Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 V -5 -6 -7 -7 -5 -5 -6 -7 -6 3 6 -6 2 -3 -6 -6 -4 -5 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 75 0 4 0 0 0 0 0 0 5 1.51 1.79 2 G 1 -6 -4 -5 -6 -5 -5 7 -5 -7 -7 -5 -6 -6 -3 -3 -5 -6 -6 -6 10 0 0 0 0 0 0 88 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 2.11 1.85 3 P -2 -1 -5 -4 -4 -4 -3 -5 -4 0 -2 -3 -3 -3 8 -4 -4 -4 -3 -1 2 5 0 0 0 0 1 0 0 5 4 1 1 1 73 0 0 0 1 5 1.90 1.90 4 D -4 -4 -2 7 -2 -2 5 -5 -3 -6 -6 -3 -6 -7 -4 -3 -4 -7 -6 -6 0 0 1 55 1 1 39 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1.74 1.91 5 V 0 -6 -6 -5 -4 -5 -4 -5 -6 -1 0 -4 -3 -5 7 -4 -4 -4 -4 1 9 0 0 0 0 0 0 0 0 4 9 0 0 0 65 0 0 0 0 10 1.74 1.92 6 L -4 -5 -4 -5 0 -5 -5 -6 -4 0 6 -5 2 3 -6 -4 -1 -2 -3 -1 1 0 1 0 2 0 0 0 0 3 67 0 4 12 0 1 4 1 1 2 1.20 1.91 7 D -1 1 0 4 -4 -2 1 1 -2 -4 -4 -2 -4 -3 -3 3 0 -3 -4 -3 5 8 3 24 0 1 8 11 1 1 2 2 0 1 1 24 5 0 0 2 0.51 1.80 8 P 0 -2 0 3 -5 -1 3 -2 -2 -3 -3 0 -1 -5 5 -1 -2 -5 -4 -3 10 2 5 18 0 2 17 2 1 1 2 5 2 0 25 4 2 0 1 1 0.62 1.78 9 N 2 0 0 4 -3 -1 2 0 -1 -3 -3 -1 -3 -4 -3 -1 0 -4 -3 -2 15 5 4 25 1 3 14 8 1 1 3 4 1 1 1 5 6 0 1 2 0.41 1.84 10 L 0 -4 -5 -5 -2 -4 -5 -4 -4 -1 2 -5 -1 7 -3 -4 -3 5 0 0 9 1 0 1 1 1 0 1 0 3 16 1 1 47 1 1 1 8 1 5 1.14 1.86 11 T -2 -3 2 5 -2 -2 -1 -3 0 -4 -4 -2 -3 -4 -3 2 4 -6 -4 -4 2 1 9 32 1 1 3 2 2 1 1 2 1 1 1 13 26 0 0 1 0.81 1.81 12 P 2 0 -3 -2 -3 -1 1 1 -3 -2 0 -2 -1 -1 4 -2 -2 0 -1 0 18 6 1 2 0 3 8 10 1 2 9 2 1 3 18 2 2 1 2 8 0.28 1.81 13 E 2 -1 -1 4 -4 1 4 -1 -1 -4 -4 -1 -3 -3 -1 -1 -1 -4 -3 -3 15 3 2 20 0 5 26 5 2 1 1 3 1 1 3 5 3 0 1 2 0.52 1.82 14 V 1 1 -2 0 -4 0 1 -2 1 -2 -2 -1 -2 -1 -3 -2 -1 3 5 0 12 8 2 5 0 5 11 2 4 2 4 3 1 2 1 2 4 3 21 6 0.37 1.83 15 V 2 -4 -6 -5 -3 -4 -4 -4 -3 0 4 -5 0 5 -4 -4 -4 -2 -2 1 15 1 0 0 0 0 1 1 0 3 39 0 2 25 1 1 1 0 1 8 0.85 1.83 16 K 2 2 -3 -3 -3 0 0 -2 1 -1 0 0 -1 0 -3 -1 -1 3 2 1 17 10 1 2 0 3 6 3 4 3 11 7 1 3 1 4 3 4 8 8 0.20 1.74 17 E 2 3 -1 1 -3 2 3 -2 -1 -4 -4 1 -3 -4 -2 0 -1 -2 -3 -3 18 14 3 6 0 10 20 3 1 1 2 8 1 1 2 5 4 1 1 1 0.41 1.68 18 R 1 5 0 -3 -1 -1 -1 -3 -1 -1 1 2 -1 1 -4 -2 -2 -2 -2 -1 11 27 4 1 1 3 3 2 2 4 12 12 1 6 1 2 3 0 1 4 0.38 1.59 19 L -1 -3 -3 -4 -1 -3 -4 -4 -4 2 4 -3 1 2 -4 -3 -3 -2 -1 1 5 1 1 1 1 1 1 1 0 12 45 1 3 10 1 2 1 0 2 9 0.67 1.61 20 L 1 2 0 -1 -2 1 0 0 2 -2 0 0 -1 -2 -3 1 0 -2 -2 -2 14 11 5 4 1 7 5 7 4 2 11 6 1 2 1 10 5 1 1 3 0.12 1.43 21 S 2 2 0 0 -2 0 -1 1 -1 -2 -2 3 -1 -3 -2 1 -1 -2 -3 -2 16 10 5 5 1 4 3 9 2 2 5 17 1 1 2 12 3 1 1 3 0.23 1.44 22 P 1 -1 -1 0 -1 -1 -1 -2 -2 -2 -1 2 -1 -2 0 3 1 -2 -2 -1 10 3 3 5 1 2 4 3 1 3 7 15 1 2 5 21 7 1 1 4 0.20 1.32 23 R 0 5 -1 -2 -1 0 -1 -2 0 -3 -2 3 -2 -3 -1 -1 -1 -2 -2 -2 7 35 2 2 1 4 3 3 2 2 3 21 1 1 3 3 3 1 1 2 0.62 1.33 24 F 1 1 0 -1 -2 0 -2 2 1 -2 -2 1 -1 1 -2 -1 1 -2 0 -1 10 9 5 3 1 4 2 13 3 2 3 9 1 7 2 5 11 1 3 5 0.13 1.24 25 R -1 5 -2 -2 0 1 -1 -2 0 -3 -2 2 -2 -1 2 0 -1 -3 -2 -2 5 32 1 2 2 6 3 3 2 2 3 12 1 3 9 6 3 0 2 2 0.48 1.33 26 N -1 3 2 1 -2 -1 -1 0 0 -2 -2 2 -2 -3 -2 1 1 -4 -3 -2 5 17 9 7 1 3 3 6 3 2 3 14 1 1 2 8 10 0 1 3 0.27 1.40 27 R 0 4 -2 -1 -1 0 -2 -1 -1 -1 -2 2 0 -4 -3 0 1 -2 -4 0 8 26 1 3 1 4 2 5 2 4 4 14 2 0 1 7 9 1 0 6 0.37 1.49 28 Q 2 -1 -1 -2 -3 1 -1 -1 -2 -3 -2 -1 0 -4 5 2 1 -3 -4 -2 15 4 3 2 1 7 4 4 1 1 4 4 2 1 26 13 7 0 1 3 0.46 1.55 29 F -1 -5 -4 -4 -2 -5 -5 -6 -6 6 2 -5 -1 0 -4 -4 -3 0 -3 3 4 0 1 1 1 0 0 0 0 45 20 0 1 4 1 1 1 1 1 19 1.00 1.56 30 A 0 -1 -3 -3 2 -2 -1 1 -1 -4 -4 6 -3 -4 -3 -1 -2 -5 -4 -4 8 1 1 1 5 1 3 9 1 1 1 61 1 1 1 3 1 0 0 1 1.02 1.52 31 G 3 0 0 1 -3 1 1 -1 -2 -2 -1 -2 -3 -4 1 1 1 -3 -1 -1 21 5 3 7 1 6 8 4 1 2 5 2 1 1 6 12 9 0 2 5 0.19 1.52 32 L 2 -3 -4 -5 -2 -3 -3 -4 -2 -1 3 -3 0 4 -5 -3 0 2 -2 2 20 1 1 0 1 1 1 1 1 3 28 1 2 16 0 1 5 2 1 14 0.51 1.44 33 L -4 -5 -6 -6 -1 -5 -5 -6 -5 2 6 -5 1 -1 -3 -5 -4 -4 -1 -1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 12 77 0 2 1 1 0 0 0 2 3 1.30 1.42 34 L -1 -1 -4 -6 -2 -2 -4 -4 -3 -1 4 -3 7 -2 -5 -4 -1 -5 -4 -1 4 3 1 0 1 2 1 1 1 1 46 1 32 1 0 1 4 0 0 2 1.09 1.50 35 D -2 -2 2 7 -3 -2 0 -3 -2 -5 -5 -2 -3 -6 -4 -1 0 -6 -5 -4 3 2 10 65 1 1 4 1 1 0 1 1 1 0 0 3 6 0 0 1 1.34 1.49 36 Q -3 -2 0 -2 -6 8 0 0 0 -6 -5 0 -2 -6 -2 -2 -3 -5 -4 -5 1 1 4 1 0 72 2 7 2 0 0 3 1 0 2 2 1 0 0 0 1.51 1.49 37 A 1 3 0 -1 -2 0 -1 -1 2 -3 -4 2 -2 -3 -3 2 2 -5 -2 -3 11 17 3 3 1 3 3 4 5 1 1 13 1 1 1 17 14 0 1 1 0.37 1.44 38 F 0 -1 0 -3 -1 -2 -3 -3 -1 2 1 0 0 3 -3 -2 -1 0 1 3 8 3 4 1 1 1 1 1 1 11 13 6 2 11 1 2 4 1 4 22 0.26 1.27 39 L -2 -2 -4 -5 0 -4 -4 -5 -4 3 2 -4 1 2 -2 -2 -2 1 0 4 3 2 0 0 2 0 0 0 0 15 23 0 3 10 2 2 2 2 2 29 0.54 1.05 40 A 3 -1 0 2 1 0 -2 -1 0 -1 -2 -2 -3 -4 -1 2 -1 -4 -3 0 32 3 3 11 3 3 1 3 2 3 3 1 0 0 3 16 3 0 0 8 0.32 0.89 41 G 1 -4 -2 -3 -4 -3 -3 6 -3 -4 -4 -3 -4 -4 -3 1 -3 -4 -4 -4 9 0 0 1 0 0 1 73 0 0 1 1 0 0 0 10 1 0 0 1 1.31 0.91 42 L 0 -4 1 -4 4 -4 -4 -4 -4 1 0 -4 3 2 2 1 1 -4 -3 1 9 0 9 0 9 0 0 0 0 9 9 0 9 9 9 9 9 0 0 9 0.36 1.11 43 G -2 -5 -2 2 -5 -4 -4 7 -4 -6 -6 -4 -5 -6 -4 -2 -4 -5 -5 -6 0 0 0 13 0 0 0 87 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.76 1.00 44 N -2 0 7 0 -4 -2 -2 -1 -2 -5 -2 0 -4 -5 -1 2 0 -6 -4 -4 3 4 60 3 0 0 0 3 0 0 4 4 0 0 3 14 5 0 0 0 1.04 1.00 45 Y -1 0 -4 -5 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 0 0 4 2 0 6 6 0 0 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 0 6 6 6 6 6 0.22 1.78 46 L -4 -5 -5 -1 2 0 -4 -2 2 0 0 -5 3 2 -5 -4 -1 4 6 1 0 0 0 4 4 4 0 4 4 6 7 0 9 6 0 0 4 6 33 9 0.78 1.39 47 R 3 2 -4 -1 2 0 -3 0 -4 -1 1 1 1 -4 -4 0 -1 -5 -4 0 25 11 0 4 4 4 0 6 0 4 12 8 4 0 0 6 4 0 0 8 0.27 1.34 48 V 1 -3 2 5 3 2 -1 -2 0 -2 -3 -3 -1 -4 -3 1 0 -5 -4 -2 14 0 8 32 6 10 2 2 2 2 2 0 2 0 0 9 5 0 0 3 0.53 1.10 49 E -2 -2 2 3 -4 2 6 -3 -2 -4 -4 -1 -3 -4 -2 -2 -2 -4 -3 -3 1 1 11 13 0 11 55 1 0 1 1 1 0 1 1 1 1 0 0 1 0.90 0.72 50 I 1 -3 -3 -3 2 -3 -3 -1 -3 4 0 -3 2 0 0 0 0 -3 -2 1 16 1 1 1 5 1 1 6 0 28 6 1 5 5 5 7 6 0 0 7 0.29 0.72 51 L 0 -3 -4 -4 3 -3 -4 -2 -4 0 5 -3 1 0 -1 -2 -1 -3 -3 -1 8 1 1 1 6 0 1 3 0 3 58 1 3 3 3 3 3 0 0 3 0.62 0.88 52 W -2 -2 -1 -4 -4 -3 -4 -4 3 -3 -1 -2 -2 6 -4 -2 -3 8 4 -3 4 3 3 0 0 0 0 1 7 0 3 3 0 41 0 3 0 19 11 0 1.15 0.93 53 Q 1 3 -1 0 -1 2 -1 -3 1 0 1 -1 1 -2 -4 -1 -1 0 -2 -1 12 20 3 5 1 9 3 2 4 4 15 3 4 1 0 4 2 1 1 5 0.22 1.14 54 V 5 -1 -2 -3 1 -1 -2 -2 0 -2 -2 -2 -1 -2 -2 1 -1 -4 -2 0 54 4 1 1 2 2 1 1 2 2 4 1 1 2 1 10 3 0 1 5 0.64 1.28 55 G -2 4 -1 -3 -2 0 -2 4 0 -5 -4 2 -2 -3 -3 -2 -3 -1 -3 -5 2 24 2 1 1 5 2 37 3 0 1 13 1 1 1 2 1 1 1 0 0.75 1.37 56 L -1 0 -4 -4 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 0 0 4 2 0 6 6 0 0 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 0 6 6 6 6 6 0.20 1.78 57 T -1 0 0 0 1 0 -1 -2 5 -2 0 -1 0 -1 -1 1 1 2 0 -2 6 6 5 5 2 4 3 3 16 3 9 3 3 3 3 11 8 3 3 3 0.25 1.95 58 G -1 -4 -4 -1 -5 -4 -4 -1 1 -5 -5 -4 -4 0 7 -1 -4 3 0 -5 6 0 0 4 0 0 0 6 4 0 1 0 0 4 62 4 0 4 4 0 1.55 1.59 59 N 1 1 -1 1 -1 1 0 -2 1 -2 0 -1 0 1 -4 -1 1 5 0 -2 11 8 3 7 1 7 6 3 4 2 9 3 3 6 0 5 8 8 3 3 0.20 1.69 60 H 0 5 -2 -2 -1 0 -2 -5 3 -2 -2 0 -1 -2 -3 -1 3 2 -1 -1 7 29 1 2 1 3 2 0 7 2 5 6 2 2 1 5 17 3 2 3 0.48 1.79 61 K 0 2 -2 -3 -1 -1 -2 -3 -1 -2 -1 2 -1 -3 6 -1 -1 -1 -2 -3 8 11 2 2 1 2 2 1 1 3 6 12 1 1 35 3 3 1 2 2 0.66 1.85 62 A 4 -3 -3 -5 2 -4 -3 1 -5 0 -2 -3 -1 -3 1 0 1 -6 -5 2 36 1 1 0 4 0 1 11 0 5 3 1 1 1 7 5 10 0 0 13 0.52 1.85 63 K 1 2 2 1 1 1 -1 2 -1 -3 -4 1 -2 -3 -3 2 -1 -6 -3 -2 10 10 9 7 3 6 3 17 2 2 1 8 1 1 1 13 3 0 1 2 0.27 1.90 64 D 0 2 0 3 -3 1 1 -2 0 -4 -3 1 -2 -4 -5 2 2 -6 -2 -3 8 9 4 17 1 6 9 3 2 1 3 7 1 1 0 14 12 0 1 1 0.36 1.92 65 L -3 -5 -6 -6 -1 -4 -6 -5 -6 2 5 -4 1 -1 -4 -4 -3 -5 -3 2 2 0 0 0 1 1 0 1 0 12 59 1 3 2 1 1 1 0 1 15 1.05 1.88 66 N -1 -1 0 2 -3 -1 -2 -1 -2 -4 -4 -1 -3 -4 1 4 4 -3 -4 -3 5 4 5 11 0 2 2 4 1 1 1 3 1 1 7 27 24 0 0 1 0.54 1.91 67 A 0 3 -2 3 -3 0 2 -1 -1 -3 -1 1 -2 -3 2 -1 -2 -3 -3 -3 10 14 2 14 1 3 13 4 2 1 6 7 1 1 11 3 3 0 1 2 0.30 1.93 68 A 2 0 -1 2 -3 1 3 -2 -1 -4 -3 1 -3 -5 2 0 0 -3 -4 -3 18 5 2 9 1 5 21 3 2 1 3 8 1 0 9 5 5 0 0 2 0.36 1.93 69 Q 0 3 -2 1 -3 4 4 -3 -1 -3 -4 1 -3 -4 -3 -2 -1 -3 -4 -2 7 16 1 7 0 18 26 2 1 1 2 6 1 0 1 2 3 0 0 3 0.61 1.94 70 L 1 -1 -5 -5 3 -2 -4 -4 -3 2 3 -3 1 1 -6 -3 -1 4 1 2 12 4 0 0 5 2 1 1 0 13 25 2 3 5 0 2 3 5 4 13 0.44 1.97 71 D 1 2 -1 2 -3 1 3 -1 1 -2 -3 1 -3 -4 -3 -1 -1 -3 -3 1 11 11 2 10 1 6 19 4 3 2 3 7 1 1 1 4 4 0 1 9 0.27 1.99 72 A 2 4 -1 0 -3 0 1 -2 0 -3 -2 1 -2 -4 -4 -1 0 -2 -4 -2 17 26 3 5 0 4 8 3 2 1 5 9 1 1 1 5 5 1 0 3 0.42 1.99 73 L -3 -2 -6 -7 -5 -4 -5 -6 -4 2 6 -5 1 -2 -6 -5 -3 -2 -3 0 1 2 0 0 0 1 0 0 0 10 73 0 3 1 0 0 1 0 0 6 1.31 1.97 74 A 2 -1 -4 -5 -1 -3 -4 -4 4 -1 1 -4 -3 1 -5 -2 -2 6 4 2 21 4 0 0 1 1 0 1 11 3 11 1 0 6 0 2 2 10 12 13 0.61 1.99 75 H 1 2 -1 2 -3 2 2 -1 3 -4 -4 1 -3 -4 -2 -1 0 -4 -2 -3 11 12 3 13 1 8 14 4 8 1 1 9 1 1 2 4 5 0 2 2 0.35 2.00 76 A 4 0 0 2 0 0 1 -3 2 -2 -4 -1 -1 -4 -5 1 0 -2 -2 -2 33 6 4 11 2 3 8 1 5 2 1 3 2 1 0 10 4 1 1 2 0.43 2.00 77 L 0 -5 -4 -6 -1 -4 -6 -4 -6 5 3 -5 3 -3 -6 -2 0 -1 -5 2 9 0 1 0 1 0 0 1 0 35 22 0 8 0 0 3 6 1 0 11 0.82 1.99 78 L -2 4 -2 -4 -2 1 -3 -4 0 1 1 3 -2 -4 -4 -3 -2 -4 -4 2 4 25 2 0 1 6 1 1 2 9 16 15 1 0 1 1 2 0 0 12 0.51 2.00 79 E 1 1 -1 3 -4 1 3 -3 0 -4 -4 0 -3 -3 -3 0 0 1 0 -3 12 7 2 16 0 7 21 2 2 1 2 6 1 1 1 6 5 2 4 2 0.39 2.00 80 I -1 -5 -5 -5 -3 -4 -4 -6 -5 3 2 -5 -1 -2 -5 -4 1 -4 -4 5 6 0 0 0 0 0 1 0 0 14 15 0 1 2 0 1 9 0 0 48 0.95 2.00 81 P -4 -5 1 -5 2 -4 -6 -4 -4 1 5 -5 6 -2 0 -3 -1 -5 -5 -2 1 0 8 0 4 0 0 1 0 6 47 0 20 1 4 2 3 0 0 2 0.96 1.99 82 R 1 4 0 -1 -4 2 1 -2 0 -3 -2 1 -3 -5 -3 0 1 0 -3 -4 11 26 4 3 0 9 10 3 2 1 4 9 0 0 1 6 8 2 1 1 0.44 2.01 83 F 0 3 -2 1 -4 1 3 -4 0 -1 0 1 -3 -1 -5 -2 0 -2 0 -2 7 14 2 8 0 7 22 1 2 3 10 7 1 2 0 2 6 0 3 3 0.33 2.01 84 S 5 -4 -3 -4 -3 -4 -4 2 -5 -4 -5 -4 -2 -2 -4 3 -2 -6 -5 -4 56 1 0 0 0 0 0 15 0 0 0 0 1 2 0 20 1 0 0 0 1.11 1.98 85 Y -3 -5 -6 -6 -3 -4 -5 -6 -2 6 2 -5 -1 -2 -6 -5 -2 0 3 4 2 0 0 0 0 1 1 0 1 40 15 0 1 1 0 0 2 1 10 24 1.05 1.97 86 A 2 3 -2 0 -4 1 3 -2 -1 -3 -3 2 -4 -5 -4 -1 -1 -6 -5 -3 21 16 2 6 0 5 23 3 1 1 2 10 0 0 0 4 3 0 0 2 0.52 1.96 87 T 3 -1 -1 -2 1 3 -1 -4 3 -3 0 0 0 -3 -5 -1 2 -5 0 -1 21 3 3 2 3 13 3 0 7 1 9 5 2 1 0 4 15 0 3 5 0.35 1.95 88 R -1 2 -2 -4 -4 -3 -2 6 -2 -5 -4 -1 -4 -6 -5 -3 -2 -6 -6 -6 3 10 1 0 0 1 2 71 1 0 2 4 0 0 0 0 2 0 0 0 1.46 1.93 89 G -3 -6 -4 -5 -6 -5 -5 7 -5 -7 -7 -5 -6 -7 -5 -4 -5 -6 -6 -7 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.46 1.80 K Lambda Standard Ungapped 0.1409 0.3224 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1691 0.3173 PSI Gapped 0.0518 0.2670