Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 N -1 -1 4 4 -3 -1 0 -1 -1 -4 -4 -1 -3 -4 -2 2 0 -4 -3 -3 0 0 37 32 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 31 0 0 0 0 0.60 0.13 2 V 0 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -4 1 2 -3 0 -2 -4 -3 -1 -4 -2 5 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 20 0 0 0 0 0 0 0 0 71 0.68 0.40 3 F -4 -5 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -3 -2 -1 -5 -2 8 -6 -4 -4 5 1 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 91 0 0 0 9 0 0 1.85 0.69 4 Q -3 -3 4 6 -5 1 1 -3 2 -5 -5 -2 -4 -5 -3 -2 -2 -6 -4 -5 0 0 25 55 0 7 8 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.15 0.69 5 P -1 -2 -2 -2 -4 1 4 -2 -3 -3 -1 0 -3 -4 0 1 2 -4 -4 0 4 0 0 0 0 5 35 2 0 0 5 4 0 0 5 12 18 0 0 9 0.43 0.69 6 V -2 -1 -5 -5 1 -4 -4 -5 -3 2 2 -4 -1 4 -5 -4 -3 4 4 1 4 4 0 0 4 0 0 0 0 11 21 0 0 22 0 0 0 5 17 12 0.62 0.71 7 D -1 -3 -2 0 -3 -2 -2 3 1 -4 -2 -3 -3 2 -3 4 1 -4 -2 -3 0 0 0 4 0 0 0 21 4 0 5 0 0 11 0 47 7 0 0 0 0.59 0.71 8 Q -2 -2 -2 1 -4 2 -2 -1 -3 0 -3 3 1 0 -3 0 4 -4 1 -3 0 0 0 7 0 9 0 4 0 5 0 26 5 4 0 6 28 0 5 0 0.42 0.76 9 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 0 6 -4 2 -2 -5 -4 0 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 82 0 5 0 0 0 5 0 0 8 1.07 0.76 10 P -3 -1 0 0 -5 -3 0 -4 -4 -5 -5 -2 -4 -5 8 -2 -1 -6 -5 -4 0 4 4 5 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 77 0 4 0 0 0 1.89 0.76 11 E 2 -2 0 -3 -4 -2 0 3 -3 -4 -4 -2 -4 -5 5 1 1 -5 -4 -4 17 2 4 0 0 0 8 22 0 0 0 0 0 0 29 10 9 0 0 0 0.70 0.76 12 D -1 -2 3 4 -4 1 -1 -3 5 -5 -5 0 -4 -4 1 2 -2 3 -3 -4 3 0 18 23 0 5 0 0 16 0 0 4 0 0 8 19 0 4 0 0 0.68 0.80 13 L -3 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -4 1 5 -4 0 1 -5 -4 -3 -3 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 77 0 0 4 0 0 0 0 9 6 1.04 0.80 14 I 0 -3 -3 -1 -3 3 0 -4 -3 1 0 -3 -2 1 -4 -1 -2 -4 0 4 8 0 0 3 0 15 5 0 0 7 7 0 0 7 0 6 0 0 3 38 0.41 0.80 15 P 0 -3 2 -1 -4 -2 -2 0 1 -4 -4 -2 -3 -3 5 1 2 -4 2 -3 7 0 10 3 0 0 0 8 4 0 0 0 0 0 35 11 12 0 7 0 0.71 0.76 16 S 1 -3 -2 -3 -3 2 -2 -3 -3 -2 -3 -2 -3 -4 4 1 4 -4 -3 1 15 0 0 0 0 9 0 0 0 0 0 0 0 0 19 7 37 0 0 10 0.64 0.76 17 S 4 -3 -2 -3 -3 -2 -1 3 -3 -3 -3 -3 -3 -4 -3 2 1 -4 -4 0 39 0 0 0 0 0 4 26 0 0 0 0 0 0 0 15 7 0 0 6 0.61 0.76 18 I 1 -2 -3 -3 -3 0 1 -3 -3 1 0 3 3 0 -3 1 -2 -4 -3 0 13 0 0 0 0 4 10 0 0 11 7 23 9 5 0 11 0 0 0 6 0.28 0.77 19 Q 0 -1 0 -2 -4 8 0 -3 -2 -4 -3 -1 -2 -5 -3 -2 -2 -4 -3 -4 8 0 4 0 0 84 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.45 0.81 20 V 2 -4 -4 -5 -3 -3 -4 -4 -4 1 1 -4 4 -3 -4 -3 -2 -4 -3 5 23 0 0 0 0 0 0 0 0 4 12 0 14 0 0 0 0 0 0 45 0.72 0.81 21 L -1 -3 -1 -4 -3 -3 -4 -4 -4 1 3 -2 6 -2 -4 0 -2 -4 -3 2 4 0 4 0 0 0 0 0 0 4 36 3 27 0 0 10 0 0 0 13 0.65 0.84 22 K -1 4 0 -3 -5 4 -1 -3 -2 -4 -4 5 -3 -5 -3 -2 1 -5 -4 -4 4 19 3 0 0 17 0 0 0 0 0 47 0 0 0 0 9 0 0 0 0.89 0.84 23 F -4 -4 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -3 0 1 -5 -2 7 -5 -4 -4 -1 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 10 0 0 60 0 0 0 0 16 7 1.31 0.87 24 S 3 -4 -3 -4 0 -3 -3 -1 -4 1 0 -3 -2 2 -3 2 3 -4 -3 -2 28 0 0 0 2 0 0 5 0 8 9 0 0 10 0 17 21 0 0 0 0.43 0.87 25 G -2 1 2 -1 1 1 -3 5 -3 -5 -5 1 -4 -5 -4 0 -1 -5 -4 -4 0 9 11 2 4 7 0 46 0 0 0 8 0 0 0 7 4 0 0 0 0.74 0.87 26 K 0 -2 0 2 -4 2 -2 -4 4 -4 -4 -1 -3 -2 2 -2 1 1 5 -1 7 2 5 12 0 9 0 0 12 0 0 3 0 0 12 0 10 2 22 5 0.52 0.88 27 Y 0 -4 -4 -5 3 -4 -4 -5 3 -3 -2 -4 -3 7 -5 -4 -4 -1 6 -3 9 0 0 0 6 0 0 0 8 0 0 0 0 48 0 0 0 0 30 0 1.31 0.88 28 L -1 -4 -5 -2 -3 1 -4 -5 -5 2 3 -4 -1 -3 -5 -4 -3 -4 -3 4 3 0 0 3 0 8 0 0 0 11 35 0 0 0 0 0 0 0 0 40 0.74 0.91 29 K 0 0 3 2 -4 -2 1 -3 3 -4 -4 3 -4 -5 -3 1 0 -5 -4 -1 9 3 12 14 0 0 8 0 9 0 0 25 0 0 0 8 6 0 0 5 0.47 0.91 30 L -1 -4 0 -4 -3 -3 -3 1 4 1 1 -3 1 -3 2 1 0 -5 -3 3 5 0 5 0 0 0 0 11 10 9 13 0 3 0 9 10 4 0 0 21 0.30 0.91 31 E -1 -2 1 4 -4 0 3 0 -3 -4 -2 1 -3 -5 -3 2 0 -5 -4 -4 5 0 6 24 0 4 17 7 0 0 5 8 0 0 0 17 7 0 0 0 0.46 0.91 32 Q -2 -3 -1 0 -4 2 0 1 2 -4 -2 -1 -3 0 2 2 3 -4 0 -2 0 0 2 5 0 11 5 10 4 0 3 3 0 4 12 15 20 0 3 3 0.32 0.91 33 D -2 -2 0 4 -4 3 3 -1 -2 -4 -2 0 -3 -4 -3 1 -1 -4 -4 -2 1 0 4 29 0 15 20 4 0 0 4 4 0 0 0 11 4 0 0 4 0.56 0.85 34 K -2 -2 -2 2 -3 2 -1 2 -3 -3 -3 3 -3 -4 3 -2 3 -4 -3 -3 1 1 1 12 0 10 1 16 0 1 1 21 0 1 12 1 18 0 0 1 0.47 0.79 35 A -1 0 -2 -3 -3 -2 -2 1 -3 -1 1 4 -2 -3 -3 0 1 3 -3 -2 4 4 1 1 0 1 1 10 0 4 19 31 0 1 1 9 8 4 1 1 0.34 0.78 36 Y -1 3 0 -3 -4 -2 -1 -3 0 -3 -2 -2 -3 1 0 2 1 6 1 -1 5 20 3 0 0 0 3 1 3 0 4 0 0 6 5 16 9 12 5 5 0.41 0.86 37 F -4 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -5 -4 -2 1 -5 -2 8 -6 -5 -4 -1 1 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 12 0 0 88 0 0 0 0 0 0 1.89 0.93 38 D -3 -2 4 7 -5 0 -1 -3 -3 -5 -6 -2 -5 -6 -4 1 -3 -6 -5 -5 0 2 18 67 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 1.38 0.93 39 W -4 -4 -5 -6 2 -4 -5 -5 -4 -4 -3 -2 -3 2 -6 -4 -1 12 0 -2 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 4 0 9 0 0 5 76 0 3 2.73 0.93 40 P -2 -3 0 4 -4 2 2 -1 -3 -1 -2 -3 -3 -4 2 0 1 -5 -1 1 2 0 3 27 0 9 11 4 0 4 3 0 0 0 10 5 9 0 3 10 0.41 0.93 41 G 2 1 -2 -3 -4 -2 0 3 -3 -1 -4 3 -4 -5 -4 1 -1 2 -4 -4 19 7 1 0 0 0 5 26 0 4 0 23 0 0 0 9 3 3 0 0 0.51 0.93 42 F 1 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -4 -3 -2 3 -4 -1 7 -5 -3 -3 -2 4 -2 12 0 0 0 0 0 0 0 0 0 27 0 0 46 0 0 0 0 11 0 1.01 0.89 43 K -1 2 -3 -1 -4 0 -2 -4 1 0 1 5 1 -3 -3 -3 -3 -4 -3 1 3 11 0 4 0 3 0 0 3 6 15 42 3 0 0 0 0 0 0 9 0.53 0.89 44 T 0 -2 4 3 -4 3 -1 -1 -2 -4 -4 -1 -3 -5 -3 2 2 -5 -4 -4 7 0 19 18 0 15 0 3 0 0 0 3 0 0 0 20 13 0 0 0 0.57 0.89 45 A 5 1 -3 -4 1 -3 -3 -3 -4 0 -1 -3 -3 -1 -3 1 2 -4 -3 -2 52 8 0 0 3 0 0 0 0 6 6 0 0 3 0 10 11 0 0 0 0.59 0.91 46 I -1 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 6 -1 -4 -1 0 -4 -4 -1 -4 -3 3 6 0 0 0 0 0 0 0 0 63 0 0 0 3 0 0 4 0 0 22 1.07 0.91 47 D -1 0 3 6 -5 0 -1 -1 -3 -4 -4 1 0 -5 -3 0 1 -5 -4 -2 4 4 14 44 0 3 0 3 0 0 0 10 3 0 0 4 8 0 0 2 0.72 0.91 48 N -1 0 4 4 -4 2 -2 0 -2 -4 -4 -1 -1 -5 -4 1 0 -5 -4 -1 5 5 26 25 0 9 0 6 0 0 0 3 2 0 0 9 4 0 0 5 0.58 0.91 49 Y -1 4 1 -4 2 -2 -1 -4 4 -1 0 -2 -3 -1 -4 -3 -3 -2 6 -3 5 23 7 0 4 0 4 0 11 3 9 0 0 0 0 0 0 0 32 0 0.73 0.91 50 T -1 -1 1 -3 -4 0 0 0 3 -4 -4 2 -4 -5 6 -2 -1 -5 -4 -4 3 3 7 0 0 4 7 6 8 0 0 12 0 0 43 0 3 0 0 0 0.94 0.89 51 G 0 -3 0 2 -4 -1 -2 5 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -3 1 0 -4 -4 -1 5 0 3 15 0 3 1 45 0 0 1 1 0 0 0 12 7 0 0 6 0.67 0.85 52 E 1 0 0 3 -3 -2 1 -1 2 0 -3 -1 -3 -3 0 0 1 -4 -1 2 11 5 3 18 0 0 7 4 5 6 1 3 0 0 4 7 7 0 2 15 0.20 0.84 53 D -2 -3 0 6 -5 -2 1 0 1 -4 -5 0 -4 -5 -3 0 -3 -5 -4 -1 3 0 2 59 0 0 6 8 4 0 0 6 0 0 0 5 0 0 0 5 0.98 0.90 54 L -3 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -5 4 4 -5 5 1 -5 -4 -3 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 27 47 0 18 5 0 0 0 0 0 2 1.01 0.93 55 S 3 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -4 1 -2 -3 -2 -4 -4 1 3 -5 -4 4 25 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 8 20 0 0 40 0.70 0.94 56 F -3 -4 -2 -2 -3 -4 -4 -4 -4 4 1 -4 3 5 -1 -2 -3 -3 -1 2 0 0 2 3 0 0 0 0 0 26 11 0 9 26 4 3 0 0 0 13 0.62 0.88 57 D -1 -3 -2 3 -4 -2 4 -1 -3 1 -2 -2 -3 -4 -3 -1 0 -5 -4 2 5 0 0 21 0 0 33 4 0 7 3 0 0 0 0 3 7 0 0 14 0.51 0.88 58 K 0 1 -1 -1 -4 3 0 2 1 -4 -1 3 -3 -4 -1 0 -3 -4 0 -4 9 7 2 3 0 14 6 17 3 0 6 19 0 0 3 7 0 0 3 0 0.32 0.90 59 Y -3 -4 -1 -4 -4 -3 -2 -4 3 1 -2 -4 -2 5 -1 -3 1 -1 6 0 0 0 3 0 0 0 3 0 6 11 0 0 0 23 3 0 9 0 34 5 0.83 0.90 60 D -1 -3 -2 5 -4 -1 1 -3 -3 1 -2 1 -3 0 -3 1 0 -5 -4 0 4 0 0 38 0 1 8 0 0 9 3 11 0 4 0 10 4 0 0 6 0.53 0.93 61 Q -1 2 4 3 -5 1 0 -1 -3 -5 -5 -2 -4 -5 -1 3 -2 -5 -2 -3 3 12 21 15 0 7 6 4 0 0 0 0 0 0 3 25 0 0 1 2 0.56 1.00 62 S -2 -1 3 0 -4 3 -1 -2 1 -1 -4 -1 -3 2 -1 2 2 -4 -3 -2 2 2 14 5 0 16 2 3 3 3 0 3 0 11 3 16 15 0 0 2 0.36 1.00 63 T -3 -3 4 1 -4 -1 -2 -2 2 -4 -4 0 -3 -5 1 1 5 -5 -4 -2 0 0 18 7 0 3 0 2 5 0 0 4 0 0 6 9 45 0 0 2 0.74 0.99 64 I -3 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -6 -5 6 1 -4 -1 -2 -5 -2 2 -4 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 62 8 0 0 0 0 3 12 0 4 13 1.03 0.99 65 N 3 -3 3 1 -4 1 -1 -3 -3 -1 -4 -1 -3 -5 -3 3 0 -5 -4 0 27 0 16 8 0 7 3 0 0 4 0 3 0 0 0 22 5 0 0 6 0.47 0.99 66 Q -3 4 -2 -1 -5 6 0 -4 -2 -5 -2 2 -3 -5 2 0 -3 -5 -4 -4 0 23 0 3 0 42 3 0 0 0 3 10 0 0 8 7 0 0 0 0 0.91 0.99 67 Q -1 -1 -2 -1 -4 5 1 -1 -3 -5 -4 1 -3 -5 4 2 0 -5 -4 -4 3 2 0 3 0 28 7 4 0 0 0 6 0 0 22 16 7 0 0 0 0.70 0.96 68 S 0 -1 3 2 -4 -2 1 -1 1 -4 -2 -1 -3 -4 -3 1 3 -5 -4 -3 9 3 15 13 0 0 11 3 4 0 4 3 0 0 0 11 22 0 0 0 0.42 0.96 69 Q -1 0 3 -1 -4 0 -3 -1 0 1 -2 0 -3 -4 -4 1 0 -5 -4 3 3 5 18 4 0 5 0 5 3 8 3 7 0 0 0 10 6 0 0 23 0.30 0.99 70 E 1 -3 0 2 -4 3 1 -4 -3 -2 -4 -2 1 1 -4 0 4 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