Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 G -1 -3 -1 -2 -4 -3 -3 7 -3 -5 -5 -3 -4 -4 -3 -1 -3 -4 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.52 0.34 2 I -2 -4 -4 -5 -2 -4 -4 -5 -4 5 4 -4 1 -1 -4 -3 -1 -3 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 47 48 0 0 0 0 0 3 0 0 2 0.71 0.36 3 I -2 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -5 -4 5 1 -4 0 4 -4 -3 -2 -2 -1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 64 3 0 0 22 0 0 0 0 0 11 0.76 0.37 4 I -2 -4 -4 -4 -2 -4 -4 -5 -4 5 1 -4 1 3 -4 -3 0 3 -1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 46 11 0 1 18 0 0 7 4 0 12 0.56 0.37 5 N -2 -2 7 0 -4 0 -1 -1 1 -4 -3 -1 -3 -4 -3 0 -1 -5 -3 -4 1 0 87 0 0 1 0 1 3 0 3 0 0 0 0 2 0 0 0 0 1.12 0.37 6 L -3 -3 -4 -5 -2 -1 -4 -5 -4 1 5 -3 1 -1 -4 -4 -2 -3 -2 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 97 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.90 0.37 7 D -2 -2 1 5 -4 0 4 -3 -2 -4 -4 0 -4 -4 -2 1 -2 -5 -4 -4 0 0 5 47 0 0 34 0 0 0 0 5 0 0 0 9 0 0 0 0 0.85 0.37 8 E 0 -2 5 3 -3 -1 2 -2 -1 -1 -4 -1 -3 -4 -3 1 1 -5 -3 -3 6 0 38 20 0 0 16 0 0 5 0 0 0 0 0 8 8 0 0 0 0.56 0.37 9 G -1 -3 0 -2 -4 -3 -3 7 -3 -5 -5 -3 -4 -4 -3 -1 -3 -4 -4 -4 0 0 4 0 0 0 0 96 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.47 0.36 10 E -2 -1 -1 1 -5 1 6 -3 -1 -4 -4 0 -3 -4 -2 0 -2 -4 -3 -4 0 0 0 0 0 0 93 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 1.14 0.36 11 L 0 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -4 -4 2 5 -3 1 -1 -4 -3 -2 -3 -2 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 12 81 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.75 0.36 12 C -2 -5 -4 -5 10 -4 -5 -4 -4 -2 -2 -4 -3 -3 -4 -2 -2 4 -3 -2 0 0 0 0 93 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 1.99 0.36 13 L -1 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -4 -4 1 4 -3 4 1 -4 -3 -2 -3 -2 1 6 0 0 0 0 0 0 0 0 5 61 0 18 4 0 0 0 0 0 6 0.63 0.36 14 N -2 1 6 -1 -4 3 0 -1 1 -1 -3 -1 -2 -2 -3 -1 -1 -4 -3 -2 0 7 50 0 0 22 4 4 3 5 0 0 0 1 0 0 0 0 0 3 0.62 0.36 15 S 0 -2 0 -1 -2 -1 1 0 -2 -4 -4 -1 -3 -4 -2 6 1 -4 -3 -3 0 0 0 0 0 0 7 4 0 0 0 0 0 0 0 86 3 0 0 0 0.79 0.36 16 A 4 -3 -3 -3 -2 -1 -2 0 -3 1 0 -2 3 0 -3 -1 -1 -3 0 0 52 0 0 0 0 3 0 5 0 8 7 0 11 4 0 0 0 0 3 6 0.36 0.36 17 Q -2 0 -1 -1 -4 7 1 -3 0 -4 -3 0 -1 -4 -2 -1 -2 -3 -3 -3 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.28 0.36 18 C -1 -5 -4 -5 11 -4 -5 -4 -4 -2 -2 -4 -3 -4 -4 -2 -2 -3 -4 -2 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.13 0.36 19 K -2 1 0 -2 -4 0 0 -3 -2 -4 -4 6 -2 -4 -2 -1 -1 -4 -3 -3 0 1 3 0 0 0 2 0 0 0 0 90 0 0 0 2 2 0 0 0 0.95 0.36 20 S 0 -2 0 -1 -2 -1 -1 -1 -2 -4 -4 -1 -3 -4 -2 6 1 -4 -3 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0.95 0.36 21 N -1 2 0 0 -4 1 1 2 1 -4 -4 3 -3 -4 -2 2 -1 -4 -3 -4 0 10 3 2 0 7 7 20 3 0 0 30 0 0 0 18 0 0 0 0 0.43 0.36 22 C -1 -5 -4 -5 11 -4 -5 -4 -4 -2 -2 -4 -3 -4 -4 -2 -2 -3 -4 -2 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.13 0.36 23 C -1 -5 -4 -5 11 -4 -5 -4 -4 -2 -2 -4 -3 -4 -4 -2 -2 -3 -4 -2 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.13 0.36 24 Q -2 0 -1 -2 -4 5 0 -3 8 -4 -4 0 -2 -1 -3 -2 -2 -3 0 -4 0 2 0 0 0 34 0 0 57 0 0 3 0 4 0 0 0 0 0 0 1.07 0.36 25 H -3 6 -1 -2 -5 1 0 -3 6 -4 -4 1 -3 -3 -3 -2 -2 -4 -1 -4 0 66 0 0 0 3 4 0 28 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.04 0.36 26 D -1 1 0 4 -3 0 1 -2 -2 -3 -3 0 -3 -2 0 1 3 -4 -3 -3 3 8 3 36 0 2 5 0 0 1 0 3 0 2 5 7 24 0 0 0 0.47 0.36 27 T -1 -1 2 2 -2 -1 -1 -1 -2 -3 -3 -1 -3 -4 -2 4 3 -4 -3 -2 0 1 9 13 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 45 29 0 0 0 0.56 0.36 28 I 1 -3 -2 -3 -3 -3 -3 5 -3 0 -1 -3 -1 -3 0 -1 -1 -4 -4 -2 12 0 0 0 0 0 0 61 0 10 5 0 1 0 6 2 3 0 0 1 0.70 0.36 29 L -2 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -5 -4 1 5 -4 2 -1 -4 -3 -1 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 93 0 2 0 0 0 2 0 0 3 0.88 0.36 30 S 1 -2 0 0 -2 -1 -1 2 -2 -4 -4 -1 -3 -4 -2 5 0 -4 -3 -3 4 0 0 5 0 0 0 16 0 0 0 0 0 0 0 74 0 0 0 0 0.71 0.36 31 L -3 -3 -5 -5 -2 -3 -4 -5 -4 2 5 -4 1 1 -4 -4 -2 -3 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 87 0 0 3 0 0 0 0 0 4 0.83 0.36 32 S 6 -2 -2 -3 -1 -2 -2 -1 -3 -2 -3 -2 -2 -3 0 1 -1 -4 -3 -1 92 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 5 0 0 0 0 0.83 0.36 33 R -2 7 -1 -3 -5 0 -1 -3 -1 -4 -3 1 -2 -4 -3 -2 -2 -4 -3 -4 0 96 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.27 0.36 34 C -1 -5 -4 -5 11 -4 -5 -4 -4 -2 -2 -4 -3 -4 -4 -2 -2 -3 -4 -2 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.13 0.36 35 A 5 -3 -2 -3 -2 -2 -1 -1 -3 -1 -2 -2 1 -1 -2 1 2 -3 -2 0 66 0 0 0 0 0 1 0 0 2 0 0 4 3 0 3 17 0 0 3 0.54 0.37 36 L 0 0 0 1 -4 -1 -1 -3 2 -4 -3 -2 -3 -4 6 1 -2 -4 -1 -3 8 5 3 10 0 2 0 0 8 0 3 0 0 0 49 10 0 0 2 0 0.93 0.39 37 K -2 3 -1 -2 -4 1 0 -3 -2 -3 -2 6 -1 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 0 14 0 0 0 4 1 0 0 0 5 73 2 0 0 0 0 0 0 0 0.83 0.38 38 A 6 -3 -2 -3 -2 -2 -2 0 -3 -3 -3 -2 -2 -3 -2 1 -1 -4 -3 -1 92 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0.85 0.38 39 R -2 6 -1 -2 -4 1 0 -3 -1 -4 -3 2 -2 -3 -3 -1 -2 -3 -2 -3 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.92 0.10 K Lambda Standard Ungapped 0.1352 0.3241 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1739 0.3158 PSI Gapped 0.0532 0.2670