Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 A 4 -4 -3 -3 -4 -3 -4 6 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -1 -3 -5 -5 -4 33 0 0 0 0 0 0 64 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 1.28 0.85 2 L -2 -3 -4 -3 -4 -1 -4 -5 5 -1 4 0 6 0 -5 -4 -3 -4 1 -1 2 0 0 2 0 2 0 0 16 2 39 6 22 2 0 0 1 0 4 1 0.76 0.94 3 F -3 -4 -4 -5 -5 -2 -3 -5 8 -4 -3 -4 0 6 -6 -3 -4 4 4 -4 2 0 0 0 0 1 1 0 37 0 1 0 2 38 0 2 0 5 11 0 1.53 1.24 4 R -3 6 -2 -3 -6 5 -1 -4 -1 -6 -5 2 -4 -5 -4 1 -4 -6 -5 -5 1 47 1 1 0 28 2 0 1 0 0 8 0 0 1 10 0 0 0 0 1.24 1.49 5 F -4 -4 -4 -5 3 -4 -5 -6 4 -2 5 -5 -1 4 -5 -4 -2 1 1 -3 1 0 1 0 6 0 0 0 12 0 51 0 1 19 0 1 3 2 3 0 1.03 1.66 6 K -1 3 1 -1 -2 3 -2 -5 1 -4 -1 2 -1 1 -5 -2 -3 6 4 -4 6 15 8 4 1 11 1 0 4 0 6 11 2 5 0 3 1 11 12 0 0.55 1.67 7 V 0 -6 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 0 -2 -5 0 -3 -5 -4 -2 -6 -4 7 9 0 0 0 0 0 0 0 0 2 1 0 2 1 0 1 1 0 0 84 1.61 1.64 8 F -3 -4 -5 -6 -2 -5 -5 -5 4 -4 -4 -5 -2 2 -6 -4 -4 -1 9 -3 1 1 0 0 1 0 0 1 8 1 0 0 1 6 0 1 1 0 79 1 2.27 1.69 9 H -2 1 0 2 -6 -2 -1 6 1 -7 -5 -1 -3 -5 -5 -3 -3 -3 -4 -6 2 9 3 11 0 2 4 58 3 0 1 3 1 0 0 1 1 0 1 0 1.09 1.72 10 R -4 8 -3 -3 -3 1 -3 -4 1 -6 -4 2 -3 -6 -5 -4 -4 -6 -5 -6 1 75 1 1 1 5 1 1 3 0 1 12 1 0 0 0 0 0 0 0 1.76 1.70 11 D 2 -1 -1 0 -3 1 4 -1 0 -4 -4 1 -3 -4 -3 -1 1 -3 -3 -3 19 3 3 4 1 6 28 6 2 1 1 9 0 1 1 3 10 0 1 2 0.46 1.71 12 G -2 -2 0 0 -6 -3 -3 7 -2 -5 -5 -2 -3 -5 -4 -3 -3 -6 -4 -6 1 2 5 4 0 1 1 75 1 1 1 3 1 1 1 1 1 0 1 0 1.50 1.68 13 E -2 1 -2 -1 -3 4 5 -4 -1 -4 -1 2 -1 -4 -4 -2 -2 -2 -3 -4 3 6 1 3 1 20 37 1 1 1 8 12 1 1 0 2 2 0 1 1 0.76 1.68 14 P 0 -2 -2 -2 -3 -2 1 -3 -2 -3 -3 -1 -3 -3 7 -2 -2 -3 -4 -4 9 2 1 2 1 1 8 1 1 1 2 3 1 1 58 2 2 0 1 1 1.32 1.65 15 C -3 -6 -6 -6 11 -6 -7 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -6 -6 0 -4 -6 -6 -4 0 0 0 0 93 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 3.28 1.61 16 E -3 4 -2 -3 -3 -2 -1 -4 1 -3 0 0 -2 -2 5 -2 -1 -2 -1 0 2 21 2 1 1 1 3 1 4 1 11 5 1 2 28 3 3 0 3 7 0.58 1.60 17 R -2 5 0 -1 -2 0 -1 -2 1 0 -3 0 -1 -3 -5 0 0 -2 -3 2 3 36 4 3 1 3 3 3 3 5 2 4 1 1 0 6 5 1 1 16 0.52 1.60 18 C -3 -3 -3 -3 11 -5 -6 -3 -2 -4 -4 -5 -4 -5 -5 -1 -4 -5 -5 -4 0 2 1 2 85 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 2.83 1.55 19 G 0 -2 -1 -2 0 -1 -2 6 0 -5 -5 -1 -3 -4 -2 -1 -2 -6 -4 -4 8 3 3 2 2 3 2 61 2 1 1 3 1 1 2 3 2 0 1 1 1.03 1.61 20 S 0 -1 0 -1 -2 -1 -1 3 0 -4 -4 -1 -2 -4 -3 1 5 -2 -3 -3 9 3 3 4 1 2 4 18 3 1 1 3 1 1 1 8 38 1 1 1 0.59 1.61 21 I 0 -1 -2 -3 -3 -2 0 -3 -2 -1 -1 2 -1 -4 5 -2 2 -2 -5 0 6 3 2 1 1 1 6 2 1 4 8 13 1 1 27 2 13 1 0 6 0.47 1.60 22 I -4 -6 -6 -6 -4 -6 -6 -7 -6 7 2 -6 1 -1 -6 -5 -2 -6 -4 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 60 13 0 3 2 0 0 2 0 0 20 1.39 1.61 23 E 0 3 -3 -2 -2 1 3 -4 -1 -1 -2 1 -1 -4 -5 -1 -1 -2 -3 2 6 19 1 1 1 6 20 1 1 3 5 8 1 1 0 4 4 1 1 17 0.39 1.61 24 K -2 5 -2 -3 -2 1 1 -3 -1 -4 -3 4 0 -4 -4 -1 -1 -2 -2 -3 3 35 1 1 1 4 7 2 2 1 2 26 2 1 1 3 5 1 1 2 0.76 1.61 25 T 0 -1 -3 -1 -2 -1 1 -2 -3 4 -2 -1 1 -1 -4 -1 1 -3 -2 2 8 4 1 4 1 3 10 3 1 26 3 4 3 2 0 3 10 0 1 12 0.32 1.68 26 T -1 2 -2 -1 -5 -1 2 -4 -2 -1 -3 3 0 -2 -1 -1 1 -6 -3 3 4 12 1 4 0 3 12 1 1 3 2 16 2 1 3 5 8 0 1 21 0.33 1.68 27 L -3 -3 -4 -4 -3 3 -3 -4 0 2 3 -4 2 2 -4 -3 -2 -1 0 3 2 1 1 1 0 15 1 1 2 13 24 0 4 10 1 1 1 1 3 18 0.53 1.69 28 S 3 -3 1 -3 -3 -1 -1 4 -3 -4 -4 -3 2 -5 -4 1 -3 -6 -4 -4 28 1 5 1 0 3 4 35 1 1 2 1 5 0 0 11 1 0 0 1 0.72 1.68 29 S 0 -3 2 0 -6 4 0 5 -4 -6 -5 -3 -5 -6 -4 0 -2 -6 -6 -6 6 1 8 6 0 17 5 47 0 0 1 1 0 0 1 6 2 0 0 0 0.95 1.69 30 R -4 8 -2 -4 -4 -1 -3 -4 -2 -6 -5 1 -5 -6 -5 -2 -3 -6 -4 -6 0 87 1 1 0 1 0 1 1 0 0 5 0 0 0 2 1 0 1 0 2.04 1.69 31 P 0 0 2 -2 -5 -2 -2 2 -2 -3 -5 1 -3 -5 -1 4 0 -6 -5 -1 6 5 10 2 0 1 2 15 1 1 0 9 0 0 4 34 6 0 0 5 0.50 1.69 32 F 0 -4 -3 -5 -1 -3 -4 -5 -3 -1 1 -4 -1 -1 -5 3 5 -3 -3 0 7 1 0 0 1 1 0 0 1 4 13 0 1 2 0 21 42 0 1 5 0.78 1.69 33 Y -3 -4 -3 -5 -2 0 -4 -6 5 -3 -3 -4 -3 6 -5 -4 -1 4 6 0 1 0 1 0 1 4 0 0 13 1 0 0 0 32 0 1 4 4 29 7 1.24 1.70 34 W -4 -3 -5 -7 -3 -5 -6 -5 -1 -2 -2 -5 -3 5 -6 -3 -3 9 7 -3 1 2 0 0 1 0 0 0 1 2 2 0 0 26 0 2 1 24 35 1 1.78 1.69 35 C -3 -7 -6 -7 11 -6 -7 -6 -6 -4 -4 -6 -5 -6 -6 -3 -2 -6 -6 -4 0 0 0 0 96 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 0 3.42 1.62 36 P -1 -2 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -4 -5 -5 -2 -4 -6 8 -1 -2 -7 -5 -4 4 2 1 1 0 1 1 2 0 0 1 2 0 0 78 4 2 0 0 1 2.07 1.63 37 G 0 3 2 -3 -3 1 -2 0 3 -3 -3 1 -3 -3 -4 0 2 -4 -2 0 6 17 9 1 1 6 2 6 8 1 2 8 0 1 0 6 15 0 2 8 0.33 1.63 38 C -3 -5 -5 -4 11 -4 -5 -6 -4 -4 -4 -5 -5 -6 -6 -1 -3 -6 -6 -4 0 1 0 1 90 1 1 0 0 0 1 1 0 0 0 4 1 0 0 0 3.10 1.63 39 Q -4 -2 -3 -3 -6 9 0 -5 -3 -6 -5 -2 -3 -6 -4 -3 -4 -5 -5 -5 0 0 0 0 0 96 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.36 1.58 40 H -4 -2 3 -3 -6 5 -2 -4 9 -6 -5 -2 -4 -4 -5 -3 -4 -4 2 -5 0 0 16 0 0 29 0 0 47 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 1.60 1.18 K Lambda Standard Ungapped 0.1448 0.3303 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.2012 0.3183 PSI Gapped 0.0616 0.2670