Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 V -2 -5 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 1 -1 -4 -1 -3 -4 -4 -2 -5 -3 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 1.44 0.80 2 S 0 -3 -1 -3 -3 -2 -2 -3 -3 -4 -3 -2 -3 -4 -1 5 3 -4 1 -3 3 0 2 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 2 64 21 0 6 0 0.93 0.89 3 P 1 -2 -3 0 -4 0 1 -4 -1 -4 -2 -1 -4 -5 7 0 -2 -5 -4 -3 12 1 0 5 0 3 8 0 1 1 4 2 0 0 54 7 1 0 0 1 1.15 0.93 4 E -3 -2 -2 2 -6 1 6 -4 -1 -5 -5 2 -4 -5 -3 -2 -1 -5 -4 -5 0 0 0 11 0 5 69 0 1 0 0 11 0 0 0 0 3 0 0 0 1.24 0.94 5 E -4 -1 -1 6 -6 0 4 -4 -3 -5 -6 0 -5 -6 -4 -2 -3 -6 -5 -5 0 3 1 58 0 2 30 0 0 0 0 4 0 0 0 2 0 0 0 0 1.35 0.98 6 A 1 0 -4 -2 -3 -4 -4 -5 -5 5 0 -1 1 -1 -4 -1 -2 -5 -2 4 12 5 0 2 0 0 0 0 0 34 5 5 3 2 0 4 1 0 1 26 0.58 1.00 7 I 1 0 -3 -2 -4 0 1 -3 -1 3 -1 2 0 -1 -3 -1 0 -5 -1 2 12 6 0 1 0 3 10 2 1 16 5 13 3 2 0 3 5 0 2 16 0.21 0.99 8 K 2 2 -1 0 -5 0 1 -4 -3 -4 -2 5 -3 -5 -3 -2 -1 -5 -4 -2 16 8 2 4 0 3 10 0 0 0 3 47 0 0 0 1 3 0 0 2 0.68 0.95 9 C -1 -5 -1 -3 10 -5 -5 -4 -5 -2 -3 -5 0 -2 -5 -1 -2 -5 -4 -3 4 0 3 1 81 0 0 0 0 1 1 0 2 2 0 3 1 0 0 0 2.21 0.95 10 E -3 -2 -1 0 -5 0 7 -4 0 -5 -2 -1 -4 -5 -3 -1 0 1 -2 -4 0 0 2 3 0 1 75 0 2 0 6 1 0 0 0 2 6 2 1 0 1.19 0.95 11 D -1 -1 1 2 0 0 6 -4 -1 0 -4 1 -4 -5 -4 -2 -2 -5 -4 -4 6 2 5 10 2 1 54 0 1 6 0 10 0 0 0 1 2 0 0 0 0.81 0.95 12 K -3 6 0 -3 -5 1 -1 -4 0 -5 -4 4 -3 -3 -4 -3 -2 -5 -4 -5 0 58 4 0 0 3 2 0 2 0 0 30 0 1 0 0 1 0 0 0 1.25 0.93 13 F -2 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -5 2 -3 -3 -4 -3 6 -5 -2 -4 4 7 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 34 0 3 0 5 51 0 1.54 0.93 14 T 2 0 5 -2 -4 1 -1 -2 0 -4 -3 1 0 -2 -4 2 1 -5 -4 -4 15 3 29 0 0 6 2 2 2 0 1 7 3 2 0 20 7 0 0 0 0.52 0.97 15 K -3 2 -1 1 -5 -1 0 -4 -3 -4 -5 7 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -1 0 8 2 7 0 0 3 0 0 0 0 75 0 0 0 0 0 0 0 5 1.22 0.97 16 S 4 -3 0 -2 0 -3 -3 2 -3 -4 -4 -3 -1 -2 -3 4 -2 -4 0 -3 35 0 4 2 2 0 0 12 0 0 0 0 1 2 0 38 0 0 4 0 0.70 0.97 17 K -2 2 0 -3 -2 -1 0 -4 -3 -5 -3 7 -4 -5 -1 -2 -3 -5 -4 -4 1 7 4 0 1 0 3 0 0 0 2 79 0 0 3 0 0 0 0 0 1.29 0.98 18 T 3 -2 0 -2 1 -2 0 -3 2 -1 0 1 2 -3 -4 -1 3 -5 -4 -2 32 1 4 2 2 1 5 1 5 3 8 8 6 1 0 2 18 0 0 2 0.36 1.00 19 V -1 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 2 0 -5 0 -3 -5 -4 -1 -5 -4 6 4 0 0 0 0 0 0 0 0 8 3 0 2 0 0 0 1 0 0 81 1.26 1.00 20 Y -1 -1 4 0 -5 1 -2 -3 8 -5 -4 -2 -1 -1 -4 -1 -3 -4 1 -4 7 3 21 4 0 5 0 0 49 0 0 0 2 2 0 2 0 0 3 0 1.19 0.95 21 S -1 0 1 -2 -1 1 -2 0 -3 -4 -2 -2 -3 -5 -3 6 -1 -5 -4 -4 1 5 7 1 1 7 0 6 0 0 5 0 0 0 0 64 2 0 0 0 0.83 0.98 22 I -3 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -5 6 1 -2 1 -2 -4 -4 1 -4 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 61 12 3 2 0 0 0 8 0 0 11 0.97 0.93 23 L -3 -4 -4 -5 -3 -3 -4 -5 -4 1 4 -4 6 -2 -4 -4 -3 -4 -3 3 1 0 0 0 0 0 0 1 0 5 45 0 26 0 0 1 0 0 0 18 0.94 0.91 24 R -1 7 -3 -3 1 -1 -1 -4 -3 -1 -2 0 -3 0 -4 -2 0 -4 -3 -3 6 63 0 0 4 0 2 1 0 4 3 3 0 4 0 2 5 0 0 1 0.97 0.91 25 H -3 1 0 -3 -4 2 -1 -4 9 -4 -3 -2 -3 0 -4 -2 -1 -4 1 -4 2 6 4 0 0 9 3 1 58 0 2 0 0 3 0 2 4 0 4 0 1.29 0.91 26 V 0 -4 -4 -4 3 -1 -4 -4 -4 2 0 -3 -1 -3 -4 -3 0 -4 -3 5 6 1 0 1 6 3 1 1 0 8 7 1 0 0 1 1 5 0 0 58 0.76 0.88 27 A 6 -3 -3 -3 3 -3 -3 -1 -3 -3 -3 -3 -3 -4 -3 1 -1 -4 -4 -1 74 0 0 0 6 0 0 3 0 0 1 0 0 0 0 8 2 0 0 2 1.01 0.91 28 E -3 0 -1 2 -4 3 4 0 0 -4 -3 1 -3 -4 -3 0 1 -4 -4 -4 1 5 2 13 0 12 36 6 2 0 2 7 0 0 0 5 8 0 0 1 0.58 0.90 29 V -1 2 -2 -3 -3 0 0 -3 -1 0 1 4 0 -3 -3 -1 0 -3 -3 0 4 9 2 1 0 4 4 1 1 7 15 33 2 1 1 3 5 0 1 6 0.34 0.81 30 L -1 -1 -3 -3 3 -1 -2 -3 4 -1 3 -2 2 1 -3 -2 0 -3 -1 -1 4 4 1 1 7 2 3 2 12 2 36 1 6 6 1 3 5 0 1 2 0.40 0.81 31 E -1 -1 2 0 -3 1 1 3 2 -3 -3 1 -3 -3 1 0 0 -3 -3 -3 3 2 9 4 0 6 11 26 4 1 3 8 1 1 6 6 5 0 1 2 0.33 0.95 32 Y -1 -1 -1 -3 -3 -1 -2 -1 0 2 0 -1 1 1 -3 0 -1 -2 4 1 5 3 3 1 1 3 2 4 2 15 8 4 4 6 1 9 3 0 16 9 0.23 0.95 33 T 0 0 0 2 -3 0 1 0 -1 -2 -3 0 -2 -3 1 1 2 -3 -3 -2 6 4 4 14 1 4 10 6 1 3 3 5 1 1 7 11 14 0 1 3 0.20 0.90 34 K 0 -3 1 0 1 0 0 -2 0 -3 -2 0 1 -4 0 1 4 -4 -1 -1 8 1 7 5 3 3 7 3 2 1 3 5 3 1 5 10 25 0 2 5 0.29 1.47 35 D 0 -1 3 4 0 0 1 1 0 -2 -2 0 0 -4 -4 0 -1 -4 -1 -4 8 2 12 21 2 4 10 10 2 3 4 5 2 1 1 6 4 0 2 1 0.32 1.54 36 E -1 -1 -1 -1 0 0 4 -2 1 0 1 -1 1 -4 -4 -1 2 -4 -4 0 4 3 2 4 2 4 25 3 3 6 12 3 4 1 1 3 12 0 0 7 0.29 1.53 37 Q 0 0 0 3 -5 3 0 -2 -4 -2 -3 1 -4 -5 3 0 1 1 0 -1 6 5 4 14 0 14 5 2 0 2 2 8 0 0 14 5 8 2 3 4 0.34 1.67 38 L -3 -5 -5 -6 -1 -4 -5 -6 -5 2 5 -5 4 0 -2 -3 -2 -4 -3 2 1 0 0 0 1 0 0 0 0 10 53 0 10 4 2 1 1 0 0 14 0.91 1.35 39 E -3 -3 -3 1 -6 0 7 -3 -1 -3 -2 0 -4 -5 -2 -2 -2 -5 -4 -3 0 0 0 4 0 2 72 1 1 1 4 5 0 0 2 2 2 0 0 2 1.28 1.35 40 S -2 -2 -1 4 -5 2 4 -2 1 -5 -4 0 -2 -5 -2 0 2 -5 -4 -3 3 1 1 25 0 8 28 2 4 0 1 4 1 0 2 7 12 0 0 2 0.65 1.32 41 L -4 -4 -5 -5 -4 -4 -5 -5 -5 0 6 -5 1 -1 -5 -3 -3 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 81 0 3 2 0 2 0 0 0 4 1.29 1.32 42 F -4 -4 1 -2 1 -3 -4 -4 1 -3 -3 -4 0 1 -4 -2 -3 -1 8 -2 1 0 9 2 3 0 1 1 2 0 2 0 3 4 0 2 1 0 66 2 1.56 1.28 43 Q -1 0 -1 0 -4 3 4 -4 -1 -2 -3 2 1 -5 -2 -1 1 -5 -4 -1 4 5 2 5 0 13 33 1 1 3 1 11 4 0 2 3 8 0 0 4 0.52 1.29 44 R -1 2 -1 -2 -5 3 -1 -4 2 -3 -2 4 0 -5 -2 1 1 -2 -4 -3 4 12 2 2 0 13 3 0 5 2 4 29 3 0 2 10 9 1 0 1 0.50 1.37 45 T -2 -5 -5 -5 0 -5 -5 -5 -5 5 -1 -5 0 1 -5 -3 3 1 -2 3 3 0 0 0 2 0 0 0 0 40 3 0 2 7 0 1 20 2 1 19 0.86 1.37 46 A 5 -4 -4 -4 -1 -4 -4 4 -5 1 -4 -4 -4 -5 -4 -1 -3 -5 -5 0 50 0 0 0 1 0 0 30 0 8 0 0 0 0 0 2 0 0 0 7 0.97 1.37 47 W -5 -5 -6 -6 -5 -4 -5 -5 -1 -5 -4 -5 -4 0 -6 -5 -5 12 2 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 2 0 0 0 87 6 0 3.57 1.27 48 V -2 -3 -4 -3 -5 -3 -2 -5 3 -4 -3 -2 -2 0 7 -3 -4 -5 2 -2 3 1 0 1 0 0 1 0 8 0 3 3 1 4 66 1 0 0 6 2 1.63 1.27 49 F -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 -1 5 -5 2 5 -5 -5 -4 -3 -1 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 68 0 5 23 0 0 0 0 1 1 1.29 1.29 50 D -2 -4 2 3 -5 -2 1 0 2 -5 -5 -3 -2 -1 -5 -1 -2 -3 7 -4 3 0 9 19 0 1 9 9 5 0 0 0 1 1 0 5 2 0 36 0 0.86 1.29 51 D -2 4 -2 2 -5 0 2 -4 -1 -5 -5 4 -4 -5 -4 -2 -1 -3 -4 -3 4 27 1 11 0 4 14 0 1 0 0 30 0 0 0 2 4 0 0 2 0.78 1.29 52 K -2 2 -1 -3 -5 0 0 -1 -3 -3 -3 6 0 -5 -3 -3 -1 -5 -4 -3 2 9 2 0 0 2 4 4 0 2 2 61 3 0 0 0 4 0 0 1 0.99 1.23 53 Y -2 -4 -4 -3 -2 -3 -1 -4 1 -3 -2 -4 -1 3 -4 -3 -1 -1 8 -3 2 0 0 1 1 1 4 1 3 0 2 1 1 11 0 2 4 0 64 1 1.48 1.20 54 K -1 -1 1 -1 -5 -1 -3 6 -4 -5 -5 3 -4 -5 -2 -2 -4 -5 -5 -5 3 3 5 2 0 2 0 59 0 0 1 19 0 0 2 1 0 0 0 0 1.09 1.26 55 R -3 2 -1 -3 -3 0 -1 -2 9 -3 -4 2 -1 -4 -4 -2 -3 -4 -2 -4 1 9 2 1 1 3 3 3 54 2 1 16 2 0 0 2 1 0 0 1 1.36 1.22 56 P 0 0 0 -1 -2 1 1 -2 0 -2 -2 2 -2 -2 4 -1 -1 -2 -1 -1 10 5 4 3 1 6 8 4 2 2 4 13 1 2 21 3 4 1 2 5 0.29 0.67 57 G 1 -1 0 -1 -1 -1 -1 3 1 -1 -1 1 -1 -1 0 0 0 3 1 -1 10 3 5 3 1 2 4 20 3 3 6 7 1 2 4 7 5 4 5 4 0.13 0.55 58 Y 0 0 0 0 0 0 0 -1 0 -1 -1 1 1 0 -1 0 0 -1 1 1 8 5 4 5 2 4 7 6 3 4 7 7 3 3 4 6 6 1 5 10 0.02 0.40 59 G 2 -1 1 0 -1 -1 -1 1 3 -2 -1 -1 -1 -1 0 2 -1 3 -1 -1 16 3 6 4 1 2 3 10 7 3 5 3 1 2 5 15 4 4 2 4 0.16 0.58 60 A 5 -3 -3 -3 3 -3 -3 -2 -4 -3 -1 -3 -3 -4 -3 2 -1 -4 -4 -2 58 0 0 1 6 0 1 1 0 0 7 1 0 0 0 18 3 0 0 2 0.86 1.15 61 Y -4 -4 -3 -6 -1 -4 -5 -6 1 -1 0 -3 -3 4 -5 -4 -4 3 8 -1 0 0 1 0 1 0 0 0 3 3 8 2 0 15 0 0 0 3 58 4 1.47 1.24 62 D -3 -3 1 7 -6 0 4 -4 -3 -5 -6 -3 -5 -6 -4 -2 -3 -6 -5 -3 1 0 6 61 0 4 25 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 2 1.43 1.23 63 A 5 -4 -4 -4 -3 -3 -1 -1 -4 1 -3 -2 -2 0 -3 -1 -3 2 -1 1 58 0 0 0 0 0 4 4 0 7 1 2 1 5 0 1 0 3 2 11 0.72 1.15 64 F -4 -5 -5 -6 -5 -5 -5 -5 -4 -2 2 -5 -2 8 -6 -5 -4 -2 2 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 16 0 0 78 0 0 0 0 3 0 1.85 1.19 65 K -1 2 0 -3 -5 0 -2 -4 0 -5 -4 7 -4 -5 -4 -2 -1 -5 -2 -4 3 7 5 0 0 3 0 0 2 0 1 73 0 0 0 1 2 0 2 1 1.26 1.20 66 H -1 0 -2 -1 -5 3 1 -5 3 0 3 1 3 -2 -5 -3 -2 -5 -2 -1 6 5 1 3 0 13 9 0 7 5 30 8 7 1 0 0 2 0 1 2 0.39 1.23 67 A 4 -4 -1 -4 2 -3 -4 -1 -4 0 -1 -3 1 -3 -4 3 -1 -5 -4 -1 43 0 2 0 4 0 0 4 0 6 4 0 4 1 0 26 2 0 0 2 0.67 1.23 68 V -1 -4 0 -5 -4 -1 -4 -5 -5 4 2 -1 1 -3 -5 -4 -1 -5 -4 4 5 0 5 0 0 2 0 0 0 26 19 4 2 0 0 0 2 0 0 33 0.71 1.21 69 S 0 -1 2 1 -4 0 -1 -3 1 -1 -2 -3 -1 -3 -4 2 5 -5 -4 -1 6 3 10 8 0 5 2 1 3 4 3 0 1 1 0 13 35 0 0 5 0.47 1.21 70 D -4 -3 4 6 -5 -2 3 -3 -2 -5 -5 -1 -5 -6 -1 -2 -1 -6 -5 -1 0 1 19 43 0 0 19 1 1 0 0 3 0 0 3 2 4 0 0 5 1.00 1.22 71 P -3 -1 -1 2 -5 0 2 -4 -2 -5 -4 -1 -3 -6 7 -2 -1 -6 -5 -4 1 3 2 10 0 3 13 0 1 0 1 2 1 0 56 3 3 0 0 0 1.38 1.22 72 S -1 -3 1 3 -5 0 4 -1 -1 -5 -5 -1 -4 -5 -4 3 2 -6 -5 -4 4 0 5 18 0 4 24 3 1 0 0 4 0 0 0 26 12 0 0 0 0.67 1.20 73 I -2 -2 -3 -6 -4 -5 -5 -6 -6 4 0 -5 -1 -2 -4 -4 -2 -5 -4 6 2 2 1 0 0 0 0 0 0 27 6 0 1 1 1 0 1 0 0 58 1.11 1.20 74 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -5 0 4 -5 -1 6 -6 -4 -4 6 -1 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 44 0 0 39 0 1 0 10 0 3 1.30 1.20 75 D 0 -3 2 5 -5 -2 1 2 -3 -5 -3 1 -5 -5 -4 1 -2 -6 -3 -4 6 0 11 36 0 1 10 15 0 0 2 8 0 0 0 8 1 0 1 1 0.71 1.20 76 S -2 -2 -1 2 -5 1 4 3 -3 -5 -5 -1 -5 -6 2 1 -2 -6 -5 -4 2 1 2 13 0 5 29 21 0 0 0 3 0 0 9 13 2 0 0 1 0.62 1.19 77 L -2 -5 -6 -6 6 -3 -4 -6 -5 2 4 -5 0 1 -5 -4 -3 -4 0 0 3 0 0 0 17 1 1 0 0 13 50 0 1 6 0 1 0 0 3 4 0.95 1.21 78 D -2 -3 3 5 -2 1 2 -1 0 -4 -5 -1 -4 -5 1 -1 2 -5 -4 -4 2 0 13 30 1 5 11 5 2 1 0 4 0 0 7 4 14 0 0 0 0.62 1.17 79 L -2 -5 -5 -6 -2 -5 -5 -6 -5 5 3 -5 2 2 -1 -3 -3 -4 -2 3 3 0 0 0 1 0 0 0 0 31 30 0 4 8 4 1 0 0 1 17 0.78 1.19 80 N -1 -4 0 4 -4 -2 -1 -3 -2 -5 -5 -3 -4 -5 5 3 2 -6 -5 -4 5 0 4 22 0 1 3 0 1 0 0 0 0 0 28 23 12 0 0 0 0.87 1.19 81 E 0 -3 0 2 -5 1 4 -3 -3 -5 -5 -1 -4 -6 4 0 -2 -6 -5 -4 8 0 4 11 0 6 34 1 0 0 0 3 0 0 22 8 1 0 0 1 0.79 1.19 82 D 0 -1 1 3 -5 1 5 -3 0 -3 -5 1 -4 -5 -1 1 -2 -5 -4 -3 8 3 6 17 0 4 35 1 2 1 0 9 0 0 2 9 1 0 0 1 0.64 1.19 83 E -1 -4 -3 -4 -4 -1 1 -5 -5 3 0 -4 0 -3 -4 -3 3 -5 -4 4 3 0 1 1 0 4 9 0 0 19 7 0 1 0 0 0 19 0 0 37 0.67 1.19 84 R -2 3 -3 -4 -5 1 -2 -5 -2 1 1 5 -1 -2 -4 -3 -3 -5 -2 -2 3 18 0 0 0 6 0 0 1 8 15 43 1 1 0 0 1 0 1 1 0.73 1.22 85 E 0 -1 0 4 -5 1 4 -3 0 -5 -4 2 -4 -4 -4 0 -1 -6 -4 -5 7 3 5 22 0 5 34 1 2 0 2 12 0 1 0 5 3 0 0 0 0.70 1.22 86 V 2 -3 -3 -1 0 -1 3 -3 -2 0 -1 0 0 -2 -4 1 -1 -5 -4 2 16 0 1 2 2 2 23 1 1 5 4 5 3 2 0 13 3 0 0 16 0.33 1.22 87 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -5 1 6 -5 0 -1 -6 -5 -4 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 90 0 1 1 0 0 0 0 0 3 1.49 1.22 88 I -4 1 -3 -4 -4 0 -3 -5 -1 2 3 2 4 -1 -5 -4 0 -5 -3 2 0 7 1 0 0 3 1 0 2 12 30 13 12 2 0 0 6 0 1 12 0.51 1.22 89 N 1 -1 1 0 -5 2 2 -2 -2 -4 -2 2 -2 -5 -4 2 1 -5 -4 -2 11 2 8 4 0 9 15 3 1 0 4 15 1 0 0 17 8 0 0 2 0.36 1.22 90 N -2 -1 5 3 -5 0 -2 -4 2 -2 -4 -2 -4 -3 -4 -1 3 -4 4 -3 3 3 27 15 0 4 2 0 4 2 1 1 0 0 0 4 18 0 14 1 0.64 1.20 91 I -4 -6 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 7 1 -5 0 -3 -5 -5 -3 -5 -4 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 88 6 0 1 0 0 0 0 0 0 5 1.70 1.20 92 N 2 4 0 -3 0 3 1 0 -2 -5 -4 3 -4 -5 -4 1 -1 -5 -4 -4 16 21 4 0 2 11 7 7 0 0 0 17 0 0 0 10 4 0 0 0 0.52 1.20 93 R -3 6 -1 -4 -6 -1 -3 -5 4 -5 0 3 -1 -3 -3 -2 -4 -5 -3 -5 1 56 2 0 0 2 0 0 11 0 9 14 1 1 1 1 0 0 0 0 1.14 1.19 94 R -4 8 -3 -4 -6 -1 -2 -5 -3 -6 -5 3 -4 -5 -4 -3 -3 -5 -4 -5 0 82 0 0 0 0 0 0 0 0 0 18 0 0 0 0 0 0 0 0 1.82 1.14 K Lambda Standard Ungapped 0.1331 0.3152 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1848 0.3186 PSI Gapped 0.0566 0.2670