Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 E -1 -1 -1 1 -4 2 6 -3 -1 -4 -4 0 -3 -4 -2 -1 -1 -4 -3 -3 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.98 0.16 2 E -2 0 -1 0 -5 1 6 -3 -1 -4 -4 3 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 0 0 0 0 0 0 77 0 0 0 0 23 0 0 0 0 0 0 0 0 0.96 0.33 3 K -2 3 -1 -1 -4 3 2 -3 -1 -4 -4 5 -2 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 0 20 0 0 0 19 10 0 0 0 0 51 0 0 0 0 0 0 0 0 0.80 0.39 4 V -1 -4 -4 -5 -2 -4 -4 -5 -4 1 1 -4 0 -2 -4 -3 -1 -4 -2 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 92 0.97 0.47 5 V -2 -4 -4 -5 -2 -4 -4 -5 -5 3 1 -4 0 -2 -4 -3 -2 -4 -3 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 12 13 0 0 0 0 0 0 0 0 75 0.88 0.50 6 I -2 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 6 1 -4 0 2 -4 -4 -2 -3 -2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 60 3 0 0 9 0 0 0 0 0 27 0.86 0.50 7 R -2 1 -2 -2 -4 1 3 -3 -2 -3 -3 4 -2 -3 -3 0 1 -3 1 -1 0 5 0 0 0 7 19 0 0 0 0 35 0 0 0 8 13 0 7 6 0.45 0.50 8 A 2 -3 -3 -3 -2 -3 -3 0 -4 0 -2 -3 -1 -3 -3 1 3 -4 -3 4 20 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 10 19 0 0 45 0.47 0.50 9 Q 2 -2 -1 4 -3 2 1 0 -2 -3 0 -2 0 -3 -3 0 0 -4 -3 -2 18 0 0 26 0 12 7 7 0 0 14 0 3 0 0 8 6 0 0 0 0.32 0.50 10 G -1 -3 -2 -2 -4 1 0 6 -3 -5 -5 -2 -4 -5 -3 -2 -3 -4 -4 -4 0 0 0 0 0 8 7 85 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.33 0.50 11 K -2 3 1 -2 -4 2 0 -3 -2 -4 -3 6 -2 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 0 13 6 0 0 7 0 0 0 0 1 69 0 0 0 0 0 0 0 0 0.88 0.47 12 E -2 -2 -2 -1 -4 1 5 -3 2 1 -2 -1 -2 -3 -2 -1 0 -4 -2 0 1 0 0 0 0 6 55 0 6 13 1 0 0 0 0 0 7 0 0 8 0.60 0.46 13 K 0 0 -2 -2 -3 -1 2 -3 -2 -2 -3 4 -2 1 -3 0 0 -3 1 1 7 3 0 0 0 0 14 0 0 0 0 37 0 6 0 6 7 0 7 13 0.35 0.50 14 Y 0 -2 -3 -4 -4 -2 -3 2 -1 -3 -1 1 -2 3 -4 -2 -3 4 6 -3 7 0 0 0 0 0 0 17 0 0 6 13 0 14 0 0 0 6 36 0 0.65 0.50 15 R -2 4 -2 -2 -4 -1 3 -4 -2 0 -2 1 -2 -3 -3 -2 0 -4 -3 3 0 33 0 0 0 0 21 0 0 6 0 6 0 0 0 0 7 0 0 28 0.49 0.50 16 L -2 -4 -4 -4 -3 -3 -4 1 -2 0 3 -4 -1 3 -4 -3 -3 -1 5 1 0 0 0 0 0 0 0 13 0 4 36 0 0 12 0 0 0 0 24 11 0.55 0.50 17 S -1 -3 -2 -2 -3 -2 0 -3 -3 -4 -4 -2 -3 -4 6 3 1 -5 -4 -3 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 51 35 8 0 0 0 1.20 0.50 18 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 0 6 -4 1 -1 -4 -4 -3 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.11 0.50 19 K -2 2 3 1 -4 0 0 -3 2 -3 -3 4 -3 -4 -3 0 -2 -4 -3 -1 0 13 17 6 0 0 5 0 5 0 0 35 0 0 0 8 0 0 0 7 0.47 0.47 20 G -1 -2 -1 1 -3 -2 0 4 -2 -2 -3 -2 -2 -3 -2 2 0 -3 -3 1 1 1 1 8 0 1 7 39 0 1 1 1 0 1 1 17 6 0 1 13 0.43 0.43 21 N -1 -1 4 2 -4 3 3 -3 -1 -1 -4 2 -3 -4 -1 -1 -2 -5 -3 -3 3 0 30 8 0 13 25 0 0 4 0 11 0 0 3 3 0 0 0 0 0.58 0.52 22 A 0 -1 5 2 -3 1 1 -2 -1 -4 -4 1 -3 -4 2 -1 0 -4 -3 -3 11 0 35 14 0 7 7 1 0 0 1 7 0 0 9 1 6 0 0 1 0.51 0.48 23 R -3 6 -2 -3 -4 -1 0 -4 2 -2 -1 2 -2 -3 -3 -2 -2 -4 -3 1 0 60 0 0 0 0 4 0 5 0 7 11 0 0 0 0 0 0 0 13 0.79 0.52 24 D -2 -3 -2 2 -3 1 2 -3 -3 2 0 -2 -2 -3 -3 0 3 -4 -3 1 0 0 0 16 0 6 14 0 0 13 7 0 0 0 0 4 30 0 0 10 0.37 0.52 25 I -3 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -5 3 5 2 -1 0 -1 -4 -3 -2 -2 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 50 20 5 0 0 0 0 0 0 14 0 0.65 0.52 26 S -2 -2 -1 3 -4 0 5 -3 -2 -4 -4 -1 -3 -4 1 1 1 -4 -3 -3 1 0 0 19 0 0 45 1 0 0 1 0 0 0 7 12 12 0 0 0 0.66 0.48 27 V -2 -4 -4 -5 -2 -4 -4 -5 -4 4 0 -4 0 1 -4 -3 -2 -4 -2 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 23 0 0 0 6 0 0 0 0 0 71 0.91 0.52 28 L -2 -1 1 2 -4 3 5 -3 -2 -3 0 0 0 -4 -3 -2 0 -4 -3 -3 0 0 5 13 0 15 43 0 0 0 11 5 3 0 0 0 5 0 0 0 0.59 0.52 29 G -1 -3 1 -2 -4 -3 -3 6 -3 -5 -5 -3 -4 -4 -3 -1 1 -4 -4 -4 0 0 7 0 0 0 0 80 0 0 0 0 0 0 0 0 13 0 0 0 1.27 0.52 30 K 0 -1 -2 1 -4 1 1 -3 2 -4 -4 3 -3 -5 5 -2 -2 -5 -3 -4 9 0 0 10 0 5 8 0 7 0 0 26 0 0 35 0 0 0 0 0 0.81 0.55 31 K -3 -2 1 1 -4 -2 0 -4 -2 0 3 2 -1 -2 -4 -2 -2 -3 2 -2 0 0 7 11 0 0 8 0 0 5 39 20 0 0 0 0 0 0 10 0 0.37 0.55 32 G -1 -3 -2 -3 1 -3 -3 7 -3 -5 -5 0 -4 -5 -4 -2 -3 -4 -4 -4 0 0 0 0 4 0 0 89 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 1.45 0.55 33 V -2 -1 0 -2 -3 -1 1 -4 -3 2 -2 4 -2 -3 0 -2 1 -4 -3 2 0 0 5 0 0 0 12 0 0 17 0 33 0 0 5 0 11 0 0 18 0.38 0.55 34 T -2 -3 3 -2 -3 -2 0 -3 -3 -2 -3 -2 -2 -4 -3 1 5 -4 -3 2 0 0 15 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 9 54 0 0 17 0.66 0.55 35 T -2 1 -2 -2 -3 -1 2 -3 -2 0 -2 2 -2 -3 -3 -1 3 -4 -3 2 1 10 0 0 0 0 17 1 0 4 1 15 0 0 0 1 27 0 0 22 0.37 0.51 36 F -2 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -3 4 0 -4 -1 6 -4 -3 -2 -2 0 3 1 0 0 0 0 0 0 1 0 29 1 0 0 40 0 1 0 0 0 25 0.77 0.51 37 R 1 3 -2 -2 -3 1 2 -3 3 0 0 0 -2 -3 -3 -1 -2 -3 -2 0 16 20 0 0 0 7 15 1 11 5 8 4 0 0 0 3 0 0 0 8 0.28 0.51 38 I -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 7 0 -4 0 -2 -4 -4 -2 -4 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 91 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 1.19 0.55 39 E 0 2 -2 -1 -4 2 5 -3 1 -4 -4 2 -3 -4 -3 0 0 -4 -3 -3 7 10 0 0 0 7 52 0 4 0 0 9 0 0 0 5 6 0 0 0 0.70 0.55 40 N -3 -2 5 5 -4 -1 0 0 1 -5 -5 -2 -4 -5 -3 0 -2 -5 -4 -4 0 0 40 41 0 0 4 5 4 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0.98 0.55 41 G -1 -4 -2 0 -4 -3 -3 7 -3 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -2 -3 -4 -5 -5 0 0 0 6 0 0 0 94 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.59 0.55 42 E 0 1 0 -1 -4 2 3 0 -2 -4 -4 3 -3 0 -3 0 2 -4 -3 -3 5 5 4 0 0 9 23 6 0 0 0 26 0 5 0 4 13 0 0 0 0.41 0.55 43 V 1 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -4 1 -1 -4 -1 -2 -4 -3 -1 -4 -3 6 12 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 88 0.97 0.55 44 K -2 5 -1 0 -3 -1 -1 -3 4 -3 -3 2 -2 -3 -3 -2 -2 6 -1 -3 1 47 1 5 0 1 1 1 15 1 1 9 0 1 1 1 1 11 0 1 0.79 0.47 45 V 0 -4 -4 -5 -3 -3 -4 -4 -4 2 -1 -4 4 3 -4 -3 -2 6 -1 4 6 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 15 14 0 0 0 15 0 42 0.76 0.55 46 V -1 -3 -3 -3 -3 -2 2 -4 1 2 3 -3 2 -2 -4 -1 -2 -4 -2 3 5 0 0 0 0 0 15 0 5 9 31 0 7 0 0 4 0 0 0 25 0.39 0.55 47 E -1 -2 -1 3 -4 0 5 -3 -2 -4 -4 1 -4 -5 2 1 -2 -5 -4 -4 5 0 0 18 0 0 51 0 0 0 0 7 0 0 10 8 0 0 0 0 0.80 0.55 48 S 1 -2 -1 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -4 -2 -3 -4 -2 6 0 -4 -3 -1 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 89 0 0 0 6 0.97 0.55 49 V 0 -4 -4 -4 9 -3 0 -4 -4 -2 -2 -4 -2 -4 -4 -2 -2 -4 -4 2 7 0 0 0 67 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 16 1.45 0.55 50 E -2 0 0 2 -4 1 3 -3 -2 -4 -4 1 -3 -5 4 2 0 -5 -4 -4 0 5 4 11 0 4 19 0 0 0 0 10 0 0 23 16 6 0 0 0 0.58 0.55 51 G -2 2 4 3 5 -2 0 2 -2 -4 -4 0 -4 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -4 0 12 22 21 15 0 4 20 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0.62 0.55 52 D -2 1 -1 3 -5 2 2 -3 2 -4 -4 5 -3 -5 1 -2 -2 -5 -3 -4 0 5 0 16 0 10 12 0 5 0 0 45 0 0 7 0 0 0 0 0 0.71 0.55 53 T -2 -3 -3 2 -3 -1 0 -1 -3 4 2 0 -1 -2 -4 -2 1 -4 0 0 0 0 0 14 0 2 5 6 0 29 18 8 0 0 0 0 9 0 5 5 0.27 0.55 54 C -2 -5 -4 -5 11 -4 -5 -4 -5 -3 -3 -5 -3 -4 -4 -2 -2 -4 -4 -2 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.47 0.55 55 V -2 -4 -4 -5 -2 -4 -4 -5 -5 5 1 -4 2 -2 -4 -3 0 -4 -3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 44 6 0 5 0 0 0 4 0 0 41 0.82 0.55 56 N 2 1 1 -2 -4 2 0 0 2 -4 -4 2 -3 -4 3 1 -2 -4 -3 -3 19 9 9 0 0 9 5 5 6 0 0 16 0 0 14 10 0 0 0 0 0.39 0.55 57 A 1 -2 -2 1 -3 2 -1 -3 4 -2 -2 -2 6 -2 -3 2 -2 -3 1 -2 11 0 0 8 0 13 0 0 14 0 0 0 29 0 0 20 0 0 5 0 0.50 0.55 58 P -1 -2 -2 0 -4 -2 -2 5 -3 -4 -4 2 1 -4 2 1 -2 -4 -4 -4 0 0 0 5 0 0 0 56 0 0 0 14 5 0 11 9 0 0 0 0 0.83 0.55 59 P -2 0 -3 -2 -4 -1 2 -4 2 -4 -4 1 -3 -3 6 -2 -3 3 1 -4 0 5 0 0 0 0 17 0 6 0 0 12 0 0 48 0 0 5 7 0 1.07 0.55 60 I -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 6 1 -4 0 -2 -4 -4 -2 -4 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 81 10 0 0 0 0 0 0 0 0 9 1.07 0.55 61 S -1 -2 1 1 -3 -1 1 -2 4 -4 -4 -2 -3 -1 -3 5 1 3 -2 -3 0 0 4 6 0 0 9 0 12 0 0 0 0 3 0 56 6 5 0 0 0.64 0.55 62 K -2 4 0 -2 -4 1 0 -3 -2 -3 -1 4 -2 -3 -3 0 -2 -3 1 -3 0 30 5 0 0 5 5 0 0 0 8 35 0 0 0 5 0 0 7 0 0.60 0.55 63 P 2 0 -3 -3 -3 -2 0 -3 -3 1 -3 -2 -3 -4 6 1 1 -5 -4 -2 18 5 0 0 0 0 5 0 0 14 0 0 0 0 43 9 7 0 0 0 0.83 0.55 64 G -1 -4 -2 1 -4 -3 -3 7 -3 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -2 -3 -4 -5 -5 0 0 0 7 0 0 0 93 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.57 0.55 65 Q -2 2 -1 2 -5 6 3 -3 -1 -4 -4 0 -3 -5 -3 -2 -2 -4 -3 -4 0 11 0 14 0 50 25 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.95 0.55 66 K -2 -1 -2 -3 -3 0 -2 -3 -3 0 -1 4 -2 -2 -3 1 0 8 -1 -1 0 0 0 0 0 5 0 0 0 7 5 34 0 0 0 10 7 27 0 5 0.79 0.55 67 I 0 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -4 6 1 -4 0 -2 -4 0 0 -4 -3 1 7 0 0 0 0 0 0 0 0 73 5 0 0 0 0 9 5 0 0 0 0.79 0.55 68 T 3 -2 -1 -3 -2 0 -2 -2 -3 3 -2 2 -2 -3 -3 0 1 -4 -3 0 39 0 2 0 0 4 0 0 0 22 0 14 0 0 0 3 11 0 0 5 0.39 0.55 69 C -2 -5 -4 -5 11 -4 -5 -4 -5 -3 -3 -5 -3 -4 -4 -2 -2 -4 -4 -2 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.47 0.55 70 K -2 -2 -4 -4 -3 -2 -3 -4 -4 -1 4 2 0 -2 3 -3 -2 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 52 22 0 0 16 0 0 0 0 11 0.58 0.52 71 E -2 -3 -2 1 -5 -1 3 -3 -3 -4 -4 -2 -4 -5 7 -2 -2 -5 -4 -4 0 0 0 8 0 0 30 0 0 0 0 0 0 0 63 0 0 0 0 0 1.56 0.52 72 N -3 -2 7 0 -4 -1 -2 -2 -1 -4 -1 -2 -3 -4 -3 -1 -1 -5 -3 -4 0 0 92 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.38 0.52 73 K -2 5 -2 -2 -5 3 -1 -3 -2 -4 -4 5 -3 -4 -3 -2 -2 -4 -3 -4 0 45 0 0 0 13 0 0 0 0 0 42 0 0 0 0 0 0 0 0 1.02 0.52 74 T 0 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -4 -4 1 0 -3 -1 -2 -3 -2 3 -4 -3 5 8 0 0 0 0 0 0 0 0 5 6 0 0 0 0 0 27 0 0 53 0.61 0.50 75 E -2 -2 -3 -1 -4 -1 4 -4 -2 -1 0 -2 4 3 -3 -2 -2 -3 -1 1 0 0 0 0 0 0 43 0 0 0 6 0 20 16 0 0 0 0 0 15 0.53 0.46 76 A 4 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -2 -4 0 1 -3 -1 -2 -3 -1 -1 -4 -3 4 49 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0 40 0.58 0.46 77 K 0 5 -2 -2 -4 0 -1 -3 -2 -4 -3 5 -3 -4 -3 -1 0 -4 -3 -3 6 40 0 0 0 0 0 0 0 0 0 46 0 0 0 0 7 0 0 0 0.85 0.46 78 I -3 -4 -5 -4 -2 -4 -5 -5 -5 7 0 -4 0 -1 -4 -4 -2 -4 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.15 0.46 79 V -2 -2 -2 -1 -3 0 5 -4 -2 2 -2 -1 -1 -3 -3 -2 -2 -4 -3 3 0 0 0 0 0 0 56 0 0 13 0 0 0 0 0 0 0 0 0 31 0.63 0.40 80 L -2 -3 -3 -3 -3 -2 1 1 -3 0 4 -2 1 -1 -3 -2 -2 -3 -2 -1 0 0 0 0 0 0 14 16 0 0 69 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.45 0.28 81 D -2 -1 0 4 -4 1 5 -2 -1 -4 -4 0 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 0 0 0 35 0 0 65 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.90 0.20 K Lambda Standard Ungapped 0.1310 0.3096 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1773 0.3181 PSI Gapped 0.0543 0.2670