Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 D -3 -2 6 5 -4 -1 0 -2 -1 -4 -5 -1 -4 -4 -3 -1 -1 -5 -4 -4 0 0 59 41 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.12 0.37 2 I 1 -3 -3 -2 -3 0 3 -4 -3 3 -2 -2 -2 -3 -3 -2 -2 -4 -3 3 14 0 0 0 0 3 30 0 0 25 0 0 0 0 0 0 0 0 0 27 0.54 0.63 3 T -2 -3 2 -3 -3 -1 -3 -3 -3 -1 -1 -2 -2 -3 -1 2 4 -3 2 1 0 0 10 0 0 2 0 0 0 2 7 0 0 0 2 18 39 0 8 12 0.50 0.69 4 D -3 -2 4 5 -5 -2 0 -3 -3 -5 -5 2 -4 -5 2 0 -1 -6 -4 -5 0 0 21 44 0 0 3 0 0 0 0 15 0 0 9 6 3 0 0 0 0.93 0.80 5 K -3 2 5 0 -5 3 1 -3 2 -5 -5 1 -4 1 -4 0 -3 -4 -1 -5 0 14 30 5 0 15 9 0 5 0 0 6 0 6 0 8 0 0 2 0 0.66 0.97 6 N 2 1 2 -3 -4 -1 -2 -2 3 -3 -4 2 -4 -5 0 2 2 -5 -4 -4 22 8 13 0 0 1 1 2 7 1 1 13 0 0 4 17 12 0 0 0 0.45 1.02 7 Q 1 1 2 1 -4 0 3 -3 -3 -2 -4 3 -1 -4 -3 2 -2 -5 -4 -4 10 8 8 7 0 4 20 0 0 2 0 19 1 0 0 17 1 0 0 0 0.45 0.98 8 S 1 -3 0 4 -1 0 4 -2 -3 -5 -3 -2 -4 -5 -4 3 -2 -5 -4 -3 13 0 4 23 2 3 27 3 0 0 2 0 0 0 0 21 0 0 0 1 0.67 1.07 9 I -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -6 7 2 -5 -1 -2 -5 -5 -2 -5 -4 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 68 20 0 0 0 0 0 2 0 0 10 1.31 1.10 10 D -4 -3 6 5 -5 1 -2 -1 -3 -6 -6 0 -5 -6 -4 -1 -1 -6 -5 -5 0 0 42 35 0 6 0 5 0 0 0 4 0 0 0 4 3 0 0 0 1.18 1.13 11 S 1 -3 3 4 -5 0 2 -1 -1 -5 -4 2 -3 -4 -4 1 0 -6 -4 -4 13 0 13 24 0 4 11 4 1 0 1 14 1 1 0 9 6 0 0 0 0.53 1.15 12 G -3 -3 -3 -4 -5 -4 -3 3 0 -4 -4 0 -4 2 -5 -3 -3 -1 7 -4 1 1 1 1 0 0 2 28 1 0 0 6 0 8 0 0 1 0 52 0 1.30 1.15 13 I -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -5 6 3 -5 -1 1 -5 -5 -3 -4 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 52 30 0 0 6 0 0 0 0 0 12 1.17 1.16 14 S 1 4 -2 -4 -5 2 0 -1 2 -4 -2 -2 -3 0 -4 1 -1 2 3 -2 11 21 1 0 0 10 6 5 6 0 3 0 0 5 0 12 3 3 11 3 0.39 1.16 15 S -1 -4 2 2 -4 -3 0 3 -4 -5 -5 -1 -5 -5 -4 4 0 -6 -5 -5 4 0 10 10 0 0 6 24 0 0 0 2 0 0 0 39 4 0 0 0 0.77 1.25 16 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -3 -5 2 6 -5 3 -2 -6 -5 -4 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 9 79 0 7 0 0 0 0 0 0 3 1.32 1.28 17 S -1 -1 4 1 -5 1 0 -2 -2 -4 -5 2 -4 -5 4 1 0 -6 -5 -4 4 3 23 9 0 5 6 2 1 1 0 12 0 0 18 10 6 0 0 0 0.59 1.29 18 Y -2 -1 -1 1 -4 -3 1 -4 2 -4 -2 -3 -3 -1 0 0 -3 -1 8 -3 3 3 3 7 0 0 9 1 4 0 3 1 0 0 4 6 1 0 53 1 1.09 1.20 19 N -2 -2 4 5 -5 -3 -1 -3 -3 -4 -3 0 1 -5 0 1 -3 -5 -4 -2 2 2 21 39 0 0 2 0 0 0 3 6 4 0 5 12 0 0 0 3 0.81 1.26 20 R 0 0 1 -3 -4 -3 -2 -1 -3 -1 0 3 -3 -4 4 1 -3 -5 -4 -1 9 6 7 0 0 0 2 5 0 3 10 20 0 0 20 11 0 0 0 5 0.41 1.25 21 N -1 2 3 1 -4 3 -1 -2 -2 -1 -1 1 -2 -4 0 1 -2 -4 0 -3 5 10 15 8 0 13 4 2 1 4 8 9 1 0 6 9 2 0 3 1 0.26 1.25 22 E -1 -2 1 2 -5 2 4 0 -3 -4 -4 2 -4 -5 0 0 -1 -5 -4 0 4 0 6 9 0 9 27 6 0 0 1 14 0 0 4 6 2 0 0 9 0.45 1.25 23 V -2 -1 -4 -4 -4 0 -1 -3 -4 5 2 -4 -1 -3 -4 -4 -2 -4 -4 3 3 3 0 0 0 5 5 2 0 31 23 0 0 0 0 0 2 0 0 23 0.66 1.25 24 L -2 -4 -5 -5 -4 -4 -2 -5 -5 2 5 -2 1 2 -1 -4 0 -4 -3 -2 2 0 0 0 0 0 2 0 0 11 59 3 3 7 4 0 5 0 0 0 0.83 1.28 25 A 4 -2 3 -3 -4 -3 0 -3 -4 -1 -2 1 -1 -4 0 1 2 -5 -2 0 32 1 13 0 0 0 5 0 0 3 3 7 2 0 4 10 13 0 2 5 0.42 1.32 26 S -2 1 1 2 -4 -3 -3 -4 0 -2 -3 -1 -3 2 0 2 -1 -4 0 3 1 9 6 13 0 0 0 0 2 1 0 3 0 11 4 16 4 0 3 26 0.40 1.35 27 N -1 0 4 2 -5 3 2 -4 0 -4 -2 1 -4 -1 -4 0 -2 -5 -4 -2 4 6 23 11 0 16 12 0 2 0 3 7 0 3 0 8 2 0 0 3 0.52 1.33 28 G 0 -2 -1 -3 -4 0 1 5 -4 -4 -3 0 2 -5 -4 0 0 -4 -4 -2 7 2 3 0 0 3 8 45 0 0 2 7 6 0 0 8 5 0 0 3 0.66 1.31 29 D -1 -1 0 4 -5 -2 4 -4 -3 -2 -2 -1 -4 -4 1 -3 1 -5 1 -2 4 4 3 23 0 0 32 0 0 3 4 2 0 0 7 0 9 0 5 2 0.61 1.39 30 K -1 -1 1 0 -4 2 1 0 -1 -4 -2 2 -2 -5 -1 2 2 -5 -2 -1 4 3 7 5 0 10 9 6 1 0 4 14 1 0 3 14 13 0 1 5 0.26 1.41 31 I -2 -3 -4 2 -4 -4 -1 -3 -5 5 0 -4 -2 -3 -5 -1 0 -5 0 4 3 2 0 12 0 0 3 2 0 30 7 0 0 0 0 5 6 0 3 26 0.59 1.42 32 E -2 -3 1 2 -5 -1 4 -1 -4 -3 -2 1 -4 -5 -1 2 2 -6 -5 -2 2 0 5 10 0 1 29 4 0 1 3 9 0 0 4 19 11 0 0 2 0.52 1.44 33 S -2 -3 5 0 -5 2 2 -2 -3 -5 -2 -2 -4 -5 0 3 0 -6 -1 -5 2 0 29 4 0 8 12 2 0 0 4 1 0 0 4 25 5 0 3 0 0.69 1.49 34 F -2 0 -2 0 -5 1 1 -4 0 2 0 -2 -1 4 -2 0 -1 -4 2 0 2 5 2 5 0 6 10 1 2 10 7 2 1 20 2 9 4 0 6 7 0.27 1.51 35 V -3 -2 -4 -4 -4 -2 0 -5 -4 2 -1 -1 -3 1 3 -1 2 -5 1 3 0 2 0 0 0 2 7 0 0 14 5 4 0 6 14 5 14 0 5 22 0.45 1.49 36 P -2 -4 1 -3 -5 -1 0 0 -4 0 -4 -1 -4 -5 6 1 0 1 -5 -1 3 0 7 1 0 2 7 6 0 7 0 3 0 0 41 10 6 2 0 4 0.84 1.46 37 K 0 0 -1 0 -5 -1 2 -1 -1 -1 -2 3 -4 -5 -4 1 3 -5 -1 -1 6 4 2 5 0 2 12 5 2 4 3 20 0 0 0 11 18 0 2 3 0.33 1.49 38 E 0 -1 0 2 -5 -1 5 -3 -1 -5 -5 -1 -4 -1 1 1 1 -5 -2 -4 8 3 4 11 0 2 36 2 1 0 1 3 0 3 8 8 8 0 2 0 0.56 1.43 39 G 0 -4 1 1 -4 -1 0 4 -4 0 -3 -2 -4 -1 -4 2 0 -5 -1 -4 7 0 7 8 0 2 7 36 0 5 2 2 0 3 0 13 5 0 2 0 0.52 1.46 40 K -4 0 2 1 -5 -1 1 -3 -2 1 -2 0 -2 1 1 0 1 -4 2 0 0 6 10 7 0 2 11 2 1 7 4 5 1 7 8 8 9 0 6 6 0.19 1.51 41 K -3 0 2 1 -5 1 1 -3 1 -2 -1 2 -1 2 -4 0 -3 3 -2 1 2 4 12 7 0 8 9 1 4 2 6 14 1 9 0 7 0 4 1 10 0.28 1.47 42 A 1 0 -1 3 -5 1 0 1 -4 -1 -1 0 -4 -2 0 1 0 -5 -4 -1 10 6 2 18 0 7 6 10 0 3 5 5 0 2 5 9 7 0 0 5 0.20 1.50 43 G -1 -2 4 1 -5 -3 -1 4 -2 -5 -4 -1 -5 -2 1 1 -3 -5 -5 -5 4 1 17 9 0 0 4 36 1 0 2 3 0 2 8 13 0 0 0 0 0.70 1.49 44 N -2 -4 2 4 -5 -1 -3 4 1 -3 -4 -1 -5 -5 -2 1 -1 -6 -5 -3 2 0 11 22 0 2 0 35 4 2 2 4 0 0 2 8 3 0 0 2 0.70 1.48 45 K -1 3 1 0 -5 1 1 -2 -1 -3 -3 4 -4 -1 -4 -2 1 -1 1 0 4 13 7 5 0 6 9 3 1 1 2 23 0 2 0 1 8 1 6 6 0.36 1.50 46 F -2 0 -2 1 -5 -4 -2 0 -3 -4 -3 1 -4 4 -2 -1 -3 5 5 -1 2 6 2 9 0 0 3 8 0 0 2 9 0 18 3 4 1 9 18 6 0.56 1.54 47 I -4 -1 -2 -4 3 -3 1 -3 -4 3 0 1 0 2 -5 -3 0 1 1 2 0 4 2 0 6 0 11 2 0 18 9 9 2 9 0 2 5 2 5 15 0.35 1.46 48 V 0 -1 -4 -5 2 -1 -1 -2 -4 1 -1 0 -1 -1 -5 -2 2 -4 2 4 8 4 0 0 5 2 4 3 0 8 4 7 2 2 0 3 12 0 8 28 0.35 1.48 49 V -3 0 -2 -3 5 -4 -3 -5 -4 3 -1 -4 1 0 -5 -1 3 -4 2 3 0 5 2 2 11 0 2 0 0 18 5 0 3 3 0 3 17 0 7 22 0.56 1.46 50 E -3 1 -1 0 0 1 3 -5 1 0 -5 2 -4 -5 -4 0 4 -6 -4 -2 0 6 3 4 2 7 20 0 4 6 0 10 0 0 0 7 27 0 0 2 0.55 1.52 51 R -2 4 0 -2 -5 2 0 -3 0 -1 -1 3 -3 -4 -4 0 2 -5 -1 0 3 22 4 2 0 8 4 2 2 3 6 15 0 0 0 6 11 0 3 8 0.36 1.50 52 Q -2 2 1 1 -5 1 2 -4 -1 1 -4 2 -1 -4 -4 0 0 4 -4 1 2 10 6 9 0 5 13 0 2 7 0 15 2 0 0 6 6 6 0 11 0.35 1.52 53 K -3 1 -1 -1 -5 1 1 0 2 -4 -1 4 -4 -1 -4 -1 0 -4 2 -4 0 6 3 3 0 6 11 6 4 0 6 30 0 3 0 3 7 0 9 0 0.46 1.46 54 R -1 1 0 0 3 0 1 -4 2 -1 -4 4 -4 -4 -4 -3 -1 -4 3 0 4 9 5 6 6 5 8 0 6 4 0 25 0 0 0 0 4 0 11 6 0.45 1.53 55 S -1 -1 2 0 -4 1 0 -1 3 -1 -1 -1 -3 -4 -1 3 1 -5 1 -1 5 4 8 6 0 5 5 4 6 3 7 4 0 0 3 20 9 0 4 5 0.19 1.52 56 L 0 -4 1 0 -4 0 1 -2 -4 2 1 -1 1 0 -4 0 -1 -4 2 0 9 0 7 6 0 4 10 3 0 11 15 4 4 4 0 6 3 0 8 6 0.17 1.53 57 T 0 1 1 1 -4 1 0 -4 -4 1 -1 1 -3 1 -4 0 0 4 -3 0 7 7 7 7 0 7 7 0 0 7 7 7 0 7 0 7 7 7 0 7 0.20 1.45 58 T 1 0 2 0 -4 2 -2 -1 1 -1 1 1 -3 0 -2 0 1 -5 -1 -2 10 5 11 5 0 8 2 5 4 3 14 8 0 5 2 6 9 0 2 2 0.14 1.56 59 S 1 0 4 1 -4 -2 -2 1 1 -2 -2 -1 -1 -5 -4 2 1 -5 -4 -3 14 5 19 8 0 1 2 11 3 2 3 4 1 0 0 17 7 0 0 1 0.39 1.56 60 P -2 -1 0 0 -5 -1 0 -2 -1 -4 -2 -2 -4 2 4 1 2 1 0 -2 2 3 4 4 0 2 7 3 2 0 3 2 0 10 25 11 13 2 3 3 0.45 1.58 61 V 1 -2 -1 3 -5 -1 0 -1 -4 -2 -2 -1 0 2 0 1 -1 0 1 1 11 2 3 15 0 2 7 5 0 2 3 4 3 7 6 12 2 1 5 9 0.18 1.59 62 D -4 -2 0 5 -6 0 5 -2 0 -1 -5 1 0 -5 -4 -1 -2 -6 -5 -5 0 2 4 31 0 3 35 2 2 4 0 8 2 0 0 3 2 0 0 0 0.89 1.55 63 I -2 -2 -1 0 -4 -1 -1 -3 1 4 2 -3 1 3 -2 -2 0 -5 -3 0 2 2 4 5 0 3 4 3 4 24 18 2 4 12 2 3 6 0 0 5 0.34 1.51 64 S 2 -1 -3 -4 -4 1 -3 -2 -3 1 -1 -3 0 2 0 3 -1 -3 3 0 16 3 0 0 0 8 1 3 0 8 5 0 2 8 4 20 3 0 10 6 0.30 1.35 65 I 0 -4 -1 -2 -4 0 -2 -5 -4 4 0 -2 2 0 -4 -1 -1 -4 0 3 9 0 4 3 0 4 3 0 0 22 10 3 4 3 0 4 4 0 3 25 0.40 1.40 66 I -3 0 1 1 -4 -3 0 -4 -4 2 2 0 -2 2 1 0 1 -4 -3 1 1 6 6 8 0 0 6 1 0 11 17 5 0 8 8 6 9 0 0 9 0.21 1.34 67 D 0 0 2 3 -4 1 0 1 -3 -1 -4 0 -4 0 0 0 0 -5 -4 -1 7 5 12 14 0 8 5 10 0 4 1 5 0 4 5 8 7 0 0 4 0.23 1.35 68 S 2 -1 1 -2 -4 0 -3 -2 0 -4 -2 -2 -3 -4 4 3 1 -5 -2 -4 15 4 8 2 0 4 0 2 2 0 4 2 0 0 25 23 8 0 2 0 0.57 1.12 69 V -1 -2 4 0 -4 0 -2 1 -1 0 -1 -2 1 -3 -4 -1 1 2 1 1 5 1 20 5 0 4 2 13 1 6 6 2 3 0 0 4 9 3 4 10 0.25 1.12 70 N 2 -1 3 0 -4 1 0 -2 -3 -3 -2 -1 -1 -4 -1 2 1 -4 -1 0 18 2 15 5 0 6 6 2 0 1 3 4 2 0 3 15 9 0 2 6 0.26 1.07 71 D -1 -1 2 3 -4 0 2 2 -1 -5 -5 -2 -2 -4 -1 2 1 -5 -1 -4 5 2 10 20 0 3 11 17 1 0 0 1 1 0 3 14 8 0 3 0 0.44 1.06 72 R 0 2 0 -2 -2 -1 0 -2 -2 0 0 1 2 -2 -4 -1 1 -4 1 1 8 13 5 2 1 3 7 2 1 6 8 9 5 1 0 5 8 0 5 11 0.13 1.03 73 T -2 -4 -4 -5 0 -4 -5 -5 -5 4 2 -4 0 1 -4 -3 3 -4 -3 3 2 0 0 0 2 0 0 0 0 28 18 0 2 5 0 0 19 0 0 25 0.70 0.97 74 Y -4 -4 -5 -6 -5 -4 -5 -5 -2 -3 -3 -5 -3 6 -5 -4 -4 7 7 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 31 0 0 0 14 52 3 1.77 0.97 75 P -1 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -5 0 -1 -3 -3 -5 8 -3 -3 -6 -5 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 6 7 0 0 0 76 0 0 0 0 6 1.91 0.97 76 G -1 -4 -2 -3 -4 -4 -4 7 -4 -6 -6 -1 -5 -5 -4 0 -1 -5 -5 -5 3 0 0 0 0 0 0 84 0 0 0 4 0 0 0 5 5 0 0 0 1.58 0.97 77 A 4 -4 2 -3 3 0 -3 0 0 -4 -4 -1 0 -5 -4 2 -1 -5 -4 -2 44 0 12 0 7 4 0 6 2 0 0 3 3 0 0 15 3 0 0 2 0.68 1.28 78 L -3 -4 0 -4 -3 -4 -4 -4 -4 3 4 -4 2 -2 -4 -3 -1 -4 -3 3 1 1 5 1 0 0 1 1 0 19 38 1 4 0 1 1 4 0 0 23 0.71 1.14 79 Q -3 -4 -2 -5 -4 1 -4 -5 -4 2 3 -4 1 3 -5 -2 -3 -3 2 3 0 0 2 0 0 8 0 0 0 11 27 0 2 12 0 3 0 0 6 26 0.59 1.21 80 L -2 1 -1 -2 1 2 -1 -5 2 -1 2 2 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-1 -3 1 -3 -3 -3 -2 -3 3 -4 1 -3 10 2 -3 1 5 0 1 0 3 1 11 0 1 1 2 0 13 1 11 1 44 6 1 1.36 0.72 459 G -1 -4 -2 -3 -4 -3 -3 7 -3 -5 -5 -3 -4 -4 -3 -1 -3 -4 -4 -4 1 0 0 0 0 0 0 90 0 0 1 0 0 0 0 4 0 0 0 0 1.62 0.74 460 T -2 -3 -2 -3 -3 -2 -2 -1 -3 -3 -3 -2 -2 -4 -3 1 7 -4 -3 -2 1 0 0 0 0 0 0 5 0 0 1 0 0 0 0 8 82 0 0 0 1.17 0.74 461 T -2 -3 -2 -3 -3 -3 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -3 -4 -3 0 7 -4 -4 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 1.56 0.80 462 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -6 -5 3 5 -4 0 -1 -5 -4 -3 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 16 79 0 0 0 0 0 0 0 0 5 1.11 0.77 463 Y -2 0 5 -1 -4 -2 -3 -3 3 -3 -4 -2 -3 0 -4 0 -2 0 5 0 1 6 37 2 0 0 0 0 9 0 0 0 0 2 0 7 0 1 24 10 0.74 0.76 464 P -1 -1 -3 -3 -4 1 -2 -4 -3 -4 -4 -2 -4 -5 8 0 -2 -5 -4 -4 5 4 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 77 6 0 0 0 0 1.88 0.72 465 G 0 2 -2 -2 -4 2 -1 0 1 -4 -4 4 -3 -4 -3 2 1 -4 1 -3 5 8 0 0 0 12 0 7 3 0 0 36 0 0 0 14 9 0 5 0 0.49 0.65 466 S 0 -3 -3 -4 5 -3 -3 1 3 -3 -2 -1 -3 1 -4 1 0 4 4 0 9 0 0 0 15 0 0 11 9 0 1 3 0 4 0 10 5 6 19 8 0.47 0.63 467 S -1 -2 4 -1 -3 -1 2 -1 -2 -3 -3 -1 -3 -4 -3 5 -1 -4 -3 -3 1 0 22 0 0 0 13 2 0 1 1 2 0 0 0 57 0 0 0 0 0.70 0.53 468 I -2 -3 1 -2 -2 -3 -3 -4 -3 5 1 -3 2 -2 -4 -2 -2 -4 -3 3 0 0 10 2 0 0 0 0 0 49 10 0 7 0 0 2 0 0 0 19 0.57 0.43 469 T -1 -2 1 0 -2 -1 0 -1 -2 -3 -3 -1 -2 -3 -2 3 5 -4 -3 -2 0 0 6 4 0 0 4 2 0 0 0 0 0 0 0 36 48 0 0 0 0.60 0.34 470 Y -2 -2 -2 -3 5 -2 -2 -3 6 -2 -2 -2 -2 2 -3 -2 -1 -1 5 -1 0 0 0 0 19 0 0 0 32 0 0 0 0 6 0 0 3 0 33 7 0.73 0.25 471 N -2 -1 6 4 -4 -1 0 -1 0 -4 -4 -1 -3 -4 -3 0 -1 -5 -3 -4 0 0 76 24 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.93 0.18 K Lambda Standard Ungapped 0.1278 0.3106 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1539 0.3175 PSI Gapped 0.0471 0.2670