Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 P -4 -5 -5 -5 -6 -4 -4 -5 -5 -6 -6 -4 -6 -7 9 -4 -4 -7 -6 -6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 3.15 1.72 2 V 2 -4 -3 -3 -5 -1 -2 -3 -4 3 -1 -4 -2 -4 0 -2 0 -6 -3 5 17 0 1 1 0 2 3 2 0 19 3 1 1 0 5 2 4 0 1 37 0.67 1.94 3 Y 4 -3 -3 -5 -3 -3 -3 -4 -2 -1 0 -3 -1 1 5 -2 -2 -4 1 -3 30 1 1 0 0 1 2 1 1 4 11 1 2 5 29 1 2 0 5 1 0.71 2.03 4 P -4 -6 -5 -4 -3 -4 -4 -5 -6 -3 -5 -4 -5 -7 8 -4 -4 -7 -5 -3 1 0 0 0 1 0 0 0 0 2 1 0 0 0 91 1 0 0 0 1 2.77 2.07 5 S -2 -3 -2 -2 -3 0 0 -5 -3 2 -2 0 -2 -4 -4 0 3 -6 -4 4 3 1 2 2 0 5 7 1 0 10 2 5 1 0 1 7 18 0 0 33 0.56 2.08 6 A 6 -5 -5 -5 -3 -4 -3 -3 -5 -2 -4 -4 -4 -4 1 -1 -2 -6 -4 1 74 0 0 0 0 0 1 0 0 2 1 0 0 1 6 4 1 0 0 8 1.34 2.09 7 D 1 0 3 4 -2 0 0 -1 -2 -3 -3 0 -4 -4 -4 2 -1 -4 -3 -1 10 5 13 25 1 3 6 4 1 2 2 5 0 1 0 13 3 0 1 5 0.44 2.10 8 F 1 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -5 -4 1 -1 -6 -2 8 -4 -5 -4 -1 0 -1 13 1 0 0 0 0 0 1 0 7 5 0 1 65 1 0 1 0 2 3 1.61 2.09 9 K -1 -2 0 0 -4 -1 0 -1 -3 -2 -4 -1 -3 -4 -3 3 5 -4 -2 -2 5 2 4 5 0 2 7 4 0 2 1 4 1 1 1 25 32 0 1 3 0.58 2.08 10 S 4 -4 -3 -4 -3 -3 -3 -2 -2 0 -2 -3 -1 2 0 1 0 0 2 1 36 0 1 1 0 1 1 3 1 5 3 1 1 9 4 9 5 1 8 10 0.50 2.00 11 N -1 -2 3 4 -5 0 0 -2 -2 -3 -4 -2 -3 -3 -1 3 2 -4 -3 -3 4 1 15 20 0 3 6 3 1 2 2 3 0 1 3 21 12 0 1 2 0.52 2.00 12 I 0 -2 -2 -3 1 -1 -3 -4 -4 2 -2 1 -2 0 4 -2 0 -3 -1 3 6 2 2 1 3 3 1 1 0 10 3 9 1 4 22 3 6 0 2 19 0.44 2.02 13 T -1 -2 0 1 -1 -1 -1 -3 -3 -1 -2 -2 -1 -2 -1 2 5 -3 -2 -1 5 2 5 8 1 3 4 2 0 3 4 2 1 2 3 15 34 0 1 5 0.49 2.00 14 S 1 -3 1 0 -2 -1 0 1 -2 -2 -3 -1 -3 -2 0 3 1 -3 -1 -1 10 1 7 4 1 3 7 9 1 2 2 3 1 2 6 24 10 0 2 5 0.27 1.88 15 G -1 -2 0 0 -2 -1 -1 5 -2 -3 -1 -1 -3 -3 -1 -1 1 -2 -3 -2 6 2 5 6 1 3 5 39 1 2 6 3 1 1 4 4 8 1 1 3 0.48 1.81 16 Y 0 -1 2 1 2 0 0 -2 -1 -1 -1 0 -2 0 0 0 2 -3 1 0 6 3 8 6 4 5 7 4 1 4 6 6 1 4 5 6 13 0 6 6 0.10 1.91 17 I 3 -3 -2 -3 0 -3 -3 -2 -3 2 0 -3 -2 -1 0 -1 0 -2 0 3 25 1 2 2 2 1 2 3 0 10 7 1 1 2 5 5 5 1 3 21 0.35 1.97 18 F 0 -2 -1 -2 4 -1 -1 -3 -2 -1 -2 -2 -2 0 5 -1 0 -2 0 -1 7 2 3 3 10 3 4 2 1 3 4 2 1 5 31 5 5 0 3 5 0.57 1.94 19 L 0 -4 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -3 1 3 -3 0 1 1 -2 0 -2 -1 2 7 1 2 2 1 2 3 2 0 6 32 2 2 6 7 3 5 1 2 15 0.35 1.91 20 S -2 -2 2 1 -3 -1 -1 4 -2 -3 -3 -2 -2 -1 -1 0 3 -2 -2 -3 3 2 10 6 0 2 3 29 1 1 2 3 1 3 3 7 18 1 1 2 0.46 1.85 21 E 0 -1 0 2 -2 1 2 -1 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -2 0 0 -2 -1 1 7 3 5 12 1 7 16 4 1 2 7 3 2 3 2 7 6 1 2 9 0.15 1.66 22 P 1 -1 0 -1 -3 0 1 -1 -2 -2 -3 0 -2 -3 2 2 3 -2 -2 -1 10 3 4 4 0 3 10 4 1 2 3 5 1 1 11 14 17 1 1 5 0.25 1.81 23 V -1 -5 -4 -5 -2 -4 -4 -3 -4 3 -1 -4 -2 1 -4 -1 -1 -5 -2 6 5 0 1 1 1 1 1 2 0 15 6 1 1 5 1 4 3 0 1 52 0.94 2.03 24 Q 0 0 2 0 -3 3 0 -2 0 -3 -3 0 -3 -3 -4 2 3 -4 -1 -1 6 5 10 5 0 13 5 2 2 2 2 5 1 1 1 16 19 0 2 4 0.36 2.04 25 F -2 -5 -5 -5 -3 -5 -5 -5 -3 -2 -1 -6 -2 8 -4 0 -3 0 1 -2 3 0 0 1 1 0 0 1 0 1 4 0 1 71 1 7 1 1 3 2 1.74 2.02 26 T -1 -2 0 -1 -3 -1 0 -4 -2 -1 -4 -1 -2 -2 -3 3 5 -3 -1 -1 4 2 5 3 0 2 5 1 1 4 1 4 1 2 1 21 37 0 2 3 0.62 2.04 27 D 0 -4 4 6 -2 -3 -1 -1 -3 -5 -5 -3 -4 -4 -3 0 -3 -2 -4 -3 8 1 18 48 1 1 2 5 0 1 1 1 0 1 1 7 1 1 1 2 1.09 2.05 28 L 0 -1 0 -2 -2 1 -1 -2 -2 -2 0 0 -1 -1 3 1 2 -3 0 -2 8 3 5 2 1 6 5 2 1 2 11 5 1 2 14 11 14 0 4 3 0.21 2.04 29 S -1 -3 0 4 -2 -3 -1 -1 -2 -4 -5 -3 -4 -4 -3 5 1 -3 -3 -3 4 1 3 22 1 1 3 5 1 1 1 1 0 0 1 43 10 0 1 2 0.83 2.04 30 K -1 -2 0 -2 -3 -1 -1 4 -2 -1 -3 -1 -3 -3 0 2 3 -6 -1 -2 5 2 5 2 1 3 4 28 1 3 2 3 1 1 4 13 16 0 2 3 0.38 2.03 31 D -2 -2 3 4 -3 -1 0 3 -2 -4 -4 -2 -4 -3 -2 0 0 -3 -1 -4 4 2 16 24 0 2 6 19 1 1 1 2 0 1 2 7 6 0 2 1 0.56 2.02 32 A 2 -3 -1 -2 -3 -2 -2 0 -3 4 -2 -2 -2 -2 3 0 0 -6 -2 1 20 1 3 2 1 2 2 6 1 23 2 2 0 2 12 6 5 0 1 8 0.40 2.02 33 T 0 -3 -1 1 -3 -1 -1 -3 -3 1 1 -2 -2 -1 -3 -1 4 0 -1 2 7 1 3 7 0 2 3 2 1 7 14 2 1 2 1 4 23 2 2 16 0.31 2.01 34 E 0 -1 0 -1 -2 0 0 -1 -2 -4 -4 0 -2 -4 -4 4 3 -2 -3 -3 8 4 4 4 1 4 7 5 1 1 2 5 1 1 1 32 18 1 1 1 0.49 1.98 35 W -3 -1 -4 -5 -2 -3 -4 -5 -1 -2 -2 -4 -3 2 -5 -4 -3 8 8 -2 2 3 1 1 1 1 1 1 1 2 3 1 1 6 1 1 1 21 50 3 1.70 1.97 36 K 0 0 0 0 -3 2 2 -3 1 -2 0 0 -1 -2 -5 2 1 -1 -1 -2 7 6 4 4 1 8 15 1 3 3 8 6 1 2 0 15 8 1 2 3 0.21 1.95 37 W -4 -6 -7 -7 -1 -5 -6 -6 -5 -3 -2 -6 -1 0 -7 -6 -5 12 0 -3 1 0 0 0 1 0 0 0 0 2 3 0 1 2 0 0 0 84 2 2 3.62 1.94 38 D -3 -2 2 5 -6 0 1 -4 -1 -4 -4 0 -2 -3 -3 1 2 -1 -2 -3 2 2 10 36 0 4 9 1 1 1 1 5 1 1 1 9 11 1 2 1 0.70 2.05 39 F -4 -5 -3 -4 -2 -5 -4 -2 -2 0 -1 -3 -1 8 -4 -3 -3 0 0 -2 1 0 1 1 1 0 1 3 1 4 6 2 1 67 1 2 1 1 2 3 1.57 2.04 40 G -1 -3 -1 0 -2 -3 -2 6 -2 -4 -5 -2 -3 -5 -1 -1 -2 0 -3 -4 5 1 3 4 1 1 3 62 1 1 1 2 1 0 3 5 2 1 1 1 1.12 2.01 41 D -3 -2 2 7 -6 -2 0 -1 -1 -3 -5 -1 -1 -2 -2 -2 -2 -6 -2 -3 2 2 8 56 0 2 4 5 2 2 0 3 2 2 2 3 3 0 2 2 1.10 2.04 42 G -2 -2 0 -2 -5 -2 -1 6 0 -2 -3 -2 -1 -2 -2 -2 -2 3 -2 -3 3 2 4 3 0 2 4 53 2 2 2 3 2 2 3 3 2 3 2 2 0.85 2.12 43 S -1 -1 1 -1 1 1 0 -1 1 -1 -3 -1 0 -1 -1 2 3 2 0 -1 6 3 7 4 2 5 5 4 3 4 3 3 3 3 3 14 17 3 3 4 0.17 2.19 44 S -1 -1 0 0 0 -1 -1 -1 0 -1 -2 0 1 -1 -1 0 4 2 0 -1 4 3 4 5 2 3 3 6 3 4 3 6 3 3 3 7 23 2 3 5 0.17 2.19 45 S 2 -3 -2 -1 -2 -1 -2 0 -2 -2 -3 -2 -2 -3 -2 5 0 -1 -2 -1 14 1 1 3 1 2 3 8 1 2 3 3 1 1 2 42 4 1 2 4 0.55 2.13 46 K -1 -2 1 0 -1 -1 0 -2 -1 -2 -3 -1 -1 -2 -2 2 5 -1 -1 -1 5 3 6 6 1 2 6 4 1 2 3 3 2 2 2 13 33 1 2 3 0.43 2.13 47 K -1 -2 0 1 -1 1 2 4 -1 -3 -2 -1 -2 -3 -3 0 0 -1 -2 -2 5 2 4 7 1 6 15 27 2 2 4 3 1 1 1 7 7 1 1 4 0.33 2.14 48 Q 1 0 -1 -2 -2 4 1 -2 -1 -1 -2 1 -1 -2 1 0 -1 1 -2 0 14 6 3 2 1 17 9 2 1 3 3 7 2 2 8 6 4 2 1 6 0.24 2.11 49 N -2 -1 5 1 -2 -1 0 -2 0 -2 -3 -1 -2 -3 -3 2 2 0 -2 -2 3 3 29 6 1 3 6 3 3 2 2 4 1 1 1 15 11 2 2 3 0.49 2.13 50 P 1 -3 -2 -3 -5 -2 -3 -2 -2 0 -2 -3 -2 -1 6 -2 0 -1 -3 2 11 1 2 1 0 2 1 3 1 4 3 1 1 3 40 3 6 1 1 15 0.83 2.13 51 T -1 -2 0 -2 -2 0 0 -3 -2 -1 -3 0 -2 -3 -3 3 4 -1 -2 1 4 2 4 2 1 5 6 2 1 4 3 5 1 1 1 20 25 1 1 9 0.38 2.16 52 H -3 -2 -1 -2 -3 -2 -3 -4 9 -2 -4 -2 -3 -1 -3 -4 -3 0 3 -1 1 2 2 2 1 1 1 1 60 2 1 3 1 3 1 1 1 1 9 5 1.77 2.17 53 T -1 0 -1 -3 -3 0 -2 -4 -3 1 -2 -1 -2 -3 -2 1 5 -2 -2 2 5 5 2 1 1 4 3 1 1 7 3 3 1 1 2 9 39 1 1 12 0.57 2.13 54 Y -4 -5 -4 -5 -6 -5 -6 -6 -2 -3 -3 -4 -2 5 -5 -4 -4 1 9 -4 1 0 1 1 0 0 0 0 0 1 1 1 1 24 1 1 1 1 65 1 2.18 2.14 55 S 2 -1 1 1 -2 0 0 -2 -2 -4 -3 0 -2 0 0 2 3 -2 -1 -3 14 3 7 8 1 4 7 3 1 1 2 5 1 4 5 13 16 1 2 2 0.25 2.14 56 E 1 0 1 0 -2 2 1 -2 -1 -3 -3 2 -2 -3 -4 1 2 -2 -2 -1 12 5 7 4 1 9 11 2 1 2 3 12 1 1 0 10 12 1 2 4 0.25 2.13 57 T 3 -3 0 -1 -3 -2 1 -2 -3 -2 -4 -2 -3 -4 5 1 0 -3 -3 -1 22 2 4 4 0 1 8 4 1 2 1 2 1 1 28 8 6 0 1 4 0.58 2.12 58 G -3 -4 -3 -3 -4 -3 -4 7 -4 -7 -6 -3 -6 -4 -6 -3 -4 -2 -4 -6 1 1 1 1 0 1 1 88 0 0 1 1 0 1 0 1 1 1 0 0 2.02 2.13 59 I -2 -1 2 0 -3 0 1 -4 -2 0 -3 -1 -2 -3 -3 1 5 -3 -2 0 3 3 8 6 0 3 9 1 1 5 2 3 1 1 1 10 33 0 1 7 0.48 2.12 60 Y -4 -3 -5 -5 -6 -3 -5 -5 1 -3 -4 -3 -3 3 -5 -4 -4 0 9 -3 1 1 0 0 0 1 0 1 3 1 1 2 0 10 1 1 0 1 76 1 2.23 2.12 61 T -2 -1 2 1 -4 0 0 -4 -1 -2 -3 0 -1 -5 -1 0 6 -3 -3 -2 2 3 8 6 0 5 5 1 1 2 2 5 1 0 3 6 44 0 1 2 0.69 2.11 62 V 1 -6 -6 -5 -3 -5 -5 -6 -6 3 -2 -5 -2 -3 -3 -4 -3 -6 -4 6 10 0 0 0 0 0 1 0 0 12 2 0 1 1 2 1 1 0 0 69 1.40 2.08 63 R -2 2 0 -3 -1 0 -1 -3 -3 -2 -4 2 0 -4 -4 2 5 -2 -3 -1 2 9 4 1 2 4 4 1 0 3 1 11 2 1 0 16 35 1 1 4 0.62 2.07 64 L -3 -6 -7 -7 -2 -4 -5 -7 -4 -1 6 -6 0 -1 -6 -5 -4 -5 -3 1 2 0 0 0 1 1 1 0 0 1 80 0 1 2 0 0 1 0 1 9 1.50 2.05 65 T -3 0 -1 -3 -4 -1 -1 -5 -3 0 -3 0 -2 -4 -5 -1 6 -2 -2 0 1 5 2 1 0 3 4 0 0 5 2 7 1 1 0 3 57 1 1 5 0.98 2.06 66 V 3 -4 -6 -5 -2 -4 -5 -4 -6 1 -2 -5 -2 -3 -5 -3 -2 -6 -4 6 21 1 0 0 1 0 0 1 0 7 2 0 1 1 0 1 2 0 0 62 1.24 2.05 67 S -2 0 0 -2 -2 -1 -1 -4 -2 -1 -3 0 -2 0 -4 1 5 0 0 -1 3 4 4 2 1 2 4 1 1 4 2 6 1 3 0 11 44 1 3 4 0.65 2.04 68 N -4 -3 5 6 -4 -3 -2 0 -3 -5 -5 -3 -4 -3 -4 -1 -1 -6 -2 -4 1 1 31 45 0 1 1 6 0 1 1 1 0 1 0 4 4 0 2 1 1.28 2.02 69 S 2 -2 2 3 -3 -1 0 1 -3 -3 -3 -1 -3 -4 2 2 0 -3 -3 -3 14 2 11 14 0 3 6 9 0 2 2 3 1 1 9 14 6 0 1 2 0.32 2.03 70 N 0 -1 3 3 1 0 0 0 -1 -2 -2 0 -2 0 -3 0 -1 -1 0 0 8 4 12 14 3 5 7 7 2 2 4 7 1 3 1 6 4 1 3 6 0.16 2.03 71 G -2 -4 -1 -2 1 -3 -3 6 -4 -5 -4 -3 -4 -4 -5 0 -2 -3 -3 -4 2 1 3 2 3 1 2 70 0 1 2 2 0 1 0 6 2 0 1 1 1.37 2.03 72 T 1 0 0 -3 5 0 -1 -2 -3 -2 -1 0 -3 -3 -3 2 3 -3 -3 -1 11 6 4 1 11 4 5 4 1 2 7 4 0 1 1 16 15 0 1 3 0.33 2.03 73 D 0 -2 1 3 1 0 0 -3 -1 -2 -4 0 -2 -3 -3 2 2 -2 -3 -1 7 2 7 19 2 5 5 2 2 2 1 5 1 1 1 17 14 1 1 5 0.36 2.03 74 S 1 -2 0 0 -3 -1 -1 0 -1 -2 -4 -2 -3 -4 -3 3 4 -3 -3 -1 9 2 5 6 0 2 3 6 1 2 1 2 0 1 1 25 27 0 1 5 0.51 2.07 75 Q 1 -1 -1 0 -2 0 1 -4 -1 -1 -1 1 -1 -2 -3 2 3 -4 -2 0 13 3 3 6 1 4 9 1 2 4 5 7 1 2 1 15 16 0 2 7 0.21 2.05 76 I 1 -2 -2 -2 0 -1 -1 -4 -3 1 -2 -1 -2 -1 -2 1 5 -1 -1 1 10 3 1 2 2 3 4 1 1 7 3 3 1 2 2 11 31 1 3 10 0.41 2.06 77 S 0 0 -2 -1 -4 1 0 -3 -2 0 -2 3 -1 -2 -4 2 2 -3 -2 0 9 5 2 4 0 6 4 1 1 5 3 20 2 2 0 14 13 0 2 7 0.29 2.08 78 T -2 -1 -2 -1 -4 2 0 -4 -1 -1 -2 1 -2 -3 -2 1 5 -6 -3 1 3 3 2 3 0 8 7 1 1 3 3 7 1 1 2 9 36 0 1 9 0.51 2.08 79 V -1 0 -1 0 -4 0 -1 -3 -2 4 -1 -1 -1 -2 -2 -2 0 -1 -2 3 4 5 3 5 0 5 4 3 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