -1 -2 -3 -3 2 -2 -4 -2 0 -1 -4 -3 -2 78 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 14 0 0 0 0 0 0 0 0 0.66 0.36 14 Q -2 0 -1 0 -5 6 5 -3 -1 -4 -4 2 -2 -5 -2 -1 -2 -4 -3 -4 0 0 0 0 0 50 38 0 0 0 0 12 0 0 0 0 0 0 0 0 0.91 0.36 15 F -4 -4 -4 -5 -4 -5 -5 -5 -2 -1 -1 -5 -1 8 -5 -4 -3 0 2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 1.47 0.36 16 P -1 -3 -3 -3 -4 -2 -2 -3 -3 -4 -4 -2 -4 -5 9 -1 -2 -5 -4 -4 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 94 3 0 0 0 0 2.23 0.36 17 D -2 -3 -1 5 -5 -1 3 4 -2 -5 -5 -2 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 0 0 0 36 0 0 24 40 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.83 0.36 18 S 0 -2 -1 -1 -3 0 4 1 -2 -4 -4 -1 -3 -4 -2 4 0 -4 -3 -3 6 0 0 0 0 0 40 10 0 0 0 0 0 0 0 42 2 0 0 0 0.59 0.36 19 E -2 -1 0 3 -5 2 6 -3 -1 -5 -4 0 -3 -5 1 -1 -2 -4 -4 -4 0 0 2 17 0 5 67 0 0 0 0 4 0 0 5 0 0 0 0 0 0.90 0.36 20 P 1 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -4 -1 -3 -2 -2 -4 7 -2 -2 -5 -4 2 16 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 62 0 0 0 0 22 1.29 0.36 21 P -2 -3 -3 -3 -4 -2 -2 -3 -3 -4 -4 -2 -4 -5 9 -2 -2 -5 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 2.44 0.36 22 R 0 3 2 -2 0 1 0 -3 -2 -1 -2 3 -2 -3 -3 0 0 -4 0 2 5 16 14 0 2 5 3 0 0 0 0 20 0 0 0 4 3 0 4 23 0.25 0.36 23 M -2 -1 -4 -4 -3 -2 -3 -4 -3 0 1 -3 9 -1 -4 -3 -2 -3 -2 2 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 84 0 0 0 0 0 0 12 0.98 0.36 24 E 1 2 0 2 -4 2 4 -3 1 -4 -4 1 -3 -4 -2 0 -2 -4 -3 -3 15 11 3 11 0 11 39 0 4 0 0 5 0 0 0 3 0 0 0 0 0.52 0.36 25 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 1 5 -4 1 3 -4 -4 -2 -2 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 88 0 0 12 0 0 0 0 0 0 0.85 0.36 26 R -2 4 3 3 -4 0 1 0 1 -4 -4 3 -3 -4 -3 0 -2 -5 -3 -4 0 24 16 18 0 0 10 7 3 0 0 18 0 0 0 5 0 0 0 0 0.50 0.36 27 S 0 -2 2 -1 -2 -1 -1 -1 -2 -4 -4 -1 -3 -4 -2 6 1 -4 -3 -3 0 0 12 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 86 3 0 0 0 0.82 0.36 28 V -2 -3 -3 -3 -2 -3 -3 -3 -3 1 0 -3 1 -2 -3 -3 -1 -3 -2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 4 0 0 0 0 0 0 50 0.11 0.36 29 G -2 -3 -2 -2 -3 -2 1 4 -3 -2 1 -2 -2 -3 1 -2 -2 -3 -3 -3 0 0 0 0 0 0 12 36 0 0 18 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0.21 0.38 30 D 0 -3 0 6 -4 -2 0 -1 1 -4 -4 -2 -3 -4 -3 -1 -2 -4 -3 -3 7 0 0 58 0 0 0 3 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.54 0.38 31 I -2 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -4 -3 5 0 -3 5 -1 -3 -3 -2 -3 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 48 0 0 26 0 0 0 0 0 0 0 0.38 0.38 32 E -2 -1 -2 0 -4 2 6 -1 -1 -4 -4 -1 -3 -4 -2 -1 -2 -3 -3 -3 0 0 0 0 0 7 61 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.51 0.38 33 Q -2 3 -2 -2 -3 4 1 -3 -2 -3 -1 0 -2 -3 -3 -1 1 -3 -3 -2 0 18 0 0 0 29 7 0 0 0 7 0 0 0 0 0 12 0 0 0 0.20 0.38 34 E -2 -1 -1 0 -4 0 5 -3 -1 -4 -3 -1 -3 -4 -2 1 -2 -3 -3 -3 0 0 0 0 0 0 60 0 0 0 0 0 0 0 0 13 0 0 0 0 0.46 0.37 35 L -2 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -4 -3 0 5 -3 1 -1 -3 -3 -2 -3 -2 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 72 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.42 0.37 36 E -2 -2 -1 2 -4 0 5 -3 -2 -3 -3 -1 -3 -4 -2 -1 1 -4 -3 -3 0 0 0 9 0 0 51 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 0 0 0 0.38 0.37 37 R -2 5 2 -2 -4 0 -1 -3 -2 -3 -3 3 0 -3 -3 -2 -2 -3 -3 -3 0 34 13 0 0 0 0 0 0 0 0 22 4 0 0 0 0 0 0 0 0.31 0.37 38 A 0 -3 -3 -3 9 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 2 -1 -3 -3 -2 5 0 0 0 52 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 18 0 0 0 0 0.81 0.41 39 K -2 2 -2 -2 -4 2 -1 -3 -2 -4 -3 5 -2 -4 -2 -2 -2 -4 -3 -3 0 10 0 0 0 9 0 0 0 0 0 54 0 0 0 0 0 0 0 0 0.45 0.41 40 A 1 -3 0 -3 2 -2 -1 0 -3 -1 2 -2 -1 -2 -3 0 1 -3 -3 -1 17 0 4 0 5 0 4 5 0 0 27 0 0 0 0 4 9 0 0 0 -0.00 0.41 41 S -1 -1 3 -1 -3 -1 -1 -2 -2 -3 0 1 -2 -3 -2 3 -1 -3 -3 -2 0 0 16 0 0 0 0 0 0 0 9 12 0 0 0 34 0 0 0 0 0.13 0.39 42 I -2 -3 -4 -4 -3 0 -3 -4 -3 5 2 -3 0 -1 -3 -3 -2 -3 -2 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 45 24 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.29 0.41 43 R -2 5 -2 -2 -4 0 -1 -3 -2 -4 -3 4 -3 -4 -3 -2 -2 -4 -3 -3 0 38 0 0 0 0 0 0 0 0 0 36 0 0 0 0 0 0 0 0 0.51 0.41 44 R -3 5 -2 1 -4 -1 -2 -3 3 -4 -3 1 -3 -2 -3 -2 -3 6 1 -3 0 35 0 9 0 0 0 0 7 0 0 5 0 0 0 0 0 11 6 0 0.37 0.41 45 L -3 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -4 0 5 -3 1 -1 -4 -3 -2 -3 -2 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 74 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.48 0.41 46 E -2 -1 -2 0 -4 4 5 -3 -1 -4 -3 0 -2 -4 -2 -1 -2 -3 -3 -3 0 0 0 0 0 27 47 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.53 0.41 47 Q -2 -1 -1 -1 -3 4 1 -2 -1 -2 -1 1 2 -3 -2 -1 -2 -3 -2 -2 0 0 0 0 0 32 10 0 0 0 3 5 7 0 0 0 0 0 0 0 0.05 0.29 48 E -2 -1 -2 -1 -3 -1 3 -3 -2 -1 -2 1 -2 -3 -2 -2 -2 -3 -2 2 0 0 0 0 0 0 27 0 0 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 21 -0.03 0.29 49 V -2 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -5 -4 1 4 -4 1 -1 -4 -3 -2 -3 -2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 56 0 0 0 0 0 0 0 0 44 0.63 0.29 50 N 3 -2 5 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -3 -4 -1 -3 -4 -2 2 -1 -4 -3 -2 38 0 46 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 16 0 0 0 0 0.61 0.29 51 Q -2 2 -1 0 -5 3 5 -3 -1 -4 -3 3 -1 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 0 12 0 0 0 15 45 0 0 0 0 26 2 0 0 0 0 0 0 0 0.68 0.29 52 E -2 -1 -1 1 -5 1 7 -3 -1 -4 -4 0 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -4 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.16 0.29 53 R -2 5 -1 -2 -4 0 0 -3 -1 -4 -3 5 -2 -4 -3 -1 -2 -4 -3 -4 0 46 0 0 0 0 0 0 0 0 0 54 0 0 0 0 0 0 0 0 0.90 0.29 54 F -3 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -4 -2 -1 0 -4 -1 8 -5 -4 -3 0 3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 1.34 0.29 55 R -2 5 -1 -2 -4 0 0 -3 3 -4 -4 5 -2 -4 -3 -1 -2 -4 -2 -4 0 46 0 0 0 0 0 0 10 0 0 45 0 0 0 0 0 0 0 0 0.82 0.29 56 M 0 -3 -4 -4 -2 -2 -3 -4 -3 2 2 -3 6 -1 -4 -3 -1 -3 -2 4 5 0 0 0 0 0 0 0 0 4 10 0 42 0 0 0 0 0 0 40 0.58 0.29 57 I -2 -4 -4 -4 -2 -4 -4 -5 -4 6 1 -4 0 1 -4 -2 -2 3 -1 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 71 0 0 0 7 0 4 0 5 0 14 0.65 0.29 58 Y -3 -3 -3 -4 -4 -2 -3 -4 1 -2 -2 -3 -2 3 -4 -3 -3 2 9 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 1.48 0.29 59 L -2 -3 -5 -5 -2 -3 -4 -5 -4 1 5 -4 2 0 -4 -4 -2 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 96 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0.84 0.29 60 Q -2 0 -1 -1 -4 7 2 -3 0 -4 -3 1 -1 -4 -2 -1 -2 -3 -3 -3 0 0 0 0 0 93 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.10 0.29 61 T 3 -2 -1 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -2 1 6 -4 -3 -1 28 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 72 0 0 0 0.69 0.29 62 L 3 -3 -3 -4 4 -3 -3 -3 -3 0 3 -3 0 -2 -3 -1 1 -3 -3 -1 32 0 0 0 10 0 0 0 0 0 46 0 0 0 0 0 13 0 0 0 0.39 0.29 63 L -2 -3 -5 -5 -2 -3 -4 -5 -4 2 5 -4 2 0 -4 -4 -2 -3 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 87 0 3 0 0 0 0 0 0 4 0.77 0.29 64 A 5 -2 -2 -2 -2 -1 1 -1 -2 -3 -3 -1 -2 -4 -2 0 -1 -4 -3 -1 86 0 0 0 0 0 14 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.68 0.29 65 K 0 3 -1 -2 -4 1 -1 2 -2 -4 -4 5 -2 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 10 14 0 0 0 3 0 15 0 0 0 58 0 0 0 0 0 0 0 0 0.59 0.29 66 E -2 1 -1 0 -5 2 6 -3 -1 -4 -4 2 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -4 0 5 0 0 0 8 73 0 0 0 0 14 0 0 0 0 0 0 0 0 0.85 0.26 67 K -2 5 -1 -2 -4 2 0 -3 -1 -4 -3 5 -2 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 0 43 0 0 0 5 0 0 0 0 0 52 0 0 0 0 0 0 0 0 0.83 0.26 K Lambda Standard Ungapped 0.1324 0.3171 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1759 0.3180 PSI Gapped 0.0538 0.2670