Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 A 3 -3 -2 -3 -3 -2 -2 -2 -3 -4 -4 -2 -3 -5 -3 6 -1 -5 -4 -3 22 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 78 0 0 0 0 1.19 0.89 2 V -3 -5 -5 -5 -3 -4 -3 -6 -5 5 -1 -4 3 -3 -5 -4 -2 -5 -3 5 0 0 0 0 0 0 2 0 0 32 1 0 9 0 0 0 0 0 0 56 1.13 0.95 3 D -4 -4 1 8 -6 -2 -1 -2 -3 -5 -6 -3 -5 -6 -4 -2 -3 -7 -5 -5 0 0 5 94 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.96 0.95 4 A 1 -2 3 3 -4 3 -1 0 -3 -5 -3 3 1 -5 -4 1 -1 -5 -4 -4 12 0 13 18 0 14 2 7 0 0 2 17 3 0 0 10 2 0 0 0 0.47 1.00 5 Y -4 -4 -4 -6 -5 -4 -4 -5 0 -3 -2 -4 -3 2 -5 -4 -4 0 9 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 2 0 0 0 0 95 0 2.30 1.00 6 F -4 -4 -5 -6 -5 -4 -5 -6 -1 -3 -3 -5 -3 6 -6 -4 -4 0 8 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 31 0 0 0 0 69 0 2.01 1.03 7 R -3 6 -3 -3 -6 0 -2 -4 -3 -5 -5 5 -4 -5 -4 -1 -3 -5 -4 -5 0 49 0 1 0 3 0 0 0 0 0 45 0 0 0 3 0 0 0 0 1.40 1.07 8 E -3 -3 2 5 -6 3 4 -1 -3 -6 -5 -1 -3 -6 -4 -2 -2 -6 -5 -5 0 0 7 35 0 13 33 5 0 0 0 3 1 0 0 2 1 0 0 0 0.99 1.07 9 A 4 -4 -3 -4 -3 -1 -3 -3 -4 2 -2 -4 1 -4 -4 -2 1 -5 -4 3 46 0 1 0 0 4 0 0 0 10 2 0 4 0 0 1 7 0 0 26 0.71 1.10 10 L -3 -4 -5 -6 -4 -4 -5 -6 -5 3 5 -3 6 -1 -5 -3 -3 -4 -3 -1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 13 57 1 22 2 0 2 1 0 0 0 1.10 1.12 11 K -2 6 2 -3 -5 1 -2 0 0 -5 -5 4 -4 -5 -4 -2 -1 -5 -4 -5 2 43 10 0 0 5 0 8 2 0 0 26 0 0 0 2 3 0 0 0 0.96 1.13 12 A 3 -4 0 -3 -4 2 -3 2 -4 -1 -1 -3 -1 -4 -2 -1 2 -5 -4 2 23 0 5 1 0 10 1 18 0 3 5 0 1 0 2 2 13 0 0 18 0.39 1.14 13 P -2 -4 -2 -4 -5 -4 -4 1 -4 -2 -5 -2 -3 -4 7 2 -1 -6 -5 -4 1 0 1 0 0 0 0 11 0 2 0 1 1 1 64 15 2 0 0 1 1.58 1.14 14 R -3 6 -1 -3 -3 0 1 -5 -1 -6 -5 4 -4 -6 -2 -3 -3 -5 -4 -5 1 56 1 0 1 3 11 0 1 0 0 25 0 0 2 0 0 0 0 0 1.26 1.15 15 P 4 -3 -2 -4 -4 0 -2 -1 -1 1 -2 -2 3 -4 5 -2 -1 -5 -4 -2 33 1 2 0 0 4 1 3 2 10 4 1 8 0 26 1 3 0 0 2 0.64 1.11 16 P -1 -3 -4 -1 -5 -3 -3 -5 -5 -5 -2 0 -4 -6 8 -3 -3 -6 -5 -3 4 1 0 3 0 0 0 0 0 0 6 7 0 0 76 1 1 0 0 2 1.92 1.15 17 K 0 4 -3 -3 -5 -1 -2 -4 -3 -5 -5 6 -4 -6 0 -2 -2 -6 -4 -4 6 18 0 0 0 0 0 0 0 0 0 67 0 0 4 1 2 0 0 1 1.26 1.15 18 Q 0 -2 -2 -3 -5 6 0 -3 0 -2 1 0 2 -4 1 -2 -1 -5 -4 -1 10 1 1 0 0 43 4 1 2 2 12 5 6 0 7 1 3 0 0 3 0.66 1.15 19 P -3 -2 -4 -5 -5 0 -4 -5 2 3 0 -2 -1 -4 6 -4 -2 -5 1 1 0 2 0 0 0 5 0 0 6 17 8 2 1 0 41 0 1 0 5 12 0.93 1.15 20 I 1 1 4 -2 -4 3 -2 -3 2 -1 -2 1 -2 -4 1 0 0 -4 -2 0 10 7 18 1 0 15 0 1 5 3 3 7 1 0 7 6 7 0 1 6 0.33 1.08 21 V -2 -4 -2 -4 -3 -3 -4 -2 -4 4 2 -4 4 3 -3 -3 0 -3 0 2 2 0 2 0 0 1 1 3 0 25 14 1 13 12 1 1 6 0 2 15 0.55 1.06 22 Q -1 -2 1 -1 -4 5 0 -3 6 -4 -3 -2 -3 0 -1 -1 -2 0 3 -4 4 1 6 4 0 28 4 1 20 1 2 1 0 5 3 5 2 1 11 1 0.66 1.00 23 D -3 -2 -1 7 -4 -2 2 -3 -1 -4 -4 -2 -4 -4 -2 1 -3 -4 -1 -4 1 2 1 64 0 1 11 1 1 1 1 1 0 0 2 9 1 0 2 1 1.20 1.00 24 F -3 -3 -3 -4 -4 -3 -3 -4 7 -3 -3 -3 -3 6 -4 -3 -3 6 5 -3 1 1 1 1 0 1 1 1 26 1 1 1 0 37 1 1 1 10 16 1 1.32 1.00 25 Q -3 -1 -2 -2 -4 8 0 -3 2 -4 -3 0 -1 -4 -3 -2 -3 -3 -3 -4 1 1 1 1 0 79 1 1 5 1 2 2 2 0 1 1 1 0 0 1 1.53 1.00 26 F -3 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -3 -2 1 -4 1 8 -4 -4 -3 -1 0 -2 1 1 1 1 0 1 1 1 0 1 13 1 3 74 1 1 1 0 0 1 1.54 1.00 27 F -1 -3 -4 -4 -1 0 -3 -4 0 -3 -1 -3 -2 6 -2 -3 -3 -1 6 -3 5 1 1 1 1 6 1 1 1 1 5 1 0 37 3 1 1 0 34 1 1.11 1.00 28 P -2 -1 3 1 -4 -1 -2 -3 2 -4 -4 -2 -4 -4 7 0 -2 -5 -4 -4 3 3 17 7 0 2 1 1 5 1 1 1 0 0 49 7 1 0 0 1 1.17 1.02 29 P 1 -1 -2 -1 -4 -1 0 -3 -1 -3 -3 1 -2 -4 6 -1 1 -4 -4 -2 11 3 1 2 0 2 6 2 1 2 1 10 1 0 42 3 9 0 0 3 0.82 1.02 30 R -2 6 -1 -2 -2 2 1 -1 -2 -3 -3 2 -2 -4 -3 -2 -2 -4 -3 -4 3 48 2 1 1 8 10 6 0 2 2 10 1 0 1 2 1 0 0 1 0.81 1.02 31 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 1 6 -4 -1 1 -4 -4 -2 -3 0 -1 1 0 0 0 0 0 1 1 0 8 73 1 0 6 0 1 2 0 3 3 1.07 1.16 32 F 0 0 -1 -1 -4 2 0 -3 1 1 1 1 0 2 -4 -1 0 1 -1 0 10 4 3 4 0 9 5 1 3 8 11 8 2 11 0 3 7 2 2 6 0.13 1.16 33 E -1 -1 -3 2 -4 0 6 -4 -1 -1 -3 -1 -3 -3 -2 -2 -2 -4 -4 -1 6 2 0 9 0 3 59 1 1 5 3 1 0 1 2 2 1 0 0 4 0.89 1.16 34 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 2 6 -4 0 0 -4 -4 -3 -4 -3 -1 1 0 0 0 0 0 1 1 0 9 80 1 0 4 0 1 1 0 0 1 1.23 1.16 35 L -2 -2 -1 -4 0 5 -2 -4 4 -3 2 -3 -2 0 -1 -3 -3 1 5 -2 3 2 2 0 2 26 1 1 9 0 21 1 0 3 4 1 1 1 22 1 0.69 1.16 36 D 0 -1 0 3 -4 0 5 -2 0 -5 -4 -1 -4 -5 -3 0 -2 -5 -4 -4 7 2 4 18 0 2 47 2 2 0 1 3 0 0 0 7 2 0 0 1 0.84 1.16 37 Q -2 4 -3 -3 -5 1 -1 -4 -3 -1 0 5 -1 -4 -4 -3 -2 -5 -4 -2 2 25 0 0 0 6 3 0 0 4 9 45 2 0 0 0 2 0 0 2 0.87 1.20 38 E -1 -3 -2 2 -5 -1 7 -4 -3 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -2 4 0 0 10 0 0 77 0 0 0 1 2 0 0 0 0 0 0 0 3 1.43 1.20 39 I -1 1 -1 -1 1 1 -1 -5 0 2 -1 1 1 -1 -5 -2 2 -5 1 1 4 6 3 4 3 8 3 0 2 14 6 7 3 2 0 2 16 0 5 11 0.24 1.72 40 Y 2 -1 2 1 1 -1 -1 -2 -3 -2 1 0 1 1 -4 -1 -2 -4 3 -2 17 4 9 7 3 2 3 3 0 2 13 5 4 5 0 4 2 0 11 3 0.21 1.65 41 Y 2 -4 1 -4 1 -1 -2 -4 3 -1 -2 -1 -4 2 -5 -1 -4 5 5 -1 21 0 7 0 3 3 3 0 7 3 3 3 0 8 0 4 0 9 20 4 0.62 1.66 42 F -2 -1 0 -4 -5 -1 -1 -5 4 -1 -1 -1 0 4 -5 -4 -1 4 6 -4 3 3 4 0 0 3 4 1 10 3 6 4 2 18 0 1 4 5 29 1 0.83 1.59 43 R 1 5 0 -4 -4 2 -3 -4 1 -3 -2 3 3 -4 -4 -1 -2 1 -4 -2 10 29 5 1 0 8 1 1 3 1 3 21 8 0 1 3 2 2 0 3 0.63 1.48 44 K 0 2 0 -3 -5 2 0 -4 2 -2 -4 5 -4 -5 -4 -1 -1 2 -4 -2 7 9 4 0 0 9 5 1 5 3 1 41 0 0 0 4 4 3 0 3 0.68 1.51 45 T -1 -1 -3 -2 1 2 1 -2 2 -2 0 2 1 -4 -4 0 3 -4 0 -1 4 3 0 2 3 9 10 3 5 3 11 13 3 0 0 7 16 0 4 3 0.24 1.53 46 V 0 -4 1 0 3 1 0 0 3 0 -1 0 -4 -4 1 0 0 -5 2 0 6 0 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 0 0 6 6 6 0 6 6 0.14 1.67 47 G -2 0 1 1 -5 2 2 3 1 -5 -3 1 0 -5 -4 -1 0 1 -4 -5 2 5 8 6 0 8 16 25 3 0 3 10 3 0 0 3 5 2 0 0 0.44 1.53 48 Y -1 0 -1 -4 -4 -1 -1 -4 1 1 -3 1 -3 1 -1 -2 -1 6 6 -2 6 4 3 0 0 2 5 1 3 8 2 9 0 5 3 2 4 11 29 2 0.66 1.48 49 K 0 2 1 -3 -4 3 1 -4 -3 -4 -4 4 -4 -4 0 -1 -1 -4 -1 -1 9 9 8 0 0 12 8 1 0 0 1 29 0 0 5 4 4 0 3 6 0.48 1.47 50 V 0 0 1 0 -4 1 -3 0 -4 0 -1 0 -3 1 1 0 0 -4 2 0 6 6 6 6 0 6 0 6 0 6 6 6 0 6 6 6 6 0 6 6 0.04 1.67 51 P 0 -4 0 -1 -5 1 2 -1 1 -1 -1 -1 1 -4 3 1 0 -5 0 -1 7 0 5 3 0 7 11 4 3 4 5 3 3 0 15 10 5 0 3 4 0.17 1.72 52 K -1 1 -1 0 -5 -1 3 -2 -4 -2 -1 3 0 -5 -1 -2 0 -5 -2 -1 5 7 3 5 0 2 21 3 0 2 8 18 3 0 3 3 6 0 2 4 0.24 1.70 53 N -2 1 3 5 -5 0 1 -2 0 -3 -3 0 -1 -5 -1 -1 -2 -6 -5 -2 3 6 14 32 0 4 7 3 3 1 3 5 1 0 3 4 2 0 0 3 0.50 1.72 54 T 1 -2 -1 3 -5 0 3 -4 -4 -3 -2 -1 -1 -5 1 0 3 -5 -5 -4 13 2 2 16 0 3 19 0 0 2 5 3 1 0 6 7 18 0 0 0 0.43 1.72 55 K 0 0 -2 2 -5 1 2 -1 -4 0 -2 2 -4 -1 2 0 -2 -5 -4 -1 7 5 1 13 0 5 11 4 0 5 5 13 0 3 10 6 2 0 0 4 0.20 1.71 56 V 2 -1 -1 1 -5 0 4 0 -1 -1 -2 0 -1 -5 -2 -1 -1 -5 -3 0 16 3 3 7 0 3 24 6 1 3 4 7 2 0 2 3 4 0 1 7 0.25 1.75 57 Q -2 2 -2 3 -2 3 3 -2 -4 -3 -3 2 -2 -5 -2 -1 -2 -6 -5 -2 4 12 1 15 1 15 16 3 0 1 2 12 1 0 2 4 2 0 0 3 0.44 1.76 58 R 0 3 -2 1 -5 0 1 -1 -4 -3 -1 3 -1 -5 -2 -1 0 -5 -5 -2 8 15 2 9 0 3 9 6 0 1 7 18 2 0 1 4 6 0 0 4 0.26 1.76 59 E 0 -1 -3 2 -5 0 5 -4 -4 -2 0 1 -2 -5 -2 -2 -2 -5 -2 -2 6 3 0 10 0 4 41 1 0 3 10 8 1 0 2 1 2 0 1 2 0.58 1.76 60 E -1 -3 0 2 -6 -1 6 -3 -2 -5 -2 0 -2 -5 0 -2 -2 -6 -3 -5 5 0 4 11 0 2 51 2 1 0 4 4 1 0 4 2 2 0 1 0 0.85 1.77 61 Q -2 -3 -2 -1 -2 7 3 -2 -3 -3 -3 0 -4 -6 0 -3 -1 -5 -5 -2 2 0 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