Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 E -3 -2 -1 6 -5 0 5 -3 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -4 0 0 0 56 0 2 41 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.28 0.62 2 I 2 -3 -3 -4 -3 -3 -4 -3 -3 1 2 -2 3 4 -4 0 -1 -3 -1 0 22 0 1 0 0 0 0 0 0 9 18 2 11 25 0 7 3 0 0 3 0.45 0.67 3 T -2 -2 -5 -5 -3 -3 -2 -5 -4 3 5 -4 1 1 -4 -4 -2 -3 -2 0 3 2 0 0 0 0 3 0 0 17 64 0 3 4 0 0 2 0 0 2 0.75 0.66 4 K -2 1 0 -2 -5 2 0 -3 -1 -4 -4 6 -3 -5 -3 -1 -1 -5 -3 -4 1 4 3 0 0 7 1 0 1 0 0 79 0 0 0 3 2 0 0 0 1.11 0.66 5 T 1 -3 0 -3 -3 -2 -3 -3 -3 2 0 -1 0 -3 -2 1 4 -4 -3 3 11 0 4 0 0 1 0 0 0 10 6 4 2 0 1 9 31 0 0 22 0.39 0.65 6 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -4 1 5 -4 0 3 -5 -4 -3 -3 -2 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 85 0 0 12 0 0 0 0 0 0 1.08 0.64 7 L -3 -3 5 -2 -3 -2 -3 -3 -2 -2 3 -2 1 -2 -4 0 1 -4 -3 -2 0 0 44 0 0 0 0 0 0 0 35 2 4 1 0 7 8 0 0 0 0.66 0.64 8 N -3 -2 8 1 -4 -2 -2 -2 0 -5 -5 -2 -4 -5 -4 0 -2 -5 -4 -5 0 0 94 2 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 1.60 0.64 9 I -1 -4 -5 -5 -3 -2 -4 -5 -5 6 1 -4 1 -2 -4 -3 -2 -4 -3 2 6 0 0 0 0 3 0 0 0 74 9 0 2 0 0 0 0 0 0 6 0.96 0.64 10 R -3 8 -2 -3 -5 0 -2 -4 -2 -5 -4 1 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 -4 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.70 0.64 11 S 0 -3 1 -2 -3 -2 -2 -2 -3 -1 -3 -2 -3 -4 -3 5 4 -4 -3 -2 3 0 7 0 0 0 0 0 0 3 2 0 0 0 0 54 30 0 0 2 0.76 0.64 12 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -4 1 6 -4 2 -1 -5 -4 -3 -3 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 94 0 2 0 0 0 0 0 0 0 1.18 0.64 13 R -3 7 -1 -3 -5 0 -2 -4 0 -5 -4 1 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 -4 0 93 2 0 0 0 0 0 1 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 1.56 0.64 14 A 6 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -2 -3 -2 -1 -3 -2 -3 -3 0 -2 -4 -3 2 79 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 3 0 0 0 14 0.89 0.64 15 Y 2 -2 -2 -3 -3 4 -1 -3 0 -1 1 -2 2 3 -3 -1 -2 -3 0 0 22 0 1 0 0 24 2 0 2 3 12 0 7 15 0 2 1 0 3 6 0.35 0.64 16 A 4 -3 -3 -3 0 -2 -3 -2 -3 -2 0 -2 0 -3 -3 2 2 -4 -3 0 54 0 0 0 1 0 0 1 0 1 9 0 2 0 0 12 16 0 0 4 0.58 0.64 17 R -3 7 -2 -3 -5 0 -1 -4 -2 -5 -4 3 -3 -5 -4 -2 -3 -4 -3 -4 0 85 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 0 0 0 0 0 0 0 0 1.49 0.64 18 E -2 -2 0 4 -5 0 6 -3 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -4 2 0 2 21 0 0 73 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.18 0.64 19 L -3 -4 -2 -4 1 -3 -4 -5 -4 1 4 -3 3 2 -4 -2 1 -3 0 0 0 0 1 0 3 0 0 0 0 4 52 1 8 11 0 3 8 0 2 3 0.55 0.64 20 T 0 -3 -1 2 -3 -1 0 -3 -1 -3 -4 -2 -3 -4 2 4 4 -4 -3 -3 4 0 0 10 0 2 4 0 1 0 0 0 0 0 10 37 29 0 0 0 0.59 0.64 21 I -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 2 4 -4 2 3 -2 -4 -2 -3 -1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 54 0 4 13 2 0 2 0 1 8 0.69 0.64 22 E 0 -2 -2 2 -4 1 6 -3 -2 -3 -4 -1 -3 -5 -1 -1 -1 -5 -4 -4 9 0 0 11 0 3 66 0 0 1 0 0 0 0 3 2 2 0 0 0 0.93 0.64 23 Q -1 -1 -2 0 -4 6 1 -4 -2 -1 -2 -1 -1 -1 -3 -2 1 -4 -3 1 3 0 0 3 0 51 9 0 0 2 3 0 1 3 0 0 12 0 0 13 0.66 0.64 24 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -4 1 6 -4 2 -1 -5 -4 -3 -3 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 92 0 2 0 0 0 0 0 0 3 1.14 0.64 25 E -2 -1 0 1 -5 3 6 -4 -1 -4 -3 0 -1 -4 -3 -2 -1 -4 -3 -2 1 1 5 5 0 13 60 0 1 0 3 4 2 0 0 0 3 0 0 3 0.84 0.64 26 E -1 -2 -1 3 -5 0 6 -2 -2 -3 -4 -1 -4 -5 -3 1 -1 -5 -4 -4 3 0 0 13 0 0 69 1 0 1 0 0 0 0 0 9 3 0 0 0 1.00 0.64 27 A 2 -3 -4 -4 -3 -3 -3 0 -4 3 0 -3 6 -2 -4 -1 -1 -4 -3 1 24 0 0 0 0 0 0 9 0 18 4 0 34 0 0 2 2 0 0 7 0.59 0.64 28 L -2 -2 -3 -5 -3 -3 -4 -5 2 -1 5 0 0 1 -4 -3 -3 -3 1 0 2 1 1 0 0 0 0 0 5 0 68 8 0 7 0 1 0 0 4 3 0.67 0.64 29 D -1 -2 1 2 -5 2 6 -2 -2 -3 -4 -1 -3 -5 -3 0 -1 -5 -4 -4 2 0 5 9 0 7 67 2 0 2 0 0 0 0 0 6 2 0 0 0 0.95 0.64 30 K -2 1 -2 -2 -5 0 -1 -3 -2 -4 -4 7 -3 -5 -3 -2 -2 -5 -3 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 1.43 0.64 31 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -4 1 4 -4 0 5 -5 -4 -3 -2 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 49 0 0 37 0 0 0 0 0 7 0.91 0.62 32 T 0 2 -1 1 -3 1 2 -1 0 -2 -4 0 -3 -4 -3 2 4 -4 -3 -3 5 10 1 9 0 5 12 4 2 2 0 6 0 0 0 14 29 0 0 0 0.39 0.65 33 T 1 -3 -3 -1 -3 0 -1 -4 -4 3 0 -1 0 -3 -3 0 2 -4 -3 3 10 0 0 3 0 6 3 0 0 18 7 4 2 0 0 5 17 0 0 26 0.33 0.66 34 V -2 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 4 0 -4 -1 -2 -4 -4 -2 -4 -3 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 32 2 0 0 0 0 0 0 0 0 66 1.05 0.64 35 V -1 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -4 2 0 -4 -1 1 -4 -3 1 -3 2 5 2 0 0 0 0 0 0 0 0 10 5 0 0 4 0 0 9 0 9 61 0.73 0.64 36 Q 1 -2 3 2 -4 1 4 -1 0 -3 -2 0 -3 -4 -3 0 -1 -5 -3 -3 12 0 15 13 0 4 33 2 2 1 5 5 0 0 0 5 2 0 0 0 0.46 0.65 37 E -2 -2 -2 2 -5 0 7 -4 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -4 0 0 0 10 0 0 90 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.41 0.62 38 R -3 7 -2 -3 -5 0 -1 -4 -2 -5 -4 3 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -2 -4 0 81 0 0 0 2 0 0 0 0 0 15 0 0 0 0 0 0 1 0 1.38 0.61 39 K -3 6 -2 -2 -5 1 1 -4 -2 -2 -2 2 -2 -1 -3 -2 -3 -4 -3 -2 0 64 0 2 0 3 9 0 0 3 4 11 0 2 0 0 0 0 0 2 0.92 0.60 40 E 0 0 -1 2 -4 4 5 -3 1 -4 -3 0 -3 -4 -3 -1 0 -4 -3 -4 6 2 2 8 0 19 48 0 4 0 1 4 0 0 0 1 5 0 0 0 0.73 0.61 41 A 2 -2 -2 1 -4 2 5 -3 -2 -2 -4 -1 -3 -4 -3 0 -1 -4 -2 -2 22 0 0 5 0 8 53 0 0 2 0 0 0 0 0 3 3 0 1 3 0.71 0.60 42 E -1 -2 0 0 -4 2 6 -3 -2 -3 -2 0 -1 -4 -3 -1 0 -4 -3 -1 5 0 4 1 0 11 62 0 0 0 2 2 2 0 0 1 5 0 0 5 0.79 0.59 43 A 2 -2 0 -2 -3 0 2 -2 1 -3 -1 2 -2 -4 -3 2 1 -4 -3 -2 25 0 4 0 0 3 13 0 4 0 8 17 0 0 0 19 7 0 0 1 0.33 0.59 44 E 3 -1 -2 0 -3 4 2 -2 -2 -4 -4 2 -3 -4 -3 1 -2 -4 -3 -2 33 0 0 5 0 23 15 0 0 0 0 16 0 0 0 7 0 0 0 1 0.54 0.58 45 E -2 -1 -1 2 -5 5 5 -3 -1 -4 -4 1 -3 -5 -2 -1 -2 -4 -3 -4 0 0 0 12 0 31 50 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0.90 0.42 K Lambda Standard Ungapped 0.1238 0.3067 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1883 0.3154 PSI Gapped 0.0576 0.2670