Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 G -2 -5 -3 -4 -5 -4 -5 7 -5 -7 -6 -4 -5 -6 -5 -3 -4 -5 -6 -6 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.23 1.25 2 K 3 2 -1 -2 -5 1 -1 -2 -1 -4 -5 4 -4 -6 -3 2 0 -6 -5 -4 25 12 3 2 0 5 2 2 1 0 0 28 0 0 0 13 6 0 0 1 0.61 1.44 3 F -4 -4 -5 -6 -3 -5 -6 -3 2 -3 -2 -5 -1 8 -6 -4 -3 3 3 -1 1 0 0 0 0 0 0 2 6 0 2 1 1 71 0 1 1 4 6 3 1.72 1.49 4 P 0 -2 -3 -4 -3 -3 -4 -3 -2 -5 -3 0 -4 -5 8 -2 -3 -6 -5 -4 9 2 1 0 1 0 0 1 1 0 2 6 0 0 73 2 1 0 0 1 1.88 1.49 5 L -3 -6 -6 -7 -4 -5 -6 -7 -6 3 4 -6 0 -1 -6 -5 -4 -5 -4 4 1 0 0 0 0 0 0 0 0 18 47 0 1 1 0 0 0 0 0 32 1.17 1.56 6 P -2 -5 -5 -5 -2 -4 -4 -5 -5 -5 -6 -4 -5 -7 9 -3 -3 -7 -6 -2 4 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 90 1 1 0 0 3 2.63 1.62 7 V -3 -6 -6 -6 -4 -6 -6 -7 -6 5 1 -6 0 -4 -6 -5 -2 -6 -4 6 1 0 0 0 0 0 0 0 0 33 8 0 1 0 0 0 1 0 0 55 1.42 1.68 8 E -3 -3 -3 -1 -7 0 8 -5 -3 -7 -6 -2 -5 -7 -4 -2 -4 -6 -5 -6 2 0 0 2 0 1 94 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 2.11 1.75 9 V -3 -6 -6 -7 0 -6 -6 -7 -7 3 -1 -6 -1 -3 -6 -5 -2 -6 -5 7 1 0 0 0 2 0 0 0 0 17 3 0 1 1 0 0 1 0 0 74 1.60 1.84 10 I -1 -5 0 -1 -3 -3 -3 -5 0 5 2 -4 0 -1 -5 -3 -1 -6 -3 3 4 0 5 4 1 1 1 0 2 30 17 0 2 2 0 2 4 0 1 22 0.63 1.91 11 P -2 -1 -4 -3 -6 0 -3 -4 -3 -5 -5 -1 -4 -7 8 -3 -2 -3 -6 -4 2 3 0 1 0 5 1 1 1 1 1 4 0 0 76 2 2 1 0 1 2.08 1.91 12 M -2 -4 -3 -2 -3 -1 -2 -3 -2 -1 -1 -3 6 7 -4 -3 -3 -1 3 -2 3 1 1 3 0 3 3 2 1 3 3 1 20 43 1 2 1 1 8 2 1.11 1.92 13 A 5 -4 -2 -5 2 -4 -4 4 -5 -5 -4 -4 -2 -3 -5 1 -3 -2 -3 -3 49 1 2 0 4 0 1 30 0 0 1 0 1 1 0 8 1 1 1 1 1.08 1.92 14 R 0 3 -4 -6 0 -2 -3 -4 2 -2 1 -2 0 -1 -6 0 -3 8 4 -2 9 16 1 0 2 2 2 1 5 2 11 2 2 2 0 7 2 18 13 3 0.72 1.94 15 S 2 1 0 -2 -5 1 1 -1 0 -3 -3 1 0 -4 1 2 1 -1 -3 0 14 8 3 2 0 7 10 5 2 1 2 9 2 1 6 13 7 1 1 6 0.21 1.94 16 A 1 0 -2 -3 -2 2 -3 -4 3 -2 0 0 0 0 1 0 0 2 3 -1 12 5 1 1 1 10 1 1 8 2 10 6 2 3 8 7 5 2 10 5 0.25 1.95 17 V -2 -5 -2 -6 -1 -3 -4 -6 -2 2 0 -5 -1 -3 -4 -3 4 -6 -5 5 3 0 2 0 1 1 1 0 1 9 9 0 1 1 1 1 22 0 0 47 0.94 1.95 18 A 2 0 -3 -3 0 0 0 -3 -2 0 2 0 2 1 -5 0 -1 -1 -2 -2 20 5 1 1 2 5 6 2 1 6 17 6 5 6 0 7 4 1 1 3 0.21 1.93 19 R -1 5 1 -1 -2 1 1 -2 2 -3 -3 2 -2 -3 -3 -2 -2 -1 -2 -3 5 32 6 4 1 6 8 3 4 1 3 12 1 1 1 3 3 1 1 1 0.50 1.92 20 Q 1 3 0 -2 0 2 2 -2 0 -2 -2 2 0 -3 -1 -1 0 0 -2 -2 10 18 4 2 2 8 11 4 2 2 4 11 2 1 3 4 5 1 2 2 0.25 1.92 21 L -2 -2 -6 -6 -5 -5 -6 -6 -6 4 5 -5 1 2 -6 -5 -2 1 -4 1 3 2 0 0 0 0 0 0 0 22 47 0 3 8 0 0 3 2 0 9 0.98 1.91 22 V 0 1 -1 -1 1 1 3 -2 1 -1 -2 1 0 -1 -1 -1 -1 2 -1 0 9 8 3 3 3 5 18 3 4 4 4 9 3 3 3 4 4 2 3 7 0.16 2.04 23 K -1 0 1 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 0 0 -5 1 0 6 6 5 6 5 5 6 6 5 6 6 6 5 5 0 6 6 0 5 6 0.11 1.89 24 L -2 -1 -3 -1 -3 -1 -2 -5 -1 0 4 0 3 1 -5 -3 -3 -2 0 -1 4 3 1 4 1 2 2 0 2 5 47 7 8 5 0 1 1 1 3 4 0.60 1.89 25 G -2 -3 0 -1 -2 -2 -4 7 -2 -5 -5 -3 -5 -4 -3 -1 -3 -6 -4 -5 2 2 3 4 1 2 1 74 1 1 1 1 0 1 1 3 1 0 1 1 1.47 1.86 26 G 2 -2 -4 -3 3 -3 -4 5 -3 -1 0 -4 -2 0 -3 -2 -3 -1 2 -2 14 2 1 1 6 1 1 40 0 3 9 1 1 3 1 3 1 1 8 3 0.63 1.86 27 R -1 2 1 1 -4 2 2 -4 2 -2 -3 3 -3 -4 -2 -1 1 -3 -4 -1 5 10 7 6 0 9 13 1 5 2 2 17 1 1 2 5 7 0 0 5 0.33 1.87 28 P 2 -5 -4 -4 -1 -3 -3 0 -2 0 -3 -3 -2 -3 6 -2 -2 -1 -2 1 15 0 0 1 1 1 1 7 1 5 2 1 1 1 45 2 2 1 2 11 0.98 1.81 29 E -1 1 -1 -2 -3 0 3 -4 -2 -1 -3 2 -2 -4 -4 1 2 -3 -4 2 5 6 2 2 1 4 17 1 1 3 2 11 1 1 0 10 14 0 0 17 0.32 1.80 30 Y -3 -4 -4 -2 -2 -3 -2 -4 -3 2 5 -3 1 2 -1 -4 -3 3 1 0 1 1 1 2 1 1 3 1 1 9 48 1 3 7 3 1 1 3 5 7 0.68 1.80 31 R -5 8 -2 -2 -7 -2 -2 -3 -4 -6 -5 -1 -5 -4 -2 -3 -4 -6 -3 -6 0 86 1 2 0 1 1 2 0 0 1 1 0 1 2 1 1 0 1 0 1.99 1.80 32 Q -2 0 -1 1 -3 3 3 0 -1 -2 -1 1 5 -4 -3 -1 -1 -5 -3 -3 2 5 3 7 1 12 17 6 2 2 7 8 16 1 1 4 4 0 1 1 0.40 1.77 33 G 1 -1 2 0 -5 -2 -3 3 -2 -3 -4 0 -3 -4 5 -1 -2 -6 -3 -4 10 3 9 5 0 1 1 22 1 1 2 7 1 1 29 3 2 0 1 1 0.67 1.66 34 V -1 -5 -4 -6 2 -3 -4 -6 -2 -1 1 -1 -1 5 -2 -3 -2 -1 4 4 4 0 1 0 4 1 1 0 1 2 12 4 1 24 2 1 2 1 12 27 0.72 1.67 35 V -2 1 -3 -5 -1 -2 -3 -5 -1 4 0 0 0 -1 -3 -3 0 -1 -2 4 3 7 1 0 1 1 1 0 2 22 8 7 2 3 1 1 6 1 1 32 0.55 1.62 36 T -1 -2 -3 -4 -4 -3 -3 -2 -4 -4 -4 -2 -4 -5 -4 1 7 -5 -4 -3 3 2 0 0 0 0 0 3 0 0 1 2 0 0 0 10 76 0 0 0 1.45 1.56 37 D -2 -3 -1 7 -5 -2 0 -3 -1 -5 -4 -2 -5 -3 -2 -2 -3 -1 -5 -4 3 1 2 73 0 1 4 1 2 0 2 1 0 1 2 3 1 1 0 1 1.51 1.56 38 N -3 -1 6 0 -2 1 0 0 2 -5 -3 -2 -1 -3 -4 0 -2 0 1 -4 2 3 42 4 1 7 5 7 5 0 3 1 2 1 0 7 1 1 6 1 0.75 1.56 39 G -2 -2 0 -1 -1 -1 -3 6 -1 -5 -5 -1 -2 -3 -4 -2 -4 -5 -3 -4 2 2 4 4 1 2 2 69 2 0 1 3 1 1 0 2 0 0 1 1 1.27 1.56 40 N -3 -3 7 -1 0 -1 -3 -1 4 -5 -4 -2 0 -1 -4 -1 -3 -5 -4 -5 2 0 63 1 2 2 0 5 9 0 2 1 3 3 0 4 0 0 0 0 1.37 1.56 41 V -3 -2 -2 -3 -1 -1 0 -3 1 -1 2 -3 1 4 -3 -3 -3 2 5 0 1 2 2 1 2 2 7 3 4 3 18 1 3 14 1 1 1 3 23 7 0.52 1.56 42 I -4 -5 -5 -5 -1 -5 -4 -6 -5 7 1 -5 0 -1 -5 -5 -3 -5 -4 2 0 0 0 0 1 0 1 0 0 69 11 0 1 1 0 0 1 0 0 11 1.40 1.52 43 L -2 -5 -5 -6 0 -5 -5 -4 -5 4 4 -5 2 1 -5 -5 -4 -4 1 2 4 0 0 0 2 0 0 2 0 23 40 0 4 5 0 0 0 0 6 14 0.82 1.59 44 D -4 -4 0 8 -6 -3 0 -4 0 -5 -6 -3 0 -6 -4 -3 -4 -6 -5 -5 0 0 3 85 0 0 3 0 3 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 2.01 1.59 45 V 2 -5 -5 -5 6 -4 -5 -3 -5 1 1 -5 2 -2 -5 -3 -1 3 -1 4 15 0 0 0 16 0 0 2 0 6 14 0 4 1 0 2 3 4 2 27 0.69 1.58 46 H -1 1 -1 1 -2 0 -1 -3 6 -2 -3 1 -1 1 -1 0 0 0 3 -2 6 8 3 8 1 3 4 2 19 2 2 10 1 6 4 6 5 1 8 3 0.38 1.56 47 G -3 -3 0 -2 0 -3 -2 0 -1 -1 1 -4 0 7 -1 -1 -2 1 0 -2 1 1 6 2 2 1 2 7 1 3 12 0 2 42 3 4 2 2 2 2 0.72 1.56 48 M -2 -3 -1 1 -2 -1 1 3 -1 -2 1 0 0 -1 2 -2 -2 0 -3 -3 2 1 3 9 1 3 8 25 1 3 12 5 3 3 12 3 3 1 1 2 0.30 1.64 49 E 0 1 1 2 -1 1 2 -2 0 -3 -2 2 -1 -3 2 0 -1 -2 -2 -2 8 8 7 13 1 5 12 3 2 1 3 11 2 1 9 6 3 1 1 3 0.23 1.64 50 I -3 -4 -3 -2 -2 -3 -4 -1 -3 6 1 -3 0 0 -2 -2 -2 -1 -2 1 1 1 1 2 1 1 1 5 1 52 10 2 2 4 2 3 2 1 1 6 0.82 1.77 51 L 0 -2 -1 2 -2 0 1 -1 1 0 -1 0 0 0 2 1 1 1 -2 -1 7 2 2 10 1 3 11 4 4 6 5 5 3 3 10 9 8 2 1 4 0.12 1.76 52 D -3 -2 4 6 -3 0 1 -3 0 -4 -5 -1 -5 -4 -3 -1 -2 -6 -2 -4 2 2 18 49 1 3 7 1 2 1 1 3 0 1 1 3 3 0 1 1 1.05 1.76 53 P 0 -5 -5 -3 -2 -3 -4 -4 -3 -1 0 -4 -2 -3 7 -2 -3 4 -3 0 9 0 0 2 1 1 1 1 1 4 10 1 1 1 53 2 1 6 1 7 1.25 1.77 54 I 2 1 -1 0 -1 0 2 -2 1 -1 -1 1 -2 -2 -1 -1 -1 -3 0 0 14 9 3 5 1 3 16 3 3 4 6 10 1 1 3 5 3 0 3 7 0.16 1.85 55 A 3 -1 -1 1 -3 1 3 -1 -1 -3 -2 2 -2 -3 -3 -1 0 -3 -3 -3 21 3 2 7 0 6 22 5 2 1 4 11 1 1 1 4 5 0 1 2 0.36 1.87 56 M -1 -4 -6 -2 -3 -4 -4 -5 -6 1 5 -4 3 1 -6 -4 -1 0 -3 1 5 1 0 2 1 1 1 1 0 7 55 1 7 5 0 1 3 1 1 10 0.88 1.87 57 E 3 -3 2 0 -2 -1 4 -2 3 -4 -2 -3 -3 -5 -5 0 -3 -6 -3 -4 23 0 11 4 1 3 32 3 6 1 4 1 1 0 0 8 1 0 1 0 0.65 1.91 58 N 1 2 1 2 -3 2 2 -3 0 -1 -2 2 -1 -4 -4 0 2 -6 -3 -2 11 9 6 11 0 8 11 2 2 3 4 10 1 1 1 5 11 0 1 2 0.27 1.90 59 A 1 2 -1 0 -2 2 3 -4 -2 -3 -1 2 -1 -2 -5 -1 0 0 0 -2 12 11 2 5 1 9 17 1 1 1 5 12 2 2 0 5 6 1 3 3 0.30 1.91 60 I -4 -6 -7 -7 0 -6 -6 -7 -6 5 5 -6 1 -1 -6 -4 -4 -5 -4 0 1 0 0 0 2 0 0 0 0 31 58 0 2 2 0 1 0 0 0 4 1.33 1.86 61 N -2 0 5 1 -3 -2 -2 -4 -1 0 -1 4 -2 -4 -4 0 -2 -3 -4 -4 4 3 28 6 0 1 2 1 1 5 7 29 1 1 0 8 1 0 0 1 0.68 1.87 62 A 1 1 3 -1 -2 3 -1 -1 2 -4 -1 -1 3 -4 -4 1 0 -2 -5 -4 13 7 13 3 1 14 3 5 5 0 5 4 9 0 1 12 5 1 0 1 0.36 1.88 63 I -5 -3 -6 -6 -3 -2 -5 -7 -4 7 1 -4 2 -1 -5 -4 1 1 -3 1 0 1 0 0 0 2 0 0 0 58 13 1 4 2 0 0 8 2 0 5 1.18 1.87 64 P 0 -3 -3 -4 1 -4 -3 -5 -2 -2 -3 -4 -3 -6 6 -2 2 -7 -4 2 8 2 1 0 3 0 2 0 1 2 1 0 0 0 46 2 14 0 0 18 1.16 1.87 65 G -2 -6 -4 -5 -6 -5 -5 7 -1 -7 -7 -5 -6 -6 -5 -2 -5 -6 -6 -6 1 0 0 0 0 0 0 96 2 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 2.29 1.74 66 V -2 -6 -6 -5 -2 -6 -6 -6 -6 2 -2 -6 -1 -4 -6 -4 -3 -6 -5 7 2 0 0 1 1 0 0 0 0 10 1 0 1 0 0 0 1 0 0 84 1.73 1.74 67 V -3 -5 -6 -7 -2 -4 -6 -7 -6 3 1 -6 0 -3 -6 -5 -3 -6 -3 7 1 0 0 0 1 1 0 0 0 11 10 0 1 1 0 0 1 0 1 72 1.44 1.74 68 T -2 -4 -3 3 0 -1 7 -2 -4 -6 -6 -3 -4 -6 -4 -2 2 -6 -5 -4 2 0 0 13 2 1 66 3 0 0 0 0 0 0 0 2 11 0 0 1 1.36 1.70 69 V -3 -4 4 -3 1 -2 -4 -5 8 -1 -5 -4 -3 -5 -5 -1 4 -6 -3 2 1 0 17 0 2 1 0 0 33 3 0 0 1 0 0 4 25 0 0 14 1.16 1.70 70 G -2 -5 -3 -4 -2 -5 -5 7 -5 -7 -7 -5 -6 -6 -5 -1 -4 -6 -6 -5 1 0 0 0 1 0 0 93 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 1 2.16 1.65 71 L -5 -5 -6 -7 -4 -5 -6 -7 -5 3 6 -6 1 1 -6 -6 -4 -4 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 70 0 2 5 0 0 0 0 5 3 1.31 1.61 72 F -5 -6 -6 -7 -6 -6 -6 -6 -4 -3 -2 -6 -3 9 -7 -6 -5 -2 0 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 2.70 1.56 K Lambda Standard Ungapped 0.1428 0.3215 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1920 0.3167 PSI Gapped 0.0588 0.2670