Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 Q -4 5 -3 -3 -6 6 2 -5 -3 -5 -4 2 2 -6 -4 -3 -4 -5 -4 -5 0 35 0 0 0 37 13 0 0 0 0 8 7 0 0 0 0 0 0 0 1.24 1.32 2 D -3 -4 4 7 -7 -3 -1 -4 -1 -7 -7 -3 -6 -7 -3 -2 -3 -7 -6 -6 1 0 21 71 0 1 1 0 1 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 1.87 1.79 3 G -3 -6 -3 -4 3 -4 -5 7 -5 -7 -7 -4 -6 -5 -4 -3 -4 -6 -6 -5 1 0 0 1 6 0 0 88 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 2.07 1.89 4 G -1 -1 2 -2 -3 1 -1 5 1 -3 -4 -2 -2 -4 -5 0 -2 -4 -2 -1 6 4 9 2 1 6 4 41 4 2 1 2 1 0 0 8 2 0 2 5 0.62 1.92 5 W -5 -6 -7 -8 -3 -5 -6 -6 -5 -4 -3 -6 -2 -1 -7 -6 -6 12 1 -3 1 0 0 0 1 0 0 0 0 1 1 0 1 2 0 0 0 89 3 2 3.88 1.91 6 S -1 -4 -1 -2 -3 -2 -3 4 -3 -5 -5 -3 -3 -5 -4 5 1 -6 -5 -5 3 0 2 1 0 1 1 30 1 0 1 1 0 0 0 48 7 0 0 0 1.06 1.98 7 H 1 -2 0 1 5 0 2 -3 -1 -3 -3 -1 -2 -5 3 1 -1 -6 -4 -2 11 3 4 8 11 3 16 2 1 1 2 3 1 0 16 11 4 0 0 3 0.44 1.99 8 W -6 -6 -7 -4 -6 -5 -5 -5 -6 -6 -4 -6 -5 -1 -4 -6 -6 13 0 -6 0 0 0 1 0 0 1 1 0 0 1 0 0 2 1 0 0 93 1 0 4.17 1.99 9 S -1 -3 -1 -3 -2 -1 -2 3 -3 -4 -5 -3 -3 -6 -5 5 2 -6 -4 -4 3 1 2 1 1 3 2 20 0 1 1 1 1 0 0 51 11 0 1 1 0.97 2.04 10 P 1 -2 -1 0 -4 0 2 -2 -2 -2 -4 -1 -3 -4 5 2 -1 -6 -4 -3 11 2 3 5 0 3 12 3 1 3 1 3 1 1 27 17 4 0 1 2 0.57 2.03 11 W -4 -4 -6 -5 -5 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -4 -3 0 -3 -4 -4 12 2 -4 1 1 0 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 3 2 1 1 79 4 1 3.32 2.00 12 S -1 -3 -1 -3 -4 -3 -2 2 -3 -4 -4 -3 -3 -5 -4 6 2 -6 -4 -3 3 1 2 1 0 1 2 16 0 1 2 1 1 0 1 55 11 0 1 1 0.97 2.01 13 S 1 -2 -1 1 -2 0 2 -2 -1 -3 -2 -1 -2 -4 4 2 0 0 -2 -1 9 2 2 8 1 4 13 3 2 1 4 3 1 1 17 13 6 1 1 4 0.27 1.99 14 C -3 -6 -3 -4 11 -6 -6 -5 -6 -3 -4 -6 -5 -5 -3 -4 -4 -1 -5 -3 1 0 1 1 86 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 1 0 1 3.05 1.99 15 S -2 -2 -1 1 -2 -1 -3 -2 -2 -3 -4 -2 -3 -4 0 6 1 -3 -3 -3 1 2 3 8 1 2 1 2 1 2 2 2 1 1 5 54 6 0 1 2 0.77 1.94 16 V 1 4 -2 -3 -1 0 -2 -2 0 -2 -3 0 -1 -3 -1 0 0 -2 -3 3 13 20 1 1 1 5 2 3 2 2 2 6 1 1 4 8 5 1 1 18 0.29 1.96 17 T -2 -1 -1 -1 -2 -1 -2 -3 -1 -3 -3 -1 -2 -3 0 3 5 -2 -3 -2 2 3 2 3 1 2 3 2 1 1 2 3 1 1 4 21 41 1 1 2 0.68 1.98 18 C -3 -3 -5 -3 11 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -3 -2 -3 -3 -3 -2 -5 -1 -4 1 2 0 1 73 1 2 2 1 1 2 1 1 1 1 1 2 0 2 0 2.36 1.94 19 G -2 -3 -1 -1 -5 -2 -3 6 -2 -4 -4 -2 -5 -3 -1 -1 -2 -1 -3 -3 2 1 3 4 0 1 2 63 1 1 2 3 0 1 3 4 2 1 1 2 1.09 1.97 20 D 0 0 0 -1 -1 0 -1 4 1 -2 -2 -1 -2 -1 -2 0 0 -1 -2 -1 6 6 5 3 1 5 4 29 3 3 5 4 1 2 2 5 7 1 1 5 0.23 1.99 21 G -1 -3 -2 -3 -5 -2 -3 6 -1 -3 -4 -2 -2 -3 -5 -2 -3 0 -2 -4 4 2 2 1 0 2 1 70 1 1 2 3 1 1 0 3 1 1 1 1 1.33 1.92 22 V -2 0 -1 -2 -1 0 -2 -2 1 1 -1 -1 0 0 -5 -2 2 1 1 4 3 5 2 2 1 5 3 4 3 8 5 3 2 3 0 3 12 2 4 27 0.28 1.96 23 I -2 3 -1 -2 -5 5 -1 -3 1 -2 -2 2 1 -2 -5 1 0 1 -1 -1 3 14 2 2 0 23 3 2 4 3 3 11 4 2 0 12 5 2 2 4 0.44 1.94 24 T -2 0 -1 -2 1 -1 0 -2 1 1 0 -1 1 1 -1 1 1 2 1 0 3 4 3 3 2 3 7 3 3 7 11 4 3 7 3 10 8 3 5 7 0.08 1.91 25 R 0 1 1 -4 -5 1 0 0 3 0 -1 0 2 -4 -4 0 0 4 2 0 6 6 6 0 0 6 6 6 6 6 6 6 6 0 0 6 6 6 6 6 0.19 1.67 26 I -2 2 -1 -1 -5 1 2 -2 1 -1 -2 0 2 -1 -1 0 1 2 2 -1 3 11 3 3 0 5 14 3 4 4 5 6 5 3 3 8 8 3 7 4 0.18 1.84 27 R 0 1 1 -4 -4 1 -3 0 3 -3 0 1 3 2 -4 0 -3 5 -3 0 8 8 7 0 0 7 0 8 7 0 8 8 7 7 0 8 0 7 0 8 0.28 1.34 28 L 0 -1 -1 -1 -4 3 -1 -2 3 0 -1 0 0 -1 -1 -1 1 2 1 1 8 4 3 3 0 12 3 3 6 5 7 7 3 3 3 5 9 3 4 10 0.14 1.67 29 C -2 -5 -2 -5 10 -2 -5 -3 -5 1 -2 -2 0 -1 -2 -2 -2 -5 -1 -1 3 0 2 0 57 2 0 3 0 8 3 2 2 2 2 3 2 0 2 4 1.63 1.64 30 N -2 -2 2 2 -1 -1 -1 -2 -1 2 0 0 -1 -2 -2 0 2 1 0 1 2 2 11 10 1 2 4 2 2 10 9 5 1 2 2 8 14 2 3 8 0.17 1.71 31 S -1 0 5 -1 -1 1 -1 -1 1 -1 -3 0 0 -1 -2 2 0 0 -1 -2 4 4 27 4 1 6 4 4 4 4 2 4 2 3 2 13 7 1 2 3 0.36 1.79 32 P -2 -2 -2 -2 0 0 -1 -2 -1 -2 -2 -1 -2 -2 7 -1 -1 -1 -2 -2 3 2 2 2 2 5 4 3 1 2 4 4 1 2 47 4 3 1 1 3 0.90 1.68 33 S 2 2 -1 -1 -2 0 0 -2 -1 -1 -2 0 -1 -1 2 0 1 -4 -1 -1 16 13 3 3 1 4 5 3 1 4 4 7 1 3 9 8 7 0 2 5 0.16 1.81 34 P 0 -2 -2 -1 -4 -1 -1 -2 -1 -2 -2 -2 -2 -2 7 -1 -1 -1 -2 -2 7 2 2 3 0 3 3 4 1 2 4 2 1 2 50 4 4 1 1 3 1.00 1.61 35 Q 1 1 -1 -2 -2 4 0 -1 0 -2 -1 2 0 -3 -3 1 -1 -4 -1 -1 11 8 2 2 1 18 6 5 2 2 7 10 2 1 1 10 4 0 2 4 0.24 1.79 36 M -2 0 5 0 2 -1 -2 0 3 -2 -2 -2 -2 1 -1 -1 -2 0 2 -2 3 4 25 6 4 2 3 8 8 2 4 2 1 7 3 4 2 1 6 3 0.38 1.79 37 N -2 -2 1 0 -2 -1 -1 6 -2 -3 -2 -2 -2 -3 -1 -1 -2 -1 -2 -3 3 3 6 5 1 3 3 52 1 2 4 2 1 1 3 3 2 1 2 2 0.79 1.80 38 G -2 -3 -1 -1 -3 -2 -2 6 -2 -4 -3 -2 -2 -4 -3 -1 -1 -2 -3 -3 3 1 3 3 1 2 3 63 1 1 3 2 1 1 1 4 3 1 1 2 1.11 1.85 39 K 0 3 0 0 -1 1 0 -3 1 -2 -1 3 -1 -2 -1 1 -1 0 -1 -2 9 15 3 5 1 5 5 2 3 2 5 17 2 2 3 9 4 1 2 3 0.22 1.91 40 P -1 -1 0 1 -2 0 -1 -1 1 -2 -2 -2 0 0 4 0 0 -2 3 -2 6 3 5 8 1 4 5 5 3 2 3 3 2 4 18 8 7 1 10 2 0.25 1.97 41 C -3 -5 -6 -7 11 -6 -7 -5 -6 -5 -4 -6 -5 -4 -4 -3 -3 -6 -4 -3 1 1 0 0 92 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1 1 1 0 1 1 3.37 2.04 42 E -2 -1 -1 -1 -5 0 2 -4 -1 0 -1 -1 -2 -3 4 0 1 0 -3 2 3 3 2 4 0 5 13 1 2 5 6 4 1 1 22 7 8 2 1 12 0.36 2.03 43 G -2 -3 -2 -1 -5 -3 -2 7 -3 -6 -5 -2 -5 -4 -3 -2 -3 -5 -3 -5 2 1 2 3 0 1 3 76 1 0 1 2 0 1 1 2 2 0 1 1 1.56 1.93 44 E 0 0 1 1 -3 1 3 -3 0 -2 -2 0 -2 -4 3 1 -1 -4 -3 -2 7 5 6 8 0 6 16 2 2 2 4 5 1 1 15 11 4 0 1 3 0.30 2.04 45 A 1 2 1 1 -3 -1 -1 -1 0 -3 0 -1 0 -3 0 3 1 -3 -3 -3 11 11 6 8 0 3 3 4 2 1 9 3 2 1 4 19 7 0 1 2 0.22 2.07 46 R -2 3 -2 -4 -1 1 0 -4 1 0 -1 2 1 -1 -5 1 2 -1 0 1 3 13 2 1 2 5 7 1 3 5 5 11 3 3 0 9 13 1 3 11 0.26 2.06 47 E -4 2 -2 1 -7 5 5 -4 -1 -4 -5 1 -2 -5 -4 -1 -3 -3 -4 -5 1 9 1 6 0 23 43 1 1 1 1 6 1 0 0 3 1 0 0 1 1.05 2.07 48 T -2 0 -2 -4 -4 -1 0 -3 2 -1 -3 -1 -2 1 -5 1 4 -1 5 0 3 4 2 1 0 3 6 2 4 4 2 4 1 5 0 12 23 1 19 5 0.48 2.08 49 K -2 5 -2 -2 -5 4 2 -3 -1 -3 -3 2 -1 -3 -4 -1 -2 -4 -3 -2 3 30 1 2 0 18 12 2 2 2 2 14 1 1 1 5 3 0 1 3 0.70 2.08 50 A 0 -1 -1 -1 -5 -1 0 -3 -2 0 0 -1 0 -2 3 2 1 -2 -2 0 9 3 3 4 0 3 5 2 1 5 11 4 3 2 12 16 8 1 2 8 0.18 2.08 51 C -4 -7 -6 -7 11 -7 -7 -6 -7 -3 -5 -7 -5 -6 -6 -4 -4 -6 -6 -3 0 0 0 0 97 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 3.68 2.01 52 K -3 -2 7 0 -6 2 1 -2 2 -6 -6 0 -5 -4 -4 0 -2 -7 -3 -5 2 2 53 3 0 8 7 2 5 0 0 5 0 1 0 7 2 0 1 1 1.18 1.97 53 K -2 1 -1 -1 -5 1 2 -4 -3 -3 -2 0 0 -6 -2 0 5 -6 -5 -2 3 7 3 3 0 6 12 1 1 1 5 5 2 0 1 7 41 0 0 3 0.66 1.92 54 D -4 -3 3 4 -7 5 5 -5 -3 -6 -6 -3 -5 -7 -5 -3 -4 -6 -5 -6 0 0 16 23 0 29 32 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.35 1.79 K Lambda Standard Ungapped 0.1310 0.3144 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1549 0.3186 PSI Gapped 0.0474 0.2670