Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 I -4 -6 -7 -7 -5 -6 -7 -7 -7 7 -1 -6 1 -4 -6 -6 -4 -6 -5 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 61 4 0 3 0 0 0 0 0 0 32 1.69 1.89 2 S -1 2 0 -2 -4 2 -1 1 -2 -3 -5 0 -3 -4 -5 3 3 -6 -3 -1 5 10 5 2 0 9 3 9 1 2 0 4 1 0 0 26 16 0 1 5 0.44 1.96 3 S 1 -4 -2 -4 -2 -3 -4 -4 -3 -5 -5 -3 -5 -6 -4 6 3 -6 -5 -4 9 0 1 0 1 1 0 0 0 0 1 1 0 0 0 66 20 0 0 0 1.36 1.97 4 I -3 -5 -6 -6 -1 -4 -6 -6 -2 3 0 -5 0 6 -7 -5 -2 -2 0 4 1 0 0 0 1 1 0 0 1 14 9 0 2 37 0 0 3 1 2 26 1.09 1.99 5 V 1 -5 -3 -3 3 -3 -3 -2 -1 -2 -3 -4 -3 -4 -4 3 2 -6 -3 4 9 0 1 1 7 1 2 3 2 1 1 0 0 0 0 23 13 0 1 34 0.68 2.00 6 V -4 -5 -6 -7 -3 -5 -6 -7 -3 3 3 -5 -1 5 -7 -5 -4 1 5 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 18 22 0 1 23 0 0 0 2 19 12 1.06 2.00 7 E -2 4 -2 0 -1 1 3 -5 0 -2 -3 0 -3 -3 -3 0 2 -4 0 0 2 22 1 4 1 5 18 1 2 3 2 4 0 1 1 6 14 0 3 8 0.43 2.01 8 L 1 1 -3 -3 1 -2 0 -3 -1 0 1 -3 -1 2 -4 2 -1 -2 -2 0 13 7 1 1 3 2 7 1 2 5 15 1 1 10 0 17 4 0 1 7 0.24 1.99 9 D -2 3 -1 4 -4 -1 2 -1 -2 -4 -5 0 -4 -5 3 -1 -1 -6 -3 -4 4 15 3 23 0 2 14 4 1 1 1 5 0 0 16 5 4 0 1 1 0.58 1.95 10 Y 0 4 -2 -2 -5 2 2 3 -1 -4 -4 1 -4 -4 -2 -2 -2 -4 -2 -3 7 25 1 2 0 9 11 21 1 1 2 8 0 1 2 2 3 0 2 2 0.54 1.97 11 P 0 -4 -1 -1 -3 -2 -1 -4 -4 -2 -3 -3 -4 -5 7 -1 -2 -4 -4 -1 9 1 4 3 1 2 5 1 0 2 2 1 0 0 56 5 2 0 0 4 1.30 1.97 12 V -2 -4 -5 -5 -4 -4 -5 -5 -2 2 3 -5 1 6 -5 -4 -3 -3 -1 2 4 1 0 1 0 1 0 1 1 9 24 1 3 33 1 1 1 0 1 16 0.89 1.96 13 D -2 -3 2 6 -4 -2 0 -3 6 -5 -5 -1 -4 -5 -1 0 -2 -7 -3 -5 3 1 9 43 0 1 5 1 17 1 1 3 0 0 3 7 2 0 0 1 1.04 1.95 14 I -1 0 -4 -4 -4 -2 0 -3 -3 0 2 -3 0 -2 6 -2 -3 5 -2 -1 6 6 0 1 0 1 7 2 1 5 17 1 2 2 33 3 1 6 1 4 0.69 1.95 15 S 1 1 0 2 -4 2 4 -1 -1 -4 -3 0 -1 -3 -1 -1 -1 -4 -1 -3 12 8 5 12 0 9 23 4 2 1 3 5 2 1 4 3 3 0 2 2 0.36 1.93 16 E 1 5 -2 -2 -4 0 -1 -2 -2 -4 -3 4 -3 -4 -3 0 -1 -4 -4 -3 13 29 2 2 0 3 4 2 1 1 3 26 1 1 1 5 3 0 0 2 0.67 1.92 17 V -4 -4 -6 -7 -5 -6 -6 -5 -5 0 4 -6 0 6 -6 -5 -4 0 -1 1 1 1 0 0 0 0 0 1 0 5 44 0 2 36 0 1 1 1 1 8 1.25 1.89 18 S 0 1 3 1 -4 2 2 -2 2 -2 -2 -1 2 -1 -4 -1 -2 1 0 -1 8 7 13 7 0 10 12 3 4 3 4 3 5 3 0 5 3 2 3 4 0.23 1.90 19 R 2 1 0 2 -4 1 1 -2 3 -2 -2 0 1 -3 -1 -1 -1 -3 -2 0 15 9 5 12 0 6 8 2 6 2 4 5 4 1 3 5 4 0 2 6 0.19 1.88 20 V -1 -1 -5 -5 -3 -2 -5 -3 -3 -3 -1 -3 -2 6 -6 -4 -3 10 1 -1 6 3 1 1 1 2 1 2 1 1 4 1 1 34 0 1 1 32 3 5 1.50 1.83 21 M -3 -4 -6 -6 -2 -4 -5 -5 -5 3 5 -5 3 0 -4 -4 -2 -2 -3 1 1 1 0 0 1 1 0 1 0 18 55 0 8 4 1 1 2 0 1 6 1.01 1.82 22 E 1 0 1 3 -3 3 3 0 1 -4 -4 -1 -2 -5 -4 0 0 -3 -3 -4 10 5 6 15 0 13 17 8 3 1 1 3 1 0 1 8 5 0 1 1 0.40 1.82 23 N 0 1 3 2 -3 1 1 -1 0 -3 -1 0 1 -3 -3 1 0 -1 -1 -2 9 9 12 11 0 5 9 5 2 2 5 5 4 1 1 9 6 1 2 3 0.18 1.78 24 L -3 -3 -3 -3 0 -1 -3 -3 0 2 5 -3 1 -1 -3 -3 -2 3 -2 1 2 1 1 2 2 3 1 2 2 9 49 2 3 3 1 2 2 4 1 8 0.64 1.62 25 L -1 -1 -2 -2 -2 -2 -3 -3 -2 1 4 -3 1 -1 -2 -2 -1 -2 -2 1 6 3 2 2 1 2 2 2 1 7 44 2 3 2 2 2 5 1 1 10 0.47 1.50 26 L 1 1 0 -1 -2 3 0 -2 0 -2 -1 -1 0 -1 -2 0 -1 7 -1 -2 11 7 4 4 1 14 6 3 3 2 5 3 2 3 3 6 3 16 2 3 0.42 1.43 27 E -1 0 0 2 -1 1 4 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -2 -2 0 1 0 -2 -1 6 5 3 10 2 5 24 4 1 3 5 3 1 2 2 6 9 1 1 4 0.20 1.51 28 S -2 1 -1 -1 -1 2 1 -3 5 -3 -2 2 -1 1 -1 -1 -2 1 3 -3 3 8 3 3 2 8 7 2 12 1 4 12 2 6 4 5 3 2 8 2 0.27 1.56 29 A -1 -2 0 -2 -2 0 -1 3 -2 -4 -4 1 -2 -3 4 0 -3 1 -1 -3 6 2 4 2 1 4 4 25 1 1 2 8 1 1 23 5 1 2 2 2 0.47 1.48 30 D 0 -2 -1 3 -2 0 2 -1 -1 -1 -3 -1 2 -3 2 0 0 -4 -2 0 6 2 3 14 1 4 11 5 2 3 2 3 5 1 11 6 7 0 2 9 0.17 1.37 31 K -2 1 3 3 -2 -1 2 1 1 -4 -3 1 -2 -4 -2 -1 -1 -1 -2 -3 2 8 12 18 1 3 14 10 3 0 2 10 1 0 1 4 4 1 1 1 0.33 1.30 32 L -2 -5 -3 -5 0 -4 -5 -5 -5 5 2 -4 2 2 -2 -3 -2 -4 -1 4 2 0 2 0 2 0 0 0 0 28 15 0 6 7 2 2 2 0 2 27 0.66 1.24 33 L -2 -4 -4 -5 -4 -2 -3 -5 0 2 3 -2 0 4 -2 -3 -2 1 3 0 2 0 0 0 0 2 2 1 2 10 33 3 2 17 2 2 2 2 10 7 0.52 1.20 34 R -3 6 -3 -3 1 2 0 -1 -3 -1 -4 -1 -3 -4 1 -3 0 5 -3 -4 1 45 0 0 4 9 7 6 0 5 1 0 0 0 7 1 6 7 0 1 0.77 1.05 35 Y 1 -3 -3 -4 4 -3 -4 0 -4 0 1 -1 3 0 -4 1 0 3 1 2 11 1 0 1 9 0 1 7 0 5 13 4 7 4 1 10 4 4 5 15 0.27 1.09 36 K 1 2 -2 -3 -4 2 1 1 4 1 -3 2 -3 -4 -3 -2 1 -4 -3 -3 11 11 0 1 0 10 11 11 10 11 1 11 0 0 1 1 11 0 0 1 0.32 0.90 37 G 1 -4 -3 2 4 -3 -3 6 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -4 12 1 1 11 10 0 1 59 0 1 1 1 0 0 1 1 1 0 0 1 1.13 1.13 38 M -1 0 0 -4 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.13 2.01 39 L -1 -6 -6 -6 2 -5 -4 -4 -6 2 4 -6 1 3 -6 -5 -3 -5 -1 4 4 0 0 0 4 0 1 1 0 11 35 0 3 11 0 0 1 0 2 26 0.84 2.02 40 W 1 0 2 1 0 -2 -2 -3 3 -4 -4 -1 -3 -2 -3 0 -2 9 2 -2 11 5 9 7 2 2 2 1 6 1 2 3 1 1 2 7 3 25 7 3 0.80 2.00 41 I -2 -4 -4 -4 0 -3 -4 -5 -2 3 2 -4 1 5 -4 -4 -2 -1 -1 3 3 1 1 1 2 1 1 1 1 15 20 1 3 23 1 1 3 1 2 19 0.68 2.13 42 D 3 -1 -1 2 -2 1 1 -1 1 -3 -4 1 -2 -6 1 0 -1 -6 -2 -2 28 4 3 10 1 7 8 4 3 2 2 7 1 0 7 5 4 0 2 2 0.34 2.11 43 G -2 -3 0 3 -1 -1 1 4 0 -3 -4 -2 -2 -6 -2 0 0 0 -2 -4 3 2 5 17 1 2 8 34 2 1 2 2 1 0 2 7 5 1 1 1 0.58 2.13 44 E -1 2 0 1 0 2 2 -2 1 -2 -3 1 0 -2 -2 1 0 0 0 -3 6 10 5 9 2 7 11 4 3 2 3 8 3 2 2 12 5 1 4 2 0.18 2.12 45 P -1 -1 1 4 -1 -1 1 -1 -1 -3 -4 -1 -2 -3 5 -1 -1 0 -2 -3 6 4 5 22 1 3 8 4 1 1 2 4 1 1 24 5 3 1 1 2 0.54 2.14 46 N -1 3 1 1 0 2 1 -1 2 -3 -1 1 3 -2 -2 -2 0 0 -1 -3 5 14 6 8 2 8 9 4 4 2 6 7 7 2 2 3 5 1 2 2 0.21 2.13 47 R 0 6 -2 -3 1 0 -2 -3 -1 -3 -3 2 -1 -3 3 -2 -2 2 -2 -2 6 37 2 1 3 4 2 2 1 2 3 10 1 1 12 3 3 2 1 3 0.65 2.10 48 L -1 -2 -3 -3 1 0 -2 -2 4 0 1 -3 1 2 -2 -2 -1 3 3 2 6 2 1 1 3 5 3 4 10 6 11 1 4 8 2 2 3 4 10 12 0.28 1.99 49 L 0 -2 -2 -1 0 -1 1 0 -1 2 0 -4 0 0 -1 -1 -1 2 -1 3 9 3 2 4 2 3 9 6 2 10 11 0 2 4 3 4 4 3 2 18 0.15 1.93 50 F -2 -2 -5 -2 0 -2 -2 -3 0 2 2 -3 1 4 -1 -2 -1 4 1 1 3 2 0 3 2 2 3 3 3 9 16 2 3 18 4 4 4 5 5 11 0.33 1.95 51 Q 0 -1 0 -1 -5 6 1 -2 5 -5 -3 -1 0 -1 -5 0 -2 1 -1 -2 6 3 4 3 0 36 7 3 12 0 2 3 2 3 0 7 3 2 2 3 0.71 1.96 52 G 2 -3 -4 -2 -1 2 -2 4 0 -2 -1 -3 0 -2 -2 -1 -2 0 -1 -1 17 2 0 2 1 9 2 34 2 2 7 1 2 2 2 4 2 1 2 5 0.46 2.02 53 V 3 -3 -2 -3 -1 -3 -2 -1 -2 -1 -2 -3 0 -1 -3 0 -1 0 -2 4 26 1 2 1 1 1 3 4 1 2 4 1 2 3 1 7 4 1 1 32 0.50 2.04 54 Q -1 1 -2 -2 -2 2 -2 5 5 -4 -4 -2 -2 -3 -1 -2 -3 1 1 -3 5 8 2 2 1 8 3 37 11 1 2 1 1 1 4 2 1 2 4 2 0.62 2.07 55 R -1 2 0 0 -1 2 1 -1 2 -3 -3 0 4 -2 1 0 -1 0 -1 -2 5 12 4 5 1 8 9 5 5 2 3 6 9 2 8 6 4 2 2 3 0.21 2.07 56 L -1 4 -2 -3 -2 0 -2 -4 0 1 1 -3 2 0 -2 -1 -1 4 0 -1 4 23 2 1 1 5 3 2 2 7 16 1 5 4 2 5 4 6 3 4 0.35 2.09 57 Y -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 58 S -1 0 0 2 1 0 1 0 3 -2 -3 -1 0 0 -1 0 1 2 0 -2 6 5 5 11 2 4 9 8 7 3 3 3 3 4 3 8 7 3 3 3 0.13 2.14 59 A 1 -1 -2 -3 0 -1 -2 2 1 1 0 -2 0 1 1 0 0 0 -1 -1 10 4 2 2 2 2 3 14 3 9 10 2 3 6 8 7 5 1 2 4 0.12 2.15 60 D -1 1 -1 2 -1 1 2 -2 2 -1 -3 -1 -1 1 1 -1 0 0 1 -1 5 7 3 12 2 5 12 4 4 3 3 3 2 7 8 5 5 2 5 6 0.16 2.15 61 W 0 -1 -2 -2 -2 -2 -1 -4 0 -2 -1 -3 -1 3 4 -2 -2 6 3 0 7 3 2 2 1 2 4 2 3 2 6 2 2 10 21 3 2 11 9 6 0.51 2.13 62 D 0 -1 -2 4 -2 0 0 2 0 -1 -1 -2 0 -3 -1 -1 0 -1 -3 -2 9 4 2 24 1 5 5 15 3 4 6 2 2 1 3 4 6 1 1 2 0.29 2.16 63 R 0 4 -2 1 -3 0 2 1 -2 -3 -1 0 0 -3 1 0 -1 -2 -3 -3 7 20 2 7 1 5 11 9 1 1 7 5 2 1 6 7 4 1 1 2 0.25 2.17 64 P 1 0 -2 0 -2 0 2 -3 -1 -2 -2 0 -2 -3 5 -2 -1 4 -1 -1 10 4 2 5 1 4 13 2 1 2 4 5 1 1 24 3 4 5 2 4 0.43 2.15 65 W -3 -3 -4 -4 -3 -2 -3 -4 -2 -3 -2 -3 -2 0 -2 -3 -3 12 0 -3 2 2 1 1 1 2 2 1 1 1 3 2 1 3 3 2 2 67 2 2 2.60 2.13 66 G 1 0 -1 0 -3 0 0 2 0 -3 -4 1 -3 -4 4 -2 -2 -1 -2 -3 10 6 2 6 1 4 5 17 2 1 2 10 1 1 22 3 2 1 1 2 0.43 2.17 67 D -1 -2 0 5 -3 -1 2 1 -2 -4 -5 -2 -2 -3 1 0 0 -2 -4 -4 6 2 4 32 1 3 14 10 1 1 1 2 1 1 7 6 6 1 1 1 0.58 2.18 68 E -1 -2 -1 2 -3 0 5 2 -2 -3 -3 -1 -3 -3 -2 -1 -1 -5 -3 -2 5 2 2 12 1 3 35 16 1 2 2 3 1 1 2 4 4 0 1 3 0.57 1.97 69 K 0 -1 -1 3 -3 0 3 -2 -2 -2 -3 1 -2 -4 2 -1 0 -3 -3 -1 9 3 2 17 0 4 19 2 1 2 2 8 1 1 11 5 7 0 1 4 0.35 1.80 70 P -3 6 -2 -3 -4 0 -2 -3 0 -4 -4 0 0 -4 4 -3 -2 -6 -3 -3 2 46 2 1 0 3 2 2 2 1 2 3 3 1 23 2 2 0 1 2 1.07 1.90 71 H -1 4 -1 -1 -2 2 1 -1 0 -1 -2 1 2 -3 -2 -1 0 -3 -2 -1 5 23 2 3 1 8 10 6 2 3 3 8 6 1 2 4 6 0 1 4 0.30 1.91 72 S -2 -4 4 -1 1 3 -3 -2 -3 -1 -4 -4 -2 -6 -3 3 4 -6 -5 -3 2 0 17 2 3 11 1 3 0 3 2 0 1 0 1 25 25 0 0 1 0.70 1.94 73 T -3 5 0 -3 -4 3 3 -4 -1 -4 -5 3 -3 -3 -4 -3 -1 -3 -3 -1 2 27 3 1 0 14 20 1 1 1 1 16 0 1 0 1 4 0 1 5 0.75 1.95 74 M -2 -6 -7 -7 -3 -6 -6 -6 -6 3 5 -3 2 1 -6 -5 -4 -5 -3 0 3 0 0 0 0 0 0 1 0 17 60 2 5 5 0 1 0 0 1 5 1.15 1.97 75 V -3 -4 -6 -7 -2 -4 -5 -7 -6 0 -2 -6 -2 -4 -6 -5 -3 -6 -5 7 1 1 0 0 1 1 1 0 0 3 1 0 0 0 0 0 1 0 0 88 1.82 1.97 76 F -3 -6 -6 -6 -3 -6 -6 -6 -5 1 2 -5 0 8 -6 -5 -4 -1 -1 2 3 0 0 0 1 0 0 0 0 6 18 1 2 55 0 0 1 1 1 12 1.42 1.93 77 I -4 -6 -7 -7 -1 -6 -7 -7 -7 8 -1 -6 -2 -3 -6 -6 -3 -6 -5 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 93 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 2.18 1.96 78 G -1 -6 -4 -3 -2 -3 -5 7 -6 -6 -4 -5 -3 -5 -6 -2 -1 -6 -6 -2 5 0 0 1 1 1 0 80 0 0 2 0 1 0 0 2 4 0 0 3 1.73 1.94 79 I -2 5 -2 -2 -4 3 1 -4 0 -1 -3 2 -1 -5 -4 -1 0 -6 -3 -2 3 31 2 2 0 13 10 1 2 4 2 13 2 0 0 3 6 0 1 3 0.62 1.95 80 Q -3 -2 5 4 -4 -1 0 3 4 -6 -6 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