Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 S 6 -4 -3 -4 -3 -3 -3 -2 -4 -4 -4 -3 -3 -5 -3 3 -2 -5 -4 -3 73 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 27 0 0 0 0 1.20 1.00 2 H -4 -3 -2 -4 -1 -1 -3 -5 10 -5 -2 -2 -4 -4 -5 -3 -4 -5 -1 -5 0 0 0 0 2 2 0 0 90 0 5 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2.46 1.20 3 T -3 0 1 -3 -4 -2 -3 -2 -4 -3 -3 -3 -3 -5 -3 2 6 -5 -2 -2 0 5 7 0 0 1 0 2 0 1 2 0 0 0 1 12 67 0 1 1 1.10 1.21 4 D -4 -4 0 8 -6 -3 0 -4 -4 -5 -6 -3 -5 -6 -4 -1 0 -6 -5 -5 0 0 2 84 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 4 7 0 0 0 1.82 1.22 5 I -2 -5 -5 -5 -4 -4 -5 -6 -5 5 2 -3 1 -2 -5 -4 0 -5 -1 3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 40 19 2 4 1 0 0 6 0 2 22 0.86 1.25 6 K -2 2 1 -2 -5 4 0 -4 -3 -5 -5 5 -4 -6 1 -1 1 -5 -5 -2 3 10 7 2 0 17 4 0 0 0 0 38 0 0 7 3 7 0 0 3 0.75 1.36 7 V -3 -4 -5 -6 -4 -4 -3 -6 0 3 -2 -1 1 3 -4 -4 1 1 -1 5 1 1 0 0 0 0 1 0 2 17 1 5 4 12 1 0 8 2 2 45 0.80 1.40 8 P -4 -5 -5 -4 -6 -4 -2 -5 -5 -5 -4 -4 -5 -6 9 -4 -3 -7 -6 -3 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 2 0 0 0 93 0 1 0 0 1 2.70 1.42 9 D -2 -3 2 7 -6 -3 0 -3 -1 -6 -6 -1 -6 -6 -4 1 -3 -7 -6 -6 3 1 10 67 0 0 3 1 1 0 0 2 0 0 0 11 0 0 0 0 1.49 1.47 10 F -3 -5 -6 -6 -5 -6 -6 -6 -4 -3 -2 -6 0 9 -6 -5 -5 2 2 -4 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 3 85 0 0 0 2 5 0 2.17 1.49 11 S -2 -4 1 3 -4 -1 -1 0 -4 -4 -5 -1 -5 -5 -1 5 2 -6 -5 -5 1 0 5 16 0 2 4 6 0 1 0 2 0 0 3 47 13 0 0 0 0.83 1.56 12 D 1 -3 1 4 -5 -2 1 -1 3 -5 -5 2 -5 -3 2 -1 -1 -5 1 -4 13 0 7 26 0 1 8 5 6 0 0 11 0 1 9 3 4 0 4 1 0.51 1.59 13 Y -4 -4 -3 -3 -2 -4 -3 -5 1 -4 -3 -4 -4 0 -5 -3 -3 -1 9 -1 0 0 1 2 1 0 1 0 3 0 1 0 0 1 0 1 1 0 80 4 2.07 1.56 14 R -3 7 -3 -4 -1 0 -3 -4 0 -4 -2 0 0 -2 -4 -2 -3 -4 -1 -3 1 67 1 1 2 2 1 1 3 1 5 4 3 2 1 3 1 0 2 1 1.29 1.40 15 R -2 6 -2 -3 1 -1 0 -2 1 -2 -1 2 -3 -3 -1 -1 0 -3 -2 -2 2 40 1 1 3 2 5 3 4 3 6 10 0 1 3 5 6 0 1 3 0.59 1.26 16 P -1 -1 1 3 -3 1 2 -2 -1 -2 -3 3 -3 -3 2 -1 0 -3 -1 -3 4 3 7 16 0 5 12 3 1 3 3 17 1 1 11 5 5 0 2 2 0.35 1.28 17 E 1 -1 1 3 -3 0 2 -3 -1 -3 -3 -1 -3 -3 0 3 -1 -3 -3 -2 9 2 5 14 0 5 15 2 2 1 3 3 1 1 4 25 2 0 1 3 0.38 1.29 18 V 0 0 0 -3 -1 -3 -2 -2 -1 0 -1 -1 -2 1 -3 -1 3 -3 -1 4 7 5 5 1 1 1 2 3 2 4 5 3 0 5 1 5 16 0 2 30 0.34 1.32 19 L -1 -1 -1 -2 -3 2 -1 -1 0 -1 2 3 0 0 0 0 -1 -3 -3 -2 5 3 2 2 0 8 3 6 2 3 18 22 2 4 5 8 3 0 1 2 0.23 1.33 20 D -2 -1 3 6 -3 -1 -1 -2 -1 -3 -4 -1 -3 -4 0 0 -1 -4 -3 -2 3 3 13 45 0 2 3 3 2 1 2 4 1 1 4 7 3 0 1 3 0.80 1.31 21 S 0 -1 0 -1 -1 -2 -1 -2 -3 -2 -2 -2 -3 -3 5 2 0 2 -3 0 7 3 5 4 1 2 4 3 0 3 4 2 1 1 32 13 6 2 1 6 0.54 1.31 22 T -1 0 2 0 0 1 0 -1 1 -1 -2 1 -3 -3 -1 1 3 -3 -1 -2 4 5 11 5 2 5 6 4 4 4 4 8 1 1 2 12 17 0 2 3 0.21 1.33 23 K 0 0 -1 0 0 -2 -1 -1 0 -1 -1 4 -3 -3 -3 1 0 -4 -1 1 8 5 3 4 2 1 3 5 2 3 6 27 0 1 1 13 5 0 2 10 0.28 1.38 24 S -1 1 -1 -1 -4 0 0 -1 -1 -4 -3 3 -3 -4 3 2 0 -4 0 -2 4 8 3 3 0 3 5 4 1 1 3 18 0 1 13 19 6 0 4 3 0.34 1.48 25 S 2 -1 3 -1 -4 -2 0 -2 -1 -1 -3 0 -4 -4 -2 4 0 -5 -1 -3 16 3 14 3 0 2 5 2 1 4 3 5 0 0 2 30 6 0 2 2 0.42 1.56 26 K 0 1 1 1 -5 2 -1 -1 1 -1 -4 3 -4 -4 0 1 0 4 0 -2 7 8 5 7 0 9 4 4 3 3 1 16 0 0 5 10 6 5 4 3 0.26 1.56 27 E 0 1 1 1 3 1 0 0 3 -4 -4 1 -4 -5 1 0 0 -5 -4 0 7 7 7 7 7 7 7 7 7 0 1 7 0 0 7 7 7 0 0 7 0.24 1.45 28 S 0 -2 2 -1 -2 -3 -1 1 -3 -4 -4 -2 -4 -3 -1 4 3 -5 -4 -3 7 1 8 2 1 0 3 11 0 0 1 1 0 1 2 40 20 0 0 2 0.63 1.21 29 S 2 -3 -2 2 -4 0 4 0 -2 -1 -4 -1 -4 -4 1 1 -1 -1 -2 -3 16 0 1 12 0 3 26 7 1 5 1 3 0 0 6 12 3 1 1 2 0.39 1.18 30 E -1 -2 0 5 -4 -1 2 -2 -3 -2 -4 -1 -4 -4 1 0 0 -5 -1 0 5 2 4 35 0 2 15 2 0 2 1 3 0 0 7 7 5 0 2 7 0.55 1.19 31 A 1 -2 0 -1 -4 1 3 -1 -2 -4 -3 1 -3 -3 -2 3 1 -5 -2 -2 12 1 4 2 0 6 17 5 1 0 2 7 1 1 2 25 10 0 1 3 0.35 1.21 32 R -3 6 3 -1 -5 -2 -3 -1 0 -5 -5 1 -4 -5 -3 0 -1 -5 -4 -3 1 55 16 2 0 0 0 4 2 0 0 7 0 0 1 6 3 0 0 2 1.05 1.23 33 K -1 6 -2 -4 -5 0 -2 -3 0 -5 -3 5 -2 -5 -4 -2 -3 -5 -2 -4 5 46 1 0 0 3 0 2 2 0 2 34 1 0 0 2 0 0 2 0 1.10 1.13 34 G 3 -3 -2 -3 -1 -3 -4 2 -4 -1 0 -3 1 -1 -1 1 1 -5 -4 1 31 1 2 1 1 0 0 15 0 2 10 0 4 2 3 8 7 0 0 11 0.36 1.13 35 F -1 -4 -2 -5 -4 -2 -5 -5 1 -1 1 -4 -1 7 -5 -3 0 -2 4 -1 5 0 2 0 0 1 0 0 4 1 15 0 1 48 0 1 5 0 12 4 0.97 1.10 36 S 1 -2 0 -3 -4 0 -3 -2 0 -4 -3 -3 -3 -2 1 4 4 -5 0 -3 11 2 4 0 0 3 0 1 2 0 2 0 0 1 7 34 30 0 3 0 0.64 1.11 37 Y -2 -4 -4 -5 0 -1 -4 -5 3 -2 -4 -4 -3 0 -5 -2 -4 -1 9 -2 4 0 0 0 3 3 0 0 6 1 0 0 0 0 0 3 0 0 79 2 1.83 1.12 38 L 1 -5 -5 -5 -4 -4 -5 -3 -5 -1 3 -4 2 5 -5 -2 0 -3 -2 1 14 0 0 0 0 0 0 2 0 0 36 0 6 24 0 2 7 0 0 10 0.68 1.12 39 V 0 -5 -5 -6 -4 -4 -5 -5 -5 3 2 -4 6 0 -1 -3 -2 -4 -1 3 6 0 0 0 0 0 0 0 0 17 14 0 26 4 4 2 2 0 2 24 0.77 1.16 40 T 0 -4 1 -4 -1 -4 -4 -1 -4 0 1 -4 0 -1 -1 1 3 -4 1 3 6 0 7 0 1 0 0 4 0 3 13 0 2 3 4 10 18 0 6 24 0.34 1.16 41 A 2 -5 -3 -4 -4 -4 -4 5 -4 -1 -4 -4 -4 2 -4 -1 0 -4 -1 -1 20 0 0 0 0 0 0 52 0 4 0 0 0 8 0 4 6 0 2 4 0.91 1.16 42 T 3 -4 -3 -4 -3 -3 -3 3 -4 -1 -2 -3 -3 -1 -2 2 2 -4 -4 1 27 0 0 0 0 0 0 23 0 3 3 0 0 3 2 13 13 0 0 12 0.48 1.10 43 T 2 -4 -1 -1 1 -3 -4 2 -4 0 0 -3 3 1 -4 -1 3 -4 0 -1 17 0 3 3 3 0 0 16 0 6 7 0 8 6 0 4 18 0 3 4 0.31 1.23 44 T 1 1 0 -4 1 -3 -4 4 -4 -1 -1 -1 -3 -4 -4 -1 1 2 0 -1 14 10 4 0 3 0 0 30 0 3 7 3 0 0 0 4 8 3 4 4 0.38 1.23 45 V 1 -4 -4 -4 2 -4 -4 -1 -4 2 1 -4 3 2 -4 -1 0 -4 -3 4 14 0 0 0 4 0 0 4 0 9 14 0 7 8 0 4 5 0 0 28 0.45 1.23 46 G 2 -4 -4 -4 -1 -4 -4 3 -4 2 1 -4 2 -1 -2 -2 0 -4 -4 2 21 0 0 0 1 0 0 20 0 10 16 0 5 2 2 2 4 0 0 14 0.39 1.07 47 V 1 -4 -1 -3 0 -3 -3 2 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -4 3 2 -3 4 0 13 0 3 0 2 0 0 19 0 0 2 0 0 0 0 22 16 0 14 8 0.49 1.07 48 A 5 -4 -4 -5 0 -4 -4 -3 -4 -1 1 -4 2 -4 -4 0 1 -5 -4 2 53 0 0 0 1 0 0 0 0 3 12 0 5 0 0 4 7 0 0 15 0.73 1.11 49 Y 1 -4 -4 -5 0 -2 -4 -3 2 -4 -2 -4 -2 0 -5 1 0 4 7 -1 14 0 0 0 2 1 0 1 4 0 3 0 1 1 0 13 5 6 45 3 0.96 1.11 50 A 4 -4 -4 -4 2 -4 -4 4 -4 -2 -2 -4 2 -1 -4 0 -1 0 -4 0 37 0 0 0 4 0 0 28 0 2 3 0 7 3 0 7 4 1 0 6 0.63 1.11 51 A 6 -4 -4 -4 -3 -3 -4 0 -4 -2 -2 -3 -3 -1 -4 -1 0 -5 -4 0 73 0 0 0 0 0 0 5 0 2 3 0 0 3 0 2 6 0 0 7 0.99 1.11 52 K -2 3 0 -1 -5 0 -2 -4 -3 -5 -5 7 -4 -6 -4 -2 -1 -6 -4 -5 3 12 4 2 0 2 0 0 0 0 0 73 0 0 0 0 4 0 0 0 1.31 1.11 53 N 1 -3 4 -2 -4 -3 0 -1 0 -3 0 -1 -2 -3 -4 3 1 -5 -1 0 11 0 19 1 0 0 5 4 3 0 8 4 1 1 0 26 7 0 3 8 0.36 1.11 54 V 1 -4 -4 -4 -4 -4 -1 -5 1 2 1 -4 2 1 -4 -1 3 -4 -3 3 12 0 0 0 0 0 4 0 3 10 13 0 5 7 0 2 23 0 0 19 0.45 1.11 55 V -1 -5 -5 -6 -3 -5 -5 -6 -6 2 0 -5 -2 1 -5 -4 -2 -5 -3 6 3 0 0 0 0 0 0 0 0 8 6 0 0 5 0 0 1 0 0 77 1.25 1.11 56 S -2 -1 -1 -2 -4 4 0 -4 3 -1 1 -1 -2 -4 0 0 2 -5 0 1 1 3 2 1 0 21 5 1 8 4 15 2 0 0 5 5 17 0 3 9 0.35 1.11 57 Q -1 0 1 3 -5 3 1 -2 2 -3 -4 2 0 -3 -4 0 1 -5 -3 -2 5 3 5 19 0 16 7 2 6 2 1 14 2 1 0 5 8 0 1 3 0.37 1.12 58 F -1 -5 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -2 -1 1 -5 2 7 -5 -3 -4 -2 2 -1 7 0 0 0 0 0 0 0 1 3 13 0 5 60 0 1 0 0 6 3 1.25 1.12 59 V -2 -5 -6 -6 -3 -5 -5 -6 -6 3 3 -5 -1 -3 -5 -4 -3 -5 -4 5 3 0 0 0 0 0 0 0 0 18 27 0 0 0 0 0 0 0 0 52 1.09 1.14 60 S 0 -2 0 -2 1 -1 -1 0 -2 -1 -1 0 1 -2 0 4 0 -5 -1 0 8 1 3 2 3 2 4 6 1 3 6 5 4 1 5 31 6 0 2 7 0.24 1.14 61 S -1 -4 3 -3 -2 -3 -3 -4 -3 -1 -4 -3 1 2 -2 4 3 -4 2 -3 2 0 13 0 1 0 0 0 0 3 0 0 3 9 1 41 17 0 9 0 0.69 1.14 62 M -3 -3 -5 -5 -4 -3 -4 -5 -4 0 2 1 9 -1 -5 -4 -1 1 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 16 9 58 2 0 0 3 2 1 6 1.28 1.14 63 S 2 0 1 -3 -4 -3 -3 1 -3 -5 -4 -3 -4 -5 -4 5 -1 -5 -4 -4 16 5 7 0 0 0 0 9 0 0 2 0 0 0 0 60 1 0 0 0 0.91 1.12 64 A 6 -4 -4 -4 -3 -3 -3 -3 -4 -3 -3 -3 3 -4 4 -2 -3 -5 -2 -2 67 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 8 0 20 0 0 0 2 1 1.13 1.10 65 S 2 -3 0 -3 -3 -3 -3 -1 -3 -5 -5 -3 -4 -5 0 6 0 -5 -4 -4 16 0 2 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 4 72 5 0 0 0 1.11 1.08 66 A 6 1 -3 -4 -3 0 -3 -2 -4 -4 -4 1 -3 -5 -3 0 -2 -5 -4 -3 76 8 0 0 0 5 0 1 0 0 0 8 0 0 0 2 0 0 0 0 1.07 1.03 67 D -4 -4 0 8 -6 -2 0 -2 -3 -6 -6 -3 -5 -6 -4 -1 -3 -7 -5 -6 0 0 2 91 0 0 4 1 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 1.92 1.03 68 V -2 -4 -5 -5 -3 -1 -3 -5 -5 2 -1 -4 -2 -3 -5 -2 -1 -5 -4 6 0 0 0 0 0 4 1 0 0 9 0 0 0 0 0 3 3 0 0 80 1.20 0.98 69 L -4 -4 -6 -6 -3 -4 -5 -6 -5 0 6 -5 3 -2 -5 -5 -3 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 95 0 5 0 0 0 0 0 0 0 1.44 0.95 K Lambda Standard Ungapped 0.1194 0.3081 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1760 0.3181 PSI Gapped 0.0539 0.2670