Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 S 3 -3 -2 -3 -3 1 -3 0 -4 -4 -4 -3 -3 -5 -3 3 5 -5 -4 -3 23 0 0 0 0 8 0 5 0 0 0 0 0 0 0 19 46 0 0 0 0.86 1.06 2 S 0 1 -2 -3 -4 4 -1 -4 -2 -2 -4 4 -1 -5 -4 0 4 -5 -4 -2 9 7 1 0 0 18 2 0 1 3 0 24 1 0 0 4 28 0 0 3 0.65 1.19 3 V -3 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 6 2 -5 -1 -2 -5 -5 -3 -5 -4 4 1 0 0 0 0 0 0 0 0 48 14 0 1 1 0 0 0 0 0 35 1.24 1.26 4 K 0 3 -2 -3 -3 4 -1 -2 -2 -5 -4 4 -4 -2 -4 1 -1 -5 -2 -2 8 13 1 0 0 21 1 2 1 0 0 32 0 2 0 11 4 0 1 3 0.66 1.28 5 R -3 3 -2 -3 -6 1 -1 -4 0 -5 -5 7 -2 -6 -2 -2 -2 -3 -4 -5 1 13 1 0 0 6 2 0 2 0 0 72 1 0 1 1 1 0 0 0 1.37 1.28 6 W -5 -4 -6 -7 -5 -4 -5 -5 -5 0 -3 -5 -1 -1 -6 -2 -4 12 0 -3 0 1 0 0 0 0 0 0 0 6 1 0 2 1 0 3 0 84 0 1 3.30 1.28 7 G -2 -2 -3 -2 -5 -4 -3 7 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -3 -4 -5 -6 -6 0 2 0 2 0 0 1 94 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.04 1.30 8 N -4 -3 8 0 -5 -2 -3 -2 0 -6 -6 -1 -5 -6 -5 -2 -2 -6 -5 -6 0 0 89 2 0 1 0 2 2 0 0 3 0 0 0 1 1 0 0 0 2.00 1.30 9 S 0 -3 0 -2 -2 -2 -3 -2 -1 -5 -5 -3 -4 -5 -4 7 -1 -5 -4 -4 4 0 3 1 1 1 0 2 1 0 0 0 0 0 0 88 0 0 0 0 1.47 1.30 10 P 2 -2 -2 -4 -3 2 -4 -4 -3 -2 4 0 0 -1 -1 -2 -2 -5 -4 -1 17 1 2 0 0 12 0 0 1 1 46 5 2 2 3 3 2 0 0 2 0.54 1.30 11 A 5 -4 -4 -4 -4 -4 -3 5 -4 -3 -5 -4 -4 -5 -4 0 -2 -5 -5 -3 51 0 0 0 0 0 1 40 0 1 0 0 0 0 0 5 1 0 0 1 1.17 1.30 12 V -2 -5 -4 -6 -4 -5 -5 -5 -6 5 2 -5 0 -1 -5 -4 -2 2 -4 4 2 0 0 0 0 0 0 0 0 32 20 0 2 2 0 1 1 2 0 37 0.98 1.30 13 R -4 8 -3 -4 -6 0 -3 -5 -1 -1 -3 0 -4 -5 -2 -2 -3 -5 -4 -2 0 82 0 0 0 2 0 0 1 4 2 1 0 0 2 2 1 0 0 2 1.66 1.30 14 I -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -7 -6 6 4 -5 0 0 -6 -5 -4 -5 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 50 44 0 2 2 0 0 0 0 0 3 1.35 1.44 15 P -2 -3 -2 -4 -5 -4 -4 -5 -5 -6 -6 -4 -5 -6 8 0 -1 -1 -6 -5 1 1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 86 6 3 1 0 0 2.45 1.44 16 A 3 1 -1 -3 -2 1 -2 -2 -1 -5 -4 5 -3 -5 -4 1 -1 -6 -3 -2 25 5 2 1 1 5 0 2 1 0 1 38 0 0 0 11 3 0 1 3 0.70 1.44 17 T 3 -1 1 1 -2 -1 1 -1 2 -3 -2 -1 -3 -3 -2 2 1 -5 -1 -1 23 3 7 6 1 3 8 3 5 1 3 4 1 1 2 15 9 0 2 3 0.25 1.42 18 L -2 -5 -5 -6 -1 -5 -4 -6 -3 4 3 -5 1 2 -5 -5 -2 1 -1 4 2 0 0 0 1 0 1 0 1 28 24 0 4 7 0 0 1 2 2 27 0.83 1.42 19 M 3 -2 -5 -5 -4 -4 -4 -4 -3 1 3 -3 4 -3 -5 -2 -1 -5 -4 2 27 2 0 0 0 0 0 0 1 6 35 1 10 0 0 1 3 0 0 14 0.69 1.42 20 Q 0 2 1 1 -3 2 4 -3 -1 -4 -3 3 -2 -5 -4 -1 -1 -5 -4 -4 8 10 6 7 1 8 31 1 2 1 2 18 1 0 0 2 3 0 0 0 0.60 1.40 21 A 3 -1 -2 1 -5 4 3 -4 -1 -2 -3 0 -1 -3 -4 0 -2 -5 -2 -3 24 3 1 6 0 22 19 0 1 2 2 6 1 1 0 8 2 0 1 1 0.54 1.43 22 L 3 -5 -3 -5 2 -4 -5 -4 -5 1 4 -5 1 0 -3 -2 -1 -1 -2 0 28 0 2 0 5 0 0 0 0 7 36 0 4 4 1 2 3 1 1 7 0.60 1.44 23 N -1 -1 3 1 -3 1 0 4 5 -6 -6 0 -5 -4 -4 0 -3 -6 -4 -5 5 3 14 8 1 6 6 31 13 0 0 7 0 1 0 5 1 0 0 0 0.68 1.43 24 L -2 -5 -6 -6 0 -5 -5 -6 -5 3 5 -5 2 1 -5 -4 -4 2 -2 0 2 0 0 0 2 0 0 0 0 13 63 0 4 5 0 1 0 2 1 6 1.06 1.43 25 N -1 0 0 1 -2 2 2 -2 4 -4 -4 3 -2 -3 -3 1 0 -5 -3 -2 5 5 5 8 1 11 12 2 10 1 1 22 1 1 1 8 6 0 1 2 0.44 1.42 26 I 0 -2 -1 0 -3 0 4 -3 -4 2 0 -1 -2 -3 0 -2 -1 -5 -4 2 6 1 3 5 0 4 28 1 0 11 8 3 1 1 4 2 4 0 0 15 0.35 1.41 27 D -2 -3 3 3 -5 -2 0 6 -1 -6 -6 -3 -5 -6 -5 -1 -3 -6 -5 -6 1 1 16 17 0 1 5 54 1 0 0 1 0 0 0 2 1 0 0 0 1.19 1.43 28 D -2 -3 -1 6 -2 3 0 -3 -2 -4 -4 -2 -2 -6 -4 2 1 -6 -5 -3 2 0 1 42 1 16 5 1 0 1 1 1 1 0 0 18 8 0 0 2 0.89 1.43 29 E 0 0 0 0 -3 0 4 -4 -1 -2 -2 2 -2 -3 1 0 2 -5 -3 -1 6 4 3 4 1 4 28 0 1 3 3 11 1 1 7 6 11 0 1 5 0.36 1.43 30 V -3 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -6 3 2 -5 2 0 -5 -5 -3 -5 -4 6 1 0 0 0 0 0 0 0 0 14 19 0 5 3 0 0 0 0 0 58 1.19 1.44 31 K -3 -1 1 4 -6 -1 5 -4 -2 -3 -2 0 -3 -3 -4 0 0 -6 -2 -3 1 3 7 24 0 2 36 1 1 1 4 4 0 1 0 6 6 0 1 2 0.72 1.44 32 I -1 -5 -6 -6 1 -5 -6 -6 -6 5 3 -5 2 0 -4 -5 -2 -5 -2 3 4 0 0 0 3 0 0 0 0 35 24 0 5 4 1 0 1 0 1 23 0.91 1.42 33 D -1 3 0 1 -5 0 2 -4 0 0 -3 1 -4 -3 -4 2 1 -3 -2 -1 4 15 4 7 0 4 16 0 2 5 2 7 0 1 0 18 9 0 1 5 0.34 1.44 34 L 0 -3 -5 -5 -4 0 1 -5 -5 3 0 -3 0 -3 -5 -3 -1 -5 -3 5 7 1 0 0 0 4 8 1 0 17 9 1 2 0 0 2 2 0 1 45 0.73 1.44 35 V -1 0 -1 1 -3 2 5 -4 -2 -2 -3 1 -3 -4 -3 0 -2 -2 -3 0 5 4 2 6 1 9 39 1 1 3 2 8 0 1 1 8 2 1 1 8 0.56 1.47 36 D -2 -2 3 5 -6 -1 2 2 1 -6 -6 0 -5 -6 -3 -2 -3 -6 -4 -6 3 2 15 40 0 2 11 14 4 0 0 6 0 0 1 2 1 0 1 0 0.90 1.46 37 G -2 -2 2 2 -6 -1 0 6 -1 -5 -5 -2 -5 -6 -3 -2 -2 -3 -5 -4 1 2 12 11 0 3 6 56 2 1 0 2 0 0 1 1 2 0 0 1 1.05 1.47 38 K 0 4 0 -2 -2 2 0 0 -1 -3 -4 3 -2 -6 -4 0 0 -6 -5 -2 7 26 3 1 1 9 5 9 1 1 1 21 1 0 0 6 5 0 0 2 0.54 1.48 39 L -3 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 6 3 -5 2 -2 -6 -5 -3 -5 -1 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 48 30 0 4 1 0 0 1 0 2 14 1.17 1.44 40 I -3 -2 -4 -5 -2 -4 -4 -6 -3 5 0 -4 1 -1 -5 -2 1 -2 -4 5 1 3 0 0 1 0 1 0 1 34 6 1 3 2 0 2 9 0 0 37 0.88 1.44 41 I -3 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 6 3 -5 0 0 -6 -5 -4 -5 -4 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 54 26 0 2 3 0 0 0 0 0 14 1.25 1.41 42 E -2 3 -3 -3 -4 0 4 -5 -2 -2 -3 3 -4 -5 -4 -1 3 -5 -3 -2 2 15 0 0 0 3 26 0 0 3 3 22 0 0 0 4 17 0 1 3 0.64 1.41 43 P -2 -2 -3 -4 -5 -3 -3 -5 -5 -5 -5 0 -5 -6 8 -3 -4 -6 -5 -3 3 2 1 0 0 1 1 0 0 0 0 6 0 0 85 1 0 0 0 1 2.36 1.34 44 V -3 -5 -6 -6 -3 -5 -5 -6 -6 4 1 -5 -1 -3 -5 -4 -3 -5 -4 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 28 12 0 0 0 0 0 0 0 0 60 1.27 1.17 K Lambda Standard Ungapped 0.1362 0.3163 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.2069 0.3180 PSI Gapped 0.0633 0.2670