Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 R -3 6 -2 -3 -5 1 -1 -4 -2 -5 -4 5 -3 -5 -4 -2 -3 -5 -4 -4 0 57 0 0 0 4 0 0 0 0 0 39 0 0 0 0 0 0 0 0 1.28 0.73 2 Q -3 -1 0 2 -5 2 4 -3 7 -5 -5 1 -4 -5 -1 -2 -2 -5 -2 -1 0 2 4 13 0 9 25 1 29 0 0 7 0 0 2 0 2 0 1 5 0.81 0.94 3 F -5 -5 -6 -6 -5 -5 -6 -5 -4 -2 0 -5 -2 8 -6 -2 -4 8 0 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 6 0 0 66 0 3 0 24 0 0 1.91 1.08 4 G -2 -4 -3 -4 -5 -4 -2 7 0 -6 -6 -4 -5 -6 -3 -3 -4 -5 -5 -4 0 1 0 0 0 0 3 92 2 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 1.86 1.11 5 H -3 -1 6 0 2 -1 2 -2 4 -5 -5 -2 -2 -5 -4 1 -2 -6 -4 -1 1 2 44 4 4 2 11 3 11 0 0 1 1 0 0 10 0 0 0 4 0.85 1.13 6 L -3 -3 -5 -6 -4 -4 -5 -6 -5 2 5 -5 4 -1 0 -5 -3 -4 -3 -1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 10 70 0 9 2 5 0 1 0 0 1 1.07 1.11 7 T 2 -2 -3 -4 -2 -2 -2 2 2 -1 -3 -1 2 -3 -2 -1 3 0 0 0 21 2 1 0 1 1 2 18 5 4 0 4 7 1 1 2 17 1 4 8 0.33 1.17 8 R -3 4 -3 -3 1 0 -2 -2 1 -5 -5 5 -4 -3 2 -2 -2 -5 0 -5 1 24 0 1 4 2 0 3 4 0 0 45 0 1 9 2 3 0 3 0 0.89 1.17 9 V -3 -2 -1 -4 -4 6 -2 -5 -3 2 -1 -3 4 -2 -5 -3 -1 -5 -3 3 0 1 3 0 0 40 0 0 0 9 5 0 13 1 0 1 4 0 0 22 0.82 1.19 10 R -3 6 0 -2 -6 -1 -2 -5 2 -5 -4 5 -4 -5 -1 -2 -3 1 1 -5 2 38 4 1 0 1 1 0 5 0 2 33 0 0 3 1 1 2 5 0 0.95 1.18 11 H -3 0 0 -4 -5 -3 -4 6 6 -6 -6 -1 -5 -3 -3 -3 -4 -5 0 -5 0 6 3 0 0 0 0 61 21 0 0 4 0 1 1 0 0 0 3 0 1.32 1.16 12 V -1 -5 -5 -5 -4 -2 -2 -3 -5 6 0 -5 0 -2 -5 -4 -3 -5 -4 4 4 0 0 0 0 2 4 3 0 49 7 0 2 1 0 0 0 0 0 30 0.97 1.18 13 I -1 -5 -5 -5 -4 -4 -5 -4 -1 5 -1 -3 -2 -3 -5 -3 3 -5 1 4 4 0 0 0 0 0 0 1 2 37 2 1 0 0 0 1 20 0 5 27 0.83 1.20 14 T -2 -1 -3 -3 -4 3 -2 -4 -1 -3 -4 -3 -2 -1 -4 2 6 -4 2 -2 2 4 0 0 0 12 2 0 1 1 0 0 1 2 0 17 48 0 8 2 0.81 1.20 15 Y -4 -4 -5 -6 1 -4 -5 -6 1 -4 -3 -2 -3 4 -6 -4 -3 0 9 -4 0 0 0 0 3 0 0 0 2 0 0 2 0 12 0 0 1 0 80 0 2.09 1.20 16 S 2 1 -1 -3 -4 -1 -3 1 -3 -4 -4 0 -4 -5 -4 4 3 -5 -1 -3 13 9 1 0 0 1 0 9 0 0 1 5 0 0 0 40 16 0 3 2 0.62 1.24 17 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 2 5 -5 2 0 -1 -5 -4 -5 -4 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 62 0 4 2 3 0 0 0 0 18 1.07 1.24 18 S 1 -1 -2 -3 0 -3 -3 -3 -4 -5 -4 -3 -4 -5 -4 7 0 -6 -4 -4 11 3 0 0 2 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 81 2 0 0 0 1.32 1.24 19 P 0 -5 -1 -4 -5 -2 -4 -4 -2 -5 -5 -4 -5 -6 8 -2 -3 -6 -4 -2 8 0 3 0 0 1 0 1 1 0 1 0 0 0 80 3 0 0 0 2 2.13 1.24 20 F -5 -3 4 -4 -5 -4 -3 -5 1 -3 0 -4 1 7 -6 -4 -2 0 5 -3 0 1 21 0 0 0 1 0 3 0 8 0 3 43 0 0 3 1 17 1 1.13 1.24 21 E 0 5 -3 -2 -6 3 5 -5 1 -6 -5 0 -4 -6 -4 -3 -3 -5 -4 -4 8 28 0 0 0 11 48 0 3 0 0 2 0 0 0 0 1 0 0 1 1.10 1.24 22 Q -1 -2 -3 -3 -5 8 -1 -4 -1 -5 -1 -1 -3 -5 -4 -2 -2 -5 -3 -3 5 0 0 0 0 84 0 0 1 0 5 0 0 0 0 1 2 0 1 1 1.69 1.24 23 R -2 6 2 -1 -2 -1 -2 -4 -1 -6 -5 4 -4 -6 -4 -1 -3 -6 -4 -4 2 45 12 3 1 1 0 0 1 0 0 30 0 0 0 4 0 0 0 1 1.11 1.24 24 A 4 -1 -4 -4 -4 -4 -4 -3 0 -2 -2 -3 -1 -2 6 -2 -2 -6 -4 -2 44 3 0 0 0 0 0 1 2 3 3 0 1 2 37 1 2 0 0 1 1.07 1.24 25 F -2 -5 -4 -6 -5 -5 -6 -6 -4 -1 2 -5 4 7 -6 -4 -2 4 1 -1 3 0 1 0 0 0 0 0 0 3 19 0 10 49 0 1 3 5 4 3 1.20 1.39 26 P 4 -1 -3 -4 -4 -2 -3 -1 -1 -5 -3 2 -4 -6 4 -1 -2 -6 -5 -2 40 3 1 0 0 1 0 5 2 0 3 15 0 0 23 4 1 0 0 2 0.78 1.39 27 H -1 -3 4 -1 -5 -2 -4 6 3 -6 -4 -1 -5 -6 -2 -2 -1 -6 -3 -6 4 1 19 2 0 2 0 52 8 0 1 4 0 0 2 2 4 0 1 0 1.04 1.39 28 Y 3 -1 -3 -5 -1 -4 -4 -4 -1 0 -1 -4 2 4 -5 0 -1 1 4 0 23 4 1 0 1 0 0 0 1 5 6 0 6 20 0 7 3 2 15 7 0.53 1.37 29 F -1 -1 -5 -6 -4 -5 -5 -4 -4 3 2 -5 -1 6 -3 -2 -3 4 -1 0 4 4 0 0 0 0 0 1 0 17 18 0 1 36 1 4 1 6 1 5 0.83 1.38 30 S -1 1 0 0 -5 -1 -2 -1 5 -4 -4 2 -4 -5 -2 4 2 -5 -1 -5 4 8 4 6 0 1 1 4 15 1 1 11 0 0 2 30 10 0 2 0 0.57 1.40 31 K 0 0 3 1 -5 2 1 0 3 -6 -6 4 -5 -6 -1 -1 -1 -6 -3 -4 9 4 12 6 0 7 8 8 7 0 0 27 0 0 2 3 4 0 1 1 0.50 1.43 32 G 3 -3 -3 -1 -4 -4 -2 4 -4 -5 -3 -3 -4 -4 -4 1 -2 1 3 -4 30 1 0 4 0 0 3 35 0 0 2 1 0 0 0 10 1 2 10 0 0.76 1.41 33 I -2 -6 -5 -1 -4 -5 -5 -3 -5 6 0 -5 1 4 -2 -2 -2 -5 -1 2 2 0 0 4 0 0 0 2 0 41 8 0 3 15 2 3 3 0 1 14 0.78 1.43 34 P -2 -1 -2 -5 -5 -2 -4 -2 -4 -4 -2 -3 -4 5 6 -3 -2 1 -1 -1 3 3 2 0 0 1 0 4 0 0 4 1 0 28 42 1 2 2 1 5 1.11 1.39 35 N -4 1 8 -2 2 -2 -3 -4 1 -5 -4 1 -4 -3 -5 -1 -3 -1 -1 -5 0 6 67 1 4 1 0 0 3 0 2 7 0 1 0 4 0 1 2 0 1.38 1.39 36 V -1 -4 -4 -5 -4 -1 -4 2 -5 0 0 -4 2 1 -5 -2 4 1 -4 3 5 0 0 0 0 3 0 14 0 3 9 0 6 6 0 3 24 2 0 25 0.51 1.39 37 L 0 -2 -5 -6 -4 -5 -5 -2 -4 3 2 -3 0 5 -5 -3 -3 6 3 0 8 3 0 0 0 0 0 4 0 14 17 1 1 24 0 1 1 11 9 5 0.74 1.39 38 R -3 7 -2 -3 0 -2 -2 -5 -1 -3 -3 3 -4 -2 -2 -1 -3 -1 -3 -5 1 62 1 1 2 0 1 0 1 2 3 15 0 2 2 4 1 1 1 0 1.21 1.37 39 R -4 7 0 -4 1 -2 -1 0 2 -5 -5 1 -4 -5 -4 -1 -1 -5 0 -5 0 60 4 0 3 0 4 6 5 0 0 5 0 0 0 4 5 0 3 0 1.11 1.32 40 T 2 -5 -5 -5 3 -4 -5 -5 0 2 0 -5 1 3 -1 -1 2 2 -3 2 15 0 0 0 6 0 0 0 3 12 7 0 3 11 3 3 13 3 0 17 0.38 1.37 41 R 1 3 -1 -4 -5 1 -3 -1 1 -2 -2 3 1 1 -5 -1 -1 6 -3 -2 14 13 2 0 0 7 0 6 3 2 3 15 3 5 0 5 3 9 0 3 0.33 1.37 42 A 1 0 0 3 1 0 2 0 2 -5 -5 0 -4 -4 -4 1 -1 -5 1 -3 13 5 5 14 3 3 11 8 6 0 0 6 0 0 0 11 4 0 4 2 0.24 1.38 43 C 0 -1 2 -1 3 5 0 -2 1 -3 -4 1 -3 -4 -2 1 -1 2 -4 -4 6 2 9 2 7 32 5 2 4 1 1 6 0 0 2 10 2 3 0 1 0.54 1.29 44 I 0 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -3 -4 3 1 -4 2 4 -4 -1 -2 4 1 3 7 0 0 0 0 0 0 2 0 16 11 0 4 15 0 5 2 5 3 18 0.40 1.24 45 L -2 -4 -5 -5 -4 -4 -4 -3 -4 -1 3 -4 1 4 2 -4 -2 6 2 -1 2 0 0 0 0 0 0 2 0 2 32 0 3 16 10 0 2 9 5 4 0.57 1.24 46 R -2 2 -2 -4 -1 -2 -4 -3 0 -1 -3 0 -3 3 -2 -2 0 3 6 -2 3 12 2 0 2 1 0 2 2 4 0 5 0 10 2 2 6 3 34 2 0.60 1.25 47 V 0 -5 -5 -5 -4 -4 -5 -5 -4 3 -1 -4 2 2 -5 -1 -3 6 1 4 7 0 0 0 0 0 0 0 0 13 4 0 6 8 0 5 0 12 5 31 0.62 1.26 48 A 3 -5 -5 -5 -4 -4 -5 1 -5 2 2 -4 1 -4 -5 -1 -1 -5 -4 3 26 0 0 0 0 0 0 9 0 9 17 0 3 0 0 5 4 0 0 19 0.40 1.31 49 P -2 -5 -5 -5 -5 -1 -4 -5 -5 3 0 -4 0 -2 6 -2 -2 -5 -4 0 2 0 0 0 0 3 0 0 0 16 9 0 2 2 46 3 2 0 0 7 0.98 1.28 50 P 0 -2 -4 -4 -5 0 -3 -1 -4 -3 -4 -3 -2 -2 7 -2 -3 -5 -1 -4 8 2 0 0 0 5 0 4 0 1 1 0 1 2 60 2 1 0 3 0 1.34 1.26 51 F 0 -4 0 -5 0 -4 -4 -1 -4 0 1 -4 4 6 -5 -2 -1 -3 -1 -1 8 0 4 0 2 0 0 4 0 5 10 0 11 38 0 3 3 0 0 4 0.62 1.23 52 V 0 -5 -4 -5 -4 -4 -4 0 -5 4 1 -4 1 0 -1 -1 -1 -5 -4 3 9 0 0 0 0 0 0 7 0 29 9 0 4 4 3 4 3 0 0 20 0.42 1.23 53 A 2 -1 -5 -5 1 -4 -5 0 -5 3 2 -4 2 1 -5 -2 -1 -5 -4 1 15 4 0 0 3 0 0 8 0 18 16 0 5 7 0 3 3 0 0 10 0.29 1.28 54 F 1 -4 -4 -5 1 -4 -4 2 -4 -1 0 -4 2 3 -4 0 1 -3 3 0 11 0 0 0 3 0 0 16 0 2 7 0 5 12 0 6 9 0 12 6 0.29 1.24 55 Y -2 -4 -4 -2 -5 -4 -4 -1 0 -1 -3 -4 -3 1 -5 -4 -2 6 8 -1 3 0 0 3 0 0 0 6 2 4 0 0 0 3 0 0 2 9 55 5 1.24 1.23 56 L 0 -4 -1 -5 1 -2 -3 0 -4 -1 3 -4 1 0 -4 -1 -2 -3 3 1 9 0 3 0 3 1 2 6 0 2 32 0 3 4 0 4 2 0 12 8 0.31 1.27 57 V -1 -5 -5 -5 0 -4 -5 -5 -5 5 2 -4 -2 -3 -5 -2 2 2 -2 3 4 0 0 0 2 0 0 0 0 31 17 0 0 0 0 2 12 3 1 18 0.58 1.24 58 Y -3 -1 -5 -5 -1 -4 -4 -5 1 0 -2 -4 6 0 -5 -4 -4 6 7 -1 2 4 0 0 1 0 0 0 3 5 2 0 20 2 0 0 0 12 38 4 1.09 1.25 59 T -2 -2 2 3 -1 1 1 -4 1 -3 -4 1 -4 -5 -4 0 3 1 -2 -2 3 1 11 16 1 5 7 0 3 1 1 10 0 0 0 6 21 2 1 2 0.36 1.31 60 W -5 -2 0 -5 -5 -1 -3 -4 -4 -5 -3 -2 -2 -2 -6 -3 -5 12 3 -5 0 3 4 0 0 2 2 1 0 0 2 2 1 0 0 2 0 65 8 0 2.37 1.33 61 G 5 -4 -2 -4 -4 -4 -4 4 -4 -1 -4 -4 -4 -5 -4 0 0 -5 -2 -1 45 0 1 0 0 0 0 26 0 4 0 0 0 0 0 5 5 0 2 5 0.70 1.31 62 T -3 0 4 0 -5 -1 3 -4 -3 0 -4 2 -1 -5 -2 -1 2 -5 -2 -2 0 5 20 5 0 1 20 0 0 6 0 11 2 0 2 3 16 0 1 3 0.43 1.30 63 Q 0 2 -1 1 -5 1 4 -3 2 -5 -5 3 -1 -5 -4 -1 -1 2 -4 -4 7 9 3 6 0 6 25 1 5 0 0 20 2 0 0 4 3 3 0 1 0.49 1.31 64 E -1 3 -2 -1 -5 1 3 -5 -2 -4 -2 3 -4 -4 -4 0 -1 -4 3 -1 6 15 1 2 0 5 23 0 1 0 3 18 0 0 0 7 3 0 11 6 0.50 1.31 65 F -3 -2 6 -2 -5 -1 -2 -4 7 -5 -5 -3 -4 3 -5 -2 -4 -4 3 -2 2 2 40 1 0 2 2 0 25 0 0 0 0 13 0 1 0 0 10 3 1.18 1.30 66 E 1 -2 -3 2 -2 0 5 -4 5 -3 -5 0 -4 -5 -4 -2 0 -6 -2 -2 13 2 0 9 1 2 44 0 13 1 0 6 0 0 0 1 5 0 1 2 0.80 1.30 67 K 0 3 -1 -3 -5 3 1 -5 -1 -3 -3 3 -1 1 -5 -3 -4 0 4 -4 9 17 2 1 0 13 9 0 1 1 2 19 2 6 0 0 0 1 17 0 0.59 1.30 68 S -2 0 -2 -5 -1 -4 -2 -1 -4 -1 4 -4 2 -1 -2 2 -2 -1 2 -2 2 6 2 0 1 0 2 6 0 3 41 0 5 1 2 20 1 1 6 1 0.46 1.28 69 K -2 -2 4 -1 1 2 -2 -2 2 -3 -1 4 2 -5 -4 1 -1 -5 -2 -4 2 1 23 3 3 8 1 2 5 1 7 24 5 0 0 10 4 0 1 0 0.51 1.32 70 R -3 7 -3 -4 -5 -2 -3 -2 -3 -6 -5 1 -4 -6 -4 3 -1 -6 -5 -5 0 67 0 0 0 0 0 2 0 0 0 6 0 0 0 23 2 0 0 0 1.42 1.27 71 K -3 0 -3 -1 -6 -1 -1 -4 -3 -6 -5 8 -4 -6 -4 -3 -3 -6 -5 -5 0 0 0 3 0 0 2 0 0 0 0 95 0 0 0 0 0 0 0 0 1.80 1.21 72 N -4 -3 8 3 -5 -2 -2 -3 4 -6 -6 -1 -5 -5 -4 -2 -3 -6 -4 -5 0 0 70 16 0 0 0 0 11 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 1.55 1.02 73 P -3 -4 -4 -4 -5 -3 -3 -4 -4 -5 -5 -3 -5 -6 9 -3 -3 -6 -5 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 2.81 0.89 K Lambda Standard Ungapped 0.1413 0.3292 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1988 0.3174 PSI Gapped 0.0608 0.2670