Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 G -3 -6 -3 -4 -6 -5 -5 7 -5 -7 -7 -5 -6 -6 -5 -3 -5 -6 -6 -6 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.41 1.66 2 T -2 -1 -1 -2 -5 3 3 -2 -2 -2 -3 3 -2 -4 -3 -1 2 -6 -3 1 3 2 3 2 0 12 22 3 1 2 2 15 1 0 1 4 13 0 1 11 0.43 1.78 3 G -3 -6 -4 -5 -3 -5 -5 7 -4 -7 -6 -5 -6 -6 -5 -3 -4 -2 -4 -6 1 0 0 0 1 0 0 94 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 1 0 2.23 1.89 4 A 4 -3 -4 -4 -3 -3 -3 4 -5 -4 -4 0 -1 -5 -5 0 2 -4 -5 -3 40 1 0 0 0 1 1 26 0 0 1 6 1 0 0 7 13 0 0 1 0.84 1.93 5 M -4 -5 -6 -7 -5 -4 -6 -5 -5 -2 0 -5 11 -3 -6 -5 -3 -5 -4 -2 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 3 0 94 0 0 0 1 0 0 1 2.86 1.94 6 A 5 -4 -4 -5 -2 -4 -5 -2 -4 -1 0 -4 2 -3 -5 -1 0 -3 -1 1 56 0 0 0 1 0 0 2 0 3 8 0 4 1 0 4 6 0 2 10 0.87 1.97 7 A 7 -5 -5 -5 -4 -4 -4 -3 -5 -3 -5 -4 -2 -6 -4 1 -2 -1 -5 -1 84 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 1 0 0 7 1 1 0 4 1.59 1.98 8 I -2 -6 -6 -6 -2 -6 -6 -6 -6 5 1 -6 -1 -3 -6 -4 -3 -6 -5 6 2 0 0 0 1 0 0 0 0 29 13 0 1 1 0 1 1 0 0 51 1.32 1.99 9 I -3 -2 -3 -4 -3 -2 -3 -4 -3 4 4 -3 4 0 -4 -2 -1 -4 -3 0 2 2 1 1 0 2 2 1 1 21 37 1 9 4 1 4 3 0 0 6 0.64 1.81 10 G 0 -3 1 -3 -3 -2 -3 6 -2 -5 -4 0 -3 -4 -3 -2 -2 -5 -3 -5 6 2 5 1 0 2 2 64 1 0 2 6 1 1 1 3 2 0 1 1 1.20 1.92 11 L 1 -3 -4 -4 0 -4 -4 -3 -3 0 4 -3 2 0 0 -2 0 -5 -3 0 13 1 1 1 2 1 1 3 0 4 47 1 5 3 4 3 5 0 0 5 0.60 1.94 12 D -1 -3 1 5 -4 -2 2 -1 -3 -5 -5 -2 -5 -6 2 2 0 -6 -4 -5 4 1 5 35 0 1 13 4 1 0 1 3 0 0 9 14 6 0 0 1 0.74 1.98 13 D 1 2 -1 3 -4 0 2 -3 -1 -1 0 -1 -2 -2 0 -1 -3 0 -1 -1 13 11 3 15 0 4 13 1 2 4 8 4 1 2 6 4 1 1 2 4 0.20 2.01 14 A 2 -1 -1 3 -4 1 4 -2 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -2 0 -1 -4 -4 -4 16 3 3 16 0 6 32 3 1 1 1 4 0 0 2 6 3 0 0 1 0.59 2.03 15 S 1 0 -2 1 -4 2 2 -4 -2 0 -2 2 -1 -4 -3 -1 2 -4 -3 1 12 5 2 8 0 10 13 1 1 4 4 10 1 0 1 3 11 0 1 9 0.24 2.02 16 I 0 -3 -5 -6 -2 -4 -4 -5 -4 4 2 -5 -1 -3 -5 -4 -2 -3 -3 5 9 1 0 0 1 0 1 1 0 20 15 0 1 1 0 0 2 0 1 44 0.91 2.00 17 A 1 1 -2 0 -4 2 5 -3 -2 -2 -3 0 -3 -4 -3 -1 -1 -4 -4 -1 10 8 2 4 0 9 37 2 1 3 3 5 1 1 1 4 4 0 0 4 0.55 2.00 18 K 2 0 -1 1 -4 1 4 -2 -1 -4 -3 2 -2 -4 -2 -1 0 -4 -4 -4 18 5 3 8 0 7 26 2 1 1 2 11 1 1 2 5 5 0 0 1 0.44 1.97 19 A 2 -3 -5 -5 0 -4 -3 -4 -3 4 3 -4 0 -1 -5 -4 -2 -1 -1 3 15 1 0 1 2 1 2 1 1 20 25 1 2 2 0 1 3 1 2 20 0.57 1.96 20 C -1 -4 -4 -5 9 -4 -3 -5 -4 2 2 -4 -1 -3 -4 -4 -2 -5 -4 1 5 1 1 1 39 1 2 1 0 11 22 1 1 1 1 1 2 0 0 9 1.23 1.93 21 E 3 1 -1 1 -3 2 3 -2 -1 -4 -3 2 -2 -4 -3 0 -1 -5 -4 -3 23 8 3 6 1 8 17 2 1 1 3 12 1 1 1 6 3 0 1 2 0.38 1.86 22 E 0 1 -1 1 -3 3 4 -2 0 -3 -3 2 -2 -4 -2 -1 -2 -3 -3 -3 7 7 3 7 1 13 26 3 2 1 3 10 1 1 2 5 3 0 1 2 0.41 1.81 23 A 3 -2 -2 -3 0 -2 -3 -3 1 2 0 -3 -1 -1 -3 -1 0 -1 0 2 30 3 2 1 2 2 2 2 3 10 7 1 2 3 1 5 4 1 4 15 0.32 1.78 24 A 2 0 -1 -1 -1 -1 0 0 -1 -3 -3 -1 -2 -3 0 3 1 -1 -3 -2 20 4 3 4 1 3 6 8 2 1 2 4 1 1 6 22 7 1 1 2 0.27 1.78 25 E 0 -2 0 2 -2 3 2 -1 -1 -3 -2 0 -4 -2 0 0 1 -5 -2 -3 9 2 5 11 1 12 15 6 2 2 4 5 0 2 4 7 7 0 2 2 0.22 1.69 26 G 0 -1 0 2 -2 -1 0 4 0 -2 -2 -1 -1 -1 -2 -1 -1 0 -1 -2 8 3 3 10 1 3 5 32 2 2 5 3 1 3 2 3 5 1 2 3 0.32 1.62 27 Q 0 -1 0 2 0 2 2 2 1 -3 -2 0 -2 -3 -2 -1 -1 -2 -2 -1 7 2 3 10 2 9 15 19 3 2 4 6 1 1 2 4 3 1 1 5 0.24 1.59 28 V -1 1 -2 -1 -1 -1 -1 1 -1 1 -1 -1 -1 -1 1 0 -1 -1 -1 3 5 7 2 4 1 2 5 9 1 8 5 4 1 2 6 7 3 1 3 24 0.16 1.53 29 V 0 -5 -5 -5 3 -3 -3 -4 -5 3 1 -3 -1 -2 -5 -3 -2 -1 -2 6 6 0 0 0 6 1 1 1 0 12 10 1 1 1 0 1 1 1 1 54 0.92 1.54 30 S 2 -2 -2 -1 -1 1 1 -2 -1 -2 -3 -3 -2 -1 -3 1 0 3 3 2 15 2 2 4 1 6 11 3 1 2 1 1 1 3 1 12 5 4 11 14 0.27 1.55 31 P 2 -5 -3 -5 1 -3 -4 -4 -5 4 1 -3 -1 -2 2 -3 -2 -5 -3 3 18 0 1 0 3 1 1 1 0 27 10 1 1 1 9 1 2 0 1 20 0.60 1.56 32 V 5 -4 -4 -4 4 -4 -2 0 -4 0 -1 -4 0 -4 -4 1 0 -5 -4 0 47 0 0 0 8 0 3 8 0 6 4 0 2 0 0 9 4 0 0 7 0.65 1.32 33 N 1 -1 6 0 1 -1 -3 -1 -2 -2 -2 -3 -3 -4 -4 0 -1 -4 -1 -1 10 2 48 5 3 2 1 5 0 3 3 1 0 0 1 5 3 0 2 6 0.77 1.23 34 F -2 -2 -2 -1 -1 -1 -1 -3 3 0 0 -2 0 4 -4 -2 -2 1 6 0 2 2 2 4 1 2 3 2 8 6 8 2 2 15 1 3 2 1 26 8 0.51 1.20 35 N -1 -3 8 0 -5 -3 -3 -3 -2 -5 -2 -3 0 -5 -4 -1 -1 -6 -4 -5 4 0 77 3 0 0 0 0 0 0 4 0 3 0 0 3 3 0 0 0 1.58 1.32 36 S 2 -4 -2 -2 4 -2 -2 1 -1 -3 -3 -4 -2 0 -4 4 1 -5 -2 -3 19 0 1 2 10 1 1 9 1 1 1 0 1 4 0 36 7 0 1 1 0.63 1.52 37 P -1 -3 -2 1 -2 -2 -1 -3 -1 -4 -4 -2 -2 -3 7 -2 -3 -1 -2 -4 4 1 2 7 1 2 4 2 1 1 1 3 1 1 62 3 1 1 1 1 1.44 1.54 38 G -1 0 1 1 -3 2 0 4 0 -4 -3 0 -1 -3 -5 0 1 -2 -3 -3 4 5 7 8 1 8 6 27 2 1 3 6 2 1 0 7 7 1 1 2 0.34 1.60 39 Q -1 -3 1 -1 3 6 0 0 2 -1 -2 0 -4 -5 -5 0 -1 -5 -4 -1 4 0 6 4 5 42 4 6 4 4 4 4 0 0 0 6 4 0 0 4 0.71 1.56 40 V -1 0 -1 -5 2 -1 -4 -2 1 1 -1 1 1 0 -5 -1 3 -5 1 3 3 6 3 0 4 3 0 3 3 7 5 10 4 4 0 3 18 0 4 19 0.29 1.56 41 V 0 -4 -4 -4 -3 -3 -4 0 -4 2 0 -4 2 -3 -4 0 1 -4 -3 5 8 0 0 0 0 0 0 6 0 10 7 0 6 0 0 8 9 0 0 46 0.55 0.78 42 I 1 -4 -5 -5 5 -4 -4 -4 -3 2 1 -4 4 3 -4 -3 -3 -3 3 2 12 0 0 0 12 0 0 0 0 12 12 0 12 12 0 0 0 0 12 12 0.57 0.78 43 A 4 -3 -2 -3 2 -2 -3 1 -3 -3 -3 -2 -3 0 -3 4 1 -4 -3 -3 40 0 0 0 6 0 0 8 0 0 0 0 0 6 0 34 6 0 0 0 0.63 0.67 44 G 0 -4 -2 -3 2 -3 -4 6 -4 -4 -2 -3 1 -4 -4 0 0 -4 -4 -4 5 0 0 0 5 0 0 71 0 0 5 0 5 0 0 5 5 0 0 0 1.09 0.67 45 H 0 -2 1 2 -1 0 2 -2 3 -2 -1 -1 -1 -2 0 1 1 0 1 -2 7 2 6 13 1 3 12 3 6 1 7 4 1 1 4 11 10 1 5 2 0.17 1.04 46 K 1 0 0 -1 -1 -1 1 -3 0 0 -1 3 -1 -2 1 -1 0 -1 -2 -1 11 5 3 4 1 2 8 1 2 6 5 23 2 1 8 5 7 1 1 5 0.20 1.26 47 E 2 -2 0 3 -2 0 4 -2 -1 -3 -4 1 -2 -3 0 0 -1 -5 -3 -3 18 2 4 16 1 4 24 2 1 1 1 8 1 1 4 6 4 0 1 2 0.41 1.39 48 A 4 -2 1 1 -2 0 0 1 -2 -3 -3 -2 -1 -3 -3 0 -2 -5 -3 -1 43 2 6 9 1 4 5 10 1 1 2 2 1 1 1 5 2 0 1 4 0.49 1.48 49 V -2 -5 -5 -6 -1 -2 -5 -4 -5 4 3 -3 3 -2 -3 -3 -2 -5 -4 5 3 0 0 0 1 2 0 1 0 20 23 2 6 1 1 1 1 0 0 37 0.82 1.49 50 E 1 0 1 3 -3 1 5 -3 -1 -3 -3 -1 -2 -4 -2 -2 -1 -2 -3 -3 11 4 5 17 1 7 35 1 1 1 3 4 1 1 1 2 3 1 1 1 0.61 1.58 51 R 2 3 -2 -2 -2 2 1 -3 -1 -2 -1 3 -2 -3 -3 -1 -2 -1 -1 -2 19 16 2 2 1 8 10 1 1 2 6 17 1 1 1 4 2 1 2 3 0.34 1.63 52 A 4 -5 -4 -5 0 -4 -4 -3 -5 0 2 -4 -1 3 -4 -2 -2 -1 -2 2 40 0 1 0 1 0 1 1 0 4 17 0 1 11 1 1 2 1 1 16 0.66 1.63 53 G 2 -2 -2 -4 5 0 1 -1 -3 1 -1 0 2 -3 -4 0 -1 -3 -2 2 15 2 2 1 12 3 10 5 1 8 6 5 6 1 1 7 3 0 1 12 0.28 1.68 54 A 2 -2 -1 1 -5 1 5 -2 -2 -3 -3 1 -3 -4 -1 0 -1 -6 -4 -2 16 2 2 6 0 5 36 3 1 1 2 8 1 0 3 6 3 0 0 3 0.54 1.71 55 A 1 1 -1 -3 -2 0 0 -4 0 2 2 2 -1 -1 -4 -2 -2 -2 -2 0 14 8 3 1 1 5 6 1 2 10 21 11 1 2 1 3 3 1 2 5 0.22 1.74 56 C 3 -5 -4 -6 4 -5 -5 -3 -3 0 3 -4 1 3 -2 -2 -3 -1 -2 1 25 0 1 0 7 0 0 1 1 5 30 1 3 11 2 2 1 1 1 10 0.61 1.73 57 K -1 1 -2 -2 -4 1 1 -3 -1 -3 -2 6 -2 -4 -2 -1 0 -6 -4 -2 4 6 1 2 0 5 8 2 2 2 4 49 1 0 2 4 6 0 0 2 0.76 1.77 58 A 3 -1 0 1 -3 1 5 -2 -2 -4 -4 0 -3 -4 -1 0 -1 -6 -5 -4 22 3 4 8 0 5 34 3 1 1 1 6 0 1 2 5 3 0 0 1 0.61 1.76 59 A 3 2 -1 -3 -2 1 0 -3 -1 -2 1 2 1 -1 -3 -2 -2 -3 -2 -2 29 10 3 1 1 6 6 1 2 2 12 13 4 2 1 2 2 0 1 2 0.35 1.77 60 G -2 -3 -1 -2 -5 -3 -3 7 -3 -6 -5 0 -4 -5 -2 -2 -4 -3 -4 -5 2 1 2 2 0 1 2 76 1 0 1 5 0 0 2 2 1 0 1 0 1.52 1.74 61 A 5 -3 -3 -4 1 -3 -4 1 -3 1 -2 -3 -3 -1 -2 -2 -2 -2 -1 1 53 1 1 1 2 1 1 9 1 9 3 1 0 2 2 2 2 0 2 8 0.73 1.72 62 K -2 3 -2 -2 -3 0 -2 -2 -1 -2 -3 6 -1 -3 -3 -1 -1 -3 -3 -3 4 16 1 2 0 3 2 3 2 2 2 49 2 1 1 4 4 0 1 2 0.86 1.65 63 R -2 7 -1 -3 -3 -2 -2 -3 -1 -4 -2 3 1 -3 -3 -2 -2 -4 -2 -3 2 55 3 1 1 1 1 1 1 1 3 16 4 1 1 2 2 0 1 2 1.13 1.64 64 A 4 -4 -4 -5 3 -4 -5 -2 -4 0 -2 -4 -1 0 -3 -2 1 -3 0 4 39 0 1 0 5 0 0 2 0 5 3 1 1 4 1 2 7 0 4 25 0.68 1.84 65 L -3 0 -4 -5 -3 -2 -4 -5 -3 4 1 1 2 -2 -5 -3 -1 -5 -2 4 1 5 1 0 0 1 1 0 1 24 14 8 5 1 0 1 4 0 1 31 0.70 1.85 66 P -2 3 -3 -4 -4 -1 -1 -5 -3 -2 0 1 2 -3 6 -3 -2 -3 -3 -2 3 14 1 1 0 3 5 1 0 2 11 7 5 1 39 2 2 0 1 3 0.83 1.84 67 L -5 -5 -7 -7 -5 -5 -6 -7 -6 0 6 -6 0 -2 -6 -6 -4 -5 -4 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 94 0 1 1 0 0 0 0 0 2 1.83 1.83 68 P 2 0 4 -1 -4 1 -2 -4 -2 -5 -5 3 -4 -6 5 -1 -2 -7 -5 -4 15 5 19 3 0 5 2 0 1 0 0 17 0 0 25 4 2 0 0 1 0.76 1.84 69 V -3 -6 -5 -6 -4 -5 -6 -6 -6 0 -2 -6 1 -4 -6 -5 -1 -6 -5 7 1 0 1 0 0 0 0 0 0 2 1 0 4 0 0 0 3 0 0 90 1.84 1.80 70 S -2 -4 -2 -3 -4 -3 -3 -3 -4 -6 -6 -3 -5 -6 -4 7 -2 -6 -5 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 2.00 1.69 K Lambda Standard Ungapped 0.1273 0.3124 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1738 0.3177 PSI Gapped 0.0532 0.2670