Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 P -3 -5 -4 -4 -5 -4 -4 -5 -5 -5 -5 -3 -5 -6 9 -3 -3 -6 -5 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 2.92 1.11 2 T 2 -4 -2 -1 -4 -1 -3 -1 -4 1 -3 -3 -1 -5 -1 1 5 -5 -4 0 16 0 1 3 0 2 1 5 0 7 1 0 1 0 3 8 45 0 0 6 0.66 1.25 3 L -2 -5 -3 0 -2 -3 -4 -5 -5 2 5 -3 -1 2 0 -2 -2 -4 0 -1 4 0 1 5 1 1 0 0 0 10 53 2 0 9 5 2 1 0 2 3 0.68 1.29 4 S 1 -4 1 0 0 -1 -1 -3 -3 -5 -5 -3 -1 -1 0 5 2 -5 -2 -4 9 0 8 5 2 2 4 0 0 0 0 0 2 3 4 50 11 0 1 0 0.72 1.31 5 P 0 -2 -2 0 -5 5 3 -3 -3 -3 -3 -1 -2 -5 4 -1 -2 -3 -5 -3 8 0 1 4 0 30 16 1 0 1 3 3 1 0 24 2 2 0 0 2 0.79 1.32 6 E -1 -2 -2 2 -5 3 5 -4 -1 -3 -3 0 -2 -5 0 -1 0 -5 -3 -2 4 1 1 12 0 14 38 0 1 2 2 6 1 0 5 3 5 0 1 3 0.65 1.34 7 Q -3 2 -3 -3 -6 7 0 -5 2 -5 -4 3 -1 -5 -3 -3 -3 -5 -2 -3 1 8 0 0 0 61 2 0 5 0 1 19 1 0 1 0 0 0 1 1 1.36 1.33 8 Q -2 2 -1 -1 -2 6 3 -5 1 -5 -2 1 0 -5 -4 -2 -3 -5 -3 -5 2 9 2 3 1 47 15 0 3 0 4 8 3 0 0 2 1 0 1 0 0.97 1.36 9 E 1 -1 1 -1 -5 4 4 -1 -2 -4 -4 2 -1 -4 -4 0 -1 -5 -4 -3 11 2 5 3 0 21 26 6 1 1 1 11 2 1 0 6 2 0 0 1 0.57 1.34 10 M -2 -3 -2 -6 -4 -4 -5 -6 -5 0 3 -2 9 -1 -5 -4 -2 -4 -4 0 2 1 2 0 0 0 0 0 0 4 26 2 57 1 0 0 2 0 0 3 1.42 1.31 11 L -2 -5 -5 -5 -1 -4 -1 -3 -5 3 1 -5 3 -2 -5 -2 -1 -5 -4 5 3 0 0 0 1 0 4 3 0 15 12 0 7 1 0 2 3 0 0 49 0.83 1.34 12 Q 0 -1 1 -1 -1 5 0 -4 1 -1 0 0 2 -3 -1 -2 -1 -1 -4 -2 10 2 7 3 1 32 6 0 3 4 10 5 5 1 3 2 4 1 0 3 0.42 1.32 13 A 3 -2 -2 -1 -2 3 2 -3 -3 -1 -3 1 0 -2 -4 1 1 -5 -2 -1 22 2 1 4 1 14 14 1 0 4 2 7 3 2 0 8 11 0 1 4 0.33 1.32 14 F -4 -3 -5 -5 -1 -5 -5 -5 -4 0 3 -5 3 7 -5 -3 -2 -3 -1 0 0 2 0 0 2 0 0 0 0 4 27 0 7 49 0 2 2 0 0 5 1.10 1.19 15 S 0 -2 -3 -3 4 -1 -3 -3 0 -1 -3 -1 2 -2 -1 5 -1 -5 0 -2 7 2 0 0 9 3 0 1 2 3 1 2 5 1 2 52 2 0 4 2 0.69 1.23 16 T 1 0 -1 -2 -4 2 0 -3 -4 3 -1 0 0 0 -4 0 3 -5 -1 -1 11 4 3 2 0 11 7 2 0 16 4 6 3 4 0 5 17 0 2 3 0.24 1.23 17 Q -2 1 -1 -1 -5 6 2 -5 0 -2 -2 1 -1 -2 -3 -2 -2 -1 -2 -1 3 6 2 3 0 49 9 0 2 2 5 6 2 2 1 1 1 1 1 4 0.81 1.25 18 S 0 -3 -2 -3 -3 -2 -3 -3 -3 -3 -4 -3 -3 1 -3 5 5 -4 1 -3 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 47 37 0 6 0 0.85 0.83 19 G -1 2 1 -1 -4 -1 -2 6 -3 -5 -5 0 -1 -5 -4 -1 -1 -5 -4 -3 2 11 6 2 0 3 2 58 0 0 0 5 2 0 0 3 3 0 0 2 0.86 0.83 20 M -3 -1 -4 -5 -3 -3 -4 -5 -4 1 2 -3 8 -2 -5 -3 0 -4 -3 1 0 4 0 0 0 0 0 0 0 5 20 0 57 0 0 0 5 0 0 9 1.13 0.83 21 N -3 -1 6 2 -4 -2 -1 -3 -2 -2 -3 1 -3 -4 -4 0 1 -5 -1 -2 0 3 50 8 0 0 2 0 0 3 2 9 0 0 0 7 10 0 2 3 0.76 0.83 22 L 0 -2 -1 -2 -2 -2 -2 -4 -1 -1 3 -3 1 2 2 -1 -2 -4 0 1 7 2 3 2 1 1 2 1 1 2 36 1 3 7 11 4 2 0 4 10 0.34 1.20 23 E 0 -1 -1 0 -5 4 4 -2 2 -2 -4 0 -1 -3 0 -2 -2 -5 -1 -2 7 3 2 5 0 24 27 2 5 2 1 6 2 1 4 1 2 0 2 3 0.53 1.20 24 W -3 -1 -2 -4 1 -1 -5 -4 -1 -4 -3 -5 -2 3 -6 -3 -3 10 5 -4 2 4 2 1 3 3 0 1 1 0 2 0 1 13 0 1 2 46 18 0 1.83 1.30 25 S 2 -4 -3 -3 3 -3 -3 -2 -4 -4 -3 -3 -4 -5 -1 6 0 -5 -4 -2 15 0 0 0 7 0 0 2 0 0 1 0 0 0 3 65 4 0 0 2 1.06 1.30 26 Q -3 1 -2 -3 -3 6 3 -2 1 -3 -1 0 0 -2 -3 -2 -1 0 -1 -1 1 8 1 0 1 36 17 3 3 2 6 5 2 2 1 1 3 1 2 5 0.59 1.30 27 K -3 1 0 0 -5 2 0 -4 -3 -3 -2 5 4 -5 -1 -2 0 -5 -4 -4 1 6 5 6 0 8 3 0 0 1 4 42 14 0 2 1 6 0 0 0 0.73 1.29 28 C -1 -5 -5 -5 10 -5 -5 -2 -5 -2 -1 -5 -3 -1 -5 -2 -3 -4 2 -2 4 0 0 0 71 0 0 3 0 2 6 0 0 2 0 2 0 0 7 1 2.11 1.28 29 L -1 -5 -5 -5 1 -4 -5 -5 1 0 6 -5 -1 0 -1 -2 -4 -4 -3 -1 5 0 0 0 3 0 0 0 4 2 72 0 0 3 3 3 0 0 0 2 1.06 1.42 30 Q -1 0 0 1 -1 3 4 -3 3 -2 -3 -1 -1 -4 -4 1 0 -5 0 -1 5 4 5 6 1 14 25 2 8 2 2 2 2 0 0 9 5 0 3 4 0.41 1.42 31 D -2 -2 0 4 -5 4 3 0 1 -5 -3 -1 -1 -5 -4 0 0 -5 -4 -3 3 2 3 25 0 19 17 8 3 0 2 2 2 0 0 6 5 0 0 2 0.61 1.42 32 N 0 -4 6 -1 2 -1 -1 -1 -1 -1 -4 -2 -4 -2 -5 2 0 -6 -2 -1 8 0 42 2 4 3 3 4 1 4 1 2 0 2 0 13 5 0 1 5 0.70 1.49 33 N -1 -3 4 1 -5 4 1 3 1 -5 -3 -1 -1 -5 -5 -1 -4 -5 0 -5 4 0 23 6 0 17 9 20 3 0 3 2 2 0 0 4 0 0 4 0 0.60 1.49 34 W -5 -5 -6 -6 -1 -2 -5 -3 -5 -5 -1 -3 -4 0 -6 -2 -5 12 0 -5 0 0 0 0 1 1 0 2 0 0 5 2 0 3 0 3 0 78 2 0 3.03 1.36 35 D -1 -4 5 6 -6 -1 -1 -4 -1 -3 -6 -3 -5 -6 -4 -1 -3 -7 -5 -3 5 0 34 49 0 2 2 0 1 1 0 0 0 0 0 3 0 0 0 2 1.34 1.36 36 Y -3 -5 -3 -6 -5 -4 -5 -1 -2 -1 0 -2 0 4 0 -3 -3 -2 8 -2 1 0 1 0 0 0 0 5 0 4 9 2 3 15 5 1 1 0 50 2 1.17 1.36 37 T -1 -1 2 2 -5 1 3 -3 -1 -2 -5 -1 -4 -4 0 0 3 -6 -5 -2 3 3 11 13 0 5 19 2 1 3 0 3 0 1 5 6 21 0 0 2 0.47 1.36 38 R 1 5 0 -3 -5 1 -3 -1 0 -2 -2 3 -1 -3 -4 -1 -1 -5 -4 -1 11 31 5 1 0 6 0 4 2 2 3 21 2 1 0 4 3 0 0 4 0.55 1.29 39 S 6 -4 -4 -4 -3 -3 -4 0 -4 -4 -4 -3 -4 -5 1 1 -1 -5 -5 -3 80 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 6 7 2 0 0 0 1.31 1.29 40 A 2 -3 -4 -1 0 -3 -3 0 -3 2 3 -3 1 -1 -3 1 -2 0 -2 1 18 1 0 4 2 1 1 6 0 11 26 1 4 2 1 10 2 1 1 7 0.28 1.33 41 Q 1 -1 0 -2 -5 5 2 -4 1 -4 -3 1 -2 -1 -1 0 0 -1 -2 -2 13 2 5 1 0 29 11 0 3 1 3 9 1 3 2 8 4 1 1 3 0.47 1.33 42 A 2 -4 3 -3 0 -3 -4 -1 -4 3 -1 -1 0 -3 -5 -1 0 -6 -4 3 18 0 16 1 2 1 0 4 0 15 4 5 2 1 0 5 4 0 0 24 0.44 1.33 43 F -5 -5 -5 -6 -5 -6 -6 -6 -4 -3 1 -6 -2 8 -6 -1 -2 -2 1 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 0 0 81 0 5 2 0 2 0 1.93 1.33 44 T 1 -1 1 -1 2 3 2 -3 -1 -2 -1 -2 1 -3 -3 0 3 -2 -3 -2 11 3 6 2 4 13 12 1 1 2 6 2 4 1 1 5 22 1 1 2 0.32 1.35 45 H -1 0 0 1 -4 3 3 -3 -1 -2 0 1 3 -4 -2 -1 -1 2 -4 -2 4 4 4 6 0 13 24 1 1 2 9 10 7 0 2 4 4 2 0 2 0.36 1.31 46 L -2 -4 -3 -2 -2 -3 -4 -4 -2 0 5 -2 3 0 0 -1 -3 -4 -2 -1 3 0 1 2 1 1 1 1 1 5 53 3 7 4 6 6 1 0 1 4 0.65 1.32 47 K -2 0 1 -3 -3 4 -2 -4 1 -4 -2 5 -1 -1 -4 -2 -1 -4 2 -3 3 3 6 1 1 19 0 0 4 0 4 42 1 3 0 1 4 0 8 1 0.75 1.38 48 A 3 -2 1 -3 -3 -1 -1 -2 -4 -3 -4 2 -1 -5 0 2 1 -6 -5 2 29 1 6 1 0 3 4 2 0 1 0 12 1 0 4 13 10 0 0 13 0.41 1.46 49 K 0 2 0 -2 -4 3 2 -2 -1 -3 -3 3 -1 -4 -3 0 -2 -4 -4 -1 7 12 3 2 0 14 15 3 1 1 3 21 2 0 1 8 1 0 0 5 0.43 1.31 50 G -1 -1 3 1 -1 -2 -2 5 0 -3 -3 -2 -4 -4 -3 1 -2 -4 -3 -4 5 3 14 9 1 1 2 41 3 2 3 2 0 1 1 9 1 0 1 1 0.63 1.21 51 E -1 0 2 -2 -2 3 -1 -2 -3 -4 -3 5 -2 -5 -4 0 1 -5 -3 -3 6 3 9 1 1 16 3 3 0 1 2 34 1 0 0 8 10 0 1 2 0.58 1.38 52 I -4 -6 -6 -6 -4 -5 -6 -7 -6 7 3 -5 1 -1 -6 -4 -4 -5 -4 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 64 23 0 3 2 0 1 0 0 0 8 1.38 1.38 53 P -3 -5 -4 -4 -5 -4 -4 -2 -3 -5 -4 -4 -5 -6 8 0 -3 -6 -6 -5 1 0 0 0 0 0 0 3 1 0 2 0 0 0 88 6 1 0 0 0 2.47 1.37 54 E 2 0 -2 -1 -5 0 3 -3 -3 -4 -3 1 -3 -5 5 -2 -3 -5 -5 -2 16 5 1 2 0 3 23 2 0 1 2 9 0 0 29 2 1 0 0 3 0.74 1.33 55 V -2 -3 -1 3 -6 0 6 -4 -1 -2 -4 0 -3 -6 -4 -2 -2 -6 -5 -1 3 0 2 17 0 3 58 1 1 2 1 4 1 0 0 1 2 0 0 5 1.06 1.37 56 A 6 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -1 -4 -3 -4 -2 -4 -2 -4 -1 -1 -2 -2 -2 84 1 0 0 1 0 0 3 0 0 0 2 0 2 0 1 4 1 1 1 1.32 1.31 57 F -5 -5 -6 -6 -5 -6 -6 -6 -4 -3 0 -6 -2 9 -6 -5 -5 1 2 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 87 0 0 0 1 5 0 2.18 1.31 58 M -1 -4 -3 -5 -4 1 -4 -5 -5 3 2 1 4 -3 -5 -3 2 -5 -4 3 3 0 1 0 0 7 0 0 0 18 17 9 13 0 0 0 13 0 0 18 0.57 1.25 59 K -3 1 -2 -3 -5 6 1 -4 -2 -5 -5 5 -3 -6 -4 -2 -3 -5 -4 -5 0 4 0 0 0 44 5 0 0 0 0 47 0 0 0 0 0 0 0 0 1.34 1.06 K Lambda Standard Ungapped 0.1235 0.3130 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1776 0.3167 PSI Gapped 0.0543 0.2670