Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 F -3 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -1 -1 2 -4 -1 7 -5 -3 -3 0 5 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 18 0 0 56 0 0 0 0 26 0 1.07 0.41 2 C -3 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -4 -4 -5 -4 -5 -5 -2 -2 -5 -5 -3 0 0 0 0 96 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 0 2.93 1.04 3 G 0 -1 0 1 -4 1 1 2 2 -5 -4 -2 -2 -3 -3 4 -1 -2 -3 -4 5 2 4 7 0 5 11 17 4 0 1 1 1 1 0 35 3 1 0 1 0.49 1.08 4 K -1 4 -1 -2 -5 3 -1 -4 -1 -1 0 3 -1 -2 -3 0 0 -5 -2 0 4 27 3 1 0 12 3 0 1 3 8 16 2 2 1 5 5 0 1 7 0.41 1.03 5 H -3 -3 -4 -5 -5 -2 -4 -5 6 -3 -2 -2 -2 1 -4 -3 -3 1 8 -2 1 1 0 0 0 2 0 0 19 1 4 2 1 3 1 1 1 1 62 2 1.50 1.03 6 G -1 2 -2 -2 -4 2 0 2 0 -3 -3 2 -2 -5 -1 1 2 -1 -3 -3 2 12 1 1 0 11 4 15 2 1 2 14 1 0 3 12 16 1 1 1 0.34 0.94 7 T 0 -2 0 0 -3 -2 -2 -1 -1 -3 -3 -2 -3 -3 -2 5 4 -5 -2 -3 4 1 3 4 0 0 0 3 1 1 1 1 0 1 1 51 27 0 1 1 0.76 0.86 8 C -2 -2 -4 -5 11 -1 -1 -5 -5 -3 -3 -3 -3 -5 -5 -3 -3 -4 -4 -3 0 2 0 0 87 3 5 0 0 0 1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2.36 0.86 9 E 1 0 -1 -2 -4 0 1 1 0 -2 -2 -1 0 -2 -1 1 0 1 2 -1 15 5 3 1 0 5 9 10 2 2 4 3 2 1 3 12 5 2 9 5 0.12 0.86 10 D 0 -2 -1 5 -5 1 3 -1 -3 -4 -3 0 -2 -5 -3 0 -2 -5 -4 -3 8 1 1 42 0 6 24 3 0 0 3 4 1 0 0 5 2 0 0 1 0.76 0.86 11 C -2 -5 -4 -5 11 -5 -5 -4 -5 -3 -3 -5 -3 -4 -5 -3 -2 -4 -4 -2 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.62 0.64 12 V -2 -4 -4 -5 4 -4 -4 -5 -4 3 3 -4 1 -2 -4 -3 -1 -4 -3 4 2 0 0 0 9 0 0 0 0 22 28 0 3 0 0 0 2 0 0 33 0.67 0.62 13 L 0 -2 -2 -3 -3 0 -2 0 -1 -1 4 -2 1 0 -4 -1 0 -3 -3 -1 8 2 2 1 0 5 2 8 1 1 54 2 2 3 0 4 4 0 0 0 0.38 0.61 14 A 6 -3 -3 -3 -2 -1 -2 -1 -3 -2 -1 -2 -2 -4 -3 1 -1 -4 -3 -1 76 0 0 0 0 1 0 2 0 2 7 0 0 0 0 8 1 0 0 2 0.81 0.63 15 R 0 6 -2 -3 -4 3 -1 -3 0 -4 -4 1 0 -4 -4 -1 -1 -4 -3 -2 7 64 0 0 0 13 2 1 1 0 0 3 2 0 0 2 2 0 0 3 0.95 0.64 16 D -3 -3 2 8 -5 -2 0 -3 -3 -5 -5 -2 -5 -5 -3 -2 -3 -6 -5 -5 0 0 6 94 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.73 0.64 17 P 0 -4 -4 -3 -4 -3 -3 -4 -4 -4 -5 -3 -4 -5 8 -2 -3 -5 -5 -4 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 91 0 0 0 0 0 2.34 0.64 18 Y -2 -3 -3 -3 -2 -3 -3 -4 5 -2 -2 -3 -2 2 -4 -2 -2 0 8 -2 2 0 0 1 1 0 0 0 15 1 2 0 0 5 0 2 1 0 67 2 1.32 0.64 19 C -2 -5 -4 -5 11 -5 -5 -4 -5 -3 -3 -5 -3 -4 -5 -3 -2 -4 -4 -2 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.62 0.64 20 A 4 -3 -1 -3 -3 -3 -3 5 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -3 0 -1 -4 -4 -2 48 0 2 0 0 0 0 41 0 0 0 0 0 0 0 5 2 0 0 2 0.85 0.59 21 W -4 -4 -5 -6 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -3 -5 -3 0 -5 -4 -4 12 2 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 95 5 0 3.31 0.59 22 S -2 -3 2 5 6 -2 -1 -2 2 -4 -4 -2 -2 -4 -3 2 -1 -5 -3 -4 1 0 8 41 19 0 1 1 7 0 0 1 1 0 0 16 2 0 1 0 0.81 0.65 23 P -1 0 -1 -3 -4 0 -1 3 3 -2 -1 -1 -2 0 2 0 0 -1 -2 1 3 4 2 1 0 4 3 25 7 2 5 3 1 4 12 7 7 1 1 11 0.24 0.76 24 P 0 1 0 -1 -4 0 2 -2 3 -2 0 0 -1 -3 -2 1 1 -2 -2 -1 9 9 5 3 0 4 12 3 8 2 11 5 2 1 2 12 7 1 1 3 0.13 0.93 25 T 1 1 -1 -2 -4 1 2 0 0 -3 0 -1 -2 -3 -3 2 1 -4 -3 -2 13 9 3 1 0 7 15 7 2 1 11 3 1 1 1 14 8 0 0 2 0.18 0.92 26 A 0 1 0 -1 7 2 -1 2 0 -4 -4 0 -3 -5 -4 0 -1 -4 -2 -3 7 7 5 3 23 9 3 17 2 0 1 7 0 0 0 7 4 0 1 1 0.52 0.99 27 T 1 5 -2 -3 -4 0 -1 -3 -1 -2 -1 2 -2 -4 -3 1 1 -5 -4 -2 15 31 1 1 0 4 4 1 1 2 6 12 1 0 1 11 8 0 0 3 0.46 1.03 28 C -2 0 -3 -1 10 -3 -3 -4 -1 -3 -3 -4 -4 -4 -2 -2 -3 -5 -3 -3 2 7 1 5 74 1 1 1 2 1 2 0 0 0 2 2 1 0 0 0 2.01 1.07 29 V -1 0 -4 -4 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 0 0 -4 1 0 6 6 0 0 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 0 6 6 0.14 1.78 30 A 0 0 -1 -1 -5 -1 -1 -2 0 -1 1 -1 1 1 1 1 1 2 0 -1 7 5 3 4 0 3 5 4 3 4 16 3 3 5 6 10 8 3 3 5 0.08 1.88 31 L 0 -1 -4 -2 -4 0 -2 -2 2 2 2 -1 0 1 3 -2 0 -5 0 1 7 3 0 2 0 5 2 3 4 10 19 3 2 5 12 3 5 0 4 8 0.23 1.83 32 H 0 0 1 0 -1 0 0 -1 3 -3 -2 -2 -1 0 0 1 1 0 2 -1 8 6 7 5 1 4 5 4 6 2 4 2 1 5 5 12 8 1 8 4 0.14 1.88 33 Q 0 1 0 1 -5 3 0 0 -1 -3 -3 0 -1 -5 1 0 2 -5 -1 -2 6 6 5 9 0 13 6 7 2 2 3 6 2 0 8 8 13 0 2 2 0.23 1.86 34 T 0 0 -1 -2 2 -1 0 -1 4 -3 -2 1 -2 -2 3 1 2 0 -1 -3 7 4 2 2 4 3 6 5 8 2 4 10 1 2 14 10 11 1 2 2 0.25 1.92 35 E 0 2 1 1 -2 1 1 -1 1 -2 -3 0 -2 -3 0 2 1 0 -1 -1 8 13 5 7 1 5 7 4 4 2 3 5 1 1 5 13 8 1 2 4 0.16 1.94 36 S 0 2 2 -1 -2 -1 0 2 0 -3 0 0 0 -3 -1 1 -1 0 -4 -3 8 13 11 3 1 2 6 13 2 1 10 5 2 1 3 12 3 1 0 2 0.21 1.94 37 P 0 1 2 1 -1 0 -2 -1 1 -2 -3 0 1 -1 2 3 0 -5 -2 -3 9 7 10 7 1 4 2 4 4 3 3 7 4 2 9 19 5 0 1 1 0.24 1.98 38 S -2 4 -1 -3 -2 -1 -1 -1 1 -3 -1 -1 0 -1 -1 3 0 -1 -2 -3 3 23 2 1 1 2 4 4 3 1 7 3 2 3 3 25 6 1 1 2 0.40 1.95 39 R -2 5 -2 -2 -4 2 0 0 1 -3 -3 0 -2 -3 -2 2 0 -2 -2 -3 4 32 2 2 0 7 6 7 3 1 3 6 1 1 2 14 6 1 1 2 0.51 1.80 40 G 0 0 2 1 -4 0 -1 2 2 -3 -2 -1 -3 0 1 1 -1 0 -2 -2 8 5 11 8 0 3 3 14 5 1 5 3 0 5 6 12 4 1 1 3 0.18 1.70 41 L -3 0 -4 -4 -2 -3 -5 -4 -4 -1 3 -3 1 1 -5 -3 -3 10 -1 -2 2 6 1 1 1 1 1 2 0 3 30 1 3 6 1 3 2 33 1 3 1.26 1.87 42 I -2 1 -3 -4 0 0 -2 -3 -2 5 1 0 -1 -1 -4 -2 -1 -2 -4 2 3 7 1 1 2 5 2 2 1 31 15 7 1 2 1 2 5 1 0 13 0.49 1.84 43 Q -3 -2 -2 -2 -5 8 -1 -5 -2 -5 -4 -1 -4 -6 -3 -1 -3 -1 -4 -4 1 0 1 2 0 81 2 0 1 0 1 1 0 0 1 3 1 1 0 1 1.92 1.88 44 E -3 -2 3 7 -6 -2 -1 -3 -2 -3 -4 -3 -5 -6 -5 2 -3 -6 -4 -1 2 2 13 54 0 1 3 1 1 1 1 1 0 0 0 14 1 0 1 5 1.19 1.91 45 M -3 -2 -3 -6 -5 -5 -4 -4 -6 5 1 -4 5 -3 -3 -2 -3 -2 -3 4 2 2 2 0 0 0 1 1 0 34 14 1 13 1 1 3 1 1 1 23 0.88 1.92 46 S -2 -1 2 0 -5 0 5 -2 3 -5 -4 1 -3 -5 -4 2 0 -6 -4 -3 2 3 9 4 0 3 32 2 8 0 2 9 1 0 0 16 7 0 0 2 0.63 1.84 47 G 0 0 -1 -3 -5 -2 -3 6 -1 -5 -4 -2 -3 -4 -2 1 -2 -5 -5 -5 7 5 3 1 0 2 1 59 2 0 2 2 1 1 2 11 2 0 0 0 1.06 1.77 48 D -3 -2 4 6 -5 -1 0 2 0 -5 -4 -1 -2 -3 -3 -2 -3 -5 -3 -5 2 3 17 39 0 2 5 18 2 1 1 3 1 1 1 2 1 0 1 1 0.87 1.62 49 A 3 -4 2 -2 -4 -3 -3 -3 0 -1 -2 -3 -3 -5 4 0 2 -5 -3 2 21 0 10 2 0 1 1 1 3 3 3 1 0 0 18 8 11 0 1 15 0.49 1.71 50 S 1 2 -1 0 -2 1 0 -2 -1 -5 -4 1 0 -6 -2 4 2 -6 -5 -2 10 10 2 5 1 5 4 2 1 0 1 8 2 0 2 35 10 0 0 2 0.50 1.78 51 V 0 0 -2 -4 -2 5 0 1 -2 0 -2 1 -1 -4 -3 1 -3 -6 -3 0 8 6 2 0 1 26 6 12 1 5 5 9 1 0 1 11 1 0 1 7 0.41 1.79 52 C -4 -7 -6 -7 11 -6 -7 -6 -6 -4 -3 -6 -5 -5 -6 -4 -2 -6 -3 -4 0 0 0 0 96 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 1 0 3.47 1.74 53 P -3 -1 -5 -3 -6 -1 0 -1 -3 -3 -2 -2 -2 -3 7 -1 -3 1 -5 -3 1 3 0 1 0 3 6 4 0 1 4 2 1 1 64 4 1 2 0 1 1.52 1.63 54 D -1 -2 1 6 -6 -1 1 -2 -2 -5 -6 2 -5 -6 -3 2 -3 -7 -5 -1 5 1 6 40 0 1 8 3 1 0 0 14 0 0 1 14 1 0 0 6 0.80 1.57 55 K -1 2 0 -3 -5 3 2 -3 -1 -4 -2 3 4 -5 -4 2 -2 -5 -4 -3 4 11 5 0 0 15 12 1 1 0 3 19 12 0 0 14 2 0 0 1 0.56 1.43 56 S 1 -4 -2 -3 -3 -3 -3 -3 -4 -4 -5 -3 -4 -5 -3 5 5 -5 -4 -3 12 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 54 34 0 0 0 1.16 1.21 K Lambda Standard Ungapped 0.1323 0.3189 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1537 0.3173 PSI Gapped 0.0470 0.2670