Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 V 1 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 2 0 -4 3 -3 -4 -3 -2 -5 -3 6 13 0 0 0 0 0 0 0 0 11 5 0 7 0 0 0 0 0 0 64 0.92 0.81 2 D -2 -2 1 6 -6 -2 3 1 -3 -5 -6 -2 -5 -6 1 -1 -3 -6 -5 -5 2 1 6 50 0 0 23 10 0 0 0 0 0 0 6 2 0 0 0 0 1.06 0.94 3 Q 3 1 -2 -3 -4 4 -2 -1 -1 -4 -4 2 -3 -5 4 -1 -3 -5 -4 -1 24 6 1 1 0 23 1 4 2 0 0 12 0 0 21 2 0 0 0 5 0.67 1.04 4 A 4 0 -1 0 -4 1 3 -2 -2 -4 -3 -1 1 -3 -2 -2 -2 3 -2 -3 42 6 3 4 0 7 20 1 1 0 1 2 4 1 2 1 1 5 1 1 0.56 1.07 5 T 0 0 0 -2 -4 -3 -3 -3 -4 -1 -3 -1 -3 -4 -4 0 6 -5 -4 2 6 5 5 2 0 0 0 1 0 3 1 4 0 0 0 3 52 0 0 18 0.77 1.12 6 L -2 -3 -4 -5 -4 -3 -3 -5 5 2 4 -2 2 0 -3 -3 -3 -5 -3 2 2 1 0 0 0 1 1 0 15 13 39 3 4 3 1 1 0 0 0 14 0.69 1.22 7 D 1 -2 4 3 -5 0 3 -4 -3 -3 -3 2 -4 -3 -2 0 -2 -5 1 -4 12 1 20 18 0 2 18 0 0 2 2 11 0 1 1 5 1 0 6 0 0.54 1.26 8 K -1 2 -1 -1 -5 0 0 -4 -3 -3 -4 6 -1 -6 2 -1 -1 -6 -5 -4 5 8 2 4 0 3 6 0 0 1 1 49 2 0 11 4 3 0 0 0 0.79 1.29 9 L -2 -4 -2 -5 -2 -2 -3 -5 -3 2 4 -2 2 1 0 -4 -2 -1 -1 1 3 0 2 0 1 2 1 0 0 12 48 3 4 5 5 1 2 1 2 7 0.60 1.31 10 E -2 0 -1 2 -3 2 4 -4 -3 -3 -2 3 -2 -4 -2 2 -2 -5 -3 -4 3 4 2 10 1 8 27 0 0 1 4 20 1 0 2 14 1 0 1 1 0.56 1.33 11 A 4 0 -1 -1 -4 -1 3 -4 -4 -4 -1 -1 1 -3 -3 1 -1 -5 -4 -2 39 4 2 3 0 3 18 0 0 0 8 3 3 1 1 8 3 0 0 2 0.48 1.37 12 G 0 1 2 1 0 -1 1 3 0 -5 0 0 -3 -4 -2 -2 -3 -6 -5 -2 9 6 12 8 2 2 9 26 2 0 9 6 0 0 2 2 0 0 0 3 0.35 1.39 13 F -4 -4 -3 -4 -5 0 -3 -5 -2 -2 -2 -4 -3 6 -3 -2 -4 6 7 -4 1 0 1 1 0 4 2 0 0 1 3 1 0 34 1 2 0 9 37 0 1.40 1.34 14 K -1 -1 -1 2 -4 1 2 -3 -2 -4 -5 1 -5 -6 6 -2 -1 -6 -4 -4 5 3 3 10 0 6 16 2 1 1 0 10 0 0 37 3 4 0 0 1 0.86 1.44 15 K -3 -1 1 4 -6 0 4 -2 -3 -3 -3 4 -3 -6 -2 -1 -1 -6 -5 -2 1 3 7 21 0 3 24 3 0 2 2 23 0 0 1 4 4 0 0 3 0.64 1.44 16 L -3 -5 -6 -5 -4 -5 -3 -6 -4 0 5 -4 0 6 -4 -5 -4 -3 2 -2 1 0 0 0 0 0 2 0 0 3 51 1 1 30 1 0 0 0 7 1 1.11 1.44 17 Q -1 1 -3 -1 -2 3 0 -3 -2 -3 -3 1 -3 -5 6 -1 -1 -5 -3 -3 4 8 1 3 1 13 4 1 1 1 2 9 0 0 40 4 4 0 1 2 0.85 1.36 18 E -1 -2 3 4 -3 -2 2 -2 -3 -3 -4 2 -4 -1 0 -1 -1 -5 -4 -2 6 1 12 26 1 1 11 3 0 1 1 15 0 3 5 4 4 0 0 4 0.48 1.33 19 A 2 -4 -3 0 -2 -2 -2 0 4 0 3 -3 -2 -1 -2 -1 -2 -4 1 -2 19 1 1 6 1 1 2 7 9 5 29 1 0 3 2 5 2 0 5 2 0.32 1.32 20 S 0 -1 1 -1 -2 -1 1 -1 -3 -4 -5 2 -4 -5 0 4 2 -3 -3 -4 6 2 8 3 1 2 8 4 0 1 1 12 0 0 4 35 12 0 1 1 0.51 1.37 21 D -1 0 4 3 -4 1 1 0 1 -4 -3 2 -4 -4 -3 0 -2 -2 -4 -2 4 4 18 17 0 6 8 7 3 1 3 15 0 0 1 8 2 1 0 3 0.42 1.28 22 C -2 -3 1 -3 7 -1 -3 -3 8 -3 -3 -1 -3 -2 -1 1 -2 -4 -2 -2 2 1 7 1 21 2 1 2 37 2 2 4 0 1 3 10 2 0 1 3 1.09 1.30 23 K -3 1 5 0 -3 1 -1 -1 3 -4 -3 4 -3 -3 -3 -1 -1 -5 -2 -1 1 6 27 4 1 5 3 5 8 0 2 23 1 1 1 4 2 0 1 5 0.56 1.32 24 S -1 -3 5 -1 0 -3 -3 -2 -3 -4 -4 -2 -4 -5 -4 5 0 -5 -4 -3 3 0 30 3 2 0 0 2 0 0 1 1 0 0 0 48 5 0 0 1 1.01 1.35 25 L -3 0 -4 -5 -4 -4 -3 -5 5 1 4 -3 1 0 -3 -3 -4 3 1 -1 1 4 1 0 0 0 1 1 15 6 47 1 3 4 1 2 0 5 4 3 0.75 1.37 26 L -2 -4 -5 -6 -4 -4 -5 -2 -5 1 4 -4 8 -1 -1 -4 -1 -5 -4 1 3 1 0 0 0 0 0 4 0 6 34 1 36 2 3 0 3 0 0 7 1.02 1.44 27 K 4 1 0 -4 0 -3 -2 -1 -1 -5 -5 4 -2 -5 -4 1 -2 -6 -5 -3 41 7 4 0 2 0 1 4 1 0 0 27 1 0 0 9 1 0 0 1 0.75 1.47 28 K -2 3 -1 -1 -5 0 -1 -4 -1 -5 -5 7 -4 -5 -4 0 -2 -5 -4 -5 2 11 2 3 0 3 3 0 1 0 0 64 0 0 0 7 1 0 0 0 1.22 1.45 29 H -1 -4 1 -4 5 -3 -4 -5 7 -1 -3 -4 -3 2 -5 -3 -3 -3 5 2 5 0 6 0 12 1 0 0 27 3 2 0 0 8 0 1 1 0 19 13 0.97 1.47 30 L -4 -5 -3 -6 -2 -5 -5 -5 -5 -1 6 -5 1 2 -5 -5 -3 -4 -1 -1 0 0 1 0 1 0 0 1 0 1 76 0 3 9 0 0 1 0 2 2 1.26 1.50 31 T -2 -2 0 1 -4 -3 -3 -4 -4 -4 -4 0 -1 -5 -1 0 7 -5 -4 -3 1 1 3 7 0 0 0 0 0 0 0 5 1 0 3 5 71 0 0 0 1.29 1.49 32 K -1 2 -2 -2 -5 1 0 -4 -3 -3 -2 3 -3 -4 6 -2 -3 -6 -3 -2 4 12 2 2 0 6 5 0 0 2 5 17 0 1 37 1 1 0 1 2 0.82 1.51 33 D 1 -2 -2 4 -5 1 5 -2 -1 -5 -5 -1 -5 -5 -1 -1 -2 -6 -4 -4 13 1 1 21 0 5 40 3 1 0 0 4 0 0 3 5 1 0 1 1 0.82 1.54 34 V -3 -3 -4 -5 -4 -3 -5 -6 -2 4 3 -4 3 -3 -5 -5 -2 -5 1 4 1 2 1 1 0 1 0 0 1 24 24 1 7 0 0 0 2 0 6 28 0.80 1.54 35 F -4 -5 -3 -6 -2 -5 -5 -6 0 -2 0 -3 -2 5 -6 -3 -4 5 8 0 1 0 1 0 1 0 0 0 2 1 7 1 1 21 0 1 0 8 46 8 1.39 1.54 36 D 2 -1 1 3 -5 0 4 -2 -3 -4 -3 1 -1 -3 -4 -1 -2 -6 -3 -4 17 3 7 18 0 4 24 3 0 1 2 9 2 1 0 5 2 0 1 1 0.49 1.54 37 S -1 2 0 -1 -5 2 3 -3 0 -5 -4 5 -2 -6 -4 -1 -2 -2 -4 -4 6 11 3 3 0 10 17 1 2 0 2 34 1 0 0 5 2 1 0 1 0.69 1.54 38 I -2 -5 -4 -6 1 -2 -5 -6 -5 0 5 -5 1 -1 -4 -5 -3 -4 3 -1 3 0 1 0 3 2 0 0 0 4 68 0 3 2 1 0 1 0 9 3 1.07 1.55 39 K -2 4 -2 -3 2 0 -1 -3 0 -5 -4 5 0 -1 -3 -1 -3 -2 -1 -4 3 24 1 1 4 3 2 1 2 0 1 42 3 3 1 5 0 1 3 1 0.84 1.49 40 N 0 -2 2 5 -3 -2 -1 0 1 -2 -2 0 -2 -5 -3 -1 1 -5 -3 -3 9 2 9 36 0 1 3 7 3 3 4 6 1 0 1 4 8 0 1 2 0.55 1.48 41 K -2 3 -3 -1 -5 0 -2 -4 -2 -1 0 5 -1 -4 -4 -3 -2 -5 -4 1 3 16 0 3 0 3 2 0 1 4 11 42 2 0 0 1 2 0 0 9 0.70 1.47 42 K -1 0 -2 -1 2 2 1 -4 -2 -2 -3 4 -2 -3 -3 1 1 -5 -3 1 4 3 1 4 5 8 7 0 1 2 1 30 1 1 1 10 8 0 1 9 0.42 1.51 43 T -2 -1 -3 1 -4 -2 -3 -4 -4 -4 -4 -1 -1 -5 -2 0 7 -5 -4 -2 3 3 0 6 0 1 0 0 0 0 0 3 1 0 2 4 72 0 0 1 1.28 1.47 44 G 0 0 -2 -1 -2 -1 -1 -3 -4 -3 -4 3 -2 -5 5 2 -1 -6 -5 -3 9 4 2 4 1 2 4 1 0 1 1 15 1 0 31 18 3 0 0 2 0.70 1.50 45 M -2 -2 3 0 -2 -1 -3 -2 0 -3 0 -1 1 3 -3 3 -1 -4 2 -2 2 2 15 5 1 2 0 3 2 1 11 3 4 12 1 23 3 0 6 3 0.34 1.47 46 G -2 -2 0 1 -2 1 -2 6 -1 -5 -5 -1 -4 -5 -4 -2 -4 -5 -5 -5 2 2 4 8 1 6 2 64 1 0 1 3 0 0 0 3 1 0 0 1 1.16 1.41 47 A 0 -4 -1 -3 1 0 -4 0 1 -2 -2 -4 -3 5 -4 1 -2 4 2 1 8 0 2 1 3 5 1 7 4 1 3 1 0 27 0 10 2 5 7 11 0.50 1.40 48 T -1 1 1 -2 0 -3 -3 -3 -3 -2 -3 -2 -1 -4 -2 2 6 -4 0 -2 4 7 6 1 2 0 1 2 0 2 2 2 1 0 1 18 46 0 3 2 0.75 1.37 49 L -4 -4 -5 -5 -4 -4 -5 -5 -4 1 5 -5 -1 3 -1 -4 -4 -3 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 7 63 0 0 13 3 1 0 0 3 6 1.02 1.37 50 L 0 -1 -1 5 -5 -1 0 -2 0 -2 1 -1 -1 0 -4 0 -2 2 1 -2 7 3 2 29 0 3 6 3 3 2 15 3 1 5 0 6 2 2 5 2 0.36 1.52 51 D -3 0 1 6 -5 3 -1 -1 2 -5 -3 1 -1 -3 -4 -2 -2 -5 -4 -5 2 5 5 41 0 14 3 5 5 0 3 8 2 1 0 2 2 0 0 0 0.78 1.52 52 V 2 -4 -4 -5 7 -1 -4 -2 -4 1 -1 -4 0 -4 0 -2 -1 -4 -1 3 15 0 0 0 22 2 0 3 0 8 5 0 3 0 5 2 4 0 2 20 0.55 1.42 53 I -1 -4 -4 -5 2 -4 -5 -2 1 6 0 -4 4 -3 -4 -4 -1 -5 -4 1 5 0 0 0 4 0 0 4 4 44 7 0 9 0 0 0 3 0 0 9 0.72 1.45 54 Q 0 1 0 -4 -5 5 -1 -2 1 -1 -2 0 2 0 0 0 -1 3 -4 -2 6 7 4 0 0 24 3 3 3 3 3 4 4 4 4 8 4 4 0 3 0.28 1.67 55 S 0 -4 1 -4 3 -3 -4 0 3 1 -1 0 -3 -3 1 0 0 -4 2 0 7 0 7 0 7 0 0 7 7 7 7 7 0 0 7 7 7 0 7 7 0.15 1.45 56 G 1 1 2 2 4 2 1 1 -3 1 -4 -2 -3 -4 -3 1 -2 -4 -4 -3 10 10 9 10 9 9 10 10 0 10 1 1 0 0 0 10 1 0 0 1 0.31 1.01 57 V 0 -2 -4 -5 3 0 -4 -2 1 0 2 -4 2 -1 -4 0 -1 -4 0 4 8 3 0 0 7 6 0 3 4 4 17 0 5 3 0 7 3 0 3 27 0.38 1.45 58 E -2 0 0 4 0 -1 2 -4 2 -2 -2 1 0 -1 0 -1 -1 -5 0 -2 3 4 4 25 2 3 13 0 5 2 4 9 3 2 4 5 4 0 4 2 0.36 1.46 59 N -3 -1 6 0 0 -2 -2 -4 3 -3 -3 -1 -4 0 -1 0 -2 0 1 -2 2 3 46 4 2 2 2 1 6 2 3 4 0 4 3 6 2 2 6 3 0.79 1.52 60 L 0 0 -4 0 -5 1 0 0 3 0 -1 -3 2 1 1 0 0 -4 2 0 6 6 0 6 0 6 6 6 6 6 6 0 6 6 6 6 6 0 6 6 0.13 1.67 61 D -3 1 1 1 -4 -3 1 0 3 1 -4 1 -4 -4 1 0 1 5 -3 0 1 8 7 8 0 0 8 8 7 8 1 8 0 0 8 8 8 7 0 8 0.28 1.34 62 S 0 0 0 -1 1 1 -1 -2 4 -1 -1 0 1 -1 -4 3 -1 2 -4 -2 8 5 5 3 3 5 4 3 10 4 6 5 3 3 0 20 4 3 0 3 0.24 1.87 63 G -1 0 1 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 0 0 -5 -4 -4 6 6 5 6 5 5 6 6 5 6 6 6 5 5 6 6 6 0 0 0 0.07 1.89 64 V -1 -4 -2 -4 1 -4 -2 -2 -4 2 1 -4 2 0 -1 -1 -1 -4 0 4 4 0 3 0 3 0 3 3 0 12 14 0 4 4 3 6 3 0 4 34 0.45 1.25 65 G 0 -4 -3 0 2 0 0 5 2 -4 -1 -3 -3 -4 1 0 -3 -4 -4 -4 5 0 0 5 5 5 5 46 5 0 8 0 0 0 6 5 0 0 0 1 0.67 1.12 66 I 0 1 -4 -4 4 -3 -4 -4 -4 1 0 -3 3 2 1 0 1 -4 -3 1 8 8 0 0 8 0 0 1 0 8 8 0 8 8 8 8 8 0 0 8 0.21 1.23 67 Y 0 1 -4 -5 3 1 -4 -4 3 1 0 -4 3 1 -4 0 0 4 2 0 7 7 0 0 6 7 0 0 6 7 7 0 6 6 0 7 7 6 6 7 0.26 1.56 68 A 5 -4 -1 -4 1 -3 -3 -1 -4 -1 -2 -3 1 -1 -4 1 -1 2 -4 -1 59 0 3 0 3 0 0 3 0 3 3 0 3 3 0 7 4 3 0 3 0.77 1.26 69 P -1 -4 -3 -4 3 0 -4 5 -4 -4 -4 -3 1 -5 4 -1 1 -5 -5 -1 5 0 0 0 6 4 0 41 0 0 1 0 4 0 20 4 8 0 0 4 0.83 1.25 70 D -2 2 2 2 -4 2 1 1 4 -4 -4 -2 -3 -4 -3 1 1 -4 -3 -4 1 11 10 11 0 10 11 11 10 1 1 1 0 0 1 11 11 0 0 1 0.41 0.90 71 A 1 -4 -4 -1 -5 0 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