Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 T -3 -4 -3 -4 -4 -4 -4 -5 -5 -4 -4 -4 -4 -5 -4 0 8 -6 -5 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 96 0 0 0 2.05 1.59 2 S 0 -3 -1 4 -6 0 5 -3 -3 -5 -5 0 -5 -6 3 0 -3 -6 -4 -5 6 1 2 21 0 3 36 2 0 0 0 6 0 0 15 5 1 0 0 0 0.86 1.65 3 K 1 0 -1 0 -5 1 3 -4 -2 -4 -3 5 -2 -4 -3 0 -1 -4 -3 -3 13 4 2 4 0 5 20 0 1 1 3 32 1 0 1 7 4 0 1 1 0.58 1.64 4 G -3 -6 -3 -4 -6 -5 -5 7 -5 -7 -7 -5 -6 -6 -5 -3 -5 -6 -6 -6 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.40 1.63 5 K -2 5 -1 -3 -2 1 2 -5 -1 -1 0 3 1 -3 -5 -2 -2 -1 -1 -3 2 29 2 1 1 7 12 0 2 3 9 19 4 1 0 2 2 1 2 1 0.59 1.69 6 K 1 2 -1 -1 -4 2 4 -4 -1 -3 -3 4 -2 -5 -4 -1 -1 -6 -4 -3 12 9 2 4 0 7 24 1 1 1 2 25 1 0 0 4 3 0 0 2 0.57 1.69 7 I -1 -2 -4 -6 -3 -1 -2 -5 -1 4 2 0 2 -1 -5 -4 0 -5 1 2 5 2 0 0 1 3 3 0 1 28 21 5 5 2 0 0 5 0 5 14 0.54 1.69 8 G 6 -5 -4 -5 -4 -4 -4 4 -5 -5 -4 -4 -4 -6 -4 -2 -3 -6 -4 -3 71 0 0 0 0 0 0 25 0 0 1 0 0 0 0 1 1 0 1 1 1.43 1.69 9 K -1 2 -1 -1 -2 1 4 -3 -2 -2 -1 3 -1 -4 -5 0 -1 -3 -2 -1 6 9 3 3 1 6 26 2 1 2 7 19 1 0 0 6 3 0 1 5 0.41 1.69 10 R 1 3 0 1 -4 1 2 -2 -1 -3 -3 2 0 1 -5 0 -1 -2 2 -3 10 15 4 6 0 6 11 2 1 1 2 13 3 6 0 5 3 0 8 2 0.30 1.69 11 L -3 -5 -4 -6 0 -5 -6 -6 -6 4 3 -5 4 -2 -6 -2 0 -5 -4 3 2 0 1 0 2 0 0 0 0 27 29 0 9 1 0 3 6 0 0 19 0.87 1.69 12 V -2 2 -4 -4 -2 -3 -3 -6 -1 0 2 -1 0 0 -6 -3 -2 1 5 3 3 10 1 1 1 1 1 0 1 5 17 5 2 2 0 2 2 2 23 21 0.59 1.69 13 Y -1 5 0 1 -3 1 4 -4 2 -4 -4 0 -2 -2 -5 -2 -2 -1 1 -4 5 27 4 6 1 5 28 1 4 1 1 5 1 2 0 2 2 1 4 0 0.67 1.69 14 R -3 7 -2 -3 -4 -2 -3 -5 -1 -6 -5 3 -5 -6 -5 -3 -3 -6 -4 -6 2 72 1 1 0 0 0 0 1 0 0 19 0 0 0 1 1 0 0 0 1.74 1.69 15 H -5 -3 1 -3 -6 -2 -2 -5 11 -6 -6 -3 -5 -3 -5 -4 -5 -5 0 -6 0 1 5 1 0 0 1 0 88 0 0 1 0 1 0 0 0 0 2 0 2.79 1.69 16 E -2 5 1 0 1 3 2 -3 1 -2 -3 1 -3 -5 -5 -3 0 -6 -3 -3 3 30 7 5 3 12 13 2 3 2 2 8 0 0 0 1 5 0 0 2 0.60 1.69 17 L -2 -5 -3 -5 -3 -4 -4 -6 -4 3 4 -4 1 1 -6 -3 2 -3 -2 2 4 0 1 0 0 0 1 0 0 19 34 1 4 7 0 1 13 0 1 13 0.68 1.69 18 L -3 -6 -6 -7 -4 -5 -6 -7 -6 4 5 -6 -1 1 -6 -4 -3 2 -4 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 23 51 0 1 6 0 1 1 3 0 14 1.09 1.69 19 E -1 0 -2 -2 -3 1 5 -4 0 -4 -3 1 -1 -2 -4 0 2 -5 0 -2 4 6 1 1 0 5 36 0 2 1 3 10 1 2 0 8 13 0 3 3 0.57 1.68 20 Q -1 2 0 2 -1 2 3 -3 0 -4 -3 1 -2 -5 -5 0 2 -6 -4 -3 4 13 5 12 1 7 17 2 2 1 3 9 1 0 0 8 12 0 1 2 0.38 1.69 21 F -4 -4 -6 -6 -2 -3 -6 -5 -3 -2 1 -4 0 8 -6 -4 -4 3 2 -2 1 1 0 0 1 1 0 1 1 1 10 1 3 68 0 1 1 4 4 2 1.68 1.71 22 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -5 -1 6 -5 1 4 -6 -4 -3 -4 -2 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 75 0 2 15 0 1 1 0 1 2 1.41 1.71 23 R -2 3 -1 -1 3 2 2 -3 0 1 -2 2 2 -4 -5 -1 1 -5 -3 0 2 14 3 3 6 8 15 2 2 8 3 11 5 1 0 4 7 0 1 6 0.31 1.70 24 I 0 -1 0 -3 -1 -1 -1 -4 2 2 2 -1 3 0 -5 -1 0 -2 -1 2 9 3 4 1 2 3 3 1 5 12 17 3 7 3 0 5 6 1 2 14 0.23 1.79 25 I -2 -5 -6 -6 -1 -3 -6 -6 -6 4 5 -5 1 -1 -6 -4 -3 -5 -2 0 4 0 0 0 1 1 0 0 0 24 56 0 3 2 0 1 1 0 1 4 1.10 1.79 26 G -2 -2 2 0 -2 -2 -2 6 0 -6 -4 -2 -3 -6 -5 -2 -3 -5 -3 -6 2 2 10 5 1 2 2 65 2 0 2 3 1 0 0 1 1 0 1 0 1.24 1.75 27 V -2 -3 -5 -5 1 -2 -4 -4 -1 2 1 -5 1 -1 -5 -2 -2 -4 2 5 2 1 0 0 3 2 1 1 2 11 13 0 3 2 0 2 2 0 8 45 0.77 1.72 28 D -2 -2 1 4 -2 0 0 -1 -1 -5 -4 0 -3 -6 2 3 -1 -6 -5 -5 2 2 6 27 1 3 6 5 1 0 2 5 1 0 11 22 4 0 0 0 0.61 1.75 29 E 0 -1 -1 0 1 -1 4 -3 -1 -4 -3 1 -2 -3 2 -1 -1 6 -2 -4 7 3 2 5 3 3 28 1 2 1 3 10 1 1 11 5 4 10 1 1 0.54 1.77 30 E -1 -2 0 4 0 1 4 -3 -1 -3 -4 1 -2 -4 -2 0 -1 -6 -3 -4 5 2 3 25 2 5 29 2 1 2 1 7 1 1 2 5 4 0 1 1 0.62 1.78 31 K -2 -1 2 -1 -2 0 2 -3 1 2 -2 -1 -2 -2 -2 -1 3 -5 -2 0 3 4 12 3 1 5 15 2 3 12 3 4 1 2 2 4 18 0 1 8 0.29 1.75 32 I 5 -3 -5 -5 -1 -2 -2 -4 -5 2 -2 -3 -1 -2 -1 -2 -2 -5 -4 3 49 1 0 0 1 2 2 0 0 12 4 1 1 2 2 2 1 0 0 18 0.79 1.75 33 Y -1 0 -1 1 -1 0 3 -4 6 -3 1 -1 -2 -3 -4 -1 -2 -3 2 -3 6 5 2 6 1 4 21 1 21 1 13 2 1 1 1 5 2 0 7 1 0.53 1.66 34 N 1 0 0 2 -4 2 5 -4 0 -1 -3 1 -2 -4 -4 -2 -2 -6 -3 -3 10 6 4 11 0 7 36 1 2 3 3 9 1 0 0 2 2 0 1 2 0.57 1.68 35 D -3 -4 0 6 -6 1 5 -4 -4 -3 -4 -2 -5 -6 -4 -2 -3 -6 -4 -4 2 0 3 44 0 6 36 1 0 2 2 1 0 0 0 1 1 0 1 1 1.27 1.67 36 V 6 -5 -5 -5 -1 -4 -4 -2 -5 -2 -4 -3 -4 -5 -4 -1 1 -6 -5 2 71 0 0 0 1 0 0 1 0 1 0 1 0 0 0 3 8 0 0 13 1.23 1.69 37 E -3 -3 -4 -1 9 -3 5 -4 -1 -4 -5 -3 -3 -6 -5 -2 -4 -6 -5 -4 1 1 0 3 43 0 45 1 2 1 0 1 1 0 0 2 0 0 0 1 1.78 1.69 38 G 0 4 -2 -4 -3 0 0 2 -2 -2 -1 4 0 -4 -5 -2 -3 -3 -4 -2 7 23 2 0 0 4 5 17 1 2 8 22 2 1 0 2 1 0 0 3 0.50 1.69 39 I -3 -6 -6 -7 -2 -5 -6 -7 -6 5 3 -5 6 0 -6 -5 -3 1 -4 1 1 0 0 0 1 0 0 0 0 40 22 0 24 3 0 0 1 2 0 6 1.25 1.69 40 E -4 -3 -3 -1 -7 0 8 -5 -3 -6 -6 -1 -2 -6 -4 -2 -4 -6 -5 -5 0 0 0 0 0 2 94 0 0 0 0 1 1 0 0 2 0 0 0 0 2.03 1.56 41 H -4 -3 -2 -4 -6 0 -3 -4 11 -6 -6 -4 -2 -4 -5 -3 -5 -5 0 -6 1 0 0 0 0 4 0 1 90 0 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0 2.78 1.56 42 H 1 -4 -2 -1 0 -3 -1 -3 6 1 -3 -4 -1 1 -5 0 0 -4 3 2 14 0 1 4 2 0 3 1 19 7 2 0 1 5 0 6 7 0 12 14 0.49 1.56 43 L -2 -5 -6 -6 -2 -4 -6 -5 -6 5 3 -5 2 -1 -5 -4 -2 -2 -4 3 3 0 0 0 1 0 0 0 0 33 31 0 5 2 0 1 1 1 0 22 0.97 1.56 44 S -2 -4 1 0 -2 -3 -2 -1 0 -5 -6 -3 -5 -3 0 6 0 -6 -5 -5 0 0 5 6 1 0 1 4 2 0 0 1 0 1 5 71 3 0 0 0 1.18 1.55 45 W -1 0 0 4 -4 -1 2 -3 -2 -3 -4 1 -3 -4 3 -1 -1 3 -1 -3 6 6 3 23 0 2 14 1 1 1 1 9 0 0 14 3 4 5 2 2 0.49 1.58 46 N -2 1 0 3 -6 0 5 -4 -2 -4 -4 1 -3 -2 -2 0 -1 -6 -3 -2 3 6 4 15 0 4 39 1 1 1 2 8 1 2 2 5 3 0 1 4 0.65 1.60 47 S 1 -4 -3 -4 -2 -4 -4 -3 -5 -1 -1 -4 1 1 -4 3 5 -5 -4 1 9 0 1 0 1 0 0 1 0 3 7 0 3 5 0 19 43 0 0 9 0.76 1.58 48 I -2 -4 -5 -5 -3 -3 0 -6 -5 4 3 -4 1 4 -5 -4 -2 -4 0 2 4 1 0 0 0 1 6 0 0 21 23 0 3 19 0 0 2 0 2 16 0.69 1.57 49 D 0 1 0 4 -1 1 4 -3 -2 -4 -3 1 -2 -2 -4 -1 -1 -3 -2 -4 8 7 5 20 2 7 25 2 1 1 3 7 1 2 0 5 4 0 1 1 0.47 1.59 50 R 2 5 0 -4 2 1 -3 -1 -1 -3 -3 3 -2 -5 -4 -1 -3 -6 -3 -3 21 30 5 0 4 6 1 5 1 2 2 17 1 0 0 3 1 0 1 2 0.63 1.61 51 I -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -5 6 3 -5 4 3 -6 -5 -4 -1 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 44 30 0 9 11 0 0 0 1 0 3 1.18 1.56 52 G -1 1 -1 2 3 0 2 -1 -2 -1 -3 3 -2 -3 -4 -1 -1 -5 -3 -1 6 9 2 12 6 4 13 4 1 3 2 22 1 1 0 4 3 0 1 5 0.34 1.58 53 D 2 1 2 2 -3 1 2 -3 0 -4 -2 3 0 -4 -3 0 0 -5 -3 -3 16 8 9 10 1 5 11 1 2 1 3 16 2 0 1 6 6 0 1 1 0.33 1.56 54 L -2 -3 -5 -5 -3 -4 -5 -6 0 -1 3 -2 1 6 -6 -4 -4 0 3 -1 3 1 0 0 0 0 0 0 3 3 31 2 3 41 0 1 0 1 7 3 1.05 1.56 55 V -2 -5 0 -5 -4 -5 -5 -5 -4 3 4 -4 3 -3 -5 -3 0 -5 -2 4 3 0 4 0 0 0 0 0 0 14 36 1 6 1 0 2 5 0 1 27 0.76 1.56 56 Q -2 1 2 2 -6 2 3 0 0 -3 -3 2 -2 -6 -3 -1 -1 -6 -4 -4 4 8 11 11 0 10 21 8 2 1 2 14 1 0 1 3 3 0 0 1 0.47 1.58 57 Y -4 -2 -2 -4 -5 -2 -2 -4 2 -3 -3 -1 -3 7 -6 -3 -3 0 5 -3 1 2 2 1 0 2 2 1 6 0 1 5 0 50 0 1 1 1 22 1 1.32 1.55 58 F -3 -5 -2 -5 -2 -4 -5 -5 0 2 3 -4 4 4 3 -4 -3 -4 0 0 1 0 2 0 1 0 0 0 2 12 26 0 9 21 15 1 1 0 3 5 0.72 1.55 59 E -1 2 0 1 -6 2 4 -4 1 -4 -4 4 -3 -4 -3 -1 0 -6 -2 -4 4 11 5 7 0 9 25 1 3 1 1 22 1 0 1 4 5 0 1 0 0.59 1.56 60 E -1 2 1 1 -4 2 4 -2 0 -4 -4 1 -2 -3 -3 0 -1 -6 -4 -2 5 13 8 7 0 9 26 2 2 0 1 9 1 1 1 8 4 0 0 3 0.46 1.55 61 D -3 -1 5 4 2 -1 0 -3 3 -6 -5 0 -3 -5 -3 0 -3 -3 1 -5 1 3 31 24 5 2 5 1 8 0 1 5 1 0 1 6 1 0 6 0 0.83 1.56 62 D -3 -3 -3 -2 -4 -1 0 -4 -3 -5 -5 -1 -2 -4 8 -1 -2 -6 -4 -3 1 1 1 2 0 2 6 1 0 0 1 4 1 1 69 4 2 0 0 1 1.75 1.55 63 A 0 -1 0 3 -2 1 3 0 -1 -4 -4 2 -2 -5 -4 1 -1 -5 0 -3 9 3 3 18 1 5 23 7 1 1 2 10 1 0 0 9 3 0 3 1 0.41 1.52 64 R -1 3 -2 -3 1 -4 -4 -4 -4 3 0 -3 -2 0 -4 -4 -2 8 0 1 5 19 2 2 3 0 1 1 0 19 9 1 1 4 1 0 2 20 3 9 0.76 1.52 65 K -1 -1 -2 -5 0 0 -2 -4 -3 2 3 1 2 -1 -3 -2 -2 -1 0 1 4 3 3 0 2 4 3 1 0 11 33 9 5 3 1 3 3 1 3 10 0.35 1.49 66 K -2 0 1 2 -6 2 4 -4 0 -4 -4 3 -3 -6 -2 -1 -2 -6 -4 -5 3 5 8 11 0 10 31 0 2 1 1 20 0 0 2 3 2 0 0 0 0.71 1.49 67 D 0 2 0 1 -3 2 3 -2 3 -5 -4 3 -1 -3 -4 0 -1 -5 0 -4 9 9 4 7 0 9 19 2 7 0 1 16 2 1 0 8 3 0 3 1 0.42 1.48 68 L -4 -5 -6 -6 -5 -5 -4 -6 -4 0 3 -6 0 7 -6 -5 -5 -1 4 -2 1 0 0 0 0 0 1 0 0 4 31 0 2 48 0 0 0 1 12 1 1.38 1.44 69 K -1 4 1 -1 -6 1 2 -5 1 -3 -2 4 -2 -4 -4 -1 -2 -5 -1 -3 5 19 5 4 0 6 12 0 3 1 5 29 1 0 0 3 2 0 2 2 0.57 1.44 70 S 0 2 1 1 -3 2 3 -3 2 -2 -1 2 -4 -5 -4 0 -1 -5 1 -3 7 11 6 8 0 8 17 1 5 2 6 13 0 0 0 5 4 0 5 1 0.32 1.42 71 I -4 -4 -5 -6 -5 -5 -3 -6 -1 2 0 -3 0 7 -6 -3 -2 -2 5 0 1 1 0 0 0 0 2 0 1 11 7 1 2 43 0 2 2 0 23 5 1.17 1.40 72 Q -1 4 -2 -4 5 4 -1 -5 0 -3 0 2 -1 -5 -4 -1 -3 -5 -3 -3 3 21 2 0 14 23 2 0 2 1 9 14 2 0 0 5 0 0 1 1 0.71 1.32 73 K -1 2 2 -2 -5 2 3 -3 0 -5 -5 4 -3 -5 -3 1 -2 -6 -4 -5 4 12 8 0 0 10 19 1 2 0 0 31 1 0 1 8 2 0 0 0 0.71 1.27 74 K -3 4 -3 -2 -6 2 4 -4 -3 -5 -5 5 -4 -6 -4 -3 -3 -5 -4 -5 0 21 0 0 0 9 34 0 0 0 0 37 0 0 0 0 0 0 0 0 1.11 1.08 K Lambda Standard Ungapped 0.1391 0.3166 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1943 0.3184 PSI Gapped 0.0595 0.2670