Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 K -2 1 -1 -2 -5 0 0 -3 -2 -4 -4 7 -3 -5 -2 -1 -2 -5 -3 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 1.22 0.46 2 S -2 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -4 3 4 -3 1 -1 -4 1 -1 -3 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 18 59 0 2 0 0 16 2 0 0 3 0.59 0.46 3 P 1 -3 -2 -1 1 -2 1 0 -3 -3 -3 -2 -3 -4 5 3 0 -5 -4 -1 10 0 0 2 3 0 9 5 0 0 1 0 0 0 29 31 4 0 0 5 0.60 0.46 4 E -1 5 -2 -2 -4 1 3 -1 -2 -4 -2 3 -3 -4 -3 -1 -2 -4 -3 -2 6 35 0 0 0 4 24 5 0 0 4 17 0 0 0 3 0 0 0 2 0.55 0.46 5 E -3 -3 0 7 -5 0 3 -2 -2 -4 -5 -2 -4 -5 0 -1 -2 -5 -4 -2 0 0 0 68 0 3 18 1 0 0 0 0 0 0 4 2 0 0 0 4 1.05 0.46 6 M 0 -3 0 0 -3 -1 -1 -2 -3 0 2 -3 4 -1 0 0 -1 -4 -3 2 6 0 5 6 0 3 3 2 0 3 18 0 17 3 4 10 2 0 0 21 0.20 0.44 7 Y -1 -3 -3 -4 -1 -1 -3 -4 1 -3 -2 -3 -2 3 -4 -2 -3 1 8 -2 4 0 0 0 1 3 0 0 2 0 2 0 0 8 0 2 0 0 78 0 1.27 0.44 8 I -2 -1 1 -1 -3 0 -2 -3 -3 4 -1 -1 0 -3 -3 0 4 -4 -3 0 0 2 7 4 0 5 0 0 0 37 0 2 1 0 0 5 35 0 0 2 0.38 0.37 9 Q -2 1 -1 2 -4 7 2 -3 -1 -4 -1 0 -2 -4 -3 -1 -2 -4 -3 -3 0 4 0 13 0 69 8 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.85 0.37 10 Q -2 1 -1 -1 -4 7 1 -3 1 -4 -3 0 -2 -5 -3 -1 -2 -3 -3 -4 0 5 0 0 0 88 4 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.14 0.37 11 K 0 1 -1 -2 -4 0 -1 -1 -2 -2 -4 6 -2 -4 -2 2 -1 -4 -3 -3 4 4 0 0 0 0 0 2 0 2 0 68 0 0 0 18 2 0 0 0 0.67 0.37 12 V 0 -4 -4 -4 2 -3 -4 -1 -4 2 1 -3 1 -2 -4 -3 -1 -4 -3 5 5 0 0 0 4 0 0 4 0 5 8 0 4 0 0 0 0 0 0 70 0.60 0.37 13 R -2 3 -1 0 -5 1 6 -3 -1 -5 -4 0 -3 -5 -2 -1 -2 -4 -3 -4 0 20 0 0 0 0 80 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.04 0.37 14 V -2 -4 -4 -4 -2 -4 -4 -5 -5 6 0 -4 1 -1 -4 -3 0 -4 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 73 0 0 2 0 0 0 5 0 0 20 0.80 0.37 15 L -3 -3 -5 -5 -2 -3 -4 -5 -4 1 6 -4 1 -1 -4 -4 -2 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.97 0.37 16 L 0 -3 -2 -3 -2 -2 -3 -3 -3 0 2 -2 2 -2 -3 0 4 -3 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 3 27 0 7 0 0 5 42 0 3 5 0.40 0.37 17 M 5 -3 -3 -3 -2 -2 -2 -1 -3 -2 -1 -2 4 -3 -2 0 -1 -4 -3 -1 80 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 20 0 0 0 0 0 0 0 0.73 0.37 18 L -2 -3 -5 -5 -2 -3 -4 -5 -4 1 5 -4 1 -1 -4 -4 -2 -3 -2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 89 0 0 0 0 0 0 0 0 11 0.83 0.35 19 R 0 6 -1 -2 -4 1 -1 -3 -1 -4 -3 4 -2 -4 -3 -1 -2 -4 -3 -3 7 57 0 0 0 4 0 0 0 0 0 33 0 0 0 0 0 0 0 0 0.88 0.35 20 K -2 2 0 -2 -4 1 0 -3 -2 -4 -3 6 -2 -4 -2 -1 2 -4 -3 -3 0 3 3 0 0 4 0 0 0 0 0 74 0 0 0 0 15 0 0 0 0.76 0.35 21 M -3 2 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -3 0 5 -2 4 -1 -4 -3 -2 -3 -2 0 0 15 0 0 0 0 0 0 0 0 71 0 14 0 0 0 0 0 0 0 0.66 0.35 22 G -1 -4 -2 0 -4 -3 -3 6 -3 -3 0 -3 -2 -4 -3 -2 -3 -4 -4 -3 0 0 0 6 0 0 0 79 0 0 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.02 0.35 23 S 1 -2 -1 2 -4 0 5 -3 -2 -3 -3 -1 -3 2 -2 1 -1 -3 -2 -3 15 0 0 9 0 0 49 0 0 0 0 0 0 13 0 14 0 0 0 0 0.53 0.35 24 N 1 -1 3 -2 -3 3 1 -3 -2 -3 -3 4 -2 -4 -3 0 1 -4 -3 0 15 0 14 0 0 16 7 0 0 0 0 27 0 0 0 7 8 0 0 7 0.40 0.50 25 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 4 5 -4 0 -1 -4 -4 -2 -4 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 23 59 0 0 0 0 0 0 0 0 18 0.80 0.50 26 T -1 -2 -2 -2 -3 -2 -2 -3 -3 -2 0 0 -2 -3 2 3 5 -4 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 7 0 0 11 30 41 0 0 0 0.56 0.48 27 A 2 -3 -3 -3 -4 -1 -1 -2 1 -4 -4 1 -3 -5 6 1 -1 -5 -4 -1 18 0 0 0 0 3 2 2 4 0 0 11 0 0 41 11 3 0 0 4 0.84 0.69 28 S -1 -2 0 3 -4 -1 5 -1 -2 -2 -5 2 -4 -5 -1 2 -1 -5 -4 -4 3 0 4 14 0 0 37 3 0 3 0 11 0 0 3 20 2 0 0 0 0.58 0.69 29 E -3 -2 0 4 -6 2 7 -4 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -5 0 0 3 18 0 5 74 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.28 0.71 30 E -2 -2 0 0 -4 1 5 -4 -2 0 -2 -2 -3 -4 -3 -1 0 -4 -4 -1 2 0 4 3 0 5 50 0 0 7 3 0 0 0 0 2 4 0 0 5 0.48 0.71 31 E 3 -3 0 0 -3 0 2 -2 1 -3 -4 -2 0 -4 -3 1 0 -4 -3 -3 32 0 4 3 0 4 16 1 4 1 0 0 2 0 0 12 5 0 0 0 0.25 0.71 32 F -4 -4 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -3 -2 -2 -5 -2 8 -5 -4 -4 -1 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 72 0 0 0 0 8 5 1.24 0.71 33 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -4 2 5 -4 2 -2 -5 -4 -3 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 75 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0.82 0.71 34 R 0 3 -1 -2 -4 0 2 -3 1 -4 -2 -1 0 -4 -3 3 1 -4 -3 -3 7 16 2 0 0 3 16 0 3 0 3 0 2 0 0 24 9 0 0 0 0.25 0.71 35 T 2 0 1 -1 -3 3 0 -3 -3 -4 -4 1 -3 -4 -3 1 2 -4 -4 -3 21 5 7 2 0 14 5 0 0 0 0 6 0 0 0 10 15 0 0 0 0.24 0.71 36 Y -3 -2 6 -2 -4 -2 -2 -3 7 -5 -4 -2 -4 -2 -4 -2 -3 -3 4 -4 0 0 41 0 0 0 0 0 31 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 0 0.96 0.71 37 A 4 -3 -2 -3 -3 -2 -2 -2 -3 -3 -4 0 -1 -4 -3 4 -1 -4 -4 -2 37 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 2 0 0 37 1 0 0 1 0.49 0.71 38 G -1 -3 1 -2 -3 -2 -3 3 -3 -4 -4 -2 -4 -4 -3 4 2 -4 -4 -4 0 0 7 0 0 0 0 25 0 0 0 0 0 0 0 42 12 0 0 0 0.55 0.71 39 V 4 0 -1 -3 -3 -1 -3 -1 -3 0 -3 -1 -2 -4 -3 -1 1 -4 -3 2 39 7 3 0 0 2 0 4 0 5 0 2 0 0 0 0 10 0 0 13 0.25 0.71 40 V 3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -4 1 -2 -1 -2 -3 -3 3 1 -4 -3 2 25 0 0 0 0 0 0 0 0 6 2 3 0 0 0 23 9 0 0 17 0.26 0.71 41 N -3 -4 0 -4 -3 -3 -4 -5 2 0 5 -4 4 -1 -4 -2 -3 -4 -3 -1 0 0 5 0 0 0 0 0 6 2 55 0 14 1 0 3 0 0 0 0 0.54 0.71 42 S -1 -1 1 0 -3 -2 -2 -1 -2 -4 -4 2 -3 -4 -3 5 -1 -4 -1 -4 0 2 7 4 0 0 0 2 0 0 0 13 0 0 0 54 0 0 3 0 0.51 0.71 43 Q -1 -2 1 2 -4 6 1 -3 0 -4 -4 -1 -3 -5 -3 -1 -2 -4 -3 -4 4 0 7 13 0 50 7 0 1 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0.70 0.71 44 L -4 -4 -5 -5 -4 -4 -5 -5 -3 -2 1 -5 2 8 -5 -4 -4 -1 1 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 6 71 0 0 0 0 0 0 1.18 0.71 45 S -2 -2 -2 -1 -4 2 6 -3 2 -5 -4 -1 -3 -5 -3 2 -2 -4 -3 -4 0 0 0 0 0 9 55 0 5 0 0 0 0 0 0 16 0 0 0 0 0.73 0.71 46 Q -3 2 1 -2 -5 4 0 -3 -2 -4 -4 5 -3 -5 -3 -2 -2 -4 -4 -4 0 7 8 0 0 18 3 0 0 0 0 48 0 0 0 1 0 0 0 0 0.66 0.71 47 I -2 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -5 3 1 -4 -1 -2 -4 -3 -1 -4 -3 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 7 0 0 0 0 0 3 0 0 62 0.71 0.71 48 D -2 -3 2 5 -4 -2 0 -3 -3 -4 -5 -2 -4 -5 1 2 1 -5 -4 -4 2 0 9 41 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 7 17 7 0 0 0 0.58 0.71 49 Q -3 -2 0 -1 -4 4 1 -1 -3 -1 2 -2 -2 -3 -1 0 -2 -4 -3 -3 0 0 5 2 0 23 11 5 0 3 25 0 0 0 3 7 1 0 0 0 0.20 0.71 50 G 0 -3 1 0 -4 -3 -1 5 2 -2 -4 -3 -4 -4 -4 0 -1 -4 -4 -4 8 0 7 4 0 0 2 46 6 3 0 0 0 0 0 5 3 0 0 0 0.53 0.71 51 A 2 -3 0 -3 -3 -2 -2 -2 -3 0 -2 -1 -3 -4 -2 5 1 -5 -4 -1 16 0 4 0 0 0 0 0 0 8 3 2 0 0 1 52 8 0 0 2 0.56 0.72 52 E -2 -3 0 -1 -4 -1 2 5 -3 0 -3 0 -4 -5 -4 0 -2 -5 -4 -4 1 0 3 3 0 2 18 51 0 7 2 6 0 0 0 6 2 0 0 0 0.71 0.72 53 D 0 -1 0 7 -5 -2 2 0 -3 -5 -5 -2 -5 -5 -3 -1 0 -6 -5 -5 8 3 2 64 0 0 11 6 0 0 0 0 0 0 0 3 5 0 0 0 1.05 0.72 54 V -3 0 4 0 -5 3 -1 -3 -2 -4 -4 5 -3 -5 -3 0 -2 -5 -4 0 0 0 19 3 0 17 0 0 0 0 0 48 0 0 0 5 0 0 0 8 0.77 0.72 55 V -2 -5 -5 -5 -3 -4 -2 -2 -5 4 2 -4 -1 -1 -5 -4 -2 -4 -3 5 2 0 0 0 0 0 3 3 0 30 18 0 0 2 0 0 0 0 0 42 0.74 0.72 56 M -2 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -3 -4 0 5 -2 4 1 -5 -4 -2 3 -2 -1 3 0 0 0 0 0 0 2 0 0 69 2 13 6 0 0 1 4 0 0 0.84 0.66 57 A 5 -1 -3 -3 -2 0 -2 -2 -3 -3 -3 1 -3 -4 -3 1 -2 -5 -4 0 69 3 0 0 0 3 0 0 0 0 0 8 0 0 0 11 0 0 0 6 0.75 0.64 58 F 0 -3 -2 -4 -3 -3 -4 -4 -4 0 4 -1 2 2 -4 0 -1 -4 -2 2 9 0 2 0 0 0 0 0 0 1 46 4 4 8 0 6 3 0 0 17 0.45 0.64 59 S 6 -3 -3 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -3 -3 -2 -3 -4 -3 3 -1 -5 -4 -1 77 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 19 0 0 0 4 0.94 0.64 60 R 1 1 -2 -3 -1 -2 -1 3 1 -2 -4 -2 -3 -4 -3 4 -1 -5 -4 -2 12 9 0 0 1 0 4 27 4 3 0 0 0 0 0 37 0 0 0 3 0.51 0.64 61 S 0 -2 0 -3 -1 -1 -2 -3 1 -2 -3 -1 -3 4 -3 5 1 -3 -1 -2 4 1 3 0 1 2 0 0 4 2 0 4 0 19 0 50 9 0 0 1 0.55 0.63 62 E -2 -2 -2 2 -5 5 5 1 -2 -5 -5 -1 -3 -5 -3 0 -2 -4 -4 -4 0 0 0 9 0 33 42 11 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0.88 0.63 63 T -1 -4 -4 -1 -3 -4 -4 -5 -5 3 -1 -4 -1 -3 -4 -2 2 -5 -3 6 2 0 0 4 0 0 0 0 0 18 0 0 0 0 0 1 13 0 0 62 0.77 0.61 64 E -2 -1 1 1 -5 4 6 -3 -2 -5 -4 2 -3 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 0 0 5 4 0 18 55 0 0 0 0 15 0 0 0 3 0 0 0 0 0.91 0.56 65 D -3 -2 4 6 -5 0 3 -2 -1 -4 -5 -1 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 0 0 30 49 0 0 21 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.91 0.30 K Lambda Standard Ungapped 0.1257 0.3114 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1858 0.3174 PSI Gapped 0.0569 0.2670