Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 A 6 -4 -3 -4 -3 -3 -3 -2 -4 -4 -4 -3 -4 -5 -3 3 -2 -5 -4 -3 73 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 27 0 0 0 0 1.33 1.26 2 P 2 0 -1 2 -4 2 1 -3 -2 -5 -5 1 -4 -6 4 -1 -1 -6 -5 -4 17 5 2 14 0 9 8 2 1 0 0 9 0 0 24 4 4 0 0 1 0.60 1.45 3 D -3 -3 4 6 -4 -2 1 2 -2 -5 -6 -2 -4 -6 0 -2 -3 -7 -6 -5 1 1 17 50 0 1 7 13 1 1 0 1 0 0 4 2 1 0 0 0 1.13 1.45 4 G -1 -2 -1 1 -5 -2 -1 6 -3 -6 -5 -2 -4 -5 0 -2 -3 -5 -5 -5 5 2 2 9 0 1 5 64 1 0 1 2 0 0 5 1 1 0 0 0 1.17 1.44 5 T 0 2 1 -1 -3 2 3 -2 -2 -3 -3 1 -2 -5 -3 0 2 -3 -3 0 8 13 6 3 1 9 17 3 1 1 2 9 1 0 1 5 12 0 1 7 0.31 1.46 6 L -1 -4 -5 -5 -2 -3 -4 -2 -4 -1 5 -4 2 0 0 -4 -3 -2 -1 -2 4 0 0 1 1 1 1 4 0 1 70 1 3 2 5 1 1 0 2 1 0.99 1.47 7 S -2 -2 1 0 -4 -1 -1 -2 9 -5 -5 -1 -4 -5 -4 1 -1 -6 -2 -5 3 1 5 5 0 2 3 3 58 0 0 3 0 0 0 13 3 0 0 0 1.54 1.55 8 A 1 0 -3 0 -3 -3 -2 -2 -2 -3 -3 -2 -3 -5 7 -2 -2 -6 -4 -3 11 5 1 5 0 1 1 2 1 2 3 2 0 0 60 2 2 0 0 2 1.38 1.54 9 L -2 -5 -6 -6 -2 -4 -5 -6 -6 4 3 -5 2 -2 -6 -4 -2 -5 -3 5 2 0 0 0 0 0 1 0 0 19 31 0 4 0 0 0 2 0 0 40 1.03 1.54 10 Q -3 0 -3 -3 -4 8 -1 -4 0 -2 -3 -1 -2 -5 -4 -3 -3 -5 -4 -2 2 3 0 1 0 81 1 0 1 2 2 1 0 0 0 1 0 0 0 3 1.73 1.54 11 E 0 2 -2 -1 -4 4 4 -4 -1 -4 -4 2 -3 -5 -4 -2 -1 -3 -3 -1 10 12 1 3 0 22 25 0 1 1 1 12 0 0 0 2 3 0 1 4 0.64 1.52 12 G 6 3 -3 -4 -2 -2 -1 -1 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -4 0 -2 -3 -4 -1 63 14 1 0 1 1 3 3 0 0 1 2 0 0 0 4 1 0 0 3 0.92 1.47 13 F -4 -3 -5 -6 -5 -5 -5 -5 -4 1 1 -5 3 7 -6 -5 -3 7 0 -1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 7 10 0 9 47 0 0 1 16 2 4 1.38 1.41 14 R 3 2 -3 -3 -2 -2 -2 -4 0 3 1 -2 0 -3 -5 -2 -2 2 -3 3 22 11 1 1 1 1 2 1 3 16 11 2 2 0 0 3 1 3 0 18 0.38 1.43 15 M 0 1 -1 3 -3 1 4 -2 -2 -4 -4 2 -2 -4 -3 -2 -2 -3 -3 -3 8 6 2 19 0 7 32 3 1 1 1 12 1 1 1 2 1 0 1 2 0.60 1.35 16 M 1 -1 0 -2 2 -1 2 -2 5 -1 -1 -1 2 -1 -4 -1 -2 -2 1 -1 13 2 5 1 4 3 15 4 17 5 5 4 5 3 0 4 2 1 4 5 0.31 1.24 17 H -2 -3 1 3 -3 2 0 3 5 -4 -4 -2 -3 -1 -2 -2 -2 -1 -1 -4 2 1 6 18 1 11 4 26 18 1 1 1 1 3 1 2 2 1 2 1 0.64 1.22 18 G 4 -4 -3 -4 -1 -3 -3 3 0 0 -2 -3 -3 -2 -2 -1 -2 -4 0 3 32 0 0 0 1 0 1 23 3 4 2 1 0 1 2 2 1 0 3 23 0.56 1.10 19 L 0 -1 -3 -2 -3 -2 -1 -3 0 1 1 -3 2 2 2 1 0 -4 0 2 8 3 0 2 0 1 4 2 2 7 13 1 5 7 11 10 5 0 2 16 0.21 1.09 20 Q -3 0 -1 -2 -4 8 0 -3 0 -4 -2 -1 -1 -2 0 -2 -3 -4 -3 -4 1 5 2 1 0 73 2 2 1 1 4 1 1 2 4 1 1 0 0 1 1.33 1.03 21 C -2 -4 -1 -4 10 -4 -4 -1 -4 -3 -3 -4 -3 -3 -4 0 -3 -4 1 -3 1 1 3 1 73 0 1 5 0 1 1 1 0 0 1 7 1 0 5 1 2.03 1.03 22 G -1 -2 -1 -1 -4 -3 -1 6 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -1 -1 -1 -4 -4 -4 3 2 2 3 0 0 5 73 0 0 1 1 0 0 3 2 3 0 0 1 1.28 1.11 23 Y -3 -2 -4 -3 -4 -4 -4 -3 0 0 -2 -4 1 6 -4 -3 -2 2 7 -2 2 2 0 2 0 0 1 2 1 5 1 1 3 35 0 2 2 2 37 2 1.18 1.15 24 C -3 -4 0 -2 10 -4 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -3 -4 -4 -1 -3 3 -1 0 1 0 6 3 68 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 3 0 4 3 7 1.94 1.13 25 T -1 -1 0 0 0 3 -2 0 -1 -1 -1 -3 0 -2 -4 2 4 -4 -4 -2 3 3 3 5 2 16 0 6 2 4 5 0 2 2 0 14 30 0 0 2 0.43 1.24 26 P 0 -4 -1 -3 1 -3 -3 -2 0 -4 -2 -3 -4 -1 7 0 -1 -4 -1 -2 8 0 3 0 3 0 1 3 3 0 3 1 0 3 53 7 4 0 3 3 1.10 1.11 27 G 1 1 -2 -3 -4 -3 -3 5 -3 -3 -4 1 -3 -4 -3 0 -3 -4 -4 0 11 8 0 1 0 0 1 47 0 1 1 11 0 0 1 8 1 0 0 9 0.73 1.00 28 M 0 -3 -4 -4 -4 1 -3 0 3 1 0 0 3 1 -4 0 0 5 2 0 7 0 0 0 0 7 0 7 7 7 7 7 7 7 0 7 7 7 7 7 0.27 1.45 29 I 0 -4 1 -4 3 -3 0 0 -3 1 0 -4 3 2 -4 0 1 -4 2 0 8 0 7 0 7 0 8 8 0 8 8 0 7 7 0 8 8 0 7 8 0.23 1.34 30 M -1 -4 0 -5 3 0 -4 -5 1 1 1 -1 7 1 -5 -1 0 -5 -4 1 4 0 5 0 5 4 0 0 4 6 10 4 33 5 0 4 5 0 0 9 0.73 1.69 31 R -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 -4 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 0 5 0.03 2.01 32 S 0 1 1 -4 3 -3 -4 0 -4 1 0 0 3 1 -4 0 0 -4 2 0 7 7 7 0 7 0 0 7 0 7 7 7 7 7 0 7 7 0 7 7 0.20 1.45 33 H 1 0 -1 -1 1 0 -1 -2 3 -1 -1 1 0 0 -5 -1 1 3 3 0 10 5 3 4 3 4 4 3 6 4 5 10 3 4 0 4 9 3 9 7 0.17 2.09 34 R 3 -1 -1 1 1 -1 0 0 1 -1 -3 -1 0 -1 -1 0 -1 2 0 -1 26 3 3 8 3 3 6 9 3 3 3 3 2 3 3 6 4 3 3 4 0.21 2.08 35 L -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 36 L -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 37 Q 0 2 0 2 1 1 1 -2 1 -2 -2 1 1 -1 -1 -1 0 -5 0 -2 8 12 5 10 3 6 9 4 4 3 4 9 3 3 3 4 5 0 3 3 0.15 2.01 38 E -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.07 2.01 39 N -2 -1 4 0 1 0 -1 0 3 -1 -2 0 0 -1 -1 0 0 2 0 -1 4 4 21 4 2 4 5 7 7 4 3 5 2 3 3 6 6 2 3 4 0.22 2.13 40 P -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 41 S -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 0 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 42 P -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 43 T -1 -1 0 1 1 0 -1 -1 1 -2 -2 -1 0 -1 -1 3 4 -5 0 -2 4 3 4 8 3 3 3 4 3 3 3 3 3 3 3 19 22 0 3 3 0.29 2.06 44 E -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 45 A -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 46 E -1 -1 0 3 0 2 3 -2 1 -1 -3 -1 0 0 -1 -2 -1 2 0 -1 5 3 4 14 2 8 21 3 3 4 3 3 3 4 3 3 3 3 3 4 0.28 2.03 47 I -1 0 0 0 3 -4 0 -1 2 0 -1 -4 2 1 0 -1 0 4 1 0 6 6 5 6 5 0 6 6 5 6 6 0 5 5 6 6 6 5 5 6 0.15 1.89 48 R -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 49 F 0 0 0 2 1 0 4 -2 2 -2 -2 0 0 -1 -5 -1 -1 2 0 -2 7 6 5 10 3 4 23 4 5 3 3 5 3 3 0 4 4 3 3 3 0.27 2.08 50 G -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 0.07 2.12 51 I -1 -4 -1 -5 2 0 -4 -5 1 2 3 -4 6 2 -5 -1 -1 -4 1 0 4 0 4 0 4 4 0 0 4 10 25 0 20 7 0 4 4 0 4 4 0.58 1.72 52 G 1 -1 -1 0 1 0 0 -1 1 1 -2 -1 0 -1 -1 2 1 2 -1 0 10 4 3 5 3 4 5 5 3 10 3 3 2 3 3 17 7 2 3 6 0.11 1.76 53 G -1 1 -1 -2 0 -1 -2 5 0 -3 -3 0 -4 -2 -1 0 0 -5 -1 -3 4 6 3 2 2 2 3 44 2 2 2 5 0 2 4 6 5 0 2 2 0.58 1.78 54 N -3 -2 7 -1 0 -2 -4 -3 3 -2 -3 -2 -1 -2 -5 -2 -1 -6 -2 -1 2 1 63 2 2 2 0 2 7 2 3 1 1 1 0 2 3 0 1 4 1.32 1.86 55 L -2 -3 -5 -5 -4 -1 -5 -4 -5 4 4 -3 1 0 -3 -3 -1 -5 -1 1 4 2 0 0 0 3 0 2 0 20 44 2 2 4 2 2 4 0 2 8 0.69 1.74 56 C -3 -6 -3 -3 11 -5 -6 -3 -1 -2 -3 -5 -4 -2 -5 -1 -4 -5 -1 -4 0 0 2 2 80 0 0 2 2 2 2 0 0 2 0 4 0 0 2 0 2.62 1.67 57 R -4 8 -3 -4 -6 -1 -3 -2 -1 -5 -5 0 -1 -5 -2 -2 -4 0 -4 -2 0 79 0 0 0 2 0 3 1 0 0 1 1 0 2 3 0 1 0 3 1.67 1.59 58 C -2 -5 -4 0 11 -4 -1 -5 -5 -4 -4 -5 -4 -5 -5 -2 -2 -5 -5 -4 3 0 0 7 78 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 0 2.45 1.45 59 T 1 -4 -2 -4 -1 -2 -4 3 -4 -3 -4 -3 -1 -5 -1 0 5 -5 -4 -2 11 0 1 0 1 1 0 26 0 1 0 0 2 0 3 7 44 0 0 1 0.87 1.41 60 G 0 -3 -2 0 -1 -4 -3 5 -4 -3 -3 -4 -2 -5 -4 0 3 -5 -5 -2 8 1 1 5 1 0 1 47 0 1 2 0 1 0 0 6 21 0 0 3 0.84 1.40 61 Y -4 -2 -3 -2 -3 -2 -4 -5 3 0 -3 -4 -2 1 0 -4 -4 0 9 -4 1 2 1 2 1 2 0 1 8 5 1 0 1 2 5 1 0 1 69 0 1.71 1.48 62 Q -1 3 0 -1 -3 3 1 -3 0 -2 -2 -1 0 -2 2 0 -1 -2 -1 1 4 15 4 3 1 16 8 2 3 1 3 3 2 1 12 6 3 1 2 11 0.30 1.54 63 N 0 4 1 -2 -5 2 -1 -1 1 -5 -5 2 -1 -4 4 -1 -2 -6 -3 -4 7 23 8 2 0 9 3 4 4 0 1 10 2 1 18 5 2 0 1 0 0.57 1.55 64 I -3 -5 -5 -3 -4 -3 -6 -6 -3 7 0 -5 0 1 -4 -4 -4 0 0 2 1 0 0 2 0 1 0 0 1 63 5 0 1 6 1 1 0 1 3 13 1.23 1.55 65 V -1 3 -3 -4 -3 -3 -2 -4 -2 3 2 -2 0 0 -5 -3 -1 -3 2 3 4 14 1 0 0 1 2 1 1 14 17 2 2 4 0 1 4 0 7 22 0.44 1.58 66 K 1 3 -1 4 -3 0 3 -3 -3 -4 -4 2 -3 -6 -1 -1 -2 -6 -4 -3 12 14 3 22 1 4 17 1 0 1 1 13 0 0 3 3 2 0 0 2 0.55 1.60 67 A 6 -4 -3 -5 -2 -4 -4 1 -5 -3 -4 -4 -4 -5 -4 0 -2 -6 -5 -1 79 0 1 0 1 0 0 8 0 1 1 0 0 0 0 4 1 0 0 3 1.34 1.56 68 I -1 -4 -6 -6 2 -5 -5 -4 -6 5 -1 -5 0 1 -5 -4 -2 -5 -2 5 6 1 0 0 5 0 0 2 0 35 3 0 2 5 0 1 1 0 1 39 1.01 1.53 69 Q -1 3 -2 -2 0 2 2 -3 3 -4 0 4 1 -4 -4 -3 -2 -3 -2 -3 4 17 1 2 2 10 11 1 7 1 10 24 4 1 0 1 2 0 1 1 0.50 1.58 70 Y 1 3 -2 1 -3 1 1 -3 -2 -2 0 0 -2 -4 -4 2 1 -1 -3 -2 10 15 1 10 0 7 8 1 1 2 12 6 1 0 0 13 8 1 1 3 0.26 1.61 71 A 5 -4 -4 -5 -2 -4 -4 -2 -4 -2 -2 -4 -2 3 -4 -1 -2 -3 -2 2 56 0 0 0 1 0 0 2 0 1 4 0 1 15 0 3 1 0 1 13 0.91 1.61 72 A 5 -2 -4 -4 2 -2 -3 -1 -3 -2 -2 -2 -3 -4 -3 2 -2 -4 -4 -1 57 3 0 0 5 1 0 4 0 2 3 3 1 0 1 13 2 0 0 5 0.83 1.63 73 A 2 2 -2 0 -3 1 3 1 -2 -4 -3 3 -3 -5 -3 0 0 -6 -4 -2 16 10 1 5 1 5 16 10 1 0 2 17 0 0 1 7 5 0 0 3 0.37 1.62 74 K 0 3 -2 1 -4 1 2 -3 -1 0 -1 2 1 -4 -1 -1 -1 -3 -1 -1 7 16 1 9 0 7 12 2 1 5 5 12 3 0 2 4 4 0 3 4 0.25 1.62 75 I -1 -1 -3 -3 2 -2 -2 -3 -4 1 2 -1 6 -3 -2 -1 -1 -2 -4 1 5 4 1 2 4 1 3 2 0 8 20 5 25 1 2 4 3 0 0 9 0.52 1.63 76 N 0 4 2 2 -4 1 1 -1 -1 -5 -4 2 -3 -5 -1 -2 0 -6 -3 -4 8 25 9 10 0 6 8 4 1 0 1 13 0 0 3 2 7 0 1 1 0.49 1.62 77 G 2 -3 -3 1 -3 -2 -1 6 -4 -5 -5 -2 -4 -6 -2 -1 -3 -6 -4 -4 20 1 0 7 1 2 4 54 0 0 0 1 0 0 2 3 1 0 1 1 1.01 1.56 78 V 2 -1 -3 0 0 -1 1 -3 -3 -1 1 0 -2 -3 2 -2 0 -4 -4 1 18 4 1 6 2 3 11 1 1 2 13 5 1 1 11 2 6 0 0 12 0.22 1.50 79 P 0 0 -3 -1 -4 0 0 -4 -4 -3 -4 1 -1 -6 7 -2 -2 -3 -2 -2 7 4 0 4 0 5 5 1 0 1 1 7 1 0 54 3 2 0 1 3 1.18 1.51 80 F 3 -1 -3 -2 -3 -2 -3 -3 2 0 0 -2 0 1 0 -1 0 -5 1 2 27 3 1 2 0 1 1 2 5 5 8 2 2 6 5 4 5 0 4 15 0.27 1.47 81 E 1 -2 -2 3 -6 1 5 -2 -1 -4 -5 0 -4 -6 3 -2 -1 -6 -4 -4 13 1 1 15 0 6 36 2 1 1 0 4 0 0 13 1 3 0 0 0 0.73 1.46 82 E -4 -3 -3 3 -6 4 6 -5 -3 -6 -6 0 -5 -6 -4 -3 -4 -6 -5 -5 0 0 0 16 0 16 63 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 1.49 1.48 K Lambda Standard Ungapped 0.1387 0.3220 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1438 0.3168 PSI Gapped 0.0440 0.2670