Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 A 5 -4 -3 -4 -3 -3 -3 -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 5 -2 -6 -5 -4 45 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 55 0 0 0 0 1.29 1.33 2 H -2 -4 -3 -2 -4 -4 -2 -4 0 -3 -4 -3 -4 -4 -4 -1 7 -6 -4 -2 1 0 0 2 0 0 3 0 2 1 0 0 0 0 0 1 86 0 0 1 1.74 1.74 3 M -4 -5 -6 -7 -5 -5 -6 -7 -5 -2 4 -5 8 2 -6 -5 -4 -2 4 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 39 0 39 7 0 0 0 0 13 1 1.50 1.88 4 V -3 -6 -7 -7 -3 -6 -6 -7 -7 3 2 -5 0 -3 -6 -5 -3 -6 -3 6 2 0 0 0 0 0 0 0 0 13 15 0 2 1 0 0 1 0 0 66 1.43 1.96 5 P -3 -5 -4 -4 -6 -3 -3 -5 -4 -5 -6 -4 -4 -7 8 -1 -3 -7 -4 -5 2 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 1 0 87 4 1 0 1 1 2.57 2.00 6 M -1 -6 -6 -7 -3 -6 -5 -5 -6 3 4 -6 3 2 -6 -5 -3 -5 -2 3 6 0 0 0 0 0 0 1 0 17 41 0 6 7 0 1 1 0 1 18 0.92 2.00 7 D -3 7 -1 -2 -7 0 -2 -3 -4 -5 -5 2 -3 -5 -4 -2 -3 -4 -2 -4 2 70 2 2 0 2 2 2 0 1 1 9 1 0 0 2 1 0 2 1 1.56 2.04 8 K 2 -3 -2 0 -4 -1 1 -1 -2 -2 -2 -1 -3 3 0 0 0 -1 2 1 19 1 2 6 0 3 8 4 1 2 3 3 0 14 5 6 5 1 8 9 0.25 2.03 9 T -1 -6 -4 -6 -3 -6 -5 -5 -6 5 2 -5 0 1 -5 -4 0 -2 -3 4 6 0 1 0 0 0 0 1 0 30 18 1 2 6 1 1 5 1 1 27 0.85 2.03 10 L 4 -3 -3 -4 -1 -2 -4 0 -5 -1 0 -2 1 4 -5 2 0 -5 -2 -1 30 1 1 0 1 2 1 6 0 3 9 2 3 15 0 15 5 0 1 5 0.47 2.04 11 K -2 -2 0 2 -7 1 6 -4 -2 -5 -4 0 -4 -6 -4 -1 -1 -6 -1 -4 3 2 5 8 0 6 55 1 0 0 2 6 0 0 1 3 4 0 2 1 1.05 2.06 12 E 4 -1 1 -2 -3 0 0 0 -1 -2 -2 1 -2 -3 -3 1 -1 -2 -1 -3 37 3 5 2 0 4 6 6 1 2 4 8 1 1 1 9 4 1 2 2 0.40 2.08 13 F -2 -5 -5 -6 -2 -3 -4 -6 -3 1 5 -4 3 3 -4 -4 -3 -3 -2 -1 3 0 1 0 1 1 1 0 1 6 59 1 8 11 1 1 1 0 1 4 1.03 2.06 14 G -3 -3 0 1 -6 -2 -3 7 -3 -6 -6 -2 -6 -6 -4 -3 -4 -3 -4 -6 1 1 5 7 0 2 1 76 1 0 1 3 0 0 1 1 0 0 1 0 1.62 2.04 15 A 5 -5 -4 -4 0 -4 -4 1 -3 0 -1 -3 0 0 -3 -2 -2 1 3 1 41 0 1 1 2 1 1 10 1 4 6 1 2 5 1 3 1 2 10 8 0.59 2.04 16 D -2 -1 1 2 -6 2 2 -3 -1 -4 -5 3 -3 -4 -2 1 3 -3 -2 -2 3 3 7 10 0 8 14 2 2 1 1 18 0 1 2 11 15 0 1 2 0.43 2.05 17 V -2 -5 -3 -5 -2 -4 -4 -5 -6 3 1 -4 -1 -1 -4 -3 -1 -3 0 6 3 0 1 1 1 0 1 1 0 12 10 1 1 2 1 2 3 0 3 57 1.03 2.07 18 Q -1 -1 2 2 -6 1 2 -1 -1 -2 -3 1 -1 -3 -4 1 2 -1 -2 -1 4 3 9 10 0 7 12 5 1 3 2 10 1 1 1 12 12 1 1 4 0.25 2.06 19 W -4 -4 -4 -5 -3 -3 -5 -4 -2 -2 -2 -3 -3 1 -4 -5 -4 11 4 -3 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 3 2 1 4 1 1 1 62 15 2 2.58 2.05 20 D -4 -3 4 6 -6 0 1 -4 0 -2 -4 -2 -3 -2 -3 -1 -1 -6 -1 -3 1 1 21 40 0 3 8 1 2 2 2 2 1 2 1 4 3 0 3 2 0.89 2.00 21 D 2 -1 2 1 -2 2 1 2 -1 -3 -5 0 -3 -4 2 1 -2 -2 -3 -3 14 3 9 8 1 8 8 13 1 2 1 6 1 1 10 9 2 1 1 1 0.29 2.01 22 Y 1 -1 0 1 -5 1 2 0 -1 -3 -4 3 -2 -2 -1 1 0 -1 0 -2 13 3 5 7 0 7 12 6 1 1 2 15 1 2 3 10 6 1 3 3 0.23 1.97 23 A 0 -1 2 0 -5 0 0 -2 -1 -2 -3 1 -2 -3 -3 1 4 -1 -2 -2 9 3 9 5 0 4 6 3 1 2 3 9 1 1 1 10 28 1 1 3 0.37 1.96 24 Q -2 2 1 -1 -5 3 -1 0 0 -3 -2 5 0 -3 -3 -1 -3 0 -1 -3 3 12 6 3 0 14 3 8 2 1 4 31 2 1 1 3 1 1 2 2 0.53 1.92 25 L -1 0 -2 -2 -1 0 0 -3 -1 -1 -2 0 1 -2 -2 1 5 0 -2 -1 4 4 2 2 1 5 6 2 1 4 4 7 4 2 2 11 33 1 1 4 0.40 1.87 26 F 2 -2 -2 -5 0 -2 -3 -3 -5 3 -1 -2 0 1 -5 -2 -1 1 0 4 15 2 2 0 2 2 2 2 0 16 4 2 2 5 0 2 3 2 4 32 0.51 1.85 27 T -1 -1 -1 -1 1 -1 -1 -2 0 1 -1 -1 0 1 -1 0 3 2 0 1 4 3 3 3 2 3 4 3 3 7 7 4 3 6 3 6 20 3 3 10 0.16 1.84 28 L 0 1 1 0 3 -3 -4 0 -4 1 -1 0 3 1 -4 0 0 -4 2 0 7 7 7 7 6 0 0 7 0 7 7 7 6 6 0 7 7 0 6 7 0.16 1.56 29 I 1 0 0 -1 1 0 0 -2 1 0 -2 0 1 -1 1 1 2 -5 0 0 10 5 4 3 3 4 5 3 3 5 4 7 3 3 6 11 13 0 3 6 0.10 1.81 30 K -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 31 D -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 32 G -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 33 A -1 1 1 0 1 1 -1 -2 2 0 -1 2 2 -1 -1 -1 1 -5 0 0 6 7 6 5 3 6 4 3 4 5 6 11 5 3 3 5 9 0 3 6 0.10 2.07 34 Y -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 35 V -1 -1 -1 -5 1 -1 -2 -2 0 4 1 -2 2 0 -5 -2 0 2 0 3 4 3 3 0 3 3 3 3 3 20 12 3 4 4 0 4 5 3 3 17 0.31 2.02 36 K -1 1 0 0 0 1 1 -3 0 0 -1 2 0 0 -2 1 2 1 0 0 4 7 4 5 2 5 8 2 2 5 5 10 2 4 2 10 11 2 3 7 0.10 2.06 37 V -1 -2 -2 -6 0 -2 -3 -3 0 2 3 -5 4 2 -2 -3 -2 1 0 1 5 2 2 0 2 2 2 2 2 11 30 0 10 10 2 2 2 2 3 8 0.46 1.99 38 K -2 1 0 -1 0 1 -2 -2 0 -2 -3 4 -1 -1 1 -1 3 2 0 -1 3 6 4 3 2 5 3 3 3 2 2 22 2 2 6 5 17 3 3 4 0.30 1.98 39 P -1 0 1 0 -5 1 0 -5 2 0 -1 0 2 1 0 0 0 4 1 0 6 6 5 6 0 5 6 0 5 6 6 6 5 5 6 6 6 5 5 6 0.15 1.89 40 G -1 0 0 0 -5 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.10 2.01 41 A -1 0 2 1 -1 2 1 -1 -1 -3 -4 1 -1 -2 -5 4 0 0 -2 -3 4 4 8 6 1 8 8 4 2 2 2 9 1 2 0 28 6 1 2 2 0.35 2.08 42 Q -1 0 2 1 1 0 -1 -1 1 -2 -2 2 0 -1 0 1 1 2 0 -2 5 6 9 7 3 4 3 5 3 3 3 14 3 3 5 10 9 2 3 3 0.14 2.13 43 T -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 44 A 4 -2 -2 -2 1 -4 -2 -2 -4 1 -1 -2 2 0 -2 -2 -2 -5 3 1 37 2 2 2 2 0 2 3 0 7 6 2 4 3 2 3 3 0 10 9 0.46 2.02 45 I -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 46 V -1 -1 -2 -2 0 -2 -2 -2 -1 2 1 0 1 0 -2 0 0 1 1 3 5 4 2 2 2 2 3 4 2 10 11 6 3 4 2 7 5 2 4 21 0.17 1.99 47 N -1 0 5 1 -5 0 0 0 1 -2 -3 -1 0 -1 -1 -1 -1 2 1 -2 4 5 32 8 0 3 5 6 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 4 3 0.45 1.91 48 G -1 -1 0 0 1 -1 0 4 1 -1 -5 0 0 -5 -1 0 -1 -5 0 -2 4 4 5 5 3 3 5 36 3 4 0 5 3 0 3 6 5 0 3 3 0.44 1.90 49 Q 0 1 0 -1 -5 2 2 -2 0 -2 -3 3 1 -2 -4 0 0 1 0 -1 8 6 4 2 0 8 14 4 2 3 2 19 4 2 0 5 6 2 4 4 0.26 1.90 50 P 0 1 -1 -1 -5 1 1 -3 -1 -2 -3 2 -1 -3 3 0 2 -1 -1 -1 7 6 3 4 0 5 11 2 2 3 3 13 1 1 14 7 11 1 2 4 0.25 1.96 51 L -2 0 -2 -3 -1 -1 -1 -4 -1 3 1 1 1 0 -5 -3 0 0 0 3 2 4 2 2 1 3 4 1 2 18 11 8 3 4 0 2 5 1 4 23 0.35 1.96 52 A -1 -1 0 0 -5 2 1 -3 -2 -2 -3 2 -1 -2 1 1 3 -1 -1 -2 5 2 4 4 0 9 8 2 1 3 3 13 1 2 8 10 17 1 3 3 0.25 1.96 53 L -2 -5 -1 -2 1 -1 -2 -2 0 0 4 -2 4 1 -1 -2 -1 2 0 -1 4 0 3 3 3 3 3 3 3 5 34 3 9 6 3 3 3 3 3 4 0.36 1.96 54 Q -1 -1 1 3 -5 -1 0 1 1 -1 -2 -1 0 -1 0 1 0 -5 0 -1 5 3 6 17 0 3 7 10 3 4 3 4 3 3 5 11 5 0 3 4 0.18 1.96 55 V 2 -2 0 -1 0 0 -1 -1 1 -1 -2 -2 0 -1 -1 -1 2 1 0 3 14 2 4 3 2 4 4 5 3 3 4 2 2 3 3 5 11 2 3 20 0.17 2.00 56 P 3 -2 -2 -2 -2 -1 -1 -2 -2 -2 -3 0 -2 -3 6 0 -1 -1 -2 -2 21 2 2 2 1 3 4 3 1 2 2 7 1 1 33 6 3 1 2 3 0.65 2.00 57 V 2 -3 -3 -5 -1 -3 -3 -1 -2 0 -2 -3 -1 -2 6 -1 -2 -6 -2 1 20 1 1 0 1 1 1 4 1 5 3 1 2 2 37 4 2 0 1 11 0.82 2.05 58 V -2 0 -2 -3 -1 2 1 -4 -1 2 0 2 0 1 -3 -2 1 0 1 1 3 5 1 1 1 10 9 1 1 10 8 12 2 6 1 2 7 1 5 11 0.22 2.09 59 M -2 -3 -1 -4 -2 -2 -2 -5 -3 5 2 -3 3 -1 -4 -2 0 -1 -2 2 4 2 4 1 1 2 3 1 1 29 18 2 6 3 1 3 5 1 1 14 0.51 2.10 60 K -3 1 -1 -2 -2 1 0 -5 -1 3 -1 3 0 -2 -3 -2 -1 -2 1 2 2 7 3 3 1 5 6 1 1 17 4 19 2 2 2 3 3 1 4 15 0.32 2.12 61 D -2 -2 5 3 -3 1 1 1 -1 -6 -5 1 -3 -4 -2 -1 -2 -6 -3 -5 3 2 32 16 1 6 8 9 1 0 1 9 1 1 2 5 2 0 1 1 0.71 2.05 62 N -3 -4 3 2 -6 -2 -2 6 -5 -6 -7 -2 -6 -4 -3 -1 -2 -2 -3 -5 1 1 15 9 0 2 3 54 0 0 0 3 0 1 1 5 2 1 1 1 1.13 2.05 63 K -2 6 -1 -3 -3 0 -2 -4 -1 -2 -3 1 -2 -3 -5 0 2 -2 0 -1 3 41 3 1 1 3 2 1 1 2 2 8 1 1 0 8 14 1 3 5 0.75 2.06 64 A -1 -4 -3 -5 -3 -3 -5 -4 -5 1 0 -4 1 -1 -3 -1 6 -2 -3 2 6 1 1 0 1 1 0 1 0 8 10 1 3 2 1 3 47 1 1 14 0.85 2.05 65 W -4 -4 -4 -6 -3 -3 -5 -5 -2 -2 1 -5 6 4 -6 -4 -3 2 7 -1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 2 13 0 22 16 0 1 1 2 33 4 1.25 1.93 66 V -1 -6 -6 -6 -4 -5 -6 -4 -6 3 1 -6 0 -2 -6 -5 -2 -6 -4 6 4 0 0 0 0 0 0 1 0 14 13 0 1 2 0 0 1 0 0 63 1.31 1.94 67 S -3 -4 -3 -3 -3 -3 -3 -4 -3 -6 -5 -4 -5 -7 8 0 -3 -3 -6 -5 1 1 1 1 0 1 1 1 1 0 1 1 0 0 82 7 1 0 0 0 2.34 1.92 68 D 0 -4 -6 -4 -4 -4 -3 -3 -3 3 5 -4 0 -1 -4 -3 -3 -5 -2 2 8 1 0 1 0 1 2 2 1 13 48 1 2 2 1 2 1 0 1 13 0.74 1.90 69 T -2 7 -2 0 -6 -1 -1 -2 -2 -5 -5 0 -3 -5 -4 0 -1 -6 -3 -4 3 59 1 6 0 2 4 3 1 1 1 4 0 0 1 7 4 0 1 1 1.16 1.90 70 F 0 -4 -2 -2 -4 -3 -3 -5 -2 -1 0 -4 -2 7 -2 -1 -2 2 1 0 7 0 2 2 0 1 2 1 1 3 9 1 1 50 2 4 2 2 3 6 1.02 1.91 71 I -2 -6 -6 -6 -2 -6 -6 -5 -6 5 2 -6 -1 2 -5 -4 -2 -1 -3 4 3 0 0 0 1 0 0 1 0 30 18 0 1 8 0 1 1 1 1 33 0.99 1.90 72 N 4 -3 1 -3 -1 -3 -2 0 -1 -4 -3 -2 -2 -3 -3 4 0 -6 -3 -2 31 1 5 1 1 1 3 8 1 1 2 2 1 1 1 32 5 0 1 2 0.63 1.91 73 D -2 -1 0 1 -7 2 6 -3 -3 -5 -4 0 -5 -6 -4 -2 -2 -6 -2 -5 3 3 3 8 0 9 59 2 0 1 2 6 0 0 0 2 2 0 1 1 1.14 1.92 74 V 4 -4 0 -4 -3 0 -1 -1 -2 0 -1 -3 -2 -2 -3 0 1 -2 -2 1 34 1 5 0 1 5 4 4 1 6 7 1 1 2 1 7 8 1 1 11 0.37 1.91 75 F -3 -5 -6 -6 -3 -4 -6 -6 -3 -1 5 -5 2 6 -6 -4 -1 -2 0 -2 2 0 0 0 1 1 0 0 0 3 47 1 5 31 0 1 4 0 2 2 1.13 1.86 76 Q -2 -3 1 0 -3 2 -2 6 0 -5 -6 -1 -4 -4 -5 -3 -3 -5 -4 -5 2 1 5 5 1 9 2 63 2 1 0 4 0 1 0 1 1 0 0 1 1.23 1.81 77 S 4 -3 -3 -3 1 -2 -2 -2 -1 -1 0 -2 1 -1 -3 1 -1 -1 3 -1 33 1 1 1 3 2 3 3 1 3 8 2 3 2 1 12 3 1 12 4 0.40 1.82 78 G -2 -1 2 1 -5 2 1 2 1 -5 -5 3 -3 -5 -3 1 1 -4 -2 -4 3 3 11 8 0 9 8 14 3 1 1 19 0 0 1 9 9 0 1 1 0.42 1.87 79 L -3 -6 -5 -5 -3 -4 -6 -6 -4 1 2 -4 1 -2 -6 -4 -3 1 -3 6 1 0 1 0 0 1 0 0 0 6 17 1 2 1 0 1 1 2 1 65 1.26 1.87 80 D -3 -3 3 6 -5 -1 3 -4 -3 -3 -5 -2 -5 -5 -2 -1 -1 -6 -4 -4 1 1 15 45 0 2 18 1 0 1 1 2 0 0 2 3 4 0 0 1 1.07 1.72 81 Q -3 -3 -2 -2 -2 4 -2 -3 -2 0 -3 0 -1 -1 -3 -2 -1 2 5 3 2 1 1 2 1 18 1 2 0 6 2 7 1 2 1 3 4 3 21 21 0.56 1.56 82 T -2 -2 -2 -1 -4 1 -1 -3 -4 -3 -4 0 -3 -2 -3 1 6 -5 -3 -1 2 2 1 3 0 6 3 1 0 1 1 7 0 2 1 10 54 0 1 4 0.87 1.66 83 F -3 -4 1 -5 -5 -4 -4 -4 -5 -2 -2 -4 -4 4 -4 -2 -2 11 1 -3 2 1 6 0 0 0 1 1 0 2 3 1 0 17 1 3 3 51 4 2 1.97 1.65 84 Q -2 2 1 1 -6 5 2 -4 -1 -3 -5 3 -4 -5 -1 -2 -1 -6 -3 -1 2 10 6 9 0 24 12 0 1 1 0 21 0 0 2 2 3 0 1 5 0.63 1.55 85 V 2 -4 -1 -4 -4 -1 -2 -2 -5 2 -3 0 -1 -2 -2 -1 3 -6 -2 4 19 0 4 1 0 3 2 3 0 10 1 5 1 1 2 3 17 0 1 27 0.45 1.48 86 E -4 -3 -3 1 -7 1 7 -5 -3 -6 -6 -2 -5 -6 -4 -3 -4 -6 -5 -5 0 0 0 4 0 2 94 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.95 1.33 K Lambda Standard Ungapped 0.1344 0.3191 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1565 0.3181 PSI Gapped 0.0479 0.2670