Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -2 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -4 -4 1 4 -3 5 -1 -4 -3 -2 -3 -2 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 50 0 21 0 0 0 0 0 0 28 0.63 0.32 2 P -3 -4 -4 -4 -5 -4 -3 -5 -5 -5 -5 -3 -5 -6 9 -2 -3 -6 -5 -5 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 98 1 0 0 0 0 2.81 1.05 3 P 3 -3 -4 -4 -3 -4 -4 -3 -5 -5 -5 -2 -5 -6 8 -1 -3 -6 -5 -3 23 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 2 0 0 68 3 1 0 0 1 1.85 1.27 4 R -3 4 -2 -4 -3 -2 -3 -3 -3 0 -2 5 -1 -5 -4 -1 -1 -6 -4 3 0 20 2 0 1 0 0 1 0 3 3 34 1 0 0 5 2 0 0 27 0.75 1.31 5 K -4 -3 -5 -5 3 -3 -4 -5 -2 0 3 3 1 4 -2 -3 0 -4 -3 -1 0 0 0 0 7 1 0 0 1 5 31 20 4 17 2 1 7 0 0 4 0.59 1.32 6 E -1 -1 -2 -1 -6 1 6 -4 -2 -2 -4 1 -3 -3 -4 -2 -1 -2 -2 -2 5 2 1 2 0 5 60 0 0 3 1 8 1 1 0 0 5 1 1 3 0.95 1.33 7 L -4 0 -5 -6 0 -1 -4 -6 -5 -1 6 -2 -1 0 -1 -5 -3 -1 -3 -1 0 6 0 0 2 3 1 0 0 1 72 3 0 3 3 0 1 1 1 2 1.00 1.32 8 V -3 1 0 3 -6 3 5 -5 -3 -3 -3 1 -3 -5 -4 -2 -2 -6 -5 1 1 8 3 18 0 11 34 0 0 1 2 9 0 0 0 1 2 0 0 10 0.70 1.32 9 G -1 -2 1 1 -5 -2 -4 6 -4 -6 -5 -2 0 -6 -5 -2 -2 -5 -6 -5 3 2 7 8 0 1 0 71 0 0 1 2 2 0 0 1 2 0 0 0 1.35 1.32 10 N -3 1 5 2 -3 -1 0 -1 -3 -5 -5 4 -3 -4 -4 0 -1 -6 -5 -4 1 7 32 11 0 1 4 4 0 0 0 29 1 1 0 5 3 0 0 1 0.82 1.34 11 K -3 2 0 -3 -1 1 -2 -4 -2 -3 -5 6 -3 -5 -4 -3 1 -5 -4 -1 1 9 3 0 1 5 0 0 1 1 0 65 0 0 0 0 9 0 0 4 1.15 1.33 12 W -5 -3 -4 -6 -5 -4 -4 -5 -5 -5 -4 -3 -4 -1 -6 -5 -5 12 1 -4 0 1 1 0 0 0 1 0 0 0 1 2 0 1 0 0 0 87 3 1 3.52 1.34 13 F -2 3 1 -1 -2 -1 -3 -4 -1 3 0 -1 1 2 -5 -3 1 -1 0 1 3 15 7 3 1 3 1 1 1 16 9 2 3 10 0 1 9 1 3 10 0.28 1.36 14 I -2 -5 -6 -6 -4 -4 -5 -4 -4 5 -1 -5 -2 -3 -5 -4 -3 -5 -4 6 2 0 0 0 0 0 0 1 0 37 1 0 0 0 0 0 0 0 0 56 1.32 1.35 15 E -2 -2 -2 0 1 1 7 -4 -3 -4 -4 -1 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -3 3 1 1 2 3 4 74 1 0 1 1 3 0 0 0 3 1 0 0 1 1.34 1.28 16 N -4 -2 7 -2 -5 -3 -3 0 4 -5 -5 -1 -4 -1 -4 -2 -3 -2 5 -3 0 1 50 0 0 0 0 7 11 0 1 3 0 2 0 2 0 1 18 2 1.16 1.29 17 Y -3 -2 -3 -4 -5 5 -1 -4 4 -3 -3 -1 -2 4 -4 -3 -4 -1 5 -3 2 1 0 0 0 34 2 1 10 1 2 3 1 18 0 0 0 0 22 1 1.00 1.31 18 E -1 -1 -1 2 -4 1 4 -3 0 -1 -4 2 -3 -4 -3 -2 1 -5 -4 2 4 2 3 9 0 6 30 2 3 4 1 13 0 0 0 2 7 0 0 13 0.45 1.26 19 N -2 -2 5 3 -5 0 -2 3 -2 -5 -3 0 -4 -5 -4 1 -3 -5 -4 -5 2 1 31 16 0 4 2 24 1 0 2 5 0 0 0 9 1 0 0 0 0.77 1.28 20 E 0 0 4 1 -2 1 3 -1 -1 -3 -4 -1 -4 -5 1 -1 -1 -3 -4 0 7 5 21 6 1 7 20 5 1 1 1 3 0 0 6 4 3 0 0 7 0.39 1.26 21 T -1 1 1 -1 -2 1 0 -1 2 -4 -4 3 -3 -3 2 2 0 0 -3 -2 5 6 7 2 1 6 7 6 4 1 1 16 0 1 10 15 7 1 1 3 0.26 1.25 22 E -1 -2 4 3 -3 0 3 0 0 -2 -3 -2 -4 -5 -1 0 0 -5 -4 0 4 2 20 15 1 5 18 6 2 2 2 2 0 0 2 7 5 0 0 7 0.40 1.27 23 S -2 -4 -3 -2 0 -1 -2 -5 -4 3 3 -3 -1 -2 2 -2 -1 -4 -2 2 3 0 1 2 2 3 2 1 0 18 35 1 1 1 11 2 4 0 1 12 0.50 1.22 24 L -3 -2 -4 -1 -1 -2 -1 -5 -5 4 1 0 0 -2 -5 -3 0 -5 -4 5 1 2 0 4 1 2 4 0 0 20 11 6 1 1 0 1 7 0 0 39 0.63 1.29 25 V -3 -4 -2 -3 -4 -2 1 -5 -5 4 1 -2 -1 -2 -5 0 0 -5 -4 3 0 0 2 1 0 1 12 0 0 25 13 3 1 2 0 8 6 0 0 24 0.51 1.29 26 I -2 -3 0 3 0 -2 2 -4 -2 3 1 -2 -3 -4 -2 1 -2 -5 -2 1 2 0 4 18 2 0 15 1 1 19 13 2 0 0 2 12 2 0 1 8 0.37 1.30 27 D -3 -1 3 4 -4 2 4 -2 -1 -3 -1 0 -4 -5 -1 -2 -3 -6 -5 -2 1 3 14 24 0 9 25 3 1 1 7 4 0 0 3 2 1 0 0 3 0.59 1.30 28 A 2 -4 -3 -4 3 -2 -1 0 -5 -1 -1 -3 0 -3 -3 1 3 -5 -4 3 18 0 0 1 7 1 3 7 0 2 4 1 2 1 0 9 23 0 0 20 0.44 1.31 29 N -1 -3 2 2 -5 2 4 -1 3 -6 -5 -1 -4 -5 -2 1 -1 1 -4 -4 3 0 8 12 0 11 32 4 9 0 0 2 0 0 1 10 4 2 0 1 0.64 1.32 30 K -2 -2 -4 -4 -4 -1 -3 -5 -2 2 2 1 6 -2 3 -2 -1 -5 -4 1 3 2 1 1 0 3 1 0 1 10 20 10 21 1 13 3 3 0 0 8 0.53 1.32 31 D -2 2 4 1 -5 0 -1 -2 0 -4 -4 5 -4 -4 -4 1 -1 -6 -4 -4 2 11 19 6 0 3 3 3 2 1 1 36 0 0 0 8 4 0 0 1 0.69 1.29 32 E -2 -2 2 -1 -5 7 2 -4 5 -5 -5 -2 -4 -5 -4 -1 -2 -5 -3 -5 2 0 10 2 0 55 9 0 16 0 0 0 0 0 0 3 2 0 0 0 1.28 1.29 33 S 1 -2 0 -2 -2 -1 -3 -2 -2 -1 -2 0 -3 -4 -3 4 3 -4 -3 2 9 2 4 2 1 3 1 2 1 2 3 6 0 0 1 30 16 0 0 18 0.41 1.11 34 I 0 -4 -3 -4 1 -4 -4 -4 -4 3 0 -4 -1 -3 -4 -2 -2 -4 -3 6 8 1 1 1 3 0 1 1 0 16 5 1 1 0 1 2 1 0 0 58 0.92 1.11 35 F -3 -1 1 -3 0 0 -2 -4 2 -2 0 -2 -1 3 -4 -2 -1 -2 7 -2 1 4 8 1 3 5 3 1 4 2 10 1 1 10 1 2 5 0 37 2 0.70 1.10 36 I -1 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -4 6 1 -4 2 -2 -4 -4 -2 -4 -3 3 4 1 0 1 0 0 1 1 0 56 8 1 4 0 1 1 1 0 0 20 1.02 1.11 37 G -1 1 -1 -3 2 -2 -2 -1 1 -2 -2 -2 -3 5 -4 1 -1 -2 5 -1 4 7 2 1 4 1 3 6 3 2 2 2 0 22 1 12 4 0 20 4 0.48 1.11 38 K -2 3 4 1 0 0 0 1 0 -5 -4 4 -4 -4 -4 0 -3 -5 -2 -4 2 13 20 8 2 2 6 11 2 0 1 24 0 0 0 5 0 0 1 1 0.54 1.14 39 C -2 -5 -4 -5 11 -4 -5 -4 -4 -1 -3 -4 -3 -4 -4 0 -2 -4 -3 -2 1 0 0 0 81 0 1 1 0 3 1 0 0 0 0 6 1 0 1 1 2.42 1.14 40 S -2 1 3 1 -3 0 2 -3 0 -1 -3 2 -3 -2 -3 2 0 -4 -3 1 2 6 14 6 0 4 13 1 3 3 1 15 0 1 0 15 4 0 1 9 0.30 1.14 41 Q -3 -1 5 3 -5 -1 0 2 1 -5 -4 1 -4 -3 -3 -1 -2 -5 -2 -4 1 2 35 16 0 1 5 17 3 0 1 10 0 1 1 3 1 0 1 1 0.72 1.14 42 V 0 -3 -3 -3 5 -2 -3 -1 -4 -1 -2 -3 -3 -4 -3 4 3 -4 -4 1 7 0 0 0 15 1 1 4 0 2 3 0 0 0 0 36 17 0 0 12 0.67 1.14 43 L -1 -1 -1 -2 1 -1 -3 -2 -2 0 -2 0 1 -2 -3 -1 5 -4 0 1 3 2 3 1 2 3 1 3 1 4 3 7 3 2 0 4 42 0 3 11 0.49 1.14 44 V -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 5 3 -4 -1 1 -4 -4 -3 -4 -1 3 1 0 0 0 0 0 1 1 0 42 25 1 0 6 0 1 1 0 1 19 0.90 1.12 45 Q -3 1 -1 -2 -4 5 0 -4 1 2 -2 1 -2 -3 -3 -1 1 -4 -1 1 1 6 3 2 0 28 5 1 3 11 4 10 1 1 1 4 10 0 2 8 0.42 1.14 46 I -1 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 5 1 -4 2 -3 -4 -4 -3 -4 -3 4 4 0 0 0 0 0 1 1 0 42 11 0 5 0 0 1 0 0 0 33 0.97 1.14 47 K -2 2 0 -1 -5 1 1 -3 0 -4 -3 5 -3 -4 2 -1 -1 -4 -2 -4 2 9 5 4 0 5 7 1 2 1 2 43 0 0 10 4 3 0 2 1 0.65 1.14 48 G -1 -4 1 -2 -4 -2 -1 6 -3 -4 -4 -3 -4 -4 -1 -1 -1 -4 -4 -3 2 1 6 1 0 1 4 65 0 1 1 1 0 0 3 4 4 0 0 2 1.09 1.11 49 K -3 1 -2 -3 -5 -1 -2 -4 -3 -2 -3 7 -3 -5 0 -1 -2 -5 -4 -4 1 5 0 0 0 0 1 1 0 2 3 76 0 0 4 3 2 0 0 1 1.25 1.14 50 V 2 -4 -4 -4 4 -4 -4 -1 -4 3 0 -4 2 -1 -4 -2 -1 -4 -3 4 17 0 0 0 9 0 1 5 0 16 5 0 5 3 0 3 3 0 0 31 0.55 1.14 51 N -3 0 7 -2 -4 -2 -2 0 -2 -3 -4 2 0 -4 -4 -1 0 -5 -4 -2 1 4 58 0 0 0 1 6 0 2 1 11 2 0 0 4 5 0 0 3 1.05 1.14 52 A 3 -3 1 -3 0 -1 -2 -1 -2 -4 -4 1 -2 -4 -3 4 0 -4 -4 -3 24 0 8 0 2 3 2 3 1 0 1 10 1 0 0 40 4 0 0 1 0.63 1.14 53 I -3 -4 -5 -2 -3 -4 -4 -5 -5 6 1 -4 -1 -1 -4 -4 -3 -4 -3 4 1 0 0 3 0 0 1 1 0 45 11 0 0 2 0 1 0 0 0 33 1.01 1.14 54 S 0 -3 -2 -3 -2 -1 -2 -3 -3 1 -2 -3 0 0 -1 3 4 -4 -2 1 5 0 1 0 1 3 1 1 0 7 3 0 2 4 3 23 33 0 1 10 0.50 1.14 55 L 1 2 -3 -4 -3 -2 -3 -3 -3 2 1 -2 4 3 -3 -2 -2 -3 -2 2 13 13 1 1 0 1 1 1 0 13 14 1 13 13 1 1 1 0 0 13 0.36 0.68 56 S -2 -3 1 5 -4 1 2 -4 0 0 -2 -3 -3 -2 -4 1 0 -5 -4 1 2 0 5 33 0 7 12 0 2 5 3 0 0 2 0 12 4 0 0 11 0.55 1.24 57 E -1 -1 5 1 -5 0 1 1 0 -5 -2 1 -1 -5 -4 1 -2 -5 -4 -4 4 3 31 7 0 4 10 9 2 0 4 9 1 0 0 12 2 0 0 0 0.54 1.25 58 T -1 -4 -1 -4 10 0 -4 -1 -4 -3 -4 -4 -3 -4 -4 2 1 -4 -4 -1 3 0 2 0 55 5 0 4 0 0 1 0 0 0 0 14 8 0 0 4 1.53 1.22 59 E -1 0 1 0 -4 1 1 -2 2 -2 -3 3 -3 -1 -1 1 2 -4 -1 -1 3 4 6 4 0 5 10 2 5 2 2 22 0 2 2 12 12 0 2 4 0.30 1.22 60 S -3 3 2 0 -5 -2 -1 -1 0 -5 -4 5 -1 -5 0 0 -2 -5 -4 -4 1 13 10 5 0 0 2 4 2 0 1 45 2 0 5 6 2 0 0 0 0.76 1.22 61 C 0 -4 -4 -4 5 -4 -4 -1 -4 1 1 -4 1 0 -4 0 3 -4 -3 2 6 0 0 0 14 0 0 6 0 8 12 0 3 4 0 8 22 0 0 14 0.48 1.22 62 S 0 1 1 -2 -3 1 -1 2 -3 -1 -4 1 0 -3 -4 3 1 -5 -3 -2 6 7 8 2 0 5 3 18 0 3 1 7 3 1 0 25 8 0 1 3 0.34 1.20 63 V -3 -4 -5 -5 -1 -4 -5 -5 -5 4 3 -4 0 0 -5 -4 -3 -4 -3 4 1 0 0 0 1 0 0 0 0 22 33 0 1 3 0 0 0 0 0 35 0.91 1.20 64 V 0 -4 -2 -4 -1 -1 -2 -4 -4 2 2 -4 0 -2 -4 -2 -2 -4 -3 5 7 0 2 1 1 2 3 1 0 10 20 0 2 1 0 2 1 0 0 44 0.65 1.18 65 L -3 -4 -5 -5 1 -4 -4 -5 -4 2 2 -4 0 5 -2 -3 -1 -3 -2 3 1 0 0 0 3 0 1 1 0 10 22 0 2 26 2 2 3 0 0 26 0.71 1.18 66 D -2 -3 2 6 -5 0 3 -1 -1 -4 -4 0 -3 -5 -2 -1 -2 -5 -3 -3 3 1 9 42 0 3 19 5 2 0 2 4 1 0 1 4 2 0 1 2 0.79 1.18 67 S 0 -3 2 2 0 0 -1 -2 -1 -4 -4 -1 -4 -4 -1 5 2 -5 -3 -3 5 0 8 11 2 4 2 3 1 0 2 3 0 0 2 43 11 0 1 1 0.60 1.18 68 S -1 -4 -4 -5 1 -4 -4 -5 -5 1 3 -2 -1 -3 -1 -1 -1 -4 -4 5 5 0 0 0 3 0 0 0 0 6 27 2 1 0 3 5 2 0 0 42 0.68 1.20 69 I -1 -4 -2 -5 -3 -2 -3 -5 -5 4 0 -4 1 -3 -4 -3 -3 -5 -3 5 4 0 2 0 0 2 2 0 0 28 7 0 3 0 0 2 0 0 0 47 0.90 1.20 70 S 2 -1 -2 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