Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 D -3 -2 3 6 -5 -1 4 -3 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -4 0 0 14 49 0 0 37 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.13 0.58 2 M 3 -4 -3 -4 0 -3 -4 3 -4 -1 1 -3 0 0 -2 -1 -1 -4 -3 1 33 0 0 0 2 0 0 26 0 1 17 0 1 4 1 2 2 0 0 10 0.46 0.72 3 E -2 -2 -2 2 -4 2 5 -3 -3 -2 -5 -2 -4 -5 -3 4 -1 -5 -4 -4 0 0 0 11 0 8 39 0 0 2 0 0 0 0 0 37 2 0 0 0 0.86 0.89 4 I -3 -5 -3 -4 -4 -4 -2 -5 -4 2 -1 -4 0 -3 7 -3 -3 -5 -1 2 0 0 1 0 0 0 2 0 0 12 5 0 3 1 55 0 0 0 3 18 1.32 1.02 5 A -1 0 -3 -4 2 -1 1 0 -2 3 -1 0 1 -1 -3 -2 1 -5 -4 2 5 5 1 0 4 2 11 6 1 18 5 7 3 3 1 3 9 0 0 17 0.22 1.11 6 Y -4 -5 -6 -6 -1 -5 -5 -6 -5 2 5 -5 1 0 -5 -5 -3 -4 2 2 0 0 0 0 1 0 0 0 0 10 62 0 2 3 0 0 0 0 6 14 1.00 1.19 7 P -3 -3 -4 0 -5 0 1 -5 -2 -5 -4 -1 -5 -6 8 -2 -2 -6 -5 -5 1 1 0 4 0 4 8 0 1 0 1 3 0 0 73 2 1 0 0 0 1.89 1.21 8 I -2 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -1 -6 2 -1 -5 -1 -3 -5 -4 -3 -5 -4 7 1 0 0 0 0 0 0 5 0 10 2 0 1 0 0 0 0 0 0 80 1.39 1.25 9 T -1 2 -2 -3 -4 -2 0 -4 -4 -1 -4 0 -2 -5 -4 1 6 -5 -2 -1 3 10 1 0 0 1 6 0 0 3 0 6 1 0 0 11 55 0 1 4 0.86 1.25 10 C -3 -2 -5 -6 11 -5 -6 -5 -6 -4 -4 -5 -4 -5 -6 -3 -3 -5 -5 -3 0 3 0 0 97 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.16 1.25 11 G -2 1 -2 -4 -5 -4 -3 7 -4 -5 -3 0 -5 -5 -4 -2 -3 -5 -5 -5 2 7 1 0 0 0 1 77 0 0 4 5 0 0 0 1 1 0 0 0 1.48 1.32 12 E 0 -2 3 3 -5 0 3 0 0 -1 -4 1 -3 -3 -2 -1 1 -5 -2 -3 8 1 15 16 0 3 18 6 2 4 1 9 1 1 2 2 8 0 1 1 0.39 1.33 13 S 1 -3 2 -4 -2 -2 -1 -4 -4 0 1 2 2 -4 -4 1 1 -5 -4 3 13 0 9 0 1 1 3 0 0 5 12 14 4 0 0 9 9 0 0 20 0.32 1.33 14 K -2 2 0 -2 -2 0 3 -3 -3 -3 -4 5 -2 -5 -4 1 0 -5 -4 0 3 11 4 1 1 2 16 1 0 1 1 32 1 0 0 10 6 0 0 7 0.55 1.29 15 A 2 -4 -3 -4 -4 -4 -2 6 -4 -5 -5 -1 -4 -5 -4 -2 -4 -5 -5 -4 20 0 0 0 0 0 2 70 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 1.43 1.28 16 I -3 -1 -2 -2 -4 -3 -1 -3 -4 4 0 1 2 -1 -2 -2 3 2 -2 1 0 3 2 2 0 1 4 2 0 27 8 8 5 3 2 2 18 3 1 8 0.40 1.36 17 L -4 -5 -6 -6 -4 -4 -5 -6 -5 0 6 -3 3 0 -5 -5 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 78 2 6 4 0 0 0 0 3 4 1.27 1.35 18 L -4 -4 0 1 2 -2 -2 -5 6 1 0 -3 -2 0 -5 -3 -3 -3 6 -1 0 0 5 8 4 1 2 0 21 9 8 1 1 3 0 1 1 0 29 5 0.85 1.45 19 W -2 2 -3 -4 -1 1 -3 -4 0 -1 1 4 1 -2 -2 -2 -1 5 0 0 2 9 1 1 1 6 1 1 2 2 16 29 3 2 2 2 3 7 3 7 0.45 1.29 20 K -2 0 1 1 -2 1 4 -1 -1 -5 -5 5 -2 -6 -1 -1 -2 -6 -5 -5 3 4 5 6 1 5 25 4 1 0 0 37 1 0 4 3 2 0 0 0 0.74 1.40 21 K -2 3 -1 -4 -5 0 -1 -4 -1 -4 -2 6 -1 -5 -4 -1 -3 -5 -4 -1 3 17 3 0 0 4 2 0 2 0 4 55 2 0 0 3 0 0 0 5 0.98 1.38 22 F -3 -1 -2 -4 -4 -3 -4 -2 -3 -1 2 2 4 4 -4 -1 -3 -3 4 -1 1 3 2 0 0 0 0 3 0 2 23 12 9 19 0 5 0 0 16 3 0.60 1.33 23 V 1 -1 1 -3 -4 0 1 -2 0 0 2 1 2 -1 -2 -3 -2 -3 1 0 11 3 7 1 0 4 9 3 2 5 21 8 6 3 2 1 3 0 4 7 0.17 1.31 24 C -2 0 1 0 4 3 0 0 0 -4 -2 4 1 -4 -1 -1 -2 -4 -4 -2 2 4 7 4 9 12 6 6 2 1 4 26 4 0 3 4 2 0 0 3 0.40 1.37 25 P -1 0 1 2 -4 1 1 2 1 -1 -2 0 1 -4 2 0 -1 -4 -3 -3 5 4 6 10 0 7 9 15 4 4 5 6 4 1 10 5 4 0 1 1 0.19 1.07 26 G 1 2 2 -3 -3 -2 -3 1 -3 1 -3 -2 -2 2 -3 1 2 -3 -2 -2 12 12 12 1 0 0 1 12 0 12 1 1 0 12 1 12 12 0 0 1 0.27 0.79 27 I 0 -2 0 -2 -2 -2 -2 0 -4 4 -2 0 -3 -4 -2 3 1 -1 -4 1 6 2 4 2 1 2 2 7 0 23 1 7 0 0 2 20 10 1 0 11 0.33 1.30 28 N -3 3 0 -4 -2 0 -3 1 3 -3 -1 3 -1 -1 -3 2 -1 2 -1 -3 0 16 5 0 1 4 0 10 7 1 8 15 1 2 1 19 2 3 2 1 0.36 1.33 29 V -2 -2 -3 -2 -4 3 3 3 -1 -2 -1 0 0 -4 -4 -2 -2 -4 -4 2 2 2 0 2 0 14 22 20 1 2 6 6 2 0 0 2 1 0 0 16 0.43 1.28 30 K -1 2 -1 -2 -5 0 1 -4 -1 -5 -3 6 -2 -5 2 -2 -2 -5 0 -5 6 8 2 1 0 2 7 0 1 0 2 54 1 0 8 1 1 0 4 0 0.91 1.35 31 C -3 -2 -4 -5 10 -4 -5 -2 -5 -4 -4 -4 -4 -2 -4 2 -3 -4 -4 -1 0 3 0 0 68 0 0 2 0 0 1 0 0 2 0 17 0 0 0 4 2.07 1.31 32 V -3 -5 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -5 7 0 -5 -1 -3 -5 -4 -3 -5 -4 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 69 5 0 0 0 0 0 0 0 0 21 1.44 1.30 33 K -3 3 -3 -3 -5 5 2 -3 -1 -4 0 3 0 0 -4 -2 -3 -4 2 -4 0 14 0 0 0 27 11 2 1 0 9 16 3 4 0 2 0 0 8 0 0.62 1.30 34 F -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.07 2.01 35 N -2 -1 4 2 -5 0 4 2 -2 -5 -3 1 -2 -5 -3 -2 -3 -5 -5 -5 2 2 18 12 0 3 32 14 1 0 2 9 1 0 1 2 1 0 0 0 0.68 1.28 36 D -2 -3 1 4 -5 -2 1 5 -4 -3 -4 -1 -4 -5 -4 -1 -2 -5 -3 -4 1 1 7 26 0 2 7 41 0 1 1 4 0 0 0 4 2 0 1 1 0.84 1.25 37 Q -1 2 2 0 -3 3 3 1 0 -4 -4 2 -1 -4 -4 -1 -1 -5 -4 -3 6 13 8 5 1 13 19 9 2 1 2 13 2 1 0 3 3 0 0 1 0.40 1.25 38 L -4 -3 -5 -5 -2 -3 -5 -5 -4 -3 1 -2 2 3 -5 -3 -4 11 0 -3 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 12 3 5 11 0 2 0 59 2 2 2.16 1.25 39 I -4 -3 -5 -5 -1 -4 -5 -5 -3 2 2 -4 2 6 -5 -4 -4 -2 6 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 13 17 0 4 29 0 0 0 0 25 6 0.99 1.25 40 S 0 -3 -1 -3 -3 -3 -3 -4 -4 -4 -4 -2 -3 -5 -1 3 7 -5 -4 -3 5 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 2 21 66 0 0 0 1.24 1.27 41 P -3 -4 -4 -4 -5 -4 -4 -3 -5 -4 -1 -4 -4 -3 8 -2 -3 -6 -5 -3 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 7 0 0 1 84 2 0 0 0 2 2.28 1.27 42 K -2 3 1 -3 -4 -1 -2 -1 -3 -3 -3 4 -1 -3 0 2 1 -2 -4 -2 2 15 8 0 0 2 2 6 0 1 1 24 2 1 5 17 10 1 0 3 0.43 1.27 43 H -2 -1 -3 0 -6 2 7 -4 0 -6 -5 2 -2 -6 -4 -2 -2 -6 -5 -5 2 2 0 2 0 7 70 1 2 0 0 11 1 0 0 1 1 0 0 0 1.33 1.32 44 F -5 -6 -6 -6 0 -6 -6 -6 -4 -1 -1 -6 -3 9 -6 -5 -5 -2 1 -3 0 0 0 0 2 0 0 0 0 2 3 0 0 91 0 0 0 0 2 0 2.26 1.32 45 V -2 -3 -3 -1 -5 2 6 -5 -3 -4 -2 -2 0 -5 -4 -3 0 -6 -5 2 3 0 0 2 0 7 62 0 0 0 3 1 2 0 0 0 6 0 0 15 1.06 1.32 46 H 0 0 1 0 1 1 -1 -2 2 2 -2 0 1 1 -5 -1 -1 -5 1 1 7 5 7 6 3 6 4 3 5 12 3 6 3 6 0 4 4 0 5 12 0.15 1.83 47 L -1 0 1 0 -5 1 0 -5 3 0 -1 0 2 1 1 0 0 -5 2 0 6 6 6 6 0 6 6 0 6 6 6 6 6 6 6 6 6 0 6 6 0.14 1.78 48 A 2 -4 -3 -4 3 -4 -1 5 -4 -5 -5 -4 -5 -5 -4 2 -2 -5 -5 -4 19 0 0 0 7 0 4 51 0 0 0 0 0 0 0 18 2 0 0 0 1.06 1.24 49 G -3 -1 2 -1 -5 -1 -2 6 -4 -6 -3 2 -5 -6 0 -3 -4 -5 -5 -5 0 3 11 3 0 2 2 59 0 0 4 12 0 0 4 0 0 0 0 0 1.05 1.24 50 K -3 4 1 -4 -1 -1 -2 1 2 -2 -3 3 0 -2 -5 -3 -1 -1 2 0 0 26 6 0 1 2 1 12 5 3 1 21 2 1 0 0 4 1 7 7 0.49 1.24 51 S 2 1 1 -1 -4 -1 2 2 0 0 -1 0 -2 -3 -1 0 0 -5 -4 -3 19 7 6 3 0 1 14 14 3 6 6 5 1 1 3 7 4 0 0 0 0.20 1.19 52 T -1 3 1 0 -2 -1 -2 0 1 -4 -2 4 -1 -5 -2 1 2 -5 -4 -4 3 16 6 4 1 2 2 7 3 0 3 24 1 0 1 10 15 0 0 0 0.42 1.19 53 L 0 -1 0 1 0 0 -3 -3 -2 -4 -1 -2 -3 0 -4 5 1 0 -2 -4 7 3 5 8 2 3 0 0 1 0 8 2 0 5 0 45 8 1 1 0 0.53 1.19 54 K -2 2 -1 -3 -5 -2 -2 0 -1 -5 -5 6 -4 -6 0 0 -1 -5 -4 -5 2 9 2 0 0 0 0 8 1 0 0 64 0 0 4 6 3 0 0 0 1.09 1.23 55 D -2 -2 5 4 -1 -3 -2 0 0 -5 -2 0 -4 -4 -4 1 -1 -5 0 -5 3 2 33 21 1 0 0 8 2 0 5 7 0 0 0 10 3 0 4 0 0.68 1.21 56 W -3 -1 -6 -7 -5 -2 -5 -5 -5 -5 -2 -5 -4 -2 -2 -5 -5 12 -1 -3 2 4 0 0 0 2 0 0 0 0 3 0 0 0 2 0 0 84 0 2 3.26 1.24 57 K -3 2 -1 -1 -6 -1 0 -4 -3 -5 -5 7 -4 -6 -4 -1 0 -6 -5 -5 0 7 1 3 0 0 3 0 0 0 0 79 0 0 0 2 4 0 0 0 1.44 1.24 58 R -1 5 -1 -4 -5 1 -2 -2 -2 -3 0 1 0 -5 0 0 1 -1 -3 -3 4 36 3 0 0 6 1 3 1 1 11 8 2 0 5 7 9 1 1 1 0.52 1.29 59 A 0 -2 1 1 -2 -3 -2 -3 2 -4 -2 -3 -4 -5 -2 5 1 -6 -4 -1 5 1 6 9 1 0 1 0 6 0 3 0 0 0 2 56 6 0 0 4 0.78 1.23 60 I -3 -5 -5 -6 -1 -5 -5 -6 -6 6 0 -5 0 -3 -5 -1 -3 -5 -4 4 0 0 0 0 1 0 0 0 0 52 7 0 2 0 0 5 0 0 0 33 1.20 1.23 61 R -2 6 -3 -4 -1 0 -1 -5 1 -4 0 0 -3 -1 -5 -1 -4 -1 3 -4 2 55 0 0 1 3 2 0 4 0 11 4 0 3 0 5 0 1 9 0 0.97 1.23 62 L -1 -2 -4 -5 9 -4 -5 -5 3 0 -2 -5 0 0 -2 0 -2 -4 3 -1 3 2 0 0 48 0 0 0 7 5 2 0 2 5 2 9 2 0 9 5 1.29 1.26 63 G -2 2 2 -2 -2 -1 -1 4 3 -6 -5 3 -2 -4 -4 -1 -4 -5 -1 -4 2 10 11 1 1 2 4 34 9 0 0 17 1 1 0 3 0 0 3 1 0.66 1.26 64 G -1 -2 0 -2 -5 -3 -3 7 -4 -6 -6 -1 -5 -2 -5 -2 -4 -5 -5 -2 2 2 3 2 0 1 1 79 0 0 0 3 0 3 0 1 0 0 0 3 1.48 1.25 65 I -2 2 -2 -3 -3 1 0 -5 0 0 -3 3 -1 -2 -1 0 1 5 0 -1 1 12 1 1 1 5 7 0 2 6 2 23 1 1 4 8 9 8 4 5 0.37 1.29 66 M -2 -2 -1 -4 -2 -2 -3 -4 -1 -3 -4 -2 3 -5 5 2 5 -5 -5 -3 2 1 3 0 1 1 0 0 1 1 0 1 8 0 29 16 36 0 0 0 0.99 1.27 67 L -4 -5 -6 -6 -4 -2 -5 -6 0 0 6 -5 0 0 -6 -5 -4 -4 -3 1 0 0 0 0 0 2 0 0 2 3 79 0 1 3 0 0 0 0 0 9 1.23 1.24 68 R -2 4 0 -3 -5 3 0 1 1 -5 -3 3 -4 -2 -2 0 -3 1 -4 -3 2 22 4 0 0 15 6 10 4 0 2 21 0 2 2 6 1 2 0 1 0.53 1.24 69 K -2 1 -1 -1 1 1 1 -4 2 -2 -3 3 -4 0 -4 0 1 5 1 -1 3 6 3 3 3 5 8 0 6 2 2 23 0 4 0 6 8 8 5 4 0.38 1.26 70 M -4 -4 3 -5 -4 -4 -4 -4 0 0 5 -4 3 -2 -5 -4 -4 4 -2 -2 0 0 14 0 0 0 1 1 2 3 63 1 7 1 0 0 0 6 1 1 0.99 1.26 71 M -3 -3 -5 -1 -4 -3 1 -5 -4 5 2 -4 6 1 -5 -3 -3 -4 -3 -1 1 1 0 5 0 1 10 0 0 33 14 0 26 6 0 2 1 0 0 2 0.83 1.25 72 D -2 0 -1 4 -6 3 4 -4 -2 -5 -5 3 -4 -6 -2 -2 -2 -5 -4 -5 2 4 2 25 0 12 32 1 1 0 0 16 0 0 1 2 1 0 0 0 0.88 1.26 73 S 0 1 1 1 -2 -1 4 -1 -2 -3 -5 4 0 -3 -1 0 -3 1 -4 -4 6 6 5 7 1 2 26 4 0 1 0 23 3 1 3 8 1 2 0 1 0.48 1.25 74 G -3 0 1 -3 6 -1 -1 5 -1 -4 -4 2 -2 -5 -4 -2 -3 -5 -5 -4 0 4 7 1 16 3 4 45 2 1 1 12 1 0 1 2 1 0 0 0 0.90 1.23 75 Q 1 -2 -4 -3 -3 1 1 -3 2 3 1 -1 -2 2 -4 -1 0 -4 1 0 11 2 0 1 0 7 8 1 5 15 16 4 0 10 0 4 5 0 4 5 0.22 1.27 76 I -3 -3 -5 -5 -4 -4 -5 -4 -5 2 5 -4 0 -1 -5 -4 -3 -4 -3 2 1 2 0 0 0 0 0 1 0 9 67 0 2 1 0 0 0 0 0 15 1.05 1.22 77 D -2 -1 0 3 6 0 -1 -2 -1 -2 0 0 -1 -1 0 -1 1 -4 -4 -3 1 4 4 16 20 5 3 2 2 2 11 5 1 3 4 4 11 0 0 1 0.43 1.18 78 F -3 1 -3 -4 5 -1 -2 -3 0 -1 -1 0 -2 5 2 -2 -3 -1 1 0 1 9 1 0 13 3 3 1 3 4 6 7 1 22 12 3 1 1 3 6 0.47 1.19 79 Y -3 -1 -2 3 -4 1 -1 -2 7 -4 -4 -1 -3 0 -2 -2 -2 4 4 -3 2 3 1 16 0 5 4 2 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