Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 L -2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -3 1 5 -3 2 0 -4 -3 -2 -2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.69 0.16 2 L -1 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -4 1 4 -3 1 -1 -4 -3 -1 -3 -2 4 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 47 0 0 0 0 0 0 0 0 49 0.59 0.30 3 A 5 -3 -2 -3 -2 -2 -2 1 -3 -3 -3 -2 -2 -4 -2 3 0 -4 -3 -1 61 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 26 5 0 0 2 0.71 0.52 4 E -2 -2 -2 0 -5 2 6 -4 -2 -5 -4 -1 -4 -5 -3 0 1 -5 -4 -4 0 0 0 3 0 7 75 0 0 0 0 0 0 0 0 4 12 0 0 0 1.18 0.73 5 P -2 -4 -4 -4 -5 -3 -3 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -5 8 -3 -3 -6 -5 -4 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 92 0 0 0 0 0 2.44 0.83 6 Q -1 3 -3 -3 -5 7 -1 -4 -2 -3 0 -1 4 -4 -4 -2 -3 -4 -3 -3 5 16 0 0 0 55 0 0 0 0 7 1 16 0 0 0 0 0 0 0 1.04 0.88 7 I -3 -5 -5 -5 -3 -5 -5 -6 -5 5 0 -5 -1 -3 -5 -4 -2 -5 -3 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 30 2 0 0 0 0 0 0 0 0 67 1.25 0.90 8 A 6 -4 -4 -4 -3 -3 -3 -1 -4 -3 -3 -3 1 -4 -3 0 0 -5 -4 -2 87 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 4 0 0 3 4 0 0 1 1.20 0.90 9 M -3 -4 -4 -5 -4 -4 -4 0 -4 0 1 -4 7 4 -5 -1 -1 -3 2 2 0 0 0 0 0 0 0 9 0 3 8 0 33 20 0 5 3 0 6 15 0.74 0.94 10 F -4 1 1 -4 -4 -2 0 -4 -4 0 3 -3 -2 5 -5 -2 -3 5 -1 0 0 10 7 0 0 1 7 1 0 5 28 0 0 26 0 2 0 8 1 5 0.57 0.94 11 C -3 -5 -5 -2 11 -5 -5 -5 -5 -4 -4 -1 -4 -4 -2 -2 -3 2 -4 -3 0 0 0 2 86 0 0 0 0 0 0 4 0 0 3 1 0 4 0 0 2.42 0.94 12 G -2 -3 0 0 -5 -3 2 6 -4 -6 -6 0 -5 -5 -4 -2 -3 -5 -5 -5 1 0 4 5 0 0 15 67 0 0 0 7 0 0 0 1 0 0 0 0 1.19 0.94 13 R 1 4 -3 -4 -5 -1 -2 -4 0 -4 -2 5 -3 0 -4 -2 -2 -4 3 -4 11 24 0 0 0 0 0 0 2 0 3 42 0 4 0 1 1 0 11 0 0.79 0.94 14 L -3 1 -4 -5 -4 1 -4 0 -4 0 3 -3 0 -1 2 -3 -3 -4 2 2 0 10 0 0 0 7 0 9 0 3 32 0 2 2 13 0 0 0 8 15 0.41 0.94 15 N 2 -3 6 -2 -4 1 -2 -3 2 -4 -2 -1 -1 -5 1 0 0 -5 -4 -2 18 0 43 0 0 7 0 0 6 0 4 2 1 0 6 5 7 0 0 2 0.71 0.94 16 M -3 -1 -1 -4 -4 4 -2 -5 -3 1 2 1 6 0 -1 -2 -2 -4 -3 -2 0 3 3 0 0 22 0 0 0 8 17 11 25 3 3 2 1 0 0 1 0.59 0.94 17 H -4 -1 -2 -4 -5 2 -2 -5 8 -5 -4 0 -3 1 -5 -3 -4 -2 6 -4 0 3 0 0 0 8 0 0 51 0 0 5 0 5 0 0 0 0 28 0 1.51 0.94 18 M -1 2 -2 -5 -4 1 -3 -5 -1 2 1 -3 6 0 -5 -3 -3 -3 3 1 4 15 2 0 0 6 0 0 1 10 10 0 29 2 0 0 0 0 12 9 0.62 0.94 19 N -3 -3 5 4 -4 -1 -2 -1 -1 -4 -2 -1 1 -4 1 -1 0 -4 -4 -4 1 1 31 29 0 2 1 5 1 1 5 2 5 0 8 3 5 0 0 1 0.68 0.84 20 V -1 -3 -3 -3 -2 -2 -1 -3 -3 3 2 -3 -1 -2 -3 2 1 -3 -1 2 5 1 1 1 0 1 4 1 0 16 22 1 0 1 1 17 7 0 2 18 0.31 0.76 21 Q -2 1 0 1 -4 5 4 -3 -2 -2 -2 -1 -3 -4 -2 -2 -1 -4 -3 -1 2 9 4 8 0 27 31 1 0 2 3 0 0 0 1 1 4 0 0 5 0.62 0.87 22 N -1 -3 4 1 -4 -1 1 -2 -3 -4 -4 -1 -3 -5 -3 2 4 -5 -4 -3 4 0 22 7 0 2 8 1 0 0 0 3 0 0 0 17 35 0 0 0 0.69 0.92 23 G -2 -4 -2 -1 -5 -1 -1 7 -4 -6 -6 -1 -5 -5 -4 -2 -4 -5 -5 -5 0 0 0 3 0 2 5 86 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 1.59 0.93 24 K -2 4 -2 0 -3 2 0 -2 1 -3 -4 3 -3 -1 -4 0 -1 -5 -3 1 1 27 0 4 1 10 3 3 4 1 0 21 0 3 0 5 3 0 0 12 0.48 0.91 25 W -5 -5 -6 -7 -5 -4 -5 -5 -5 -5 -4 -5 -4 1 -6 -5 -5 12 0 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 96 0 0 3.71 0.93 26 D 0 -3 -3 -1 -4 1 4 -4 -3 1 -1 -2 1 -4 -4 -3 1 -5 -4 3 6 0 0 1 0 6 34 0 0 6 5 1 3 0 0 0 10 0 0 29 0.55 0.93 27 S 0 -3 -1 0 -4 -3 -3 -3 -4 -4 -4 -2 -4 -5 5 3 4 -5 -4 -3 6 0 1 4 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 32 26 29 0 0 0 0.97 0.93 28 D -3 -4 -1 8 -5 -2 -1 -2 -3 -5 -5 -3 -5 -5 -3 0 -3 -6 -5 -5 0 0 0 90 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 1.78 0.90 29 P -1 -3 -3 1 -4 -3 -1 -4 -4 -2 1 1 -1 -4 6 0 0 -5 -4 -2 4 1 0 7 0 0 3 0 0 2 15 11 2 0 43 5 5 0 0 3 0.82 0.93 30 S -1 -2 2 2 -4 3 0 -1 -3 -3 -4 -2 -3 -4 -3 4 1 -5 -4 -1 2 1 9 12 0 13 4 5 0 1 1 0 0 0 0 36 9 0 0 6 0.50 0.90 31 G -1 2 -1 0 -4 -2 -3 5 -1 -4 -3 1 -4 -4 1 1 -1 -4 -4 -4 5 10 3 5 0 0 0 41 1 0 2 10 0 0 8 9 4 0 0 0 0.59 0.87 32 T 0 0 -2 -3 -3 -2 0 -2 0 1 -2 3 -3 -3 -3 2 3 -4 1 0 7 5 0 0 0 0 4 2 3 8 2 20 0 0 0 15 22 0 6 5 0.34 0.89 33 K 2 1 -2 -3 -4 2 -1 -3 1 -2 -4 3 -3 -1 0 1 2 -4 -1 -3 21 8 1 0 0 10 1 0 4 2 0 19 0 3 5 10 14 0 2 0 0.38 0.92 34 T -2 0 -2 0 2 0 -1 1 1 -2 -4 -2 -1 -4 -4 3 4 -5 -1 -1 0 6 1 5 5 4 2 12 4 3 0 0 2 0 0 23 27 0 2 4 0.41 0.92 35 C -1 -5 -4 -5 11 -4 -5 -4 -5 -3 -3 -4 -3 -2 -2 0 -3 -4 -4 -3 4 0 0 0 83 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 6 0 0 0 0 2.29 0.89 36 I -3 -4 -2 -1 -4 -2 -4 -4 -4 2 3 -2 1 4 1 -2 1 -3 -2 -1 1 0 2 4 0 2 0 0 0 10 34 2 3 19 7 3 10 0 0 3 0.45 0.89 37 D -1 3 -1 0 -4 -2 0 1 1 -2 -2 3 -3 1 -4 2 0 -5 -3 -4 4 19 2 5 0 0 5 11 3 2 3 19 0 6 0 14 6 0 0 0 0.33 0.93 38 T -2 0 1 5 -5 -1 0 1 -3 -5 -5 -1 -4 -5 0 0 2 -6 -5 -4 1 4 7 43 0 1 5 9 0 0 0 3 0 0 4 6 15 0 0 0 0.73 0.93 39 K -1 0 -1 0 -5 -1 0 -4 -3 -5 -5 6 -1 -5 4 0 0 -5 -4 -4 5 1 2 5 0 0 3 0 0 0 0 53 1 0 19 5 6 0 0 0 0.89 0.93 40 E -2 -1 -1 1 -4 2 4 -2 0 -1 0 0 2 -3 -3 2 -1 -4 -3 -1 0 2 2 6 0 11 28 1 2 3 9 5 6 0 0 16 3 0 0 4 0.33 0.67 41 G -2 1 -1 2 4 2 4 0 0 -4 -4 0 -3 -4 -3 -1 -2 -4 -3 -4 2 7 2 13 10 8 37 9 2 0 1 4 0 0 0 3 0 0 0 0 0.59 0.67 42 I 1 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -4 -4 5 2 -2 0 -2 -3 -3 -2 -4 -3 3 12 0 0 0 0 0 0 0 0 44 17 3 0 0 0 0 0 0 0 21 0.57 0.50 43 L 1 -1 -4 -5 -3 -1 -3 -4 -4 0 5 -1 0 -1 -4 -3 -2 -3 -3 1 12 3 0 0 0 3 0 0 0 0 71 3 0 0 0 0 0 0 0 8 0.66 0.52 44 Q -1 2 1 2 -4 4 2 -3 0 -4 -4 1 -3 -4 -3 1 0 -4 -3 -4 4 13 5 11 0 29 13 0 2 0 0 9 0 0 0 11 4 0 0 0 0.52 0.52 45 Y -3 -3 -4 -4 -4 -3 -3 -4 0 0 -2 -3 -2 3 -4 -3 -3 1 8 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 9 0 0 0 0 83 0 1.39 0.42 46 C -1 -4 -3 -4 10 -4 -4 -3 -4 -3 -3 -4 -3 -4 -4 1 -1 -4 -4 -2 0 0 0 0 84 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 16 0 0 0 0 1.79 0.42 47 Q -2 4 -1 -2 -4 4 1 -3 2 -4 -3 4 -2 -4 -3 -1 0 -4 -3 -3 0 33 0 0 0 28 4 0 4 0 0 26 0 0 0 0 4 0 0 0 0.75 0.42 48 E -2 2 -2 -2 -4 3 2 -4 4 -4 -3 2 4 -4 -3 1 2 -4 -3 -3 0 13 0 0 0 13 12 0 13 0 0 12 13 0 0 13 13 0 0 0 0.52 0.78 49 V 1 -3 -4 -4 -4 -3 -4 1 -4 1 0 1 3 -3 -4 1 1 6 -3 1 10 0 0 0 0 0 0 10 0 10 10 10 10 0 0 10 10 10 0 10 0.38 1.00 50 Y -4 -4 -3 0 -4 -3 -3 -5 3 -4 -3 -4 -3 2 -5 0 -3 0 8 -3 0 0 0 6 0 0 0 0 6 0 0 0 0 5 0 7 0 0 76 0 1.63 0.85 51 P -3 -1 -4 -3 -4 -3 -3 -4 -4 -4 -4 -1 -4 -5 8 -1 -3 2 -4 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 76 4 0 3 0 7 1.83 0.82 52 E -1 -2 2 3 -4 -2 2 2 -3 -5 -5 2 -4 -5 -3 2 -1 -5 -4 -4 5 0 11 18 0 0 16 18 0 0 0 13 0 0 0 15 3 0 0 0 0.54 0.85 53 L -3 2 -4 -5 -4 -3 -4 -5 3 -1 4 -2 1 1 -1 -3 1 -4 1 1 0 13 0 0 0 0 0 0 7 0 42 2 2 5 3 0 11 0 4 9 0.49 0.85 54 Q -3 1 3 4 -5 4 2 -3 0 -4 -4 -1 -3 0 -1 -1 0 -4 -3 -4 0 8 12 24 0 26 10 0 2 0 0 2 0 5 3 2 6 0 0 0 0.62 0.83 55 I -3 -5 -5 -5 -3 -5 -5 -6 -5 7 1 -5 -1 -2 -5 -4 -3 -5 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 84 6 0 0 0 0 0 0 0 0 10 1.31 0.77 56 T -1 0 1 -3 -3 -2 -3 -2 -3 0 -3 -2 -2 -4 -3 2 5 -5 -4 1 3 7 5 0 0 0 0 3 0 6 0 0 0 0 0 18 49 0 0 9 0.65 0.77 57 N -2 1 6 -1 -4 -2 -2 2 3 0 -4 -2 -3 0 -4 -1 -1 -4 -3 -3 2 9 50 0 0 0 0 16 7 7 0 0 0 4 0 2 2 0 0 0 0.78 0.74 58 V -1 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -4 5 -1 -4 -1 -2 -4 -3 -1 -4 -1 5 3 0 0 0 0 0 0 0 0 43 1 0 0 0 0 0 3 0 2 44 0.89 0.70 59 V -2 0 -4 -4 -3 -3 2 -5 -4 0 -1 0 2 0 -4 -3 -2 -5 -3 6 1 5 0 0 0 0 14 0 0 0 3 6 5 4 0 0 0 0 0 62 0.74 0.87 60 E -3 -2 -2 1 -5 2 6 -4 1 -5 -5 -1 -4 -5 3 -1 -3 -5 -4 -5 0 0 0 7 0 9 63 0 4 0 0 0 0 0 14 4 0 0 0 0 1.14 0.87 61 A 4 -3 0 -3 -3 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-5 -5 -4 -5 -4 -1 -4 -1 -6 -5 -4 12 0 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 94 0 0 3.52 0.88 71 C -2 -5 -5 -5 11 -5 -5 -5 -5 -3 -3 -2 1 -5 -1 -1 -3 -5 -5 -3 0 0 0 0 87 0 0 0 0 0 0 3 4 0 3 3 0 0 0 0 2.43 0.91 72 K -1 4 -2 1 -5 2 1 1 -1 -5 -4 4 -1 -5 0 -2 -3 -5 -4 -4 4 23 1 6 0 8 7 10 1 0 1 35 1 0 4 0 0 0 0 0 0.65 0.91 73 R -1 2 0 -1 -4 0 0 -1 -3 0 -2 3 -2 3 0 -2 -1 -4 -3 0 6 10 5 3 0 3 6 6 0 6 2 24 1 13 5 0 3 0 0 7 0.25 0.90 74 G 0 -3 1 0 -4 0 1 5 -3 -4 -2 -2 -4 -3 -2 0 0 -5 -4 -3 9 0 8 5 0 4 9 46 0 0 6 2 0 1 1 5 5 0 0 1 0.61 0.90 75 R 0 4 2 -3 -5 0 -3 2 5 -3 -4 2 -4 -4 -4 -2 -3 5 -3 -2 7 21 10 0 0 3 0 16 16 2 1 12 0 0 0 1 1 8 0 3 0.60 0.94 76 K -1 3 -2 0 -5 -1 -1 2 -3 -5 -5 4 -4 -5 0 1 0 -5 -2 -3 3 16 1 5 0 2 3 16 0 0 0 32 0 0 4 10 6 0 2 2 0.52 0.94 77 Q -1 0 -1 -3 -4 3 1 1 4 -4 -3 3 0 -4 2 -1 -2 -4 -2 -2 4 3 2 0 0 15 8 12 13 0 1 17 3 0 12 4 1 0 1 2 0.44 0.91 78 C -2 0 -4 -5 11 -4 -2 -3 -4 -3 -2 -4 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -3 0 5 0 0 83 0 3 2 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.32 0.95 79 K -1 2 -1 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