Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 K -4 7 -3 -4 -7 1 -3 -5 -3 -6 -5 4 -4 -6 -5 -4 -4 -6 -5 -6 0 71 0 0 0 4 0 0 0 0 0 24 0 0 0 0 0 0 0 0 1.87 1.61 2 V -4 -5 -6 -7 -3 -6 -6 -7 -5 6 1 -6 0 -2 -6 -5 -3 0 -4 4 1 0 0 0 0 0 0 0 0 48 13 0 2 1 0 0 0 1 0 32 1.30 1.71 3 P 0 -2 -1 -3 -3 0 -2 -1 -3 -5 -5 2 -4 -6 5 4 1 -6 -5 -5 6 1 2 1 0 4 2 5 0 0 0 14 0 0 26 30 7 0 0 0 0.79 1.72 4 S -2 -3 -3 -3 -4 -3 -1 -5 -5 -3 -5 -2 -4 -5 -2 0 7 -6 -5 -3 1 1 0 0 0 1 4 0 0 1 0 1 0 0 1 3 85 0 0 1 1.72 1.73 5 S 2 -2 2 -3 -5 -3 -3 3 1 -6 -6 -2 -5 -6 1 4 -2 -1 -3 -5 16 2 8 0 0 1 1 22 3 0 0 1 0 0 7 36 1 1 1 0 0.77 1.75 6 A 0 2 -2 0 -5 2 2 -5 -1 0 0 2 1 -2 -2 -3 -1 -6 -3 2 7 11 1 4 0 9 13 0 2 5 9 12 3 2 2 1 4 0 1 14 0.26 1.77 7 I -3 -6 -7 -7 -3 -5 -6 -7 -6 0 6 -6 0 0 -6 -6 -4 -2 -3 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 4 83 0 2 3 0 0 0 0 0 6 1.52 1.78 8 N -4 -3 8 -2 -6 -3 -2 -4 -1 -5 -5 -3 -3 -6 -5 -2 2 -3 -5 -5 0 0 80 0 0 0 1 0 1 0 0 1 0 0 0 2 12 0 0 0 1.94 1.78 9 S -1 5 1 3 -4 2 2 -4 -3 -4 -4 2 -4 -4 -5 -1 -1 -6 -5 -4 4 29 5 14 0 9 15 1 0 1 2 10 0 1 0 4 4 0 0 1 0.69 1.81 10 A 0 -5 -5 -6 -2 -5 -4 -5 -4 3 1 -4 0 4 -6 -4 -1 8 -1 3 7 0 1 0 1 0 1 0 0 16 10 1 2 15 0 0 4 19 1 21 0.97 1.84 11 L -5 -6 -4 -7 -5 -5 -6 -7 -6 4 5 -6 4 1 -6 -5 -4 -5 -4 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 19 55 0 11 5 0 0 1 0 0 8 1.21 1.83 12 Q -1 2 0 -2 -4 3 3 -1 0 -2 0 1 2 -3 -4 0 -1 -6 -3 -3 6 11 4 2 0 15 17 4 2 3 9 8 5 1 0 6 4 0 1 1 0.32 1.87 13 K -1 0 -1 4 -6 2 4 -2 -1 -4 -3 2 0 -4 0 -2 -2 -3 -3 -4 5 5 2 21 0 7 26 3 2 1 2 10 3 0 5 2 3 0 1 1 0.55 1.88 14 V 5 -4 -4 -4 -3 -4 -3 -4 -2 2 0 -3 2 -1 -5 -2 0 3 -3 1 49 1 0 0 0 0 1 0 1 12 7 1 4 2 0 2 5 4 1 8 0.73 1.86 15 L -2 -1 -4 -5 -3 2 -4 -5 -4 3 2 -2 2 -2 -4 -3 1 -3 0 4 2 3 1 0 0 11 1 1 0 16 18 2 5 1 1 1 10 0 3 25 0.53 1.86 16 A 3 0 -2 -1 -5 2 3 -3 -1 -1 -1 0 2 -3 -1 0 0 -6 -2 -2 22 4 1 4 0 8 18 2 2 3 7 5 5 1 3 7 6 0 1 2 0.28 1.84 17 F 1 3 -1 -1 -5 0 0 -2 1 0 -1 2 3 1 -2 -2 -1 2 -1 -2 11 14 3 4 0 5 5 3 3 7 6 11 7 6 2 3 3 3 2 3 0.18 1.83 18 T -3 -1 4 -3 -4 2 -2 -2 7 -5 -4 0 -3 -2 -3 -1 1 0 2 -2 2 3 18 0 0 8 1 3 31 0 2 6 1 1 1 4 9 1 6 3 0.89 1.81 19 N -1 -1 -1 -1 -6 3 -1 -3 3 -3 -4 -2 -2 -4 7 -1 -2 -6 -5 -4 4 3 2 3 0 14 4 1 7 2 2 2 1 1 46 4 2 0 0 1 1.10 1.76 20 L -1 -3 -2 -4 -5 -2 -3 -3 2 -2 -1 0 -2 -4 7 -3 -1 -6 -4 -3 6 1 2 0 0 2 1 1 4 2 7 5 1 1 59 1 4 0 1 2 1.38 1.75 21 P -2 -4 -1 -4 -3 -3 -4 1 -1 -6 -6 -2 -5 -4 8 -2 -2 -6 -3 -4 2 1 3 1 1 1 1 12 2 0 0 2 0 1 68 3 2 0 1 1 1.79 1.75 22 R -2 5 -2 -3 -6 0 -2 -1 1 -4 -3 5 -2 -4 -3 -2 -2 -2 -2 -4 3 36 1 1 0 3 1 5 3 1 2 34 1 1 1 3 2 1 2 1 0.95 1.73 23 G -2 6 -2 -3 -3 2 -1 -1 2 -2 -3 1 -2 -2 -1 -1 -2 -2 1 -2 3 43 1 1 1 8 3 4 4 3 2 8 1 1 3 3 2 1 5 3 0.70 1.71 24 L -2 -2 -3 -5 -1 -3 -5 -1 -3 4 3 -3 -1 -1 2 -3 -3 -1 -3 2 3 3 1 0 1 1 0 5 1 20 32 1 1 2 12 2 1 1 1 13 0.56 1.65 25 K -3 4 0 -4 -6 -1 -1 -3 -1 -4 -5 7 -1 -4 -3 -2 -3 -6 -2 -5 1 18 4 0 0 2 2 2 1 1 0 61 1 1 1 3 1 0 1 0 1.25 1.70 26 I -3 -3 -6 -6 -2 -2 -6 -7 -6 6 2 -5 1 2 -2 -4 -3 -5 -2 2 1 1 0 0 1 2 0 0 0 48 19 0 3 9 2 1 1 0 1 11 1.04 1.73 27 F -2 3 -1 -3 -6 -2 -4 -4 0 -3 -1 4 -1 1 -5 -2 -1 1 6 -5 3 14 3 1 0 1 0 1 1 1 7 24 2 6 0 2 3 2 28 0 0.77 1.73 28 F -5 -1 -5 -5 -1 -2 -2 -4 1 -4 -4 -3 -1 4 -6 -3 -2 1 8 -3 0 3 0 0 1 1 3 2 2 0 0 2 1 15 0 2 2 2 60 1 1.63 1.76 29 G 4 -5 -5 -5 2 -4 -5 0 -5 2 -1 -4 3 -1 -5 -1 0 1 -1 2 38 0 0 0 5 0 0 6 0 11 5 0 8 2 0 3 5 2 2 14 0.62 1.81 30 V -1 0 -1 -4 0 -2 -2 -5 5 -1 -3 -1 0 -2 -5 0 5 -5 -1 0 5 4 2 0 2 1 2 0 13 4 2 3 2 2 0 5 43 0 2 8 0.75 1.82 31 Q -2 -1 -1 -2 0 8 -1 -5 1 -3 -3 0 0 -2 -2 -2 -2 -5 -1 -3 2 2 2 2 2 61 2 0 3 2 2 6 2 2 2 3 2 0 2 2 1.25 2.04 32 V 1 -2 -2 -2 0 -2 -1 2 -1 1 -1 -1 -1 -1 0 -1 1 -5 -1 2 11 2 2 2 2 2 4 17 2 7 6 4 2 3 4 3 10 0 2 14 0.17 2.00 33 D 1 -2 0 0 0 -1 0 3 0 -2 -3 1 -1 -1 0 1 0 -5 -1 -3 11 2 4 5 2 2 6 22 3 2 3 9 2 2 6 11 5 0 2 2 0.23 2.00 34 I 0 -1 1 -1 -4 -1 -2 -1 0 0 -3 -2 -1 -2 -2 1 4 -5 0 2 9 3 6 3 0 2 2 4 2 6 2 2 2 2 2 11 26 0 3 14 0.32 1.69 35 K 0 0 2 -2 0 0 -2 -1 2 -1 -1 1 0 -1 3 -1 -1 -4 3 -2 9 6 10 2 2 4 2 5 4 3 6 10 2 2 13 4 3 0 9 2 0.20 1.63 36 P -2 -4 -1 -4 0 -1 -4 -5 0 -1 -2 -2 0 0 7 -2 -1 1 -1 -1 3 0 3 0 2 2 0 0 2 4 3 2 2 4 56 3 4 2 3 4 1.24 1.63 37 P -2 -4 -4 -4 -5 -4 -4 -5 1 -1 -2 -4 0 0 7 -2 -1 -5 0 -1 4 0 0 0 0 0 0 1 3 3 4 0 3 4 63 3 3 0 3 4 1.50 1.58 38 T -1 1 -2 -4 -1 2 -1 -3 0 0 -2 1 0 -3 -4 1 4 -1 -2 1 4 7 2 0 1 8 3 2 3 5 4 10 2 1 0 8 27 1 1 9 0.34 1.55 39 F -4 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -4 2 0 -2 0 8 -5 -5 -4 -2 1 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 12 6 2 2 66 0 0 0 0 2 4 1.59 1.55 40 L -1 0 1 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 0 0 -5 1 0 6 6 5 6 5 5 6 6 5 6 6 6 5 5 0 6 6 0 5 6 0.11 1.89 41 F -1 -5 -5 -6 1 -5 -5 -3 -5 4 3 -3 1 4 -5 -4 -2 -4 -1 1 6 0 0 0 3 0 0 2 0 24 29 2 2 17 0 0 2 0 2 10 0.70 1.46 42 F -3 -2 -2 -4 -5 -1 -2 -5 4 0 -2 -1 0 7 -5 -1 -2 1 1 -1 2 2 2 0 0 3 3 0 11 4 2 5 2 47 0 5 2 2 3 3 0.94 1.41 43 V 0 -4 -4 -4 6 -2 -4 2 -4 0 -2 -4 3 -4 -4 0 1 -5 -4 3 9 0 0 0 15 2 0 14 0 5 3 0 7 0 0 7 10 0 0 25 0.57 1.40 44 N -2 -1 7 0 -4 -1 -3 -1 0 -3 -5 -1 -4 -5 -2 2 1 -5 -4 -3 2 3 52 4 0 2 0 4 2 2 1 2 0 0 2 13 9 0 0 2 0.99 1.42 45 S -1 3 1 3 -3 2 -1 2 3 -4 -2 0 -2 -3 -5 0 -3 -5 -1 -2 4 14 7 19 1 8 3 13 6 1 5 5 1 1 0 7 1 0 3 3 0.36 1.75 46 I 0 -1 -2 -2 -3 -1 -1 -3 -2 -2 -1 2 -3 0 5 -1 1 -5 -2 -1 8 3 2 2 1 2 3 2 1 2 6 12 1 4 33 5 7 0 1 5 0.56 1.68 47 E -1 0 1 3 -3 2 3 -2 0 -3 -4 2 -3 -5 -3 0 0 -5 -2 -3 4 5 6 16 1 8 22 3 2 1 1 13 1 0 1 6 6 0 1 2 0.43 1.62 48 K 1 0 -1 0 -1 0 -1 -1 1 -2 3 0 -1 0 -2 -1 -2 0 2 -2 10 5 3 5 1 3 4 5 4 2 27 7 1 3 2 6 2 1 6 2 0.17 1.60 49 V -3 -4 -5 -4 -3 -5 -4 -6 -5 3 3 -4 4 3 -5 -4 -2 -2 -3 3 2 1 0 1 1 0 1 0 0 14 32 1 10 11 0 1 2 1 1 23 0.79 1.71 50 K -2 -1 0 1 -5 -1 0 -3 6 -4 -4 1 -3 -5 5 0 0 -6 -3 -4 2 2 3 7 0 2 5 2 22 1 1 9 0 0 28 8 6 0 1 1 0.85 1.71 51 N -1 0 0 3 -5 0 3 -3 -1 -3 -3 0 -2 4 1 -1 -1 -2 -1 -3 6 4 4 16 0 4 17 2 1 1 2 6 1 21 6 3 3 1 1 1 0.45 1.70 52 P 0 -3 2 -1 -3 -1 -2 -1 2 -4 -5 -3 -3 -3 1 5 1 -5 -2 -3 8 1 9 3 0 2 1 4 4 1 0 0 1 1 7 47 7 0 2 1 0.72 1.70 53 Q -4 -4 -5 -3 -5 -2 -3 -5 -1 -3 -2 -4 -4 2 -5 -4 -3 0 9 -3 1 0 0 2 0 2 1 0 1 1 3 0 0 6 0 1 1 1 78 1 2.11 1.70 54 K -2 3 -3 -3 -3 2 2 -4 -2 0 0 4 -1 -2 -4 -2 0 -3 -2 0 3 16 1 1 0 10 12 1 1 5 10 22 2 1 1 3 5 0 1 6 0.41 1.70 55 I -3 7 -1 -4 -3 0 -2 -4 -2 -4 -4 1 -3 -5 -5 -2 -3 -5 -1 -4 1 72 3 0 1 3 2 1 1 1 1 7 1 0 0 2 1 0 2 1 1.55 1.70 56 F -4 -3 -4 -6 -5 -2 -5 -5 0 -4 -3 -3 -1 6 -6 -4 -3 0 8 -4 1 1 1 0 0 2 0 1 1 0 1 1 1 32 0 1 1 1 55 0 1.87 1.75 57 L -4 -4 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 3 6 -5 2 0 -6 -5 -3 -5 -2 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 16 68 0 3 3 0 0 1 0 1 5 1.28 1.70 58 R -2 0 -3 -2 -4 0 5 -4 -2 1 -2 1 1 -4 -4 -2 0 -6 -3 0 3 6 1 1 0 4 46 1 1 7 4 6 3 0 0 2 7 0 1 7 0.70 1.72 59 K -3 2 7 -1 -6 -2 -1 -2 0 -6 -5 2 -5 -4 -4 -1 -3 -6 -4 -6 2 12 59 2 0 1 3 3 1 0 1 11 0 1 0 3 1 0 0 0 1.31 1.71 60 L -1 3 -1 -3 -1 4 -2 -1 -1 -3 -2 3 -2 0 -5 1 0 -2 0 -3 4 17 2 1 2 18 1 6 1 2 4 16 1 4 0 9 6 0 4 1 0.42 1.74 61 I -5 -1 -6 -7 -3 -5 -6 -7 -4 4 4 -5 1 4 -6 -5 -3 -4 0 -1 0 4 0 0 0 0 0 0 0 27 42 0 3 18 0 0 1 0 2 1 1.07 1.74 62 R -4 8 -3 -5 -4 -2 -3 -4 -1 -4 -2 0 -2 -4 -5 -3 -3 -5 -2 -3 1 80 0 0 0 1 0 1 1 1 5 3 1 1 0 1 1 0 1 2 1.74 1.71 63 D -2 1 -2 2 -5 1 5 -3 -3 -4 -4 3 -2 -5 -4 -1 -2 -5 -4 -4 3 8 1 9 0 6 41 1 0 1 2 19 1 0 0 4 1 0 0 1 0.82 1.59 64 Y -1 1 2 2 -2 0 3 -2 2 -2 -2 1 -1 -2 -2 0 -1 -3 1 -3 4 8 11 10 1 4 19 3 5 2 3 7 2 2 2 6 4 0 4 2 0.27 1.29 65 V 3 -2 -2 -1 -2 -1 -1 -2 -1 0 2 -2 1 -1 -2 0 2 -2 -2 0 21 2 2 3 1 2 4 3 2 5 17 2 3 2 2 8 12 1 1 7 0.20 1.15 66 F -4 -3 -4 -1 -4 -3 -3 -3 -1 -2 0 -3 -2 8 -4 -4 -4 3 2 -3 1 1 1 3 0 1 1 2 1 1 7 1 0 64 1 1 1 3 6 1 1.44 1.46 67 P -3 -3 2 4 -5 -1 -1 4 -1 -5 -5 1 -4 -6 0 -1 -2 -4 -5 -5 1 1 9 23 0 3 4 36 1 0 1 8 0 0 5 4 2 0 0 1 0.78 1.74 68 F -4 -6 -6 -7 -5 -6 -6 -6 -5 1 3 -6 3 7 -6 -5 -4 -1 1 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 5 30 0 6 52 0 0 1 1 3 2 1.48 1.73 69 E -2 0 -1 1 -4 1 3 -1 1 -1 -3 1 0 -3 1 0 1 -2 -1 0 3 5 2 8 0 5 21 4 3 3 2 7 2 1 8 7 10 1 2 6 0.23 1.73 70 G -2 -5 -1 -4 -6 -4 -3 7 -1 -6 -6 -3 -4 -3 -4 -2 -4 -4 -4 -6 2 0 2 0 0 1 2 85 1 0 1 1 0 1 0 2 0 0 1 0 1.84 1.75 71 S -1 -4 -3 -5 0 -4 -5 -5 -5 2 -3 -4 -1 -3 -5 1 6 -3 -4 3 4 0 0 0 2 0 0 0 0 9 1 0 1 1 0 9 47 0 0 23 0.99 1.73 72 P -3 -4 -4 -4 -6 -3 -4 -4 -5 -6 -6 -3 -5 -5 9 -2 -3 -7 -6 -5 1 1 1 0 0 1 0 1 0 0 0 1 0 0 91 2 1 0 0 0 2.70 1.73 73 I -4 -6 -6 -7 -4 -6 -6 -7 -6 7 2 -6 1 0 -5 -5 -3 -6 -4 3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 58 17 0 3 3 0 0 1 0 0 18 1.39 1.71 74 F -3 6 -1 -3 -5 1 -1 -5 1 -1 -3 3 -3 -1 -4 -2 -2 -1 -3 -2 1 51 3 1 0 4 3 0 4 3 2 15 1 3 0 2 3 1 1 3 0.98 1.71 75 L -4 -6 -6 -7 -3 -6 -6 -7 -6 5 4 -6 2 3 -6 -5 -4 1 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 35 36 0 4 10 0 0 0 2 0 11 1.11 1.69 76 K -3 1 -2 -2 -3 0 2 -5 0 2 1 1 -1 2 -5 -1 -1 0 1 1 1 7 2 2 0 5 14 0 2 13 11 8 1 7 0 5 4 1 5 10 0.25 1.70 77 F -2 -4 -5 -6 -2 -2 -3 -5 -4 1 1 -5 1 6 -2 -4 -3 5 2 1 4 0 0 0 1 2 1 1 0 7 15 0 4 37 2 0 2 7 6 11 0.88 1.70 78 K -3 7 -2 -4 -7 -1 -2 -5 -3 -5 -5 4 -3 -5 -5 -3 -3 -6 -4 -5 1 66 1 0 0 1 1 0 0 0 0 26 1 0 0 1 1 0 0 1 1.70 1.70 79 R 0 1 1 -1 -4 2 3 0 -3 -6 -5 3 -5 -6 -3 2 -1 -6 -4 -5 6 7 6 3 0 7 23 8 0 0 0 19 0 0 1 16 2 0 0 0 0.56 1.68 80 S -2 5 0 -3 -6 -1 -2 -2 -3 -6 -6 5 -5 -6 -3 2 -3 -6 -5 -5 2 33 4 1 0 1 1 3 0 0 0 38 0 0 1 15 1 0 0 0 1.10 1.62 81 R -4 6 -3 -4 -6 -1 -2 -5 -3 -6 -5 6 -4 -6 -4 -3 -4 -6 -5 -5 0 40 0 0 0 0 0 0 0 0 0 60 0 0 0 0 0 0 0 0 1.66 1.35 K Lambda Standard Ungapped 0.1457 0.3287 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1884 0.3176 PSI Gapped 0.0577 0.2670