Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 T -1 -3 0 -3 2 -2 -3 -3 -3 -3 -3 -2 -3 -4 -3 3 6 -5 -4 -2 0 0 3 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 26 67 0 0 0 1.04 0.72 2 D -1 -2 0 5 -5 0 5 -4 0 -5 -5 1 -4 -5 -3 -2 -3 -6 -4 -5 6 0 3 41 0 2 40 0 2 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 1.05 0.84 3 Q -1 -2 -2 -2 -4 6 3 -3 2 0 -2 1 1 -4 -4 -1 0 -5 -4 0 4 0 1 1 0 36 17 1 4 7 4 6 3 0 0 4 4 0 0 7 0.55 0.90 4 L -4 -5 -6 -6 -4 -4 -5 -6 -5 3 5 -5 4 -2 -5 -5 -3 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 72 0 10 0 0 0 0 0 0 3 1.16 0.95 5 K -1 4 1 0 -5 0 -1 -3 1 -1 -3 5 -3 -5 -4 0 0 -5 -4 -3 5 20 7 5 0 3 2 1 3 5 1 36 0 0 0 4 6 0 0 1 0.58 0.95 6 K -1 -2 0 2 -5 3 5 -3 -1 -4 -4 2 -4 -5 -3 -1 1 -5 -4 -4 3 0 3 10 0 12 44 1 1 1 1 11 0 0 0 3 10 0 0 0 0.77 0.96 7 A 6 -4 -4 -4 -3 -3 -3 -1 -4 -2 -4 -3 -3 -5 -3 1 0 -5 -4 -2 86 0 0 0 0 0 0 2 0 2 0 0 0 0 0 7 4 0 0 0 1.21 0.95 8 K -3 3 -2 -3 -6 -1 -1 -4 1 -5 -5 7 -4 -5 -3 -1 -3 -5 -4 -5 0 14 0 0 0 0 0 0 3 0 0 81 0 0 0 3 0 0 0 0 1.44 0.97 9 A 3 -1 -2 1 -4 1 2 -1 -4 1 -1 1 0 -4 -4 0 0 -5 -4 0 25 2 1 8 0 8 12 4 0 9 5 8 2 0 0 5 6 0 0 6 0.24 0.97 10 E -2 0 -2 0 -5 6 4 -4 -2 -5 -3 3 -3 -5 -4 -1 -1 -5 -4 -4 1 3 1 4 0 35 25 0 0 0 3 22 0 0 0 2 4 0 0 0 0.89 0.97 11 A 6 -4 -4 -4 -3 -3 -3 -1 -4 -4 -4 -3 -3 -5 -3 1 -1 -5 -3 -1 85 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 8 1 0 1 2 1.22 0.99 12 Q 4 -2 1 -3 -4 5 0 -2 -3 -4 -3 -1 -3 -5 -3 2 0 -5 -4 -3 37 1 5 0 0 28 4 2 0 0 3 1 0 0 0 13 4 0 0 1 0.66 1.01 13 V 0 -2 -1 2 -5 0 5 -2 0 -2 -2 0 -3 -5 -4 -1 -2 -5 -4 1 6 1 2 11 0 4 42 3 2 2 3 6 0 0 0 5 0 0 0 13 0.57 1.01 14 I -4 -3 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 7 1 -5 1 -2 -5 -5 -3 -5 -4 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 87 7 0 2 0 0 0 0 0 0 2 1.49 0.99 15 I -3 -5 -5 -5 -3 -5 -5 -6 -5 6 1 -5 -1 -3 -5 -4 -2 -5 -4 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 58 13 0 0 0 0 0 1 0 0 18 0.97 0.99 16 E 1 -3 1 3 -4 -2 4 -2 -1 -3 -4 0 -2 -5 -4 0 -1 -5 -4 -2 14 0 5 17 0 0 32 2 1 1 1 5 1 0 0 4 3 0 0 2 0.43 0.99 17 Q 0 0 1 -3 -4 6 0 -3 0 -4 -1 1 -2 -4 -4 -1 -2 -4 -1 -4 9 3 5 0 0 45 3 1 2 0 7 6 1 0 0 4 1 0 2 0 0.59 0.99 18 A 6 -4 -4 -4 -3 -3 -3 0 -4 -4 -4 -3 -3 -5 -3 0 -2 -5 -4 -3 78 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 3 1 0 0 0 1.02 1.00 19 N -3 -2 6 0 -5 2 2 -3 1 -5 -5 2 -4 -5 -4 -2 -2 -5 0 -5 0 0 43 2 0 8 14 1 3 0 0 12 0 0 0 0 2 0 3 0 0.74 1.00 20 K -2 2 -1 -3 -5 1 -1 -4 -1 -5 -5 7 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -4 2 7 1 0 0 6 2 0 1 0 0 68 0 0 0 1 0 0 0 1 1.03 1.00 21 R -3 7 -1 -4 2 2 -1 -4 0 -5 -4 0 -4 -5 -4 -2 -2 -5 -4 -5 0 69 2 0 4 7 2 1 2 0 0 0 0 0 0 2 1 0 0 0 1.16 1.00 22 R 4 2 -3 -4 -4 0 -2 1 -3 -4 -4 3 -4 -5 -4 -1 -3 -5 -1 -4 42 11 0 0 0 4 2 9 0 0 0 17 0 0 0 2 0 0 2 0 0.52 1.03 23 S 3 -3 4 -2 -4 -2 -2 -1 -1 -2 -2 -3 1 -4 -4 2 0 -5 -4 -1 23 0 22 1 0 1 1 3 1 3 4 0 4 0 0 19 5 0 0 3 0.35 1.04 24 Q -2 -1 -2 -1 -5 6 4 -4 0 -3 -2 -1 -2 -5 -4 -2 -2 -5 -4 -2 1 1 1 1 0 46 25 0 2 2 5 1 1 0 0 1 1 0 0 2 0.81 1.04 25 I -3 -5 -5 -5 -3 -5 -5 -6 -5 7 1 -5 3 -2 -5 -4 -3 -5 -4 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 67 10 0 8 0 0 0 0 0 0 4 1.07 0.97 26 L -3 -3 -5 -5 -3 -4 -2 -3 -5 4 2 -4 -1 -3 -5 -4 -3 -5 -4 5 0 1 0 0 0 0 3 2 0 27 17 0 0 0 0 0 0 0 0 40 0.69 0.97 27 D -1 -3 0 5 -5 -1 5 -3 2 -3 -5 -2 -4 -5 -4 -2 -3 -5 -4 -4 4 0 4 29 0 0 44 1 5 2 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0.84 0.97 28 E -2 -2 -1 3 -5 1 6 -4 -3 -5 -5 0 -4 -5 -3 -2 -1 -5 -4 -5 2 0 2 13 0 3 61 0 0 0 0 3 0 0 0 1 3 0 0 0 0.96 0.97 29 A 5 -4 -3 -3 -3 -3 0 -2 -4 -1 -4 -3 -3 -4 -3 1 -2 -5 -4 0 64 0 0 0 0 0 7 2 0 3 0 0 0 0 0 8 0 0 0 6 0.72 0.97 30 K -2 2 -3 -3 -4 2 -2 -4 -3 -4 -4 6 -3 -5 -3 -1 2 -5 -4 -1 2 10 0 0 0 8 0 0 0 0 0 48 0 0 0 4 11 0 0 6 0.66 0.97 31 A 1 -2 1 1 -1 3 2 -1 -1 0 -2 -1 -1 -4 -4 0 0 -5 -4 0 11 1 6 9 1 13 12 5 1 5 4 2 1 0 0 5 6 0 0 7 0.10 0.97 32 E 0 2 -1 -1 -5 2 4 -3 -1 -3 -3 2 -3 -5 -4 -2 0 -5 -4 -3 7 12 3 3 0 8 31 1 1 1 3 11 0 0 0 1 6 0 0 2 0.39 0.97 33 A 6 -4 -4 -4 -3 -3 -3 1 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -3 -1 -2 -5 -4 -3 80 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.06 0.97 34 E -3 4 -1 -1 -5 3 3 -4 3 -3 -2 2 -3 -4 -4 -1 -3 -5 -2 -2 1 21 2 3 0 11 21 0 8 1 4 10 0 0 0 3 1 0 1 2 0.41 0.97 35 Q 1 -1 0 -2 -4 3 2 -3 -1 0 -2 0 -1 -3 -4 0 0 -5 -4 1 15 3 4 1 0 14 11 1 1 6 3 5 1 1 0 6 6 0 0 11 0.12 0.97 36 E -3 -2 -2 1 -6 0 7 -4 -3 -5 -2 -2 -4 -5 -3 -1 -1 -5 -4 -3 0 0 0 4 0 1 85 0 0 0 4 0 0 0 0 2 3 0 0 1 1.43 0.97 37 R 3 5 -3 -4 -4 -1 -3 2 -1 -5 -5 2 -4 -3 -4 0 -3 -5 -4 -4 25 38 0 0 0 2 0 17 2 0 0 10 0 1 0 6 0 0 0 0 0.75 0.97 38 T 1 -3 3 4 -5 2 4 -2 -3 -5 -4 0 -2 -5 -4 0 -2 -5 -4 -4 13 0 14 19 0 8 31 2 0 0 1 4 1 0 0 6 1 0 0 1 0.66 0.97 39 K -2 6 -1 -3 -5 1 -2 -2 0 -4 -5 5 -4 -5 -4 -2 -2 -5 -4 -5 3 40 3 0 0 4 0 3 2 1 0 43 0 0 0 1 1 0 0 0 1.07 0.97 40 I -3 -5 -5 -5 -4 -2 -2 -6 -5 7 1 -5 1 -2 -5 -4 -3 -5 -4 2 0 0 0 0 0 3 4 0 0 73 9 0 3 0 0 0 0 0 0 9 1.20 0.97 41 V -2 -2 -5 -5 -4 -3 -4 -5 -5 4 2 2 2 -3 -5 -4 -2 -5 -4 4 1 2 0 0 0 0 0 0 0 30 20 16 4 0 0 0 1 0 0 26 0.70 0.96 42 A 5 -3 -2 0 0 -1 0 -3 -4 -3 -1 -1 -2 -4 -3 0 0 -5 -4 -1 57 0 1 5 2 2 7 0 0 1 7 4 1 0 0 4 6 0 0 4 0.61 0.96 43 Q 2 -2 -1 -2 -4 7 0 -1 0 -2 -3 -1 -3 -5 -4 1 -2 -5 -4 -3 18 0 2 1 0 51 2 5 2 2 3 2 0 0 0 10 1 0 0 1 0.82 0.96 44 A 6 -4 -3 -4 -3 -3 -3 3 -4 -4 -4 -3 -4 -5 -3 -1 0 -5 -4 -3 71 0 0 0 0 0 0 25 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 1.14 0.96 45 Q -3 2 -1 -1 -5 5 1 -4 4 -5 -4 4 -3 -4 -4 -1 -2 -4 1 -5 1 12 1 2 0 34 9 0 10 0 0 24 0 0 0 3 1 0 4 0 0.84 0.96 46 A 5 -3 -2 -2 -3 -3 1 -3 -4 0 -3 -1 -3 -4 -3 2 1 -5 -4 0 54 0 1 1 0 0 9 0 0 4 1 2 0 0 0 12 7 0 0 7 0.66 0.96 47 E -2 -1 -2 1 -6 3 7 -4 -2 -4 -5 -1 -4 -6 -3 -2 -2 -5 -4 -5 2 1 1 5 0 14 72 0 0 1 0 2 0 0 0 1 2 0 0 0 1.28 0.96 48 I -3 -5 -6 -6 -3 -5 -5 -6 -6 7 1 -5 -1 -2 -5 -4 -2 -5 -4 3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 73 7 0 0 0 0 0 1 0 0 19 1.32 0.96 49 E -1 -3 0 3 -6 0 6 -2 -3 -4 -5 -2 -1 -5 -4 -2 -2 -5 -5 -4 4 0 3 17 0 1 67 2 0 1 0 0 2 0 0 0 2 0 0 0 1.16 0.96 50 A 3 0 0 -3 -4 6 -2 -2 0 -4 -2 -1 -1 -5 -4 0 -1 -5 -2 -1 29 4 4 0 0 40 0 1 1 0 3 0 1 0 0 7 3 0 1 4 0.68 0.96 51 E -3 -2 -1 1 -6 2 7 -4 -2 -5 -4 0 -2 -6 -3 -2 -3 -5 -4 -4 1 0 1 4 0 7 83 0 0 0 1 2 1 0 0 0 0 0 0 1 1.46 0.96 52 R -1 5 -4 -4 -4 -1 -3 -5 0 2 0 0 0 -1 -4 -3 0 -4 0 2 5 35 0 0 0 2 0 0 3 12 7 4 2 2 0 0 7 0 3 18 0.52 0.96 53 K -2 0 6 -2 -5 1 -1 -2 1 -3 -2 3 -1 -1 -4 1 -1 -5 -4 -3 3 3 42 0 0 6 3 3 3 2 3 16 2 3 0 8 2 0 0 2 0.63 0.96 54 R -2 7 -1 -3 -5 3 -2 -3 1 -4 -5 2 -4 -5 -4 -1 -3 -5 -4 -5 1 63 1 0 0 12 0 2 3 1 0 12 0 0 0 4 0 0 0 0 1.19 0.96 55 A 6 -4 -4 -4 -3 -3 -3 -3 -4 0 -1 -3 -2 -4 -3 -1 0 -5 -4 3 68 0 0 0 0 0 0 0 0 3 4 0 0 0 0 2 4 0 0 19 0.93 0.96 56 R -3 6 -1 -3 -5 1 -2 -4 -2 -3 -4 5 -2 -5 -4 -2 -2 -5 0 -4 1 50 2 0 0 5 0 0 0 2 0 33 1 0 0 1 2 0 4 0 1.11 0.96 57 E -2 -2 0 3 -6 2 6 -3 -2 -5 -4 -2 -4 -6 -4 -1 -2 -5 -4 -5 3 0 4 15 0 8 65 2 0 0 2 0 0 0 0 2 1 0 0 0 1.15 0.96 58 E 1 -3 -1 2 -5 1 6 -1 -1 -3 -5 0 -1 -5 -4 -1 -1 -5 -4 -2 12 0 1 9 0 5 51 6 1 1 0 3 1 0 0 3 3 0 0 2 0.74 0.96 59 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 0 6 -5 0 -2 -5 -5 -3 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.52 0.96 60 R -4 8 -1 -4 -6 0 -2 -5 -1 -3 -3 1 -3 -5 -4 -3 -3 -5 -2 -5 0 85 1 0 0 2 0 0 1 1 2 6 0 0 0 0 0 0 2 0 1.62 0.95 61 K -3 2 -2 -3 -5 4 -1 -4 -2 -5 -4 7 -3 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -4 0 6 0 0 0 20 0 0 0 0 0 74 0 0 0 0 0 0 0 0 1.27 0.78 K Lambda Standard Ungapped 0.1170 0.3039 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.2016 0.3173 PSI Gapped 0.0617 0.2670