Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 S 3 -4 0 -3 -3 -3 -3 -3 -4 -4 -5 -3 -4 -5 -4 5 4 -5 -4 -3 28 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 43 25 0 0 0 0.99 1.25 2 D -1 0 3 4 -6 2 4 -2 -1 -5 -6 -1 -4 -6 -1 -1 -3 -6 -5 -4 6 5 13 21 0 8 31 3 1 0 0 3 0 0 3 4 1 0 0 1 0.73 1.44 3 K -1 0 6 3 -6 -2 1 -1 -2 -4 -5 1 -2 -6 -1 1 -2 -6 -3 -5 4 5 35 16 0 1 8 3 0 1 0 10 1 0 3 8 2 0 1 0 0.74 1.55 4 L -3 -3 -5 -5 -4 -4 -5 -6 -4 4 4 -4 5 0 -3 -3 -2 -5 0 0 1 1 0 1 0 0 0 0 0 20 46 1 14 3 1 3 1 0 3 3 0.91 1.60 5 E -1 -1 2 5 -6 0 4 -1 -1 -5 -6 1 -5 -6 -2 1 -2 -7 -5 -4 4 4 11 27 0 3 24 5 1 1 0 7 0 0 1 10 2 0 0 1 0.71 1.69 6 L 1 1 -3 -2 -3 -1 -2 -2 -1 -1 3 -1 3 1 2 -1 -2 -2 -2 0 11 7 1 2 0 2 2 3 1 3 24 3 8 5 10 6 3 1 1 7 0.24 1.70 7 L -4 -6 -6 -7 -5 -5 -6 -7 -4 4 4 -4 0 3 -5 -5 -4 -1 -1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 26 47 1 2 10 0 1 0 1 2 10 1.06 1.72 8 L -1 1 -1 2 -4 0 0 -1 0 -3 2 0 5 0 -4 0 -3 -2 -1 -3 4 7 3 14 0 4 6 5 2 0 21 5 14 3 0 6 1 1 3 1 0.32 1.73 9 D -2 0 2 6 -6 1 1 -1 0 -5 -6 0 -4 -6 -3 0 -2 -7 -5 -6 3 5 11 47 0 7 8 4 2 0 0 5 0 0 1 5 1 0 0 0 0.98 1.71 10 I -1 -4 -6 -6 -3 -5 -6 -5 -4 5 2 -5 1 -2 -6 -2 -1 -6 -4 4 5 1 0 0 0 0 0 0 0 29 20 0 2 1 0 3 4 0 0 34 0.93 1.75 11 P -2 -1 -1 0 -4 0 2 -4 -2 -5 -5 0 -3 -5 7 -1 -2 -3 -4 -5 3 3 3 5 0 5 13 1 1 0 1 6 1 1 51 4 2 0 0 1 1.20 1.78 12 L -3 -6 -6 -6 -1 -3 -6 -6 -3 3 3 -5 2 -2 -6 -5 -3 -6 -4 6 2 0 0 0 1 1 0 0 1 16 24 0 5 1 0 0 1 0 0 49 1.12 1.77 13 K 0 1 1 3 -4 2 3 -3 -1 -4 -4 1 -3 -5 2 -1 2 -6 -4 -3 6 6 6 13 0 8 18 1 2 1 1 8 0 0 11 4 12 0 0 2 0.42 1.80 14 V -3 -6 -6 -6 -2 -5 -6 -5 -6 4 4 -6 2 -1 -6 -4 -3 -5 -4 4 2 0 0 0 1 0 0 1 0 21 37 0 5 2 0 1 1 0 0 30 1.03 1.78 15 T -1 0 -1 0 -3 0 1 -3 -1 -2 -3 1 -2 -3 -5 3 4 -1 -3 0 3 4 3 4 0 5 10 1 2 2 1 8 1 1 0 19 25 1 1 8 0.40 1.82 16 V 2 -6 -6 -6 -1 -5 -6 -4 -6 2 0 -5 0 4 -4 -3 -2 -5 -2 5 21 0 0 0 1 0 0 1 0 12 6 0 2 16 1 1 1 0 1 37 0.84 1.83 17 E -3 1 -3 -1 -2 0 6 -5 -3 0 -2 -2 -1 -4 -4 -2 -2 -6 -3 3 1 8 1 2 1 4 46 0 0 5 4 2 1 0 0 2 2 0 1 18 0.79 1.83 18 L -3 -6 -6 -7 1 -4 -6 -7 -6 2 5 -6 0 0 -6 -5 -4 -2 -3 2 1 0 0 0 3 1 0 0 0 11 62 0 1 3 0 1 1 1 1 14 1.15 1.84 19 G 0 -4 -3 0 -2 -2 -3 7 -1 -5 -5 -4 -6 -4 -2 -2 -3 -6 -4 -5 8 1 1 4 1 2 2 72 1 0 1 0 0 1 2 2 1 0 0 1 1.45 1.88 20 R -2 5 -1 -1 -3 1 1 -3 0 -4 -5 2 -5 -5 -3 2 2 -6 -3 -4 2 36 2 3 1 5 8 2 2 1 0 9 0 0 1 14 12 0 1 1 0.72 1.89 21 T 1 0 -2 -5 0 -1 -3 -4 -1 -1 -1 0 -1 -2 -3 1 4 -1 -3 0 13 5 1 0 2 3 1 1 2 3 6 7 2 2 1 10 29 1 1 7 0.34 1.89 22 R -2 3 0 -1 -1 1 2 -4 0 -3 -4 3 -2 -4 -2 0 1 -3 -2 -1 2 17 4 3 2 6 11 1 2 1 1 16 1 1 2 8 10 0 1 5 0.31 1.86 23 M -3 -1 -5 -5 -2 -3 -4 -5 -3 4 3 0 6 -2 -3 -4 -3 -2 -3 1 1 3 0 1 1 1 1 1 0 21 23 6 20 1 1 1 1 0 1 10 0.67 1.80 24 T -2 -1 -1 -1 -5 -1 -2 -4 -3 -3 -2 0 -1 -4 4 2 4 -6 -3 -3 3 4 3 3 0 2 2 1 1 1 5 6 2 1 17 18 25 0 1 2 0.47 1.80 25 L -3 -6 -6 -6 -4 -5 -6 -4 -6 4 4 -4 0 0 -4 -4 -3 0 -2 4 2 0 0 0 0 0 0 1 0 23 35 1 2 3 1 1 1 1 1 24 0.80 1.75 26 K 1 2 0 -1 -3 1 1 2 2 -4 -4 3 -3 -4 -4 0 -3 -2 -2 -4 10 12 5 3 1 5 10 14 4 1 2 15 1 1 1 8 1 1 1 1 0.27 1.79 27 R -3 -1 0 5 -6 2 5 -2 -1 -6 -5 -1 -2 -4 -5 -2 -2 -6 -3 -6 2 3 4 28 0 10 35 3 1 0 1 2 1 1 0 2 3 0 1 0 0.87 1.79 28 V -2 -6 -3 -6 -5 -5 -4 -6 -6 3 5 -6 0 3 -6 -5 -3 -5 -2 1 3 0 1 0 0 0 1 0 0 17 47 0 2 11 0 0 1 0 1 10 0.87 1.79 29 L -1 0 -3 -3 -2 -1 -1 -4 -3 0 4 -3 4 0 -4 -2 -2 -5 -2 -1 5 5 1 2 1 3 4 1 1 4 44 2 9 3 1 3 2 0 1 2 0.48 1.79 30 E 0 1 2 1 -1 3 2 0 0 -3 -4 1 -1 -3 -5 1 0 -6 -2 -3 7 7 10 7 2 12 11 6 2 1 1 8 2 1 0 9 5 0 1 2 0.22 1.81 31 M -2 -5 -6 -6 1 -5 -6 -6 -5 2 5 -5 4 1 -6 -5 -1 3 0 0 4 0 0 0 3 0 0 0 0 9 48 0 9 6 0 0 3 4 3 6 0.83 1.74 32 I 0 0 1 1 0 2 0 2 1 -2 -5 1 -1 -2 -2 0 1 -6 -1 -2 7 5 5 7 2 8 7 16 4 3 0 7 2 2 2 7 8 0 2 2 0.14 1.74 33 H 0 0 -1 -2 -1 2 3 -3 0 -1 -3 0 -1 -2 3 -1 0 -6 -2 0 8 4 3 2 2 10 16 2 2 4 2 6 2 2 17 3 6 0 2 6 0.28 1.74 34 G -2 -2 -1 0 -6 -1 -2 6 0 -6 -6 -2 -1 -6 -5 -1 -2 -6 -2 -6 2 2 3 4 0 2 2 70 2 0 0 3 2 0 0 4 2 0 2 0 1.32 1.64 35 S 0 -2 -1 4 -2 2 -1 -2 1 -3 -4 -1 0 -3 -4 3 1 -6 -1 -3 8 2 1 24 1 9 2 3 3 1 2 3 2 1 0 27 7 0 2 1 0.53 1.62 36 I -2 -1 -5 -4 -1 -3 -4 -5 -2 4 0 -3 0 -2 -6 -3 0 -6 -2 6 2 3 0 1 1 1 1 1 1 22 6 1 2 1 0 1 4 0 1 51 0.93 1.62 37 I -3 -2 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -2 6 3 -3 0 2 -6 -5 -4 -5 -1 3 1 2 0 0 0 0 0 0 1 41 25 1 2 7 0 0 0 0 2 17 0.98 1.60 38 E 0 0 -2 1 -3 1 4 -3 -1 -2 -4 -1 0 -4 4 -1 0 -6 -4 -1 9 4 2 6 1 5 28 1 1 3 1 4 2 1 17 5 6 0 1 5 0.48 1.74 39 L -3 -5 -6 -7 0 -5 -6 -5 -6 0 6 -6 0 0 -6 -4 -2 1 -4 0 1 0 0 0 2 0 0 1 0 4 77 0 1 3 0 1 2 2 0 5 1.32 1.76 40 D -2 -2 3 6 -3 0 1 0 -1 -6 -4 -1 -3 -6 0 -1 1 -6 -5 -5 4 2 13 39 1 3 9 6 1 0 1 3 1 0 5 4 7 0 0 1 0.77 1.73 41 K -1 3 -1 0 -1 2 -1 0 0 -2 -3 3 -3 -4 0 0 1 -1 -5 -2 5 18 2 4 1 9 4 7 2 2 2 20 1 1 4 6 8 1 0 3 0.34 1.71 42 L -1 2 0 0 -2 0 -1 -1 1 -2 1 1 0 -2 2 1 -1 -3 -1 -2 4 9 5 5 1 5 4 5 4 2 14 9 2 2 8 9 4 0 2 3 0.09 1.73 43 T 4 -4 -3 -2 0 -2 -3 -3 -2 2 -1 -1 0 -2 0 -1 0 -2 -1 2 31 1 1 2 2 2 2 1 1 11 7 4 2 2 5 3 5 1 2 17 0.37 1.75 44 G 0 0 1 2 -5 0 1 2 1 -1 -2 -1 -4 -5 2 0 0 -6 -1 -2 7 5 7 13 0 3 10 13 3 3 4 3 0 0 9 8 5 0 3 3 0.21 1.87 45 E -1 0 1 3 1 1 3 1 2 -5 -2 0 -4 -1 -1 0 -1 -5 0 -2 4 5 5 15 3 5 18 10 5 0 4 5 0 3 4 6 4 0 3 3 0.26 1.90 46 P 0 -1 0 0 1 0 1 0 1 -2 -2 0 1 -1 4 -1 -1 -5 0 -2 6 4 5 5 3 3 9 6 4 3 4 5 3 3 23 4 4 0 3 3 0.29 1.89 47 V 0 -5 -6 -6 -1 -5 -5 -4 -2 3 3 -5 1 -1 -5 -3 -2 -5 -2 5 9 0 0 0 1 0 0 1 1 13 23 0 3 3 0 2 2 0 1 39 0.79 1.65 48 D -2 1 0 4 -5 -1 3 -2 -1 -2 -2 0 -1 -4 -2 -1 1 0 -3 -2 3 7 5 26 0 2 16 3 1 2 5 6 1 1 2 5 9 1 1 3 0.40 1.65 49 I -2 -6 -6 -6 -1 -5 -6 -4 -6 5 3 -6 1 -2 -6 -4 -2 -5 -2 3 3 0 0 0 1 0 0 1 0 35 31 0 3 1 0 1 1 0 1 21 1.00 1.68 50 L -2 1 -2 -2 2 -1 -2 -6 1 0 1 1 1 2 -5 -2 -1 1 5 1 2 7 2 2 5 3 3 0 3 6 11 10 3 7 0 3 4 2 18 9 0.33 1.63 51 V 0 -2 -5 -6 3 -5 -5 -3 1 3 0 -2 0 1 -5 -1 -1 2 1 4 9 2 0 0 5 0 0 2 4 14 7 2 2 5 0 4 3 2 4 34 0.53 1.63 52 N 0 -1 5 1 1 0 0 3 2 -6 -3 0 0 -5 -5 -1 -4 -6 0 -5 7 3 30 7 3 4 7 19 4 0 3 5 2 0 0 3 0 0 3 0 0.61 1.63 53 G -2 -2 3 3 -6 -1 1 5 0 -6 -6 -1 -1 -6 -2 -1 -2 -6 -5 -6 2 2 12 17 0 3 7 42 2 0 0 3 2 0 2 3 2 0 0 0 0.84 1.56 54 K -2 4 -1 -3 -1 3 0 -5 1 0 -2 3 0 -2 -5 -2 -1 0 0 1 2 19 2 1 1 12 6 0 4 5 3 21 2 2 0 3 4 1 3 9 0.42 1.62 55 L -2 0 -3 -3 -1 -1 -2 -5 0 -1 2 1 0 -3 4 -2 -1 -1 -2 1 3 5 1 1 1 3 3 1 2 3 24 10 2 1 23 2 4 1 1 8 0.44 1.57 56 I -3 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -5 -1 4 1 3 2 1 -5 -3 -2 1 -1 3 2 2 0 0 1 0 0 1 1 28 11 21 4 5 0 1 2 2 2 18 0.63 1.57 57 A 4 -5 -5 -5 -1 -5 -5 2 -2 -3 -3 -5 -1 5 -5 -2 -3 -4 2 -3 39 0 0 0 1 0 0 18 1 1 1 0 2 27 0 1 1 0 7 1 0.94 1.57 58 R -3 4 -2 -2 -2 1 -1 -3 2 -2 -1 3 0 -1 -5 -1 1 2 2 -3 1 23 2 2 1 5 4 1 5 3 7 18 2 2 0 4 7 3 6 2 0.42 1.57 59 G 3 -5 -4 -5 2 -5 -5 6 -5 -3 -6 -4 -5 -6 -5 -2 -2 -6 -6 -2 21 0 0 0 5 0 0 66 0 1 0 0 0 0 0 2 2 0 0 4 1.41 1.57 60 E -3 1 -2 -1 -6 3 5 -5 0 -3 -2 1 -2 -4 -4 -1 -1 -3 -2 -2 2 8 1 2 0 13 43 0 2 2 4 9 1 0 1 3 3 0 1 4 0.74 1.60 61 V -1 -5 -6 -6 -5 -4 -5 -4 -6 2 3 -5 1 -1 4 -3 -3 -5 -1 3 5 0 0 0 0 1 0 1 0 11 28 0 3 3 22 1 1 0 2 22 0.76 1.60 62 V -3 -4 -4 -5 -1 -3 -2 5 -5 0 -2 -4 -1 -3 -5 -4 -2 -6 -3 5 1 0 0 0 1 1 3 42 0 5 3 0 2 1 0 0 2 0 1 38 0.96 1.60 63 V 0 1 -2 -1 -2 1 0 -5 -3 1 -1 1 -1 -3 -5 -1 1 -2 -3 4 7 7 2 3 1 6 7 0 1 9 6 7 1 1 0 3 8 1 1 31 0.35 1.60 64 I -1 0 -2 -2 0 -2 -2 -5 0 3 1 -1 1 -1 -5 0 -2 -2 0 4 4 5 2 2 2 1 2 1 3 19 10 4 3 3 0 7 2 0 3 28 0.39 1.60 65 D -2 -1 3 4 -3 -1 2 4 0 -6 -6 1 -5 -6 -4 -2 -3 -6 -4 -6 2 4 16 22 1 2 12 26 2 0 0 10 0 0 1 2 1 0 0 0 0.77 1.60 66 E -2 -2 2 4 -6 -1 3 3 -2 -5 -6 1 -5 -4 -4 -1 -3 -6 -5 -5 2 2 9 24 0 1 19 25 1 1 0 10 0 1 1 3 1 0 0 1 0.75 1.61 67 N -3 4 4 -2 -4 1 -1 -3 4 -5 -4 4 -3 -3 -5 -1 -1 -6 -2 -4 1 23 21 1 0 7 3 1 9 0 1 22 1 1 0 5 3 0 1 1 0.76 1.62 68 F -3 0 -3 -6 -5 -3 -5 -6 -2 1 3 0 3 4 -4 -4 -3 -2 4 0 1 5 1 0 0 1 0 0 1 8 30 6 6 19 1 1 1 0 13 6 0.69 1.63 69 G 5 -4 -3 -5 -1 -4 -4 5 -3 -4 -4 -4 -3 -4 -5 -1 -3 -3 -4 -3 47 1 0 0 1 0 0 41 0 0 1 0 0 1 0 3 1 0 0 1 1.18 1.63 70 V -2 -6 -6 -6 -2 -4 -6 -5 -6 4 1 -5 -1 -1 -6 -5 -3 -6 -4 6 3 0 0 0 1 0 0 1 0 21 12 0 1 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