Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -4 -5 -5 -6 -5 -4 -5 -6 -5 -2 -1 -5 11 -3 -6 -5 -4 -5 -4 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 2.81 1.56 2 S 1 -3 1 0 -4 -2 -2 -1 -3 -5 -5 -2 -3 -6 -3 6 3 -6 -5 -4 9 1 5 5 0 1 2 4 0 0 1 1 0 0 1 53 17 0 0 0 0.90 1.64 3 L -4 -4 -6 -7 -5 -5 -6 -7 -6 3 6 -2 4 -1 -5 -5 -3 -5 -3 -1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 13 70 3 9 1 0 0 1 0 1 1 1.30 1.66 4 L -3 4 -3 -4 -6 0 -1 -5 -2 1 1 5 0 1 -4 -2 -3 -5 0 -2 1 19 1 0 0 4 4 0 1 7 14 33 2 6 0 2 1 0 3 2 0.61 1.68 5 E 1 -3 -1 4 -6 2 5 -4 -3 -4 -4 -1 -4 -6 -4 -1 0 -6 -5 -4 10 0 2 24 0 10 35 1 0 1 1 4 0 0 0 4 6 0 0 1 0.81 1.68 6 R -3 4 -2 -1 -5 5 1 -5 -2 -4 -5 3 -3 -5 -5 -2 2 -6 -5 -4 2 25 1 3 0 22 7 0 1 1 1 20 0 0 0 3 12 0 0 1 0.81 1.68 7 L -5 -6 -7 -7 0 -6 -7 -7 -7 6 5 -6 -1 -1 -6 -6 -4 -5 -4 2 0 0 0 0 2 0 0 0 0 41 45 0 1 2 0 0 0 0 0 10 1.30 1.69 8 N -2 3 3 -1 -4 3 -1 -3 -1 -4 -2 3 2 -4 -5 0 1 -6 -3 -4 4 16 12 4 0 12 4 1 1 0 4 18 6 1 0 7 8 0 1 1 0.46 1.72 9 Q 2 -2 1 2 -4 2 3 -2 -3 -5 -4 3 -4 -5 -5 1 0 -6 -5 -4 18 2 7 13 0 9 16 2 0 0 1 15 0 0 0 9 6 0 0 0 0.49 1.72 10 D 2 -4 -2 7 -6 -1 1 -1 -3 -6 -5 -2 -3 -6 -5 -2 -3 -7 -4 -5 19 0 1 56 0 2 9 4 0 0 1 2 1 0 0 2 1 0 0 1 1.20 1.72 11 M -4 -3 -3 -6 -5 0 -5 -7 -4 3 4 -3 7 -2 -6 -3 -3 0 -1 0 1 1 1 0 0 4 0 0 0 14 41 1 24 1 0 2 1 1 2 5 0.95 1.72 12 K -3 -1 -2 -4 -6 -2 -3 -5 -1 1 -2 7 1 -5 -4 -3 0 -6 -4 0 1 2 1 0 0 1 0 0 1 8 4 64 4 0 0 1 5 0 0 7 1.13 1.71 13 L 3 -3 0 2 -4 2 2 -4 -3 -3 -2 0 -3 -6 -4 0 3 -6 -5 -2 23 0 4 9 0 8 15 1 0 1 5 6 0 0 0 6 19 0 0 3 0.45 1.71 14 Y 7 -5 -4 -5 -2 -4 -3 -3 -2 -3 -4 -4 -3 -4 -4 1 -3 -6 -3 -3 84 0 1 0 0 0 1 0 1 2 1 0 0 1 0 8 0 0 1 0 1.50 1.71 15 M -4 0 -5 -6 -5 -2 -3 -6 -5 -1 1 -4 10 -2 -6 -4 -2 -5 -2 -1 1 5 0 0 0 2 1 0 0 3 10 0 70 1 0 1 2 0 2 2 1.83 1.71 16 K -3 4 -3 -3 -6 -2 -2 -4 -4 -3 -1 7 -2 -5 -5 -3 -3 -6 -5 -4 1 18 0 1 0 1 1 1 0 1 6 68 1 0 0 0 1 0 0 1 1.42 1.72 17 N 5 -3 1 0 -4 -2 1 -2 -4 -4 -5 -2 -4 -5 -3 2 -2 -6 -5 -4 52 1 8 6 0 1 7 3 0 1 0 2 0 0 1 15 2 0 0 1 0.82 1.72 18 R -3 4 -2 -3 -3 1 -2 1 2 -6 -6 6 -5 -3 -5 -3 -3 -6 -5 -5 1 19 1 1 1 4 1 11 5 0 0 52 0 1 0 1 1 0 0 0 1.13 1.70 19 E -3 -3 2 7 -6 -1 2 -4 -3 -6 -6 -2 -6 -6 -4 -3 -3 -7 -4 -5 2 1 9 66 0 3 12 1 0 0 1 1 0 0 1 1 1 0 0 1 1.53 1.70 20 K 0 0 -2 -2 -5 1 1 -3 -3 -4 -4 6 -2 -6 -2 1 2 -6 -5 -3 8 3 1 2 0 5 9 1 0 1 1 44 1 0 2 8 12 0 0 2 0.73 1.72 21 D 1 0 -1 1 -3 0 2 -4 -1 0 0 -2 -1 1 0 -2 0 -6 -4 3 10 4 3 9 1 3 13 1 1 4 10 2 2 6 5 2 6 0 0 18 0.19 1.72 22 K 1 6 -4 -3 -5 -1 -2 -4 -2 -4 -4 3 -3 -4 -5 -1 1 -6 -5 -2 11 48 0 1 0 2 2 1 1 1 1 16 0 0 0 3 10 0 0 3 0.99 1.70 23 L -1 0 -4 -5 -3 -3 -5 -4 -5 -1 5 2 -1 -3 -5 -1 1 -5 -3 1 6 5 1 0 1 0 0 1 0 2 47 13 1 1 0 4 8 0 1 10 0.62 1.71 24 T 1 -1 2 2 -2 -2 2 2 -3 -4 -4 -3 -3 -6 -4 3 1 -6 -4 -4 12 3 9 11 1 2 11 12 0 1 1 1 0 0 1 23 10 0 1 1 0.46 1.72 25 V 2 -5 -4 -5 -2 -3 -5 -3 -5 0 -2 -4 -2 -3 -4 0 5 -6 -3 4 18 0 1 0 1 1 0 1 0 4 3 0 0 1 1 5 34 0 1 30 0.81 1.73 26 V -3 -6 -6 -7 -2 -6 -6 -4 -3 5 5 -6 0 -2 -6 -5 -3 -5 -1 1 1 0 0 0 1 0 0 1 1 28 53 0 2 1 0 0 1 0 3 9 1.12 1.74 27 R -3 8 -2 -5 -6 -1 -3 -3 -4 -4 -6 0 -5 -6 -5 1 -1 -6 -5 -6 1 75 2 0 0 2 0 2 0 1 0 4 0 0 0 10 3 0 0 0 1.69 1.79 28 M 1 -4 0 -4 -5 -2 -4 -1 -2 -2 3 -5 7 -2 -6 1 0 -5 -3 -1 10 1 4 1 0 2 1 4 1 1 22 0 30 2 0 12 6 0 1 3 0.71 1.86 29 V 0 -6 -4 -7 -5 -6 -6 -5 -3 5 4 -4 1 -2 -6 -5 -2 -6 -5 3 8 0 1 0 0 0 0 1 1 30 33 1 3 1 0 0 2 0 0 19 0.93 1.87 30 K -4 1 0 -2 -5 0 -3 -5 -2 2 3 5 2 -3 -5 -3 -3 -3 -3 -1 1 7 4 2 0 4 1 1 1 9 25 30 4 1 0 2 2 0 1 3 0.51 1.85 31 A 4 -4 -2 -3 -1 -3 -4 0 -5 -5 -4 0 -3 -6 -5 4 1 -1 -3 -4 37 0 1 1 1 1 0 8 0 0 1 7 1 0 0 28 7 1 1 1 0.71 1.90 32 S 5 -3 -3 -1 -3 -1 3 -2 -2 -3 -3 -1 -1 -1 -5 0 -2 -6 -3 -2 45 1 1 4 1 2 19 2 1 1 2 3 2 3 0 5 2 0 1 2 0.63 1.89 33 L -2 -5 -3 -6 -1 -5 -5 -6 -2 6 3 -4 1 1 -5 -4 -2 -5 -2 2 3 0 2 0 1 0 0 0 1 40 23 1 2 6 0 1 2 0 1 14 0.87 1.81 34 Q -3 0 -1 -2 -6 3 0 -3 -1 -2 1 5 1 -5 -3 -2 0 -6 -2 -3 2 4 2 2 0 14 6 2 1 2 12 32 3 0 1 3 5 0 1 2 0.47 1.93 35 N 0 -1 5 2 -5 2 0 -3 -2 -4 -1 0 -1 -3 -5 -2 -1 -5 1 -3 8 3 29 10 0 9 4 1 1 1 6 6 2 1 0 2 4 0 6 1 0.46 1.93 36 E 2 3 -2 -3 -2 0 3 -4 -2 -1 -2 2 -1 -2 -5 -1 -2 -5 -1 -1 18 13 2 1 1 3 17 1 1 4 5 14 1 2 0 3 2 0 2 5 0.27 1.91 37 A 1 -2 -2 2 -6 2 5 -3 -1 -4 -4 0 -2 -4 -3 -1 1 -6 -3 -4 12 1 1 11 0 8 36 2 1 1 1 4 1 1 1 3 8 0 1 1 0.59 1.97 38 I 0 -2 -2 -3 -4 -3 -2 -3 -2 5 -2 1 -1 -3 -5 -1 1 -5 -4 3 6 3 2 1 0 1 3 2 1 30 2 8 1 1 0 5 9 0 0 20 0.47 1.89 39 K 1 -1 1 4 -2 -1 2 -3 -2 -4 -5 3 -5 -6 -1 0 -2 -6 -5 -4 13 2 6 19 1 2 14 2 1 1 1 19 0 0 4 7 2 0 0 1 0.44 1.94 40 L 1 -2 1 -2 -4 0 0 3 -1 -2 0 1 -2 -3 -2 0 1 -5 -4 -1 10 1 6 2 0 3 6 22 1 2 8 8 1 1 2 5 10 0 0 4 0.19 1.82 41 K 0 4 -1 -1 -4 0 1 2 -3 -5 -5 3 -2 -6 -1 0 -2 -6 -4 -4 8 20 2 4 0 3 8 17 0 1 1 18 1 0 3 6 3 0 0 1 0.46 1.91 42 K 1 4 1 -1 -3 1 -2 1 1 -3 -4 3 -3 -5 -2 0 -1 -6 -5 -2 10 22 6 3 1 5 2 11 4 1 1 15 1 0 2 6 4 0 0 3 0.38 1.92 43 D 0 0 -1 3 -3 -1 2 -1 1 1 -4 1 -3 -5 2 -1 -1 -5 -4 -1 8 6 2 18 1 3 12 6 4 9 1 7 1 0 9 4 3 0 0 4 0.24 1.73 44 S -1 -3 -1 1 -3 0 5 -1 -2 0 -3 -1 -3 -4 2 -1 1 -5 -5 -1 5 1 2 7 0 3 31 6 1 7 3 4 1 1 9 4 8 0 0 4 0.38 1.81 45 L -1 -3 -4 -3 -1 -2 -2 -4 -1 2 5 -1 0 -2 -4 -3 -2 -5 -4 1 6 1 1 1 1 2 2 1 1 11 48 4 2 1 1 2 2 0 0 9 0.60 1.81 46 T -2 -4 1 4 -2 -3 0 -2 -3 -3 -3 -2 -5 -6 0 3 4 -6 -5 -3 2 1 5 21 1 1 5 3 1 1 2 2 0 0 5 19 28 0 0 2 0.63 1.85 47 E -2 -3 -1 7 -6 -1 4 -3 -2 -6 -5 -3 -6 -4 -1 -2 -3 -6 -3 -5 3 1 2 54 0 2 22 1 1 0 1 1 0 1 4 2 1 0 1 1 1.24 1.85 48 D 2 -3 -2 4 -5 -1 4 -2 -3 -3 -3 -2 -1 -1 -2 0 -1 -6 -3 -3 17 1 2 22 0 3 25 3 1 1 3 2 1 3 2 5 4 0 1 2 0.50 1.85 49 E 0 0 -2 4 -3 3 4 -2 -2 -3 -3 -1 -2 -6 -3 -2 -2 -6 -4 -3 8 4 1 19 1 14 30 3 1 2 3 3 1 0 1 3 2 0 1 2 0.60 1.85 50 E 0 -5 -5 -4 -2 -3 2 -5 -5 4 1 -5 0 -3 -4 -3 -2 -2 -2 4 8 0 0 1 1 1 15 1 0 21 10 0 2 1 1 1 2 1 1 31 0.62 1.86 51 L -2 -1 -2 -2 -2 -1 -2 -4 -1 3 4 -3 2 -1 -4 -3 -1 -5 -2 2 3 3 2 3 1 3 2 1 1 18 32 1 4 2 1 2 4 0 1 11 0.40 1.82 52 T 3 -1 -2 1 -2 1 1 -1 -2 -4 -4 2 -3 -4 -3 1 1 -6 -3 -2 23 3 2 8 1 6 10 5 1 1 1 13 1 1 1 8 8 0 1 2 0.27 1.82 53 V -1 -5 -5 -6 -1 -3 -2 -3 -5 4 2 -2 2 -2 -5 -3 -1 -5 -2 4 4 0 0 0 1 1 3 2 0 24 16 2 4 1 0 2 3 0 1 29 0.60 1.69 54 L -2 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -5 4 4 -5 1 -1 -6 -5 -2 -5 0 2 3 0 0 0 0 0 0 0 0 26 42 0 3 2 0 0 2 0 3 11 0.86 1.69 55 S 1 2 0 0 -5 3 0 -2 -1 -1 -1 1 0 -2 -4 1 0 -5 -4 -2 10 12 5 5 0 12 5 2 1 3 5 9 2 2 0 10 6 0 0 3 0.14 1.65 56 R -1 3 0 -2 0 0 -1 -2 0 -5 -3 6 -4 -5 -4 0 -1 -5 -5 -2 5 14 4 2 2 3 3 3 2 0 3 40 0 0 0 5 5 0 0 3 0.62 1.82 57 E 0 -1 -1 -1 -5 1 3 -2 1 0 0 -1 5 -1 -5 -1 -1 -5 0 -1 6 4 3 3 0 5 20 3 3 4 7 3 13 3 0 4 4 0 3 4 0.24 1.95 58 L -1 0 0 -5 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 -1 0 4 1 -1 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 0.11 2.01 59 K 0 1 -1 0 -5 -1 -2 -2 -1 -3 -4 6 -4 -5 -4 -2 -2 -6 -5 -3 9 5 3 4 0 2 2 2 1 1 1 57 0 0 0 2 2 0 0 2 0.90 1.68 60 Q 0 -1 0 -2 -5 5 2 -2 -4 -3 -4 3 -1 -6 -4 1 0 -5 -5 -3 9 3 4 2 0 28 10 3 0 2 2 15 2 0 0 9 5 0 0 2 0.49 1.71 61 R -1 6 -1 -4 -1 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1.60 125 A 3 1 -2 -2 -3 0 1 -4 1 1 -1 0 0 -3 -2 -1 -1 0 -1 1 26 6 2 2 0 4 8 1 4 8 7 6 2 1 2 3 4 2 2 11 0.22 1.64 126 I 1 -5 -6 -6 1 -1 -5 -6 -6 2 3 -5 0 1 -5 -3 -3 -1 -4 4 14 0 0 0 2 3 0 0 0 9 29 0 1 5 0 1 1 1 0 31 0.72 1.63 127 M -3 -1 -1 -5 -2 0 -3 -4 -3 -2 -1 4 8 -1 -5 -1 1 -1 0 -2 1 3 3 0 1 3 1 1 0 2 5 22 36 3 0 3 9 1 4 2 0.84 1.68 128 P 3 -2 -2 -2 -5 0 1 0 -2 -5 -5 3 -5 -6 4 0 0 -6 -3 -3 22 1 1 1 0 4 8 6 1 1 1 19 0 0 21 6 5 0 1 1 0.59 1.68 129 K 1 3 0 -1 -6 3 1 -4 1 -3 -3 5 -2 -6 -1 -1 -1 -6 -5 -4 10 15 3 3 0 13 10 1 3 1 3 29 1 0 2 3 3 0 0 1 0.59 1.69 130 V 0 -5 -4 -6 -2 -5 -5 -5 0 1 3 -5 0 2 -4 -3 -1 -2 3 3 9 0 1 0 1 0 0 1 3 6 30 0 2 8 1 2 4 1 9 23 0.58 1.65 131 K 3 1 -2 -2 -5 2 -1 2 -3 -4 -4 4 -1 -2 -1 -1 -2 -6 -1 -4 24 7 2 2 0 8 3 13 0 0 1 24 1 2 3 3 3 0 2 1 0.47 1.70 132 G -1 -5 -2 -2 -5 -4 -4 7 -5 -6 -6 -3 -5 -3 -2 0 -3 -6 -6 -5 4 0 2 2 0 1 1 78 0 0 1 1 0 1 2 6 1 0 0 1 1.58 1.66 133 K -1 5 -1 -3 -3 3 -2 -4 -3 -4 -3 5 -3 -6 -3 -1 -1 -6 -4 -2 5 29 2 1 1 10 2 1 0 1 3 35 1 0 1 3 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0 22 19 6 6 1 0 1 4 1 1 16 0.48 1.64 143 V 1 -6 -6 -6 -3 -5 -5 -6 -6 2 1 -5 0 -3 -6 -5 -3 -1 -4 6 9 0 0 0 0 0 1 0 0 11 11 0 2 0 0 0 0 1 0 64 1.21 1.62 144 S -2 4 -2 -3 -6 2 0 -3 -2 -5 -5 7 -1 -6 -5 -2 -2 -4 -5 -4 2 18 1 1 0 7 4 2 1 0 0 57 2 0 0 2 1 0 0 1 1.18 1.62 145 S 3 1 -1 0 -5 2 4 -2 -3 -5 -5 3 -4 -6 -4 1 -1 -6 -5 -4 22 8 2 6 0 7 24 2 0 0 1 14 0 0 0 10 3 0 0 1 0.57 1.62 146 Q 1 3 -3 -5 -4 0 0 -4 1 -1 3 2 2 -2 -5 -3 -3 -4 -1 -1 12 14 1 0 0 4 5 1 3 3 28 13 6 1 0 1 1 0 3 3 0.40 1.60 147 L -5 -6 -7 -7 -4 -5 -6 -7 -6 2 6 -6 1 -1 -6 -6 -4 -5 -4 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 85 0 2 1 0 0 0 0 0 3 1.55 1.54 148 S 4 -4 3 -4 -4 -4 -4 3 -4 -5 -6 -4 -5 -6 -4 4 1 -6 -5 -5 29 0 12 0 0 0 0 20 0 0 0 0 0 0 0 31 8 0 0 0 0.89 1.56 K Lambda Standard Ungapped 0.1269 0.3091 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1714 0.3179 PSI Gapped 0.0525 0.2670