Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 S 1 -4 3 -3 -4 -3 -3 -4 -4 -5 -5 -3 -5 -6 -4 6 3 -6 -5 -4 11 0 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 57 16 0 0 0 1.21 1.67 2 I 0 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -3 -6 5 2 -5 0 2 -5 -4 -1 -5 -4 3 7 0 0 1 0 0 1 2 0 35 19 0 2 9 0 0 3 0 0 20 0.84 1.85 3 P -3 -2 -3 -2 -6 -4 -4 -5 -4 -5 -6 -4 -6 -6 8 -3 -3 -7 -6 -5 1 3 1 2 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 88 1 2 0 0 0 2.62 2.00 4 S 0 -2 -3 -2 -5 -3 -3 -3 0 -3 -3 -2 5 0 1 5 1 -3 -3 -1 8 2 1 2 0 0 1 2 2 1 2 2 13 4 6 41 7 0 1 5 0.67 2.08 5 K -1 1 -1 -1 -5 2 2 -2 1 -3 -3 4 -3 -4 0 0 0 -5 -3 0 5 6 2 3 0 10 12 3 3 1 2 28 1 1 4 6 6 0 1 6 0.44 1.96 6 F -4 -4 0 -5 -5 -4 -4 -4 0 -3 -3 -5 1 5 -2 -3 -3 2 8 -3 1 1 5 1 0 1 1 1 1 1 2 0 3 21 2 1 1 3 52 2 1.55 2.14 7 A 3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 0 -3 2 2 -4 -1 0 -4 2 -2 2 -2 -1 23 1 1 2 0 1 1 8 1 10 23 1 2 4 0 13 2 2 1 4 0.38 2.14 8 E 3 -2 -2 -1 -3 1 2 -3 1 -3 -2 -3 -3 -4 2 -1 2 -4 -4 1 26 2 1 3 0 6 12 2 4 1 3 1 0 0 8 4 13 0 0 10 0.38 2.14 9 D 1 1 -2 5 -5 3 0 0 -2 -5 -5 -3 -4 -4 -2 1 -2 -6 0 -4 13 8 2 29 0 13 5 8 1 1 1 1 0 1 2 10 2 0 3 1 0.60 2.14 10 F -4 -6 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -4 2 -1 -6 -3 7 -5 -5 -3 7 1 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 11 5 0 0 46 0 0 1 16 3 15 1.54 2.20 11 S 1 -4 -2 -3 -4 -3 -3 -3 -1 -5 -5 -3 -5 -4 -3 7 -2 -3 -4 -4 9 0 2 1 0 1 1 1 2 0 1 1 0 1 1 78 1 0 0 1 1.52 2.20 12 P -3 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -4 0 -4 -2 -4 -2 -5 8 2 -3 -4 -4 -4 1 1 1 1 0 0 0 1 2 1 5 1 1 0 68 14 1 0 0 1 1.85 2.18 13 L 1 -1 -1 0 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 0 -1 0 4 0 0 -1 0 -1 10 4 3 6 1 3 4 5 2 3 7 6 1 5 19 6 7 1 3 5 0.18 1.13 14 D -3 -3 2 7 -4 -2 -1 -3 -2 -6 -6 -3 -6 -5 -4 -1 -3 -5 -5 -5 2 1 9 73 0 1 2 1 1 0 1 1 0 1 1 5 1 0 0 1 1.75 2.13 15 G -2 -4 -2 -3 -5 -3 -4 7 -4 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -2 -4 -5 -5 -5 2 1 1 1 0 1 1 85 0 0 0 1 0 0 0 3 1 0 0 1 1.93 2.19 16 D -2 2 1 1 -4 2 1 -3 1 -5 -5 4 -3 -5 -4 2 1 -4 -4 -5 3 10 7 7 0 8 8 2 3 0 1 27 0 0 0 15 7 0 0 1 0.58 2.20 17 L -1 4 -1 -3 -4 1 -1 -3 1 -1 0 2 0 -2 -5 0 1 4 1 -3 4 23 2 1 0 6 3 2 3 3 10 13 2 2 0 6 8 5 4 2 0.40 2.20 18 I -1 -4 -6 -6 -4 -5 -5 -5 -4 5 4 -5 0 -1 -5 -4 -3 -4 -2 3 4 1 0 0 0 0 0 1 0 31 32 0 2 2 0 1 1 0 1 21 0.97 2.20 19 A 5 -4 -5 -5 -2 -4 -4 -2 -4 0 0 -4 -3 -3 -4 -1 -2 -4 -2 3 53 1 0 0 1 0 1 2 0 4 7 0 0 1 0 5 2 0 1 21 0.94 2.19 20 F -2 -5 -4 -5 -2 -4 -5 -4 -3 1 0 -5 -1 6 -5 1 1 3 4 1 3 0 0 1 1 0 1 1 0 7 8 1 1 31 0 12 7 4 13 8 0.77 2.13 21 V 1 -3 -1 -1 0 -2 -2 0 -4 0 -2 -3 -2 -3 -4 2 3 -4 -3 2 13 1 3 4 2 1 3 8 0 5 3 1 1 1 1 16 18 0 1 17 0.35 2.14 22 S 2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -1 -1 -2 -2 -2 -2 -3 0 5 1 -3 -2 0 16 2 1 2 1 1 2 5 2 2 5 2 1 1 4 39 8 0 1 6 0.51 2.15 23 R -2 6 1 2 -3 0 0 -1 1 -4 -2 0 -2 -3 -4 -1 -2 -2 -1 -4 3 38 5 12 1 4 5 4 3 1 4 5 1 1 1 5 3 1 2 1 0.64 2.11 24 G -1 -2 0 2 -4 -2 -3 5 -2 -4 -5 -2 -4 -4 -1 1 -2 -4 -2 -4 3 2 4 12 0 1 2 50 1 1 1 3 0 1 3 10 2 0 1 1 0.87 2.07 25 Q -1 2 0 2 -4 3 2 -2 2 -4 -4 3 -3 -4 -3 -1 0 -3 -3 -3 5 12 5 12 0 15 11 3 5 1 2 15 1 1 1 5 5 0 1 1 0.45 2.10 26 A 1 -3 -3 -1 -2 -3 -4 -3 -3 4 2 -3 -1 -3 -1 -2 0 -3 -2 3 11 1 1 3 1 1 1 3 1 19 22 1 1 1 3 2 5 0 1 20 0.46 2.05 27 F -1 0 -3 -4 -2 -2 -3 -4 0 1 0 -2 -1 5 -4 -3 -2 6 5 -1 6 4 1 1 1 2 1 2 2 8 9 3 1 22 1 2 2 10 18 4 0.71 2.07 28 I -1 -2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 3 2 -2 -1 -2 -4 0 2 0 -2 3 4 3 1 1 0 2 2 1 1 15 20 2 1 2 1 7 13 1 1 21 0.42 2.16 29 Q 1 -2 -3 -3 -3 -2 -3 -3 -1 1 0 -3 4 0 -2 1 1 6 0 1 10 2 1 1 1 2 1 2 1 7 9 2 11 4 2 10 9 11 3 11 0.40 2.17 30 D -1 1 2 5 -4 -2 -1 1 1 -5 -4 -1 -4 -5 3 0 -2 -1 -4 -5 4 6 10 32 0 1 3 10 3 0 1 3 0 0 13 7 3 1 0 1 0.64 2.18 31 V 2 0 -1 -3 -2 -2 -2 -2 0 2 1 -2 -2 -2 0 0 0 2 -2 2 14 5 3 1 1 2 2 3 3 11 14 2 1 2 5 8 7 3 1 14 0.19 2.17 32 S 0 -1 0 4 -4 0 2 -2 -2 -4 -4 1 -4 -2 -1 1 -1 6 -1 -4 6 3 4 23 0 3 11 4 1 1 2 8 0 2 3 11 4 11 2 1 0.52 2.17 33 G -2 -2 0 2 -4 -2 0 5 -1 -4 -5 -1 -3 -5 -3 1 1 -3 -2 -4 3 2 4 11 0 1 6 41 1 1 1 3 1 0 1 10 9 0 1 1 0.69 2.18 34 T 0 -1 0 -2 -4 -1 -1 5 -1 -3 -4 1 -3 -4 -3 1 1 -4 -4 -1 8 3 5 2 0 2 4 36 2 2 1 8 1 1 2 10 8 0 0 4 0.51 2.17 35 Y 0 4 0 -2 -4 0 1 -3 0 -3 -3 1 -3 -1 2 0 0 0 1 -1 9 19 4 3 0 4 7 2 2 2 3 7 1 3 12 6 5 1 4 4 0.27 2.16 36 V 1 0 -2 -3 -2 2 -1 -3 -2 1 1 -2 -1 -2 1 -2 1 -4 -4 3 12 4 2 1 1 8 5 2 1 7 12 2 2 1 6 3 8 0 0 21 0.24 2.17 37 L -2 3 -3 -4 -4 1 -2 -2 0 1 2 0 0 -1 -4 -2 0 3 -1 2 4 15 1 1 0 7 3 3 2 7 18 6 2 2 1 3 6 4 2 13 0.28 2.17 38 K -1 3 1 -1 -4 4 0 -2 1 -3 -2 0 -2 -2 0 0 1 2 -1 -3 6 13 6 3 0 20 6 2 3 1 4 6 1 2 4 7 8 2 2 2 0.34 2.16 39 V 0 -2 -3 -2 -3 -3 -3 -3 2 3 3 -3 0 0 -4 -2 -1 -2 -1 3 7 2 1 2 1 1 2 3 5 16 28 2 2 4 1 3 4 1 2 16 0.42 2.16 40 P 0 -1 -1 -2 -3 -1 -2 3 -3 -3 -2 -1 -1 -3 2 0 4 -3 -3 -3 9 3 3 2 1 3 3 20 1 1 5 4 1 1 11 8 22 0 1 1 0.38 2.17 41 E -2 -1 1 3 -3 1 2 -1 5 -4 -4 0 -3 -3 -2 1 0 -4 -1 -3 4 4 6 16 0 5 13 4 13 1 2 5 1 1 3 12 7 0 2 2 0.43 2.17 42 P -1 -1 -1 0 -4 -1 -1 4 1 -4 -4 0 -2 -3 3 1 1 -3 -4 -4 5 3 3 6 0 2 3 27 3 1 1 6 1 1 15 8 9 0 1 1 0.44 2.17 43 L 1 -2 -1 2 -3 0 1 1 1 -2 -1 -1 -1 0 -1 1 -2 0 0 0 10 2 3 10 1 5 8 10 4 2 8 4 1 4 4 11 2 1 3 8 0.09 2.15 44 R -1 4 1 0 -3 0 -1 2 1 -3 -3 0 -2 -2 -1 -1 -2 5 -1 -3 6 21 6 5 0 3 3 17 4 1 3 4 1 1 3 5 3 8 2 2 0.41 2.14 45 I 0 -4 0 0 -2 -3 0 -3 -1 4 -2 -3 -2 -1 -2 -2 -1 -1 2 4 7 1 4 5 1 1 6 2 1 19 3 1 1 2 2 3 3 1 7 30 0.47 2.16 46 R -1 5 0 -2 -3 0 -1 -2 -1 -2 -2 0 -1 -1 -2 1 0 4 0 -1 6 27 5 2 1 4 4 4 1 3 5 5 2 2 2 10 5 5 3 4 0.35 2.14 47 Y 0 -2 1 0 2 -1 0 -1 1 -2 0 -3 -2 1 -3 2 0 1 3 -2 8 2 6 5 5 2 7 4 4 2 9 1 1 5 1 18 6 2 10 3 0.21 2.16 48 V 1 -4 -3 -4 -1 -3 -4 -3 -3 1 0 -4 -1 -1 5 -2 -1 0 -2 3 13 1 1 1 1 1 1 2 1 8 10 1 2 2 24 2 3 1 1 23 0.60 2.18 49 R 3 2 -1 -1 0 1 -1 -3 -2 -1 -2 0 -2 -3 -4 2 1 -3 -3 1 21 12 2 4 2 7 3 2 1 3 3 4 1 1 1 13 8 0 1 11 0.28 2.18 50 R -1 -2 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -3 0 -1 -4 -1 6 -3 -3 -1 8 1 0 5 3 1 1 1 1 1 1 1 6 5 1 2 34 2 2 3 23 4 5 1.20 2.18 51 G -1 -3 -1 -1 -2 -3 -3 0 -1 -2 -1 -3 -2 -2 -4 6 0 -3 -3 -3 4 1 3 3 1 1 1 6 2 2 8 1 1 2 1 57 4 0 1 1 0.84 2.19 52 G 0 -2 0 -1 -3 -2 -3 0 0 -5 -5 -1 -4 -4 7 1 -2 -2 -3 -4 6 2 4 3 0 2 2 9 2 1 1 3 0 1 51 9 2 1 1 1 1.17 2.20 53 D -3 -3 2 7 -4 -1 0 -2 -1 -5 -5 -2 -4 -5 -2 -2 -2 -4 -4 -5 1 1 8 65 0 2 4 3 1 1 1 3 1 0 2 3 2 0 1 1 1.43 2.20 54 T -2 -3 1 -1 -2 -2 -2 6 -1 -4 -5 -2 -3 -4 -2 0 0 -3 -4 -4 2 2 5 4 1 2 3 58 1 1 1 2 1 1 2 8 6 0 1 1 1.05 2.19 55 K -1 4 0 -1 -3 2 0 -1 -1 -3 -3 4 -2 -4 -3 0 0 -2 -3 -3 4 20 5 3 1 9 7 5 2 1 2 25 1 1 1 6 5 1 1 1 0.51 2.15 56 V -2 2 -1 -3 -3 1 -3 -3 1 2 0 0 0 0 -4 -1 2 4 2 1 3 10 3 1 1 6 2 2 3 13 9 6 2 4 1 5 11 5 6 8 0.24 2.12 57 A 2 -2 -4 -4 -2 -3 -3 -3 -2 4 3 -3 0 -2 -3 -3 -3 -2 -3 3 15 3 1 1 1 1 1 2 1 19 28 1 2 2 1 2 1 1 1 17 0.55 2.13 58 F 4 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -3 0 1 -4 -2 1 -4 -2 -1 0 4 2 29 1 1 1 1 1 1 1 1 6 12 1 1 6 1 2 3 1 15 17 0.57 2.16 59 I 0 -3 -3 -4 -1 -3 -3 -3 -2 1 -1 -3 -1 3 -4 2 0 3 4 2 7 1 1 1 1 1 1 2 1 8 6 1 2 12 1 15 6 4 12 17 0.42 2.11 60 H 2 -1 -1 -1 2 -2 -2 0 0 0 -1 -3 -1 -2 -3 2 2 1 -1 0 16 3 3 4 4 2 2 8 2 5 6 1 1 2 1 15 11 2 2 7 0.19 2.11 61 G 0 -1 -1 0 -1 0 -2 2 -2 -3 -3 -2 -1 -2 -2 4 0 0 -1 -2 8 4 3 5 1 3 3 14 1 1 3 3 1 2 2 35 4 1 2 3 0.42 2.14 62 T 0 -1 0 4 -1 -1 1 0 -1 -2 -3 -1 -1 -2 -2 2 1 -1 -1 -2 7 3 5 23 1 3 8 8 2 2 3 3 2 2 2 13 8 1 2 3 0.29 2.12 63 R 0 3 0 4 -2 0 0 1 0 -3 -3 1 -1 -3 -1 0 -2 -1 -1 -2 7 14 4 19 1 3 7 11 2 2 2 8 2 1 3 5 3 1 2 4 0.28 2.12 64 E -1 0 2 3 -1 0 1 2 0 -3 -3 0 -1 -2 -1 1 1 2 -1 -3 4 4 8 14 2 4 8 13 2 2 2 5 2 2 3 9 8 3 2 2 0.21 2.08 65 G -1 0 0 0 0 0 -1 4 1 -2 -2 -1 -1 -1 -1 0 0 1 0 -2 5 5 5 6 2 3 5 28 3 3 3 4 2 3 3 6 7 2 3 3 0.25 2.01 66 D -1 0 1 2 1 1 1 -1 1 -1 -2 1 0 -1 0 0 0 2 0 -1 5 5 7 10 3 5 9 4 3 4 4 8 3 3 5 6 5 3 3 4 0.10 2.07 67 F -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 68 L -2 -3 -2 -4 -3 0 -3 -5 -4 4 3 -2 -1 0 -3 -3 -2 2 -2 2 3 2 2 1 0 4 2 1 0 26 29 2 1 3 1 2 2 3 1 14 0.60 2.16 69 G -2 2 -2 -2 -1 -1 0 -2 0 0 -1 1 -1 0 -4 -2 -1 7 3 0 4 13 2 2 2 3 6 4 3 6 5 8 2 4 1 4 4 13 9 8 0.38 2.16 70 I -3 -1 -3 -2 -3 -3 -3 -5 -3 4 2 -3 1 0 -2 -3 -2 3 0 3 2 4 1 2 0 1 2 1 1 25 22 1 3 4 2 2 2 4 4 18 0.58 2.17 71 Y 0 0 -2 -2 -3 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