Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 E -3 -2 -2 2 -6 5 6 -4 -2 -5 -5 -1 -4 -6 -3 -2 -3 -5 -4 -5 0 0 0 10 0 31 59 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.36 0.99 2 R -1 5 1 -2 -5 2 1 0 2 -5 -5 3 -1 -5 -4 -2 -1 -5 -4 -4 6 30 7 1 0 8 7 7 6 0 0 21 2 0 0 2 3 0 0 1 0.63 1.17 3 V -2 2 -2 -3 -4 0 -1 -3 -1 1 0 3 6 -1 -4 -3 -1 -5 -2 1 1 10 1 1 0 3 4 2 1 7 8 22 22 2 0 0 4 0 1 11 0.48 1.14 4 P -1 -3 -2 0 -5 -1 1 1 -2 -4 -5 1 -1 -6 6 -1 1 -6 -5 -4 4 0 1 5 0 1 11 10 1 1 0 7 2 0 40 4 11 0 0 0 0.85 1.20 5 E 0 -1 0 -1 -5 3 5 -2 -3 -5 -4 2 -1 -5 -2 -1 -1 -5 -2 -1 8 2 4 3 0 15 38 3 0 0 0 11 2 0 2 4 3 0 2 4 0.62 1.26 6 G -1 -1 3 -1 -5 -2 -2 5 -1 -2 -3 1 -2 -2 0 -2 -1 1 -4 -3 4 4 16 3 0 1 2 38 1 3 3 8 1 2 6 1 3 2 0 1 0.56 1.20 7 S 2 0 0 -3 -4 -1 -2 -3 2 -1 -3 0 -2 -4 1 4 2 -5 -4 -1 14 5 4 0 0 2 1 1 5 3 2 5 1 1 8 32 13 0 0 3 0.46 1.31 8 I -4 -5 -6 -6 -4 -4 -5 -6 -4 2 2 -4 8 -1 -4 -3 -3 -2 3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 12 17 0 49 1 1 1 0 0 9 7 1.35 1.52 9 R -3 5 -3 -4 -6 -1 -2 -5 -3 -3 0 6 -3 -5 -5 -3 -3 -6 -4 -4 1 36 1 0 0 2 1 0 0 1 9 48 0 0 0 0 1 0 0 0 1.27 1.53 10 V -3 -6 -6 -6 -4 -6 -6 -6 -6 6 -1 -6 0 0 -6 -5 -2 -6 -4 5 2 0 0 0 0 0 0 0 0 46 3 0 2 3 0 0 1 0 0 43 1.37 1.56 11 A 7 -5 -5 -5 0 -4 -4 -1 -5 -4 -5 -4 -4 -5 -3 -2 -2 -6 -5 -2 93 0 0 0 2 0 0 2 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 1 1.70 1.59 12 I -3 -6 -6 -6 1 -6 -6 -6 -6 4 0 -6 0 5 -6 -5 -4 -4 -3 5 1 0 0 0 3 0 0 0 0 22 5 0 2 23 0 0 0 0 0 43 1.17 1.58 13 A 5 -5 -4 -5 1 -4 -3 0 -5 -4 -4 -3 -3 -3 3 0 2 -6 -5 -2 56 0 0 0 2 0 1 5 0 0 1 1 0 1 12 4 13 0 0 2 0.97 1.64 14 S -2 -4 -2 -3 -3 -3 -3 -4 -2 -4 -4 -3 -3 -4 -4 5 5 -5 1 -1 1 0 1 0 0 0 1 1 1 1 1 1 0 1 0 42 42 0 4 3 1.12 1.66 15 N -2 1 3 2 -5 3 1 -3 -1 -3 -4 2 -1 -5 -4 2 1 -5 -1 -3 2 7 13 10 0 13 8 2 1 1 1 11 1 0 0 18 7 0 2 1 0.45 1.63 16 N -3 -2 3 6 -6 -2 2 1 -2 -5 -5 -2 -5 -5 -4 0 -2 -6 -4 -5 1 2 14 48 0 1 10 10 1 0 1 1 0 0 1 6 3 0 1 0 1.04 1.65 17 G -2 0 1 -3 -4 -1 -3 6 -2 -4 -1 0 2 -1 -4 -2 -4 -5 -3 -5 1 5 6 1 0 3 2 57 1 1 6 5 5 3 1 2 0 0 1 0 0.94 1.64 18 E -2 -1 -2 -1 -3 1 2 0 -1 1 -1 3 1 -2 -4 -1 -1 -5 -2 1 3 3 1 4 1 6 15 8 2 8 6 18 4 2 0 3 4 0 2 10 0.23 1.57 19 Q -1 2 1 -1 -3 1 -1 -1 3 -1 1 0 1 -1 -4 -1 2 -2 0 -1 4 12 7 3 1 5 4 5 8 3 12 4 3 3 0 5 12 1 3 5 0.17 1.53 20 L -3 -6 -6 -6 0 -5 -6 -6 -6 5 1 -5 -1 -2 -4 -3 -2 -6 -3 6 1 0 0 0 2 0 0 0 0 30 10 0 1 1 1 1 1 0 1 51 1.19 1.58 21 D -2 -3 5 6 -1 -3 -2 -3 -2 -5 -6 -2 -3 1 -2 0 0 -6 -3 -4 3 1 28 39 1 0 1 1 0 0 0 2 1 6 2 8 6 0 1 1 0.97 1.55 22 G 2 -1 -3 -1 -2 5 2 2 -4 -4 -1 -1 0 -5 -2 -1 -2 -5 -3 -3 17 2 1 2 1 26 13 15 0 1 6 3 2 0 1 4 3 0 1 2 0.50 1.58 23 H -4 -2 -1 -3 -6 0 -3 -4 10 -5 -4 -3 -3 -4 -2 -3 -2 -5 -2 -5 1 1 2 1 0 4 0 1 80 1 1 1 1 0 2 1 2 0 0 1 2.31 1.56 24 F -3 -6 -6 -6 -5 -6 -6 -5 -4 -2 1 -6 -3 8 -3 -4 -3 -2 1 -4 2 0 0 0 0 0 0 1 0 1 12 0 0 77 1 1 2 0 2 0 1.89 1.56 25 G -1 -4 -2 -4 -6 -3 -2 7 -3 -4 -5 -3 -5 -6 -5 -2 -3 -6 -6 -5 4 1 1 0 0 1 3 85 1 1 1 1 0 0 0 2 1 0 0 1 1.80 1.60 26 S -1 2 -1 -1 -3 2 1 -3 7 -5 -4 0 0 -3 -5 2 -2 5 -2 -4 4 12 2 3 1 9 7 1 24 0 1 6 2 1 0 17 2 7 1 1 0.71 1.60 27 C 5 -3 -3 -5 6 -4 -4 -2 -5 -3 -4 -4 -4 -5 -4 1 1 -6 -5 -1 58 1 1 0 16 0 0 2 0 1 1 0 0 0 0 8 7 0 0 5 1.13 1.60 28 L -2 3 -1 0 -3 1 3 -2 0 -3 -3 4 -3 -6 2 0 0 -6 -5 -4 2 16 3 4 1 4 17 2 2 1 2 23 1 0 10 6 5 0 0 1 0.51 1.60 29 R -1 3 0 -2 -2 3 2 -1 2 -3 -2 1 -1 0 -5 0 -1 -1 2 -3 5 14 5 1 1 11 15 5 5 1 4 7 2 4 0 8 4 1 6 2 0.29 1.57 30 F -3 -5 -6 -6 -5 -6 -6 -6 -4 1 1 -6 1 8 -6 -5 -5 0 2 -1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 7 11 0 3 68 0 0 0 1 4 3 1.69 1.57 31 L 1 -2 -2 -2 -1 2 -1 -5 1 -1 2 0 1 0 -5 -2 1 2 2 0 13 2 2 2 1 8 4 0 3 3 19 7 3 4 0 2 9 2 7 7 0.21 1.64 32 V -4 -3 -3 -6 0 -5 -5 -6 -1 6 0 -5 1 0 -5 -5 -2 -5 -4 4 0 2 2 0 2 0 0 0 2 54 6 0 2 4 0 0 2 0 0 23 1.15 1.63 33 Y -2 -5 -5 -6 0 -4 -5 -5 0 -1 -2 -5 -1 3 -5 -4 -4 4 8 -1 3 0 0 0 2 0 0 0 2 3 2 0 2 12 0 0 0 6 63 4 1.72 1.62 34 Q -1 0 0 3 -6 2 4 0 0 -2 -3 -1 -5 -5 -5 -1 -1 -6 -1 -2 6 4 4 18 0 7 27 8 2 2 2 4 0 0 0 5 4 0 2 3 0.48 1.91 35 V -1 -1 -2 -2 0 -1 -2 -3 -5 3 0 -2 0 0 -1 -3 0 1 1 4 4 3 2 2 2 3 2 2 0 14 8 3 2 4 3 2 5 2 6 30 0.38 1.90 36 S -2 -1 1 4 0 0 2 0 0 -2 -3 0 -1 -2 -5 1 1 1 -1 -2 3 3 5 24 2 3 12 6 2 3 2 5 2 2 0 10 9 2 2 3 0.33 1.89 37 A 1 -1 1 2 -1 0 1 2 -1 -5 -3 -1 -1 -3 2 -1 -1 -6 -2 -3 11 3 6 13 1 4 11 17 2 0 3 4 2 1 11 4 4 0 1 2 0.29 1.90 38 K -1 -1 1 4 -6 1 2 2 0 -3 -4 0 -2 -6 -3 -1 0 -1 -3 -3 4 2 7 23 0 5 13 17 2 1 1 7 1 0 1 5 6 1 1 2 0.45 1.95 39 D -1 -1 1 1 -2 0 2 4 -1 -4 -4 1 -2 -6 -3 0 -1 0 -3 -4 4 3 5 7 1 3 15 32 1 1 1 8 1 0 2 8 4 1 1 1 0.49 1.99 40 A 2 -3 0 -4 1 -1 -3 -1 -1 2 -2 -2 -1 1 -2 0 -1 3 3 2 14 1 4 1 3 3 1 4 2 12 3 2 2 6 3 7 3 4 10 15 0.27 1.94 41 S -1 3 0 -1 -1 1 2 -2 1 -2 -3 3 -2 -3 -3 0 1 0 -2 -1 4 14 4 4 1 6 11 4 3 2 2 17 1 1 1 6 9 2 1 6 0.28 1.97 42 L -2 -2 -2 -4 -2 -2 -3 -3 -1 0 3 -2 1 5 -3 -2 -3 -1 1 0 3 2 2 1 1 2 2 2 2 5 31 2 3 27 2 3 2 1 4 5 0.64 1.97 43 V -2 -2 -4 -4 -1 -2 -2 -5 -1 3 2 -2 0 -3 -4 -1 -2 -5 -2 4 3 3 1 1 1 2 2 1 2 17 20 3 2 1 1 5 2 0 2 33 0.60 2.00 44 D -1 0 1 0 3 1 0 -1 2 -4 -1 0 2 1 0 0 0 -5 1 -1 6 6 5 6 5 5 6 6 5 0 6 6 5 5 6 6 6 0 5 6 0.11 1.89 45 I 0 -2 -1 -2 -2 -2 0 -4 3 1 -1 0 -1 1 -3 -1 1 -5 -1 3 7 3 3 3 1 2 7 1 8 8 6 6 2 6 1 5 10 0 2 17 0.17 2.14 46 R -2 6 -2 -2 -2 0 -1 -3 -1 0 -2 0 -2 -2 -2 -2 -2 -6 -3 1 3 39 2 2 1 3 4 2 1 6 4 4 1 2 2 4 2 0 1 11 0.56 2.14 47 S -1 1 0 1 -2 2 2 0 0 -2 -4 1 -2 -1 1 1 -2 -1 -2 -2 4 8 3 7 1 8 14 8 2 2 2 10 1 2 6 10 3 1 1 3 0.15 2.15 48 T 0 -3 2 -1 1 -2 -2 -3 -2 1 -2 -2 -1 4 -2 0 2 -1 -1 2 9 1 9 4 2 1 3 2 1 7 3 2 1 15 2 6 12 1 2 14 0.22 2.18 49 L -1 -2 0 2 -1 0 2 0 -1 -2 1 -1 -1 -3 3 -1 -2 -6 -3 -1 5 2 4 11 1 4 13 6 2 2 13 3 1 1 14 4 3 0 1 4 0.18 2.17 50 D 0 -1 0 2 -5 1 1 0 2 -3 -3 1 -5 -3 2 0 0 -6 -3 -3 8 3 4 12 0 5 10 7 5 2 2 9 0 1 11 7 5 0 1 2 0.21 2.16 51 V 1 -2 -1 -1 -1 -1 2 -1 1 0 -1 -2 0 -1 0 -1 -1 -2 4 0 12 2 3 3 2 3 12 4 3 5 6 3 2 3 5 5 4 1 13 6 0.12 2.16 52 A -1 -1 -1 1 6 -1 0 1 1 -2 -3 -1 0 -1 0 -1 -1 2 -1 -2 6 3 3 9 15 3 7 10 3 3 3 3 3 2 5 5 4 2 3 3 0.22 2.23 53 L -1 -1 0 0 1 1 1 0 4 -1 -1 -1 1 -1 -1 -1 -1 2 -1 -2 5 3 5 5 3 6 9 8 11 5 6 4 3 3 4 5 4 2 2 3 0.09 2.23 54 A 0 -2 2 0 0 0 1 4 2 -3 -4 -1 -1 -2 -1 0 -2 1 -1 -2 7 2 8 5 2 4 8 26 4 2 2 3 2 2 3 6 2 2 2 3 0.25 2.26 55 E -1 -2 0 2 0 0 4 1 4 -3 -3 -1 0 -3 -1 -1 -1 -5 -2 -3 4 2 4 10 2 4 25 10 11 2 2 4 2 1 3 4 3 0 1 2 0.38 2.03 56 D -1 -2 0 4 0 -1 1 1 4 -3 -4 0 -1 -2 0 0 -2 -5 -1 -3 6 2 4 23 2 3 10 10 10 2 2 5 1 2 4 5 3 0 2 2 0.36 2.00 57 K 0 3 -1 -1 0 0 0 0 2 -2 -2 3 -1 -2 -1 0 -1 -5 -4 -2 8 17 2 4 2 5 5 9 5 3 4 19 2 2 3 6 4 0 0 2 0.29 2.02 58 N -2 -1 1 -1 1 -1 -2 -2 3 1 2 -1 2 0 -1 -1 -1 5 0 0 3 3 6 3 3 3 3 4 6 8 17 3 5 4 4 4 3 9 3 6 0.22 2.05 59 A 1 1 0 1 1 1 1 0 1 0 -1 -1 0 -1 0 0 -1 -5 0 -1 11 7 4 7 3 6 9 8 3 5 6 4 3 3 4 6 5 0 3 5 0.06 2.06 60 W 2 -1 -1 0 0 0 0 -1 1 -2 -2 0 0 1 2 0 -1 3 0 -1 15 4 3 6 2 5 5 4 3 2 3 6 2 5 11 7 4 4 3 4 0.15 2.11 61 R -1 3 -1 -2 -5 -1 -2 -2 -1 2 1 2 1 -1 -1 -1 0 0 -2 0 4 14 3 2 0 2 3 3 2 13 12 14 3 2 4 4 6 1 2 7 0.22 2.06 62 V 2 -3 -4 -4 -1 -5 -4 -3 -5 4 2 -3 0 2 0 -2 -1 -1 -2 2 15 1 1 1 1 0 1 2 0 20 21 1 2 7 4 2 3 1 1 14 0.46 2.05 63 E 0 1 1 2 -2 1 3 -1 1 -2 0 1 -2 -3 -5 0 -2 -6 -3 -1 9 6 6 11 1 6 18 4 3 2 9 9 1 1 0 6 2 0 1 4 0.25 2.04 64 Q 4 -2 -3 -3 -1 -1 -3 -2 -2 -1 2 -1 2 0 -2 -1 0 -1 -2 0 32 2 1 1 1 2 2 3 1 3 20 4 4 5 2 4 6 1 1 6 0.36 2.08 65 I -2 -3 -2 -3 -1 -2 -1 -4 -3 4 5 -4 0 -1 -4 -4 -3 -1 -4 0 3 1 2 2 1 2 4 2 1 20 49 1 2 2 1 1 1 1 0 5 0.77 2.02 66 Q 1 0 1 0 -2 2 1 -1 2 -4 -2 3 0 -4 -3 1 -2 -6 -2 -3 12 5 7 6 1 7 10 5 4 1 4 19 3 1 1 9 3 0 2 2 0.28 2.04 67 D -3 -3 0 6 -6 -2 0 4 -1 -6 -6 -1 -5 -6 -5 -2 -4 -6 -6 -4 2 1 4 47 0 2 5 31 1 0 0 3 0 0 0 2 0 0 0 1 1.24 1.89 68 C -1 -6 -4 -6 9 -4 -6 -6 -3 1 -3 -4 -1 -5 -6 -3 -2 -6 -2 4 6 0 1 0 46 1 0 0 1 7 1 1 1 0 0 1 3 0 1 29 1.62 1.93 69 Q 0 1 2 4 -3 2 1 -2 2 -4 -5 1 -5 -3 -3 -1 1 -6 -4 -2 7 8 9 26 1 8 7 2 4 1 1 10 0 2 1 5 7 0 1 3 0.49 1.95 70 V 3 -4 -4 -4 1 -3 -5 -2 -5 3 0 -4 0 -2 -5 -3 0 -5 0 4 27 1 1 1 2 1 0 2 0 14 7 1 2 2 0 1 6 0 3 30 0.63 1.93 71 L -3 -4 -6 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