Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 P -4 -6 -5 -5 -6 -5 -4 -6 -6 -6 -6 -4 -6 -7 9 -4 -4 -7 -6 -6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 3.18 1.83 2 E -4 -3 -4 -2 -7 -1 8 -6 -3 -7 -6 -2 -5 -7 -4 -3 -4 -6 -5 -6 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.36 1.87 3 G -4 -5 -6 -6 -5 -5 -6 4 -6 -2 5 -5 0 -3 -6 -5 -5 -2 -3 -3 1 0 0 0 0 0 0 31 0 1 64 0 1 0 0 0 0 1 1 1 1.31 1.90 4 P -3 -5 -3 2 -6 -4 -4 -5 5 -6 -6 -4 -6 -7 8 -4 -5 -7 -5 -5 1 0 1 11 0 0 0 0 12 0 0 0 0 0 74 0 0 0 0 0 2.27 1.90 5 E -3 -4 -3 -1 -6 -2 7 -5 -4 -4 -5 -3 -4 -6 -5 0 2 -6 -5 -2 1 0 0 2 0 0 71 0 0 1 0 0 0 0 0 7 14 0 0 3 1.51 1.94 6 I -3 -6 -6 -7 -3 -6 -6 -6 -7 3 0 -6 0 -4 -6 -5 -3 -6 -5 7 1 0 0 0 0 0 0 0 0 16 7 0 2 0 0 0 1 0 0 73 1.62 1.96 7 R -3 0 -3 -2 -7 0 6 -5 5 -4 -4 -2 -4 -2 -5 -4 -3 2 0 -2 1 5 0 0 0 2 62 0 14 1 2 1 0 2 0 0 1 3 3 3 1.33 1.98 8 R -1 4 -1 -5 -4 -1 -4 -3 0 0 -2 -2 -3 -4 -5 -2 5 -4 -3 2 6 20 2 0 0 3 0 1 2 6 3 1 0 0 0 2 38 0 1 13 0.76 1.98 9 A 0 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -3 2 2 -5 -1 -2 -6 -1 3 -3 0 4 9 0 0 0 0 0 0 0 1 11 19 0 1 1 0 4 16 0 4 32 0.68 1.98 10 A 4 6 -4 -5 1 -3 -3 -4 -4 -3 -3 2 -2 -6 -5 -2 -3 -6 -5 0 31 41 0 0 3 0 0 1 0 1 2 10 1 0 0 2 1 0 0 6 1.00 1.97 11 D 0 6 1 1 -4 1 -1 -3 -1 -4 -2 1 -1 -5 -5 -2 -2 -6 -4 -4 8 49 5 7 0 5 4 2 2 1 4 6 1 0 0 2 3 0 0 1 0.90 1.96 12 N -1 2 -1 -1 -4 1 -1 5 0 -3 -2 -1 -2 -1 -5 0 0 -4 -1 -3 5 10 3 4 0 6 4 37 2 1 4 3 1 3 0 5 7 0 2 2 0.48 1.97 13 L -4 -6 -6 -7 -4 -4 -6 -7 1 3 6 -6 0 0 -6 -6 -4 -2 -2 0 1 0 0 0 0 1 0 0 3 16 68 0 1 4 0 0 0 1 1 4 1.29 1.97 14 E 2 2 1 1 -4 2 3 -3 2 -4 -2 0 -2 -5 -5 0 0 -4 -4 -3 18 11 7 7 0 7 19 2 5 1 4 5 1 0 0 6 5 0 0 2 0.38 1.94 15 A 0 2 -2 0 -4 2 2 -3 -1 -5 -4 1 -4 -6 5 -1 -1 -4 -5 -4 9 11 2 5 0 8 12 2 1 0 1 9 0 0 28 5 4 0 0 1 0.65 1.99 16 A 2 1 -2 -3 -3 0 -2 -3 6 -1 1 -1 -1 0 -4 -2 -2 3 1 1 17 8 2 1 1 4 2 1 16 3 14 4 1 4 1 3 3 3 5 8 0.37 1.96 17 I -1 -4 -6 -6 -2 -5 -6 -5 -5 3 4 -6 2 3 -6 -4 -1 -3 -2 3 5 1 0 0 1 0 0 0 0 16 34 0 5 11 0 1 3 0 1 19 0.79 1.98 18 K 2 -1 -3 -2 -2 0 1 -1 -3 0 0 1 -2 -3 -2 -2 1 -6 -4 3 15 4 1 2 1 4 11 6 1 6 11 8 0 1 2 3 8 0 0 17 0.21 1.97 19 G -3 -3 2 0 -5 -2 -3 7 0 -6 -6 -3 -5 -5 -4 -3 -4 -6 -5 -5 1 2 9 4 0 2 1 74 2 0 0 1 0 0 1 1 0 0 0 1 1.58 1.98 20 K 1 5 -3 -2 -3 4 0 -3 1 -4 -3 4 -3 -2 -4 -2 -2 -4 -3 -4 12 26 1 1 1 16 4 2 4 1 2 22 0 2 0 2 2 0 1 1 0.70 1.97 21 P -2 3 -3 -4 -3 0 0 -5 -2 -1 -3 2 -2 -5 2 -2 4 -4 -3 2 3 16 1 0 1 3 6 0 1 3 1 11 1 0 11 2 25 0 1 13 0.53 1.96 22 L -3 -6 -6 -6 -3 -6 -6 -6 -6 6 3 -5 -1 -1 -3 -5 -4 -3 -4 3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 48 22 0 1 2 1 0 0 0 0 21 1.24 1.93 23 T 0 1 -2 -1 -3 0 2 -3 -1 -1 -1 1 -2 -4 -4 0 3 -4 -4 1 8 7 2 4 0 4 11 2 2 4 7 7 1 1 1 7 22 0 0 10 0.26 1.87 24 D 1 4 0 2 -3 1 1 0 1 -5 -4 1 -4 -6 -4 1 -2 -4 -3 -4 12 25 4 10 0 5 8 8 4 0 1 8 0 0 0 9 2 0 1 1 0.47 1.94 25 V 1 -3 -5 -5 1 -5 -5 -2 -4 2 -1 -4 -2 -1 -4 0 -1 -4 -4 6 11 1 0 0 2 0 0 3 0 11 5 1 1 2 1 6 3 0 0 50 0.85 1.96 26 W -2 1 -1 4 -4 0 3 -4 -1 -1 -3 -1 -3 -3 -4 1 1 3 -3 -1 3 9 2 20 0 4 20 1 2 4 3 4 0 1 0 9 9 4 1 4 0.44 1.94 27 F -2 -4 -5 -6 -1 -4 -5 -4 -2 2 3 -4 -1 3 -4 0 -1 -3 -2 4 2 1 0 0 1 0 0 1 1 11 24 1 1 12 1 7 3 0 1 32 0.70 1.91 28 A 1 6 0 -3 -4 -2 -3 -2 1 -3 0 -1 -3 0 1 -1 -2 -1 -1 -4 12 39 4 1 0 1 1 3 3 1 8 3 0 4 8 5 2 1 2 1 0.62 1.94 29 F -2 -1 -1 -1 -4 2 -2 -2 4 -2 -1 -3 -3 2 -4 -1 -2 7 2 1 3 4 3 4 0 11 3 4 9 3 6 1 1 9 1 4 3 16 8 10 0.53 1.93 30 P -1 -1 -2 -1 -4 -3 0 1 -3 -5 -5 -2 -4 -5 7 -1 -2 -4 -5 -4 4 3 2 3 0 1 6 10 1 1 1 2 0 0 58 4 2 0 0 1 1.39 1.92 31 Q -1 5 -1 -1 -4 1 0 -2 -1 -1 -3 3 -3 0 -3 0 -2 -5 -4 0 5 28 2 3 0 7 4 2 2 4 1 16 0 5 1 7 2 0 0 7 0.47 1.88 32 L 0 -3 -4 -4 -3 -4 -4 -3 -1 1 3 -4 1 3 3 -2 -2 -2 -1 0 9 1 1 1 0 1 1 2 2 9 31 1 3 11 14 3 2 1 2 6 0.47 1.90 33 K 3 2 -3 1 -5 0 2 -1 -3 -1 -3 2 -3 -4 -1 -1 -2 -3 -3 -1 26 11 1 7 0 4 12 4 1 4 2 14 0 1 3 4 2 0 1 4 0.35 1.90 34 T 0 2 -1 3 -3 0 3 -1 0 -3 -3 -1 -3 -3 0 -1 3 1 -4 -3 9 11 3 14 1 3 16 5 2 2 2 2 0 1 5 4 17 2 0 1 0.34 1.90 35 Y -2 -2 -3 -2 -3 -2 -2 0 0 -1 1 -3 0 6 -1 -3 -3 1 2 0 3 3 1 3 0 2 3 6 2 2 14 1 2 35 3 2 1 2 5 8 0.58 1.77 36 Q 3 0 -1 1 0 1 1 -2 0 0 -2 0 -1 -3 0 0 -1 -2 -3 0 22 4 2 8 2 6 10 3 2 5 4 6 1 1 4 6 3 1 1 8 0.17 1.68 37 S 3 0 0 1 -3 1 2 -1 -1 -3 -3 1 -2 -3 2 0 0 -5 -3 -3 23 5 3 6 0 7 11 4 2 1 2 8 1 1 11 8 5 0 1 1 0.31 1.75 38 Q 1 3 -1 2 -3 2 0 -2 0 -1 0 0 0 -2 -2 -1 -1 -2 -3 -2 11 17 2 14 1 8 6 3 2 3 9 4 3 2 2 5 3 0 1 2 0.21 1.77 39 L -3 -4 -5 -5 -2 -4 -4 -5 -5 2 5 -4 0 0 -4 -4 -2 -5 -3 1 2 1 1 1 1 1 1 1 0 9 65 1 2 4 1 1 2 0 1 8 1.03 1.74 40 I 1 0 -2 2 -2 0 0 -3 -1 1 -2 0 -2 -4 0 0 2 -3 -3 1 10 5 2 10 1 4 7 2 2 9 3 6 1 1 4 7 14 0 1 10 0.17 1.75 41 G -2 -3 1 -1 -3 -2 -3 7 -1 -6 -5 -3 -5 -6 -4 -2 -4 -6 -3 -5 1 1 8 4 1 2 1 75 1 0 1 1 0 0 1 1 1 0 1 1 1.53 1.68 42 Q 1 4 -2 -3 -1 4 0 -3 1 -4 -2 1 -1 -3 -5 -1 -1 0 -1 -3 11 26 2 1 2 21 5 2 4 1 4 7 2 1 0 3 3 2 2 2 0.56 1.67 43 H -1 3 -2 -1 -2 0 0 -4 -1 -2 -3 2 -2 -3 -1 -1 4 -2 -3 1 3 19 1 3 1 4 5 1 1 2 2 11 1 1 3 4 24 0 1 12 0.41 1.66 44 V -3 -5 -6 -6 0 -5 -6 -6 -3 5 2 -5 0 1 -4 -4 -2 -2 -2 4 2 0 0 0 2 0 0 0 1 33 15 0 2 7 1 1 2 1 1 33 0.96 1.66 45 T -1 0 -1 0 -2 1 1 -1 1 0 1 0 -1 -3 -5 -1 3 -2 -3 0 5 6 3 5 1 5 11 4 3 4 15 5 1 1 0 3 19 1 1 7 0.20 1.66 46 H 1 2 0 2 -2 0 1 2 0 -4 -4 0 -4 -3 -3 1 -1 -1 -2 -3 13 14 4 10 1 4 10 16 3 1 1 6 0 1 1 11 3 1 1 1 0.30 1.48 47 V 1 -5 -3 -5 0 -5 -5 -3 -1 3 2 -5 0 -1 -2 -1 0 2 -1 4 13 0 1 0 2 0 0 1 1 15 16 0 2 3 2 4 4 3 1 30 0.51 1.38 48 E -1 2 -1 1 -1 1 3 0 1 -2 -2 0 -1 -2 -4 0 0 1 -1 -1 5 12 2 7 1 5 20 8 3 2 4 5 1 2 0 6 7 2 2 5 0.21 1.38 49 T 1 6 0 -4 1 0 -3 -4 1 -4 -4 -1 -4 -5 0 0 2 -5 -4 -2 13 44 5 0 3 3 0 0 3 0 0 0 0 0 5 5 13 0 0 3 0.75 1.11 50 R -2 6 -1 -2 0 0 -2 -3 3 -2 -2 0 -1 -1 -5 -2 -2 5 1 -2 2 44 2 2 2 3 2 2 7 3 2 4 2 3 0 2 2 9 4 4 0.73 1.11 51 G 1 -5 -3 -4 -4 -4 -4 6 -4 -4 -5 -4 -4 -5 -4 1 -3 -5 -5 0 13 0 0 0 0 0 0 70 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 8 1.31 1.11 52 K -3 2 -2 -3 -5 -1 -1 0 -3 -5 -5 7 -4 -5 -3 -2 0 -5 -4 -4 0 6 0 0 0 0 0 6 0 0 0 81 0 0 0 0 6 0 0 0 1.31 0.92 53 A -1 -2 -1 -1 -5 0 -2 -3 6 -3 -2 -3 -1 3 -5 -2 -2 2 6 -2 5 2 3 4 0 3 2 1 22 1 2 0 1 10 0 1 2 3 35 2 0.91 1.08 54 L 0 -4 -4 0 3 1 -4 0 -4 1 0 -4 3 1 -4 0 0 4 2 0 7 0 0 7 6 7 0 7 0 7 7 0 6 6 0 7 7 6 6 7 0.20 1.56 55 L -2 -2 -1 -1 1 -1 -2 -2 0 1 3 -2 1 2 -5 -2 -2 4 0 0 3 3 3 3 2 3 3 4 2 8 28 3 3 8 0 3 3 6 3 5 0.27 2.03 56 T -1 -5 -5 -2 1 -1 -2 -2 1 3 2 -5 2 3 -1 -2 -1 2 0 1 5 0 0 3 3 3 3 3 3 15 16 0 5 12 3 3 4 3 3 8 0.25 2.01 57 H -2 3 -1 2 0 0 1 -2 4 -1 -1 -1 0 -1 -1 -2 -1 1 0 -2 3 13 3 10 2 5 10 3 9 3 7 3 2 3 4 3 3 2 3 4 0.15 2.11 58 F -3 -3 -3 -3 1 -3 -4 -4 -2 1 3 -4 0 5 -3 -3 0 0 1 1 2 1 1 1 2 1 1 2 1 6 31 1 2 20 1 1 7 1 4 8 0.52 2.13 59 S 0 -2 0 4 -1 -1 2 0 -1 -3 -3 -1 -1 -5 -1 1 0 -6 -3 -2 8 2 4 24 1 3 12 7 1 1 2 3 2 0 4 11 5 0 1 3 0.32 2.09 60 N -1 0 2 3 -2 0 0 3 0 -3 -4 -1 -2 -3 0 0 0 -1 -3 -3 5 4 11 15 1 4 5 20 3 1 2 3 1 1 5 7 5 1 1 2 0.28 2.11 61 D -2 -2 0 3 -3 -1 0 5 0 -5 -5 -2 -3 -4 -1 -2 -3 -2 -3 -4 3 3 4 19 1 3 6 40 2 1 1 2 1 1 4 2 2 1 1 1 0.70 2.20 62 L -1 1 -2 0 -1 -1 0 -1 1 -1 2 -1 0 1 -1 -1 -1 3 2 -1 6 7 2 5 1 3 6 6 4 3 17 4 2 5 3 4 4 4 6 5 0.06 2.08 63 T 1 -1 -2 -2 0 -2 -2 -3 2 0 -2 -3 -1 -1 -3 0 3 4 -1 2 12 4 2 2 2 2 2 2 5 5 4 1 1 3 1 8 19 6 2 13 0.27 2.11 64 L -1 0 1 -4 3 1 -4 -1 2 0 -1 -4 2 1 0 -4 0 4 2 0 6 6 6 0 6 6 0 6 6 6 6 0 6 6 6 0 6 6 6 6 0.18 1.78 65 Y -2 -2 -3 -3 -1 -2 -3 -3 4 3 2 -3 0 -1 -5 -3 -2 2 -1 3 2 2 1 1 1 2 1 3 10 16 21 1 2 2 0 1 2 3 2 19 0.41 1.80 66 S -1 -5 -1 -5 0 -4 -5 -2 0 3 1 -5 1 0 -2 1 1 1 -4 3 5 0 4 0 2 0 0 3 2 18 11 0 3 4 2 12 8 2 0 18 0.31 1.77 67 H -3 -2 -1 -2 -5 -1 -1 -3 10 -5 -3 -4 -4 -4 -2 -2 -2 -5 0 -5 2 2 2 2 0 2 3 2 67 0 3 0 0 0 2 2 2 0 2 0 1.84 1.77 68 N -3 -2 -2 -6 -1 -3 -5 -6 1 -1 5 -5 1 2 0 -3 -4 -4 -1 -2 1 2 2 0 1 1 0 0 4 1 59 0 3 9 4 1 0 0 1 1 0.84 1.77 69 Q -1 3 -4 -4 -5 0 -4 5 -1 -5 -1 1 0 -5 -5 -1 -4 -5 -5 -3 4 17 0 0 0 4 0 42 1 0 7 8 3 0 0 4 0 0 0 2 0.72 1.65 70 L -4 1 -4 -5 -4 0 -4 -1 -4 0 2 -1 7 0 -5 -1 -1 -4 -4 -1 0 9 0 0 0 4 0 5 0 5 20 4 27 4 0 4 4 0 0 4 0.56 1.61 71 Y 2 -1 -1 0 -4 -1 -1 0 0 -1 -2 -1 0 0 -4 0 2 4 2 -2 16 3 3 5 0 3 4 9 3 3 3 3 3 3 0 6 11 6 8 3 0.16 1.64 72 G 0 -4 -3 -4 -4 -4 -4 6 -4 1 -4 -4 -4 -4 1 -3 -3 -4 -4 -4 6 0 0 0 0 0 0 64 0 9 1 0 0 0 6 1 0 0 0 0 1.08 1.24 73 V 0 3 -1 0 -1 1 -2 -1 0 -2 -3 1 -1 -2 -4 1 1 0 -2 -2 7 19 3 6 1 5 2 5 2 3 3 8 2 2 0 10 8 2 2 3 0.13 1.44 74 W -3 1 -5 -5 -1 -2 -5 -5 -4 1 2 -4 1 3 -2 -4 -3 9 2 -1 2 8 0 0 2 2 0 0 0 8 19 0 3 11 2 0 2 31 5 3 1.10 1.46 75 R -2 4 -2 -2 -2 1 -2 -2 3 1 1 -1 1 0 -3 -2 -1 -1 2 -2 2 25 2 2 1 5 2 3 6 8 14 3 3 4 1 3 4 1 7 3 0.33 1.61 76 V -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 0 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 77 V -1 0 -1 -1 2 1 0 -1 2 -1 -1 -1 1 2 -1 -1 -1 3 2 0 6 6 3 4 5 7 6 4 5 3 7 4 3 9 4 4 5 3 7 7 0.11 2.20 78 D 0 1 0 2 0 0 0 0 1 -2 -1 0 -1 -2 3 -1 0 1 -1 -2 9 6 4 10 2 3 7 6 3 2 7 5 2 2 12 5 5 2 2 3 0.09 2.20 79 T 2 0 -1 0 -1 0 0 -1 1 -2 -2 -1 -1 -2 4 0 1 0 -2 -1 14 4 3 5 2 4 6 5 3 2 4 4 1 2 17 8 9 1 2 4 0.22 2.14 80 G 0 -2 0 2 -2 -1 0 4 1 -3 -3 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