Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -4 -5 -5 -6 -4 -4 -5 -6 -5 -1 -1 -4 10 -3 -6 -5 -3 -5 -4 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 86 0 0 0 0 0 0 14 2.30 1.44 2 F -4 -6 -6 -7 -5 -6 -5 -6 -5 -2 3 -5 -1 8 -7 -5 -4 0 -1 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 25 0 1 71 0 0 0 1 0 0 1.84 1.55 3 Q -3 -3 1 5 -6 1 5 -1 -4 -6 -6 -1 -5 -6 -4 -1 -3 -6 -5 -5 2 1 6 33 0 5 39 6 0 0 0 3 0 0 0 4 1 0 0 0 1.08 1.57 4 Q -1 -1 5 1 -5 0 -2 1 -2 -3 -3 1 -4 0 -5 3 1 -6 -2 -4 5 2 26 6 0 4 2 11 1 1 2 7 0 4 0 19 8 0 1 1 0.49 1.57 5 L -4 -5 -6 -7 -4 -5 -6 -7 -6 1 6 -4 1 -2 -6 -5 -4 -5 -4 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 88 1 2 1 0 0 0 0 0 1 1.57 1.57 6 S 0 -2 -2 -4 -5 0 -2 3 -4 -4 -5 -1 -4 -5 -4 4 4 -6 -5 -4 6 2 1 0 0 4 1 22 0 1 1 4 0 0 0 34 22 0 0 0 0.75 1.61 7 A -2 1 2 4 -6 1 4 0 -2 -6 -6 1 -5 -5 -5 1 -1 -6 -4 -5 3 6 7 23 0 6 23 8 1 0 0 9 0 0 0 10 4 0 0 0 0.63 1.62 8 R -1 6 -1 -3 -6 0 -3 0 -2 -5 -5 4 -4 -6 -5 1 -2 -6 -5 -4 4 44 2 1 0 2 0 6 0 1 1 24 0 0 0 12 1 0 0 1 1.01 1.60 9 L -5 -6 -6 -7 -5 -5 -6 -7 -6 3 5 -6 2 4 -6 -6 -4 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 17 62 0 3 15 0 0 0 0 0 1 1.28 1.61 10 Q -1 2 2 -1 -5 4 1 0 -2 -4 -4 1 -1 -6 -5 3 1 -6 -4 -4 4 10 8 3 0 20 9 6 1 1 1 7 1 0 0 19 10 0 0 1 0.48 1.66 11 E 0 1 3 2 -6 0 0 2 -1 -5 -5 2 -4 -5 -5 2 -1 -6 -5 -5 8 7 12 10 0 5 6 17 2 1 1 15 0 1 0 13 3 0 0 0 0.44 1.67 12 A 5 -5 -4 -5 -4 -4 -5 -4 -5 2 -2 -4 -2 -1 -4 1 2 -3 -5 2 45 0 1 0 0 0 0 0 0 12 3 0 0 3 0 9 10 0 0 16 0.76 1.67 13 I -2 -4 -6 -6 -3 -4 -6 -6 -5 3 3 -4 1 5 -6 -5 -3 3 -2 2 3 1 0 0 0 0 0 0 0 14 26 1 4 27 0 0 1 4 0 12 0.78 1.68 14 G -1 3 1 1 -5 1 0 -1 1 -6 -5 4 -4 -6 -4 2 -1 -3 -3 -5 6 13 7 6 0 5 4 4 3 0 1 29 0 0 0 13 3 0 1 0 0.48 1.67 15 R -3 2 2 -1 -5 -1 -2 -1 -2 -3 -4 5 -3 -2 -4 1 0 -6 -3 -3 2 8 11 3 0 2 1 4 1 2 1 40 0 2 0 9 6 0 1 1 0.60 1.67 16 L -3 -5 -3 -6 -5 -5 -5 -6 -6 4 5 -4 3 2 -6 -5 -3 -1 -3 0 2 0 1 0 0 0 1 0 0 20 51 1 6 7 0 0 1 1 0 4 0.92 1.65 17 R -1 5 0 -4 -5 0 -3 -2 -1 -2 -2 2 -1 -3 -5 1 1 -6 -3 -2 4 32 4 0 0 3 1 3 1 2 4 14 1 1 0 12 9 0 1 2 0.50 1.64 18 G -2 1 1 -2 -3 -2 -2 5 -1 -5 -6 1 -3 -2 -5 0 -2 -5 -2 -5 2 8 6 2 1 1 2 46 2 1 0 9 1 2 0 8 2 0 1 0 0.71 1.63 19 R 0 2 -2 -2 -5 3 1 -1 0 -3 -4 4 -2 -4 -4 1 -2 -6 -3 -2 9 9 1 2 0 12 7 4 2 1 1 29 1 0 0 10 2 0 1 3 0.43 1.62 20 G 0 -2 -1 1 -5 -2 -2 4 -3 -4 -5 0 -3 -6 -1 1 1 -6 -4 -2 8 2 2 9 0 2 1 35 1 1 1 5 1 0 3 11 10 0 0 2 0.48 1.61 21 R -1 4 -2 -1 -5 -1 -1 -3 -2 0 -3 3 -2 -3 -2 0 1 -5 -2 1 5 19 2 4 0 2 3 2 1 6 2 20 1 1 2 6 8 0 1 11 0.28 1.52 22 I -3 -5 -5 -4 -4 -5 -4 -5 -5 5 4 -5 0 -1 -2 -4 -3 -5 -3 2 1 0 0 1 0 0 1 1 0 32 39 0 1 2 2 1 1 0 1 11 0.81 1.49 23 T -3 -3 1 4 -5 -2 -2 -3 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -4 3 5 -5 0 -4 1 1 7 22 0 1 1 1 1 0 0 3 0 0 0 20 31 0 4 1 0.73 1.53 24 E -2 -2 -2 1 -6 0 7 -4 -2 -6 -5 1 -5 -6 -2 -2 -3 -6 -5 -4 3 1 1 7 0 3 65 1 1 0 1 8 0 0 1 1 1 0 0 1 1.19 1.54 25 E 2 -1 -1 1 -5 0 3 -3 -2 -2 -4 4 -3 -5 -3 0 -1 -6 -2 -3 16 2 3 8 0 3 20 1 0 3 1 23 1 0 1 7 3 0 1 1 0.42 1.54 26 D 0 -3 5 5 -5 -1 -1 -4 -2 -3 -3 -3 -2 -3 -5 -1 0 -6 -5 0 7 1 26 32 0 2 3 1 1 1 2 1 1 1 0 4 5 0 0 7 0.71 1.53 27 L -3 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 5 2 -5 1 0 -6 -4 -2 -5 -1 4 1 0 0 0 0 0 0 0 0 36 17 0 3 3 0 1 2 0 2 29 0.90 1.44 28 K -1 0 2 4 -3 2 2 -3 -2 -4 -4 3 -3 -6 -4 -1 -1 -6 -5 -2 5 5 8 20 1 8 13 2 1 1 2 19 1 0 0 4 3 0 0 2 0.43 1.44 29 A 1 -2 1 3 -5 0 5 -2 -1 -4 -4 -1 -3 -6 -3 -1 0 -6 -5 -3 10 1 6 14 0 3 37 3 2 1 2 4 1 0 1 4 4 0 0 2 0.54 1.44 30 T 2 -5 -4 -5 2 -4 -5 -1 -2 1 0 -4 3 1 0 -1 3 0 -2 1 20 0 0 0 5 0 0 4 1 6 10 0 7 5 5 3 18 1 1 8 0.32 1.41 31 L -2 -5 -3 -6 1 -5 -5 -3 -5 2 4 -2 4 -1 -5 -3 -1 -5 -4 2 3 0 2 0 3 0 0 2 0 9 46 3 10 2 0 2 3 0 0 12 0.67 1.38 32 R -3 5 1 -1 -2 0 0 -3 -1 -3 -3 4 -2 -3 -5 -1 -2 1 -2 -3 2 30 7 3 1 3 7 2 1 1 2 27 1 1 0 3 1 2 1 1 0.61 1.38 33 E -2 -2 -1 3 -6 0 6 -3 -1 -3 -4 -1 -1 -6 -4 -1 -1 -6 -5 -5 3 1 2 13 0 3 56 2 1 2 1 3 2 0 0 3 3 0 0 0 0.93 1.38 34 I -4 -6 -6 -6 -4 -5 -6 -7 -6 6 3 -5 3 -3 -6 -5 -3 -5 -4 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 45 21 0 7 0 0 0 0 0 0 27 1.21 1.38 35 R -2 6 -2 -4 2 2 0 -3 -1 -5 -2 3 -1 -5 -5 -2 -2 -5 -2 -3 3 43 2 0 5 10 6 2 1 0 3 16 1 0 0 2 2 0 2 2 0.84 1.38 36 R -3 5 1 -3 -1 -1 -1 -3 -1 0 1 1 3 -1 -3 -2 -1 1 0 -2 2 29 7 1 1 1 3 1 1 5 17 7 8 2 1 2 4 2 3 2 0.39 1.14 37 A 6 -4 -1 -2 0 -1 -2 -1 -4 -2 -2 -3 -3 -5 -4 0 -1 -5 -4 -1 68 0 2 3 2 3 2 2 0 2 4 0 0 0 0 5 4 0 0 3 0.87 1.14 38 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 -1 6 -4 3 2 -4 -4 -3 -3 -3 -2 1 0 0 0 0 0 1 1 0 0 78 1 7 8 0 1 1 0 0 1 1.16 1.04 39 M -2 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -4 3 5 -4 2 0 -4 -2 -1 -4 -3 0 4 0 0 0 0 0 1 1 0 17 56 1 3 3 0 4 3 0 0 5 0.77 1.04 40 D -2 2 -1 2 -6 1 5 -2 -1 -5 -4 1 -2 -5 -4 0 -2 -5 -2 -5 3 10 1 11 0 5 48 3 1 0 1 8 1 0 0 5 1 0 1 0 0.80 1.11 41 A 6 -4 0 -4 -3 -3 -1 -1 -4 -4 -4 -3 -4 -5 -3 2 -1 -5 -4 -2 69 0 5 0 0 0 3 3 0 0 0 0 0 0 0 16 3 0 0 2 1.01 1.11 42 D -4 -4 1 8 -6 -3 -1 -4 -3 -6 -6 -3 -6 -6 -4 -1 -3 -7 -6 -6 0 0 4 93 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 2.01 1.08 43 V 0 -5 -5 -5 0 -4 -5 -5 -5 1 -1 -4 -2 -2 -5 -4 -2 -5 -3 7 5 0 0 0 2 0 0 0 0 2 2 0 0 2 0 0 0 0 0 86 1.34 1.05 44 N 2 0 5 1 -5 0 0 -1 3 -5 -5 -1 -4 -5 0 1 -1 -5 0 -4 18 5 25 6 0 4 6 4 6 0 1 4 0 0 4 8 4 0 4 0 0.47 1.51 45 L 0 -4 1 -4 3 1 0 -5 3 0 -1 0 2 1 1 0 0 -4 2 0 6 0 6 0 6 6 6 0 6 6 6 6 6 6 6 6 6 0 6 6 0.19 1.67 46 E -1 1 -1 0 -5 1 2 -2 0 -1 -3 4 0 -2 1 1 -1 -5 -4 -2 4 8 3 4 0 5 14 3 2 4 3 24 2 2 6 9 4 0 0 3 0.32 1.56 47 V 0 -3 -3 -4 -4 2 1 -4 3 1 0 -3 3 2 -4 0 1 -3 2 1 8 0 0 0 0 8 8 1 8 8 8 0 8 8 0 8 8 0 8 8 0.28 1.23 48 A 1 -4 0 -4 -3 -4 -4 -4 -4 2 -1 -4 -2 -3 -4 -1 0 -5 -4 6 13 0 4 0 0 0 1 1 0 8 4 0 0 0 0 4 4 0 0 58 0.87 1.24 49 R -1 3 -1 -1 -1 0 -1 -3 -1 -2 -2 6 0 -2 -4 -2 -2 -4 -2 -2 4 12 3 4 1 2 3 2 1 2 4 46 3 2 0 2 2 0 1 3 0.63 1.24 50 D 1 -1 1 3 -4 2 3 0 0 -3 -3 1 -4 -3 -2 0 0 -4 -2 -3 11 3 6 13 0 10 17 7 2 2 2 9 0 1 2 6 4 0 1 2 0.29 1.24 51 F -2 -4 -5 -5 -4 -4 -5 -5 -4 2 3 -4 3 6 -5 -4 -1 -3 -1 0 3 0 0 0 0 0 1 1 0 12 32 0 6 34 0 1 3 0 0 4 0.90 1.24 52 V -3 1 -2 -4 -1 0 -3 -5 -2 4 1 -1 1 -3 -4 0 2 -5 -2 2 1 8 2 0 1 4 1 1 1 23 10 3 3 0 0 6 15 0 1 15 0.37 1.39 53 E 1 -1 2 3 -4 0 2 -2 -1 -3 -4 3 -2 -4 -3 1 -1 -5 -3 -3 14 3 9 14 0 4 13 3 1 1 1 18 1 1 1 8 3 0 1 1 0.34 1.39 54 R -1 3 3 0 -2 1 1 -2 2 -3 -2 2 -4 -3 -4 0 0 -5 -4 -3 6 17 15 5 1 6 8 3 4 1 4 11 0 1 0 8 5 0 0 1 0.32 1.39 55 V -2 -5 -3 -5 -1 -4 -5 -5 -5 5 0 -4 0 -3 -5 -4 -2 -5 -4 5 3 0 2 0 1 0 0 1 0 36 6 0 1 0 0 1 2 0 0 41 0.98 1.39 56 R -3 4 0 -3 -5 1 1 -3 -2 -3 -3 5 -2 -4 -4 -1 -1 -2 -3 -3 1 17 3 0 0 7 9 1 1 2 2 39 1 1 0 4 4 1 1 2 0.68 1.43 57 E -1 0 -1 1 -5 2 5 -3 -1 -3 -4 2 -2 -4 -3 -1 0 -5 -3 -2 5 5 3 6 0 8 39 1 1 1 1 11 1 1 1 4 5 0 1 3 0.57 1.47 58 E -2 5 -2 -2 -3 1 0 -3 -2 -2 -3 5 -2 -4 -4 -2 -2 -5 -4 -3 3 29 2 2 1 5 6 2 1 2 2 33 1 1 0 2 2 0 0 2 0.73 1.51 59 A 5 -4 -3 -4 1 -3 -3 -2 -4 0 -1 -3 0 -1 -4 0 -2 -5 -4 1 52 0 1 0 3 1 1 2 0 6 6 1 2 2 0 6 2 0 0 8 0.65 1.52 60 L -3 -2 0 -2 -4 -1 -3 -4 -3 3 3 1 1 -2 -4 -2 -1 -4 -3 2 2 2 5 3 0 3 2 1 1 13 28 10 3 1 1 3 3 0 1 15 0.33 1.52 61 G -1 0 0 0 3 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.02 2.12 62 K 1 -1 0 0 -5 2 4 -2 1 -2 -2 0 0 -5 -1 0 -1 -6 0 -2 10 3 4 5 0 8 23 3 3 3 3 5 3 0 3 7 4 0 3 3 0.23 2.04 63 Q -1 0 0 0 3 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.02 2.12 64 V -1 0 0 -1 -5 1 -2 -2 0 2 -1 -1 1 -1 0 -2 -1 -5 -4 4 5 5 4 3 0 7 3 3 3 11 6 3 3 3 5 3 3 0 0 26 0.22 2.00 65 L -1 -1 -1 -2 0 -1 -2 -2 1 1 2 0 3 -1 1 0 -1 2 -1 -1 6 3 3 3 2 3 3 3 3 7 19 6 6 3 7 7 3 2 2 4 0.07 2.12 66 E 0 1 0 -1 -5 1 1 0 1 -1 -3 3 0 -1 0 -1 0 -5 -1 -2 7 6 3 4 0 6 8 7 3 3 3 19 3 3 5 5 5 0 3 3 0.13 2.13 67 S 1 -2 0 -1 0 -2 -2 2 1 -3 -3 -1 0 -2 -2 4 0 -5 -1 -2 12 2 4 3 2 2 2 17 3 2 2 3 2 2 2 27 4 0 2 2 0.32 2.13 68 L -2 -3 -3 -5 1 -1 -2 -2 -2 1 4 -3 2 -1 -3 -3 -1 -5 -2 3 3 1 1 0 2 3 3 3 1 7 40 1 5 2 1 2 4 0 1 18 0.55 1.93 69 T -2 -1 5 1 -5 -1 -2 -3 -2 -2 -4 0 -2 -5 -2 3 4 -6 -3 -3 3 4 23 6 0 3 3 1 1 3 1 6 1 0 2 19 21 0 1 2 0.60 1.93 70 P 0 0 -2 -2 -5 -2 -3 -3 -1 -4 -3 1 -1 -6 7 -1 -1 -6 -5 -2 6 6 2 2 0 2 1 2 1 1 2 7 2 0 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