Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -2 -3 -4 -5 -3 -2 -3 -4 -3 0 1 -3 9 -1 -4 -3 -2 -3 -2 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 1.51 0.52 2 F -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -4 4 1 -4 -1 6 -5 -4 -3 -2 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 39 8 0 0 44 0 0 0 0 0 10 0.90 0.52 3 D -3 -2 0 6 -5 -1 4 -3 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -4 0 0 0 65 0 0 35 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.28 0.52 4 Q -2 0 -2 -2 -4 7 0 -3 -1 -3 0 0 -1 -4 -3 -2 -2 -3 -3 -3 0 0 0 0 0 90 0 0 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.27 0.52 5 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -3 0 4 -4 0 6 -5 -4 -3 -1 1 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 47 0 0 53 0 0 0 0 0 0 1.06 0.52 6 A 4 -3 -3 -3 2 -2 1 -2 -3 -1 -2 -2 -2 -3 -3 -1 1 -4 -3 3 54 0 0 0 4 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 23 0.54 0.52 7 V -2 -4 -5 -5 -2 -4 -4 -5 -5 6 0 -4 0 -2 -4 -4 -2 -4 -3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 74 0 0 0 0 0 0 0 0 0 26 1.03 0.52 8 F -4 -4 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -3 -1 0 -5 -1 8 -5 -4 -4 0 2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 96 0 0 0 0 0 0 1.63 0.52 9 T 1 -2 0 -2 -2 -2 -2 -3 -3 -2 -3 -2 -2 -4 -2 0 6 -4 -3 -1 10 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 86 0 0 0 1.04 0.52 10 P 0 -3 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -4 -3 0 -3 -3 -4 7 -1 -2 -5 -4 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 0 0 0 72 4 0 0 0 7 1.58 0.52 11 Q 0 -1 -1 -2 -4 6 0 0 -2 -4 -2 1 -2 -4 -3 2 0 -4 -3 -3 5 0 0 0 0 54 0 8 0 0 5 6 0 0 0 19 4 0 0 0 0.69 0.52 12 G -1 -4 -2 -3 -4 -3 -4 7 -3 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -2 -3 -4 -5 -5 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.71 0.52 13 Q -2 -1 2 0 -4 6 2 -3 -1 -1 0 1 -2 -4 -3 -1 0 -4 -3 -3 0 0 9 4 0 47 13 0 0 4 9 10 0 0 0 0 4 0 0 0 0.62 0.52 14 V -2 -4 -5 -5 -2 -4 -4 -5 -5 2 2 -4 0 -2 -4 -3 -2 -4 -3 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 23 0 0 0 0 0 0 0 0 73 0.87 0.52 15 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 1 5 -4 1 1 -4 -4 -2 -3 -2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 74 0 0 4 0 0 0 0 0 17 0.86 0.52 16 Y -3 -3 -4 -5 3 -3 -4 -5 0 -3 -2 -3 -2 4 -4 -3 -3 1 8 -3 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 11 0 0 0 0 82 0 1.56 0.52 17 Q -2 2 -1 -2 -4 5 1 0 2 -4 -4 3 -2 -4 -3 -2 -2 -3 1 -4 0 9 0 0 0 42 8 9 6 0 0 20 0 0 0 0 0 0 5 0 0.69 0.52 18 Y -3 -3 -3 -4 -4 -3 -3 -4 4 -2 -2 -3 -2 5 -5 -3 -3 0 8 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 26 0 0 0 0 65 0 1.42 0.52 19 N 1 -2 7 0 -4 -1 1 -2 -1 -4 -4 -1 -3 -4 -3 -1 -1 -5 -3 -4 17 0 74 0 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.07 0.52 20 C 0 -3 -2 -3 8 -2 -3 -3 -3 -3 -3 -2 -3 -3 5 2 -1 -3 -3 -2 7 0 0 1 40 0 1 1 0 0 1 1 0 0 28 17 1 0 0 1 1.07 0.47 21 L -1 -2 -3 -3 -3 4 -1 -3 -2 -1 4 -2 0 -1 -3 -1 -2 -2 1 -1 5 0 0 0 0 28 1 1 0 0 51 1 0 0 0 5 1 0 5 1 0.49 0.47 22 G -1 -2 2 0 -3 2 -2 5 -2 -4 -4 1 -3 -4 -3 -1 -2 -3 -3 -4 1 0 14 6 0 10 1 56 0 0 1 8 0 0 0 1 1 0 0 1 0.79 0.47 23 K -2 4 -2 -2 -5 0 -1 -3 -2 -4 -4 6 -3 -5 -3 -2 -2 -4 -3 -4 0 20 0 0 0 0 0 0 0 0 0 80 0 0 0 0 0 0 0 0 1.14 0.52 24 K -2 3 2 -2 -5 0 -1 -3 -2 -4 -4 6 -3 -5 -3 -1 -2 -5 -3 -4 0 10 10 0 0 0 0 0 0 0 0 80 0 0 0 0 0 0 0 0 1.06 0.52 25 F -2 -4 -4 -5 -4 -4 -5 -4 -3 1 0 -4 -1 8 -5 -4 -3 -1 1 -1 4 0 0 0 0 0 0 0 0 9 6 0 0 80 0 0 0 0 0 0 1.28 0.52 26 S 3 1 0 -2 -3 0 -2 -2 -2 -3 -2 -1 1 -4 2 3 -1 -4 -3 -2 30 10 4 0 0 4 0 0 0 0 4 0 4 0 9 35 0 0 0 0 0.45 0.52 27 E -2 -2 -2 2 -5 0 6 -4 -2 -4 -2 -1 -3 -4 2 -2 -2 -4 -4 -4 0 0 0 9 0 0 77 0 0 0 4 0 0 0 10 0 0 0 0 0 1.07 0.52 28 I 1 -2 2 -2 -3 2 -1 -1 1 -1 -2 -2 -2 -4 -3 3 2 -4 -3 -1 9 0 10 0 0 14 0 4 4 2 4 0 0 0 0 31 16 0 0 5 0.36 0.52 29 Q -2 -1 -2 -2 -4 7 0 -4 2 1 0 -1 -1 -3 -3 -2 -2 -4 -2 0 0 0 0 0 0 68 0 0 6 10 7 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0.84 0.52 30 I -2 -4 -5 -5 3 -4 -5 -5 -5 6 0 -4 0 1 -4 -4 -2 -4 -2 3 0 0 0 0 7 0 0 0 0 73 0 0 0 7 0 0 0 0 0 13 0.93 0.52 31 N -3 -2 8 0 -4 -1 -2 -2 -1 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -1 -1 -5 -4 -4 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.59 0.52 32 S 3 3 -2 -2 -3 -1 -1 -2 -2 -3 -3 3 -3 -4 -2 3 1 -4 -3 -3 29 21 0 0 0 0 0 0 0 0 0 20 0 0 0 24 6 0 0 0 0.53 0.52 33 F -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -3 -1 1 -4 -1 8 -5 -4 -3 -1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 80 0 0 0 0 0 11 1.29 0.52 34 I -2 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 6 1 -4 0 -2 -4 -4 -2 -4 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 69 8 0 0 0 0 0 0 0 0 23 0.97 0.52 35 S -1 -2 2 0 -3 -1 -1 -2 4 -4 -4 -2 -3 -4 -2 5 0 -4 -2 -3 0 0 12 5 0 0 0 0 14 0 0 0 0 0 0 70 0 0 0 0 0.83 0.52 36 Q -2 -1 2 2 -4 4 2 -3 6 -4 -4 1 -3 -4 -3 -1 0 -4 -2 -4 0 0 9 10 0 24 17 0 27 0 0 8 0 0 0 0 7 0 0 0 0.71 0.52 37 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -3 2 4 -4 0 4 -5 -4 -3 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 60 0 0 22 0 0 0 0 4 0 0.81 0.52 38 I -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 6 3 -4 2 -1 -4 -4 -2 -4 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 70 22 0 4 0 0 0 0 0 0 4 0.94 0.52 39 T 0 -3 1 -2 -2 -2 -2 -2 -3 1 -1 -2 -2 -3 -3 3 4 -4 -3 1 7 0 8 0 0 0 0 0 0 10 4 0 0 0 0 33 31 0 0 8 0.46 0.52 40 S 0 1 -1 1 -3 3 -1 -2 -2 -4 -3 -1 1 -4 -2 5 -1 -4 -3 -3 4 7 0 9 0 16 0 0 0 0 0 0 4 0 0 59 0 0 0 0 0.64 0.52 41 P -2 -3 1 -2 -4 -2 1 -3 -3 -4 -4 -2 -3 -4 8 -2 -2 -4 -4 -3 1 0 10 0 0 0 10 0 0 0 1 0 0 0 75 0 0 0 0 0 1.72 0.48 42 V 2 1 -3 -3 -2 -2 -2 -3 -3 1 -2 -2 -1 -3 1 0 1 -4 -3 3 26 10 0 0 0 0 0 0 0 9 1 0 0 0 8 7 8 0 0 29 0.33 0.48 43 T 0 2 -1 -2 -3 -1 -1 -2 -2 -1 -3 3 -2 -3 0 2 3 -4 -3 -2 8 10 0 0 0 0 0 0 0 4 1 25 0 0 5 17 27 0 0 0 0.41 0.48 44 R -2 2 1 2 -3 1 -1 -2 1 0 -3 4 -2 -3 -2 1 -2 -3 0 -2 1 12 5 15 0 4 1 1 4 8 1 32 0 0 1 10 1 0 4 1 0.36 0.46 45 K -2 1 2 1 -3 -1 1 -3 -2 -2 1 4 -1 -3 -2 -2 -2 -3 -3 -1 1 4 12 10 0 0 11 1 0 1 20 32 0 0 1 1 1 0 0 5 0.32 0.46 46 E -2 -2 2 4 -3 -1 4 -1 2 -3 -3 -1 -3 -4 -2 1 1 -4 -3 -3 1 1 8 26 0 0 30 5 5 1 1 1 0 0 1 10 9 0 0 1 0.53 0.46 47 S 1 -2 -1 4 -3 -2 -1 0 -2 -3 -4 -2 -3 -4 -2 4 1 -4 -3 -3 10 0 0 29 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 44 9 0 0 0 0.62 0.49 48 V -2 -2 -2 1 -2 -2 -2 -3 -2 3 -1 -1 -1 1 -2 0 1 -2 1 3 1 1 1 10 0 1 1 1 0 20 1 5 0 8 1 10 9 0 5 25 0.24 0.44 49 A 3 -2 0 3 -2 -1 -1 1 1 -3 -3 0 -2 0 -2 0 0 -3 -2 -2 30 1 5 20 0 1 1 13 4 1 1 5 0 4 1 6 5 0 0 1 0.31 0.44 50 N -1 -1 3 2 -3 -1 -1 0 -2 -3 -3 2 -2 -3 -2 2 3 -3 -3 -2 1 1 19 10 0 1 1 5 0 1 1 14 0 1 1 13 28 0 0 1 0.41 0.44 51 A 0 -1 0 -2 -3 -1 1 -1 -1 -1 -2 2 -2 -1 -2 1 -1 -2 4 0 9 1 5 1 0 1 10 5 0 4 1 16 0 1 1 15 1 0 19 8 0.23 0.44 52 N -2 0 5 0 -3 -1 -2 -2 3 -3 -1 0 -2 1 0 0 -2 -3 1 -3 1 5 37 5 0 0 1 1 10 1 9 6 0 8 4 8 1 0 4 1 0.41 0.46 53 T -1 -2 1 -2 -2 -2 -2 -2 1 -1 0 -2 -1 -2 -2 2 4 -2 2 1 1 1 8 1 0 0 1 1 4 1 10 1 0 0 1 19 29 0 10 13 0.32 0.46 54 D -2 -2 0 3 -2 -2 -2 1 -2 2 1 -2 -1 -2 -2 0 2 -3 -2 1 1 1 3 20 0 1 1 13 0 12 15 1 0 1 1 5 14 0 1 9 0.21 0.43 55 G -1 -2 2 -2 -2 -2 -2 3 -2 -2 -1 -2 -2 0 -2 3 0 -3 -2 1 1 1 14 1 0 0 1 22 0 1 5 1 0 4 1 32 4 0 0 12 0.34 0.46 56 F 1 -2 1 0 -3 -1 0 -1 3 0 -2 1 -2 1 -2 1 -1 -3 -2 2 10 1 8 5 0 0 4 5 8 6 1 11 0 8 1 14 1 0 0 17 0.14 0.46 57 D -2 -2 1 3 -3 -2 -1 -3 -2 -1 -3 1 -2 -2 -3 1 3 -3 2 0 0 0 8 21 0 0 0 0 0 4 0 11 0 0 0 13 25 0 11 8 0.38 0.52 58 F -2 -3 0 -3 -3 1 -3 0 -3 1 0 -3 -1 5 0 0 -1 -2 0 1 0 0 4 0 0 8 0 8 0 9 6 0 0 36 5 8 4 0 0 9 0.35 0.50 59 N -2 -1 3 -2 -3 -1 0 -1 -2 -1 0 2 -2 -3 2 2 1 -4 -3 -2 1 0 16 0 0 0 5 5 0 5 10 17 0 0 12 17 10 0 0 0 0.27 0.48 60 L 1 -2 -2 -3 -3 -2 -2 -1 -2 0 1 1 -1 1 -3 1 0 -2 4 0 12 0 0 0 0 0 0 4 0 5 15 10 0 6 0 12 7 0 19 7 0.22 0.48 61 L 0 -1 1 -2 -3 0 -1 -2 -2 -2 1 2 -2 -2 0 3 1 -3 0 -1 4 0 5 0 0 4 0 1 0 0 15 20 0 0 4 26 10 0 4 4 0.23 0.48 62 T 1 -2 -1 -2 2 -2 -2 1 -2 -3 -1 0 -2 -3 -2 4 3 -3 -3 -2 8 0 0 0 4 0 0 9 0 0 7 4 0 0 0 41 22 0 0 0 0.44 0.48 63 I -1 4 -2 2 -3 -1 -1 -3 -2 0 -1 1 -2 -3 -3 0 -2 -4 -3 2 5 28 0 16 0 0 0 1 0 5 5 9 0 0 0 9 0 0 0 19 0.33 0.48 64 N -2 -2 4 3 -3 -2 -1 3 -2 -4 -4 0 -3 -4 3 1 -2 -4 -3 -4 1 0 27 16 0 0 0 22 0 0 1 4 0 0 13 12 0 0 0 0 0.59 0.48 65 F -2 -3 -2 -3 -3 -3 -3 -3 -2 -2 -1 -3 -1 7 -3 1 0 0 3 -2 1 1 1 1 0 1 1 1 0 1 2 1 0 59 1 12 6 0 10 1 0.81 0.43 66 N 0 -2 1 -2 6 -2 -2 -2 2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 2 3 -3 0 -2 7 1 6 1 23 1 1 1 7 1 2 1 0 1 1 23 20 0 3 1 0.50 0.43 67 A 3 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -1 -2 -2 -2 0 -2 2 1 -2 1 2 35 1 1 1 0 1 1 1 0 1 2 1 0 5 1 17 11 0 5 16 0.31 0.43 68 L 0 -2 -3 -3 -2 -2 -3 -3 -3 1 2 1 7 -1 -3 -2 -2 -3 -2 -1 7 0 0 0 0 0 1 1 0 8 13 10 55 0 0 1 1 0 0 1 0.72 0.47 69 F -3 -3 -3 -4 2 -3 -3 -4 -1 -2 -1 -3 -1 7 -4 -1 -3 0 5 -2 1 0 0 0 6 0 1 1 0 0 1 1 0 57 0 6 1 0 23 1 1.02 0.47 70 Y -2 1 -1 -3 -3 -1 -2 -3 7 -3 -3 -2 -2 1 -3 -2 1 -1 5 -3 1 8 0 0 0 0 1 1 44 0 1 1 0 6 0 1 10 0 24 1 0.91 0.47 71 L -2 -2 -3 -2 -3 -1 3 -3 -3 3 0 2 -1 -2 -3 -2 -2 -3 -2 3 1 0 0 0 0 0 24 1 0 19 8 14 0 0 0 1 1 0 0 29 0.37 0.47 72 N 0 -2 4 -1 -2 -1 -2 0 -2 -3 -3 -2 -2 -3 -2 3 3 -4 -3 -2 4 0 25 0 0 0 1 7 0 0 1 1 0 0 0 31 27 0 0 1 0.56 0.47 73 K -2 2 -1 1 -4 0 0 -3 -2 -4 -3 6 -2 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 1 8 0 10 0 0 1 1 0 0 1 74 0 0 0 1 1 0 0 1 0.89 0.47 74 Q 0 1 2 -1 -4 7 2 -3 -1 -4 -4 0 -2 -5 -3 -1 -2 -4 -3 -4 7 8 9 0 0 66 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.96 0.52 75 P -2 -3 -3 -3 -4 -3 -2 -4 -4 -4 -4 -2 -4 -5 8 -2 0 -5 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 93 0 7 0 0 0 2.31 0.52 76 E -2 1 2 -1 -4 0 5 -3 3 -4 -1 -1 -3 -4 1 1 -2 -4 -3 -4 0 7 9 0 0 0 52 0 9 0 7 0 0 0 6 10 0 0 0 0 0.64 0.52 77 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 3 5 -4 1 1 -4 -4 -3 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 17 72 0 0 4 0 0 0 0 7 0 0.85 0.52 78 Y -3 -3 -4 -5 -4 -3 -4 -5 0 -1 -2 -4 -2 4 -4 -3 -3 0 8 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 17 0 0 0 0 68 15 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25 55 0 0 5 0 0 0 0 0 4 0.64 0.46 141 K 0 -2 1 0 -3 -1 2 -3 -2 -2 -1 1 -2 1 -3 3 -1 -4 -2 1 5 0 6 3 0 0 16 0 0 0 7 12 0 8 0 27 0 0 0 16 0.23 0.46 142 K -2 1 -1 -2 -4 2 0 -3 -2 -4 -4 6 -2 -4 -2 -1 1 -4 -3 -3 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 83 0 0 0 0 10 0 0 0 0.98 0.46 143 F -4 -4 -4 -5 -4 -4 -5 -5 -2 -1 -1 -4 -1 8 -5 -4 -3 0 3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 94 0 0 0 0 6 0 1.57 0.46 144 E -3 -2 0 6 -5 -1 3 1 -2 -5 -5 0 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 0 0 0 67 0 0 18 10 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 1.09 0.46 145 Q -2 2 1 -1 -4 4 2 -3 -1 -4 -4 4 -2 -4 -2 0 0 -4 -3 -3 0 10 6 0 0 25 11 0 0 0 0 38 0 0 0 5 5 0 0 0 0.66 0.46 146 Y -3 -3 -3 -4 -4 -3 -3 -4 1 -3 -2 -3 -2 3 -4 -3 -3 1 9 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 93 0 1.68 0.46 147 F -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -3 0 4 -4 0 6 -5 -4 -3 -1 1 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 46 0 0 54 0 0 0 0 0 0 1.01 0.46 K Lambda Standard Ungapped 0.1348 0.3192 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1712 0.3175 PSI Gapped 0.0524 0.2670