Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 S 2 -4 1 -3 -4 -3 -3 -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 6 2 -6 -5 -4 15 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 67 11 0 0 0 1.24 1.47 2 T -3 3 0 -3 -6 -2 -2 -4 -3 -4 -3 5 -4 -5 3 0 2 -6 -4 -3 1 16 4 1 0 1 1 0 0 1 2 40 0 0 13 6 12 0 0 1 0.86 1.76 3 H -3 3 0 -4 -6 2 2 -4 0 -3 -4 4 -3 -3 -2 0 1 -3 3 -2 1 14 3 0 0 10 11 1 2 1 1 23 1 1 2 6 8 0 11 2 0.53 1.80 4 I -4 -5 -6 -7 -3 -4 -5 -6 -4 5 1 -5 0 5 -6 -5 -2 -2 5 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 31 11 0 2 20 0 0 2 0 20 10 1.07 1.87 5 Y -3 1 -2 -3 -4 -3 -3 -4 -2 -4 -4 -3 -2 2 -1 3 5 -1 3 -4 1 7 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 1 7 3 20 43 1 9 0 0.85 1.87 6 T -1 1 -4 -5 -4 -1 -3 -4 -1 -1 2 0 3 -2 0 0 2 5 0 -1 6 8 0 0 0 2 2 1 1 3 22 5 8 2 6 7 14 7 3 3 0.34 1.88 7 K 1 1 -1 1 -2 1 5 -4 -3 -5 -4 1 -2 -4 -3 2 -3 -2 -4 -4 14 6 2 8 1 6 36 1 0 0 1 8 1 1 1 13 1 1 0 0 0.65 1.89 8 E -3 -2 -2 2 -7 2 7 -5 -2 -5 -5 -2 -2 -6 -5 -3 -3 -6 -5 -5 1 1 1 12 0 7 71 0 1 1 0 1 1 0 0 1 1 0 0 0 1.55 1.88 9 V -3 -5 -5 -3 -3 -4 0 -5 -6 3 2 -4 -2 -1 -5 -5 -3 -4 -3 6 1 0 0 1 0 1 6 1 0 14 18 1 0 3 0 0 1 0 1 52 1.00 1.89 10 S 4 2 -3 -4 -3 2 0 -2 -2 -2 -3 2 -1 -3 -5 1 -3 -6 -4 0 32 10 1 1 0 9 7 2 1 2 2 13 1 1 0 10 1 0 0 6 0.48 1.88 11 S 0 2 0 -3 -3 3 2 -4 -3 -5 -2 5 -3 -6 -3 0 -2 0 -4 -4 8 9 3 1 0 13 11 1 0 0 3 37 1 0 1 6 2 1 0 1 0.70 1.86 12 H -3 1 -2 -3 -3 0 -1 -4 10 -5 -4 -1 -2 -4 -5 -3 -4 -3 0 -5 2 6 1 1 1 3 2 1 72 0 2 3 1 0 0 1 1 0 1 0 2.15 1.84 13 T -1 0 6 2 2 -1 -2 -2 1 -2 -4 0 -3 -4 -4 0 0 -3 -3 -3 4 4 42 10 4 2 2 3 4 2 1 5 0 1 1 6 5 0 1 2 0.78 1.78 14 S -1 -1 2 0 -2 -1 -2 -1 -1 -2 -4 2 -3 -3 -3 3 4 -5 -3 -3 4 3 8 5 1 3 2 5 1 2 2 11 1 1 1 24 25 0 1 2 0.47 1.72 15 P 2 1 0 0 -3 -1 0 -2 0 -1 -2 3 -1 -3 2 0 -1 -5 -3 -1 14 9 4 5 1 3 5 3 3 3 4 18 2 1 12 6 4 0 1 4 0.24 1.70 16 E -1 0 -1 2 -5 1 4 -2 0 -3 -4 3 -3 -3 -2 1 -2 -3 -2 -3 6 5 2 11 0 5 28 3 2 1 2 18 1 1 2 9 2 0 1 2 0.49 1.66 17 T -2 -3 2 4 -4 -1 1 2 -2 -5 -5 1 -4 -5 -3 2 1 -4 -3 -4 2 1 11 27 0 2 7 14 1 0 1 8 0 0 1 15 7 0 1 1 0.60 1.82 18 G 0 2 -1 4 -1 -1 -1 1 -1 -3 -3 0 -2 -4 -1 1 -2 -4 -3 -2 8 11 2 27 1 2 3 12 1 1 3 5 1 1 3 12 2 0 1 3 0.40 1.46 19 I -1 -3 -4 -4 8 -2 -4 -4 -3 1 2 -2 1 0 0 -3 0 0 -2 0 5 1 1 1 31 2 1 1 1 7 20 3 3 3 5 1 6 1 1 6 0.81 1.70 20 W -5 -4 -6 -7 -3 -4 -5 -6 0 -2 -1 -6 -4 -1 -5 -6 -5 12 2 -3 1 1 0 0 1 1 1 0 2 2 7 0 0 1 1 0 0 75 6 2 3.09 1.79 21 V -3 -3 -4 -4 0 -4 -5 -5 -5 4 1 -4 3 1 -4 -3 0 -2 -3 4 1 1 1 1 2 1 0 1 0 26 13 1 7 6 1 1 6 1 1 30 0.77 1.81 22 T 0 -2 -5 -5 0 -3 -4 -2 -3 5 -1 -4 -1 -3 -5 0 1 -6 -3 4 7 3 0 0 2 1 1 4 1 30 5 1 1 1 0 6 8 0 1 30 0.71 1.81 23 L -3 -3 -6 -6 -1 -4 -5 -2 0 5 1 -3 -1 1 -6 -4 -3 -2 3 3 2 1 0 0 1 1 1 3 3 38 12 2 1 5 0 1 1 1 9 18 0.79 1.82 24 G -1 0 3 4 -3 0 0 1 5 -6 -5 1 -3 -3 -4 -1 -3 -2 -1 -5 6 5 12 23 1 3 6 9 15 0 1 10 1 1 1 3 1 1 2 1 0.61 1.83 25 S -2 -1 2 2 -3 -1 -1 6 1 -4 -5 -3 -3 -4 -4 -1 -2 -5 -3 -4 2 4 8 11 1 2 3 54 3 1 1 1 1 1 1 3 2 0 1 1 0.96 1.76 26 E -2 1 0 -2 -1 1 -1 -1 2 -1 -1 5 -1 0 -5 -1 -2 -2 0 -1 2 8 4 2 1 6 4 4 5 4 5 33 1 4 0 5 2 1 3 5 0.41 1.74 27 V -2 -3 -2 -5 -2 -5 -4 -1 -2 2 -1 -4 -1 -2 -3 -4 -2 -1 -2 6 3 1 2 0 1 0 1 6 1 10 2 1 1 1 1 0 1 1 1 65 1.06 1.66 28 F -4 -4 -4 -3 -1 -2 -4 -1 2 -2 -1 -4 0 1 -3 -4 -3 2 8 -2 0 0 0 1 1 1 0 4 4 2 7 0 2 5 2 0 1 2 63 2 1.54 1.64 29 D -3 -2 3 6 -1 -2 -1 -1 -1 -5 -5 -1 -1 -3 -4 -1 -2 -6 -5 -3 2 2 15 54 2 2 2 5 1 0 0 3 2 1 0 4 2 0 0 2 1.12 1.68 30 V 0 -1 -5 -5 3 -4 -2 -2 -5 3 1 -4 1 -1 -2 -1 -2 1 -1 4 7 4 0 0 5 0 2 4 0 16 12 0 3 2 2 4 2 2 2 32 0.50 1.73 31 T -2 -2 -1 -1 0 -1 -1 -2 0 -2 -3 -1 -1 -2 0 1 6 -5 -1 -2 3 2 2 3 2 2 3 2 2 2 2 3 2 2 4 11 48 0 2 2 0.71 1.78 32 E -1 -1 1 0 1 0 1 -1 1 -2 -2 0 0 -1 3 1 -1 -5 0 -2 6 4 7 6 3 3 9 6 3 3 3 6 3 3 16 10 4 0 3 3 0.19 1.68 33 F 0 1 -3 1 -4 1 -3 -4 3 1 0 -3 3 2 -4 0 -3 5 2 0 8 8 0 8 0 7 0 1 7 8 8 0 7 7 0 8 0 7 7 8 0.32 1.34 34 V -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 35 D -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 0 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 36 L -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 0 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 37 H -1 -3 2 -3 -4 1 0 -4 8 -4 -2 -3 -3 -3 0 0 0 -4 2 -4 6 0 8 0 0 5 5 1 43 0 5 0 0 0 5 8 5 0 6 0 0.96 1.13 38 P -1 0 -3 0 -4 0 -1 -4 -4 -1 -1 1 1 -4 6 0 -3 -5 -4 -1 4 5 0 4 0 4 4 1 0 4 8 8 4 0 41 6 0 0 0 4 0.77 1.12 39 G 0 0 -3 0 4 -3 -1 5 -4 -4 -4 -1 -4 -1 -1 -1 1 -5 -4 -1 7 6 0 6 9 0 3 40 0 0 1 3 0 3 3 4 10 0 0 4 0.59 1.19 40 G -2 -1 1 -1 -5 -2 -2 5 -4 -2 -3 -2 -1 -1 -2 -1 -2 0 0 -3 2 4 7 4 0 2 2 52 0 2 3 2 1 3 2 4 3 1 4 2 0.73 1.38 41 P 1 -1 1 0 3 -1 2 -2 0 0 -1 -2 0 -1 2 0 0 -1 -1 0 10 3 8 5 5 2 12 2 2 4 6 2 3 3 11 6 5 1 2 6 0.13 1.51 42 S 0 0 -1 3 -2 1 4 -1 -1 -4 -3 1 -2 -2 -3 1 -1 -1 -3 -3 8 5 3 14 1 6 25 5 2 1 2 9 1 2 1 9 3 1 1 2 0.38 1.65 43 K -1 -3 -3 -3 -1 -3 -2 -5 -2 2 1 1 1 -2 2 0 -1 0 -1 3 4 1 1 1 1 1 3 0 1 12 11 9 4 2 11 8 4 1 3 21 0.30 1.69 44 L -3 -5 -6 -6 -1 -3 -6 -6 -6 5 4 -5 1 0 -3 -4 -3 -5 -2 0 1 0 0 0 1 1 0 0 0 37 43 0 2 3 1 1 1 0 1 5 1.08 1.67 45 M -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 46 L -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.07 2.01 47 A 1 -1 1 -2 1 0 -1 -2 2 -2 -2 0 1 1 -1 -1 0 3 3 0 12 4 7 2 3 4 4 4 5 2 4 5 3 6 3 5 6 3 9 7 0.14 2.09 48 A 4 -1 -1 -1 2 -1 -1 0 0 -1 -2 -1 0 -2 -2 0 -1 1 -1 -1 38 3 3 3 4 2 3 7 2 4 4 3 2 2 2 5 4 2 2 4 0.36 2.11 49 G -2 -2 -2 -2 0 -2 -2 6 -5 -1 -4 -2 -5 -2 -5 -2 -1 -5 -2 -1 2 2 2 2 2 2 2 63 0 4 2 2 0 2 0 3 3 0 2 5 1.10 2.02 50 G 0 2 -1 0 -1 2 -1 0 0 -3 -2 4 -1 -3 -1 -2 0 -5 -2 -2 9 12 2 6 2 8 3 9 2 2 3 23 2 1 3 3 5 0 2 3 0.31 1.95 51 P 0 -2 0 5 -1 -2 -1 3 -1 -2 -3 -2 -1 -2 -2 0 -2 -4 -2 -2 8 2 4 30 2 2 3 21 2 2 3 3 2 2 2 6 2 0 2 3 0.50 1.64 52 L 1 -1 -2 -2 2 1 -2 -2 0 2 -1 1 1 -3 -2 -1 2 -1 -2 1 13 4 2 2 5 7 3 4 3 11 5 8 3 1 2 4 13 1 1 8 0.18 1.72 53 E -3 -3 -1 6 -2 -1 1 -2 -2 -3 -4 -2 -2 -5 -4 0 3 -6 -3 -4 2 1 1 50 1 3 8 2 1 2 1 2 1 0 0 7 16 0 1 1 1.03 1.95 54 P 4 -2 -1 0 2 0 0 -1 -2 -1 -3 -1 -2 -3 1 0 -1 -2 -5 -2 39 2 2 6 4 3 7 5 1 4 2 3 1 1 6 7 4 1 0 2 0.44 1.94 55 F -1 -3 -3 -2 -2 -3 -3 -4 0 0 -1 -3 -1 3 -4 0 6 -2 0 -1 6 1 1 2 1 1 2 1 2 5 6 1 1 13 1 6 44 1 2 4 0.71 1.99 56 W -2 -2 -2 1 -5 -1 3 -3 -2 -2 -1 0 2 4 -4 -1 -1 6 -1 -2 4 2 2 6 0 3 22 2 1 2 6 5 6 16 1 4 4 11 2 3 0.51 1.95 57 A 3 -2 1 2 -3 0 2 -3 -1 -3 -1 0 0 -1 -1 -1 -2 -3 -3 -1 26 2 8 12 1 4 13 2 1 1 6 5 2 3 3 5 2 0 1 4 0.30 2.01 58 L -3 -4 -2 0 -3 -2 -1 0 -2 0 -1 -3 -1 7 -5 -3 -2 -1 3 -2 2 1 2 6 1 2 4 8 1 5 5 2 2 47 0 2 2 1 7 2 0.94 2.00 59 Y -2 -1 1 1 -5 -2 3 -1 3 -3 -2 -1 -1 3 0 -2 -2 1 4 -2 2 3 6 7 0 2 20 6 6 2 3 4 2 10 4 3 2 2 15 3 0.39 1.92 60 A 2 -1 0 3 -3 0 0 1 1 -2 -3 -1 0 -4 1 1 0 -5 -3 0 15 3 3 14 1 4 6 9 3 2 2 4 2 1 7 11 5 0 1 6 0.20 1.87 61 V -1 -3 -2 -4 -2 -1 -2 -3 4 3 0 -3 0 1 0 0 -1 -2 3 3 4 1 2 1 1 3 2 2 8 14 9 2 2 6 5 6 4 1 10 17 0.32 1.89 62 H -3 -1 -1 -2 -3 -1 -2 2 9 -2 -4 -3 -2 -1 -3 -2 -2 -2 -1 -4 2 3 2 2 1 3 2 17 49 3 2 1 1 3 1 2 2 1 1 1 1.33 1.98 63 N -1 1 1 0 -4 -1 -3 -3 9 -2 -4 -1 -3 -4 1 0 -3 -6 -2 -4 5 8 7 4 0 2 1 2 44 2 2 3 1 1 7 7 2 0 1 1 1.12 2.03 64 Q -1 -1 0 0 -4 0 -1 -2 1 -5 -4 -1 -3 -3 2 5 0 6 -2 -4 4 3 3 5 0 4 4 2 4 1 1 4 0 1 9 39 5 9 1 1 0.66 2.09 65 S -1 -1 1 2 -5 -1 2 -1 -2 -3 -3 1 -2 -3 1 1 0 -3 -3 1 5 3 7 13 0 3 15 6 1 1 3 7 1 1 8 9 6 0 1 10 0.24 2.07 66 H 1 0 3 2 -4 -2 1 -3 2 -1 -2 0 -2 -2 -4 0 0 -3 0 1 12 5 12 12 0 1 10 2 5 3 4 5 1 2 1 7 5 0 4 9 0.21 2.07 67 V 5 -4 -4 -5 -2 -3 -4 -3 -4 1 1 -4 -2 -2 -2 -2 -2 0 0 2 46 1 0 0 1 1 1 1 0 8 12 1 1 1 2 2 3 1 3 14 0.71 2.07 68 R -2 4 -2 0 -3 1 2 -4 3 -2 -1 2 0 0 -2 -2 -2 2 2 -2 3 20 1 5 1 5 14 1 7 2 5 10 2 4 2 2 2 2 8 3 0.39 2.07 69 E 0 1 2 1 -4 1 3 -2 -2 -5 -4 4 -3 -3 -2 0 -1 -4 -2 -4 7 7 8 6 0 6 19 4 1 1 2 23 1 1 2 7 3 0 1 1 0.44 2.08 70 L -3 -2 -3 -5 -4 0 -4 -5 -1 2 3 -1 6 1 -5 -3 -1 2 3 0 2 2 1 0 0 5 1 1 1 13 23 5 19 4 0 2 3 3 10 5 0.64 2.11 71 L -2 -3 -6 -6 -3 -3 -5 -3 -4 0 5 -3 5 -1 -4 -4 -4 1 0 -2 3 1 0 0 0 1 0 2 0 4 61 1 13 2 1 1 1 2 3 2 1.07 2.10 72 A 1 0 -1 2 -4 2 4 -2 -2 -5 -5 3 -3 -5 1 0 -1 -6 -5 -4 12 4 3 10 0 7 22 3 1 0 1 17 0 0 8 7 3 0 0 1 0.51 2.12 73 Q -2 2 -1 1 -4 2 2 -1 0 -5 -5 4 0 -5 1 0 0 -6 -4 -4 3 9 3 8 0 10 15 4 2 0 1 22 2 0 6 6 6 0 0 1 0.47 2.12 74 Y -3 -5 -4 -5 5 -4 -5 -6 -1 -3 2 -4 3 4 -6 -2 -4 -1 6 -4 1 0 1 0 12 1 0 0 2 1 20 1 6 18 0 3 1 1 32 0 1.17 2.13 75 K -2 3 -4 -5 3 1 -2 -6 2 -1 2 2 -1 1 -5 -4 -4 -2 4 0 3 16 0 0 6 7 3 0 5 4 18 11 1 5 0 0 0 0 13 5 0.51 2.13 76 I -4 -5 -6 -7 -3 -6 -6 -7 -5 7 0 -5 -2 -3 -6 -6 -3 -6 -5 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 57 5 0 0 0 0 0 1 0 0 34 1.62 2.11 77 G -2 -5 -4 -4 -6 -5 -5 7 -6 -7 -7 -4 -6 -7 -5 -3 -4 -6 -7 -6 2 0 0 1 0 0 0 95 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 2.32 2.07 78 E -3 3 0 2 -6 -1 3 -5 -1 -1 -4 1 -3 -1 -3 -1 2 -4 -1 1 1 13 4 10 0 2 22 0 1 4 1 8 1 3 1 5 12 0 2 9 0.42 2.05 79 L -5 -6 -7 -7 -5 -6 -6 -7 -7 3 6 -6 -2 -3 -6 -6 -4 -6 -5 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 17 66 0 0 0 0 0 0 0 0 17 1.46 1.99 K Lambda Standard Ungapped 0.1339 0.3161 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1577 0.3181 PSI Gapped 0.0483 0.2670