Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -2 -3 -4 -5 -3 -2 -3 -4 -3 0 1 -3 9 -1 -4 -3 -2 -3 -2 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 1.51 0.52 2 I -2 -2 2 0 -3 -1 1 -3 -3 2 -2 1 -2 -3 -3 -1 4 -4 -3 -1 0 0 13 5 0 0 13 0 0 21 0 11 0 0 0 0 37 0 0 0 0.45 0.52 3 E -2 3 -2 -2 -5 0 2 -3 -2 -4 -4 6 -3 -5 1 -2 -2 -5 -3 -4 0 12 0 0 0 0 11 0 0 0 0 69 0 0 8 0 0 0 0 0 0.95 0.52 4 K -1 4 -1 1 -4 0 3 -3 -2 -4 -4 4 -3 -4 -3 -1 1 -4 -3 -3 4 22 0 6 0 0 23 0 0 0 0 34 0 0 0 0 11 0 0 0 0.64 0.52 5 D -2 -1 -1 2 -5 3 6 -3 -1 -5 -4 0 -3 -5 -3 -1 -2 -4 -3 -4 0 0 0 6 0 16 77 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.18 0.52 6 V 0 -3 -2 -3 -2 -3 -3 -3 -4 1 0 -3 -1 -3 -3 -1 5 -4 -3 3 7 0 0 0 0 0 0 0 0 8 5 0 0 0 0 0 56 0 0 23 0.66 0.52 7 V -1 -3 0 -4 -3 -3 -4 -4 -2 3 -1 -1 -1 5 -4 -3 -2 -1 4 1 6 0 5 0 0 0 0 0 0 26 0 5 0 27 0 0 0 0 18 12 0.56 0.52 8 Q 0 1 1 1 -4 3 3 -3 -2 -4 -4 3 -3 -4 -3 0 1 -4 -3 -3 5 5 6 7 0 18 18 0 0 0 0 25 0 0 0 4 10 0 0 0 0.50 0.52 9 I -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 5 4 -4 0 -1 -4 -4 -2 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 53 47 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.92 0.52 10 L -3 -4 -5 -5 -3 -3 -4 -5 -4 1 4 -4 5 3 -4 -4 -2 -3 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 57 0 19 11 0 0 0 0 0 7 0.78 0.52 11 K 1 2 -2 0 -3 -1 0 -3 2 -2 0 3 2 -3 -3 2 -2 -4 -3 -1 15 11 0 4 0 0 4 0 5 0 11 22 6 0 0 19 0 0 0 4 0.26 0.52 12 A 0 0 -3 -4 -3 -2 -3 -4 -3 3 3 1 4 -1 -4 -3 0 -3 1 0 6 4 0 0 0 0 0 0 0 24 28 13 14 0 0 0 5 0 5 0 0.39 0.52 13 V -3 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -5 -5 7 0 -4 0 -2 -4 -3 0 -4 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 86 0 0 0 0 0 0 7 0 0 6 1.04 0.52 14 S 2 -1 3 -2 -3 3 -1 -2 3 -3 -4 2 -2 -4 -3 0 -2 -4 -3 -1 22 0 19 0 0 18 0 0 10 0 0 19 0 0 0 6 0 0 0 5 0.46 0.52 15 E 4 -2 2 -2 -2 2 0 -2 -3 -1 -2 -2 -2 -4 -3 -1 -1 -4 -3 2 50 0 11 0 0 10 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 23 0.49 0.52 16 F 3 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -3 -1 -2 -1 -3 -2 2 -3 -2 0 -1 6 0 34 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 6 0 0 6 0 40 8 0.68 0.52 17 Y -3 -3 -4 -5 -4 -3 -4 -5 0 -2 -2 -4 -2 5 -5 -3 -3 1 8 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 25 0 0 0 0 75 0 1.57 0.52 18 P -1 -1 -1 -1 -2 1 -1 -2 -2 -2 -2 -1 -2 -2 6 -1 1 -2 -2 -2 3 2 2 2 1 7 2 3 1 2 3 2 1 1 51 3 10 1 1 2 0.92 0.32 19 G -2 -2 4 2 -4 2 3 0 -1 -4 -4 -1 -3 -4 -3 1 -1 -4 -3 -4 0 0 30 8 0 13 26 7 0 0 1 0 0 0 0 13 0 0 0 0 0.60 0.49 20 R 0 3 -1 2 -2 3 0 -2 3 -2 -2 1 -2 -2 -2 -1 -1 -2 1 -2 8 23 1 14 1 16 2 2 7 2 3 6 1 1 2 2 2 0 5 2 0.31 0.35 21 F -4 -4 -5 -5 -4 -4 -5 -5 -3 -1 1 -4 -1 8 -5 -4 -3 5 2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 12 0 0 77 0 0 0 7 4 0 1.36 0.52 22 Q -2 -1 -1 1 -4 2 4 -3 1 -4 -4 3 -3 -4 -3 2 -2 -4 -3 -4 0 0 0 8 0 10 35 0 4 0 0 25 0 0 0 18 0 0 0 0 0.65 0.52 23 P -2 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -4 4 1 -4 3 1 2 -3 -2 -4 -2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 31 10 0 9 8 12 0 0 0 0 30 0.64 0.55 24 D -2 -3 3 5 -4 -2 -1 -3 -2 -3 -4 -2 -3 -4 1 -1 4 -5 -4 -3 0 0 15 38 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 39 0 0 0 0.84 0.55 25 D -2 -1 -1 5 -4 6 2 -3 -1 -4 -4 -1 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -4 1 0 0 39 0 44 11 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.96 0.51 26 L 2 -1 0 2 -3 3 2 -3 1 1 -1 1 1 -3 -3 -1 -2 -4 -3 -2 20 0 4 11 0 15 13 1 4 9 5 12 5 0 0 0 0 0 0 0 0.26 0.51 27 K -2 2 -2 -2 -4 1 -1 0 -2 -4 -4 6 -3 -5 -3 -2 0 -4 -3 -4 0 10 0 0 0 5 0 6 0 0 0 72 0 0 0 0 7 0 0 0 0.93 0.55 28 G 0 -1 -1 -1 -1 -1 -1 0 -1 2 -1 -1 2 1 -1 1 1 -1 -1 1 8 3 2 3 1 2 3 8 1 14 4 3 6 6 3 10 11 1 2 10 0.08 0.28 29 T -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 1 0 1 4 -1 -1 -1 2 -1 -1 2 4 3 2 3 1 2 3 4 1 8 4 9 14 2 3 4 19 1 2 14 0.15 0.28 30 V -1 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 5 2 -4 0 1 -4 -3 -2 -4 -2 4 6 0 0 0 0 0 0 0 0 44 17 0 0 4 0 0 0 0 0 29 0.72 0.54 31 K -1 -2 3 6 -4 1 0 -2 -2 -4 -4 0 -3 -4 -2 -1 0 -4 -3 -3 6 0 14 58 0 6 1 1 0 0 1 5 0 0 0 1 5 0 0 1 0.86 0.49 32 A 1 -3 -2 -3 -2 -2 -2 -3 -2 1 2 -2 -1 -2 -3 2 2 -3 2 0 12 0 0 0 0 0 1 1 0 7 25 1 0 0 0 18 18 0 8 6 0.28 0.49 33 W -4 -4 -5 -6 -4 -3 -4 -4 -4 -4 -3 -5 -3 0 -5 -4 -4 12 1 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 3.42 0.54 34 H -1 -2 2 -2 -4 -1 -2 -3 8 0 -3 -2 -2 -3 -3 0 1 -4 -1 0 6 0 13 0 0 0 0 0 51 5 0 0 0 0 0 8 11 0 0 7 0.87 0.54 35 R -2 0 1 3 -4 -1 4 -3 -2 -3 -2 0 1 -4 -3 0 1 -4 -3 0 0 4 6 16 0 0 39 0 0 0 4 4 4 0 0 4 11 0 0 8 0.48 0.54 36 V -2 -3 -4 -5 -3 -3 -4 -5 -4 4 2 0 5 -2 -4 -3 -2 -4 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 24 21 7 21 0 0 0 0 0 0 28 0.65 0.54 37 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 0 6 -4 1 -1 -4 -4 -3 -3 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.16 0.54 38 A -1 1 -2 -2 -4 4 3 0 1 -1 -4 4 -3 -4 -3 0 -2 -4 -3 -3 4 4 0 0 0 25 18 6 3 5 0 29 0 0 0 7 0 0 0 0 0.54 0.54 39 E -3 -2 1 5 -5 1 4 -3 1 -5 -5 1 -4 -5 0 0 -2 -5 -4 -4 0 0 5 43 0 7 27 0 4 0 0 8 0 0 4 4 0 0 0 0 0.82 0.54 40 Y -1 -3 -3 -1 -4 1 -2 -4 3 -3 -3 -3 1 1 -4 -1 -3 0 8 -3 6 0 0 3 0 7 0 0 8 0 0 0 5 0 0 5 0 0 66 0 1.08 0.54 41 E -2 -2 2 2 -4 -1 4 -1 -2 -4 -4 -2 -3 -5 4 1 -2 -5 -4 -1 0 0 10 13 0 0 30 4 0 0 0 0 0 0 24 13 0 0 0 6 0.65 0.54 42 L -3 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -5 -1 0 1 -4 -1 6 -5 -4 -3 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 15 0 0 36 0 0 0 0 38 7 1.01 0.54 43 E -2 -1 2 2 -5 0 6 -3 -2 -5 -5 1 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 0 0 12 11 0 0 71 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 1.06 0.54 44 E -2 1 -2 2 -4 2 3 -4 1 0 -1 2 -2 -1 -3 -2 0 -4 -3 -1 0 6 0 11 0 9 26 0 3 8 4 18 0 4 0 0 7 0 0 4 0.35 0.54 45 I 1 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -4 2 2 -3 2 -2 -4 -3 0 -4 -3 5 10 0 0 0 0 0 0 0 0 8 16 0 7 0 0 0 5 0 0 54 0.63 0.54 46 M -3 3 -2 -2 -4 3 1 -4 4 -2 0 1 5 -3 -3 -2 -2 -4 -2 -2 0 20 0 0 0 16 11 0 11 0 7 9 25 0 0 0 0 0 0 0 0.57 0.54 47 N 2 1 3 0 -3 2 0 -1 -2 0 -2 1 -2 -4 -3 0 -2 -4 -3 -1 25 7 15 5 0 9 4 3 0 8 4 11 0 0 0 5 0 0 0 4 0.24 0.54 48 N 2 0 7 -1 -4 -1 -2 -2 -1 -4 -4 0 -3 -4 -3 -1 -1 -5 -4 -3 23 5 67 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0.98 0.54 49 L -3 -4 -5 -5 1 -4 -4 -5 -4 2 5 -4 0 -1 -4 -3 0 -3 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 12 74 0 0 0 0 0 6 0 4 0 0.81 0.54 50 T -2 1 -2 -3 -3 0 -2 -4 -3 3 1 3 -1 -2 -3 1 0 -4 0 0 0 8 0 0 0 5 0 0 0 20 17 22 0 0 0 14 4 0 4 6 0.28 0.54 51 D 3 2 2 2 -4 3 -1 -2 -2 -4 -4 2 -3 -4 -3 0 -2 -4 -3 -3 27 11 14 11 0 19 0 0 0 0 0 16 0 0 0 3 0 0 0 0 0.48 0.54 52 Y -3 -3 -2 -4 -4 -2 -3 -4 7 0 -2 -3 -2 4 -4 -3 -3 -1 6 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 36 8 0 0 0 17 0 0 0 0 35 4 1.08 0.54 53 A 1 -4 -4 -5 5 -4 -4 -4 -5 4 1 -4 -1 -2 -4 -3 -2 -4 -3 4 11 0 0 0 14 0 0 0 0 31 7 0 0 0 0 0 0 0 0 37 0.70 0.54 54 K 1 3 -2 -2 -4 1 1 -3 -2 -3 -3 4 -3 -3 -3 1 -2 -4 0 0 12 16 0 0 0 4 11 0 0 0 0 33 0 0 0 11 0 0 4 8 0.45 0.54 55 V 0 2 -2 1 -3 -2 1 -3 -2 -2 0 -2 -2 -3 -3 0 4 -3 1 1 5 12 0 8 0 0 9 0 0 0 9 0 0 0 0 6 33 0 7 11 0.31 0.54 56 N 0 -2 4 1 -3 -1 0 1 -2 -4 -4 1 -3 -4 -3 4 -1 -5 -4 -4 8 0 26 6 0 0 4 10 0 0 0 10 0 0 0 36 0 0 0 0 0.56 0.54 57 K -2 0 -2 -2 -4 1 0 -3 -2 -3 -4 5 -3 -5 4 -2 0 -5 -4 -1 0 0 0 0 0 7 4 0 0 0 0 55 0 0 24 0 6 0 0 5 0.85 0.54 58 F -4 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -5 3 -2 -1 -4 -2 8 -5 -4 -4 0 5 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 76 0 0 0 0 16 0 1.43 0.54 59 P 2 -3 -3 -3 -4 0 -2 -3 -3 -4 -4 -2 -3 -5 7 -2 0 -5 -4 -3 20 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 69 0 5 0 0 0 1.61 0.54 60 P -2 -4 -4 -3 -4 -3 -3 -4 -4 -4 -4 -2 -4 -5 9 -2 -3 -5 -5 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 2.59 0.54 61 T -1 0 -1 -2 -4 -1 -1 1 -3 -4 -4 5 -3 -4 -3 2 2 -4 -3 -3 0 0 0 0 0 0 0 13 0 0 0 51 0 0 0 18 19 0 0 0 0.66 0.54 62 V -2 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -5 -5 5 -1 -4 -1 -2 4 -3 -2 -4 -3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 46 0 0 0 0 20 0 0 0 0 34 0.87 0.54 63 S 4 -3 -2 -3 -2 -2 -2 1 -3 -3 -4 -2 -3 -4 1 4 -1 -4 -3 -2 49 0 0 0 0 0 0 10 0 0 0 0 0 0 7 35 0 0 0 0 0.70 0.54 64 D -3 -2 0 6 -5 2 3 -3 -2 -4 -5 -1 -4 -5 -3 -1 0 -5 -4 -4 0 0 0 61 0 10 22 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 1.10 0.54 65 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 3 4 -4 2 -1 -4 -4 -2 -4 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 18 56 0 4 0 0 0 0 0 0 22 0.79 0.54 66 L -3 0 -4 -5 -3 -3 -4 -5 -4 5 3 -3 3 -2 -4 -4 -2 -4 -3 3 0 5 0 0 0 0 0 0 0 43 26 0 10 0 0 0 0 0 0 16 0.69 0.53 67 K -2 3 -1 -1 -5 2 3 -3 -2 -4 -4 5 -3 -5 -3 -1 -2 -4 -3 -4 0 15 0 0 0 10 23 0 0 0 0 51 0 0 0 0 0 0 0 0 0.84 0.47 K Lambda Standard Ungapped 0.1362 0.3177 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1760 0.3171 PSI Gapped 0.0539 0.2670