Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 T 0 -2 0 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -2 -2 -1 -2 -3 -2 3 5 -3 -2 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 32 68 0 0 0 0.63 0.20 2 T 2 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -2 -2 -2 -2 2 -2 -3 -2 1 4 -3 -2 -1 29 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 17 0 0 0 0 55 0 0 0 0.47 0.22 3 A 2 -2 4 -1 -3 -2 -2 2 -2 -4 -4 -2 -3 -4 3 0 -1 -4 -3 -3 29 0 34 0 0 0 0 18 0 0 0 0 0 0 19 0 0 0 0 0 0.61 0.31 4 N 1 1 3 -1 -3 3 -1 -2 2 -3 -3 1 -2 1 -3 1 -1 -3 -2 0 13 6 22 0 0 15 0 0 6 0 0 10 0 7 0 14 0 0 0 7 0.28 0.35 5 T -1 -2 2 -2 -2 -2 0 -1 -3 -2 -3 -2 -2 -3 -2 0 6 -4 -3 0 0 0 10 0 0 0 5 5 0 0 0 0 0 0 0 0 74 0 0 6 0.76 0.44 6 H 4 -3 -2 -3 -2 -2 -2 -2 5 -1 -2 -2 -2 -3 -3 0 -1 -4 -2 2 54 0 0 0 0 0 0 0 18 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 22 0.58 0.44 7 C -2 -3 2 4 7 -2 -1 -3 -3 -1 -3 -2 -3 -4 -3 2 0 -4 -4 -3 0 0 10 33 31 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 16 4 0 0 0 0.78 0.44 8 G 0 -3 3 -2 -3 -2 -3 3 -2 -2 0 -2 -2 -3 -3 0 2 -4 -3 1 5 0 22 0 0 0 0 26 0 0 11 0 0 0 0 5 17 0 0 13 0.37 0.44 9 A 1 0 -1 0 -3 -2 -2 1 -3 -4 -4 -2 -3 -4 3 4 1 -4 -3 -3 13 6 0 5 0 0 0 9 0 0 0 0 0 0 17 42 8 0 0 0 0.54 0.46 10 D -2 0 3 4 -4 3 -1 2 -2 -4 -4 -1 -3 -4 -3 0 1 -4 0 -4 0 4 13 28 0 17 0 19 0 0 0 0 0 0 0 5 9 0 4 0 0.52 0.50 11 F -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 3 5 -4 0 3 -4 -4 -2 -3 -1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 16 64 0 0 14 0 0 0 0 0 6 0.80 0.51 12 C -2 2 -2 -3 6 1 -2 -3 6 -3 -1 2 -2 -3 -3 -2 1 -4 -2 -3 0 14 0 0 20 5 0 0 25 0 6 19 0 0 0 0 12 0 0 0 0.65 0.51 13 T -1 -2 -1 -2 -2 -2 -2 -3 -3 -2 -3 -2 -2 -4 -2 0 7 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 1.24 0.51 14 W -4 -4 -5 -6 -4 -3 -4 -4 -4 -4 -3 -4 -3 0 -5 -4 -4 12 1 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 3.37 0.51 15 W -4 -4 -5 -5 -4 -3 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -3 0 -5 -4 -1 12 1 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 91 0 4 2.94 0.51 16 H -3 -2 -1 -2 -5 2 -1 -4 10 -5 -4 -2 -3 -3 -4 -2 -3 -4 0 -5 0 0 0 0 0 8 0 0 92 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.91 0.56 17 D -1 -3 2 5 -4 -1 3 -3 -2 0 -4 -2 -3 -4 0 -1 0 -5 -4 -3 4 0 11 39 0 0 27 0 0 10 0 0 0 0 4 0 6 0 0 0 0.68 0.56 18 S -2 -2 6 -1 -4 -1 0 1 -2 -4 -4 1 -3 -4 -3 2 2 -5 -3 -3 0 0 47 0 0 0 3 9 0 0 0 10 0 0 0 13 18 0 0 0 0.73 0.56 19 G 1 -3 -2 -3 4 -3 -3 5 -3 -4 -4 -3 -3 -1 -3 1 -2 -3 3 -3 14 0 0 0 10 0 0 50 0 0 0 0 0 3 0 10 0 0 13 0 0.78 0.56 20 E -2 -2 -2 -1 -3 -1 4 -3 -2 -1 -2 -2 -2 0 -3 2 -1 -4 -3 3 0 0 0 0 0 0 44 0 0 0 0 0 0 4 0 17 3 0 0 32 0.57 0.56 21 I 0 -1 -3 -4 -3 -2 -1 -4 -3 5 -1 2 -1 1 -4 -3 -2 -3 1 2 10 3 0 0 0 0 3 0 0 46 0 18 0 5 0 0 0 0 5 10 0.46 0.56 22 N -1 -2 7 2 -4 -1 1 -2 -1 -5 -5 -2 -4 -5 -3 1 -1 -5 -4 -4 5 0 67 11 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 1.07 0.56 23 T 1 -3 -2 0 -3 -2 -2 -3 -3 -1 -3 -1 -2 -3 1 1 5 -4 0 1 12 0 0 7 0 0 0 0 0 3 0 4 0 0 5 8 48 0 5 10 0.49 0.56 24 Q 0 1 2 0 -4 3 3 0 -2 -4 -4 -1 -3 -4 -3 0 1 1 -3 -3 8 8 10 2 0 18 26 7 0 0 0 0 0 0 0 7 11 3 0 0 0.44 0.56 25 T 0 -1 -2 -3 -3 -2 -2 1 -3 -1 -3 0 -2 -1 0 2 5 -4 -3 -2 5 3 0 0 0 0 0 14 0 4 0 7 0 3 4 16 44 0 0 0 0.48 0.56 26 P 1 1 -3 -3 -4 -2 -2 -3 -3 -4 -4 -2 0 -3 7 0 0 -4 2 -3 15 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 54 7 4 0 8 0 1.13 0.58 27 V -1 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -4 2 0 -3 -1 -2 1 -3 1 -4 -3 5 2 0 0 0 0 0 0 0 0 11 4 0 0 0 8 0 12 0 0 63 0.74 0.58 28 Q 3 0 -2 -1 -3 4 0 1 -2 -4 -4 0 -3 -4 -3 1 -2 -4 0 -3 37 4 0 3 0 25 5 10 0 0 0 2 0 0 0 8 0 0 4 0 0.49 0.58 29 P 1 -3 1 3 -4 -2 2 -3 -3 -4 -3 -2 -3 -5 5 -1 -2 -5 -4 -3 17 0 9 22 0 0 13 0 0 0 3 0 0 0 35 2 0 0 0 0 0.83 0.58 30 G -2 -3 3 4 -4 -2 0 4 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -5 0 0 18 31 0 0 4 43 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0.92 0.58 31 N -2 -1 4 -1 -4 3 3 0 -2 -3 -4 1 -3 -4 -3 -1 -1 -5 -3 0 0 0 30 0 0 14 27 8 0 0 0 10 0 0 0 0 3 0 0 8 0.58 0.58 32 V -2 -4 -5 -5 -2 -4 -4 -5 -5 2 -1 -4 -1 -2 -4 -3 -2 -4 -3 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 92 1.13 0.58 33 R -3 7 -1 1 -4 0 -1 -3 -2 -4 -3 1 -3 -4 -3 -2 -2 -4 -3 -4 1 84 0 9 0 0 1 1 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 1 1.26 0.54 34 Q 0 4 -2 -2 -4 6 0 -3 -2 -4 -3 0 1 -4 -3 0 -2 -4 -3 -3 9 33 0 0 0 43 3 0 0 0 0 0 4 0 0 7 0 0 0 0 0.85 0.62 35 S 0 -2 -1 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -4 -4 -2 -3 -4 -2 6 0 -4 -3 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 1.24 0.62 36 H -2 3 -1 2 -4 -1 -2 0 6 -5 -4 -1 -3 -4 3 2 -1 -5 -2 -4 0 18 0 14 0 0 0 7 25 0 0 0 0 0 14 19 3 0 0 0 0.66 0.62 37 K -1 3 -3 -3 -4 2 -2 -4 -3 -2 1 3 -2 4 -4 -2 0 -3 -1 -1 4 18 0 0 0 9 0 0 0 0 12 19 0 26 0 0 7 0 0 4 0.45 0.62 38 Y -3 -3 -4 -5 -4 -3 -4 -5 0 -3 -2 -4 -2 3 -5 -3 -3 1 9 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 93 0 1.89 0.62 39 S 0 1 1 2 -3 -1 1 -2 -2 -4 -2 -1 -3 -4 -3 4 2 -5 -3 -3 3 8 7 12 0 0 7 0 0 0 5 2 0 0 0 45 11 0 0 0 0.50 0.62 40 V -1 -4 -5 -5 -2 -4 -4 -5 -5 1 -1 -4 -1 -2 -4 -3 -2 -5 -3 6 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 97 1.18 0.62 41 Q -2 3 -1 -2 -4 5 2 -3 1 -4 -4 2 -3 -2 -3 2 1 -4 -3 -4 0 15 0 0 0 29 10 0 3 0 0 11 0 2 0 23 7 0 0 0 0.59 0.62 42 V -2 -4 -4 -5 -2 -4 -4 -5 -5 2 -1 -4 -1 -2 -4 -1 -1 -5 -3 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 4 0 0 0 93 1.13 0.62 43 S 2 1 -2 -2 -3 -2 1 -2 -3 -1 -1 1 -2 -4 -3 4 2 -4 -3 -2 21 8 0 0 0 0 7 0 0 3 7 7 0 0 0 35 11 0 0 0 0.40 0.62 44 L -1 -3 -3 -3 -3 3 -1 1 -3 -1 1 -2 -2 -3 4 -2 1 -4 -3 1 5 0 0 0 0 20 3 11 0 2 16 0 0 0 20 0 9 0 0 14 0.39 0.62 45 A 5 -2 -2 2 -2 -2 -2 -2 -3 -3 -3 1 -2 0 -2 0 -2 -3 0 -2 60 0 0 15 0 0 0 1 0 0 1 8 0 4 0 5 0 0 3 0 0.59 0.58 46 G 2 -2 -2 0 -3 1 -2 5 -3 -4 -4 1 -3 -5 -3 1 0 -4 -4 -4 16 0 0 5 0 8 0 45 0 0 0 10 0 0 0 9 6 0 0 0 0.65 0.62 47 T 0 -1 -2 0 -3 2 1 -3 -3 -4 -4 -2 -3 -5 5 3 1 -5 -4 -2 6 3 0 4 0 11 9 0 0 0 0 0 0 0 32 25 9 0 0 2 0.71 0.62 48 N 0 1 4 4 -4 0 1 0 -2 -4 -4 -1 -4 -5 -3 2 -1 -5 -4 -4 7 10 21 25 0 2 6 7 0 0 0 0 0 0 0 19 3 0 0 0 0.55 0.62 49 N 1 0 2 1 -3 1 -1 -2 -2 -3 -1 2 -2 -3 0 1 2 -3 -3 -2 11 5 10 10 0 7 1 1 0 1 5 17 0 1 4 11 13 0 0 1 0.25 0.54 50 F -1 -1 -3 -1 -3 -1 -2 -3 -2 -2 -1 -1 -2 6 -3 -1 -1 3 4 -1 5 3 1 5 0 3 1 1 0 1 4 4 0 39 1 4 5 4 15 4 0.55 0.54 51 H -3 -1 0 -3 -4 3 -2 -4 3 -3 -2 -1 -2 3 -3 -2 -3 0 7 -3 1 3 4 0 0 16 0 1 8 0 1 3 0 12 0 1 0 0 48 0 0.91 0.58 52 D -2 1 2 6 -4 -2 -1 0 0 -4 -4 -2 -4 -4 1 0 -2 -4 -4 -4 1 10 7 56 0 0 0 8 2 0 1 0 0 0 7 4 0 0 0 0 0.85 0.58 53 S 2 -2 -1 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -3 -2 -3 -3 -2 6 1 -4 -3 -3 14 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 75 5 0 0 0 0.88 0.58 54 F -3 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -3 -1 0 -4 -1 8 -4 -3 -3 -1 1 -2 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 3 0 0 90 0 1 0 0 0 0 1.57 0.58 55 V 0 -4 -3 -4 -2 -3 -3 -4 -4 0 -1 -3 -1 -3 -4 -2 3 -4 -3 5 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 24 0 0 69 0.85 0.62 56 Y -3 -3 -4 -5 -4 -3 -4 -5 0 -3 -3 -3 -3 2 -5 -3 -3 1 9 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 2.01 0.62 57 E -2 1 -2 -1 -4 0 5 -3 -2 -2 1 1 5 -3 -3 -2 -2 -3 -3 -2 1 8 0 0 0 0 44 1 0 0 15 7 21 0 0 1 0 0 0 0 0.61 0.58 58 S 1 -2 0 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -3 -2 -3 -3 -2 5 3 -4 -3 -2 11 0 3 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 62 18 0 0 0 0.76 0.58 59 I 0 -4 -4 -4 -2 -4 -4 -4 -4 6 0 -4 0 -2 -4 -3 -2 -4 -3 2 8 0 0 0 0 0 0 0 0 79 1 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0.98 0.58 60 P -2 -3 -3 -3 -4 -2 -2 -3 -3 -4 -4 -2 -4 -4 8 0 -2 -5 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 86 8 0 0 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