Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 H -2 3 4 -2 -4 4 -1 -3 3 -5 -4 -1 -3 -4 -3 2 -2 -4 -3 -4 0 20 25 0 0 27 0 0 8 0 0 0 0 0 0 20 0 0 0 0 0.75 0.65 2 M -4 -5 -5 -6 -5 -2 -5 -6 -5 -1 -1 -5 10 -3 -6 -5 -4 -5 -4 -2 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 1 0 96 0 0 0 0 0 0 1 2.76 1.69 3 Y -3 -2 -4 -4 -3 1 0 -6 4 -1 3 -1 -2 2 0 -4 -3 4 4 -4 1 3 0 1 1 6 6 0 8 2 34 4 0 7 5 1 1 6 12 0 0.60 1.81 4 Y -4 -6 -6 -7 -3 -4 -6 -6 -1 -2 -3 -6 -4 7 -7 -5 -4 6 7 -2 1 0 0 0 1 0 0 0 1 2 1 0 0 39 0 0 1 9 40 3 1.86 1.87 5 V 3 -5 -4 -6 1 -3 -5 -5 -3 2 2 -5 2 1 -5 -3 -3 -5 -1 3 28 0 1 0 2 1 0 0 1 9 23 0 5 5 0 1 1 0 2 22 0.67 1.89 6 I -2 -4 -5 -6 3 -6 -5 -7 -6 5 1 -5 0 0 -6 -4 -3 -6 -4 5 3 1 0 0 6 0 0 0 0 29 14 1 2 4 0 0 0 0 0 39 1.05 1.90 7 F -4 -2 -3 -4 -3 -2 1 -6 3 4 0 -4 0 3 -6 -3 0 3 4 1 0 2 1 1 0 1 8 0 6 23 10 1 2 11 0 2 6 3 14 8 0.58 1.91 8 A 2 -2 -4 -4 5 -3 -4 0 1 0 -1 -4 -1 0 -5 0 0 -3 5 -1 20 2 0 1 12 1 0 8 4 5 6 0 1 3 0 7 7 0 18 5 0.53 1.91 9 Q -3 2 -3 -1 -4 1 2 -5 1 -2 -2 0 0 -1 3 -1 3 -1 2 -2 1 9 1 3 0 5 13 0 3 2 4 5 2 3 16 3 17 1 8 3 0.38 1.90 10 D -4 -3 -2 7 -6 -3 -2 -4 -1 -4 -3 -4 -2 -2 -2 -2 -2 -5 4 -3 1 1 1 64 0 0 1 0 1 1 2 0 1 2 2 3 2 0 17 2 1.47 1.88 11 I 0 2 -1 -1 1 -2 -3 -1 3 -1 -2 4 -2 -1 -3 -2 -2 -5 0 2 9 12 3 3 3 2 1 6 6 3 4 23 1 3 1 3 2 0 4 14 0.31 1.88 12 P 1 -4 -3 1 -4 -2 2 -4 -3 -5 -5 -1 -4 -5 7 -2 1 -6 -6 -4 10 1 1 8 0 2 14 1 0 0 1 3 0 0 48 2 8 0 0 1 1.19 1.87 13 N -1 -3 4 5 -6 -2 0 4 -1 -6 -5 -3 -5 -6 -4 -2 -3 -6 -4 -5 5 1 17 33 0 1 5 30 1 0 1 1 0 0 1 2 1 0 0 1 1.00 1.84 14 T 3 -2 -2 -3 -2 -2 -3 -1 2 -2 -3 -1 2 -2 -3 3 1 -5 1 1 21 2 1 1 1 2 1 5 4 1 2 3 6 1 1 25 9 0 5 10 0.39 1.84 15 L 0 -1 -2 -2 -4 -1 -2 -2 -1 -1 4 -3 1 -1 -1 -2 0 -5 -2 0 9 3 2 3 0 3 3 4 1 3 44 1 3 3 3 3 5 0 1 5 0.42 1.78 16 E 2 -3 -1 2 -5 2 5 -2 -1 -4 -5 -1 -5 -6 1 -1 -2 -6 -3 -4 17 1 2 10 0 9 37 3 2 1 1 3 0 0 6 4 2 0 1 1 0.68 1.83 17 K -1 3 -3 -1 -3 0 -1 -3 -2 -1 2 4 -2 -4 -2 -3 -1 -1 -4 0 5 17 1 3 0 4 4 2 1 3 18 25 1 0 2 1 5 1 0 7 0.42 1.87 18 R -3 8 -2 -4 -6 -2 -3 -5 -2 -3 -3 -1 -1 -3 -4 -3 -4 -5 -2 -2 2 78 2 1 0 1 0 1 1 1 2 1 2 1 1 1 1 0 2 4 1.70 1.83 19 L 1 -2 -3 1 -3 1 0 -2 -2 0 3 1 4 -1 -4 -2 -1 -3 -3 -1 12 2 1 7 0 7 6 3 1 4 24 8 10 2 1 3 4 0 1 3 0.27 1.85 20 A 3 0 -2 0 -5 1 4 -3 -2 -3 -4 1 -1 -2 1 0 -2 -6 -5 -3 22 5 2 6 0 7 26 2 1 2 1 7 2 2 6 6 2 0 0 2 0.45 1.82 21 V 1 -3 1 -5 -2 -2 -4 -4 4 0 1 -3 -1 1 -4 -1 0 -2 2 4 11 1 8 0 1 2 1 1 11 5 12 1 1 5 1 3 7 1 6 25 0.43 1.82 22 R -3 7 -3 -5 -3 -1 -3 -4 -1 -3 -1 0 0 -1 -5 -3 -3 -5 -1 -3 1 70 1 0 1 2 1 1 1 1 7 3 2 3 0 1 1 0 2 2 1.44 1.80 23 E 1 -3 -2 1 -5 0 2 -2 -2 -6 -5 -1 -5 -6 6 -1 -1 -6 -5 -5 11 1 2 7 0 5 14 4 1 0 1 4 0 0 42 5 3 0 0 0 1.00 1.81 24 Q 4 0 -2 1 -5 2 3 -2 -2 -3 -4 0 -3 -4 -2 0 0 -6 -3 -2 34 5 1 7 0 8 16 2 1 1 2 7 1 1 2 5 5 0 1 2 0.47 1.85 25 H -5 -3 -3 -2 -6 -1 -3 -5 11 -6 -6 -4 -5 -4 -5 -2 -3 -5 -2 -6 0 0 0 2 0 2 0 0 90 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 0 2.92 1.82 26 L -2 3 -4 -4 -5 -1 -3 -5 -3 1 4 -1 1 0 -5 -3 -4 3 -2 1 3 15 1 1 0 2 1 1 1 6 45 4 3 4 0 2 0 4 1 7 0.66 1.82 27 A 4 0 -2 0 -5 1 3 -3 -2 -3 -4 1 -4 -5 -3 0 -1 -6 -5 -3 38 4 2 5 0 5 22 2 1 2 1 7 0 0 1 5 4 0 0 2 0.61 1.80 28 R -2 3 1 -2 -2 -2 -3 0 4 -4 -1 -2 -2 3 -6 -3 -3 5 6 -3 4 15 6 2 1 2 2 7 8 1 5 2 1 10 0 1 1 7 25 2 0.72 2.05 29 L 1 -3 -2 -6 -1 -1 -4 -4 -5 2 5 -5 3 -2 -6 -3 -2 0 -2 1 13 1 2 0 1 4 1 2 0 10 47 0 6 1 0 1 2 2 1 7 0.71 2.04 30 K 0 2 0 1 -2 3 2 -1 1 -3 -4 3 -2 -3 -2 -1 0 2 -2 -3 8 10 4 7 1 12 12 5 3 2 2 15 1 1 2 4 5 2 1 2 0.29 2.01 31 Q 2 1 -1 0 -2 2 2 0 -1 -3 -3 1 -2 -3 1 0 0 -5 -3 -3 14 8 3 6 1 8 13 8 1 2 2 10 1 1 7 6 5 0 1 2 0.23 1.98 32 L 0 0 0 -2 0 0 -2 -2 2 -1 3 -2 1 0 -1 -2 -1 2 1 -2 7 5 4 2 2 4 3 4 5 2 31 3 3 3 3 3 4 2 5 3 0.23 1.98 33 Q 1 0 1 0 0 1 0 -1 2 -1 -2 2 0 -1 -1 -2 -1 1 1 0 10 5 6 6 2 6 6 6 5 4 5 11 2 3 3 3 3 2 5 7 0.08 2.03 34 A 2 0 1 3 -5 0 3 -2 0 -2 -3 0 0 -2 -1 0 -1 -5 -4 -2 17 5 5 14 0 4 18 3 2 2 3 6 2 2 4 6 3 0 0 3 0.29 1.97 35 E 1 1 0 2 -5 2 3 -1 1 -3 -3 1 -2 -3 -1 1 0 0 -2 -2 12 7 4 9 0 9 17 5 3 1 2 7 1 1 3 10 5 1 1 3 0.25 1.95 36 N -2 -2 0 -1 -2 -2 -3 6 -1 -1 -2 -2 -4 -3 -2 -2 -2 -4 -3 -1 2 2 4 3 1 2 2 59 2 4 4 2 0 1 2 3 2 0 1 4 0.96 1.85 37 R -2 4 -1 -3 -1 0 -1 -2 1 0 -2 2 -1 0 -2 -2 0 0 -2 1 4 25 3 1 1 3 4 4 4 6 4 13 1 4 3 3 6 1 1 9 0.32 1.99 38 L -2 -2 -2 -3 0 -2 -3 -3 -1 3 3 -3 1 1 -2 -3 -2 3 0 2 3 2 2 2 2 2 2 2 2 13 29 2 4 6 3 2 2 3 3 14 0.39 2.15 39 L -2 -1 -2 -3 0 -1 -3 -3 -1 2 2 0 1 -1 -2 -3 -1 2 -1 3 4 3 2 2 2 3 2 2 2 13 20 5 3 3 2 2 3 3 3 21 0.31 2.14 40 T 0 -1 -2 -3 1 -1 -3 -2 -1 1 1 -2 4 2 -5 -1 0 1 1 2 9 3 2 2 3 3 2 4 2 7 15 2 9 8 0 4 6 2 5 12 0.21 2.14 41 A 4 0 -2 -3 0 -1 -2 2 -1 -1 -2 -1 0 -1 -2 1 -2 0 -2 -2 32 6 2 1 2 2 3 17 1 3 3 4 2 3 2 9 2 1 1 3 0.36 2.04 42 G -2 -3 -4 -4 0 0 -3 6 -1 -2 -3 -4 0 -3 -2 -2 -3 -5 -2 -2 2 1 0 0 2 4 2 66 2 3 3 0 3 1 2 3 2 0 1 3 1.20 2.02 43 P 3 -3 -3 -4 -5 -3 -3 1 -2 -4 -3 -3 -2 -3 6 0 -2 -5 -3 -3 26 1 1 0 0 1 1 10 1 1 2 1 1 1 42 6 1 0 1 2 1.07 2.00 44 N -1 -3 0 -2 -1 -3 -4 2 0 0 1 -3 3 2 -4 -2 2 -1 1 -1 5 1 5 2 1 1 1 18 3 5 15 2 9 9 1 2 12 1 4 3 0.31 1.91 45 P -1 -1 -3 -3 -2 -2 -1 -2 -2 -1 2 0 1 0 5 -1 -1 0 0 -1 4 3 1 2 1 2 4 4 1 3 20 6 3 4 26 4 4 1 3 4 0.39 1.81 46 A 2 -1 -1 0 -2 -2 -1 -1 0 -2 1 -1 -1 2 -1 0 0 0 -2 -1 17 3 3 6 1 1 4 5 2 2 16 3 1 10 4 7 6 1 1 5 0.12 1.84 47 I 0 -2 -2 1 -4 -2 1 -2 0 1 2 -1 -1 -1 2 -1 0 -2 -2 0 8 3 2 9 0 2 9 3 2 8 17 3 1 2 11 5 6 1 1 6 0.14 1.83 48 D -2 -2 1 6 -2 -1 1 -2 2 -3 -2 0 -4 -3 -1 -2 -1 -4 -4 -2 3 1 5 46 1 3 8 2 4 2 4 5 0 1 3 2 3 0 0 3 0.80 1.81 49 D 0 -1 -1 3 -1 -1 0 2 -1 -3 -3 -1 -2 -2 2 2 -1 -3 -1 -2 6 4 3 15 1 3 7 15 1 2 3 3 1 1 9 14 4 0 2 3 0.23 1.40 50 E 0 -1 1 2 -2 1 3 0 -1 -2 -2 1 -2 -2 0 0 -1 -2 -1 -1 8 3 6 10 1 6 17 6 1 3 5 7 1 1 6 6 3 1 2 4 0.15 1.41 51 N -1 -2 2 4 -2 -1 1 1 0 -2 -2 -1 -2 -2 0 0 1 -3 0 -2 5 2 9 21 1 3 9 10 2 2 5 3 1 2 5 6 7 0 3 4 0.23 1.34 52 P -1 0 0 0 -1 -1 -1 1 -1 -2 -2 0 -2 -2 5 -1 0 0 -2 -2 6 6 4 6 1 3 4 9 1 2 4 5 1 2 26 5 7 1 2 3 0.34 1.28 53 S 1 0 -1 -1 -1 0 1 3 0 -2 -2 0 -1 -1 1 -1 -1 -2 -2 -1 12 5 3 4 1 4 8 20 2 2 5 5 1 2 7 5 5 1 2 4 0.13 1.26 54 E 0 -1 -1 2 -1 0 2 0 -1 -1 -2 0 -1 -2 1 -1 0 -1 -2 0 9 4 3 10 1 5 12 9 1 3 4 6 2 2 7 5 6 1 2 7 0.09 1.23 55 A 2 -1 -1 -1 -2 -1 0 2 -3 -1 -1 -1 -1 1 0 -1 -1 -1 -2 -2 19 4 2 4 1 3 6 18 1 3 7 4 2 5 5 5 4 1 1 3 0.15 1.40 56 G 0 -1 0 1 -2 -1 -1 3 -1 -1 -2 2 -1 -3 0 -1 -1 -3 -2 -2 8 4 4 9 1 3 4 25 1 3 5 12 1 1 5 4 4 0 1 3 0.25 1.45 57 F -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -1 -2 0 -1 -3 6 5 0 -2 -2 -1 0 0 4 2 2 2 1 2 3 5 1 6 4 2 20 24 6 4 3 1 3 6 0.56 1.47 58 T 0 -1 2 -2 1 -2 -2 -2 -2 2 -2 0 -2 -1 -2 1 4 -2 -1 0 9 4 8 2 3 2 2 3 1 10 3 6 1 2 2 11 22 1 2 7 0.26 1.62 59 G -2 -3 -2 -3 -2 -3 -3 7 -1 -4 -4 -2 -3 -4 -3 -3 -3 -4 -4 -4 2 1 1 1 1 1 1 78 1 1 2 2 1 1 1 1 1 0 0 1 1.58 1.72 60 S 1 -3 -2 -2 -2 -3 -2 2 -2 -2 -3 -3 -3 -3 -3 5 0 -4 -3 -1 12 1 2 1 1 1 2 13 1 2 2 1 0 1 1 50 4 0 1 5 0.77 1.71 61 T -1 -4 -3 -5 0 -3 -4 -4 -1 0 4 -4 3 2 -5 -2 1 -1 -2 2 6 0 1 0 2 1 1 1 2 5 35 1 8 8 0 3 8 1 1 16 0.57 1.82 62 V -2 -5 -5 -5 -2 -4 -5 -1 2 3 3 -5 3 2 -5 -4 -3 1 0 3 3 0 0 0 1 0 0 5 4 18 25 0 8 8 0 1 1 2 3 17 0.62 1.86 63 I -3 -5 -3 -6 -2 -3 -4 -4 -1 5 2 -5 0 -1 -5 -4 -2 -5 -2 4 2 0 1 0 1 1 1 1 2 37 15 0 2 3 0 1 2 0 1 27 0.90 1.82 64 A 2 -4 -3 -5 0 -3 -5 -3 -4 2 1 -4 1 3 -5 -3 -1 2 3 3 16 1 1 0 2 1 0 2 0 10 15 1 3 13 0 1 3 2 9 19 0.50 1.82 65 Q -2 2 0 3 -3 1 4 -1 -1 -2 -3 1 -1 -2 -4 -1 -2 0 -3 -1 3 10 5 14 1 6 26 4 1 2 2 8 2 2 0 3 3 1 1 4 0.41 1.81 66 F 4 -5 -3 -2 0 -3 -3 -1 -1 -1 -1 -4 -1 4 -3 -2 0 -4 -2 1 41 0 1 3 2 1 1 4 1 2 4 0 1 19 1 2 5 0 1 9 0.65 1.83 67 E 1 -2 1 4 -2 -1 3 -2 -1 -3 -4 -1 -2 -6 2 -1 -1 -6 -5 -3 14 2 6 23 1 2 22 3 1 2 1 3 1 0 11 4 3 0 0 2 0.55 1.83 68 N -2 -3 1 4 -1 -2 -2 -2 -2 -4 -5 -2 -5 -6 -3 5 3 -6 -3 -4 2 1 7 21 1 1 2 2 1 1 0 1 0 0 1 39 17 0 1 1 0.84 1.86 69 L -1 4 -3 -3 -2 -1 1 -4 -2 1 2 1 0 -3 0 -3 -2 -1 -2 -2 6 22 1 1 1 2 10 1 1 8 23 9 2 1 5 1 2 1 1 3 0.39 1.87 70 Q 2 -2 -2 3 -6 1 5 -2 -1 -4 -5 -1 -2 -6 -3 -1 -2 -6 -3 -4 19 1 2 13 0 6 42 3 1 1 1 2 1 0 1 3 2 0 1 1 0.82 1.90 71 A 3 -2 -2 3 -3 1 4 -3 -1 -3 -4 -1 -2 -6 -3 -2 -1 -6 -3 -1 24 1 1 15 1 6 33 2 1 2 1 2 1 0 1 2 3 0 1 5 0.66 1.82 72 A 5 -4 -5 -6 -1 -5 -5 -3 -5 1 0 -5 -1 -2 -3 -3 -2 -6 -5 4 50 1 0 0 1 0 0 1 0 6 9 0 1 2 1 0 1 0 0 25 0.93 1.82 73 K -2 3 -2 1 -3 3 3 -4 0 0 -1 2 0 -4 -5 -3 -2 1 -3 -2 3 15 1 7 1 14 22 1 2 5 6 10 2 1 0 1 2 2 1 3 0.47 1.84 74 D 4 0 -1 1 -5 1 3 -2 -1 -4 -4 1 -2 -4 -5 0 -1 -6 -4 -3 31 4 3 8 0 7 20 2 2 1 1 9 1 0 0 5 3 0 0 1 0.54 1.86 75 W -3 -2 -5 -5 -2 -3 -4 -6 -3 2 2 -4 0 5 -6 -5 -3 8 1 -1 1 2 0 0 1 1 1 0 1 9 23 1 2 27 0 0 1 20 4 4 1.13 1.86 76 A 3 -4 -3 -6 1 -4 -4 -4 -3 3 3 -4 1 -1 -5 -2 -2 -5 -3 2 29 1 1 0 3 1 0 1 1 13 28 1 3 2 0 2 2 0 1 13 0.62 1.86 77 A 2 1 0 3 -6 1 3 -3 0 -4 -5 2 -2 -2 -5 -1 -3 -6 -3 -4 20 6 5 15 0 5 19 2 2 1 1 14 1 2 0 5 1 0 1 1 0.51 1.85 78 Q 3 0 3 1 -3 2 1 0 -1 -4 -5 1 -3 -6 -4 0 0 -3 -4 -4 21 4 15 8 1 9 9 8 1 1 1 7 0 0 1 7 4 0 0 1 0.41 1.86 79 D -5 -3 -1 8 -7 -3 2 -3 -4 -7 -7 -4 -6 -7 -5 -3 -4 -7 -6 -6 0 1 1 86 0 0 10 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 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