Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 G -1 -4 -2 -3 -4 -3 -4 7 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -2 -3 -4 -5 -5 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.71 0.52 2 R -3 0 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -4 4 1 -3 -1 5 0 -1 -3 -3 -1 2 0 8 0 0 0 0 0 0 0 29 8 0 0 31 6 5 0 0 0 13 0.59 0.64 3 D -2 1 3 1 -4 0 -2 -3 -2 0 -4 3 -3 -2 -3 1 4 -5 -3 -3 2 6 17 9 0 4 0 0 0 6 0 19 0 2 0 7 28 0 0 0 0.47 0.72 4 Y -2 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -3 -3 -5 -3 -4 -5 -3 -3 -4 0 -3 0 0 0 0 96 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 2.79 0.88 5 R -1 2 -3 1 -4 -2 -1 1 -1 -2 -2 1 -3 -1 1 1 1 5 -2 -2 3 13 0 7 0 0 3 9 1 2 5 11 0 3 8 13 9 9 1 2 0.27 0.88 6 T 0 -4 -4 -4 -3 -2 -4 -4 -1 1 3 -3 -2 1 3 1 2 -4 -3 0 7 0 0 0 0 2 0 0 1 9 28 0 0 7 14 11 17 0 0 5 0.41 0.88 7 C -2 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -3 -3 -5 -4 -5 -5 -3 -3 -4 -5 -3 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.95 0.88 8 L -3 1 -1 -3 -4 4 0 -4 -3 -3 2 3 1 -4 -4 -2 2 0 -4 -1 0 7 2 0 0 19 6 0 0 0 21 22 3 0 0 0 14 1 0 4 0.46 0.90 9 T -2 1 -3 -4 -4 -1 0 -2 -3 1 0 4 2 3 -4 -1 -2 4 0 -3 3 8 0 0 0 2 7 2 0 9 8 27 6 15 0 3 2 5 3 0 0.39 0.90 10 I 1 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 6 1 -4 1 -1 -5 -2 -1 -5 -3 3 11 0 0 0 0 0 0 0 0 52 12 0 2 2 0 3 2 0 0 16 0.84 0.90 11 V -3 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -6 -5 5 1 -4 5 -2 -5 -4 -3 -4 -3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 35 12 0 20 0 0 0 0 0 0 34 1.01 0.89 12 Q -3 2 1 0 -5 5 0 -4 -2 -5 -5 4 -3 -5 -3 1 -1 -5 -4 -4 0 7 6 4 0 35 3 0 0 0 0 32 0 0 0 10 3 0 0 0 0.87 0.92 13 K -1 1 -1 -3 -5 2 0 -4 1 -2 -2 5 1 0 -4 -2 0 5 0 -4 3 5 2 0 0 10 5 0 4 3 2 41 4 5 0 1 7 7 2 0 0.58 0.92 14 L -2 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -5 1 5 -5 0 1 -5 -4 -3 -4 -3 2 3 0 0 0 0 0 0 0 0 3 74 0 0 4 0 0 0 0 0 15 1.06 0.91 15 K -3 2 -2 -1 -5 2 4 -4 -2 -4 -3 5 2 -5 -3 -2 -3 -5 -2 -2 0 8 0 2 0 10 31 0 0 0 2 35 7 0 0 0 0 0 2 3 0.79 0.91 16 K -1 0 2 4 -5 0 1 -2 -3 -2 -5 4 -4 -5 -3 2 -1 -5 -1 -2 4 3 8 23 0 2 8 2 0 2 0 27 0 0 0 15 2 0 3 3 0.52 0.94 17 M -2 -4 -5 -5 -3 -3 -5 -5 -4 1 3 -4 8 -2 -5 -4 -1 -4 -3 1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 7 31 0 48 0 0 0 3 0 0 9 1.14 0.94 18 V -1 -5 -4 -5 -3 -4 -5 3 -5 2 1 -4 -2 -3 -5 -3 -3 -5 -4 5 4 0 0 0 0 0 0 25 0 8 15 0 0 0 0 0 0 0 0 48 0.78 0.94 19 D -3 -1 3 4 -5 0 2 1 -3 -3 -3 3 -4 -5 1 -2 -3 -5 -4 -4 0 2 17 24 0 3 16 11 0 2 2 17 0 0 6 0 0 0 0 0 0.59 0.92 20 K -3 -1 3 4 -5 4 2 -4 2 -5 -5 1 -4 -5 -2 -2 0 -5 -1 -5 0 2 16 26 0 24 11 0 4 0 0 9 0 0 2 0 5 0 2 0 0.76 0.94 21 P 0 -1 -1 0 -5 -1 -1 -4 3 -2 -2 0 -4 -5 7 -2 -2 -5 -4 -3 8 3 4 4 0 2 3 0 7 2 5 7 0 0 51 1 2 0 0 2 1.04 0.94 22 T -2 -3 3 4 -4 -3 -2 -3 -3 -1 -3 -3 -3 -5 0 2 5 -5 -4 -3 0 0 12 22 0 0 0 0 0 3 2 0 0 0 4 12 45 0 0 0 0.82 0.94 23 Q -3 0 -2 -2 -5 5 5 -4 -2 -4 -4 3 0 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -2 0 2 0 0 0 26 41 0 0 0 0 23 3 0 0 0 2 0 0 4 0.98 0.97 24 R 0 0 2 4 -5 1 4 -3 -3 -5 -5 1 -4 -5 -3 1 -2 -5 -4 -4 10 6 9 26 0 4 30 0 0 0 0 6 0 0 0 8 1 0 0 0 0.71 0.97 25 S 4 -3 1 -1 -3 -2 0 -3 0 -2 -4 -2 -1 -4 -3 3 3 -5 -4 -1 34 0 5 2 0 0 6 0 2 2 0 2 2 0 0 23 19 0 0 4 0.55 0.97 26 V -3 -5 -5 -5 -3 -5 -5 -6 -5 7 -1 -5 -1 0 -5 -4 -3 -5 -3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 71 0 0 0 3 0 0 0 0 0 26 1.36 0.97 27 S 2 1 0 -2 -4 0 1 -2 -3 1 -3 3 -1 -4 -4 1 0 -5 -4 -1 16 7 4 1 0 3 8 2 0 11 1 24 1 0 0 12 6 0 0 3 0.32 0.97 28 N 1 1 2 -1 -5 4 2 -4 2 -4 -4 3 1 -5 -4 -1 0 1 -3 -4 10 5 9 2 0 25 14 0 5 0 0 16 5 0 0 2 5 2 0 0 0.55 0.97 29 A 6 -4 -4 -4 -3 0 -1 -1 -4 -3 -2 -3 -3 -4 -3 0 -2 -5 -4 1 70 0 0 0 0 4 3 2 0 0 3 0 0 0 0 6 0 0 0 11 0.90 0.97 30 A 4 -4 -4 -4 -3 -3 -1 -3 -4 0 3 -2 3 -3 -4 -2 0 -4 -4 1 34 0 0 0 0 0 5 1 0 3 35 1 7 0 0 0 4 0 0 9 0.55 0.97 31 T -1 0 1 1 -4 -1 1 -1 -3 -5 -5 1 -4 -5 -3 4 2 -5 -4 -4 4 5 7 9 0 2 11 3 0 0 0 10 0 0 0 40 11 0 0 0 0.58 0.97 32 R -2 4 -3 -3 -5 3 0 -4 -1 -4 -1 5 0 -5 -4 -1 0 -5 -4 -4 2 20 0 0 0 16 4 0 1 0 8 37 2 0 0 4 5 0 0 0 0.71 0.97 33 V 0 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -1 -5 2 2 -4 1 -3 -5 -2 -2 -5 -4 6 5 0 0 0 0 0 0 5 0 8 15 0 2 0 0 3 0 0 0 61 0.88 0.97 34 C -3 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -3 -3 -5 -4 -5 -5 -3 -3 -5 -5 -3 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.05 0.97 35 R -1 4 3 1 -4 -1 -1 0 1 -5 -5 1 -4 -5 -4 3 -1 -5 -4 -5 2 29 14 8 0 1 2 5 4 0 0 7 0 0 0 27 1 0 0 0 0.65 0.97 36 T -1 1 -1 -3 -4 0 -1 -3 2 -1 -3 5 2 -2 -4 0 2 -5 -1 -2 5 4 2 0 0 4 3 2 6 4 0 39 6 2 0 6 13 0 2 3 0.48 0.97 37 G -3 -4 -4 -5 -3 -2 -4 -1 -4 1 4 -4 5 3 -5 -3 1 -4 -2 2 0 0 0 0 0 2 0 6 0 6 36 0 17 11 0 0 9 0 0 12 0.62 0.95 38 R -2 2 -1 -2 -3 -2 -2 2 -1 -3 -1 3 -2 0 3 0 -2 -3 0 -3 2 13 2 1 0 1 1 16 2 1 8 21 0 4 16 6 1 0 3 1 0.37 0.77 39 S 0 3 -1 -2 -4 -2 -2 2 -3 -1 -2 1 -1 2 2 2 -2 -4 -3 -2 5 15 2 2 0 0 1 15 0 3 4 10 2 10 12 15 1 0 0 3 0.27 0.87 40 R -1 3 -1 -2 -4 0 -3 -2 1 0 1 -1 0 3 1 0 -1 -4 -2 -1 3 17 3 2 0 5 0 3 3 4 16 4 2 13 8 8 3 0 0 4 0.21 0.94 41 W -2 -4 -4 -5 -3 -1 -4 -4 -4 0 4 -4 1 -2 -1 -4 -3 7 1 0 2 0 0 0 0 3 0 1 0 4 51 0 4 0 3 1 0 19 4 6 0.90 0.90 42 R 1 5 -1 -2 -4 -2 -1 0 -3 -5 -4 3 -4 -5 -4 1 0 -5 -4 -3 13 35 1 1 0 0 3 8 0 0 0 23 0 0 0 8 6 0 0 2 0.67 0.97 43 D -1 3 0 2 -5 -2 -1 4 1 -2 -4 1 1 -5 -1 0 -2 -5 -4 -3 3 16 3 11 0 0 2 34 3 2 0 7 5 0 3 6 2 0 0 1 0.49 0.97 44 V 0 -2 -4 -4 -4 2 0 -5 1 1 2 1 -2 0 1 -2 -3 1 -3 2 7 2 0 0 0 12 6 0 3 6 26 8 0 3 8 2 0 2 0 15 0.30 0.97 45 C -3 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -3 -3 -5 -4 -5 -5 -3 -3 -5 -5 -3 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.05 0.97 46 R -3 2 2 1 -5 2 0 -4 4 -4 -4 5 -3 -5 -4 -2 0 -5 -3 -1 0 12 11 6 0 9 3 0 11 0 0 35 0 0 0 1 6 0 0 5 0.67 0.97 47 N -1 2 1 2 -5 2 1 -2 0 -5 -5 3 -2 -5 -4 1 0 -5 -1 -3 4 11 7 14 0 8 6 1 2 0 0 23 1 0 0 12 6 0 2 1 0.45 0.97 48 F -2 -5 -5 -5 -4 -5 -5 -6 -5 5 3 -5 2 4 -5 -4 0 -4 -2 1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 35 30 0 4 16 0 0 7 0 0 6 0.81 0.97 49 M -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -3 -5 4 1 -4 7 -1 -5 -4 -1 -4 -3 4 0 0 0 0 0 0 0 2 0 24 8 0 31 2 0 0 3 0 0 30 0.96 0.97 50 R -3 3 2 3 -5 -1 1 -3 -3 -5 -3 4 -4 -5 -4 0 1 -5 -4 -4 0 17 11 15 0 0 7 1 0 0 2 33 0 0 0 6 8 0 0 0 0.67 0.97 51 R -2 2 -2 -3 -5 1 -2 -4 -3 -3 -2 6 -3 -2 -2 -1 2 -5 -4 -4 2 11 0 0 0 4 0 0 0 2 3 56 0 2 2 2 16 0 0 0 0.86 0.92 52 Y -3 -4 -4 -5 0 -4 -4 -5 1 -3 -1 -4 -3 5 -5 -2 -4 0 8 -2 1 0 0 0 2 0 0 0 2 0 4 0 0 25 0 3 0 0 60 2 1.52 0.92 53 Q -3 1 -3 -4 -4 2 -2 1 -4 -2 4 0 -1 -1 -4 -1 0 -4 -3 0 0 8 0 0 0 11 2 11 0 0 45 6 0 2 0 6 5 0 0 4 0.43 0.92 54 S -2 2 1 4 -5 3 -1 -1 1 -5 -3 1 -4 -5 3 0 -3 -5 -4 -5 1 13 7 25 0 15 2 3 3 0 3 8 0 0 13 8 0 0 0 0 0.56 0.92 55 R 0 4 -3 -1 0 3 2 -4 -3 -4 -2 1 -1 -5 1 -1 0 -5 -4 -2 8 27 0 3 2 17 11 0 0 0 4 9 1 0 7 3 6 0 0 2 0.49 0.92 56 V -3 -5 -5 -6 -3 -5 -5 -6 -5 7 2 -5 -1 -2 -5 -4 -3 -5 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 69 19 0 0 0 0 0 0 0 0 12 1.26 0.92 57 I 1 -3 -3 -3 -3 -3 -1 -3 -4 2 -2 -3 0 -4 -3 3 4 -5 -4 0 14 0 0 0 0 0 4 0 0 16 2 0 3 0 0 26 29 0 0 7 0.55 0.92 58 Q 0 0 0 3 -5 5 3 -4 -2 -2 -3 1 -3 -4 -4 -2 -3 0 0 -4 8 5 4 19 0 27 20 0 0 3 2 9 0 0 0 0 0 1 3 0 0.64 0.92 59 G 2 -2 -3 4 1 -3 -1 3 -4 -3 0 -2 1 -2 -4 -2 -3 -5 -4 -3 20 2 0 23 3 0 4 27 0 0 13 2 5 2 0 0 0 0 0 0 0.50 0.92 60 L -4 -5 -6 -6 -3 -5 -5 -6 -5 5 5 -5 0 0 -5 -5 -3 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 40 53 0 0 3 0 0 0 0 0 4 1.10 0.92 61 V -1 -1 -4 -4 -4 3 -2 -5 -4 2 2 -2 4 -3 -4 -1 0 -4 -3 2 4 3 0 0 0 17 2 0 0 14 19 2 14 0 0 4 5 0 0 18 0.47 0.92 62 A 3 -3 5 0 -4 1 0 -3 1 -4 -3 0 -3 -5 -3 0 0 -5 -4 -3 34 0 27 5 0 7 6 0 3 0 3 5 0 0 0 3 6 0 0 0 0.59 0.92 63 G -2 1 0 4 -5 -2 0 5 0 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -1 -1 -5 -1 -2 2 8 3 26 0 1 4 42 2 0 0 0 0 0 0 2 4 0 3 3 0.75 0.92 64 E 0 -1 -1 2 -5 -1 3 -4 -3 -4 -1 5 1 -1 -3 0 -3 -5 -4 -2 7 0 2 11 0 1 19 0 0 0 6 39 4 3 0 5 0 0 0 2 0.56 0.92 65 T -2 -3 2 3 -4 0 1 -2 -3 -4 -4 1 0 -5 -1 3 3 -5 -4 -4 0 0 8 18 0 2 8 2 0 0 0 10 3 0 3 21 25 0 0 0 0.54 0.92 66 A 3 -4 -4 -4 -4 -3 -3 -3 -4 -4 -5 -3 -4 -5 7 0 -1 -6 -5 -4 24 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 67 6 2 0 0 0 1.75 0.92 67 Q -3 4 -2 -1 -5 6 0 -3 1 -5 -4 3 -3 -5 -2 -2 0 -5 -4 -4 0 21 1 2 0 38 4 1 4 0 1 20 0 0 2 0 6 0 0 0 0.88 0.92 68 Q 0 -1 -2 3 -4 0 4 -4 -3 -1 -2 0 -3 -4 -3 -1 2 -5 -1 -1 10 3 0 17 0 3 34 0 0 4 3 4 0 0 0 3 13 0 2 5 0.50 0.92 69 I -3 -5 -5 -5 -3 -5 -5 -6 -5 7 -1 -5 -1 -1 -5 -4 0 -5 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 71 0 0 0 2 0 0 4 0 0 23 1.27 0.92 70 C -2 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -3 -3 -5 -4 -5 -5 -3 -3 -5 -5 -3 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.99 0.92 71 E -1 -2 -4 -4 -3 -1 -1 -3 -4 1 -1 -2 0 -3 -4 -3 2 -5 -3 5 3 2 0 0 0 3 5 2 0 3 2 3 2 0 0 0 17 0 0 57 0.69 0.89 72 D -2 -3 2 5 -5 0 1 -2 -3 -2 -4 2 -4 -1 -4 0 0 -4 1 -4 2 0 8 40 0 3 6 3 0 3 0 13 0 2 0 8 5 0 7 0 0.63 0.89 73 L -3 -5 -6 -6 -3 -5 -5 -6 -5 5 4 -5 1 -2 -5 -5 -3 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 44 51 0 2 0 0 0 0 0 0 3 1.12 0.89 74 R -3 6 -2 -3 -5 0 0 -4 -2 -5 -4 6 -3 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -4 0 46 0 0 0 0 2 0 0 0 0 52 0 0 0 0 0 0 0 0 1.27 0.75 K Lambda Standard Ungapped 0.1339 0.3261 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1860 0.3173 PSI Gapped 0.0569 0.2670