Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 A 3 -4 -4 -4 -4 -3 -3 -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 7 1 -3 -6 -5 -4 25 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 64 12 0 0 0 0 1.70 1.01 2 Y -5 -4 -5 -6 -5 -4 -5 -6 2 -4 -3 -5 -3 3 -6 -4 -4 7 8 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 1 0 0 10 0 0 0 18 67 0 2.08 1.17 3 S -1 -3 -1 -3 -4 -3 -3 -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -3 7 0 -6 -4 -4 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 94 4 0 0 0 1.64 1.27 4 T -3 1 -4 -5 -2 -3 -4 -2 -3 4 -2 -2 5 -3 -2 -2 3 -2 0 2 0 7 0 0 1 1 1 3 1 28 1 2 16 0 2 2 18 0 3 15 0.63 1.35 5 D -4 -4 4 7 -6 -3 -1 -4 2 -6 -6 -3 -6 -6 -4 -1 -3 -7 -5 -6 0 0 20 72 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 1.76 1.33 6 S 2 1 -1 0 -3 2 4 -3 -1 -4 -3 2 -3 -4 -4 1 -2 -2 -5 -2 18 7 3 6 0 8 27 1 1 0 2 11 0 0 0 10 2 1 0 2 0.48 1.39 7 N -4 -3 8 0 -2 -3 -3 2 -2 -6 -6 -3 -5 -6 -5 0 -1 -6 -2 -6 0 0 75 2 1 0 0 13 0 0 0 0 0 0 0 5 3 0 2 0 1.65 1.36 8 M -3 -5 -6 -6 -1 -3 -4 -6 -6 3 5 -5 3 0 -6 -4 -4 -5 -4 1 2 0 0 0 1 1 1 0 0 16 62 0 7 3 0 1 0 0 0 7 1.09 1.40 9 L -1 -5 -6 -7 2 -5 -6 -4 -3 -2 2 -5 3 0 -6 -5 -4 11 -1 -3 6 0 0 0 5 0 0 1 1 1 20 0 7 3 0 0 1 54 1 1 2.06 1.43 10 G -2 -3 -3 -4 3 -4 -4 5 8 -6 -6 -4 -5 -5 -3 -1 -3 -5 -2 -4 3 1 0 0 6 0 0 48 35 0 0 0 0 0 1 4 1 0 1 1 1.45 1.44 11 A 0 4 0 -5 1 -3 -4 -4 -4 4 -1 -2 -1 -3 -5 -2 3 -5 -3 0 9 26 5 0 2 0 0 1 0 24 5 1 1 1 0 2 18 0 1 5 0.61 1.48 12 T 1 -3 -3 -4 0 -3 0 -1 -4 -4 -3 -3 -4 -2 -4 6 3 -6 -5 -2 8 1 0 0 2 0 5 3 0 0 3 0 0 2 0 57 17 0 0 3 0.92 1.50 13 H -3 -3 -2 -5 1 -4 -5 -4 6 4 -2 -5 1 1 -6 -2 -2 -4 5 3 1 1 2 0 3 0 0 1 18 22 2 0 3 5 0 3 3 0 19 17 0.82 1.57 14 E -2 -3 -3 -2 0 0 6 2 -3 -5 -4 -1 -4 -5 -1 -1 -3 -5 0 -3 2 0 0 0 3 3 59 16 0 0 2 3 0 0 3 4 0 0 3 1 1.03 1.50 15 A 2 -2 -1 -1 3 -4 -3 6 -5 -5 -5 -4 -5 -6 -5 0 -1 -5 -5 -5 16 2 2 3 6 0 2 56 0 0 0 0 0 0 0 8 4 0 0 0 1.12 1.60 16 K -1 -1 -2 0 -5 -2 -2 5 -1 -3 -1 3 -2 -3 -3 -1 -3 -5 -3 -2 4 4 1 6 0 1 3 38 1 1 6 22 1 1 1 4 1 0 1 4 0.61 1.71 17 D -2 -2 -1 3 -2 -1 4 -2 0 1 -3 -2 -1 -2 1 -1 -2 -1 -2 0 3 2 3 15 1 2 28 4 2 10 2 2 2 2 6 5 2 1 1 7 0.38 1.62 18 L -2 -4 -5 -5 -4 -4 -4 -2 -5 3 5 -4 2 -3 -1 -4 1 -4 -4 0 3 0 0 0 0 0 1 4 0 15 52 0 4 0 3 1 9 0 0 5 0.77 1.45 19 E -2 -1 -1 2 -5 0 6 -1 1 -5 -1 0 -4 -5 -4 -1 0 -5 -4 -4 3 3 3 10 0 4 47 5 3 0 7 4 0 0 0 4 5 0 0 0 0.76 1.68 20 Y -2 -1 1 4 0 -1 -1 -2 0 -4 -3 -1 -1 -2 0 2 0 1 -1 -2 2 4 7 27 2 3 3 3 3 0 3 4 2 2 5 19 7 2 2 2 0.42 1.66 21 L -1 0 0 -4 3 1 0 -1 2 0 -1 -4 2 1 0 -1 0 4 1 0 6 6 5 0 5 5 6 6 5 6 6 0 5 5 6 6 6 5 5 6 0.17 1.89 22 N 0 -1 2 2 1 -1 0 -2 1 -5 -2 -1 1 0 -1 0 -1 8 0 -5 7 3 9 11 3 3 5 4 3 0 3 4 3 3 3 7 4 19 4 0 0.55 2.01 23 S -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 24 S 1 -2 -1 0 -1 0 3 1 0 -2 -2 -2 0 -1 0 1 -1 5 -1 -3 12 2 3 4 1 3 20 9 2 2 4 2 3 3 4 9 5 9 2 2 0.30 2.00 25 V 1 -2 -2 -2 -1 0 -1 -1 1 0 0 -2 1 0 5 -2 0 0 -1 0 10 2 2 2 2 5 4 4 3 4 8 3 3 4 26 2 5 1 2 8 0.36 2.00 26 K -2 -1 0 0 -1 0 3 -1 0 -2 -3 1 0 -3 4 -1 0 0 -1 -2 3 4 5 6 1 5 18 4 2 3 3 8 2 1 20 4 5 1 3 3 0.33 1.98 27 I 1 -2 -2 -2 0 -2 -1 -2 -1 1 1 -2 -1 1 3 -1 -1 1 2 -1 12 2 2 2 2 2 5 3 2 7 14 2 2 5 16 5 4 2 7 4 0.20 1.88 28 V -1 0 1 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 -4 1 0 0 0 -5 1 0 6 6 5 6 5 5 6 6 5 6 6 6 0 5 6 6 6 0 5 6 0.08 1.89 29 N 0 -1 0 2 1 -1 4 -3 0 -1 -3 2 1 -1 -2 -1 -2 0 0 -1 8 3 5 11 3 3 24 2 2 3 2 10 3 3 2 5 2 1 3 4 0.29 1.94 30 P -2 -2 -2 2 0 -2 0 -1 1 -2 -3 -2 0 0 5 0 -2 1 3 -3 4 2 2 10 2 2 6 5 3 2 3 3 2 4 26 7 2 2 11 2 0.48 2.05 31 I 0 -1 -4 -2 1 -1 0 -1 0 1 1 -1 2 -1 2 -1 0 2 0 1 9 4 0 3 3 3 6 5 3 8 11 3 6 3 9 6 5 3 3 8 0.10 2.06 32 M -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 33 G 0 -1 -3 1 -2 1 1 1 0 -3 -1 1 1 -3 1 -1 1 -1 -3 -1 7 4 1 9 1 7 10 11 2 2 6 7 3 1 7 5 9 1 1 5 0.13 2.08 34 V -1 0 -2 -4 -2 -3 -3 -5 -1 1 1 -1 4 -1 -5 -1 -1 6 1 3 5 6 2 1 1 1 1 0 2 7 15 4 10 2 0 5 5 11 4 18 0.45 2.09 35 K 0 0 -3 -1 0 1 -1 -1 -1 -2 -4 0 -2 -1 -1 0 5 1 2 -2 6 4 1 3 2 6 3 5 1 2 1 5 1 2 3 7 36 2 6 2 0.48 2.12 36 F -1 0 0 -1 0 -1 -1 -2 -1 -1 0 1 -1 2 -1 -1 1 1 -1 3 6 6 5 3 2 3 4 3 1 3 8 9 1 8 4 5 8 2 2 18 0.12 2.07 37 W -1 -2 -1 2 -1 -1 -2 -2 0 -3 -2 -1 -1 -2 2 2 2 7 1 -3 6 2 3 11 1 2 3 2 3 2 4 3 1 2 9 17 11 14 4 2 0.46 2.09 38 D -2 0 -1 0 0 -1 -1 -3 -1 0 -1 -1 -1 -2 6 -2 1 -6 -2 -1 3 5 3 6 2 2 3 2 2 5 6 4 1 2 36 3 10 0 2 5 0.62 2.10 39 E 0 0 0 1 1 2 3 -2 1 -1 -2 0 1 -1 0 -1 -1 2 -1 -2 8 5 4 7 2 8 21 3 3 3 4 6 3 3 5 4 4 3 3 3 0.20 2.13 40 S -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 41 V 2 0 -1 -4 1 -1 -1 -2 0 -1 -2 -1 0 -2 4 -1 0 1 -1 1 19 5 3 0 3 3 4 3 2 4 3 4 2 2 17 5 5 2 2 11 0.27 2.02 42 K 0 -1 1 1 1 0 1 -2 1 -2 -2 1 0 -1 4 0 1 -5 -1 -2 7 3 6 7 3 4 8 4 3 3 4 8 3 3 17 6 8 0 3 3 0.20 2.07 43 I -1 -1 1 3 1 0 0 -1 1 1 -1 -1 0 -1 -1 -1 0 2 0 0 4 4 8 16 3 4 5 5 3 8 6 3 3 3 4 4 5 3 3 7 0.13 2.05 44 P -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 -4 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 0.12 2.01 45 A -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 46 E -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.07 2.01 47 E -2 0 -1 0 1 0 2 -5 2 -1 -2 0 0 2 0 -1 0 2 4 -1 3 5 3 5 3 5 12 0 5 4 3 7 3 9 5 4 6 3 12 5 0.22 1.74 48 V 0 1 -4 -4 3 1 0 -5 3 1 0 -3 3 1 1 -3 0 -4 2 0 7 7 0 0 7 7 7 0 7 7 7 0 7 7 7 0 7 0 7 7 0.27 1.45 49 T -2 -1 1 -1 0 1 3 -3 0 1 -2 -1 -1 1 -4 0 3 -5 -1 0 2 2 5 3 2 6 19 2 2 8 3 3 2 5 0 7 19 0 2 5 0.26 1.47 50 V -2 -3 2 -3 4 -3 1 -4 -3 2 1 -3 3 2 -4 1 -2 -3 -2 1 1 1 10 1 10 0 11 1 0 11 11 1 10 10 1 11 1 0 0 11 0.35 0.90 51 R -2 -1 1 0 0 0 2 1 1 -2 -1 -1 -1 1 -2 0 2 1 -1 -2 3 4 7 4 2 3 17 9 3 3 7 4 2 6 2 5 14 2 2 2 0.14 1.24 52 F -4 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -4 -3 1 0 -4 2 7 -4 -4 -3 4 2 0 1 1 1 1 0 0 1 1 0 6 9 1 4 55 1 1 1 4 6 7 1.21 1.18 53 E -1 0 0 1 1 0 4 -2 1 -1 -3 2 0 -1 -1 -1 -1 -5 -1 -1 4 5 4 7 3 4 29 3 3 3 3 11 3 3 3 4 3 0 3 4 0.34 2.01 54 Q -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 -4 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.13 2.01 55 G 0 0 1 0 -5 -3 0 5 -4 -5 -5 -3 -4 -5 1 0 -3 -5 -5 -5 8 6 6 6 0 0 6 52 0 0 1 0 0 0 7 6 0 0 0 0 0.89 1.39 56 H -2 1 0 3 1 0 3 -2 1 0 -2 -1 0 -1 -4 -2 -1 2 0 0 3 9 5 15 3 4 19 3 3 5 4 3 3 3 0 3 3 3 3 8 0.25 1.61 57 P -1 -5 -5 -5 3 0 -4 -1 -5 1 0 -4 1 0 6 -4 -1 3 -4 0 6 0 0 0 5 4 0 4 0 7 7 0 4 4 39 0 4 4 0 8 0.84 1.63 58 V -2 -1 -3 -3 0 -1 -3 -3 -2 1 -2 0 1 -2 -1 -1 2 -5 -2 5 1 3 1 1 2 2 2 2 1 6 2 5 3 1 3 6 12 0 1 46 0.60 1.66 59 A 2 0 -2 -2 0 0 -1 0 0 -3 -3 4 -1 -2 -4 1 0 0 -2 -2 19 5 2 2 2 3 3 6 2 1 3 25 1 1 0 11 6 1 1 3 0.33 1.56 60 L -2 -5 -5 -5 0 -4 -2 -5 -5 3 3 -5 2 -1 -5 -2 -1 -5 0 4 3 0 0 0 2 0 3 0 0 15 31 0 4 3 0 2 3 0 3 30 0.71 1.57 61 N -1 -1 4 2 -5 1 1 -1 -3 0 -4 -1 -4 -5 1 0 1 -5 -5 0 4 4 24 11 0 6 7 5 0 5 0 4 0 0 6 6 9 0 0 7 0.40 1.49 62 G -1 0 2 1 2 1 -1 3 1 -1 -4 0 -4 -4 -4 0 0 -4 2 -1 4 4 9 8 4 6 4 25 3 4 1 5 0 0 0 6 5 0 6 4 0.31 1.45 63 K -2 0 -1 -2 0 2 2 -2 0 -2 -2 4 0 -5 0 -1 -1 -5 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