Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 P -4 -6 -5 -5 -6 -5 -4 -6 -6 -6 -6 -4 -6 -7 9 -4 -4 -7 -6 -6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 3.18 1.83 2 S -2 3 1 1 -4 2 1 -5 1 -3 -4 4 -3 -6 -2 -2 0 -6 0 -2 3 18 5 7 0 9 9 0 4 2 1 23 1 0 2 3 6 0 3 3 0.51 2.03 3 D -1 1 -4 -1 -4 -3 -4 -3 -2 -4 -2 -4 0 0 -5 1 1 -2 8 -1 5 7 1 3 0 0 0 2 0 1 3 0 3 3 0 11 8 0 48 3 1.11 2.05 4 I 0 -4 -5 -5 1 -4 -3 -6 0 2 -2 -5 -2 3 3 -3 -4 2 5 2 8 1 0 0 3 1 2 0 2 9 3 0 1 13 15 1 1 2 23 14 0.75 2.05 5 S 3 -3 2 -4 3 -1 -3 -1 0 -2 -4 -3 -3 -3 -4 4 0 -6 -3 -2 21 1 11 0 6 2 1 4 2 2 2 1 1 1 0 36 6 0 1 2 0.66 2.00 6 T -2 -3 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -2 -4 -1 -3 -5 -3 4 6 -4 -1 -3 1 1 1 0 0 1 1 0 0 2 1 3 1 0 1 34 49 0 2 1 1.19 2.01 7 P -2 -2 -2 0 -6 -3 0 4 -3 -4 -5 -1 -4 -5 6 -3 -4 -6 -6 -4 3 2 2 5 0 1 6 29 0 1 1 4 0 0 42 1 1 0 0 1 1.18 2.03 8 E -4 0 -3 1 -7 -1 7 -5 -3 -3 -5 0 -4 -7 -4 -3 0 -6 -6 -5 1 5 1 7 0 1 72 0 0 2 0 4 0 0 0 1 6 0 0 0 1.53 2.09 9 I -3 -3 -4 -6 -4 -4 -3 -5 -3 6 2 -3 4 -3 -6 -5 0 -3 -3 0 1 1 1 0 0 1 2 1 1 51 19 1 10 1 0 1 5 0 1 5 1.13 2.06 10 N -3 3 6 2 -6 0 -2 -4 0 -5 -5 3 -4 -1 -5 -1 -3 -6 -1 -6 2 15 37 11 0 3 1 0 2 0 1 17 0 3 0 4 1 0 3 0 0.95 2.15 11 I -2 -2 -5 -5 -5 -4 -5 -5 -4 4 1 -5 0 3 -1 2 -2 -3 0 3 2 3 0 0 0 0 1 0 0 22 13 0 2 13 4 14 2 0 3 18 0.55 2.14 12 T -1 1 -2 2 -4 -1 1 -3 3 -4 -5 2 -4 -2 3 0 2 -4 -2 -3 4 7 2 12 0 3 9 1 7 1 1 12 0 2 12 6 14 0 1 1 0.39 2.14 13 V -2 -5 -4 -6 7 -4 -5 -5 -4 1 1 -5 1 0 -3 -3 0 -5 -2 4 3 1 1 0 23 1 1 1 0 6 14 1 4 3 1 2 6 0 1 31 0.90 2.06 14 T 2 -2 -1 2 -3 -1 0 -2 0 -4 -4 0 -3 -4 4 1 2 -5 -3 -3 17 2 3 9 0 2 7 2 2 1 1 6 1 0 19 11 11 0 1 1 0.42 2.00 15 E -3 -2 1 6 -5 -1 3 -2 -1 -4 -4 -2 -4 -5 -1 -2 -2 0 -3 -4 2 2 6 45 0 2 20 3 1 1 2 2 0 1 3 3 3 2 1 1 0.93 2.01 16 D 1 -2 -1 3 -3 0 4 1 -1 -3 -3 -1 -3 -4 -1 -1 -1 -3 -3 -2 13 2 2 13 0 4 26 11 2 2 2 3 1 1 3 5 3 0 1 3 0.38 1.92 17 S 1 2 1 1 -3 1 3 -3 0 -1 -2 2 -1 -4 -2 -1 -1 -3 -3 -1 10 9 6 7 0 6 18 2 2 4 5 12 1 1 2 4 3 0 1 5 0.21 1.93 18 K 0 0 0 -2 -3 0 -2 -2 -1 -3 -3 6 -3 -4 2 -2 -2 -4 -3 -3 6 4 5 2 1 4 2 3 2 1 3 44 1 1 11 2 2 0 1 2 0.70 1.84 19 F 1 -1 -2 0 -4 1 1 -1 1 -2 -2 0 -2 4 -1 -2 -1 -2 2 -1 14 3 2 6 0 6 8 4 4 2 4 5 1 17 3 3 4 1 7 4 0.23 1.80 20 A 4 2 -3 1 -3 1 1 -1 -2 -1 -3 2 -2 -4 -2 -1 -1 -6 -4 -3 29 9 1 7 0 6 9 6 1 3 3 11 1 1 2 4 3 0 1 1 0.35 2.08 21 I 1 -2 -4 -6 -2 -4 -4 -6 -4 4 2 -3 0 0 -5 -3 -1 -3 -3 4 13 2 1 0 1 1 1 0 0 20 16 1 2 3 0 2 3 0 1 33 0.69 2.10 22 I -3 -4 -4 -5 -2 -3 -5 -6 -6 4 3 -4 6 -2 -4 -4 -2 -3 -3 3 2 1 1 0 1 1 1 0 0 24 22 1 18 1 1 1 2 0 1 21 0.88 2.12 23 E 2 0 0 3 -6 1 4 -3 -2 -5 -5 1 -3 -6 -4 -1 -1 -6 -6 -4 16 5 4 15 0 5 32 1 1 1 1 8 1 0 0 4 3 0 0 1 0.64 2.14 24 A 2 4 -1 -1 -3 1 1 -3 -2 -3 -3 3 -2 -3 -3 -1 -1 -3 -2 -2 17 19 3 4 1 5 9 2 1 1 2 19 1 1 1 3 4 0 2 3 0.39 2.15 25 L -1 -4 -5 -5 -2 -4 -5 -6 -6 4 3 -4 1 1 -5 -5 -3 -3 -2 4 4 1 0 0 1 1 0 0 0 20 29 1 3 6 0 0 1 0 1 27 0.78 2.13 26 Q 1 2 -3 -2 -3 2 2 -3 -2 -1 -1 3 -1 -2 -4 -1 0 -6 -2 0 11 10 1 1 0 7 15 2 1 4 7 19 2 2 1 3 5 0 1 5 0.28 2.11 27 R 2 1 0 1 -5 1 3 -2 -1 -3 -4 2 -2 -4 -2 0 -1 -6 -4 -4 17 6 4 7 0 6 22 3 2 1 1 11 1 1 2 7 4 0 1 1 0.36 2.07 28 D 0 3 0 0 -2 0 1 -3 4 0 -2 1 -2 -1 -3 -2 0 0 2 -1 7 13 5 5 1 4 10 2 9 5 4 7 1 3 1 3 5 1 7 4 0.20 2.00 29 A 3 -3 -2 -3 -1 -3 -3 -1 -2 -1 1 -3 -1 4 -2 -1 -2 -2 4 -1 22 1 2 1 2 1 2 6 1 3 15 1 1 15 2 3 3 1 13 4 0.38 1.95 30 Q 1 1 0 0 -3 2 2 0 0 -3 -2 2 -2 -2 -1 -1 0 -2 -3 -3 12 7 4 6 1 8 12 8 2 2 4 13 1 2 3 5 5 1 1 2 0.16 1.98 31 W 1 -1 1 1 -2 -1 1 -2 0 -2 -2 0 -2 4 0 -1 -1 0 3 -3 11 4 6 7 1 3 8 3 2 2 3 5 1 18 4 5 3 1 10 2 0.25 1.99 32 G 2 0 0 1 -2 1 1 0 -1 -3 -3 2 -1 -3 2 0 -2 -2 -3 -3 16 4 3 7 1 7 9 8 1 1 3 11 2 1 12 7 3 1 1 2 0.22 2.03 33 E 1 -1 1 2 -1 -1 1 2 -1 -1 -4 0 -5 -2 2 -1 -2 -6 0 0 11 3 6 13 2 2 10 13 2 4 1 5 0 2 8 3 2 0 3 8 0.19 2.01 34 G 3 -2 -1 -1 -1 -1 1 2 1 -1 0 0 -2 -2 -1 -2 0 0 1 0 21 2 2 4 1 3 8 13 3 4 8 5 1 2 3 3 5 1 5 6 0.15 2.00 35 N -1 1 2 3 -2 1 3 -2 -1 -3 -4 1 -2 -3 -1 0 0 -1 -3 -3 4 7 8 15 1 5 19 3 2 1 2 10 1 1 3 8 6 1 1 2 0.34 1.95 36 I -2 -1 -3 -2 0 -2 -2 -2 -2 4 1 -2 1 1 -2 -3 -2 -1 -1 4 2 3 2 2 2 2 2 4 1 20 13 2 3 5 2 1 3 1 2 28 0.44 1.90 37 T -1 -2 3 4 -1 -2 0 -3 -1 0 -1 -1 -1 -2 -2 1 1 -6 -2 -1 6 2 12 23 2 2 5 2 1 7 7 3 2 2 2 9 8 0 1 5 0.30 1.82 38 T -1 0 0 1 0 -1 0 -3 1 -1 -2 0 0 -1 -1 -1 4 1 2 -2 6 6 4 7 2 2 7 2 3 4 3 5 2 3 3 4 29 2 7 2 0.31 1.70 39 L -2 -1 -1 1 1 -1 1 -2 -4 3 -1 0 0 -1 -1 -1 0 2 0 2 4 4 3 7 3 3 8 3 0 17 5 6 3 3 3 3 5 2 4 14 0.14 1.49 40 D -2 -2 2 2 -4 -2 1 1 4 -4 -4 1 -3 -3 -3 1 1 -3 3 -4 1 1 10 11 0 0 11 11 10 1 1 11 0 0 1 11 11 0 10 1 0.39 0.90 41 G -2 -4 -3 -4 -4 -4 -4 6 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -3 -3 5 -4 0 1 0 0 1 0 0 1 74 0 0 1 1 0 0 0 1 1 8 0 9 1.49 1.17 42 V -1 -2 -2 -4 1 -3 -4 -4 0 2 3 -2 1 0 -4 -2 -1 1 0 3 4 3 3 1 2 1 1 1 2 10 29 3 3 4 1 3 3 2 3 23 0.40 1.14 43 R -1 0 1 0 3 1 -4 -1 2 -4 -1 0 2 1 -5 0 0 4 2 0 6 6 6 6 6 6 0 6 6 0 6 6 6 6 0 6 6 6 6 6 0.20 1.78 44 V -1 -4 -6 -4 -1 -5 -5 -4 -3 4 2 -5 3 1 -5 -4 -3 -1 -1 4 5 1 0 1 1 0 0 1 1 22 19 0 6 5 0 1 1 1 2 33 0.79 1.78 45 D -2 0 0 4 -3 -1 3 -3 -1 1 -2 -2 -1 -2 -4 0 0 -1 1 -1 2 5 4 22 1 2 20 2 1 9 4 2 1 1 1 8 7 1 4 4 0.37 1.78 46 Y -3 -3 -2 -1 -1 -3 -2 -2 0 -2 1 -4 0 6 -6 -2 0 3 3 -1 2 2 2 4 1 1 2 3 3 1 13 1 2 37 0 3 6 3 9 4 0.72 1.76 47 P 1 -2 -1 3 -2 -1 3 1 -1 -4 -4 0 -5 -6 4 -1 -2 -6 -3 -4 11 2 2 18 1 2 16 9 1 1 1 5 0 0 22 3 2 0 1 1 0.58 1.76 48 K -2 -1 2 6 -3 -1 1 -1 0 -4 -5 -1 -3 -3 -3 -1 -1 -2 0 -4 3 3 10 46 1 2 8 5 2 1 1 4 1 1 1 4 3 1 4 1 0.85 1.77 49 G -1 -1 0 -2 -1 -2 -2 5 0 -6 -4 -2 -1 -1 -2 0 -2 6 -1 -5 5 4 4 1 2 1 3 43 2 0 1 2 1 3 2 8 3 13 2 0 0.81 1.58 50 W -3 1 -1 -6 0 -4 -3 -3 -1 -3 -4 -5 1 1 -6 -3 -3 11 0 -3 2 8 3 0 2 0 2 2 2 2 0 0 4 5 0 2 2 62 2 2 2.31 1.58 51 G 1 -2 -5 -6 0 -5 -5 1 -5 1 1 -5 1 4 -6 -2 -2 2 0 4 10 2 0 0 2 0 0 9 0 8 12 0 3 20 0 2 2 2 2 26 0.57 1.58 52 L 0 -4 1 -5 3 1 -4 0 3 1 -1 0 3 1 -5 0 0 -4 2 0 7 0 7 0 7 7 0 7 7 7 7 7 7 7 0 7 7 0 7 7 0.23 1.56 53 V 0 -5 -5 -6 1 -5 -5 -5 -5 3 3 -5 3 0 -5 -2 -1 -4 2 3 6 0 0 0 4 0 0 0 0 17 24 0 6 4 0 3 3 0 7 25 0.62 1.26 54 R -4 7 -3 -1 -6 -2 -3 -2 2 -2 -2 1 -4 -1 -5 -2 -1 2 -4 -2 0 64 0 3 0 0 0 4 5 3 3 5 0 3 0 3 3 3 0 3 1.12 1.26 55 A 2 -2 -2 -1 -1 1 -3 -3 -2 -3 -1 0 1 1 5 0 -2 -5 -1 0 20 1 2 3 1 5 1 2 1 1 5 6 3 7 25 7 1 0 2 6 0.44 1.35 56 S 0 -4 -2 2 0 -3 -3 -3 0 -5 -2 -1 -4 -2 -2 6 -2 -6 -4 -4 5 0 0 10 2 0 0 0 2 0 4 3 0 2 2 69 0 0 0 0 1.05 1.35 57 N -1 -1 6 -1 -1 0 -3 3 0 -5 -4 -1 -5 -6 1 -1 -2 -6 -5 -3 6 4 40 3 2 4 0 21 2 0 2 3 0 0 8 4 2 0 0 1 0.78 1.35 58 T -1 -4 2 0 -4 -3 -1 -2 0 -2 -1 -3 -3 -2 -3 -1 6 -5 1 -3 5 0 8 4 0 0 5 3 2 2 5 0 0 2 1 3 57 0 4 0 0.85 1.35 59 T -1 -1 -2 0 -2 2 5 -1 -3 -5 -4 -1 -2 -5 -4 0 1 -5 -4 -2 5 3 1 4 1 8 48 5 0 0 1 3 1 0 0 8 9 0 0 2 0.74 1.31 60 P -1 -3 0 -2 -5 -2 -2 -3 -1 -5 -6 -2 -5 -6 8 1 -1 -6 -5 -5 4 1 4 2 0 1 2 1 2 0 0 1 0 0 69 10 3 0 0 0 1.75 1.36 61 V 0 -3 -1 -4 0 -2 -2 -1 -2 2 2 0 0 -1 -5 -2 -3 -5 0 4 6 1 4 1 2 1 3 5 1 13 16 7 2 2 0 3 1 0 4 29 0.36 1.39 62 L -3 -5 -4 -6 2 -5 -6 -6 -5 3 4 -5 1 1 -2 -5 -3 -1 -1 2 1 0 1 0 5 0 0 0 0 19 47 0 3 5 3 0 1 1 2 14 0.86 1.39 63 V -2 5 -3 -3 -5 -3 -2 -4 1 -1 -3 0 -2 -5 -2 0 2 -5 -4 3 3 37 1 1 0 0 2 1 4 4 1 4 1 0 2 5 13 0 0 21 0.68 1.39 64 L -1 -4 -6 -6 -1 -5 -5 -5 -5 4 4 -5 2 1 -5 -4 -2 -5 -2 3 6 1 0 0 1 0 0 1 0 20 35 0 4 5 0 1 2 0 1 23 0.76 1.39 65 R -3 5 3 -4 -1 -2 -4 -5 -2 -2 -3 0 0 1 -5 -3 0 1 5 -1 1 35 13 0 1 1 0 0 1 2 1 4 2 7 0 1 6 2 19 4 0.78 1.43 66 F 2 -5 -5 -5 4 -5 -5 -2 -5 1 -1 -5 0 5 -5 -1 -1 -4 -1 2 22 0 0 0 10 0 0 3 0 8 5 0 2 23 0 5 4 0 2 16 0.63 1.41 67 E -2 -3 -3 0 -3 0 7 -5 -1 -6 -5 -2 -5 -6 -4 -2 -2 -6 -5 -5 2 0 0 2 1 1 90 0 1 0 0 0 0 0 0 1 2 0 0 0 1.79 1.37 68 A 5 -3 -3 -3 -2 -3 -3 3 -3 -4 -4 -3 0 -4 -4 3 -1 -3 -4 -3 51 1 0 1 0 0 1 18 0 0 1 0 2 1 0 19 3 0 0 1 0.90 1.37 69 D -1 3 1 3 -4 -1 1 -2 0 -4 -4 3 -1 -3 0 0 0 -3 -2 -3 5 14 6 19 0 2 10 3 2 1 1 16 1 1 5 5 5 0 1 1 0.39 1.41 70 T -2 -3 2 4 -2 -2 -2 -2 -2 -4 -4 -3 -4 -4 -3 3 4 -6 -4 -3 2 1 9 24 1 1 1 3 1 0 1 1 0 0 0 25 28 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