Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 V -3 -5 -6 -6 -3 -5 -5 -6 -6 5 -1 -5 -1 -3 -5 -4 -3 -5 -4 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 33 0 0 0 0 0 0 0 0 0 67 1.38 1.04 2 K -1 0 -1 -2 -3 1 4 -4 -2 -1 -3 3 -2 -4 -4 -2 0 -5 -3 1 5 5 2 0 1 4 35 0 1 4 2 23 1 0 0 1 6 0 0 11 0.57 1.09 3 G -2 -5 -3 -4 -5 -4 -5 7 -4 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -1 -4 -5 -6 -6 0 0 0 0 0 0 0 98 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 2.04 1.05 4 T -2 -1 -2 -1 -4 0 1 -3 0 1 -3 1 -2 -4 -4 -1 5 -5 -3 0 2 3 1 3 0 3 11 2 2 8 1 8 0 0 0 2 49 0 1 5 0.64 1.05 5 C -3 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -6 -4 -4 -6 -4 -5 -5 -3 -3 -5 -5 -3 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.17 1.08 6 P -3 -3 -3 -4 -5 -3 -1 -4 -4 -5 -5 -2 -5 -6 8 -2 -3 -6 -3 -5 1 1 1 0 0 0 3 1 0 0 0 1 0 0 90 1 0 0 1 0 2.48 1.08 7 K -3 1 2 -3 -3 -1 0 -4 4 1 -2 4 -2 1 -4 -2 -1 -4 2 0 0 6 10 1 0 1 6 1 11 11 4 25 1 5 0 1 3 0 7 8 0.38 1.08 8 C -3 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 1 -4 -4 -6 -4 -5 -5 -3 -3 -5 -5 -3 0 0 0 0 97 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.02 1.08 9 K -2 -2 1 -2 -3 -1 -2 5 4 -5 -2 2 -4 -3 -4 0 -2 -5 -2 -5 2 2 7 2 0 2 1 47 10 0 4 13 0 1 0 6 2 0 1 0 0.77 1.07 10 S 3 -2 2 -1 -4 -2 -2 -2 0 -4 -3 -2 -2 2 -4 3 -1 -3 5 -3 23 1 9 3 0 1 1 2 2 0 1 2 1 7 0 20 3 0 22 1 0.54 1.05 11 P 0 -2 -1 2 -5 0 4 -3 -1 -3 -2 1 -2 -4 3 -1 0 -5 -3 -3 9 1 2 13 0 2 33 1 1 1 3 9 1 0 12 4 5 0 0 1 0.52 1.06 12 D -2 1 2 5 -2 -1 1 1 1 -3 -4 2 -4 -3 -3 0 -2 -4 -3 -3 2 6 9 31 1 2 9 10 3 1 1 12 0 1 1 7 1 0 1 1 0.49 0.93 13 Q 5 -3 -3 -2 1 4 -1 -1 -3 -4 -4 -2 -3 -5 -3 0 -2 -5 -4 -2 60 0 0 2 3 24 2 3 0 0 0 0 0 0 0 3 1 0 0 2 0.92 1.02 14 Y -2 5 -1 -4 -5 -2 -3 -2 1 -4 -4 -1 -3 0 -2 -2 -3 -2 7 -4 3 39 2 0 0 1 0 2 2 0 0 2 0 2 1 2 1 0 41 0 1.11 0.99 15 G 1 -4 -3 -4 -4 -4 -4 7 -4 -6 -6 -4 -5 -5 -4 0 -3 -5 -5 -5 12 0 0 0 0 0 0 82 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 1.62 1.02 16 D -4 -4 1 8 -6 -2 -1 -2 -3 -3 -5 -3 -5 -6 -4 -2 -3 -6 -5 -5 0 0 6 88 0 0 0 2 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.82 1.00 17 N -2 -2 3 0 -5 6 3 -2 0 -4 -1 -2 -3 -3 -4 0 -1 -5 -3 -3 3 0 13 3 0 43 18 2 1 0 6 0 0 1 0 6 2 0 1 1 0.78 1.02 18 C -3 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -4 -4 -6 -4 -5 -5 -3 -3 -5 -5 -3 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.10 1.02 19 E -3 -3 -1 5 -5 0 5 -2 -3 -5 -5 -2 -4 -5 -2 -2 -1 -5 -4 -4 1 0 1 41 0 1 44 3 0 0 0 0 0 0 2 1 3 0 0 0 1.13 0.96 20 V 1 -1 2 -2 -2 1 -1 -1 0 -1 -1 2 -2 -3 -4 2 0 -5 -1 1 11 3 12 1 1 7 4 4 2 2 7 14 1 1 0 13 4 0 2 11 0.19 1.01 21 C -2 -5 -4 -5 11 -5 -5 -4 -5 -3 -1 -5 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -3 0 0 0 0 90 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.64 0.96 22 G -1 -4 -1 -2 -2 -2 -4 7 -4 -6 -4 -4 -5 -5 -4 1 -2 -5 -5 -5 2 0 1 2 1 1 0 81 0 0 1 0 0 0 0 8 2 0 0 0 1.50 1.02 23 A 2 2 1 -2 -2 0 -2 -3 5 -3 -3 2 -2 -3 -4 1 1 1 -3 -3 20 14 5 2 1 3 1 1 18 1 3 11 1 1 0 9 9 2 0 1 0.44 1.02 24 T -2 -4 -1 -2 -2 3 -3 -4 2 0 1 -3 -1 -2 1 1 3 -2 0 1 2 0 2 2 1 13 1 0 6 5 17 0 1 1 7 9 22 0 3 8 0.34 1.15 25 Y -4 -4 0 -5 -4 -4 -5 -5 2 1 4 -4 0 2 -5 -4 -4 -2 6 -2 0 0 6 0 0 0 0 0 4 6 38 0 1 7 0 0 0 0 35 2 0.98 1.12 26 S 0 -2 4 4 -2 -1 2 -3 0 -4 -4 -2 1 -5 -3 2 0 -5 -4 -3 7 2 19 25 1 1 13 1 2 1 1 1 5 0 0 15 4 0 0 1 0.58 1.12 27 P 2 -4 -3 -2 0 -3 -3 -3 -3 -2 -5 -3 -4 -2 7 -1 -2 -6 -5 -2 16 0 1 2 2 0 1 1 1 2 0 0 0 2 65 4 1 0 0 3 1.56 1.15 28 T 1 -2 0 0 -3 -1 1 0 -2 1 -1 -2 -1 -2 -3 0 4 -3 -3 0 10 2 5 4 0 2 11 7 1 8 5 1 2 1 1 5 29 0 1 6 0.29 1.22 29 E -3 -3 -1 5 -6 1 6 -4 -2 -5 -5 -1 -2 -6 -4 -2 -3 -6 -3 -5 1 0 1 34 0 4 53 1 0 1 1 2 1 0 0 1 1 0 1 0 1.27 1.22 30 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 2 6 -5 1 -2 -6 -5 -4 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 86 0 2 0 0 0 0 0 0 4 1.41 1.17 31 I -3 -1 -3 -4 -4 -2 -1 -5 -3 6 1 3 -1 -3 -5 -3 -2 -5 -4 1 1 2 1 0 0 1 5 1 0 52 10 19 1 0 0 1 1 0 0 6 0.81 1.19 32 E -2 -2 6 4 -3 -1 2 -3 -1 -5 -5 -1 -5 -6 -4 -1 -3 -6 -3 -5 2 1 45 27 0 2 13 1 1 0 0 3 0 0 0 3 1 0 1 0 1.10 1.21 33 P -1 -3 -4 -4 -5 -4 -4 -5 -5 -4 -5 -1 -5 -6 8 -2 -3 -6 -5 -5 6 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 3 0 0 88 1 0 0 0 0 2.45 1.17 34 K -4 5 -3 -4 -5 -1 -2 -5 3 0 -3 4 -3 -3 -4 -3 -3 -4 2 2 0 33 0 0 0 1 0 0 6 5 1 28 0 1 0 0 1 0 7 17 0.82 1.16 35 S -1 -3 -1 -2 -3 -2 -2 -2 -3 -5 -5 -2 -4 -5 -3 7 -1 -5 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 1.55 0.97 K Lambda Standard Ungapped 0.1330 0.3112 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1983 0.3181 PSI Gapped 0.0607 0.2670