Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 L -2 -2 -4 -4 -1 -2 -3 -4 -3 2 4 -3 2 0 -3 -3 -1 -2 -1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.45 0.00 2 G -1 -2 4 0 -3 -1 -1 5 -1 -4 -4 -1 -3 -3 -2 0 -1 -3 -3 -3 0 0 41 0 0 0 0 59 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.72 0.05 3 I -2 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -5 -4 6 1 -3 1 -1 -3 -3 -1 -3 -2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.70 0.18 4 H -2 -1 -1 -2 -4 -1 -1 -3 8 -4 -3 -2 -2 0 -3 -2 -2 -1 5 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 76 0 0 0 0 0 0 0 0 0 24 0 1.21 0.24 5 S -2 -2 2 5 -4 0 2 -2 3 -4 -4 -1 -3 -4 -2 1 -1 -4 -2 -4 0 0 12 47 0 0 14 0 12 0 0 0 0 0 0 14 0 0 0 0 0.69 0.24 6 N -2 -1 6 0 -3 -1 -1 -1 0 -3 -4 -1 -3 -4 -3 0 3 -4 -3 -3 0 0 76 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 24 0 0 0 0.87 0.24 7 D -1 -3 -1 2 -3 -2 -1 -2 -2 -3 -4 -2 -3 -4 7 1 -1 -4 -3 -3 0 0 0 14 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 65 14 0 0 0 0 1.31 0.24 8 T -1 -2 -2 -3 -2 -2 -2 -3 -3 2 -1 0 0 -2 -3 -1 3 -4 -2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 8 0 0 0 0 36 0 0 49 0.42 0.24 9 R -2 7 -1 -2 -4 0 -1 -3 -1 -4 -3 1 -2 -4 -3 -2 -2 -4 -3 -3 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.24 0.28 10 D 1 -2 2 5 -3 -1 0 -2 -2 -3 -4 -1 -3 -4 -2 3 2 -4 -3 -3 12 0 7 41 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 27 12 0 0 0 0.57 0.28 11 A 1 -1 -1 3 -4 0 5 -2 -1 -4 -4 0 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 19 0 0 20 0 0 60 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.74 0.28 12 W -3 -4 -5 -5 -3 -3 -4 -3 -3 -4 -3 -4 -2 0 -5 -4 -3 12 2 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 2.97 0.28 13 V 2 -2 -3 -2 -2 1 2 -3 -2 1 1 -2 2 -2 -3 -1 -1 -3 -2 2 20 0 0 0 0 6 18 0 0 10 17 0 7 0 0 0 0 0 0 20 0.23 0.28 14 N 3 -1 3 0 -3 0 3 0 -1 -3 -3 1 -2 -4 -2 0 -1 -4 -3 -2 33 0 19 0 0 0 34 6 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0.44 0.28 15 K -2 3 -1 -2 -4 1 0 -3 -1 -4 -3 6 -2 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 0 14 0 0 0 0 0 0 0 0 0 86 0 0 0 0 0 0 0 0 0.90 0.28 16 I 1 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -4 6 1 -3 0 -1 -3 -2 -1 -4 -2 2 14 0 0 0 0 0 0 0 0 86 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.69 0.28 17 A 4 -2 -2 -2 -2 1 1 2 -2 -3 -3 -1 -2 -3 -2 0 1 -3 -3 -2 56 0 0 0 0 6 14 15 0 0 0 0 0 0 0 0 10 0 0 0 0.45 0.28 18 H 2 -1 -1 -1 -2 1 2 0 2 -3 -3 2 -2 -3 -2 1 1 -4 -2 -2 29 0 0 0 0 6 13 7 6 0 0 18 0 0 0 14 7 0 0 0 0.31 0.28 19 V -2 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -5 -4 2 5 -3 1 0 -4 -3 -2 -3 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 85 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0.76 0.30 20 N -1 3 3 1 -3 0 -1 -2 -1 -4 -4 2 -3 -4 -2 3 1 -4 -3 -3 0 20 22 7 0 0 0 0 0 0 0 18 0 0 0 27 6 0 0 0 0.47 0.30 21 T 0 -2 0 1 -2 -1 -1 -2 -2 -2 -3 -1 -2 -3 -2 3 5 -4 -3 -2 0 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 37 53 0 0 0 0.63 0.30 22 L 0 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -4 -4 1 3 -3 2 -1 -3 -2 -1 -3 -2 4 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 44 0 7 0 0 0 0 0 0 40 0.50 0.30 23 E 2 1 -1 4 -3 2 2 -2 -2 -4 -3 2 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 21 9 0 30 0 11 16 0 0 0 0 12 0 0 0 0 0 0 0 0 0.48 0.30 24 K -2 0 -1 3 -4 4 4 -3 -1 -4 -4 3 -2 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 0 0 0 22 0 23 29 0 0 0 0 26 0 0 0 0 0 0 0 0 0.68 0.30 25 A 4 -3 -2 -3 -2 -2 -2 4 -3 -3 -3 -2 -2 -3 -2 0 -1 -4 -3 -2 66 0 0 0 0 0 0 34 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.73 0.30 26 A 1 -2 -2 -3 -2 -2 -2 -3 3 1 -1 -2 -1 -2 -3 -1 4 -4 -2 3 11 0 0 0 0 0 0 0 13 11 0 0 0 0 0 0 38 0 0 27 0.39 0.30 27 E 4 -1 -1 1 -2 1 1 -1 -2 -3 -3 2 -2 -4 -2 0 -1 -4 -3 -2 55 0 0 9 0 8 11 0 0 0 0 17 0 0 0 0 0 0 0 0 0.45 0.30 28 M 0 -3 -3 -4 -3 -2 -3 -3 -2 -1 0 -3 5 6 -4 -2 1 -1 1 -1 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 31 50 0 0 10 0 0 0 0.65 0.30 29 L -2 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -5 -4 4 4 -4 1 -1 -4 -3 -2 -3 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 29 71 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.73 0.30 30 K 0 0 -1 -2 -3 5 0 -3 -1 -2 -2 3 4 -3 -2 -1 0 -3 -2 -2 9 0 0 0 0 40 0 0 0 0 0 25 19 0 0 0 7 0 0 0 0.49 0.30 31 Q -2 1 2 5 -4 3 1 -2 -1 -4 -4 1 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -4 0 9 10 50 0 22 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0.75 0.30 32 F -3 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -4 -2 -1 -1 -4 -1 7 -5 -3 -3 5 4 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 81 0 0 0 9 10 0 1.24 0.30 33 R -2 7 -1 -3 -4 0 -1 -3 -1 -4 -3 1 -2 -4 -3 -2 -2 -4 -3 -3 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.26 0.30 34 M 2 -1 -2 -2 -2 -1 1 -2 -2 -1 0 2 2 -3 -2 2 -1 -3 -2 1 22 0 0 0 0 0 8 0 0 0 6 23 11 0 0 19 0 0 0 11 0.23 0.30 35 D 0 1 1 4 -4 3 3 -2 -1 -4 -4 2 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 12 7 5 30 0 14 20 0 0 0 0 12 0 0 0 0 0 0 0 0 0.52 0.30 36 H -2 -1 1 -2 -3 -1 -1 -3 7 -3 -2 -2 -2 1 -3 -2 -2 0 6 -3 1 0 7 1 0 0 1 1 44 0 1 1 0 0 0 1 1 0 40 1 0.92 0.27 37 T -1 -2 -1 -2 -2 -1 -2 -2 -2 -1 -1 -2 2 -2 -2 1 5 5 -2 0 1 0 0 1 0 0 1 1 0 0 1 1 7 0 0 11 58 9 0 7 0.53 0.27 38 T 0 -2 -1 -1 -2 -1 -1 3 -2 -3 -3 -1 -2 -3 -2 4 2 -3 -3 -2 1 0 0 1 0 0 1 30 0 0 1 1 0 0 0 43 20 0 0 1 0.52 0.27 39 P -1 -2 -2 -2 -3 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -1 -2 -3 7 -1 -1 -3 -3 -1 1 1 1 1 0 1 1 1 0 1 2 1 0 1 76 1 1 0 1 7 1.54 0.24 40 F -2 -2 -2 3 -3 -2 -1 -3 -2 -1 0 -2 -1 6 -2 -2 -2 -1 1 -1 1 1 1 21 0 1 1 1 0 1 10 1 0 54 1 1 1 0 1 1 0.55 0.24 41 R -2 6 -1 -2 -4 0 -1 -3 -1 -3 -3 3 -2 -3 -2 -1 -2 -3 -2 -3 1 78 0 0 0 0 1 1 0 0 1 14 0 0 0 1 1 0 0 1 0.95 0.27 42 N -1 -1 2 -2 -2 -1 -1 -2 -2 -2 0 3 -1 -2 -2 0 3 5 -2 -2 1 0 11 0 0 0 1 1 0 0 11 25 0 0 0 1 35 10 0 1 0.37 0.27 43 S 0 -2 0 2 -2 -1 -1 1 -2 -3 -3 -1 -2 -3 -2 4 3 -3 -3 -2 1 0 0 14 0 0 1 10 0 0 1 1 0 0 0 49 21 0 0 1 0.46 0.27 44 Y -2 -2 -2 -3 -3 -2 -2 -3 0 -2 -2 -2 -2 4 -3 0 -2 5 7 -2 1 0 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 0 15 0 10 1 7 60 1 0.90 0.27 45 E 1 1 0 4 -3 0 4 -2 -2 -4 -4 -1 -3 -4 -2 1 -1 -4 -3 -3 12 9 0 34 0 0 31 0 0 0 0 0 0 0 0 13 0 0 0 0 0.59 0.30 46 L -2 -2 -3 -3 -2 -2 0 -4 -3 1 5 -2 1 -1 -3 -3 -2 -2 -2 0 1 0 0 1 0 0 10 1 0 7 76 1 0 0 0 1 1 0 0 1 0.53 0.27 47 D -2 -1 0 6 -4 0 3 -2 -2 -4 -4 2 -3 -4 -2 -1 -2 -5 -4 -4 0 0 0 59 0 0 21 0 0 0 0 20 0 0 0 0 0 0 0 0 0.90 0.30 48 N -2 -1 1 -2 -3 3 -1 -3 -2 0 1 2 0 -2 -3 -2 -1 -3 -2 3 0 0 11 0 0 19 0 0 0 0 21 20 0 0 0 0 0 0 0 29 0.27 0.30 49 D -2 -2 0 7 -5 -1 3 -2 -2 -4 -5 -1 -4 -4 -2 -1 -2 -5 -4 -4 0 0 0 80 0 0 20 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.19 0.30 50 Y 0 -3 -2 -3 -3 -2 -2 0 0 -3 -2 -2 -2 1 -3 1 -2 6 6 -2 11 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 19 0 14 49 0 0.78 0.30 51 L -2 -2 3 -2 -3 2 -2 0 -2 -1 4 -2 0 -2 -3 -2 -2 -3 -2 -1 0 0 20 0 0 17 0 8 0 0 55 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.38 0.30 52 W -3 -3 -4 -5 -3 -3 -4 -4 -2 -3 -2 -4 -2 3 -5 -3 -3 11 4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 12 0 0 0 71 17 0 2.17 0.30 53 I -2 -4 -4 -4 -2 -4 -4 -5 -4 6 1 -4 0 -1 -4 -3 -2 -4 -2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.91 0.30 54 E -2 -1 -1 1 -5 1 6 -3 -1 -4 -4 0 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.17 0.30 55 A 3 2 -2 -3 -2 -1 -2 -2 -2 -2 1 -1 -1 -2 -2 2 -1 -3 -2 -1 42 17 0 0 0 0 0 0 0 0 21 0 0 0 0 20 0 0 0 0 0.34 0.30 56 K -2 5 -1 -2 -4 0 0 -3 -1 -4 -3 5 -2 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 0 39 0 0 0 0 0 0 0 0 0 61 0 0 0 0 0 0 0 0 0.89 0.30 57 L -2 -4 -4 -4 -2 -4 -4 -5 -4 5 3 -4 1 -1 -4 -3 -2 -3 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 70 30 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.74 0.30 58 E -2 -1 -1 1 -5 1 6 -3 -1 -4 -4 0 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.17 0.30 59 E -2 -1 -1 0 -4 2 5 -3 -1 -3 -2 0 4 -3 -2 -1 -2 -3 -3 -2 0 0 0 0 0 8 72 0 0 0 0 0 20 0 0 0 0 0 0 0 0.80 0.30 60 K -2 6 -1 -2 -4 0 -1 -3 -1 -4 -3 4 -2 -4 -3 -1 -2 -4 -3 -3 0 62 0 0 0 0 0 0 0 0 0 38 0 0 0 0 0 0 0 0 0.96 0.30 61 V -2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -4 1 3 -3 1 -1 -4 -3 -1 -3 -2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 44 0 0 0 0 0 0 0 0 56 0.63 0.30 62 A 5 -2 -2 -2 -1 -1 -2 -1 -2 -2 -3 -1 -2 -3 -2 3 0 -4 -3 -1 74 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 26 0 0 0 0 0.67 0.30 63 V -1 -2 -3 -3 -2 3 -2 -4 -3 1 1 -2 0 -2 -3 -2 -1 -3 -2 5 0 0 0 0 0 20 0 0 0 0 15 0 0 0 0 0 0 0 0 65 0.50 0.30 64 L -2 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -5 -4 1 5 -3 1 0 -4 -3 -2 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.88 0.30 65 K -2 3 -1 -2 -4 0 0 -3 5 -4 -3 5 -2 -4 -2 -1 -2 -4 -2 -3 0 19 0 0 0 0 0 0 20 0 0 61 0 0 0 0 0 0 0 0 0.78 0.30 66 A 2 -2 -1 -2 -2 1 -1 -2 4 -2 1 -2 -1 -2 -2 2 3 -3 -2 -1 20 0 0 0 0 6 0 0 15 0 19 0 0 0 0 17 23 0 0 0 0.29 0.30 67 R 0 2 -1 0 -4 3 4 -2 -1 -4 -3 2 -2 -4 -2 1 -1 -4 -3 -3 6 11 0 0 0 19 37 0 0 0 0 15 0 0 0 12 0 0 0 0 0.55 0.30 68 A 3 -1 -1 -1 -2 0 2 -2 -2 -3 -3 2 -2 -4 -2 2 2 -4 -3 -2 31 0 0 0 0 0 21 0 0 0 0 17 0 0 0 19 12 0 0 0 0.39 0.30 69 F -2 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -4 -2 2 2 -3 5 5 -4 -2 0 -1 2 0 0 0 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