Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -2 -3 -3 -4 -2 -2 -3 -4 -3 0 3 -3 8 -1 -4 -3 -2 -2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 20 0 80 0 0 0 0 0 0 0 0.98 0.34 2 N -1 -1 3 -1 -3 4 0 -2 4 -4 -4 -1 -2 -4 -2 3 1 -4 -2 -3 2 0 22 0 0 28 0 0 11 0 0 0 0 0 0 31 6 0 0 0 0.56 0.35 3 A 2 -2 -1 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -1 0 -2 3 -2 -2 3 2 -3 -3 1 18 0 2 0 0 0 0 0 0 0 7 0 15 0 0 32 12 0 0 13 0.33 0.36 4 L -2 -3 -4 -4 -3 -3 -3 -4 -4 1 1 -3 -1 -2 5 -3 -2 -4 -3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 12 0 0 0 36 0 0 0 0 46 0.83 0.38 5 V 2 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -3 -3 2 0 -3 4 0 -3 -2 -1 -3 -2 4 28 0 0 0 0 0 0 0 0 10 0 0 17 3 0 0 2 0 0 40 0.47 0.38 6 G -1 -3 -1 -2 -4 -3 -3 7 -3 -5 -5 -3 -4 -4 -3 -1 -3 -4 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.57 0.38 7 C -1 -5 -4 -5 10 -4 -5 -4 -4 -2 -2 -4 -3 -4 -4 -2 -2 -3 -4 -2 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.18 0.38 8 T 2 -2 -1 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -2 1 5 -4 -3 0 23 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 66 0 0 5 0.70 0.38 9 T 2 -2 0 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -2 0 -2 -1 -3 -2 2 5 -4 -3 -1 19 0 4 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 16 52 0 0 0 0.54 0.38 10 S -1 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -3 2 0 -2 -1 -3 -2 2 5 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 7 0 0 0 0 20 51 0 0 8 0.52 0.38 11 F -3 -3 -1 -4 -3 -3 -3 -4 -2 -1 0 -3 -1 7 -4 -2 2 -1 1 -1 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 68 0 0 20 0 0 3 0.89 0.38 12 D -2 -3 0 7 -4 -1 0 -2 -2 -4 -5 -2 -4 -5 -3 1 -2 -5 -4 -4 0 0 0 91 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 1.35 0.38 13 P -2 -3 -3 -3 -4 -2 -2 -3 -3 -4 -4 -2 -3 -5 8 -1 1 -5 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 87 0 13 0 0 0 2.04 0.38 14 G -1 -3 -1 -2 -4 -3 -3 7 -3 -5 -5 -3 -4 -4 -3 -1 -3 -4 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.57 0.38 15 W -4 -4 -5 -6 -3 -3 -4 -4 -4 -4 -3 -4 -3 0 -5 -4 -4 12 1 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 3.17 0.38 16 E -2 -1 -1 0 -5 1 7 -3 -1 -5 -4 0 -3 -5 -2 -1 -2 -4 -3 -4 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.37 0.46 17 V 0 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -4 -4 3 0 -3 -1 -2 -3 -2 3 -4 -3 4 5 0 0 0 0 0 0 0 0 22 4 0 0 0 0 0 21 0 0 46 0.59 0.46 18 D 0 -3 3 7 -4 -1 0 -2 -2 -4 -5 -2 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 9 0 13 78 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.22 0.46 19 A 4 -3 -3 -3 -2 -2 -2 0 -3 -3 -3 -2 -3 -1 5 1 -1 -4 -3 -1 44 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 4 33 10 0 0 0 4 0.78 0.46 20 F -1 0 -2 0 -4 -2 0 1 -2 -2 -2 -2 -2 6 -4 1 -2 -1 0 -3 3 6 0 5 0 0 7 15 0 0 0 0 0 52 0 12 0 0 0 0 0.61 0.46 21 G -1 -3 -2 1 -4 -3 -3 6 -3 -4 -1 -3 0 -4 0 -1 0 -4 -4 -3 0 0 0 9 0 0 0 68 0 0 7 0 3 0 6 0 7 0 0 0 0.89 0.46 22 A 1 -3 -2 -3 -3 -3 -3 6 -3 -3 -1 -3 0 -4 1 0 -2 -4 -4 -3 10 0 0 0 0 0 0 65 0 0 9 0 4 0 7 5 0 0 0 0 0.86 0.46 23 V -1 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -4 -4 1 2 -3 2 -2 -3 -2 3 -4 -3 4 4 0 0 0 0 0 0 0 0 4 20 0 7 0 0 0 23 0 0 41 0.51 0.46 24 S 4 -3 -2 1 -2 -2 -2 0 -3 -2 -3 -2 -2 -4 -2 3 1 -4 -3 0 47 0 0 7 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 24 11 0 0 6 0.50 0.46 25 N 1 -3 2 -2 -3 -2 -2 4 -2 -3 -1 -2 0 -3 -3 3 0 -4 -3 -3 8 0 14 0 0 0 0 31 0 0 9 0 3 0 0 33 2 0 0 0 0.50 0.46 26 L -1 -3 0 -4 -2 -3 -3 -2 -3 0 5 -3 3 -1 -3 -3 -2 -3 -2 -1 3 0 6 0 0 0 0 3 0 0 73 0 9 0 0 1 0 0 0 0 0.64 0.42 27 C 0 -5 -4 -5 10 -4 -5 -3 -4 -2 -3 -4 -3 -4 -4 -2 -2 -4 -4 -2 9 0 0 0 91 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.04 0.46 28 Q -2 -1 -2 -2 -4 7 0 -3 -1 -3 1 0 -1 -3 -3 -2 -2 -3 -3 -3 0 0 0 0 0 83 0 0 0 0 17 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.08 0.48 29 P -2 -3 -3 -3 -4 -2 -2 -3 -3 -4 -4 -2 -4 -5 8 1 -2 -5 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 89 11 0 0 0 0 2.18 0.48 30 M -1 -3 -3 -4 -3 -2 -3 -4 2 -1 0 -3 7 -1 -4 0 -2 6 -1 1 3 0 0 0 0 0 0 0 6 0 2 0 57 0 0 11 0 13 0 8 0.84 0.48 31 E 0 -1 -2 0 -4 3 6 -3 -1 -4 -4 -1 -3 -3 -2 -1 -2 -3 1 -3 11 0 0 0 0 13 70 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0.93 0.48 32 A 4 4 -2 -3 -2 -1 -2 -2 -2 -3 -3 -1 -2 -4 -2 1 -1 -4 -3 -2 58 30 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 0 0 0 0 0.70 0.48 33 D -3 -3 0 7 -5 -2 0 -3 -2 -5 -5 -2 -4 -5 -3 -1 -2 -6 -4 -5 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.66 0.48 34 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -3 2 4 -4 0 4 -4 -4 -3 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 64 0 0 19 0 0 0 0 5 0 0.79 0.48 35 Y -1 -3 -3 -4 -4 -3 -3 -4 0 -3 -2 -3 -2 2 -4 -2 0 1 8 -2 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 89 0 1.51 0.48 36 G 1 -3 -1 2 -4 -3 -2 6 -3 -5 -5 -3 -4 -4 -3 -1 -2 -4 -4 -4 16 0 0 16 0 0 0 69 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.07 0.48 37 C -2 -5 -4 -5 10 -4 -5 -4 -4 -3 -3 -4 -3 -4 -4 -2 -2 -4 -4 -2 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.35 0.48 38 A 3 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -3 -2 -2 -2 -2 4 0 -2 4 -2 36 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 39 5 0 20 0 0.61 0.48 39 D -2 -3 -1 6 -4 -2 -1 4 -3 -3 -4 -2 -4 -4 -3 -2 -2 -5 -4 0 0 0 0 57 0 0 0 34 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0.96 0.48 40 P 0 -3 -2 3 -4 -2 -1 -3 -3 -4 -4 -2 -3 -5 6 1 1 -5 -4 -3 5 0 0 21 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 51 14 9 0 0 0 1.15 0.48 41 C -2 -4 -4 -4 10 -4 -4 -3 -3 -2 -2 -4 -2 -3 -4 -2 -2 -3 1 -2 0 0 0 0 87 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 7 0 1.92 0.45 42 W -4 -4 -5 -6 -4 -3 -4 -4 -4 -4 -3 -4 -3 2 -5 -4 -4 12 1 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 91 0 0 2.99 0.48 43 W -4 -4 -5 -6 -4 -3 -4 -4 -4 -4 -3 -4 -3 0 -5 -4 -4 12 1 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 3.32 0.48 44 P 0 -3 -3 -3 -4 -3 -2 -3 -3 -4 -4 -2 -4 -5 8 -2 -2 -5 -4 -3 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 90 0 0 0 0 0 2.19 0.48 45 A 5 -3 -3 -3 -2 -2 -2 -1 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -2 0 0 -4 -3 1 84 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 11 0.83 0.48 46 Q -2 0 -1 -2 -4 8 1 -3 -1 -4 -3 0 -2 -5 -3 -1 -2 -3 -3 -4 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.44 0.48 47 V -2 2 -4 -4 -2 -3 -3 -4 -4 1 0 -2 1 -2 -4 -3 0 -4 -3 5 0 13 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 3 0 0 0 6 0 0 75 0.71 0.48 48 A 1 -3 -3 -3 -4 -2 -2 -3 -3 -4 -4 -2 -4 -5 8 -2 -2 -5 -4 -3 13 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 87 0 0 0 0 0 2.10 0.48 49 D -3 -3 2 7 -5 -2 0 -3 -2 -5 -5 -2 -4 -5 -3 -1 -2 -6 -4 -5 0 0 7 93 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.55 0.48 50 T -1 -2 -1 -2 -3 -2 0 2 3 -1 -2 -2 3 -3 -3 2 3 -4 -2 -1 0 0 2 0 0 0 6 15 9 2 1 0 14 0 0 17 30 0 0 3 0.38 0.48 51 L 0 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -4 -4 1 3 -3 6 -1 -4 -1 -2 -3 -2 3 6 0 0 0 0 0 0 0 0 3 28 0 36 0 0 5 0 0 0 22 0.64 0.48 52 N -2 -2 5 -1 -3 -2 -2 -2 2 0 -3 -2 -2 -4 1 2 3 -4 -3 -2 0 0 35 0 0 0 0 0 6 7 0 0 0 0 6 22 22 0 0 2 0.56 0.48 53 T -2 -2 4 -2 -3 1 -2 -3 0 -2 -3 0 -2 -2 -3 2 4 -3 2 0 0 0 23 0 0 6 0 0 1 0 0 4 0 0 0 14 35 0 9 7 0.48 0.48 54 Y -1 -3 -2 -3 -3 -1 -2 -3 3 -3 -3 -2 -2 2 1 2 -2 0 7 -3 3 0 0 0 0 2 0 0 7 0 0 0 0 6 7 22 0 0 54 0 0.87 0.48 55 P -2 0 -1 0 -4 0 -2 0 -3 -4 -4 0 -3 -5 7 -2 -1 -5 -4 -4 0 5 2 6 0 5 0 6 0 0 0 6 0 0 66 0 3 0 0 0 1.42 0.48 56 N -2 -2 2 6 -4 -1 0 -2 1 -4 -5 -1 -4 -5 -3 1 -1 -5 -4 -4 0 0 9 66 0 2 2 0 4 0 0 2 0 0 0 13 2 0 0 0 1.02 0.48 57 W -4 -4 -5 -6 -4 -3 -4 -4 -3 -3 -2 -4 -2 4 -5 -4 -4 11 2 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 17 0 0 0 80 3 0 2.64 0.48 58 S 1 -2 3 2 -3 1 -1 1 1 -4 -4 -2 -3 -4 -3 3 0 -4 -3 -3 16 0 21 13 0 6 0 12 4 0 0 0 0 0 0 27 3 0 0 0 0.46 0.48 59 A 0 1 1 4 -4 1 1 -3 -2 -3 -3 2 -1 -4 -3 1 0 -4 -3 -1 9 7 6 25 0 5 7 0 0 0 0 18 2 0 0 9 5 0 0 7 0.35 0.48 60 G 0 -1 2 3 -4 1 1 3 0 -4 -4 2 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 8 0 9 23 0 7 10 22 2 0 1 13 0 0 0 3 0 0 0 0 0.44 0.45 61 A 3 -1 -1 -3 7 -2 -2 -2 -3 -2 -2 1 -2 -3 -3 -1 -1 -3 -3 1 36 2 2 0 30 0 0 0 0 0 1 10 0 0 0 0 2 0 0 13 0.63 0.45 62 D 2 -2 1 2 -3 1 -1 -2 -1 -3 -2 -2 -1 -4 5 0 0 -4 -3 -2 25 0 6 11 0 10 0 0 1 0 4 0 1 0 29 4 4 0 0 2 0.54 0.45 63 D 3 -1 3 2 -2 0 -1 -2 -2 -2 -3 0 -2 -3 -2 2 1 -4 -3 0 29 2 18 13 0 4 0 0 0 0 1 5 0 0 0 14 6 0 0 7 0.34 0.45 64 V 4 -2 -2 -3 -2 -2 -2 -2 -3 1 -1 -2 2 -3 -1 2 0 -3 -3 0 47 0 0 0 0 0 0 0 0 11 2 0 7 0 2 20 3 0 0 6 0.42 0.45 65 M 2 -1 0 0 -3 -1 0 -1 -3 -1 -1 0 0 -3 -1 0 3 -4 -3 1 23 1 6 4 0 1 7 4 0 1 5 6 3 0 2 2 21 0 0 12 0.20 0.48 66 Q -2 3 1 2 -4 2 2 -3 -2 -4 -4 4 -3 -4 -3 -1 0 -4 -3 -3 2 19 6 11 0 12 14 0 0 0 0 29 0 0 0 0 8 0 0 0 0.56 0.48 67 D -3 -3 1 7 -5 -1 2 -2 -2 -5 -5 -2 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 0 0 3 79 0 0 13 2 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 1.29 0.48 68 W -4 -4 -5 -6 -4 -3 -4 -4 -4 -4 -3 -4 -3 0 -5 -4 -4 12 1 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 3.32 0.48 69 R -2 7 -2 -3 -4 1 -1 -3 -2 -4 -3 1 -2 -4 -3 -1 1 -4 -3 -3 2 79 0 0 0 6 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 12 0 0 0 1.10 0.45 70 K 0 0 5 -1 -4 1 1 -2 0 -4 -4 4 -3 -4 -3 0 0 -4 -3 -3 5 0 33 0 0 5 10 0 1 0 0 34 0 0 0 6 5 0 0 0 0.60 0.45 71 L -3 -3 -5 -5 -3 -3 -4 -5 -4 1 5 -4 1 -1 -4 -4 -2 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 97 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.03 0.45 72 Q -2 -1 2 3 -4 4 0 3 -2 -4 -4 2 -3 -5 -3 -1 -2 -4 -4 -4 0 0 12 22 0 24 3 27 0 0 0 12 0 0 0 0 0 0 0 0 0.62 0.45 73 S 1 -3 -1 -3 -3 -1 -2 -1 0 0 -1 -2 -2 4 -3 2 3 -2 2 -2 10 0 3 0 0 2 0 5 3 7 3 0 0 21 0 20 21 0 6 0 0.30 0.46 74 V -2 -4 -4 -4 -2 -4 -4 -5 -4 3 1 -4 0 -2 -4 -3 -1 -4 -2 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 21 5 0 0 0 0 0 3 0 0 71 0.83 0.45 75 F -3 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -2 1 -1 0 -1 7 -4 -3 -3 -1 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 8 0 64 0 0 0 0 11 8 0.96 0.45 76 P -2 -3 -1 -2 -4 -2 -1 -3 -3 -4 -4 -2 -4 -5 8 -2 -2 -5 -4 -4 0 0 3 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 93 0 0 0 0 0 2.25 0.42 77 E -1 2 -1 2 -4 0 3 0 -2 -4 -4 4 -3 -4 -2 0 -1 -4 -3 -3 2 13 0 11 0 0 21 8 0 0 0 37 0 0 0 4 4 0 0 0 0.51 0.36 78 T -1 -2 1 6 -3 -1 2 -2 -2 -4 -4 -1 -3 -4 0 1 0 -5 -3 -3 3 0 4 64 0 0 9 0 0 0 0 0 0 0 3 13 3 0 0 0 0.77 0.22 79 K -1 1 -1 -1 -4 2 2 -2 -1 -3 -3 5 -2 -4 -2 -1 -1 -4 -2 -3 0 0 0 0 0 11 12 0 0 0 0 77 0 0 0 0 0 0 0 0 0.69 0.18 K Lambda Standard Ungapped 0.1330 0.3187 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1726 0.3172 PSI Gapped 0.0528 0.2670