Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 K -4 2 -4 -3 -7 2 4 -5 -4 -6 -6 6 -5 -7 -5 -4 -4 -6 -5 -6 0 11 0 0 0 10 23 0 0 0 0 57 0 0 0 0 0 0 0 0 1.50 1.94 2 E -3 -2 2 3 -7 1 6 -3 -2 -6 -6 1 -5 -7 -2 -3 -3 -4 -5 -6 1 2 8 15 0 5 55 1 0 0 0 7 0 0 2 1 1 0 0 0 1.21 2.06 3 P -1 -1 -1 -1 -5 1 0 -2 -2 -4 -3 0 -4 -5 7 0 -2 -5 -4 -3 5 3 3 3 0 6 7 3 1 1 2 6 0 0 49 6 2 0 1 2 1.05 2.08 4 E -2 -1 0 3 -5 1 5 -3 -2 -4 -4 1 -3 -5 1 -1 -2 -5 -5 -3 3 3 4 19 0 5 34 2 1 1 1 9 1 0 8 4 2 0 0 2 0.70 2.09 5 Q -2 0 1 2 -5 4 2 -2 2 -5 -5 2 -3 -5 2 -1 -2 -4 -4 -4 4 5 7 11 0 21 13 4 5 0 1 11 1 0 10 4 2 0 1 1 0.52 2.08 6 L -1 -2 -1 1 0 -2 -1 0 -2 -3 1 -1 2 1 1 1 1 -4 -1 0 4 3 3 8 2 1 5 8 1 1 15 3 5 6 6 9 10 0 2 8 0.11 2.07 7 R -1 5 0 -3 1 0 -3 -1 0 -4 -4 3 -3 -1 -4 0 2 1 0 -3 5 29 4 1 3 4 1 5 2 1 1 15 1 2 1 5 15 2 3 2 0.56 2.07 8 K -3 2 3 -3 -1 -2 -2 -4 -3 -4 -5 5 -3 -5 -4 1 3 -4 -4 -3 1 12 14 0 2 1 2 0 0 1 0 34 1 0 0 9 19 0 0 2 0.84 2.11 9 L -4 -6 -6 -6 -2 -5 -6 -7 -7 4 5 -6 1 -2 -5 -5 -4 -3 -4 3 0 0 0 0 1 0 0 0 0 23 52 0 2 1 0 0 0 0 0 18 1.24 2.16 10 F -5 -4 -6 -6 -2 -5 -6 -4 -1 -2 -2 -4 -2 8 -7 -5 -5 0 6 -3 0 1 0 0 1 0 0 1 1 2 3 1 1 59 0 0 0 1 27 1 1.92 2.17 11 I -3 -6 -5 -7 -1 -6 -6 -7 -7 5 -1 -6 0 -2 -5 -5 -3 -6 -5 6 1 0 0 0 1 0 0 0 0 26 3 0 2 1 0 0 1 0 0 64 1.58 2.17 12 G -1 2 -2 -3 0 -3 -4 6 -3 -6 -5 1 -5 -2 -5 -1 -2 -3 -2 -5 3 12 1 1 2 1 1 58 1 0 1 7 0 2 0 5 2 0 1 1 1.13 2.21 13 G -4 -1 7 0 -5 -2 -4 4 0 -6 -6 -2 -2 -5 -5 -1 -4 -4 -3 -5 1 4 45 5 0 2 0 30 2 0 0 3 1 0 0 4 0 0 1 1 1.25 2.20 14 L -5 -5 -7 -7 -3 -5 -6 -7 -4 2 6 -6 1 -1 -5 -5 -4 -3 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 12 75 0 2 2 0 0 0 0 0 5 1.48 2.19 15 S 0 -3 1 1 -4 -3 -3 -1 1 -5 -5 -3 -3 -5 5 4 -2 -7 -4 -5 8 1 6 8 0 0 1 5 3 0 1 1 1 0 29 32 2 0 0 0 0.89 2.22 16 F -3 0 -2 -2 -4 -2 0 -4 0 -3 -3 -1 -3 5 2 -1 -2 6 5 -3 2 4 2 2 0 2 6 1 2 1 3 4 1 22 10 4 2 11 17 1 0.74 2.20 17 E -2 0 2 4 -4 0 3 -1 0 -4 -5 0 -4 -3 -4 1 0 -3 0 -4 4 5 8 20 0 3 22 4 2 1 1 5 0 1 0 11 7 0 3 1 0.50 2.20 18 T 1 -4 -4 -5 1 -4 -4 -5 -4 1 -1 -4 2 -1 -4 -2 5 -2 -3 3 12 0 0 0 3 1 1 1 0 8 7 0 4 2 0 2 35 1 1 22 0.74 2.19 19 T -3 0 1 2 -3 -2 -1 -3 -3 -3 -5 -2 -3 -4 -4 1 6 -6 -4 -4 1 5 7 13 0 2 4 2 1 1 0 2 1 1 1 10 49 0 1 1 0.94 2.20 20 D -1 -2 1 4 -4 0 5 -4 -2 -5 -5 -1 -3 -5 -1 0 -1 -1 -4 -3 4 2 5 22 0 3 42 1 1 0 1 4 0 0 3 5 3 1 0 2 0.91 2.20 21 E 0 -1 0 3 -4 1 5 -2 -1 -5 -5 1 -2 -5 -3 -1 -2 -4 -4 -4 7 3 4 18 0 6 37 3 2 1 1 7 1 0 1 5 3 0 1 1 0.70 2.21 22 S -1 -1 -1 4 -3 2 2 -2 0 -3 -3 -1 0 -5 -4 2 1 -1 -3 -2 4 3 2 25 0 7 14 3 2 2 3 4 3 0 0 13 9 1 1 3 0.46 2.20 23 L -4 -5 -5 -7 -3 -4 -6 -7 -6 2 6 -6 0 0 -4 -5 -4 -2 -4 1 1 1 1 0 1 1 0 0 0 10 72 0 2 3 1 1 1 0 0 9 1.35 2.18 24 R -1 5 -2 -3 -3 1 1 -3 0 -2 -3 3 -1 -1 -4 -2 -1 2 1 -3 5 30 2 1 1 5 11 2 2 3 3 16 2 2 0 3 4 3 4 2 0.55 2.18 25 S 0 0 1 3 -3 2 4 -2 -1 -4 -4 1 -2 -5 -3 1 -1 -3 -4 -3 8 6 6 13 1 8 25 3 1 1 1 8 1 0 1 10 4 0 1 2 0.44 2.21 26 H 1 -4 -3 -4 -1 -3 -1 -5 5 1 2 -3 0 2 -4 -3 -1 -2 3 1 12 1 1 1 1 1 5 1 13 8 18 2 2 9 1 2 4 1 10 8 0.42 2.20 27 F -4 -4 -6 -5 0 -6 -5 -5 -5 -3 -1 -6 0 9 -5 -4 -4 -1 0 -3 1 1 0 1 2 0 1 1 0 1 3 0 2 81 1 2 1 1 1 1 2.18 2.19 28 E 0 -1 -1 -1 -2 0 4 0 -1 -4 -4 0 -3 -4 -4 4 -1 -3 -3 -4 8 2 3 3 1 4 24 7 1 1 2 6 1 1 1 30 3 0 1 1 0.53 2.19 29 Q -1 1 0 0 -2 4 1 -2 0 -4 -4 3 -2 -4 1 0 -2 -2 -3 -3 6 7 4 4 1 21 9 3 2 1 1 19 1 1 7 7 3 1 1 2 0.46 2.20 30 W -1 -3 -4 -4 3 -3 -3 -4 1 -2 -3 -3 -2 6 -4 -2 -3 4 6 -2 6 1 1 1 7 1 2 1 3 2 2 1 1 32 1 3 1 6 24 3 1.05 2.17 31 G -2 -3 -2 -3 -2 -3 -3 7 -2 -4 -5 -2 -3 -4 0 -2 -3 -1 -3 -4 3 1 1 1 1 1 2 72 1 1 1 2 1 1 4 3 1 1 1 1 1.42 2.15 32 T -1 0 0 0 -1 0 3 -3 0 -3 -4 1 0 -3 3 1 2 -1 -2 -2 4 4 4 5 1 4 17 2 2 1 2 10 2 1 13 9 11 1 1 3 0.28 2.14 33 L -3 -3 -3 -4 -1 -5 -6 -4 -2 5 1 -3 0 -1 -3 -3 -2 -6 -2 5 2 1 1 1 2 0 0 1 1 31 11 1 2 2 2 2 2 0 1 36 0.90 2.14 34 T -2 0 -1 -1 -1 -1 2 -3 -1 0 0 2 0 -2 -3 0 2 0 -2 2 4 6 3 3 1 3 12 1 1 5 8 10 2 1 1 6 12 1 2 15 0.18 2.14 35 D -1 0 0 3 0 1 1 -2 2 -2 -3 -1 0 -1 0 1 -1 2 0 -2 5 5 4 13 2 7 10 4 4 3 3 4 3 3 5 12 4 2 3 3 0.14 2.18 36 C 2 -2 -1 -1 4 -1 -2 -2 0 1 -1 -2 0 0 -1 -1 -1 2 -1 3 16 3 3 4 7 3 3 4 3 8 4 3 3 4 3 4 3 2 3 20 0.23 2.20 37 V -2 3 0 0 0 1 0 -1 2 0 -2 2 -1 0 -1 -2 0 1 0 1 2 14 5 5 2 6 6 5 4 4 3 13 2 3 3 3 5 2 3 9 0.17 2.15 38 V -2 -2 -1 -2 1 -1 -2 -2 0 3 1 -2 3 0 -2 -2 -2 2 0 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 18 13 3 6 4 3 3 3 3 3 18 0.29 2.10 39 M -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 40 R -2 4 -2 -3 1 -1 -2 -3 0 0 -1 2 2 0 -2 -2 1 1 1 0 3 23 2 2 2 2 2 2 2 5 7 13 5 4 2 3 10 2 4 6 0.33 2.20 41 D -3 -1 1 7 -2 -2 0 -3 0 -3 -4 -1 -2 -2 -2 -2 -2 -1 -2 -3 2 3 6 57 1 2 4 2 2 1 2 3 1 2 2 2 2 1 1 2 1.13 2.15 42 P -1 3 0 -1 -1 0 -1 -2 1 -2 -3 3 0 -1 3 0 -2 0 -1 -2 4 16 4 3 1 4 4 4 3 2 3 17 3 2 14 6 3 1 2 2 0.31 2.13 43 N -1 0 2 2 -1 1 2 -1 1 -1 -3 1 0 0 -2 -1 -1 0 0 -1 6 6 10 12 1 5 13 5 3 3 3 8 2 3 2 4 4 1 3 5 0.14 2.12 44 T -2 -1 0 -2 -1 -1 -2 -1 -1 -2 -3 0 -1 -2 -2 2 6 -1 -2 -2 3 3 3 2 1 2 2 5 1 2 2 5 1 2 2 13 46 1 1 2 0.70 1.97 45 K -2 0 1 -2 -2 0 -2 5 -1 -4 -4 1 -2 -3 -3 -1 -3 -1 -3 -4 2 6 7 2 1 5 3 46 2 1 2 10 1 1 2 3 2 1 1 1 0.74 2.16 46 R -2 5 -1 -2 -1 1 0 -2 1 -3 -2 4 -1 -3 -3 -2 -1 -1 -2 -2 3 26 2 2 1 7 6 3 3 2 4 23 1 1 1 3 4 1 1 3 0.52 2.19 47 S -2 -2 0 -3 1 -2 -3 -1 3 -3 -3 -2 -2 -2 3 5 -2 -2 -3 -3 2 2 5 1 3 2 1 5 7 2 3 2 1 2 14 43 2 1 1 1 0.68 2.22 48 R -3 6 -2 -4 0 -1 -3 -4 -2 -4 -2 5 0 -3 -2 -2 -3 -2 -3 -4 2 39 1 1 2 2 1 1 1 1 4 35 2 1 2 2 1 1 1 1 1.13 2.26 49 G -3 -2 -1 -3 3 -3 -4 7 -2 -5 -5 -4 -4 -5 -3 -2 -3 -3 -4 -4 1 3 3 1 5 1 1 72 1 1 1 1 1 1 1 2 1 0 1 1 1.50 2.26 50 F -4 -4 -5 -5 2 -5 -5 -5 -2 -2 -3 -5 -2 7 -7 -3 -3 -1 6 -3 1 1 0 0 5 0 1 1 1 2 1 1 1 52 0 2 2 1 28 2 1.71 2.27 51 G 4 -4 -4 -4 3 -5 -4 6 -5 -5 -5 -4 -3 -4 -5 -2 -4 -6 -6 -4 34 1 0 1 5 0 1 53 0 1 1 1 1 1 0 1 1 0 0 1 1.37 2.21 52 F -5 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -6 0 -2 -2 -5 -2 8 -5 -4 -3 1 4 -3 0 1 0 0 1 1 0 0 2 2 2 0 1 73 0 1 2 2 10 1 2.01 2.22 53 V -3 -6 -5 -5 0 -6 -5 -6 -4 3 -1 -6 -2 -2 -6 -4 -3 -3 -5 7 1 0 1 1 2 0 1 0 0 15 4 0 1 1 0 1 1 0 0 70 1.51 2.18 54 T -2 0 -1 0 1 2 4 -4 1 -3 -2 0 -1 -2 -4 0 3 -3 -2 -1 3 4 3 4 3 8 23 1 4 2 5 4 1 1 1 6 21 0 1 4 0.40 2.19 55 Y -4 -5 -5 -7 -1 -5 -5 -6 -3 -3 -2 -5 4 8 -6 -5 -5 -2 6 -3 1 0 0 0 1 0 0 0 0 1 1 0 9 58 0 1 0 0 22 1 1.86 2.19 56 A 2 0 -2 1 -1 -1 3 -2 -1 -4 -3 1 -1 -2 -2 1 0 -2 0 -1 16 4 2 8 1 3 18 3 1 1 3 9 2 1 2 12 5 1 4 5 0.24 2.19 57 T -2 -1 3 4 -2 -2 0 -3 1 -4 -4 0 -3 -4 -3 2 3 -2 -2 -4 3 3 12 20 1 2 6 1 3 1 2 5 1 1 1 16 19 1 1 1 0.53 2.20 58 V 0 1 -2 0 -2 0 2 -3 2 -2 -2 1 -1 -3 3 -1 -2 -2 -2 1 9 8 2 4 1 4 12 1 4 3 4 9 1 1 16 4 2 1 2 11 0.25 2.21 59 E 1 1 -1 3 -3 0 5 -3 -1 -5 -4 -1 -3 -5 -4 0 -2 -4 -4 -3 10 6 2 13 0 4 42 2 1 1 1 4 0 0 1 7 2 0 0 2 0.74 2.21 60 E 1 -4 -1 4 -1 0 3 -1 1 -4 -5 -3 -1 -5 -3 2 -2 -4 -4 -3 13 0 2 25 1 4 21 4 3 1 1 1 1 0 1 15 2 0 0 2 0.62 2.22 61 V 6 -4 -5 -5 0 -3 -3 -3 -4 -2 -2 -4 1 -3 -4 -2 -2 -6 -3 2 62 1 0 0 2 1 2 1 0 1 3 0 3 1 0 1 2 0 1 16 1.05 2.22 62 D 0 0 0 3 -4 3 3 -3 -1 -2 -2 1 -1 -4 -4 -1 0 -4 -4 -1 7 4 4 16 0 12 19 2 2 3 5 9 2 1 1 5 5 0 0 4 0.36 2.21 63 A 3 2 1 0 -3 -1 0 -4 -2 -3 -2 4 -1 -4 -4 -1 -1 -3 -2 -3 25 11 7 6 1 2 6 1 1 1 4 21 2 0 0 5 3 0 1 2 0.45 2.22 64 A 6 -5 -5 -5 2 -4 -4 -3 -4 -1 -3 -4 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -4 0 77 0 0 0 4 0 0 1 0 3 1 0 0 1 0 1 1 0 0 7 1.42 2.22 65 M -3 -2 -5 -4 1 -2 -4 -6 -4 4 3 -1 5 -1 -5 -4 -3 -3 0 2 2 3 0 1 3 2 1 0 0 26 22 4 13 2 1 1 1 0 4 12 0.68 2.21 66 N 0 1 3 1 -2 1 3 -3 0 -3 -4 3 -3 -5 -4 0 -2 -4 -4 -3 9 7 15 7 1 6 19 1 2 1 2 17 0 1 0 5 2 0 1 2 0.47 2.20 67 A 3 -2 -1 -1 -3 1 0 0 -3 -3 2 -1 5 -2 -4 -1 -1 -4 -2 -2 22 2 3 3 1 6 7 7 1 1 18 3 14 1 1 5 3 0 2 2 0.35 2.18 68 R -2 1 5 2 -3 0 -2 -2 2 -4 -1 0 4 -4 -1 -1 -2 -4 -3 -4 2 8 28 11 1 3 2 3 4 1 7 6 12 1 3 4 2 0 1 1 0.59 2.16 69 P -3 -1 4 2 -4 0 0 4 1 -4 -4 -2 -4 -2 2 -2 -3 -3 -1 -5 1 3 18 9 0 3 6 32 3 1 1 2 0 2 9 3 1 0 2 1 0.65 2.15 70 H -1 -1 -2 -4 -3 1 -3 1 6 -1 -3 2 0 -1 -2 0 1 -4 1 -2 5 4 2 1 1 6 1 11 20 3 2 13 3 2 2 6 10 0 5 3 0.46 2.18 71 K -3 0 -2 0 -3 1 4 -5 -2 0 -2 3 0 -1 -3 -1 1 -1 -1 0 2 4 2 6 0 6 26 0 1 5 4 17 3 2 1 4 8 1 2 7 0.41 2.22 72 V -4 -5 -6 -6 -3 -5 -6 -6 -5 4 4 -5 2 3 -6 -5 -4 1 -1 3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 25 34 0 4 11 0 0 0 2 2 16 0.99 2.23 73 D -2 -1 2 5 0 0 0 1 1 -3 -2 0 2 -1 -4 -2 -4 -4 -1 -4 3 4 11 33 2 4 6 10 3 1 4 5 5 3 1 2 0 0 3 1 0.58 2.23 74 G -3 -4 0 0 -5 -3 -3 7 -4 -6 -7 -4 -4 -6 -5 -2 -4 -6 -5 -6 1 1 4 5 0 1 2 80 0 0 0 1 0 0 0 2 1 0 0 0 1.78 2.23 75 R -4 7 -2 -4 -2 0 -3 -5 2 -5 -5 3 -4 -5 -5 -2 -3 -2 -4 -4 1 63 2 0 1 3 1 1 4 0 1 17 0 0 0 2 1 1 0 1 1.54 2.23 76 V -1 2 0 -3 -4 2 0 -5 -3 0 -2 2 1 -3 2 -2 1 -1 -3 2 5 11 5 1 0 8 6 0 1 5 4 12 3 1 10 3 10 1 1 13 0.27 2.24 77 V -3 -6 -6 -6 1 -5 -6 -6 -5 6 3 -6 1 -3 -6 -5 -3 -2 -4 4 2 0 0 0 3 0 0 0 0 38 27 0 2 1 0 0 1 0 0 23 1.17 2.24 78 E -3 4 0 1 -4 0 3 -3 1 -3 -4 3 -3 -2 -4 -1 0 -3 -1 -2 2 23 5 8 0 4 16 1 3 1 1 15 1 2 0 4 6 0 3 3 0.51 2.24 79 P -3 -6 -5 -5 2 -5 -4 -4 -5 2 -1 -5 -2 -4 2 -4 -2 -7 -5 6 2 0 0 1 4 0 1 1 0 9 4 0 0 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